Identification of bioactive and allergen proteins by in silico tools

İnternet bağlantılı veri tabanları ve onlarla birlikte kullanılan biyoinformatik analiz araçları (in silico) kullanılarak gıda bileşenlerinin alerjenitesi ile ilişkili biyoinformatik analizler yapılmaktadır. Alerjen proteinlerinin klasik laboratuvar teknolojisi kullanılarak tanımlanması zaman alıcı ve aynı zamanda maliyetli bir işlemdir. Son yıllarda, biyoinformatik alanındaki gelişim sayesinde, alerjen proteinlerini tahmin etmek artık mümkündür. Bu çalışmada biyoinformatik analiz araçları kullanılarak alerjen olduğu bilinen proteinlere benzer potansiyel alerjen proteinler araştırılmıştır. Sunulan tezde farklı bitkilerde bulunan ve alerjenitesi daha önce bilinmeyen potansiyel alerjen proteinlerin alerjik etkisini araştırmak için bilgisayar tabanlı, dört farklı karşılaştırma aracı kullanılmış olup potansiyel alerjenler farklı parametrelerde incelenmiştir. Çoklu sekans karşılaştırması için Clustal W, homoloji modelleme için SWİSS-MODEL, protein parametrelerini karşılaştırma için ProtParam ve alerjenite tahmini için AlgPred kullanılmıştır. Sonuçlarının ışığı altında yedi potansiyel alerjen Corchorus olitorius, Cucumis sativus, Capsicum chinense, Carica papaya, Morus notabilis, Theobroma cacao ve Jatropha curcas türlerinde tanımlanmıştır. Araştırılan potansiyel alerjen proteinler aynı zamanda BIOPEP aracılığıyla analiz edilmiştir. Sonuçlar göz önüne alındığında, farklı türlerde yedi protein potansiyel alerjenler olarak tanımlandı. Analiz sonunda potansiyel alerjen proteinlerde bulunan biyoaktif peptitler ve bu biyoaktif peptitlerin işlevleri açıklanmıştır. Potansiyel alerjen proteinlerin in silico hidrolizi sonucu yorumlanarak potansiyel alerjen proteinlerin alerjen olmayan formu elde edilmeye çalışılmıştır. Sonuç olarak, biyoinformatik alanında kapsamında geliştirilen in silico araçlar bilinmeyen alerjen proteinlerin tahmini için büyük bir katkı sağlayabilir. Analiz sonuçlarına dayanarak, doktorlar kiwellin proteinine alerjisi olan kişilerin kiwellin-benzeri proteinleri içeren meyveleri tüketmemesi için tavsiyede bulunabilirler.