Buğdayda kahverengi pas hastalığında bazal savunmada rol alan aday pampların proteomiks yaklaşımı ile incelenmesi

Buğday, arpa, mısır gibi tahıllar ülkemiz ve dünya popülasyonu açısından bakıldığında önemli gıda maddeleridir. Bu tahılların yıllık üretimini çeşitli biyotik ve abiyotik stres koşulları, tarım arazilerinin amacına uygun kullanılmaması gibi nedenler etkilemektedir. Verimi etkileyen biyotik faktörler viral, bakteriyal veya fungal patojenlerdir. Hem dünyada hem de ülkemizde tahıllarda etkin olan fungal hastalıklar pas, başak yanıklığı ve külleme gibi hastalıklardır. Bitki hastalıkları ve bu hastalıklara karşı oluşturulan immün cevapların ve mekanizmalarının aydınlatılmasında çeşitli omiks teknolojileri arasında proteomiks son yıllarda yararlanılan yaklaşımdır. Proteomiks yaklaşımla arpa, buğday gibi tahıllar ve bunların patojenle etkileşimlerini inceleyen çalışmalar literatürde yerini almıştır. Bugüne kadar yapılan bitki proteomiks çalışmalarında ağırlıklı olarak model bitkiler olan arabidopsis, çeltik ve bu bitkilerin patojenlerle olan ilişkisi literatürde yer almıştır. Ancak model bitki olan arabidopsisin en önemli patojeni bakterilerdir. Bu bitkiye ait pas hastalıkları bilinmediğinden pas hastalıklarının bitkiyi tehdit etmesi durumunda bitkinin immün sistemi hakkında detaylı bir bilgi henüz yoktur. Bu çalışmada buğdayda görülen kahverengi pas (Puccinia triticina) hastalığında patojenden salgılanan ve bitki bazal savunmasını uyaran protein yapılı aday PAMP moleküllerinin tanımlanması hedeflenmektedir. 2D-PAGE'de ayrıştırılan yüksek bolluktaki 201 protein spotu tripsin ile muamele edilerek LC-MS/MS analizi ile tanımlandı. Analiz sonucunda bitki mantar hastalıklarında PAMP'lar arasında yer alan ''elongation factor'' proteini tanımlanmıştır. PTTG_06852 ve PTTG_06073 proteinleri sırası ile mitokondri ve kloroplastı hedefleyen ve transit peptid içeren efektör adayları olarak tanımlanan 8 efektördendir. Tanımlanan proteinlerin % 35'i sitozol, % 29'u ise mitokondride bulunmaktadırlar.