Çocuklarda idrar yolu enfeksiyonu ile serum interlökin düzeyleri ve antibiyotik direnci

İdrar yolu enfeksiyonları (İYE) her yıl çok sayıda birey üzerinde önemli bir etkiye sahip olmakta ve ciddi sağlık komplikasyonlarına yol açabilmektedir. Semptomatik İYE'ler her yıl yedi milyon hastanın ayakta tedavi için tıbbi yardım almasına ve bir milyon hastanın da acil servise başvurmasına neden olmaktadır. 2019 yılında dünya genelinde tahmini 404,61 milyon vaka ve 236.790 ölüm rapor edilmiştir. Imam Kadumia Medical City'ye (IKMC) başvuran hastalardan yaklaşık 1380 idrar örneği ve 100 serum örneği toplanmıştır. İdrar örnekleri VITEK-2 teknolojisi kullanılarak analiz edilmiştir. İlaca aşırı dirençli (XDR) bir suş, genom çalışması için tüm genom dizilemesine (WGS) tabi tutulmuştur. Aynı zamanda, pozitif idrar kültürü ile belgelenen yeni tanı konmuş, tedavi edilmemiş idrar yolu enfeksiyonu olan çocuklarda serum IL-6 ve IL-8 ölçülmüştür. IL-6 ve IL-8, enzime bağlı immünosorbent test (ELISA) tekniği ile belirlenmiştir. İdrar yolu enfeksiyonu olan hastalarda kontrol grubuna kıyasla serum IL-6 ve IL-8 seviyelerinde anlamlı artış gözlenmiştir. Bu seviyeler enfeksiyonun akut fazında çok önemlidir ve bu sitokinlerin İYE'lerin gelişmesi ve ortaya çıkması için gerekli olduğunu ortaya koymaktadır; bu durum enfeksiyonun akut fazı sırasında bu seviyelerin izlenmesinin önemini vurgulamaktadır. 2022 yılında İKMC'ye başvuran hastaların %62,17'sinde idrar yolu enfeksiyonu tespit edilmiş olup, bu oran enfeksiyonun yaygınlığı açısından dikkate değer bir duruma işaret etmektedir. Enterik bakteri izolatları arasında E. coli %21,045 ile en yüksek prevalansa sahipken, Morganella ve Salmonella %0,07 ile en düşük insidansa sahip olmuştur. İYE'ler en çok bir yaşın altındaki bebeklerde görülmüştür. İzole edilen organizmalar antibiyotiklere verdikleri yanıt açısından önemli bir heterojenlik sergilemiştir. İmipenem (%71,91) ve nitroksolin (%79,95) çoğu bakteriye karşı en etkili antibiyotikler olmuştur. Bununla birlikte, rifampisin, seftriakson, norfloksasin ve doksisiklin sırasıyla %76,57, %72,49, %71,33 ve %70,16 gibi önemli direnç oranları göstermiştir. Yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisini kullanarak genetik çeşitliliği keşfetmek ve klinik olarak önemli bir patojenin derinlemesine genomik analizini kolaylaştırmak için tek bir XDR bakterisi tüm genom dizilemesi (WGS) için gönderilmiştir. Tek bir izolata odaklanmak, XDR fenotiplerinin moleküler temelini anlamak için gerekli olan spesifik direnç genlerinin ve plazmid profillerinin tanımlanması da dahil olmak üzere direnç mekanizmalarının kapsamlı bir şekilde karakterize edilmesine olanak sağlamıştır. Bakteri, ST437 sekanslama tipi ve K36:O2 serotipi ile Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) olarak tanımlanmıştır. K. pneumoniae bakterileri, makrolidler, aminoglikozidler, fosfomisin, glikopeptidler, dezenfekte edici ajanlar, fenikoller, sülfonamidler, trimetoprim, kinolonlar, tetrasiklin, vankomisin ve β-laktamlar dahil olmak üzere her türlü antibiyotiğe dirençli olmalarını sağlayan 56 direnç geninin varlığı nedeniyle XDR olarak tanımlanmıştır. Ayrıca, bağışıklıktan kaçınma, yapışma, demir emilimi, antifagositoz, düzenleme, efluks pompası, beslenme faktörü, toksin, safra direnci, manganez alımı ve yüzey proteini tutturma gibi çeşitli virülans kategorilerine ait 100'den fazla virülans geni tanımlanmıştır. Plasmidfinder yazılımı kullanılarak yapılan genom analizinde ColKP3, ColpVC, IncFIB(K), IncFIB(pQil), IncFII, IncFII(K), IncX3, rep14a, rep17, rep18a, rep18b, rep2, repUS15, repUS43 ve repUS7 olmak üzere 15 plazmid bulunmuştur. Bu plazmidler referans erişim numarası ile %81 örtüşme göstermiştir. İzolatımızda toplam 10.293 tek nükleotid polimorfizmi (SNP) tanımlanmıştır. Bunların 6.936'sı geçiş mutasyonu, 3.357'si ise transversiyon mutasyonudur. Ek olarak, 61 insersiyon ve 71 delesyon tespit edilmiştir. Bu mutasyonlar 3.707 protein çerçeve kayması ve 909 sessiz mutasyonla sonuçlanmıştır.