Çocukluk çağı medulloblastomlarında moleküler alt sınıflandırma

Medulloblastom özellikle çocuklarda olmakla beraber her yaşta görülebilen, santral sinir sisteminin en sık rastlanılan embriyonal tümörleri arasında yer alır. Dünya Sağlık Örgütü sınıflamasına göre Derece IV olarak kabul edilir ve genellikle prognozu oldukça kötüdür. Medulloblastomlar WNT-aktive, SHH-aktive, Grup 3 ve Grup 4 olmak üzere dört temel alt gruba ayrılmaktadır. Alt gruplar arasındaki epigenetik değişikliklerin önemi son yıllarda vurgulanmış olup özellikle anormal promotor hipermetilasyonlarının hastalığın kliniği ile ilişkisi önem kazanmıştır. Bu çalışmanın amacı, çocukluk çağı medulloblastom hastalarında moleküler alt sınıflandırmanın yapılması ve analiz edilen metilasyonel değişikliklerin yapılan sınıflandırma ile ilişkisinin ortaya koyulmasıdır. Bu amaçla, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji arşivlerinden çıkarılan 47 pediatrik medulloblastom olgusuna ait formalin fikse parafine gömülü doku ve hastalara ait demografik ve klinik veriler kullanıldı. Tüm olgular için histolojik tanıların konfirmasyonu yapıldı. İmmünohistokimya yöntemi kullanılarak nükleer beta-katenin lokalizasyonu gösteren tümörler WNT-aktive; sitoplazmik beta-katenin lokalizasyonu, GAB1 ve YAP1 ekspresyonu gösteren tümörler ise SHH-aktive medulloblastomlar olarak sınıflandırıldı. SHH-aktive medulloblastomlarda, p53 ekspresyon seviyelerine göre TP53 mutant olmayan ve TP53 mutant alt grupları tanımlandı. Beta-katenin ekspresyonu görülmeyen tümörler WNT/SHH-aktive olmayan (Grup 3 ve 4) medulloblastomlar olarak adlandırıldı. Dokulardan izole edilen DNA'lar kullanılarak bisülfit çevrimi sonrası CDKN2A, RASSF1A, HIC1, ZIC2, SPINT2, SFRP1, KLF4, PTCH1 ve EZH2 genlerinin metilasyon durumları pirosekanslama yöntemi ile incelendi. DNA metilasyon analizleri sonucunda KLF4, PTCH1 ve ZIC2 genlerindeki hipermetilasyonların SHH-aktive medulloblastomlarla ilişkili olduğu bulundu. SPINT2 geninin hipermetilasyonu ve RASSF1A geninin yüksek dereceli hipermetilasyonlarının metastaz ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkisi olduğu belirlendi. CDKN2A, HIC1 ve SFRP1 genlerindeki metilasyon çalışmaları güvenli sonuçlar vermediğinden hastalıkla ilişkilendirilemedi. Hiçbir örnekte EZH2 geninin hipermetilasyonuna rastlanılmadı. Araştırmamız, medulloblastomlardaki epigenetik değişikliklerin klinik seyrin öngörülmesinde önemli bir araç olabileceğini ve özellikle KLF4, PTCH1, ZIC2, SPINT2 ve RASSF1A genlerinin bu hastalıktaki potansiyel onkolojik önemini ortaya koymuştur.