Molecular structure
87 theses under this subject heading
Meme kanseri moleküler alt tiplerinin MR görüntüleme özellikleri
Amaç: Çalışmamızda meme kanserinin önemli bir prognostik belirleyicisi olan moleküler alt tiplerinin manyetik rezonans (MR) görüntüleme özelliklerinin araştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Patoloji sonucuna göre meme kanseri tanısı bulunan 104 hastanın preoperatif MR tetkikleri 5.Baskı Breast Imaging-Reporting and Data System (BI-RADS) atlasına retrospektif olarak incelendi. BI-RADS'a göre olgular kitle veya kitlesel olmayan kontrastlanma olarak ayrıldı. Olguların arka plan parankim kontrastlanmaları değerlendirildi. Kitlelerin şekil, kontur, kontrastlanma özellikleri; kitlesel olmayan kontrastlanmaların ise dağılım ve internal kontrastlanma paternleri ve tüm olguların kinetik özellikleri,ADC değerleri, multifokal/multisentrik (MFMS) olma durumları, lezyonlara eşlik eden bulgular incelendi. Moleküler alt tipler ile MR bulguları istatiksel olarak Kruskal Wallis testi ve ki-kare testleri kullanılarak araştırıldı. Bulgular: Moleküler alt tipler ile kitle/ kitlesel olmayan kontrastlanma olma arasındaki ilişki istatiksel olarak anlamlı bulundu (p=0,017). En yüksek kitlesel olmayan kontrastlanma oranına (%70) sahip alt tip HER-2 (+)'ti. Kitlelerin şekil (p=0,001) ve kontur (p=0,002) özelliklerinin moleküler alt tiplere göre farklılık gösterdiği izlendi; Luminal tiplerin daha çok düzensiz şekilli ve düzensiz/spiküle konturlu; HER-2 ve Triple(-) alt tiplerin ise daha çok oval/yuvarlak şekilli ve düzgün konturlu olduğu dikkati çekti. Aksiller lenfadenopati en sık (%64.3) Triple (-) alt tipinde izlendi (p=0,033). Hızlı kontrastlanma oranı en yüksek olan (%71.4) alt tip Triple (-) olup erken faz kinetik eğrileri ile alt tipler arasında anlamlı ilişki bulundu (p=0,048). Sonuç: Bu çalışmada moleküler alt tipler ile birçok MR bulgusu arasında anlamlı ilişki bulunmuş olup daha geniş olgu serilerinde, prospektif olarak yapılacak ileriki çalışmalar bu konudaki bilgi birikimimizi arttıracaktır. Anahtar kelimeler: BI-RADS, meme kanseri, manyetik rezonans, moleküler alt tip, MRG
Dna seçici mikrokürelerin sentezi ve karakterizasyonu
Moleküler baskılama, hedef molekül hafızalı polimerler sentezlemek ve bu sayede de hedef moleküllere karşı seçici materyaller üretmek için bilim insanları tarafından son yıllarda oldukça fazla kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı 6 farklı canlı türünden elde edilen DNA moleküllerini Poli(Glisidil metakrilat), Poli(GMA), mikrokürelerine baskılamak ve bu polimerelere her canlı DNA'sı için ayrı seçicilik kazandırmaktır. Polimerlerin karakterizasyonu için Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM), Frouer Dönüşümlü İnfrared Spektroskopisi (FT-IR), Termal Analiz ve Lazer Taramalı Konfokal Mikroskop Analizi yapılmıştır. DNA baskılanmış polimerlerin seçiciliklerini kıyaslamak için konfokal mikroskop görüntüleri ve GC-MS kütle analizleri yapılmıştır.
Gastronomi turizminde moleküler mutfak tekniklerinin değerlendirilmesi
Gaziantep ili gastronomi turizmiyle öne çıkan cazip turizm destinasyonlarındandır. Türkiye'deki turizm faaliyetleri içinde önemli bir yeri olan gastronomi turizminde, moleküler mutfak tekniklerinin değerlendirilmesi önem taşımaktadır. Bu araştırma, Gaziantep'te gastronomi turizminde moleküler mutfak tekniklerinin değerlendirilmesi ile ilgili turizm işletme belgesi olan restoranlarda, moleküler mutfak teknikleri ile ilgili bilgisi olan yiyecek-içecek işletme yöneticileri, aşçılar, garsonlar ve moleküler mutfak teknikleriyle hazırlanan ürünlerin gastronomi turizmine olan etkisini belirleyecek olan katılımcıların, moleküler mutfak hakkındaki görüşlerini ve düşüncelerini irdelemiştir. Ayrıca bu araştırma restoranlarda yöresel yemeklerin kullanımı, yöresel yemeklerin tanıtımında moleküler gastronominin etkisi ve moleküler gastronominin sağlık üzerine etkileri hakkında sorular yönelterek yöresel yemeklerde moleküler gastronominin kullanılabilirliğini sorgulamıştır. Bu doğrultuda yöresel yemeklerde moleküler gastronominin kullanımı hakkında işletme sahiplerinin, aşçıların ve garsonların bilgi ve görüşlerinin değerlendirilmesi, çalışmanın en temel amacını oluşturmaktadır. Çalışmanın bir diğer amacı ise gastronomi turizminde moleküler mutfak teknikleri kullanılması durumunda misafirlerin tepkilerinin ne yönde olacağı, moleküler mutfak tekniklerinin gastronomi turizmini nasıl etkileyeceği ve moleküler mutfak tekniklerinin yöresel yemeklerin tanıtımına nasıl katkı sağlayacağı konularının incelenerek analiz edilmesidir. Öncelikle araştırmanın soruları ve bu sorulara yönelik cevaplar doğrultusunda kapsamlı literatür taraması yapılmıştır. Sonrasında bu amaçlar doğrultusunda, 25 Nisan 2021-12 Haziran 2021 tarihleri arasında Gaziantep turizm işletme belgeli restoran çalışanlarına anket yapılmış ve 125 anket formunun doldurulması sağlanmıştır. Anket verileri, güvenirlik aralığı ve faktör analizi, ifadelerin ortalama ve standart sapma değerleri ve farklılık analizler ile değerlendirilmiştir. Bunlara ek olarak boyutlar arasında korelasyon analizi gerçekleştirilmiştir. Araştırma sonucunda restoran çalışanlarının moleküler mutfak tekniklerini değerlendirmelerinin orta düzeyde olduğu tespit edilmiştir. Bu çerçevede politika önerilerine yer verilmiştir. Anahtar Kelimeler: Gastronomi, gastronomi turizmi, moleküler mutfak teknikler
Ankara ve çevre illerde ki kenelerde hepatozoon türlerinin moleküler yöntem ile belirlenmesi
Dünya çapında parazit, bakteri, virüs ve mantar orijinli patojenler; insanları, çiftlik, yabani hayvanlar ve bitkileri enfekte etmektedir. Bu patojenler vektör keneler vasıtasıyla taşınmaktadır. Kene kaynaklı, Hepatozoon türleri, kesin bir konakçı (kan emici bir omurgasız) ve bir ara konakçı (bir omurgalı) arasında yaşam döngüsüne sahip Apicomplexa filumundan parazitlerdir. Hepatozoon cinsi 340'den fazla tür içerir. Bunlardan 46'sının memelileri, 120'sinin sürüngenleri enfekte ettiği ve diğerlerinin de kuş ve amfibi parazitleri olduğu bildirilmiştir. Hepatozoon cinsi, Miller tarafından 1908 yılında adlandırılmıştır. Bu türlerden en önemlileri; Hepatozoon canis ve H. americanum dur. Çalışma kapsamında keneler mevsimsel aktiviteleri de göz önünde bulundurularak Ankara, ilçeleri (Merkez, Bala, Beypazarı, Çubuk, Kahramankazan) ile komşu illerden (Tokat, Eskişehir, Bartın, Sakarya, Çankırı, Kastamonu, Yozgat), uygun habitatlarda öncelikle bayraklama (tick flagging) metodu ile araziden ve ilgili bölgelerde çeşitli konak hayvanları (çiftlik ve yabani hayvanlar ve köpekler) üzerinden, 191 adet olmak üzere toplandı. 18S rRNA gen bölgesinin konvansiyonal PCR amplifikasyon ürünlerinin sekans analizi sonucu 113, 118, 165, 167 ve 168 nolu örneklerin DNA dizi verileri elde edildi. Elde edilen DNA dizi verileri Genbank verileri ile karşılaştırıldığında 113, 118, 165, 167 ve 168 no'lu kene örneklerinde Hepatozoon türlerinin olduğu belirlendi. Hepatozoon pozitif örneklerin 2 tanesi H. canis, 3 tanesi Hepatozoon sp. olarak tanımlandı. 3 tane Hepatozoon sp; Sakarya ili koyunlarından alınan dişi Ixodes ricinus kenelerinde, 2 tane Hepatozoon canis'den birisi Ankara ili insandan alınan erkek Dermacentor marginatus kenesinde, diğeri Ankara ili insandan alınan erkek Rhipicephalus sanguineus kenesinde tespit edildi.
Diyarbakır yöresinde mezbahada kesilen koyunlarda Coenurus cerebralis'in yaygınlığı ve moleküler karakterizasyonu
Taenia multiceps, hem vahşi hem de evcil etoburların ince bağırsaklarında yaşayan bir taeniid cestoddur. Larva aşaması olan C. cerebralis, tipik olarak çok çeşitli çiftlik hayvanlarının merkezi sinir sisteminde ve koyun ve keçilerin beyin dışı dokularında bulunur. Bu çalışmada Diyarbakır yöresinde koyunlarda C.yaygınlığı %9.8 olarak tespit edilmiştir. Çalışmada toplanan kistlerin mitokondriyal genindeSitokrom C Oksidaz alt birim 1 kullanılarak moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. T. multiceps izolatları COX1 gen dizileri arasında düşük genetik çeşitlilik (%0,24'e kadar) saptanmıştır. Sonuç olarak koyun yetiştiriciliğinin yaygın olduğu bölgelerde, yaygın olarak görülen Coenuriasisi önlemek için sürü sağlığı ile ilgili yeni stratejilerin geliştirilmesinin yanında, bulaşmada aktif rol oynayan köpeklerin etkili anti-paraziter ilaçlarla tedavi edilmesinin elzem olduğu kanatindeyiz. Anahtar Kelimeler: Coenurus cerebralis, Koyun, Taenia multiceps
Suyun hidrojen bağı ve özellikleri
Son yıllarda deneysel tekniklerde meydana gelen olumlu gelişmeler suyun yapısı ve hidrojen bağı ile ilgili özelliklerini ilk kez ayrıntılı biçimde ve önceki bilgilerden farklı olarak ortaya koydu. Bu bilgiler önceki bilgilerle çelişen ve tartışmalı bazı sonuçları ortaya koyması açısından büyük öneme sahiptir. Suyun ilk koordinasyon kabuğu içindeki moleküler düzenlemeler X-ışınları soğurma spektroskopisi ve X-ışınları Raman spektroskopisi ile belirlenebildi. Yakın zamanda X-ışınları soğurma spekroskopisi ile ilgili pek çok deney hidrojen bağının şekillenimi, spektral özellikleri ve hidrojen bağının yapısını ayrıntılı biçimde ortaya koydu. Bu çalışmanın amacı ortaya çıkan yeni bilgiler ışığında suyun ve hidrojen bağının yeni fiziksel ve kimyasal özelliklerini incelemektir.
Osteosarkomda HSA-MİR-664A-5P ile lncrna MEP3 arasındaki ilişkinin araştırılması
Osteosarkom çocuk ve yetişkinlerde en sık görülen birincil kemik tümörüdür. Hastalığın gelişimindeki temel moleküler mekanizmaların anlaşılması alternatif tedavi yöntemlerinin geliştirilmesine yardımcı olabilir. Kodlanmayan RNA'ların (ncRNA) ifade seviyelerindeki değişim ile osteosarkom arasında bir ilişki olduğu tespit edilmiştir. Bu ncRNA'lardan MEG3 uzun kodlanmayan RNA'sının ifade seviyesinin osteosarkom doku ve hücre hatlarında düşük olduğu, hsa-miR-664a-5p'nin ifade seviyesinin de yüksek olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada, osteosarkom kanser hücre hattı (U2-OS) ve insan osteoblast hücre hattına (hFOB 1.19) hsa-miR-664a-5p baskılayıcısı verilerek, hsa-miR-664a-5p ve MEG3 ifade seviyelerindeki değişim araştırılmıştır. Beklenildiği gibi çalışma sonucunda hsa-miR-664a-5p'nin ifade seviyesi düşerken MEG3 geninin ifade seviyesinin ise arttığı tespit edildi. Bulunan sonuçlar istatistiksel analizler ile de anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Sonuç olarak, bu çalışma ile osteosarkomda hsa-miR-664a-5p'nin artan ifade seviyesinin MEG3 geninin ifadesinde baskılayıcı bir etkisi olabileceğini gösterilmiştir. Anahtar kelimeler: hsa-miR-664a-5p, lncRNA, MEG3, miRNA, Osteosarkom
İnfluenza A virus enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi
İnfluenza, influenza viruslarının sebep olduğu akut solunum yolu hastalığıdır. İnfluenza virus enfeksiyonları yüksek morbidite ile ilişkilidir ve pnömoni gibi ciddi komplikasyonlara sebep olabilir. Bu çalışmanın amacı solunum yolu infeksiyonu olan ve hastaneye yatırılan hastalarda influenza tip A ve B virus enfeksiyonlarının insidansı ve influenza A virus alttiplerini real-time RT-PCR test, konvansiyonel RT-PCR test ve direk immunfloresan antikor (DFA) testi ile tespit etmektir. Toplam 476 hastadan 1 Nisan 2012 ve 31 Aralık 2013 tarihleri arasında flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Real-time RT-PCR test (Sacace, Italy) ile influenza A virus vakaların %20.5 (98/476) ve influenza B virus %3.3'ünde (16/476) tespit edilmiştir. Çalışma süresi boyunca 98 influenza virus izolatının %63.3'ünün A(H1N1)pdm09 ve %36.7'sinin A(H3N2) olduğu bulunmuştur. İnfluenza A(H1N1)pdm09 alttipinin Ocak 2013 (12 vaka) ve A(H3N2) alttipinin (11 vaka) Aralık 2013'de baskın olduğu gözlenmiştir. Real-time RT-PCR test referans alındığında influenza A ve B için DFA testinin (Argene SA, France) ve influenza A için WHO primerlerinin (M30F2/08 ve M264R3/08) kullanıldığı konvansiyonel RT-PCR testinin sensitivitesi sırasıyla %72.4, %75, %96 ve spesifitesi %99.2, %99.5 ve %100 bulunmuştur. Sonuç olarak, çalışma grubunda influenza A virus enfeksiyonu %20.5 oranla oldukça yüksek tespit edilmiştir. İnfluenza virus tipleri ve alttiplerinin izlenmesi, influenza aşı suşlarının dolaşımdaki influenza virusları ile uyumunun değerlendirilmesi ve pandemik potansiyeli olan alttiplerin tanısı için gereklidir. Etkili korunma ve kontrol önlemlerinin zamanında alınması, gereksiz antibiyotik kullanımının azaltılması ve antiviral tedaviye başlamak için influenza virus enfeksiyonlarının erken tanısında real-time RT-PCR testinin kullanımı önerilir.
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen enterokoklarda yüksek düzey aminoglikozid direncinin araştırılması ve moleküler analizi
Enterokoklar son yıllarda hastanelerde en sıklıkla izole edilen patojenler olup, sahip oldukları doğal direnç mekenizmaları yanı sıra, kazanılmış direnç genleri ile de en dirençli bakterilerden biridir. Aminoglikozid grubu antibiyotiklerin enterokok enfeksiyonlarında tek başına kullanımı bakterinin metabolik aktivitesine uygun olmadığından, genellikle bir hücre duvar sentezini inhibe eden antibiyotikle kullanımı gereklidir. Bununla birlikte eğer bakteride yüksek düzey aminoglikozid direnci de bulunuyorsa bu sinerjik etkili kombinasyon tedavide kullanılamamaktadır. Yüksek düzey aminoglikozid direnci kazanılmış bir direnç olup, genellikle aminoglikozid modifiye edici enzimler ile oluşmaktadır. Bu çalışma bir moleküler epidemiyolojik çalışma olarak, hastanemizde izole edilen enterokoklarda rastlanan aminoglikozid modifiye edici enzimlerin, yada bunları sentezleten genlerin neler olduğunun saptanması amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına sürveyans amacıyla gönderilen rektal sürüntü örneklerinden izole edilen vankomisin dirençli enterokoklar (VRE) ile bu çalışma yapıldı. Sürveyans için gönderilen örnekler vankomisin selektif agar besiyerine ekildi. Üreme olan enterokok izolatlarının vankomisin için MİK değeri E test ile belirlendi. Bakterilerin tanımlaması, Bruker (BD, ABD) ile yapıldı. İzolatların 120 µg gentamisin içeren disk kullanılarak yüksek düzey aminoglikozid direnci belirlendi. Yüksek düzey aminoglikozid direnci saptanan izolatların multiplex PCR ile; [aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia, aph(2_)-Ib1, aph(2_)-Ic, aph(2_)-Id, aph(3_)-IIIa] gen bölgeleri çalışıldı. Gen dizaynı için literatür kullanıldı. Dizayn edilen bölgeler, Light Cycler (Roche) cihazı ile çalışıldı. Çalışmaya alınan, vankomisine ve, yüksek düzey aminoglikozid direçli 100 enterokok suşunun 82'si (% 82) E. feacium, 11'i (%11) E. faecalis, 7'si E. gallinarum olarak tanımlandı. Suşların 67'sinde (% 67) aph(3_)-IIIa gen bölgesi, 2'sinde (% 2) aph(2_)-Id gen bölgesi ve 1 izolatta aph(2_)-Ib1 bölgesinde pozitiflik bulundu. aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia ve aph(2_)-Ic bölgeleri hiçbir izolatta saptanmadı. İzolatların % 30'unda hiçbir gen bölgesinde pozitiflik saptanmadı. Enterokoklardaki aminoglikozid direncinden hastanemizde de çoğunlukla aminoglikozid modifiye edici enzimlerin sorumlu olduğu bulunmuştur. Bakteriler arasında bu enzimleri taşıyan ve kodlayan genler aktarılabileceğinden direnç gelişiminin kontrol altında tutulabilmesi için rasyonel antibiyotik kullanımı önemli olduğu görülmüştür.
Osteoartrit'te UCMA'nın moleküler mekanizmasının incelenmesi
Osteoartrit (OA), dünyada en yaygın görülen dejeneratif eklem hastalığıdır. OA'nın tedavisi ve önlenmesi için yeni tedavi edici ajanların ve moleküler hedeflerin tanımlanmasına önemli derecede ihtiyaç duyulmaktadır. UCMA K vitaminine bağımlı bir proteindir. UCMA'nın moleküler fonksiyonu henüz tam olarak bilinmemekle beraber güncel çalışmalarda yangı ve kalsifikasyonla ilişkili olabileceği vurgulanmaktadır. Bu çalışmada, OA'da UCMA'nın moleküler mekanizmasını inceledik. IL-1β ile uyarılan hFOB1.19 hücre dizileri kullanarak UCMA'nın OA ile ilişkili genler arasındaki ilişkisini gösterdik. Bu çalışmada, 16 tane genin ifade düzeyi Real Time PCR yöntemi ile analiz edildi. UCMA protein düzeyleri ise Western Blot yöntemi ile gösterildi. Hücre kültürü süpernatantlarında MMP1, IL-17 ve OPG seviyeleri ELISA ile analiz edildi. In vitro OA modelinde, UCMA gibi yeni moleküler hedef olabilecek MGP, UTS2 genlerinin ifade düzeylerinde anlamlı düzeyde artış olduğunu gözlemledik. Çalışmamızda, IL-1β'nın kemik oluşumunda rol alan temel transkripsiyon faktörlerini (RUNX2 ve OSX) tetiklediğini ve UCMA'nın bu genlerle ilişki içerisinde olabileceğini belirledik. Ayrıca, ilk defa OA gelişiminde rol alan pek çok gen ile UCMA arasında pozitif bir korelasyon olduğunu, OA'dan en fazla etkilenen genin UCMA olduğunu gösterdik. Ek olarak, hFOB1.19 hücre dizilerinde IL-1β ile tetiklenen Caspase-3,-8,-9 yolağı aracılığıyla apoptozda UCMA'nın gen ifadesinde anlamlı düzeyde artış olduğunu belirledik. MMP1 ve OPG salgıları kontrole göre anlamlı düzeyde artmıştı. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, UCMA'nın osteoblast farklılaşmasında, kemik oluşumunda, OA gelişiminde ve osteoblast apoptozunda rol alabileceğini göstermektedir. Sonuç olarak, bu çalışma OA patofizyolojisinde UCMA'nın potansiyel değeri için iyi bir kanıt sağlamaktadır ve UCMA'nın OA'ya karşı yeni tedavi edici yaklaşımlar geliştirmek için gelecek vaat eden bir moleküler hedef olduğunu göstermektedir.
Moleküler otopsi: Ani beklenmedik ölüm olgularının postmortem KCNQ1 genetik varyasyonu açısından değerlendirilmesi
Amaç: Bilinen bir hastalığı olmayan kişinin ölü bulunması veya kısa bir süre içinde nedeni anlaşılamadan ölmesi, bilinen bir hastalığı olan ancak bu hastalığı ölüme neden olacak bir klinik göstermeyen kişinin ölmesi genellikle yakınları tarafından beklenmedik ölüm olarak değerlendirilir. Bu tarz olgularda ölüm sebebinin anlaşılabilmesi için otopsi yapılması gereklidir. Otopside tüm incelemelerin yapılmasına rağmen bazı olgularda ölüm nedeni ortaya çıkarılamaz ve bu durumlar negatif otopsi olarak adlandırılır. Bu grup gelecek adli tıbbının çözüm bekleyen sorunlarının başında gelmektedir. Yapılacak moleküler otopsi uygulamaları da negatif otopsi oranlarını düşürmek adına yapılması gereken çalışmaların başında gelmektedir. Bu sebeple ani beklenmedik ölüm olgularında postmortem KCNQ1 genetik varyasyonu açısından değerlendirme yapılmıştır. Gereç ve Yöntem: T.C.Adalet Bakanlığı Adli Tıp Kurumu Adana Grup Başkanlığı Morg İhtisas Dairesi'nde otopsileri yapılan ve ölüm nedenleri ileri çalışmalara rağmen saptanamayan, ani beklenmedik ölüm kapsamındaki 0 – 50 yaş arası olgular çalışmamız kapsamına alınmıştır. Olgulardan alınan örneklerin patolojik incelemeleri yapılarak, tüm tıbbi ve adli geçmişi incelenmiş ve ayrıca EDTA'lı tüplere alınan kan örneklerinde Anabilim Dalı'mızda ''KCNQ1'' genetik varyasyonu açısından değerlendirme yapılmıştır. Bulgular: Çalışmamıza 42 ani-beklenmedik ölüm olgusu ve 5 kontrol grubu olmak üzere toplam 47 olgu dahil edildi. Ani-beklenmedik ölüm olgularından 0-50 yaş grubu olan olgular çalışmaya alındı. 42 olgudan 15'inin (% 35,7) 40 – 50 yaş aralığında olduğu ve olgu sayısının yaşla birlikte arttığı gözlendi. Olguların 29'u (% 69) erkek, 13'ü (% 31) kadın idi. Olguların Vücut-Kitle İndeksine göre değerlendirmeleri Dünya Sağlık Örgütü Vücut-Kitle İndeksi Sınıflamasına göre yapıldı. En fazla 21 olgu (% 50) ile normal kilolu olguya rastlandı. Olgularımızın tüm olgular içerisinden rastgele seçilmiş olmaması sebebiyle obezite-risk değerlendirilmesi yapılamadı. Olguların ölüm yerlerine göre dağılımları yapıldı. 17 olgunun (% 45,9) evde öldüğü görüldü. 5 olgunun ise ölüm yeri kayıtlarına ulaşılamadı. Tüm olguların patolojik değerlendirmeleri yapıldı. (Myokard-koroner arter ve kardiyak ileti sistemi) Patolojik çalışmalar sırasında Hematoksilen-Eosin boyama yöntemi kullanıldı. Özellikle ileti sistemine ait çalışmalarda SA nodda 9 olguda (% 21,4), AV nodda 13 olguda (% 30,9) fibrozis ve yağlı değişikliğe ait görünüm izlendi. Olgulara ait KCNQ1 genetik analizlerimiz sonucunda; ekzon 13 1638. nükleotitidinde ve ekzon 16 1986. nükleotid pozisyonunda sekans varyasyonları tespit edildi. Çalışmamızda tespit edilen sekans varyasyonları birçok çalışmada mutasyon olarak yorumlanmıştır. Ancak mutasyon hakkında gerçekçi yorum yapılabilmesi için daha geniş serilerde çalışılması ve daha zengin primerlerin kullanılması gerektiği kanısındayız. Sonuç: Özellikle ileti sistemi patolojisi tespit edilen ve KCNQ1 genetik analizi sonucunda sekans varyasyonları tespit edilen olgular, bize negatif otopsi oranlarını düşürmek için bu uygulamaların rutin uygulamalar arasına girmesi gerektiğini göstermektedir. Genetik analizler yapılmadan otopsinin sonlandırılmaması gerektiği Avrupa Kardiyovasküler Patoloji Birliği tarafından da önerilmektedir. Bu şekilde ölüm nedeni saptanamayan olguların azalacağı ve adaletin daha hızlı işlemesine katkıda bulunacağına ve genetik analizler doğrultusunda kişinin ailesinde gelişebilecek muhtemel bir ölüme karşı önlemler alınabileceğine inanılmaktadır.
idrar yolu enfeksiyon etkeni E.coli izolatlarında fosfomisin direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu
Bu Çalışmada, Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarına gelen idrar örneklerinden izole edilen 24 fosfomisin dirençli E.coli izolatı dâhil edilmiştir. İzolatların tür tayini ve antibiyotik duyarlılık çalışmaları Vitek 2 Compakt (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ve disk difüzyon yöntemleri ile gerçekleştirilmiştir. Çalışmaya dahil edilen E.coli izolatlarında fosfomisin direncinden sorumlu olduğu bilinen plazmit kaynaklı fosA, fosA3, fosB, fosC, fosC2, fosX genleri spesifik primerler kullanılarak PCR yardımı ile taranmıştır. E.coli izolatlarının ayrıca beta-laktam ve kinolon grubu antibiyotiklerine karşı dirençten sorumlu olan blaTEM, blaSHV, blaOXA-1, blaPER-1, blaGES, blaVEB, blaCTX-M, qnrA, qnrB, qnrS, aac-(6')-ıb-cr genlerin ve Sınıf-1 ve Sınıf-2 integron varlığı spesifik primerler kullanılarak PCR yardımı ile taranmıştır. İzolatların Klonal ilişkileri REP PCR yardımı ile çalışılmıştır. İzolatlardan elde edilen konjugatif ve transformant plazmitlerin replikasyon orijinleri PCR-temelli replikasyon orijini belirleme yöntemine göre gerçekleştirilmiştir. Fosfomisin direncini belirlemek için yapılan PCR işlemi sonucunda 24 örnekten 1 (FF25)'i fosA3 geni bakımından pozitif bulunmuştur. Örneklerin 11'inde blaTEM, 6'sında blaOXA-1, 3'ünde blaSHV geni varlığı tespit edilmiştir. blaCTX-M geni için yapılan PCR sonucunda ürünler dizin analizine gönderilmiş ve 14 pozitif sonucun hepsinin CTX-M15 grubuna ait olduğu tespit edilmiştir. İzolatların hiçbirinde blaPER-1, blaGES, blaVEB genleri tespit edilememiştir. E.coli izolatlarının 6'sı qnrB ve qnrS, 9'u aac-(6^')-ıb-cr geni içerdiği tespit edilmiştir. İzolatların hiçbiri qnrA geni içermemektedir. Sınıf-1 ve Sınıf-2 integron içerikleri araştırıldığında; izolatların 3'ünün Sınıf-1, 5'inin de Sınıf-2 integron içerdikleri tespit edilmiştir. Yapılan konjugasyon çalışmaları sonucunda 24 bakteri izolatının 1'inin konjugatif plazmit taşıdığı tespit edilmiştir. Transformasyon deneyleri sonucunda da 2 izolatın fosfomisin direncinin plazmit üzerinde taşıdığı tespit edilmiştir. Transformant plazmitlerin fosfomisin direnç genleri tanımlanamamıştır. Çalışmada elde edilen epidemiyolojik veriler ve literatür araştırmaları sonucu fosfomisin antibiyotiği alternatif ajan olarak kullanılma girmesi ile direnç oranı yükselmeye başlamıştır. Bu çalışma direncin hem ülkemizde hem de dünyada yayılımının belirlenmesinde oldukça önemli ipuçları verecektir. Aynı zamanda bundan sonra yapılacak olan çalışmalar için çok önemli bir veri tabanı olacaktır.
Muğla yöresi köpeklerinde leishmania türlerinin moleküler ve serolojik olarak belirlenmesi
Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından 1980 yıllarının başından beri önemi vurgulanan leishmaniasis, malaria ve lenfatik filariasis'den sonra üçüncü vektör kaynaklı en önemli hastalık olarak değerlendirilmektedir. Hastalığın dünyanın pek çok yerinde visseral leishmaniasis (VL), kutanöz leishmaniasis (KL), diffuz deri leishmaniasis (DCL) ve mukokutanöz leishmaniasis (MCL) gibi değişik formları görülmektedir. Türkiye'de ise KL ve VL formları en sıklıkla görülen formlar olarak bilinmektedir. Türkiye'de KL'ye yol açan tür daha çok L. tropica iken VL'ye yol açan tür ise L. infantum olarak bildirilmektedir. Ancak son yıllarda yapılan çalışmalarda KL vakalarında VL öyküsü olmaksızın L. infantum türünün izole edildiği, yine VL vakalarında KL öyküsü olmaksızın L. tropica türünün tespit edildiği ifade edilmektedir. Bu çalışmada da Muğla yöresinde, Veteriner kliniklerine getirilen 69 dişi ve 62 erkek köpekten kan alınarak Leishmania spp. varlığının moleküler ve serolojik yöntemle araştırılması amaçlanmıştır. Köpeklerden EDTA içeren antikoagulanlı tüplere alınan kanlardan moleküler testlerde kullanılmak üzere DNA izolasyonu yapılmış ve izole edilen DNA örneklerinde PZR yöntemi ile Leishmania spp. tespiti yapılmıştır. Aynı zamanda alınan kanlardan serum çıkartılarak, serolojik olarak IFAT testi ile değerlendirilmiştir. Çalışma sonunda 131 köpekten alınan serum örneklerine uygulanan IFAT ile 49 köpekte (%37.4) anti-Leishmania antikor titresinin 1:64 ve üzerinde olduğu tespit edilmiştir. Moleküler değerlendirmede ise dokuz köpekte (%6.87) PZR yöntemiyle Leishmania spp. bulunmuştur. Çalışma bölgesindeki 18 farklı yerleşim alanında toplam 131 köpeğin değerlendirilmesinde KVL'in seroprevalansı %37.4 olarak belirlenirken, moleküler prevalans %6.87 tespit edilmiştir.
Canine ve feline parvoviruslarının VP2 gen bölgesi bazlı moleküler karakterizasyonu ve filogenetik analizi
Amaç: Canine ve feline parvoviruslar köpek ve kedilerde sıklıkla enfeksiyon oluşturan, genellikle gastroenteritle seyreden ve küçük yaşlarda ölüme yol açabilen viruslardır. Tek iplikçikli DNA'ya sahip olan feline parvovirus'un VP2 gen bölgesindeki mutasyonlara bağlı konakçı bariyeri kırılarak köpeklerde CPV-2 ortaya çıktığı varsayılmaktadır. Sürekli gerçekleşen mutasyonların olması, dönüşüm içinde olan parvovirusların araştırılmasını gerekli kılmaktadır. Bu çalışmada eş zamanlı olarak feline ve canine parvovirusların moleküler ve filogenetik açıdan araştırılması hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Toplamda 25 kedi ve 25 köpeğe ait parvovirus şüpheli 50 numune toplanmıştır. Moleküler olarak araştırılması için PCR testi uygulanarak, pozitif numunelerin VP2 gen bölgesinin tamamı (1755 bp) sekans analizi yapılmştır. Data programları aracılığıyla sekans verileri değerlendirilmiştir. Genotiplendirmeleri ortaya konulup, aminoasit değişiklikleri gözlenerek filogenetik açıdan analizi yapılmıştır. Filogenetik analiz iki farklı metot (ML, NJ) kullanılarak yapılmış ve benzer sonuçların bulunması doğruluğu desteklemiştir. Ayrıca amino asit ifadelerine bakılan sekanslarda konakçı değişiminde rol oynayan kritik noktalar incelenmiştir. Bulgular: 50 adet numunede 4'ü (%16) köpeğe ait; 3'ü (%12) kediye ait olmak üzere toplam 7 (%14) tanesinde parvovirus pozitif tespit edilmiştir. Filogenetik ağaçta CPV 2a, 2b ve 2c olarak, FPV ise G1 ve G2 olarak alt gruplara ayrılmıştır. FPV sekansları G1 genogrubunda yer alırken, CPV sekansları 2a ve 2b genogrubunda bulunmuştur. VP2'nin 426. amino asit noktası halen en kritik konakçı belirleme ve genotiplendirme faktörü olarak saptanmıştır. Ayrıca VP2 üzerindeki 5, 297, 324 ve 370. amino asitlerde değişiklikler dikkat çekmektedir. Sonuç: Filogenetik analiz sonucunda dallanmanın kediler için FPV, köpeklerde CPV-2 şeklinde türe özgü olduğu görülmüştür. Feline ve canine parvovirusların eş zamanlı örneklenerek aynı çalışmada moleküler ve filogenetik değerlendirmenin yapılması sağlanmıştır. Aydın ilinden ilk defa feline ve canine parvovirus sekansına ait veriler Genbank'a tanımlatılmıştır. CPV ve FPV üzerine yapılan moleküler ve filogenetik araştırmalar gelecekte olası konakçı değişikliklerinin saptanması, kullanılan aşıların etkinliğinin gözlenmesi açısından önemli veriler sağlayacaktır.
Rezenenin farmakolojik etkileri ve altta yatan moleküler mekanizmalar
Bu Yüksek Lisans tez çalışmasında izole fare (Swiss albino, erkek, 25-30 g) alt özofagusunda rezene (Foeniculum vulgare) ekstresi (solvent: %60 etanol; etanollü rezene ekstresi; ERE; 10-40 µl/ml)'nin farmakolojik etkileri kalitatif ve kantitatif olarak araştırıldı. İn vitro kalitatif çalışmalarda, karbakol (CCh; 10 µM) ile prekontrakte edilen izole fare alt özofagus striplerinde ERE'nin gevşeme oluşturucu etkisi gözlemlendi ve altta yatan moleküler mekanizmalar (kolinerjik sistem, nitrerjik sistem, potasyum kanalları ve L-tipi kalsiyum kanallarının rolleri) araştırıldı. Ayrıca ERE'in gevşeme yanıtları, milli Q'lu rezene ekstresi (MRE; solvent: milli Q; ultra saf su)'nin gevşeme yanıtları ile karşılaştırıldı. İn vitro kantitatif çalışmalarda ise izole fare alt özofagusunda ERE'nin antiinflamatuvar ve antioksidan etkileri araştırıldı. İn vitro kalitatif deneylerde, fareler anestezi altında servikal dislokasyon ile ötenazi edilerek alt özofagusları izole edildikten sonra, alt özofagus strip (şerit) haline getirildi ve 37oC'de, %5 CO2+%95 O2 ile gazlandırılan Krebs-Henseleit solüsyonu içeren 10 ml'lik organ banyosuna 0.5 g tonus uygulanarak asıldı. Cevaplar izometrik transduser ile bilgisayar donanımlı farmakolojik veri analiz sistemi (BIOPAC, MP35 Data Acquisition System)'ne kaydedildi. İn vitro kantitatif deneylerde ise, izole fare alt özofagus dokuları ERE (40 μl/ml) ile inkübe (40dk) edildikten sonra homojenize edildi ve santrifügasyondan sonra elde edilen süpernatantlarda rezenenin siklooksijenaz (COX) ve süperoksit dismutaz (SOD) üzerindeki etkileri ELISA (Enzyme linked immunosorbent assay) yöntemi ile analiz edildi. İn vitro kalitatif deneylerde, prekontrakte izole fare alt özofagus striplerinde ERE, doz (10-40 µl/ml)'a bağımlı ve kontrole göre istatistiksel olarak anlamlı olan belirgin gevşeme yanıtları oluşturdu. ERE (10-40 µl/ml)'nin oluşturduğu yüzde gevşeme cevapları, MRE (10-40 µl/ml) ile oluşturulan gevşeme yanıtlarından çok daha büyüktü. Kolinerjik-muskarinik reseptörlerin nonselektif kompetetif blokörü olan atropin (10 µM), ERE'nin uygulanan bütün konsantrasyonlarındaki gevşeme yanıtlarını istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde inhibe etti. Nitrik oksit sentaz (NOS) enzim inhibitörü olan Nw-nitro-L-arginin (L-NOARG; 10 µM), ERE'nin en düşük konsantrasyonu (10 µl/ml)'ndaki gevşeme yanıtlarını istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde inhibe etti. Ancak daha yüksek konsantrasyonlardaki (20-30 µl/ml) ERE yanıtlarını istatistiksel olarak anlamlı olmayan bir şekilde inhibe etti. ERE'nin daha düşük konsantrasyonlarındaki gevşeme yanıtlarında L-NOARG'ın bu inhibitör etkisi daha belirgindi. Nitekim L-NOARG, ERE'nin en yüksek konsantrasyonu (40 µl/ml)'ndaki gevşeme yanıtlarını etkilemedi. Potasyum kanallarının non-spesifik, reversibl blokörü olan tetraetil amonyum (TEA; 10 µM) ise ilgili dokulardaki ERE (10-40 µl/ml) gevşeme yanıtlarında L-NOARG'ın etkilerine benzer bir etki oluşturdu ve ERE'nin en düşük konsantrasyonu (10 µl/ml)'ndaki gevşeme yanıtlarını istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde inhibe ederken daha yüksek konsantrasyonlar (20-40 µl/ml)'daki ERE gevşeme yanıtlarını istatistiksel olarak anlamlı olmayan bir şekilde inhibe etti. L-tipi Ca2+ kanal blokörü olan verapamil, (10 µM), ERE'nin uygulanan bütün konsantrasyonlarındaki gevşeme yanıtlarını istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde inhibe etti. İn vitro kantitatif deneysel çalışmalarda ERE (40 µl/ml), COX-2 enzim seviyesini istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde azalttı. Aynı konsantrasyondaki ERE, SOD1 enzim seviyesinde artışa neden oldu. Ancak bu artış istatistiksel olarak anlamlı değildi. Sonuç olarak; in vitro kalitatif deneysel bulgular, prekontrakte izole fare alt özofagusunda ERE'nin oluşturduğu gevşeme cevaplarında kolinerjik yolak, nitrerjik yolak, K+ kanal ve Ca2+ kanal aktivasyonlarının rolünü telkin etmektedir. Ayrıca deneysel bulgular, ERE'nin uygulanan konsantrasyonunda (40 µl/ml) antiinflamatuvar etkisinin olduğunu, ancak antioksidan etkisinin olmadığını telkin etmektedir.
Mide adenokanseri ile hp (+), hp (-) intestinal metaplazi arasındaki moleküler patoloji
Giriş ve Amaç: İntestinal metaplazi (IM), mide kanseri gelişmesi için önemli bir risk faktörüdür.WNT sinyal yolağı karsinogenezisde önemli görevler üstlenmektedir. Çalışmamızda IM ve mide kanseri hastalarında WNT sinyal yoluna ait genlerin tanısal ve prognostik marker olarak değerini araştırmayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: 34 mide kanserli, 45intestinal metaplazili ve 25 kontrol olgu olmak üzere toplam 104 kişi çalışmaya dahil edildi. Mide kanseri, IM ve kontrol gruplarının RT-PCR array yöntemi ile WNT sinyal yolu anahtar gen ekspresyonları değerlendirildi ve karşılaştırıldı. Tümör yükünü yansıtan , prognostik önemi olan metastaz varlığı ve mide de lokalizasyonuna göre mide kanseri hastaları alt gruplara ayrılarak gen ekspresyonu yapıldı. IM hastaları mide kanseri için risk faktörü olarak Kabul edilen Helikobakter Pilori (HP) varlığına göre alt gruplara ayrılarak gen ekspresyonu yapıldı. Bulgular: Mide kanserli ve IM'li hastalardaRHOA, CSNK1A1, DVL2, FZD8 ve LRP5 genlerinin kontrol grunbuna göre anlamlı şekilde overeksprese olduğu saptandı. Metastatik mide kanseri hastalarında metastaz göstermeyen hastalara oranla RHOA, CSNK1A1, DVL2, FZD8 ve LRP5 genlerinin anlamlı olarak overeksprese olduğu görüldü. Diffüz tip mide kanseri hastlarında diffüz olmayan mide kanseri hastalarına göre RHOA, CSNK1A1, DVL2, FZD8 ve LRP5 genlerinin anlamlı olarak overeksprese olduğu görüldü. Mide kanseri hastları ile IM hastaları karşılaştırıldığında gen ekspresyonlarında anlamlı bir fark bulunmadı. HP pozitif IM hastlarında HP negatif IM hastalarına oranla RHOA, CSNK1A1, DVL2, FZD8 ve LRP5 genlerinin anlamlı olarak overeksprese olduğu saptandı. Sonuç: RHOA, CSNK1A1, DVL2, FZD8 ve LRP5 genlerinin mide kanseri hastalarında tümör yükünü yansıtabileceğini düşünmekteyiz. Mide kanserinden önce RHOA, CSNK1A1, DVL2, FZD8 ve LRP5 genlerinin IM hastalarında ekspresyon oranının artmaya başladığını ve bu ekspresyonu HP varlığının artırdığını düşünmekteyiz. Bu konularda daha ileri çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır. Anahtar Kelimeler:Mide kanseri, İntestinal metaplazi, RHOA, CXADR, CSNK1A1, CCND2, DVL2, FZD8, NFACT1
Meme kanserinin MRG ve PET/BT bulgularının moleküler alt tiplere göre değerlendirilmesi
AMAÇ Çalışmamızda, invaziv meme kanseri tanılı olgularda F18-FDG PET/BT ve MRG verilerinin moleküler alt tipleri belirlemede tanısal değeri araştırılmıştır. Ayrıca kitlenin patolojik hacmi ile PET/BT ve MRG hacimleri arasındaki ilişki değerlendirilmiştir. GEREÇ VE YÖNTEM Merkezimizde tedavi öncesi PET/BT, MRG incelemesi ve histopatolojik tanısı bulunan toplam 51 kadın hastadaki 55 primer invaziv meme kanseri kitlesi retrospektif olarak değerlendirilmiştir. FDG PET/bulgularından SUVmax, SUVmean, MImean, MTV ve HU değerleri; MRG bulgularından kitlenin şekli, kenar özelliği, internal kontrastlanma özelliği, dinamik kontrast eğri tipi ve ADC değerleri (2013 BI-RADS MRG sınıflaması baz alınmıştır) ile moleküler alt tipler (alt tipler luminal A, luminal B, c-erbB-2 pozitif ve tripl negatif olmak üzere dört grupta sınıflandırılmıştır) arasındaki ilişki değerlendirilmiştir. Ayrıca kitlenin patolojik hacmi ile MTV ve FTV arasındaki ilişki değerlendirilmiştir. BULGULAR İnvaziv meme kanserinin luminal B alt tipinin, luminal A alt tipine göre daha yüksek SUVmax ve SUVmean değerlerine (sırasıyla p= 0,002; p= 0,017); tripl negatif alt tipinin luminal A alt tipine göre daha yüksek SUVmax değerine (p= 0,028) sahip olduğu saptanmıştır. Kitlenin patolojik hacmi ile SUVmean değeri arasında güçlü dereceli istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki gösterilmiştir (p= 0,019, r= 0,720). SUVmax ile ADC değeri arasında negatif yönde zayıf dereceli istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilmiştir (p= 0,001; r= -0,384). MTV ile FTV arasında pozitif yönde güçlü dereceli (p= 0,000; r= 0,857); MTV ile kitlenin patolojik hacmi arasında pozitif yönde güçlü dereceli (p= 0,006, r= 0,796); FTV ile kitlenin patolojik hacmi arasında pozitif yönde güçlü dereceli (p= 0,006, r= 0,921) istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilmiştir. SONUÇ Çalışmamızda, moleküler alt tipleri öngörmede SUVmax değerinin, MRG bulgularından üstün olduğu gösterilmiştir. Kitlenin patolojik hacmini öngörmede MRG'nin PET/BT'den üstün olduğu tespit edilmiştir.
Östrojen ve progesteron reseptörü negatif meme kanserlerinde kras, braf ve pık3ca mutasyonlarının değerlendirilmesi
Amaç Meme kanseri ülkemizde ve dünyada kadınlarda en sık görülen malign tümör olup kadınlarda kanserden ölümlerin ikinci sebebidir. Geniş genetik heterojenitesi nedeniyle moleküler tedavi potansiyeli oldukça yüksektir. Tamoksifen ve türevleri gibi hormonal tedaviden faydalanamayacak, östrojen ve progesteron reseptörü negatif meme tümörlerinde; KRAS, BRAF ve PIK3CA mutasyonlarını araştırmayı amaçladık. Üçlü negatif ve HER2'den zengin moleküler alt tipler arasında, bu mutasyonların görülme sıklığında farklılık olup olmadığını inceledik. Demografik veriler, TNM evresi, histolopatolojik tanı, tümör derecesi, menopoz durumu ve sağkalım ile bu mutasyonlar arasındaki ilişkiyi araştırdık. Gereç ve Yöntem DÜTF Patoloji ABD'da 2013-2019'da östrojen ve progesteron reseptörü negatif meme karsinomlu 24 hastanın mastektomi materyallerinin formalin ile fikse parafine gömülü doku bloklarından makrodiseksiyonla tümörlü alanlar seçildi; DNA ekstraksiyonunun ardından KRAS/BRAF/PIK3CA Multiplex Arrays kullanılarak mutasyon tayini gerçekleştirilmiştir. İstatistiksel analizler SPSS v.22 paket programı ile yapılmış kategorik değişkenlerin değerlendirilmesinde Pearson ki-kare testi uygulanmıştır. Bulgular Olguların ortalama tanı yaşı 60,29±12,41 olup serimizdeki karsinomlar; invaziv meme karsinomu, NOS (n=18, %75), metaplastik (n=2, %8,6), lobüler (n=1, %4,3), papiller (n=1, %4,3), mikst (lobüler+duktal karsinom) (n=1, %4,3) ve apokrin diferansiasyonlu (n=1, %4,3) karsinomdur. Olguların 12'sinde mutasyon saptanmıştır; beş olguda (%21.7) PIK3CA, dört olguda (%17.3) KRAS, bir olguda (%4.3) BRAF, bir olguda (%4.3) kombine BRAF/KRAS ve bir olguda (%4.3) kombine KRAS/PIK3CA mutasyonları görüldü. Üçlü negatif ve HER2'den zengin gruplar arasında PIK3CA (p=0,640), KRAS (p=0,371) ve BRAF (p=0,949) mutasyon oranları açısından anlamlı bir farklılık saptanmamıştır. Her üç mutasyon için histolojik derece, patolojik evre ve sağkalım ile istatiksel olarak anlamlı farklılık bulunmamış olup PIK3CA mutasyonu ve tümör çapı arasında istatiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilmiştir (p=0,01). Tümör çapı arttıkça PIK3CA mutasyonu görülme oranı artmakta olup kötü prognostik faktörlerle bu mutasyonun ilişkili olabileceği düşünülmüştür. Sonuçlar Literatürde; PIK3CA mutasyonu %20-45, HER2'den zengin grupta %23, üçlü negatif grupta %5-13.2 aralığında saptanmışken; çalışmamızda toplamda %26, HER2'den zengin grupta %18.2, üçlü negatif grupta %33.3 oranında saptanmıştır. PIK3CA mutasyonu (H1047R, E542K, H545K) ve tümör çapı arasında istatiksel anlamlı ilişki gözlenmiştir (p=0,01). Tümör çapı arttıkça PIK3CA mutasyon görülme oranı artmakta olup, kötü prognostik faktörlerle bu mutasyonun ilişkili olabileceği düşünülmüştür. Diğer çalışmalarda; meme kanserinde KRAS mutasyonu %7-12, HER2'den zengin grupta %17, üçlü negatif grupta %0-8 oranında tespit edilmiştir. Çalışmamızda KRAS mutasyonu (Q61H1, G12S, G12D, G12R, Q61R) toplamda %26, HER2'den zengin grupta %36.4, üçlü negatif grupta ise %16.7 bulunmuştur. Literatürde BRAF mutasyonu %2-4 saptanmışken çalışmamızda (V600E) toplamda %8.6'dır. Her üç genin de hedefe yönelik tedavileri halen araştırılmakta olup, mutasyon saptanan hastalarda bu ajanların rutinde kullanılması için geniş serili çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Akut apandisit etiyolojisinde vgll3 ve alt hedef genlerinin araştırılması
Akut apandisit (AA) çocuk yaş grubunda en sık karşılaşılan acil cerrahi patolojidir. AA etiyolojisinde diyet, bağırsak mikrobiyotası ve inflamasyondan sorumlu genetik faktörler etkilidir. Vestigal like family member 3 (VGLL3) ve alt hedef genlerinin, birçok otoimmün hastalığa neden olan enflamatuar süreçlerle belirgin bir transkriptomik örtüşmeye sahip olduğu belirlenmiştir. Çalışmamızda, AA etyolojisinde VGLL3 rs13074432 polimorfizimin ve alt hedef genlerinin etyolojideki rolünü araştırdık. Çalışmaya AA tanısıyla apendektomi yapılan 0-18 yaş aralığındaki 250 hasta ve kendisinde veya 1. derece yakınlarında apendektomi öyküsü olmayan sağlıklı 200 birey dahil edildi. Hasta grubundan hem kan hem apendiks doku örnekleri toplanırken kontrol grubundan sadece kan örnekleri alındı. Elde edilen doku örneklerinde VGLL3 ifade değişiminin protein düzeyinde tespiti için ELİSA metodu ve mRNA düzeyinde tespiti için Real-Time Quantitative Reverse Transcription polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) kullanıldı. VGLL3 alt hedef genleri mRNA düzeyinde qRT-PCR ile analiz edildi. Genotipleme analizleri kandan izole edilen DNA örneklerinde TaqMan SNP genotipleme testi kullanılarak yapıldı. Kontrole göre TT varyant genotip ve T allel sıklığının hasta grubunda istatistiksel olarak anlamlı düzeyde azaldığı belirlendi (genotipler için p=0.000, alleller için p=0.002). VGLL3 apendiks doku ifadesi ile hastanın klinik ve demografik verileri arasında anlamlı bir ilişki gözlenmedi (p>0.05). Sonuç olarak bu çalışmada, VGLL3 gen ve alt hedef genlerinin AA etiyolojisiyle bağlantılı olduğu ortaya konmuştur. VGLL3 gen ve alt gruplarının pozitif olduğu olgularda potansiyel apandisit gelişmesi ve subklinik vakalarda tedavi seçeneğinin değerlendirilmesi için daha fazla prospektif genetik çalışmalara ihtiyaç vardır.
RHO-kinaz (ROCK) inhibitörlerinin moleküler modelleme yöntemiyle incelenmesi
Rho-kinaz (ROCK), serin/treonin protein kinaz ailesinin bir üyesi olup yaklaşık 160 kDa ağırlığındadır. Bu enzimin ROCKI ve ROCKII olmak üzere iki izoformu bulunmakta olup, her iki enzimde tüm hücrelerde eksprese edilmektedir. ROCKI'in akciğer, karaciğer, dalak, böbrek ve testiste, ROCKII'nin ise beyin ve kas hücrelerinde daha fazla eksprese edildiği bilinmektedir. Rho ile etkileşerek aktive olan ROCK, düz kas kasılması, hücre büyümesi, adezyonu, migrasyonu, motilitesi, gen ekspresyonu ve apoptozu de içeren birçok farklı hücresel fonksiyonlarda etkili olmaktadır. Bu etkileri ile kanser hücrelerinin invazyon ve metastatik aktivitelerini düzenlemektedir. ROCK inhibitörleri ile bu hücresel fonksiyonların azaltıldığı ve kanser hücrelerinde metastazın baskılandığı gösterilmiştir. Bu çalışma ile ROCKI ve ROCKII enzimlerine karşı deneysel çalışmalar sonucunda terapötik potansiyel gösteren 156 adet inhibitör yapının moleküler doking çalışması ile atomik seviyede etkileşim mekanizmalarının belirlenmesini amaçlanmıştır. Bu analiz sonucunda, her iki enzime özgü etkileşim bölgeleri belirlenmiş olup, ROCKI için Val90, Lys105, Val137, Asp160, Asp202, ROCKII için ise Arg100, Ala119, Lys121, Ala213 ve Asp218 aminoasitlerinin daha yaygın etkileşimde bulunduğu gözlemlenmiştir. Bu bilgiler doğrultusunda, enzimlerin belirlenen etkileşim bölgesine yönelik daha etkin ve spesifik ROCK inhibitörlerinin geliştirilmesiyle ROCK'ın görev aldığı hastalıkların tedavi edilmesine imkan sağlanabilecektir.
Kimya eğitiminde atom ve molekül yapılarının öğretiminde üç boyutlu tasarım uygulamaları
Hızla gelişen ve değişen teknoloji hayatımızın hemen hemen her alanını etkilemektedir. Bu gelişmelerden ve değişimlerden oldukça fazla etkilenen alanların başında ise eğitim gelmektedir. Özellikle üç boyutlu (3D) tasarım ve baskı teknolojisi başta olmak üzere pek çok yeni uygulamanın eğitim alanında kullanımı her geçen gün artmaktadır. Bu durumdan hareketle, araştırmanın amacını kimya dersi kapsamında işlenen ''Atom ve Periyodik Sistem'' ile ''Kimyasal Türler Arası Etkileşimler'' ünitelerine yönelik 3D tasarım uygulamalarının kullanılacağı öğrenme ortamının tasarlanması ve uygulanması oluşturmaktadır. Araştırmada nicel ve nitel araştırma desenlerinin bir arada kullanıldığı karma araştırma deseni kullanılmıştır. Araştırma Kastamonu Anadolu İmam Hatip Lisesi 9.sınıfta öğrenim gören 63 öğrenci ile yürütülmüştür. Hazırlanan teknoloji öğretim programı çerçevesinde ve uzaktan eğitim yoluyla, deney grubu öğrencilerine yönelik hazırlanan bir eğitim programı uygulanmış, program sonunda araştırmacı ve öğrenciler tarafından konu ile ilgili birçok 3D tasarım uygulamaları gerçekleştirilmiş ve tasarlanan atom ve molekül modellerin çıktıları 3D yazıcı ile basılmıştır. Araştırma verileri Kimya Başarı Testi, Teknoloji Öğrenimine Karşı Motivasyon ve Öz Düzenleme Ölçeği ve odak grup görüşmeleri aracılığıyla toplanmıştır. Hazırlanan başarı testi ve ölçek öğrencilere, deney öncesi ve sonrası "ön test– son test" olarak uygulanmış ve başarı testi son test olarak uygulandıktan on hafta sonra kalıcılık testi olarak tekrar uygulanmıştır. Elde edilen nicel veriler SPSS istatistik paket programı kullanılarak analiz edilmiştir. Odak grup görüşmeleri ile öğrencilerin uygulamaya yönelik görüşleri alınmış ve elde edilen nitel veriler içerik analizi yöntemiyle analiz edilmiştir. Verilerin analizi sonucunda her iki grupta da 3D materyal destekli işlenen kimya derslerinin öğrencilerin başarısını arttırdığı, uzaktan eğitim sürecine yönelik öğrencilerin negatif bakış açıları olmasına rağmen deney grubu öğrencilerinin yapılan 3D tasarım uygulamaları sayesinde teknolojiye olan tutumlarının değişmediği görülmüştür. Ayrıca yapılan odak grup görüşmeleri sonucunda deney grubu öğrencileri uygulamadan memnun kaldıklarını, tasarım yapmayı öğrendiklerini ve birçok 3D materyal tasarladıklarını ifade etmişlerdir. Bu çalışma 3D tasarım uygulamalarının kullanıldığı teknoloji destekli bir öğrenme ortamının eğitime ne şekilde uyarlanabileceği konusunda uygulayıcılara örnek olması bakımından da önem taşımaktadır. Ayrıca, araştırma sonuçlarından hareketle bu tür teknoloji destekli eğitim-öğretim materyal ve etkinliklerinin kimya eğitimi ve eğitimin diğer alanlarına vereceği katkılar tartışılmış ve çeşitli öneriler sunulmuştur.
The investigation of chemical reactivity, stability and electronic properties of complex molecules
In this study, the optimized structure of (Cyclobutadiene (C4H4), Carbonyl chloride (Phosgene) (COCl2), Propylbenzene (C9H12), 2-chloro-5-(trifluoromethyl) aniline (C7F3NH5Cl) molecules were obtained in GAUSSIAN 09 program and the highest filled molecular orbital (HOMO) and lowest filled molecular orbital (LUMO) (boundary orbital) energy values were calculated with Hartree Fock Theory (HFT) and the Density Function Theory (DFT) using difference basis sets as (B3LYP/3-21G, 6-31+G (d, p), 6-31G, and 6-311G). Electronic properties as chemical potential (μ), dipole moment (D), electronegativity (χ), chemical hardness of molecules (η), chemical softness of molecules (S), and electrophilicity index (ω) were determined from these energies. As can be seen, experimental and theoretical results were in agreement.
Elazığ'da mezbahanelerden toplanan sığır ve koyun hidatik kist örneklerinin moleküler karekterizasyonu
Echinococcosis is a life threatening zoonotic infection, recognized as seventeen neglected tropical diseases in the world by WHO, caused by the immature worms of cestodes species of genus Echinococcus and is responsible for significant economic as well as medical losses each year. Different molecular techniques have been used to study the genetic variations of Echinococcus spp, investigations have been made using different nuclear as well as mitochondrial regions for genotyping of the Echioncoccus spp. The purpose of this study is the identification, molecular analysis and genotyping of the Echinococcus spp. in sheep and cattle samples collected from slaughterhouses of Elazig, Turkey by using 446 bp of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (mt-CO1) gene. 90 samples have been selected on the basis of cyst quality and PCR band quality and the samples were then sent for gene sequencing. 5 samples were not sequenced properly so alignment has been performed on 85 samples (19 sheep, 66 cattle) to identify the species of isolates. Out of 85 isolates, 84 were recognized as E. granulosus sensu stricto and one sheep isolate was found to be G6 genotype of E. canadensis which is reported for the first time in Turkey. However single nucleotide polymorphism has been observed in not only samples of different animals but also in samples collected from same cattle. Multiple organ infection has been observed in two of the cattle both in lungs and liver. As a result of haplotype analysis, 16 haplotypes of E. granulosus s.s. have been detected in 66 cattle isolates whereas 8 haplotypes were identified in 19 sheep samples.
Malatya yöresinde sığırlarda anaplasma türlerinin reverse line blotting (RLB) yöntemi ile araştırılması
Anaplasma türleri, hayvanların ve insanların sağlığını etkileyen zorunlu hücre içi riketsiyal patojenlerdir. Anaplasma soyu içinde çoğu hayvanlar için bazıları aynı zamanda insanlarda da patojen olan 6 bakteri tanımlanmıştır. Son zamanlarda, Japonya, Çin ve Tunus'ta A. phagocytophilum ile genetik olarak yakın benzerlik gösteren iki yeni tür tanımlanmıştır. Bu çalışmada sığırlarda Anaplasma türlerinin varlığı ve dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bunun için Malatya'nın Akçadağ, Arguvan ve Yazıhan ilçelerine bağlı 27 farklı işletmede klinik enfeksiyon göstermeyen 200 sağlıklı sığırdan 2019 yılında (Mart ve Ekim aylarında) EDTA'lı kan örnekleri toplanmıştır. Kanlardan ekstrakte edilen DNA'lar, reverse line blot (RLB) yöntemiyle Anaplasma/Ehrlichia türlerinin 16S rRNA geninin V1 değişken bölgesi yönünden taranmıştır. RLB ile %38.5 (77/200) oranında Anaplasma enfeksiyonları yönünden pozitiflik saptanmıştır. En yaygın türün A. marginale (%32.5) olduğu, bunu A. centrale (%5.5), Anaplasma/Ehrlichia catch-all (%5.5) ve Anaplasma sp. Omatjanne (%2.5)'nin izlediği belirlenmiştir. Test edilen hayvanların hiçbirinde A. phagocytophilum ve A. bovis saptanmamıştır. PZR pozitif 77 amplikondan 11'i sadece Anaplasma/Ehrlichia catch-all proba sinyal verirken, membrandaki tür spesifik probların hiçbirine sinyal vermemiştir. Bu amplikonların PZR-RFLP yöntemi ile A. phagocytophilum-like 1 ve A. phagocytophilum-like 2 oldukları belirlenmiştir. DNA dizileme ve filogenetik analizler RFLP verilerini doğrulamış ve Türkiye'de sığırlarda A. phagocytophilum ile yakından ilişkili potansiyel olarak yeni iki türün bulunduğunu göstermiştir. Türkiye'de A. phagocytophilum-like 1 ve A. phagocytophilum-like 2'nin bulunduğu ilk defa bu çalışmada ortaya konmuştur. Bu çalışma sonucunda elde edilen veriler Anaplasma cinsindeki genetik çeşitliliğin beklenenden çok daha fazla olduğunu ve A. phagocytophilum benzeri suşların sığır anaplasmosisinin ayırıcı tanısında dikkate alınması gerektiğini göstermiştir. Anahtar Kelimeler: Anaplasma phagocytophilum-like 1 ve 2; Molecular epidemiology; 16S rRNA PCR-RFLP; reverse line blot; sığır