Çukurova bölgesindeki keratokonus olgularında VSX1 ve LOX genlerinin dizileme yöntemi ile analizi

Amaç: Çukurova bölgesinde keratokonuslu olgularda Visual System Homeobox 1 (VSX1) ve Lizil Oksidaz (LOX) genlerini taramak ve hastalığın genetik temelini ortaya koymak Gereç ve Yöntem: Biyomikroskopik muayene ve topografik bulgulara dayanarak keratokonus tanısı konulan 30 hasta çalışma kapsamına alındı. Hastaların periferik kan örneklerinden DNA izolasyonu, otomatize sistem (QiaCube, Qiagen) aracılı olarak ilgili kitler kullanılarak yapıldı. DNA fragmantasyon ve barkodlama işleminin ardından ilgili gen bölgeleri multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılarak hedef bölgelerin zenginleştirilmesi sağlandı. Elde edilen PZR ürünleri saflaştırma işlemleri sonrası yeni nesil dizileme cihazında (Illumina MiSeq- San Diego, ABD) dizilendi. Saptanan varyantlar, biyoinformatik algoritması uygun olarak analiz edildi. Bulgular: Hastaların 14'ü (%46,7) erkek, 16'sı (%53,3) kadın olmakla, ortalama yaşları 28,63±10,93 (12-52) idi. Yeni nesil dizileme yöntemi ile 2 hastada 2 farklı varyant: VSX1 geninde ekzon 1'de p.G38D ve intron 4'de c.808+17G>A heterozigot mutasyonları bulundu. Bu iki yeni mutasyon bazı biyoinformatik analiz sonuçlarına göre patojen olsa da her iki genetik varyant VARSOME (The Human Genomic Variant Search Engine) veri tabanındaki tüm analizler göz önüne alındığında VUS (variants of uncertain significance) olarak sınıflandı. LOX geninde herhangi bir mutasyon saptanmadı. Sonuç: Çalışmamızda VSX1 geninde saptanan mutasyonlar literatürde ilk kez tanımlanmaktadır. Saptanan bu mutasyonların keratokonusun genetik temelinin anlaşılmasına yönelik gelecekteki çalışmalara yol gösterici olacağını düşünmekteyiz. Çalışmamız keratokonus patogenezinde LOX geninin rolünü araştıracak ileri çalışmalarda, daha geniş olgu sayılarına ihtiyaç duyulacağına dair öngörü sağlayabilir. Diğer yandan çalışmada 30 keratokonus hastasında sadece 2 hastada mutasyon saptanması, keratokonusun genetik heterojenliğini destekler niteliktedir. Anahtar Kelimeler: Keratokonus; Yeni nesil dizileme; VSX1; LOX