Dispeptik yakınmalı hastalarda helicobacter pylori varlığı, direnç ve virulans faktörlerinin moleküler yöntemler ile değerlendirilmesi

H. pylori'de klaritromisin direncinin tedavi başarısızlığının en önemli nedeni olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızda H. pylori'yi saptamak ve 23S rRNA geninin A2142G (A2146G), A2142C (A2146C), A2143G (A2147G), A2143C ve A2144G pozisyonlarındaki nokta mutasyonlarına bağlı oluşan klaritromisin direncinin floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi, real-time PCR yöntemi, geleneksel kültür ve antimikrobiyal duyarlılık testleri ile belirlenmesi, cagA gen varlığının ve vacA genotiplerinin araştırılması amaçlanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Gastroenteroloji Polikliniği'ne dispeptik yakınmaları ile başvuran endoskopi endikasyonu konulan 234 (65 E, 169 K; yaş ortalaması 43.8±14.0) hasta çalışmaya alındı. Antrum ve korpus biyopsi örneklerine uygulanan hızlı üreaz testi, histopatoloji ve kültürün en az ikisinin pozitif olduğu olgular H. pylori enfeksiyonu olumlu olarak değerlendirildi. H. pylori suşlarının cagA pozitifliği PCR ile ürün uzunluğu 370-570 bp olarak saptandı. H. pylori suşlarının vacA genotipleri PCR ile ürün uzunlukları m1 bölgesi için 290 bp, m2 bölgesi için 350 bp, s1 bölgesi için 176 bp, s2 bölgesi için 200 bp olarak saptandı. Dört yüz altmış sekiz antrum ve korpus formalin-fikse-parafine-gömülü biyopsi kesitlerine FISH (BACTfish, Hungary) (23SrRNA gen bölgesinde 2143 ve 2144 pozisyonunda) yöntemi uygulandı. Dört yüz altmış sekiz antrum ve korpus biyopsi örneğinin DNA'ları QIAamp DNA mini kit ile ekstrakte edildi ve Real-time PCR (23SrRNA gen bölgesinde A2142G,A2142C,A2143G üç nokta mutasyonu) yöntemi uygulandı. İzole edilen H. pylori suşlarında klaritromisin duyarlılığı E-test ile değerlendirildi. En az iki test pozitifliğinde, 164 (%70.1) hasta H. pylori enfeksiyonu olumlu saptandı. Yüz altmış dört hastanın 114 (%69.5)'ü kültür olumlu, 137 (%83.5)'si FISH olumlu, 157 (%95.7)'si real-time PCR olumlu saptandı. Kültür duyarlılığı (%69.5) ve özgüllüğü (%100) ile karşılaştırıldığında, H. pylori'nin saptanmasında FISH yönteminin duyarlılığı (%83.5) daha iyi, özgüllüğü ise (%91.4) daha düşük saptandı. Real-time PCR yönteminin ise duyarlılığı %95.7, özgüllüğü %70 saptandı. H. pylori olumlu hastalarda antrum ve korpus birlikte değerlendirildiğinde; FISH ile klaritromisin direnci %20.2, E-test ile %28.0, real-time PCR ile %34.4 olarak saptandı. E-test ile, FISH arasındaki uyum %89.5, real-time PCR arasındaki uyum ise %75.4 saptandı. H. pylori kültür olumlu 114 hastadan 53 (%46.5)'ü cagA olumlu saptandı. Klaritromisin direnci ile cagA pozitifliği arasında ilişki saptanmadı. Yirmi-dokuz (%25.4) hastada vacA m1s1 genotipi (21 CagA+); bir (%0.9) hastada m1s2 genotipi; 40 (%35.1) hastada m2s2 genotipi (4 CagA+), 35 (%30.7) hastada m2s1 genotipi (25 CagA+), 9 hastada ise miks suş saptandı ve vacA genotipleri ile klaritromisin duyarlılığı arasında bir ilişki saptanmadı. vacA m1s1 ve m2s1 genotipi CagA pozitifliği ile, vacA m2s2 genotipi ise CagA negatifliği ile ilişkili saptandı. Sonuç olarak, FISH yöntemi geleneksel kültür yöntemi ile karşılaştırıldığında H. pylori'nin saptanmasında duyarlılığı belirgin şekilde arttırmaktadır. FISH dispeptik yakınmalı hastaların tanı ve tedavisinin belirlenmesinde hızlı karar verilmesi gerekliliği açısından kullanışlı, güvenilir ve yüksek duyarlılığa sahip bir tekniktir.