DNA verilerinin sayısallaştırma tekniklerinin incelenmesi ve genomik çalışma alanlarına uygulanması

Genomik sinyal işleme uygulamaları için analog DNA dizilerinin sayısallaştırılması gerekmektedir. Bu sayısal haritalama teknikleri, genomik çalışmalarda amaçlanan hedefe ulaşmada sistemin performansını büyük ölçüde etkilemektedir. Tezin iki temel amacı bulunmaktadır. Bunlardan ilki, biyoenformatik alanında DNA dizilerinin sayısallaştırılmasında kullanılan ve son yıllarda popülerlik kazanan sayısal haritalama tekniklerinin detaylı incelenmesinin sağlanması, bu sayısal haritalama tekniklerinin protein kodlayan bölgeler ile ilgili uygulamalarda performansı nasıl etkilediğinin analiz edilmesidir. Bu amaçla son 10 yılda yapılan çalışmalarda literatürde sunulan 50 tane sayısal kodlama tekniği incelenmiş, bu tekniklerin sayısal temsilleri örnek bir DNA dizisinde verilmiş ve her bir kodlama tekniğinin avantaj ve dezavantajları çıkarılmıştır. Tezin ilk amacına yönelik gerçekleştirilen çalışma, gelecekteki genomik sinyal işleme uygulamaları için DNA sayısallaştırma tekniğinin seçiminde araştırmacılara rehberlik etmektedir. İkinci amaç ise baz sayısı az olan kısa ekzon bölgelerinin tespitinde ihtiyaç duyulan iyileştirmelerin gerçekleştirilmesi amacıyla yeni bir protein kodlayan bölgesi tespiti uygulaması geliştirmektir. Geliştirilen hibrit modelin, diğer kodlama teknikleriyle düşük başarılar elde edilen kısa ekzon bölgelerinin tespitinde, şimdiye kadar ulaşılan en yüksek başarıyı önemli ölçüde geride bıraktığı sonucu elde edilmiştir.