Molecular characterization of cattle and sheep hydatid cyst samples obtained from slaughter houses in Elazığ

Echinococcosis, Dünya Sağlık Örgütü tarafından dünyadaki on yedi ihmal edilmiş tropikal hastalıktan biri olarak kabul edilen, Echinococcus cinsinin cestod türlerinin neden olduğu ve her yıl önemli ekonomik ve tıbbi kayıplardan sorumlu, hayatı tehdit eden zoonotik bir enfeksiyondur. Echinococcus spp'nin genetik varyasyonlarını incelemek için farklı moleküler teknikler kullanılmış, Echinococcus spp'nin genotiplenmesi için farklı nükleer ve mitokondriyal bölgeler kullanılarak araştırmalar yapılmıştır. Bu çalışmanın amacı, Echinococcus spp'nin tanımlanması, moleküler analizi ve genotiplenmesidir. Elazığ'daki mezbahalardan toplanan koyun ve sığır örneklerinde 446 bp mitokondriyal sitokrom c oksidaz alt birim 1 (mt-CO1) geni çoğaltılmıştır. Neticede PZR band kalitesine göre 90 örnek seçildi ve daha sonra örnekler gen dizilimi için ticari firmaya gönderildi. Bu çalışmada 5 örneğin sekansı iki kez yapılmasına rağmen başarılı olunmadı, bu nedenle izolat türlerini tanımlamak için 85 numuneye (19 koyun, 66 sığır) sekanslama yapıldı. Sekans analizi sonucunda, 85 izolattan 84'ü E. granulosus sensu stricto olarak belirlenirken bir koyun izolatının, Türkiye'de ilk kez bildirilen E. canadensis'in G6 genotipi olduğu tespit edildi. Bununla birlikte, sadece farklı hayvan örneklerinde değil, aynı sığırlardan toplanan örneklerde de tek nükleotid polimorfizmi gözlemlendi. Sığırların ikisinde hem akciğerde hem de karaciğerde çoklu organ enfeksiyonu gözlendi. Haplotip analalizi neticesinde ise, 66 sığır izolatında E. granulosus s.s.'un16 haplotipi tespit edilmiş, 19 koyun örneğinde 8 haplotip belirlenmiştir.