Escherichia coli ve antibiyotik direncinin patojenezinde demet oluşturan pilus (BFP) faktörünün moleküler yöntemlerle incelenmesi

Bu çalışma, biberiye yapraklarının alkollü ekstraktının çeşitli patolojik durumlardan izole edilen Escherichia coli bakterisi üzerindeki sinerjistik etkisini ortaya koymayı amaçlamaktadır. Bu nedenle 20.02-11.05.2021 tarihleri arasında Al-Ramadi ve Felluce Eğitim Hastanelerinden çeşitli patolojik vakalardan 302 klinik örnek toplanmıştır. Bakteri izolatlarının fenotipik tanısı için MacConkey agar, kanlı agar ve eozin metil mavisi besiyerlerinde kültüre edilmiştir. Ardından izolatlar geleneksel yöntemlerle teşhis edilip mikroskobik ve biyokimyasal incelemeler yapılmıştır. Bu incelemeler sonucunda 107 izolatın E. coli bakterisine ait olduğu belirlenmiş ve bu sonuç Vitek 2 sistemi ile doğrulanmıştır. Bunlara ek olarak tüm E. coli izolatlarında 12 tip antibiyotiğe karşı antibiyotik duyarlılık testi yapılmıştır. Buna göre, izolatların çoğunun antibiyotiklere direnç ve duyarlılık gösterdiği ve en yüksek direncin sırasıyla, Tetrasiklin (%82,24), Seftazidim (%79,44) ve Aztreonam (%85,98), en yüksek duyarlılığın ise Imipenem (%85,05), Meropenem (%80,37) ve Sefepim (%80,03) olduğu tespit edilmiştir. Mikrotitrasyon kapları (MTP) yöntemi kullanılarak E. coli izolatlarının biyofilm oluşturma yeteneğinin tespiti yapılırken, 56 E. coli izolatının iki farklı biyofilm oluşumu seviyesiyle biyofilm oluşturduğunu göstermiştir. Biyofilm oluşturan bakteriyel izolatlar, biberiye yapraklarının alkollü özü ile muamele edildiğinde, biyofilm inhibisyon yüzdesi, tedavi edilmeyen izolatlara kıyasla biyofilm inhibisyon oranı üzerinde yüksek etkinlik belirlenmiştir. Ayrıca, DNA'nın ekstraksiyonu ile E. coli izolatlarında FLU geninin araştırılması için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tekniği kullanılmıştır. Elektroforez sonuçlarında, tüm E. coli izolatlarında FLU geni içerdiğini görülmüştür. E. coli bakterilerinin biberiye yaprağı ekstraktının sinerjik etkisine tepkisini incelemek için, seçilen FLU geninin gen ekspresyonu qRT-PCR ile tespit edilmiştir. Biberiye ve antibiyotik siprofloksasin ile tedavi edildiğinde gen ifadesinde bir artış görülürken, antibiyotik seftazidim için gen ifadesinde azalma görülmüştür.