Eşme ırkı koyunlarda seleksiyon izlerinin tespit edilmesi

Amaç: Doğal ve yapay seleksiyon süreçleri çiftlik hayvanları genomu üzerinde spesifik değişikliklere neden olarak seleksiyon izlerini oluşturmaktadır. Son yıllarda moleküler genetik teknik ve biyoenformatik alanındaki gelişmeler çiftlik hayvanlarında seleksiyon izlerini tanımlama imkanı sağlamıştır. Bu çalışmada Eşme populasyonunda seleksiyon altında olabilecek genomik bölge ve genlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Materyal ve Yöntem: Eşme ırkı 527 koyundan elde edilen 50 K SNP çip verileri entegre haplotip skoru (iHS) yaklaşımıyla analiz edilmiştir. Entegre haplotip skoru (iHS) analizinde atalara ait allelleri atamak için iki farklı yaklaşım kullanılmıştır. Eşme koyunu populasyonunda tespit edilen seleksiyon izleri ile ilişkili ve ilişkili olabilecek özellikler aday genlerin kapsamlı literatür taraması, genomik bölgelerin QTL örtüşmesi ve genlerin enrichment analizi olmak üzere 3 farklı yaklaşım ile açıklanmaya çalışılmıştır. Bulgular: Birinci yaklaşımda kromozom 1, 2, 9, 11, 12, 23 ve 25 olmak üzere toplam 7 kromozoma dağılmış 32 genomik bölge (99 SNP) ve 259 gen tanımlanırken, ikinci yaklaşımda 32 genomik bölge (98 SNP) ve 255 gen tanımlanmıştır. Literatür taramasında seleksiyon altında olduğu tanımlanan genlerdeki mutasyonların yaklaşık %62'sinin üreme, üretim, et ve karkas özellikleri ve yaklaşık %21,5'inin sağlık özellikleriyle ilişkili olabileceği tespit edilmiştir. Seleksiyon altındaki genomik bölgelerin en yüksek oranda (%37,14) et ve karkas özellikleri ile ilişkili QTL'ler ile örtüştüğü tanımlanmıştır. Enrichment analizinde, seleksiyon altındaki genlerin başta sağlık olmak üzere üretim, üreme, et ve karkas özellikleri ile ilgili olabilecek biyolojik süreç, moleküler fonksiyon, WikiPathway ve KEGG yollarında kümelendiği tespit edilmiştir. Sonuç: Bu bulgular yürütülen ıslah programlarının, populasyonda et ve karkas, üretim ve üreme özellikleri ile ilgili mutasyonların frekansını arttırdığına işaret etmektedir. Bununla birlikte ekolojik koşullara adaptasyon için önemli olan sağlık özellikleriyle ilişkili mutasyonların da seleksiyon altında olduğunu gösteren kanıtlar elde edilmiştir. Sonuç olarak populasyonda yürütülen ıslah programlarında hedef özellikler için genetik ilerlemenin sağlandığını gösteren kanıtlar elde edilmiş ve gelecekte oluşturulabilecek moleküler işaretleyici destekli ıslah programlarında kullanılabilecek aday genler tanımlanmıştır. Bununla birlikte populasyonun genetik yapısı ve üretim potansiyelinin daha iyi anlaşılması sağlanmış ve Eşme koyununun et üretim potansiyeli ve adaptasyon yeteneği yüksek bir ırk olduğunu gösteren bulgular elde edilmiştir.