Farklı primerler ve DNA izolasyon yöntemleri kullanarak polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle dışkı örneklerinde helicobacter pylori varlığının araştırılması ve sonuçların immünokromatografik yöntemle karşılaştırılması

H. pylori, kronik gastrite, gastroduodenal ülsere, gastrik adenokarsinoma ve lenfomaya neden olabilen karsinojenik bir bakteri olarak değerlendirilmektedir. Helicobacter pylori tanısında kesin olarak belirlenmiş altın standart bir test olmayışı nedeniyle günümüzde hala tanıda ve tedavi başarısının izlenmesinde endoskopi gerektiren testler referans olarak kullanılmaktadır.Bu çalışmada hastalardan Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Hasta Hizmetleri Laboratuvarı'na gönderilen ve antijen aranması esasına dayalı bir immunokromatografik yöntemle H. pylori açısından incelenen gaita örneklerinde, farklı primerler ve DNA izolasyon metotları kullanarak, konvansiyonel PCR ve real time PCR yöntemleriyle H. pylori varlığının araştırılması ve sonuçların karşılaştırılması amaçlandı.DNA izolasyonunda, fekal DNA izolasyon kiti (Epicentre) ve fenol kloroform ekstraksiyonu ve etanol presipitasyon yöntemi kullanıldı. Fekal DNA izolasyon kiti ile DNA izolasyonunda başarı sağlanamadı. Fenol-kloroform ekstraksiyonu ve etanol presipitasyonu yöntemiyle başarılı bir şekilde DNA izole edildi.vacA, ureA, ureC gen bölgelerine özgül primerler ile yapılan konvansiyonel PCR çalışmalarında, ureA geninin 411 bp uzunluğundaki fragmentini hedef alan HPU1-HPU2 primer çiftinin başarılı olduğu belirlendi.Çalışmaya dahil edilen 54 örnekten 43'ü HpSA testi ile, 42'si ureA PCR ile, 34'ü real time PCR ile H. pylori pozitif olarak belirlendi.Mide biyopsi örneğinin mikrobiyolojik inceleme sonuçlarını standart olarak kabul ettiğimizde duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla HpSA testinin %100 ve %46.15, ureA PCR'ın %92.86 ve %53.85, real time PCR'ın ise %92.86 ve %46.15 olarak hesaplanıştır.HpSA ile ureA PCR sonuçları arasındaki uyum %76, HpSA ile real time PCR sonuçları arasındaki uyum ise %80 olarak bulunmuştur.Çalışma sonucunda, H. pylori tanısında noninvaziv yöntem olarak gaita örneklerinde H. pylori DNA'sının gösterilmesinin antijen testi kadar tanı değerine sahip olduğu görülmüştür. Bununla birlikte avantajları nedeniyle HpSA testinin kullanılmasının daha mantıklı olduğu yargısına varılmıştır