Fidan gelişimi algoritması ile protein yapı tahmini

NP türü problemleri çözmek amacıyla, özellikle doğadaki sistemlerden esinlenme konusunda yapılan çalışmalara son yıllarda ilgi gittikçe artmıştır. Genetik algoritmalar, karınca koloni algoritmaları, yapay sinir ağları, parçacık sürü optimizasyonu ve yapay bağışıklık sistemleri gibi teknikler yoğun olarak optimizasyon amaçlı kullanılmaktadır.Bu tez çalışmasında, fidanların gelişiminden esinlenerek geliştirilen hesapsal bir yöntem olan Fidan Gelişimi Algoritması kullanılmıştır. Fidan Gelişimi Algoritması hem yerellik ve hem de küresellik özelliğine sahip yeni bir hesapsal yöntemdir.Aminoasitler arasındaki etkileşimler analitik olarak bilinmediğinden, protein yapı tahmini yapmak için yaklaşımsal yöntemler kullanmak uygundur.Bu tezde, proteinlerin peptit bağları arasındaki karbon atomları kullanılarak proteinlerin ikincil yapısının tahmini yapılmaya çalışılmıştır. Veriler Fidan Gelişimi Algoritması kullanılarak eğitime tabi tutulmuştur. Algoritmanın test işlemleri 1a9a, 1a89, 1bbe proteinleri için yapılmıştır ve proteinlerin açı sınıfları tespit edilerek proteinlerin yapıları tahmin edilmiştir.