FISH ve standart mikrobiyolojik yöntemlerle gıda ve sulardaki önemli bakterilerin belirlenmesi

Bu çalışma, gıda ve su örneklerindeki E.coli, Salmonella, S.aureus ve Legionella' nın `Floresans in situ Hibridizasyonu' ve FDA tarafından onaylı `Kültürel Mikrobiyolojik Yöntemler' ile sayımı ve belirlenmesinin araştırılması amacıyla yürütülmüştür. Gıda örnekleri Aydın İli' ndeki büyük bir alışveriş marketinden ve halk pazarlarından, su örnekleri ise Aydın İli' ne kullanım suyu sağlayan su depolarından toplanmıştır. 100 et ve 100 su örneği çalışılarak iki tekrarlı 1000 analiz yapılmıştır. FISH ve kültürel yöntemlerle belirlenen bakteri sayıları eşleştirilmiş t-testi ile karşılaştırılmış ve metotlar arasında önemli derecede fark (p<0,01) bulunmuştur. Araştırmamızda, 12 farklı hibridizasyon sıcaklığı, 6 farklı oligonükleotid prob için denenerek, hibridizasyon sıcaklıkları EUB338, NonEUB338 ve Sau için 43°C; ECO1167 için 47°C, Sal3 için 37°C ve Leg705 için 45°C olarak belirlenmiştir. 84 et örneğinin Türk Gıda Kodeksi limitlerinden fazla sayıda E.coli içerdiği bulunmuştur ve bu 84 örnekten 42 tanesinin halk pazarlarından alındığı gözlenmiştir. 100 et örneğindeki S.aureus sayılarının kodeks limitlerinin altında olduğu bulunmuştur. Diğer taraftan, 100 et örneğinin 18 tanesinin Salmonella pozitif olduğu ve 18 pozitif örnekten sadece 3 tanesinin marketten alındığı gözlenmiştir. Bunların yanında, kültürel metotla analiz edilen 12 Salmonella negatif örnekten FISH yöntemi ile Salmonella izole edilmiştir. 100 su örneği FISH ve kültürel yöntemlerle analiz edilmiş ve her iki yöntemle de E.coli ve Salmonella saptanmamıştır. Bu çalışma ile, E.coli, S.aureus, Salmonella ve Legionella sayımının tek bir gün içerisinde yapılabildiği bir FISH metodu geliştirilmiş ve ECO1167 probu ile FISH analizi 8 saate düşürülmüştür.