Gıda ve klinik örneklerinden izole edilen Escherıchıa colı suşlarının direnç genlerinin PCR ile karakterizasyonu

Bakterilerde savunma mekanizmalarından olan antimikrobiyal direnç gelişimi ile oluşan MDR insanoğlunu bu canlılarla mücadelede sürekli yeni antimikrobiyal ajan arayışına itmiştir. Kontamine olmuş gıda veya suların tüketilmesi ile insana açık sistem içinde ulaşan MDR'e sahip suşlardaki direncin tanımlanmasında hız ve hassasiyet oldukça önemlidir. Bu kapsamdaki çalışmada, gıda ve klinik kaynaklı E. coli izolatlarında ESBL gen varyantları (blaTEM, blaOXA, blaSHV ve blaCTX-M), integron genleri (int1, int2 ve int3) ve sülfonamid (sul1, sul2 ve sul3) direnç genlerinin PCR ile moleküler karakterizasyonu hedeflenmiştir. Fenotipik olarak tanımlaması yapılan E. coli izolatlarının filogenetik identifikasyonu (6 set primer), moleküler deteksiyonu (1 set primer), direnç ve integron gen karakterizasyonu (10 set primer) için toplamda 17 set primer kullanılmıştır. Gıda kaynaklı izolatların temini Adıyaman, Gaziantep, Kahramanmaraş ve Hatay illerinde tüketime sunulan 45 farklı kırmızı et örneğinden, klinik izolatların temini Şanlıurfa Mehmet Akif İnan Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nden İYE şikayetli hasta idrar örneklerinden gerçekleştirilmiştir. Moleküler tanımlama ile E. coli olduğu tespit edilen 63 gıda ve 33 klinik izolatta 3 multipleks PCR uygulaması ile 3 gen grubunun taraması yapılmıştır. Gıda örneklerinde taranan 3 gen grubu açısından en yüksek oranlar; %44,44 ile blaSHV geninde, %69,84 ile sul1 geninde ve %73,02 ile int2 geninde tespit edilirken, klinik örneklerde ise %15,15 oranıyla blaCTX-M geni, %81,82 ile sul2 geni ve %54,55 ile int1 geni şeklinde sıralanmaktadır. Taranan 3 gen grubu açısından gıda örneklerinden 31izolatta ve klinik örneklerden 2 izolatta her gen grubundan en az bir gene sahip olmak üzere 3 ve üzerinde genin varlığı tespit edilmiştir.