Escherichia coli
144 theses under this subject heading
Farklı kaynaklardan izole edilen CTX-M-15 üreten escherichia coli izolatlarının plazmid replikon tipleri varlığı yönünden incelenmesi
Genişlemiş spektrumlu β-laktamaz (GSBL) üreten Escherichia coli'ler son yıllarda klinik örneklerden artan oranda izole edilmektedir. Hayvansal kaynaklı gıdaların ve su kaynaklarının GSBL üreten E. coli ile kontamine olmasından dolayı bu kaynakların insan enfeksiyonları için bir rezervuar olabileceği bildirilmiştir. Bu tez çalışmasında, 41 adet CTX-M-15 pozitif ve epidemiyolojik yönden ilişkisiz E. coli izolatının barındırdıkları plazmid replikon tiplerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırılmıştır. Buna ilaveten, tüm izolatların fenotipik fosfomisin direnç varlığı ve fosfomisin direncinden sorumlu plazmid aracılı fosA3 geninin varlığı araştırılmıştır. İzolatlar Türkiye'de daha önceki yıllarda yapılan çalışmalarda farklı kaynaklardan [tavuk eti ve çiğ süt, sürk peyniri, atık su (arıtma ve Asi Irmağı)] izole ve karakterize edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen insan klinik (n=8) izolatları ise; blaCTX-M-15 varlığı, klonal ilişkileri ve antimikrobiyal direnç profilleri yönünden bu çalışmada karakterize edilmişlerdir. Çalışmanın sonucunda, hiçbir izolatta fenotipik fosfomisin direncine ve fosA3 geninin varlığına rastlanılmamıştır. İncelenen 30 adet replikon tipi içerisinde toplamda 12 replikon tipinin (FIA, FIB, FIBKN, FII, X1, A/C, U, N, HI2, I2, I1α ve I1γ) varlığına rastlanılmıştır. Bulunan replikon tipleri arasında FIA, FIB, FIB KN ve FII'nın varlığı kaynaklar arasında istatistiksel olarak anlamlı oranda farklılık göstermiştir. FII replikon tipi toplamda 22 izolatta rastlanılmış olup, su ve tavuk eti izolatlarında diğer izolatlara göre istatistiksel olarak anlamlı oranda (P˂0,05) daha yaygın olduğu tespit edilmiştir. FIB replikon tipine tavuk eti, su ve klinik örneklerden soyutlanan izolatların %36.6'sında rastlanılmış olup çiğ süt ve peynir örneklerinden elde edilen izolatlarda rastlanılmamıştır. Benzer olarak, FIA replikon tipine su ve klinik örneklere ait izolatların %29.2'sinde rastlanılmış olup, diğer izolatlarda varlığına rastlanılmamıştır. Ancak, bu sonuçlardan farklı olarak, FIB KN replikon tipine sadece çiğ süt (n=6) ve Sürk peynirine ait izolatlarda (n=4) rastlanılmıştır (P=0,001). Sonuç olarak, incelenen izolatların çoğunda birden fazla replikon tipinin var olduğu ve kaynaklar arasında replikon tiplerinin istatistiksel olarak farklı olduğu ortaya koyulmuştur.
Nifuroksazit analogları içeren yeni benzimidazol türevlerinin sentezleri ve antimikrobiyal aktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmada yeni Nifuroksazit analogları içeren yeni benzimidazol türevlerinin sentezlenmesi, spektroskopik analizler ile yapılarının doğrulanması, antimikrobiyal ve sitotoksik etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Günümüzde mikrobik enfeksiyonların tedavisinde kullanılan birçok ilaç bulunmasına rağmen, mikroorganizmaların antimikrobiyal etkili ilaçlara kısa sürede rezistans kazanması, istenmeyen yan etkiler, toksik etkiler ve enfeksiyonlara karşı ideal özelliklere sahip kemoterapötik bileşiklerin henüz geliştirilememiş olması nedeniyle bu alandaki çalışmalar halen devam etmektedir. Bu çalışmada tasarlanan benzimidazol bileşikleri mikrodalga destekli reaksiyonlar sonucu sentez edilecektir. Sentezlenen türevlerin yapıları IR, 1H-NMR, 13C-NMR, Kütle spektroskopik verileri ve Elemental analiz sonuçları ile aydınlatılmıştır. Sentezlenen bileşiklerin antimikrobiyal ve sitotoksik etkileri in-vitro aktivite testleri ile belirlenmiştir. Yapısında 6-florobenzimidazol, hidrazon ve 2-metilfenil grupları taşıyan C44 kodlu bileşik MIC90 ≤1.95 µg/mL değeri ile Escherichia coli O157:H7 ve Escherichia coli'ye karşı en yüksek aktiviteyi göstermiştir. Aynı bileşiğin sitotoksisite testi sonucunda IC50 değerinin MIC90 değerinden 107.81 kat daha yüksek olduğu tespit edilmiştir
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten nozokomiyal Escherichia coli izolatlarında beta-laktamaz genleri ve klonal ilişkinin araştırılması
Amaç: Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten mikroorganizmalar dünyada önemli bir problemdir ve özellikle CTX-M beta laktamazı üreten Escherichia coli tüm dünyada yayılmakta, hem nozokomiyal hem de toplumsal kaynaklı infeksiyonlara neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı GSBL üreten hastane kökenli Escherichia coli izolatlarında beta laktamaz gen prevalansı, antibiyotik duyarlılıkları ve klonal ilişkilerini araştırmaktır.Gereç ve yöntem: İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezinde Haziran 2010-Haziran 2011 tarihleri arasında yatan hastalardan izole edilen toplam 76 GSBL üreten E. coli suşu çalışmaya alındı. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Klinik Laboratuvar ve Standartlar Enstitüsü'ne (CLSI) göre Kirby Bauer disk difüzyon yöntemiyle saptandı. GSBL varlığı Çift Disk Sinerji Testi ile saptandı, şüpheli olgularda sefotaksim/sefotaksim klavulanik asit E test şeriti (AB-Biodisk) kullanıldı. TEM, SHV, CTX-M, PER, VEB, GES, OXA-2 grup ve OXA-10 grup beta laktamaz genlerinin varlığı bu bölgelere özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyon (PZR) yöntemi ile araştırıldı. Suşlar arasındaki klonal ilişkilerin tespiti için PFGE (pulsed field gel electrophoresis) yöntemi kullanıldı.Bulgular: GSBL üreten E. coli izolatları en sık yoğun bakım (%35), dahiliye (%16) ve genel cerrahi (%13) bölümlerinden izole edildi. GSBL üreten E. coli'lerin en sık izole edildiği örnekler idrar (%34), kan (%33) ve yara (%21) olmuştur. Suşların tamamı imipenem, meropenem ve amikasine duyarlı bulundu. İzolatların hiçbiri sefotaksim ve seftriaksona duyarlı bulunmadı. GSBL pozitif E. coli izolatlarının ertapeneme duyarlılığı %83, piperasilin/tazobaktama %61, sefaperazon/sulbaktama %63, seftazidime %18, sefepime %25, aztreonama %20 olarak saptandı. E. coli suşlarında CTX-M, TEM, OXA-2 grup, PER, SHV, OXA-10 grup beta laktamaz oranları, sırasıyla %89.5, %59.2, %15.8, % 14.5, %11.8 ve %3.9 olarak saptandı. İzolatların hiçbirinde GES ve VEB beta laktamaz geni saptanmadı. Bir izolatda araştırılan beta laktamaz genlerinden hiçbiri saptanmadı. PZR analizi sonucu 25 izolatta TEM ve CTX-M beta laktamazı birlikte, 20 izolatta yalnız CTX-M beta laktamaz geni ve 2 izolatta yalnız TEM beta laktamaz geni bulunduğu saptandı. SHV beta laktamazı hiçbir izolatda tek başına saptanmadı. PFGE yöntemi ile GSBL üreten izolatlar arası belirgin klonal ilişki saptanmadı.Sonuçlar: Bu çalışma ile hastanemizde nozokomiyal GSBL üreten E. coli suşları arasında CTX-M tipi enzimin yüksek sıklıkta olduğu gösterildi. GSBL üreten bakterilerin poliklonal olarak yayıldığı saptandı ve baskın epidemik suş tanımlanamadı. Direnç genlerinin mobil genetik elemanları ile aktarılmış olabileceği düşünülerek epidemik klonlar ile plazmidler arasındaki ilişkiyi açıklayacak plazmid analizi ve Multilokus sekans tipleme (MLST) gibi daha ileri çalışmalara gereksinim olduğu sonucuna varıldı.Anahtar Kelimeler: E. coli, beta laktamaz genleri, CTX-M, PFGE
Bakteri inaktivasyonunda güneş enerjisi aktivasyonu ile elde edilen sülfat radikallerinin verimliliği
Bu çalışmada, solar ışık ve solar ışık ile aktifleştirilmiş persülfatlarla üretilen sülfat (ve hidroksil) radikallerinin E. coli ve P. aeruginosa bakterilerinin inaktivasyonu üzerindeki etkisi incelenmiştir. Sülfat radikali üretmek amacıyla persülfat kaynağı olarak üç farklı konsantrasyondaki (0,05-0,1-0,2 mM) K2S2O8, Na2S2O8 ve Oxone kullanılmıştır. Giderim proseslerinin inaktivasyon katsayıları (k1 ve k2), GInaFiT (Geeraerd ve Van Impe Inactivation Fitting Tool) modelleme aracı kullanılarak elde edilmiştir. Uygulanan inaktivasyon işlemlerinin ardından her iki bakteride de yeniden çoğalma potansiyelleri belirlenmiş ve proseslerin maliyet hesabı yapılmıştır. Solar ışık kullanılarak gerçekleştirilen inaktivasyon prosesine persülfatların eklenmesi ile birlikte E. coli ve P. aeruginosa gideriminde artış olmuştur. Solar+K2S2O8, Solar+Na2S2O8 ve Solar+Oxone proseslerinde oksidan konsantrasyonunun artması bakteri giderimini arttırmış ve her konsantrasyonda en yüksek inaktivasyon Oxone ile elde edilmiştir. Genel olarak tüm inaktivasyon proseslerinde P. aeruginosa, E. coli' den daha dirençli olduğundan daha uzun inaktivasyon süreleri gerektirmiştir. GInaFiT modelleme aracı kullanılarak farklı inaktivasyon modelleri test edilmiş ve her iki bakterinin de Bifazik modele uyum sağladığı görülmüştür. Bifazik modele göre elde edilen inaktivasyon katsayılarında k1 değerleri k2 değerlerinden yüksek bulunmuş ve konsantrasyonun artması ile birlikte katsayılarda artış görülmüştür. Yeniden çoğalma deneylerinde solar ışık ile gerçekleştirilen inaktivasyonun aksine persülfat tuzlarının eklenmesiyle daha büyük bir hücre hasarının oluştuğu görülmüştür. Oxone ile yapılan prosesler daha fazla kimyasal maliyete neden olmakla ile birlikte inaktivasyon süresini daha da kısaltmıştır ve bu sebeple daha az enerji maliyetine neden olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak, solar ışık aktivasyonu ile üretilen sülfat radikallerinin bakteri inaktivasyonunda etkili olduğu tespit edilmiştir.
Format dehidrogenaz enziminin candida boidinii'den moleküler olarak klonlanması, ekspresyonu ve karakterizasyonu
Modern biyoteknoloji endüstrisinde enzim üretimi önemli bir yer tutmaktadır. Klasik yöntemlerle bitkisel ve hayvansal kaynaklardan enzim eldesinin ekonomik olmaması, kalite ve miktar standardizasyonunun yakalanmasının zor olması gibi faktörler mikrobiyal kaynaklara olan eğilimi artırmıştır. Rekombinant DNA teknolojisinin gelişmesi ve mikroorganizmalarda kolaylıkla manipüle edilmesi ile birlikte rekombinant enzimlerin endüstriyel pazarının büyüyerek 2016 yılında 4.61 milyar dolara çıktığı açıklanmıştır ve 2017-2022 öngörü raporlarına göre %5.8'lik yıllık bileşik büyüme oranı ile 6.3 milyar dolara ulaşması beklenmektedir. NAD+-bağımlı format dehidrogenaz (FDH, EC 1.2.1.2), format iyonlarını CO2'ye yükseltgeyerek NAD+ molekülünü NADH'a indirgeyen bir enzimdir. Enzimatik indirgemenin önemli olduğu reaksiyonlarda NAD(H) ve NADP(H) gibi pahalı kofaktörlere ihtiyaç vardır. Ekonomik alternatifler sunmak amacıyla kofaktörlerin geri dönüştürüldüğü metotlar dizayn edilmiştir. Bu metotlarda; kofaktör geri dönüşümünde hiçbir yan ürün biriktirmeyen, ana reaksiyonun substratına karşı inert olan böylelikle istenmeyen izomerler oluşturmayan, termodinamik denge olarak uygun olan, geniş pH aralığında çalışabilen, ucuz substratlara gereksinim duyan FDH enzimi sahip olduğu bu avantajlı özellikleri ile en çok tercih edilen enzimlerden biridir. Özellikle farmasötikler için önemli olan optikçe aktif bileşiklerin üretiminde ve rutin biyokimya laboratuvarlarında tanılama testlerinde kullanımından dolayı FDH enziminin sentetik üretimi son yıllarda önem kazanmıştır. Yapılan çalışmalar, çeşitli metilotrof maya ve bakterilerden FDH enziminin rekombinant olarak üretilebildiğini göstermiştir. Bu çalışmada, Candida boidinii (C. boidinii) mayası ATCC 18810 suşunda FDH enzimini kodlayan gen bölgesinin rekombinant tekniklerle Escherichia coli (E. coli) bakterilerine klonlanması, gen ürünü olan proteinin eksprese edilmesi ve karakterizasyonunun gerçekleştirilmesi hedeflenmiştir. Bu amaç doğrultusunda ilk olarak C. boidinii mayasının genomik DNA'sı izole edilmiş, tasarlanan primerler ile polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) gerçekleştirilerek hedef FDH gen bölgesi çoğaltılmış ve beklenen 1104 bp'lik bant görülmüştür. Çoğaltılan gen TA klonlama metodu ile pTZR57R/T vektörüne klonlanmış, elde edilen rekombinant vektör pTZR57R/T+FDH ile E. coli One Shot® Mach1™-T1R hücreleri transforme edilmiştir. Transformasyon gerçekleştikten sonra rekombinant vektör NdeI ve BamHI restriksiyon enzimleri ile kesilmiş ve hedef gen bölgesi ekspresyon vektörü olarak kullanılan pET-14b vektörü ile birleştirilerek E. coli One Shot® Mach1™-T1R hücrelerine aktarılmıştır. Transformasyonun başarısı koloni PCR, restriksiyon enzim kesimi ve dizi analizleri ile onaylanmıştır. Sonrasında elde edilen rekombinant pET-14b/FDH vektörü ile ekspresyon hücresi olarak kullanılan E. coli One Shot® BL21 (DE3) hücrelerinin transformasyonu gerçekleştirilmiştir. FDH enziminin üretimi için gen ekspresyonu IPTG ile indüklenmiş, Ni-NTA afinite kolon kromatografisi ile hücredeki diğer proteinlerden ayrıştırılarak saf bir şekilde eldesi sağlanmıştır. Hedef proteinin varlığını görmek için SDS-PAGE ve Western blot analizleri yapılmış ve beklenen 41 kDa'luk bant görülmüştür. Son olarak FDH enziminin ideal koşullardaki aktivitesini bulmak için testler yapılmış, enzimatik reaksiyon ürününün 340 nm'deki absorbans değerlerine bakılarak değerlendirme yapılmıştır. Karakterizasyon çalışmalarının sonucunda; pH 8.0 Tris tampon çözeltisinde, 40 mM format substrat konsantrasyonunda, 60°C'a kadar olan sıcaklıklarda enzimin aktif olarak çalıştığı belirlenmiştir. Farmasötik endüstrisinde ve rutin biyokimya laboratuvarlarında sıklıkla kullanılan bu enzim ülkemizde yurtdışı kaynaklardan temin edilmekte ve pahalıya mâl olmaktadır. Bu çalışma, NAD+-bağımlı FDH enziminin yerli olarak üretilmesi ve endüstriyel sahada büyük ölçekte üretime geçilmesi için veri sağlaması açısından önemlidir.
Bakteriofaj T4 lizozim geninin (Gen e) plazmid vektörler ile klonlanması
ÖZET Bakteriofaj T4 Lizozim Geninin (Gen e) Plazmid Vektörler ile Klonlanması Lizozim (EC 3.2.1.17), prokaryotik hücre duvarlarının peptidoglikan heteropolimerlerinde bulunan N-asetil glukozamin (NAG) ve N-asetil muramik asit (NAM) arasındaki p-1,4 glikosidik bağlarının hidrolize olmasını katalizleyen bir enzimdir. Bu çalışmada, bakteriofaj T4 lizozim geninin (gen e) pUC18 ve pRS416 vektörlerini kullanarak Escherichia colFde klonlanması amaçlanmıştır. Gen e'nin T4 genomundan PCR ile amplifikasyonu için Bam HI tanıma dizisine sahip primerler dizayn edildi. Vektörlerin ve PCR ürününün Bam HI endonükleaz ile kesiminden sonra ligasyon reaksiyonu ile iki rekombinant plazmid oluşturuldu ve pUC18L ve pRS416L olarak isimlendirildi. Bu plazmidleri taşıyan rekombinant E. coli hücrelerinin gen e'yi eksprese ettiği ve lizozim E olarak adlandırılan aktif T4 lizozimini besi ortamına salgıladığı tespit edildi. Aynı zamanda lizozim E'yi üreten E. coli klonlarının L ve LB besi ortamlarında lize olmaksızın ürediği gözlendi. Fakat, kültüre alınan rekombinant bakteri hücrelerinin, non-iyonik su veya 10 mM'lık Tris pH 8.0 gibi osmatik dengeleyicilerin olmadığı hipotonik bir ortama alındıklarında ozmatik basınca dayanamayarak kolayca patladığı görüldü. Rekombinant E. co/fnin hücre duvarının, üretilen lizozim E'nin etkisi ile zayıflatılmış olabileceği fakat besi ortamındaki tuz konsantrasyonuyla oluşturulan ozmatik basıncın ise duvarı zarar görmüş hücreleri lize olmaktan korumuş olabileceği düşünülmektedir. Bu sonuçlar, gen e'yi taşıyan her hangi bir E. coli plazmid vektörü ile EDTA, lizozim ve SDS gibi hücre duvarı ve hücre zarını parçalayıcı ajanlar kullanmaksızın plazmid veya kromozomal DNA izolasyonunun kolaylaştırabileceğini göstermektedir. pRS416L bu amaca yönelik olarak geliştirilmiş bir prototip mekik vektördür. Anahtar Sözcükler: E. coli, T4 Lizozim geni, Klonlama, PCR, Plazmid vektörler IX
Çöp depolama sahalarının drenaj sularından izole edilen enterobacteriaceae üyelerinde antibiyotik dirençlilik profili ve transfer edilebilirliği
Bu çalışmada Çöp Depolama Sahalarının Drenaj Sulan izolatlarındaki toplam aerop bakteri, toplam koliform, fekal koliform sayısı, tür tayini, çeşitli enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde kullanılan antibiyotiklere dirençlilik frekansı, Ethidium Bromid ile plasmid eliminasyonu, plasmid-kodlu dirençlilik taşıdığı belirlenen suşlarla, hassas suşlar arasında konjugasyon ve konjugasyon frekansını belirlenmesi araştırılmıştır. Deneme istasyon örneklerinin tamamında fekal koliformlara rastlanmıştır. Ancak farklı zaman periyotlarında fekal kontaminasyon düzeyi farklılık göstermiştir. Örneğin 2. zaman diliminde tüm istasyonlardan alınan örneklerde fekal kontaminasyona rastlanırken, 5. zaman diliminde ise bu oran azalmıştır. Fekal koliform düzeyi 1. istasyondan 5. istasyona doğru gittikçe artmakta yine aynı zamanda sıcaklığın arttığı dönemlerde (6. ve 7. Dönemlerde) fekal koliform düzeyinde artış saptanmışlar. İzolatlar biyokimyasal testlere tabii tutulmuş ve toplam 138 izolattan 81 tanesi Kcoli olarak tiplendirilmiştir. İzolatlar antibiyogram testine tabii tutularak antibiyotik dirençliliği aranmıştır. Test edilen bütün izolatların IMP ve MER antibiyotiklerine karşı hassas olduğu saptanmış ve AMP antibiyotiğine ise dirençli olduğu saptanmıştır. Diğer antibiyotikler ise; %2.8'nin CRP, %2.,8'nin CAZ, %4.3'nün GEN'e, %0.72 CRO'ya, %22.4 FOX'a, %0.72 CTX'e, %31.8 CZ'ye dirençli olduğu saptanmıştır. 138 örneğe nitrosefin testi yapılarak (3-laktamaz üretip üretmedikleri araştırılmıştır.. Bunlardan 81 tanesinde (%59) bu enzimin varlığına rastlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Kcoli, Dirençlilik, Antibiyotik
Investigation of ndm enzymes in Escherichia Coli in women and infant children with urinary tract infection in Diyala / Iraq
This study was aimed to phenotypic and genotypic detection of NDM genes in multidrug resistance Escherichia coli isolated from women and infant children with urinary tract infection. VITEK-2 uesd for the antibiotics sensitivity. PCR were used for molecular detection of bla NDM1, bla NDM2, bla TEM, bla VIM, bla IMP genes. On the other hand Phenotypic detection were used to identify some virulence factors like, metallo, β-Lactmase and biofilm formation. A 200 clinical samples were collected from hospitals in diala-iraq, the ages were 2.5 to 59 years. MacConkey agar,blood agar and EMB agar cultures were used for holding the samples to the bacteria MDR test, molecular tests. As a results Only 49 urine samples were positive for E. coli, (27.08%) infants and (72.92%) females. The isolates showed high levels of resistance to ceftazidime (100%) and ampicillin (100 %), followed by cefepime (97.96%), cefotaxime (97.96%), and Amoxicillin-clavulanic acid (95.91%), while the lowest level was for imipenem (20.90%). Meanwhile the resistance genes in isolates was bla-TEM gene with highest frequency at (83.33%), bla-SHV (39.58%), bla-VIM (25%), NDM-1 (37.50%), On the other hand, none of the isolates tested positive for the bla-TMP gene. All of the E. coli isolates have the capacity to build biofilm, around (91.67%) of the total isolates. For phonotypically perspective out of 49 E. coli isolates (31.25%) were positive for MBL, in contrast (68.75) were negative for MBL, out of 16 MBL positive isolates only 5 isolates were harbor bla-NDM-1 gene, out of 15 of MBL positive isolates only 11 isolates were harbor bla-TEM gene, while out of 16 MBL positive isolates only 6 isolates were harbor bla-SHV gene, out of 16 MBL positive isolates only 6 isolates were harbor bla-VIM gene.
Iraklı hastalarda üropatojenik Escherıchıa Coli'de sideroforları kodlayan genlerin araştırılması
Bu çalışma, Iraklı idrar yolu enfeksiyonu (İYE) olan hastalardan izole edilen üropatojenik Escherichia coli (UPEC) izolatlarında demir iyonlarının siderofor genlerinin (iucA, iroN ve irp2) ekspresyonu üzerine etkisini araştırmayı amaçlamaktadır. Farklı yaş gruplarından idrar yolu enfeksiyonu (İYE) şüphesi olan hastalardan idrar örnekleri (230) alınmıştır. Bu örneklerin farklı kültür ortamlarında kültürlenmesinden sonra, örneklerin 109'u (%68,81) E. coli ile enfekte olurken, örneklerin 51'i (%22,17) negatif üreme göstermiştir. Cinsiyete göre bakıldığında kadınlar erkeklere göre İYE'den daha fazla etkilenmektedir (p≤0,05) ve enfeksiyon yüzdesi sırasıyla %68,81 ve %31,19 olmuştur. Daha sonra UPEC izolatlarının antibiyotiklere direnci araştırılmış ve bunun sonucunda izolatların ampisilin ve amoksisilin/klavulanik aside yüksek dirençli (%98) olduğu görülmüştür. İYE'lerin kalıcılığı ve tekrarlanmasındaki en önemli faktör, UPEC'nin bir biyofilm oluşturma yeteneğidir ve bu çalışmadaki UPEC izolatlarının %77,5'i biyofilm üreticisi olarak tespit edilmiştir. Biyofilm üreten UPEC izolatlarında ürovirülans belirteci olarak siderofor üretimi, siderofor üretimini kodlayan genlerin, yersiniabaktin geninin (ırp2), salmokelin geninin (iroN) ve aerobaktin geninin (lucA) PCR kullanılarak yükseltilmesiyle tespit edilmiştir. Sonuçlar bakterilerde biyofilm oluşumu ile siderofor üretimi arasında pozitif korelasyon olduğunu göstermiştir. Ayrıca, UPEC izolatlarında 1 mM demir iyonlarının (Fe2 +, Fe3 +) siderofor genlerinin (irp2, iroN ve iucA) ekspresyon seviyesi üzerindeki etkisi gerçek zamanlı PCR kullanılarak araştırılmıştır. Sonuçlar, demir iyonunun siderofor üretimini kodlayan genlerin ekspresyonunu indüklediğini, özellikle iucA geninin ekspresyonunda önemli bir (p≤0,05) upregülasyon fark edildiğini göstermiştir. Buna karşılık, 1 mM demir iyonu önemli ölçüde (p≤0,05) down-regülayson edilmiş siderofor genleridir.
Farklı klinik örneklerden izole edilen virülans ve antibiyogram profili ile E. Coli'nin filogenetik gruplaşmasının uygunluğu
Escherichia coli, filogrup tipi veya biyofilm varlığı ve dolayısıyla patojenite adası gibi patogenez sürecine müdahale eden birçok faktörün bulunduğu, insan dahil olmak üzere hayvanlarda ciddi patojenezlere neden olan gram negatif bir bakteridir. Bakteri, idrar, dışkı ve hastane gibi farklı kaynaklardan alınan örneklerden izole edilmiştir. İzolasyon işlemi, izolatların laboratuarda seçici ve diferansiyel besiyerlerine yerleştirlmeleri ve aşılamada kullandığımız API20 gibi sıradan yöntemlerle yapılmıştır. Moleküler yöntemlerde ise (chuA, yjaA ve tsE4) genlerini bulmak için PCR kullanılmıştır. Bu çalışmada B2 (%70) en yüksek filogenetik gruplandırmayı gösterirken D en düşük (%0) gruplandırma oranına sahip olmuştur. Biyofilmde ise üç kategori ortaya çıkmıştır. Bunlar %50'den fazla olan güçlü, %43,3 orta ve %3,4 zayıf olarak belirlenmiştir. E. coli'nin Antibiyogramı incelendiğinde, antibiyotiklere karşı fazla direnç gösterdiği ortaya çıkmıştır. Belirlenen direnç oranları bakterilerin elde edildiği kaynaklara göre farklı değerler almıştır. Bunlar; İdrar izolatlarında %40 iken, dışkı ve hastane izolatlarında sadece %5,7 oranında tespit edilmiştir.
Kadınlarda üriner sistem enfeksiyonlarından üropatojenleri oluşturan biyofilmin izolasyonu, tanımlanması ve moleküler karakterizasyonu
Çalışma, kadınlarda en yaygın biyofilm oluşturan üropatojenleri izole etmek ve tanımlamak için yapılmıştır. Bu çalışma ırak – kerkük ilinde kadın doğum ve çocuk hastanesinde Ekim 2020 ve Mart 2021 tarihleri arasında farklı yaş gruplardaki ve farklı bölgelerdeki kadınlardan alınan 124 idrar örenği alınarak gerçekleştirilmiştir. İzole edilen bakterilerde biyofilm oluşumu araştırılmıştır. En çok biyofilm üropatojen pervalansı olarak Escherichia coli ve Klebsiella pneumonia de gözlemlendi. Biyofilm oluşturan üropatojen izolatların antibiyotiklere karşı dirençlerini tanımlamak için antibiyotik duyarlılık testi yapılmıştır. İzole edilmiş E. coli ve K. pneumonia suşu, yüksek bir biyofilm aktivitesi gösterdiğinden, ilk önce üropatojenlerin karakterizasyonunu doğrulamak ve daha sonra biyofilm oluşumundan sorumlu genleri saptamak için moleküler analize tabi tutulmuşlardır. İki izole suş, 16SrRNA gen dizisinin (1500 bp) ürün boyutunda iki amplikon göstermiştir. Buna göre, iki suş, NCBI'de E. coli izolatı için MZ647704 ve K. pneumoniae izolatı için MZ647716 erişim numarası altında tescil edilmiştir. Ayrıca iki genin (fimH ve mrkD) analiz edilmesi önerilmiş ve genlerin DNA amplifikasyonu yoluyla gen saptama işlemi gerçekleştirilmiştir. Biyofilm Tedavilerinde Bakteriyofajlarla ilgili yeni çalışmalar ve ileri teknikler yapılmalıdır.
Escherichia coli'den özütlenen lipopolisakkaritlerin kanser hücerleri üzerine etkisi
Cancer is a hereditary illness characterized by disruption of normal cell division and growth. It spreads by mutations in cancer genes. Cervical cancer arises in the cervix cells (uterine lower portion). The aim of the study is to see how lipopolysaccharides (LPS) from Escherichia coli affect cervical cancer cells. The LPS was isolated from two E. coli strains, viz. BL21DE3 and DH5-α. The isolated LPS was quantified qualitatively. The gene expression profile and LPS action mechanism were examined in depth. E. coli BL21DE3 lipopolysaccharide was reported to be higher than E.Coli DH5-α. As a result, the LPS isolated from E. coli strain BL21DE3 was employed in the investigation. The LPS treatment raised Toll-like receptor 4 (TLR-4) expression, which boosted nuclear factor-κβ (NFκB), TIR Domain-Containing Adaptor-Inducing Interferon-β (TRIF), and Interferon Regulatory Factor – 3 (IRF3) expressions in SiHa and HeLa cervical cancer cell lines. The findings show that LPS not only promotes cancer development but also regulates inflammation and innate immunity. Immune evasion through TLR4-NFκB-LPS pathway should be researched in more depth. This pathway may lead to new medication development as a potential therapeutic target for cervical cancer.
Molecular detection of asymptomatic bacteruria among pregnant women with anemia in Iraq
The purpose of the research is detection of the relationship between anemia in pregnant women in the second trimester of pregnancy and virulence factors for bacterial infections of Escherichia. coli (E. coli) by PCR. 150 midstream urine samples were collected from pregnant women with age (16-45) years, also were taken blood samples. The percentage of bacterial growth which was isolated from 105 samples, 44,3 % (n=47) were E. coli followed by other gram negative bacteria, 11,3% (n=12) which include Klebsiella pneumonia, and 10,4% (n=11) Pseudomonas aeruginosa. Also was the number and percentage 50% (n=35) of the infection group women had anemia, while 100% (n=35) of the non-infected women and non-anemic. Further confirmation done using by API 20E system and VITEK 2. Purity and concentration of the extracted DNA from 47 isolates were confirmed with Nano-drop. The concentration ranged from 50-200 mg/µL. This study proved, the appearance of cnf1 gene in the E. coli bacteria which is infect to pregnant women with anemia, also showed the toxic role of these genes in tissue damage.
Antibacterial activity of biosynthesized nanoparticles by pyocyanin pigment against biofilms formed Escherichia coli isolated from different clinical sources
From October 2021 until April 2022, this study included 100 samples have been collected from patients with symptoms referred to as a urinary tract infection (UTI) and these samples have been collected from in iraq Al-Yarmouk Hospital patients of both gender, males and females. After conducting the isolation and diagnosis of 100 urine samples for urinary tract infection (UTI) patients by microscopy and biochemical tests, 40 Escherichia coli isolates have been obtained. Antimicrobial sensitivity has been tested with 15 different types of antibiotics, E. coli strains showed the highest rates of resistance to the following antibiotics (Gentamycin, Trimethoprim/ Augmentin, and tetracycline ). While has been sensitive to (Piperacillin, Amikacin, Meropenem, Tobramycin, Cefotaxime, and Levofloxacin). The biofilm formation of 40 isolates of Escherichia coli generated on MacConkey agar was revealed. As 32 (80%) of the isolates were positive for biofilm phenotype while 8 (20%) isolates of Escherichia coli did not produce biofilm. The inhibitory effect of Fe2O3 nanoparticles biosynthesized with pyocyanin showed promising antibiotic activity against biofilms produced by the tested E. coli isolates at different concentrations of which 0.2, 0.4, and 0.8 mg/mL with the further dilution of the sub-MICs, The highest inhibition rate was at a concentration of 0.8 in hole No. 1.
Immunological and microbiological study of urinary tract infection patients
Urinary tract infection (UTI( is one of the widest bacterial infections in humans. The prediction of Urinary tract infection (UTI) and finding specific pathogens requires the identification of biomarkers that are more precise because their list has been extended. This study aims to identify common bacterial causative agents of urinary tract infection (UTI) and assess some biomarkers and clarify the relationship between bacterial pathogens and concentrations of these biomarkers. subjects in this research were (100) adult patients suffering from Urinary tract infection (UTI), In addition to (20) apparently healthy 10.33as a control group Midstream urine and blood samples were collected from patients and the control group. All included markers (Il-6, IL-8, and CRP) were notably higher in patients than in controls. The mean of IL-6 and IL-8 levels in patients was 413.7 ± 467 pg/mL and 160.2 ± 251.4 pg/m respectively compared with 23.11 ± 10 pg/mL and 11.1 ± 5.6 pg/mL respectively in the control group. Similarly, the mean levels of CRP in patients was 27.5 ± 12.7 mg/L which is extreme elvaed than of controls 10.7 ± 3.9 mg/L. with highly signifcant difference. The study showed no effect of sex on the high level of (IL-6 and IL-8) between males and females, as the study did not show a significant effect and that the immune response depends on the pathogen and the strength of the body's immune response against the same pathogen. The urinary tract infection (UTI) is one of the most wide spread location of bacterial infection in humans. The prediction of Urinary tract infection (UTI) and finding specific pathogens rquires the identification of a biomarkers which is more precise because their list have been extended. This study aims to identify common bacterial causative agents of urinary tract infection (UTI), to assess some biomarkers and to clarify the reltionship between bacterial pathogens and concentrations of the biomarkers. Bacterial Profile in Patients Escherichia coli isolated from 34% of patients. Streptococcus fecalis was isolated from 23% of patients, Klebsiella pneumonia isolated from 14% of patients, Staphylococcus saprophyticus isolated from 12% of patients followed by proteus mirabilis 5%. staphylococcus aureus 7%. Pseudomonas aeruginosa was isolated from 5 % of patients. Keywords: Urinary tract infection, Microorganism, Immunity response
Study of virulence genes variation of uropathogenic E. coli using of multilocus sequence typing technique in patients of kidney failure in Anbar province
Around 120 clinical specimens in the current work were collected from male and female of Iraqi patients who presented Ramadi teaching hospital in the Al-Anbar governorate. The distribution of these specimens was as follows: 60 urine specimens were collected with urinary tract infections, and extra 60 urine samples were taken from patients with renal failure (UTIs). All patient urine specimens were cultured on MacConkey agar, blood agar, and Eosin Methylene blue. All patient specimens were culture-positive. According to the cultural, morphological, biochemical characteristics, and VITEK the bacterial strains were identified. Each isolate of E. coli was subjected to bacterial DNA extraction in order to identify five important genes: 16S RNA, FimH, Hly, Cnf, and PapC. These genes were amplified using the Polymerase Chain Reaction (PCR) technique. In the current study, molecular typing for bacterial genes was studied using multilocus sequence typing (MLST). Concerning renal failure patients, only 27 (45%) of the samples were identified as E. coli, while the remaining 33 (55%) were identified as other species. Likewise, among UTI patients, only 43 (71.7%) were identified as E. coli, and the remaining percentage, 17 (28.3%), were identified as other species. The clinical specimens of renal failure and UTI among patients were distributed according to gender, into 33 (55%) and 22 (36.6%) in males and 27 (45%) and 38 (63.4%) in females, respectively. According to the findings of the current study, male and female patients with renal failure between the ages of 50 and 60 had the highest percentage rate (29.9% and 25.9%, respectively), followed by those between the ages of 40 and 50 (24.2% and 25.9% respectively). Concerning UTIs patients in the present work study, male patients with UTI were more likely to develop it between the ages of 20 and 30 and 30 and 40 years (22.7 percent in both age groups). In addition, the results showed that among females, the age group 30–40 had the highest rate of UTIs (28.9%), followed by the 40–50 age group (23.60%). The bacterial isolates which isolated from UTI patients were recorded highly resistance for set of antibiotics under study as follow: only 42(97.67%), 41(95.35%), 40(93.02%), 40 (93.02%), 40 (93.02%), 39 (90.70%) and 38 (88.37%) for Cefepime, piperacillin, trimethoprim/sulfamethoxazole, ticarcillin/clavulanic acid, ceftazidime, ticarcillin, ciprofloxacin, and aztreonam respectively. Likewise, the isolates were recorded highly sensitivity for set of antibiotics which as follow: only 36 (83.72%), 37 (86.05%), 37(86.05%), 38(90.70%) 39(90.70%) and 41(95.35%) for ertapenem, levofloxacin, imipenem, meropenem, tigecycline, and amikacin respectively. Moreover, the resistance strains that isolated from patients with renal failure for antibiotics under study were noted highly percentage for cefazolin 21 (77.78%), ceftazidime 22 (81.48%), and ciprofloxacin 23(85.19%). In addition, all strains which isolated from renal failure patients were recorded highly sensitivity for tobramycin 22(81.48%), tigecycline 26(96.30%), levofloxacin 27(100%), and amikacin 27 (100%) respectively. Concerning virulence genes FimH, PapC, Cnf and Hly, all strains were contained these genes as well as 16S RNA where all isolates were reported 100% for each genes 16S RNA, FimH, PapC, Cnf and Hly.
A bacterial and immunological study of some causes of urinary tract infection in pregnant women in Dhi Qar governorate–Iraq
This study was conducted in the city Dhi Qar/Nasiriyah/Al-Haboubi Hospital in February -2022. The study included 100 urine samples and blood samples from women who visited Al Haboubi Hospital. After captivating Necessary information from all hospital review prepared previously in a questionnaire sheet, women who had usage antibiotics for treatment were excluded. The samples obtained were divided into 3 groups, the first group: 50 non-pregnant women not infaction, the second group: 25 pregnant women with a urinary tract infection (UTI) and the third group: 25 pregnant women without a urinary tract infection (UTI). Microscopical Exam of Urine The method of was followed in the examination, then midstream urine samples were collected usage sterile glass bottles. Area with soap and water, without using sterilizers, with an emphasis on not touching any part of the body to prevent contamination with the natural flora on the skin. After the colonies grew on the culture media of the primary isolate, they were initially diagnosed based on the morphological and cultivar characteristics that included each of sensitivity was tested using seven types of antibiotics used to treat utis for 25 bacterial isolates of utis associated with pregnant women. Most E. Coli isolates had a high sensitivity to Amikacin (75%), while 65% of the isolates were sensitive to Norfloxacin and Gentamycin. E.coli isolates are resistant to Amoxicillin-Clavulacnic Acid by 35%. The reason may be that the increased resistance of bacterial isolates might be owing to the frequent indiscriminate usage of antibiotic, as well as to the possibility of bacteria acquiring genetic factors that transmit multiple resistance through conjugation immunology test results Total White blood cells that pregnant women who are NOT infected with UTI have the lowest number of white blood cells, and they are slightly lower numerous than women who are not infected with UTI and who are not pregnant, while the infected pregnant women occupy the highest percentage in this study. The results of immunoglobulin A (iga) showed that infected pregnant women have the highest percentage of IGA, and the average percentage is healthy women who are not infected with UTI and who are not pregnant, while NOT infected pregnant women have the lowest percentage. The results of immunoglobulin G (igg) showed that pregnant women infected with UTI have the highest percentage of IGG, while the percentage of non-pregnant women and not infected with UTI is average, while the percentage of pregnant women and not infected with UTI is the lowest. The results of Interleukin – 6 showed that women who are not infected with UTI and who are not pregnant have the highest percentage, the percentage is mediated by pregnant WITHOUT (UTI) women, and the lowest percentage is pregnant women infected with UTI. The results of Interleukin – 10 showed that women who are not infected with UTI and who are NOT pregnant have the highest percentage, and the percentage is close to pregnant women WITHOUT UTI, and the lowest percentage is pregnant women infected with UTI.
Thi-Qar vilayetinde gebelerde iye nedeni olan çoklu antibiyotik dirençli gram negatif bakterinin tespiti
The goal of the current study is to identify the efflux pump found in Escherichia coli isolated from urinary tract infections, as well as its association to antibiotic resistance. A total of 100 clinical samples were taken from the urine of pregnant women with urinary tract ınfections (UTIs) from various hospitals in Thi-QAR. Traditional methods were utilized to identify bacterial isolates, including antibiotic sensetivity test their and PCR to detect the 16S rRNA and gene coding for bacerial resistance to antibiotics. Total collected samples number was 100 of which only 49 (100%) were positive for bacterial isolates, including 22 (44.9%) E. coli, 11 (22.4%) Klebsiella pneumonia, 3 (6.1%) Klebsiella oxytoca, 6 (12.2%) Proteus spp., 5 (10.2%) Enterobacter spp., and 2 (4.1%) Pseudomonas aeruginosa. Beta lactam antibiotics resistance E. coli and Klebsiella spp. were tested and outcomes were 19 (86.4%) from 22 for E. coli and 13 (92.8%) from 14 for Klebsiella spp. this number represent 32 (88.8%) of all tested 36 samples. ESBL production in E. coli and K. pneumonia results revealed that only 4 (12.5%) from 19 samples were positive and 5 (15.6%) from 13 were positive in K. pneumonia represented 9 (28.1%) from 32 isolates. Genes of bla TEM and bla SHV genes in ESBL positive E. coli and Klebsiella spp. isolates 2 (50%) of 2 tested E. coli isolates were positive for both bla TEM and bla SHV genes, while 3 (60%) and 2 (40%) of Klebsiella spp. isolates were positive for the same genes, recording 5 (55,6%) and 4 (44.4%) for the two genes respectively. Regarding bacerial resistance to antibiotics isolates tested positive for MDR for E. coli anlow for amikacin, piperacillin and ceftriaxone, while it was high for gentamycin, ceftazidime, nalidixic acid, cefixime, ciprofloxacillin, cefotaxime and cefipime respectively. This study reveales that there is a need to apply urine culture and sensitivity test to assess urinary tract infection (UTI) among pregnant women and detection of gram-negative resistant bacteria, this will help the patients to get safe and effective treatment. There is high prevalence of multi-drug resistance genes and in practical routine daily use among E. coli and K. pneumonia.
Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında CTX-M tipi geniş spektrumlu ß-laktamaz genlerinin PCR, PCR-RFLP, dizi analizi yöntemleri ile identifikasyonu ve suşlar arasındaki klonal ilişkinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi
CTX-M tipi GSBL üreten E.coli ve K.pneumoniae suşları tüm dünyada giderek artan prevalans oranları ile gerek toplum kökenli gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda tedavi başarısızlıklarının önemli bir sebebi haline gelmiştir. Alternatif tedavi seçeneklerinin başarısızlıkları ile çoklu ilaç dirençli hale gelen CTX-M tipi GSBL üreten suşların kontrolünde, en önemli alternatif klonal düzeyde etkin sürveyanstır.Ülkemizde CTX-M tipi Geniş Spektrumlu ß-laktamaz enzimi üreten E.coli ve K. pneumoniae türlerinin varlığı sınırlı sayıda çalışma ile gösterilmiştir. Ancak bölgemizde GSBL üreten suşların varlığı bilinmekle beraber CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşlar ve görülen subtipler hakkında bilgi mevcut değildir.Bu çalışmada hastanemizin Merkez Laboratuarında, hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlara ait klinik materyallerden izole edilen, G.S.B.L. üreten E.coli ve K. pneumoniae suşları arasında, moleküler epidemiyolojik yöntemlerle, CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşların prevalansının, enzim tiplerinin ve bu suşlar arasındaki muhtemel klonal ilişkinin belirlenmesi amaçlandı.Çalışma sonunda; PCR yöntemi ile CTX-M tipi enzimleri, G.S.B.L. üreten E. coli izolatları arasında %87,31 (69/79), K. pneumoniae izolatları arasında da %88,88 (24/27) oranında belirlendi. Ayrıca Grup Spesifik PCR, PCR-RFLP ve Dizi Analizi çalışmalarıyla suşlarımızın % 94.6 (88/94)'sının CTX-M-1 grubu/CTX-M-15 alttipi enzim üreten suşlar olduğu, kalan 5 (%5.3) suşun da CTX-M-9 grubu/CTX-M-14 alt tipi enzim üreten suşlar oldukları belirlendi. İzolatlarımız arasındaki muhtemel klonal ilişkinin tespiti amacıyla kullandığımız PFGE yöntemi CTX-M tipi enzim üreten suşlar arasında klonal bir ilişkinin bulunmadığını gösterdi.
Nozokomiyal CTX-M pozitif Escherichia coli' enfeksiyonları ve risk faktörleri ilişkisi
ÖZETAmaç; Hastane ortamında izole edilen Esherichia coli' lerin beta-laktamazlarının çoğu Genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar' dır. Bu çalışmanın amacı Esherichia coli'lerde CTX-M sıklığını saptanmak, bu suşlar arası klonal ilişkinin moleküler yöntemlerle belirlenmesi ve bu çok ilaca dirençli Esherichia coli'lerle enfeksiyon gelişimi ile ilişkili risk faktörlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Materyal-metod; Bu çalışmaya 1 Mart 2011- 31 Mart 2012 tarihleri arasında merkez laboratuvarında izole edilen Esherichia coli izolatlatlarına dayanarak, Centers for Disease Control and Prevention (CDC) kriterlerine göre hastane enfeksiyonu olarak yorumlanan erişkin hastalar dahil edildi. Bu izolatlarda moleküler ve epidemiyolojik yöntemlerle, CTX-M tipi beta-laktamaz üretenlerin prevalansı ve subgrupları grup spesifik polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile saptandı. Bu suşlar arasındaki muhtemel klonal ilişkinin ve bunların risk faktörleri ile olan ilişkisinin ortaya konulması için Pulse field gel elecrophoresis (PFGE) yöntemi kullanıldı.Bulgular; Tek değişkenli analizde GSBL üretiminde rolü olduğu düşünülen ve anlamlı bulunan üriner sistem hastalığı, son 3 ayda hastanede yatış öyküsü, son 3 ayda 3.kuşak sefalosporin kullanımı, üriner kateter uygulaması, Pitt bakteriyemi skoru çok değişkenli analizde de GSBL gelişimi yönünden risk faktörü olarak tespit edildi ]sırasıyla; OR(% 95 GA) = 3(1,6-5,5), OR (% 95 GA)= 2,1(1,17-4,01), OR=(% 95 GA)=8(2-38), OR=(% 95 GA)=2(1,2-4), OR=(% 95 GA)= 0,1(0,03-0,36)]. Mortalite yönünden ise GSBL pozitif ve negatif hastalar arasında anlamlı fark saptanmadı (p=0,14). CTX-M pozitifliği % 54,5 tespit edildi. En sık saptanan CTX-M grubu CTX-M-1 (% 85,7) idi. CTX-M pozitif ve CTX-M negatif hasta gruplarının karşılaştırılmasında istatiki olarak anlamlı risk faktörü saptanmadı. PFGE yöntemi ile Esherichia coli suşlarının klonal ilişkisi değerlendirildi ve suşlar arasında hastane kaynaklı bir bulaşı düşündürecek anlamlı bir klonal ilişki saptanmadı.Sonuç; GSBL taşıyan türlerin toplum içerisinde yayılımları, bulaş yolları ve muhtemel risk faktörlerinin tespiti bu tür çok ilaca dirençli mikroorganizmalarla oluşacak enfeksiyonların önlenmesinde önemlidir. Akılcı antibiyotik kullanımı GSBL pozitif mikroorganizmalarla oluşan enfeksiyonları azaltmada önem taşımaktadır. Bu nedenle, GSBL'lerin doğru antibiyotik kullanımı ve enfeksiyon kontrol önlemleri ile yayılımını ve sayısını kısıtlamak mümkün olabilir.Anahtar sözcükler; CTX-M, E.coli, hastane kaynaklı GSBL enfeksiyonları, risk faktörleri
Ponceau 4R ve indigo karmin gıda boyalarının bağırsak florasında bulunan Escherichia coli üzerine etkilerinin araştırılması
İnsanlar, ilkel çağlardan bu yana besinlerini doğal yollardan karşılamalarına rağmen, teknolojik gelişmelerin bir sonucu olarak üretimde yeni teknikler kullanılmaya başlanmış ve bu durum gıda sektöründe sağlık açısından zararlı kimyasalların kullanılması ile kendini göstermiştir. Bu nedenle, neredeyse bütün gıda ürünlerinde bulunan gıda boyaları pek çok araştırmaya konu olmuştur. Bu çalışmada, gıda ürünlerinde yaygın olarak kullanılan İndigo karmin ve Ponceau 4R gıda boyalarının, Escherichia coli ATCC 10799' un yaşama yüzdesi üzerine etkileri araştırılmıştır ve 20 gün boyunca gıda boyası ile muamele edilmiş bakteri soylarının katı besiyerine günlük ekimleri yapılarak, gıda boyalarının üç farklı konsantrasyonunun bakteri gelişimi üzerine etkileri araştırılmıştır. Çalışmanın sonucunda, İndigo karmin ve Ponceau 4R gıda boyaları uygulanan bakteri gruplarında, bakteri büyümesinin kontrol grubuna göre azaldığı saptanmıştır. Bunun yanısıra, özellikle yüksek konsantrasyonda gıda boyasının bulunduğu solüsyonlarda bakteri koloni sayılarında daha fazla azalma gözlenmiştir. Gıda boyaları kendi aralarında kıyaslandığında, Ponceau 4R boyasının İndigo karmin gıda boyasına göre bakteriler üzerinde daha fazla inhibisyon etki oluşturduğu belirlenmiştir.
Rekombinant olarak escherichia coli içerisinde aktif ten-eleven translokasyon enzimi ifadesi ve saflaştırılması
Son yıllarda epigenetik üzerine yapılan araştırmaların artması ve genetiğin açıklamakta yetersiz kaldığı konuların epigenetik ile ifade edilebilmesi, epigenetik mekanizmaların ortaya çıkarılmasını zorunlu kılmıştır. Yapılan epigenetik çalışmalar sonucunda, epigenetik mekanizmaların bozulmasının birçok nörodejeneratif hastalık ve özellikle kanser ile ilişkili olduğu ortaya çıkmıştır. En bilinen epigenetik mekanizmaların başında DNA metilasyonu gelmektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda DNA demetilasyonunda görevli TET (ten-eleven translokasyon) adı verilen protein ailesinin varlığı ortaya çıkarılmıştır. Bu proteinlerin DNA metilasyonunu aktif olarak geri çevirmesi yanında oluşturduğu metilsitozin türevleri aracılığıyla epigenetik kontrol mekanizmasını önemli bir şekilde etkilediği gösterilmiştir. Ancak TET proteinlerinin oldukça kompleks olan epigenetik değişikliklere etki mekanizması hala aydınlatılamamıştır. Proteinlerin kinetik davranışının bu etki mekanizmalarından biri olabileceği düşünülmektedir. Bu noktada ihtiyaç duyulan en önemli araçlardan biri, TET proteinlerinin detaylı kinetik ve mekanistik çalışmalar için çok miktarda aktif olarak eldesidir. Bu çalışmamızda TET1 proteini katalitik bölgesinin rekombinant olarak E.coli bakterisi içerisinde eldesi ve aktif şekilde saflaştırılması amaçlanmıştır.
Ekstraintestinel enfeksiyonlardan izole edilen ve virulans faktörleri tanımlanan E.coli suşlarının filogenetik ilişkilerinin tespitinde rapd yönteminin önemi
İntestinal ekosistemin kommensal üyesi olmakla birlikte her türlü çevre şartına karşı yüksek rekombinasyon-mutasyon yeteneği ile büyük bir uyum gösteren E. coli suşları, yüksek GC oranına sahip olmakla birlikte ilginç şekilde genomik plastisite özelliğine sahiptir. Diğer taraftan bu özelliklerinin yanı sıra klasik besiyerlerinde hızlı üreme yeteneğini koruyan E. coli, prokaryotlardaki spontan DNA transfer olaylarının açıklanması için iyi bir modeldir. Genomda kodlanan yapısal genlerin yanı sıra, patojenite adaları (PI), plazmidler, bakteriyofajlar ve transpozonlar gibi mobil genetik elemanlarda kodlanan, esasen mikroorganizmaların içinde bulundukları mikro çevre şartlarına uyum sağlamasında rol oynayan ancak bazen mikroorganizmaya farklı virülans özellikler de kazandıran proteinlerin kodlandığı, genlerin transferi ile kendilerinde olmayan yeni virülans özellikler de kazanabilirler. İntestinal kaynaklı ExPEC suşlarının özel genotiplerin mutasyonu sonucumu oluştuğu yoksa rastgele mutasyonlarınmı ExPEC suşlarını oluşturduklarının bilinmesi bu suşların toplumdaki hareketlerinin izlenmesi ve enfeksiyon kontrol protokollerinin oluşturulabilmesine imkan sağlayacaktır. Bu amaçla yapılacak epidemiyolojik sürveyans da klinik ile ilişkisine dayalı patotipleme, fizyolojik özellikler, (MLEE) veya antibiyotik duyarlılık kalıplarının tespiti gibi düşük ayırım gücüne sahip fenotipik yöntemlerin yerine veya yanında genomdaki spesifik dizileri tanıyan nükleik asit amplifikasyon bazlı ve/veya restriksiyon enzimlerinin de kullanıldığı, filotipleme, PCR, PCR-RFLP, PFGE ve (MLST) gibi sekanslama yöntemlerine ihtiyaç bulunmaktadır. Bu çalışmada extra intestinal sistemden izole edilen ve bazı virülans genleri gösterilmiş ExPEC izolatlarının muhtemel klonal ilişkilerini tespit amacı ile, üç farklı kısa oligonükleotid dizisinin kullanıldığı RAPD ve XbaI-PFGE yöntemlerinin ayırım güçlerini tespiti amaçladık. Çalışmada farklı klinik örneklerden izole edilen 155 ExPEC suşu kullanılmıştır. Anahtar Kelimeler: ExPEC, CDT, CNF, PFGE ve RAPD
İshal etiyolojisinde bakteriyel etkenlerin ve enterotoksinlerin araştırılması
Bakteriyel gastroenteritler, birçok etken ve etkenlere ait çeşitli enterotoksinler tarafından oluşabilen, özellikle de çocukluk yaş grubunda sık rastlanan klinik tablolardır. Salmonella, Campylobacter, toksijenik Escherichia coli suşları en sık rastlanan bakteriyel patojenlerdir. Bu çalışma laboratuarımıza gaita kültürü amacıyla gönderilen örneklerden ishal etkeni olabilecek patojenler ve rutin testlerde araştırılması henüz yaygınlaşmamış olan toksijenik E.coli izolatlarının araştırılması amacıyla yapılmıştır. Çalışma, Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nden ve Gaziantep Cengiz Gökçek Kadın-Doğum ve Çocuk Hastalıkları Hastanesi'nden Kasım 2017-Kasım 2018 tarihleri arasında laboratuara kültür amacıyla gönderilen gaita örnekleri ile yapıldı. Gaita örnekleri seçici besiyeri olarak selenit F besiyerinde muamele edildikten sonra, ayırt edici olarak, %5 koyun kanlı agar, EMB agar, XLD agar ve Campylobacter agara subkültürleri yapıldı. Patojen olarak değerlendirilen bakterilerin tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve Maldi-Tof MS (Becton Dickinson, ABD) kullanılarak yapıldı. E. coli saptanan örneklerde aglütinasyon testi ile ETEC-LT (MKL Diagnostics, İsviçre) araştırıldı. Hemorajik nitelikteki gaita örneklerinde saptanan E. coli izolatlarından aglütinasyon testleri ile EHEC (E. coli O157:H7 serotipi (BD, USA)) araştırıldı. Çalışmanın yapıldığı süre içerisinde 240 hastaya ait gaita kültür örnekleri incelendi. Hastalar 3 ay-92 yaş aralığında olup hastaların 69 (%28.75)'u erişkin (≥16 yaş), 171 (%71.25)'i çocuk hastalardı. Cinsiyet dağılımı olarak 98 (%40.8)'i kadın, 142 (%59.2)'si erkek olarak bulundu. Hastaların 30 (%12.5)'unda ETEC, 14 (%5.8)'ünde Salmonella spp. saptandı. Salmonella ve ETEC izolasyonu sırasıyla erişkin hastalarda 8 (%11.6) ve 6 (%8.7), çocuk hastalarda 6 (%3.5) ve 24 (%14) olarak bulundu. Hemorajik nitelikteki 17 (%7.1) gaita örneğinde E. coli O157:H7 serovarı araştırıldı. Örneklerin hiçbirinde EHEC ve Campylobacter spp. izolatı saptanmadı. Erişkinlerin 55 (%79.7)'inde ve çocukların 141 (%82.5)'inde bakteriyel bir patojen saptanmadı. Gastroenteritler özellikle çocukluk yaş grubunda sık rastlanan klinik tablolardır. Bakteriyolojik etkenlerin saptanmasında kültür önemli olmakla birlikte özellikle E. coli'nin toksijenik formlarının tanımlanmasının faydalı olacağını düşünüyoruz.