Escherichia coli
156 theses under this subject heading
Deniz ve kültür balıklarından izole edilen enterobacteriaceae türü suşlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz ve metallo beta-laktamaz tipi dirençlik enzimlerinin incelenmesi
Antibiyotikler bakteriyel hastalıkların tedavisinde tüm dünyada yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Kültür balıkçılığının gelişmesi ile balıklarda bakteriyel infeksiyonlar problem olmaya başlamıştır. Su ürünleri sektöründe patojen bakterilerin tedavisinde antibiyotiklerin kullanılmasıyla bakterilerin antibiyotiğe karşı direnç geliştirmesi ciddi bir sorun haline gelmiştir. Enterobacteriaceae suşları doğadaki geniş dağılımları, yüksek düzeyde antibiyotik dirençlilikleri ve neden oldukları enfeksiyonlarında yüksek mortalite oranları ile ilgi çeken mikroorganizmalardır. Bu çalışmada, Türkiye'nin çeşitli bölgelerinden alınan 55 adet deniz ve tatlı su av balığı ile 45 adet deniz ve tatlı su kültür balığı olmak üzere toplam 100 adet balık örneklerinden mikrobiyolojik yöntemle izole edilen enterobakterilerde CLSI talimatına göre GSBL ve MBL tipi enzimlerin varlıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Balık örnekleri ön zenginleştirme, GSBL selektif zenginleştirme, Vitek MS kütle spektrometresi ile tiplendirme ve oksidaz testlerinden sonra, sefotaksim, seftazidim ve sefpodoksim antibiyotik ajanlara karşı disk difüzyonu, kombine disk difüzyonu ve MİK değeri tespit analizlerine tabi tutulmuştur. İnceleme sonucu 4 adet (3 E. coli ve 1 E. cloacae/asburiae) av balıklarından ve 2 adet (1 E. coli and 1 C. freundii) kültür balıklarından olmak üzere toplam 6 adet (4 E. coli, 1 C. freundii ve 1 E. cloacae/asburiae) GSBL-pozitif enterobakteri suş elde edilmiştir. Yalnızca deniz kültür balığı denizalasından izole edilen 1 adet Pseudomonas putida suşun metallo-beta-laktamaz varlığı bakımından pozitif olduğu belirlenmiştir. Tiplendirme sonucu izolatların tür dağılımı %57,1 E. coli, %14,3 E. cloacae/asburiae, %14,3 C. freundii ve %14,3 P. putida olarak saptanmıştır. Sonuç olarak, deniz ve kültür balıklarında GSBL ve MBL pozitif enterobakterilerin varlıklarına rastlanmıştır.
Escherichia coli suşlarının genotipik profillerinin PFGE moleküler yöntemiyle belirlenmesi
Enterobacteriaceae ailesinden olan Escherichia Coli ( E. Coli) özellikle hastanelerde, ortak kullanılan toplumsal alanlarda gün geçtikçe önem kazanan patojen bir bakteridir. Ürettikleri geniş spektrumlu beta laktamlar (ESBL) sayesinde genellikle çoklu dirençli olup bağırsak ve idrar yolu enfeksiyonlarında sık görülür. Umumi alanlardan çapraz kontaminasyonu azaltmak ve söz konusu bakterilerin genotip yapısını inceleyip açığa çıkarmak yani suşların parmak izlerine, alt tip dizilerine, ulaşmak büyük önem arz eder. Yapılan çalışmada seçilen 50 E. Coli suşlarının Puls Alan Jel Elektroforezi ile tiplendirilmesi sağlandı.
Propolisin diaper dermatit'e (pişik) eşlik eden enfeksiyonlara karşı bebek bezlerinde kullanılma potansiyelinin araştırılması
Propolis arıların ağaçlardan, yapraklardan, tomurcuklardan topladığı maddeleri kendi enzimleriyle bir araya getirerek oluşturduğu reçinemsi bir maddedir. Propolisten antibakteriyel, antimikrobiyal, antifungal özellikleri sebebiyle yüzyıllar boyu ölüleri mumyalamaktan, dudak nemlendiricilerinin içeriğine kadar birçok konuda yararlanılmıştır. Yapılan çalışmalarda propolisin yara iyileşmesi, yanık tedavisi, deri iltihapları ve birçok cilt probleminde tedavi edici etkisinin olduğu belirtilmiştir. Bu çalışma kapsamında propolisin antibakteriyel aktivitesinin, bebeklerde en sık karşılaşılan deri hastalıklarından biri olan Diaper dermatit'e eşlik eden bakteri enfeksiyonlarının önlenmesindeki etkisi incelenmiştir. Deney sürecinde Tunceli, Hakkâri ve Bursa propolisi, diaper dermatite yaygın olarak eşlik eden iki bakteri Escherichia coli ve Staphylococcus aureus ve bir maya Candida albicans klinik suşlarında kullanılmıştır. Propolis örneklerinin ekstraksiyonu etil alkol (%99) kullanılarak yapılmıştır. Propolis örneklerinin bebek bezlerindeki antimikrobiyal etkinliğinin test edilmesi amacıyla %100 ve %50'lik ekstraktlarının bebek bezlerinin iç orta hatlarına emdirilmesi sağlanmıştır. İnkubasyondaki bebek bezlerinden 3, 6, 9, 12 ve 24. saatlerde cam baget yardımıyla sürüntü örnekleri alınarak, bakteri suşları için NA, maya için PDA besi yerlerine yayma ekim yapılmıştır. Propolis örneklerinin saatlik üremeye dayalı antimikrobiyal inhibisyon oranları plak dökme metoduyla belirlenmiştir. Çalışma sonucunda her 3 mikroorganizmada farklı oranlarda antimikrobiyal etki gözlenmiştir. Propolisin antimikrobiyal etkisinin, bezin uzun süreli değiştirilmediği durumlarda daha etkili olacağı düşünülmektedir. En verimli kullanım yöntemi bezin en üstüne ayrı bir tabaka olarak propolis emdirilmiş materyal konulması olacaktır.
Salmonella spp. ve Escherichia coli'ye etkili bakteriyofajların karakterizasyonu ve gıda uygulamaları
Gıda kaynaklı hastalıklar ile ilişkilendirilmekte olan patojenler ile mücadelede biyolojik ve kimyasal birçok yöntem bulunmaktadır. Antimikrobiyal kimyasalların yani antibiyotiklerin kullanımı antibiyotik dirençli bakterilerin ortaya çıkmasının ivmelenmesinden dolayı geliştirmelere veya alternatiflere gereksinim duymaktadır. Salmonella türleri, gıda kaynaklı enfeksiyonlara yol açan ve ciddi sağlık etkileri barındıran patojen bakteriler olmalarının yanı sıra gıda bozulmalarına da yol açmaktadırlar. Escherichia coli (E. coli) ise gıdalara kontaminasyonlar, yetersiz ısıl işlem gibi problemler ile bulaşmakta ve gıda bozulmalarına sebebiyet vermektedir. Bakteriyofaj uygulamaları ile bu bakterilerin eliminasyonu sağlanabilmektedir. Bu tez kapsamında E. coli K-12 bakterisine etkili bakteriyofajlar izole edilmiş, saflaştırılmış ve konsantre edilmiştir. Bakteriyofajlar için konakçı skalası belirlenmiş ve adsorpsiyon hız sabitleri hesaplanmıştır. Konsantre edilmiş bakteriyofajların DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve bu DNA'lar restriksiyon enzimleri ile kesim yöntemiyle fragment şablonları elde etmek amacıyla kullanılmıştır. Bu yönteme göre farklı olduğu saptanan bakteriyofajların tek aşamalı gelişme eğrileri çıkarılmış, patlama büyüklüğü ve latent dönem süreleri hesaplanmıştır. Bakteriyofajların pH ve sıcaklık stabiliteleri belirlenmiştir. Konsantre fajlar, transmisyon elektron mikroskobu ile morfolojik olarak karakterize edilmiştir. Konak bakterilere etkili bakteriyofaj karışımları kullanılarak yağsız sütteki S. enteritidis, S. typhimurium ve E. coli K-12 bakterilerinin inhibisyonu test edilmiştir. Bu denemeler farklı ortam sıcaklıklarında (4 ve 25℃) ve farklı bakteri inokülasyon miktarlarında gerçekleştirilmiştir. 24 saatin sonunda 25℃'de en yüksek bakteri inaktivasyonu, Salmonella faj karışımı için 3,5 log10 KOB/ml ve E. coli K-12 faj karışımı için 4,8 log10 KOB/ml olarak düşük bakteri inokülasyon miktarlarında saptanmıştır. Soğuk zincirin kırılması durumunu simüle etmek amacıyla E. coli K-12 bakterisi içeren kontrol grubu ile farklı MOI değerinde bakteriyofaj karışımı eklenmiş deney grubu sütler 7 gün boyunca 4℃'de muhafaza edilmiştir. Süt örnekleri, 7 günün sonunda 25℃'de inkübe edilerek 24 saat boyunca bakteri/ bakteriyofaj sayılarındaki değişimler takip edilmiştir. E. coli K-12 inaktivasyonunda, bakteriyofaj uygulaması üzerinde stres varlığının etkisi ilk defa bu çalışma ile ortaya koyulmuştur. Tez kapsamında, yağsız süte bakteriyofaj karışımı uygulamasında ortam parametrelerinin etkisi araştırılmış olup Salmonella ve E. coli K-12 bakterilerinin biyokontrolünde bu karışımların kullanılabileceği sonucuna ulaşılmıştır.
Yatan hastaların idrar kültürlerinden izole edilen klebsiella SPP., escherichia coli, acinetobacter baumannii, pseudomonas aeruginosa izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının in vitro yöntemlerle saptanması ve fosfomisine direnç mekanizmalarının araştırılması
İdrar yolu enfeksiyonlarında en sık izole edilen etkenler, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii'dir. Çoğunlukla ampirik tedavi gerektiren idrar yolu enfeksiyonlarında etkene yönelik uygun tedavinin seçimi için yerel antibiyotik direnç verileri göz önüne alınmaktadır. Bu nedenle her hastanede süreli olarak antibiyotik sürveyans araştırmalarının yapılması gereklidir. Kullanılmakta olan antibiyotiklere karşı direnç mekanizmaların bilinmesi, direncin yayılımını engelleyecek önlemler alınmasını sağlamaktadır. İdrar yolu enfeksiyonlarında yaygın kullanılan bir antibiyotik olan fosfomisin, 1969'da üretilmiş olan, geniş spektrumlu, bakterisidal bir antibiyotiktir, çoklu ilaca dirençli (MDR) Enterobacterales gibi birçok sorunlu patojene karşı etkili olduğu için yeniden gündeme gelmiştir. Bununla birlikte fosfomisine dirençli izolatlar tüm dünyada bildirilmeye başlanmıştır. Fosfomisin direnci, üç mekanizma ile oluşmaktadır; fosfomisine azalmış geçirgenlik, antibiyotiğin hedef bölgesi olan MurA'daki modifikasyon ve enzimatik inaktivasyon. Bunlardan ilk ikisi kromozom, üçüncü mekanizma ise plazmid kontrolündedir. Ülkemizde fosfomisin direnci bildirilmekle birlikte hangi direnç mekanizmasının yaygın olduğu bilinmemektedir. Çalışmamız kapsamında; Şubat 2018-Şubat 2019 tarihlerinde Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri Bakteriyoloji Laboratuvarına yatan hastalardan gelen idrar örneklerinden ardışık olarak izole edilen E. coli (n=235), K. pneumoniae (n=56), A. baumannii (n=7) ve P. aeruginosa (n=2) 'da antibiyotik duyarlılık profilleri belirlenmiştir. Fosfomisine dirençli izolatlarda (MİK >32mg/L) enzimatik inaktivasyona yol açan plazmid kaynaklı fosA, fosA3 ve fosC2 direnç genlerinin varlığı araştırılmıştır. Çalışmamızda fosfomisin duyarlılığı için altın standart olan agar dilüsyon yöntemi, diğer antibiyotikler (amikasin, gentamisin, seftazidim, seftriakson, meropenem, siprofloksasin, tigesiklin, trimetoprim/sülfametoksazol, kolistin ve piperasilin/tazobaktam) için sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılmıştır. Plazmid kaynaklı fosfomisin direnç genlerinin ve blaCTX-M'in belirlenmesi için PZR yöntemi kullanılmıştır. Amikasin, gentamisin, seftazidim, seftriakson, meropenem, piperasilin/tazobaktam, siprofiloksasin, tigesiklin, trimetoprim/sülfametoksazol ve kolistin için direnç oranları sırasıyla %3,3, %18,7, %26,0, %34,0, %4,3, %24,0, %45,3, %4,0, %44,7 ve %7,0 olarak bulunmuş, fosfomisine ise 20 izolatta (% 6,6) direnç saptanmıştır. Fosfomisine en yüksek oranda direnç K. pneumoniae (n=9)'da saptanmıştır. İki K. pneumoniae izolatında fosA direnç geni saptanmış, bunlardan bir izolatta fosA ve fosA3 genleri birlikte bulunmuş, bu izolatın ayrıca blaCTX-M geni taşıdığı da belirlenmiştir. İzolatların hiçbirinde fosC2 geni bulunmamıştır. Çalışmamızda fosfomisine dirence yol açabilecek sadece üç gen araştırılmıştır buna karşın fosfomisin direncinden sorumlu olabilecek diğer genlerin de araştırılması gereklidir. Fosfomisin direnç genlerinin plazmid kaynaklı olması, fosfomisinin yaygın kullanımıyla birlikte direncin artacağını düşündürmektedir. Bu nedenle fosfomisinin akılcı antibiyotik ilkeleri doğrultusunda kullanılmasına özen gösterilmeli ve direnç gelişimi yakından izlenmelidir.
Mycobacterium bovis antijenlerinin escherichia coli'de rekombinant DNA teknolojisi ile üretimi ve alt birim aşı geliştirilmesi
Tüberküloz, uzun yıllardan beri hala önlenememiş en yaygın bulaşıcı hastalıklardan birisidir. Hastalığın yayılmasının önlenmesi amacıyla insanlarda kullanımı onaylanmış tek aşı BCG aşısıdır. Ancak BCG aşısının koruyuculuğunun kişiler arasında değişkenlik göstermesi, enfeksiyonu önleyememesi gibi sorunları çözmek üzere arayışlar devam etmektedir. Bu bağlamda bu tez çalışmasında M. tuberculosis ve M. bovis'in virülansında önemli rol oynayan AhpC ve LprG proteinlerinin hem kendi başlarına hem de BCG ile prime aşılamanın ardından booster aşı antijeni olarak uygulanmaları ile hümoral ve hücresel bağışıklık yanıt üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla AhpC proteinini kodlayan ahpC ve LprG proteinlerini kodlayan lprG geni M. bovis genomundan polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış, bakteriyel ifadeleme vektörüne klonlanmış ve E.coli'de rekombinant olarak üretilmiştir. Rekombinant proteinler afinite kromatografisi ile saflaştırılmış, elektroforez ve immünoblotlama yöntemleriyle karakterize edilmiştir. Ardından, rekombinant AhpC ve LprG proteinlerinin yağ bazlı emülsiyon yapıda bir adjuvan olan Montanide ISA 61VG ile formülasyonları hazırlanmıştır. Aşılar farelere uygulandıktan sonra gelişen hümoral ve hücresel bağışıklık yanıtları ELISA yöntemine dayanan deneylerle araştırılmıştır. Fare serumlarında IgG ölçümüne dayanan hümoral yanıt ve IL-12 ölçümüne dayanan hücresel yanıt değerlendirmeleri her iki proteinin de aşı antijeni olarak etkili olduğunu göstermiştir. AhpC aşısının iyi bir booster aşı adayı olabileceği, LprG aşısının ise tek başına daha etkili olabileceği sonucuna varılmıştır.
E. coli tayini için altın selüloz nanofibril materyal geliştirilmesi
Tez kapsamında Raman teknikleri ve Raman haritalandırma yöntemi kullanılarak Escherichia coli (E. coli) bakterisi için tayin yöntemi geliştirilmiştir. Öncelikle altın çubuk nanopartiküller sentezlenmiş ve yüzeyine, yüzeyde zenginleştirilmiş Raman spektroskopisi (SERS) etiket molekülü olan DTNB (5,5'-Dithiobis (2-nitrobenzoik asit) tutturulmuş ve E. coli bakterisine özgü antikorlarla etkileştirilerek modifiye edilmiştir. Selüloz nanofibril çözeltisine Altın (III) klorür çözeltisi (HAuCl4) eklenmiş ve yüksek sıcaklıkta etkileşime bırakılmıştır. Süre sonunda altın çözeltisi nano boyuta geçmiştir. Hazırlanan bu çözelti kurutularak su içeriği uzaklaştırılmış ve sonuçta kağıt benzeri altın selüloz nanofibril bir yüzey elde edilmiştir. Elde edilen yüzey, E. coli bakterisine özgü antikorlarla etkileştirilerek modifiye edilmiştir. Modifiye altın selüloz nanofibril yüzeylerle farklı konsantrasyonlarda E. coli çözeltileri etkileştirilmiş ve E. coli bakterilerinin yüzeye tutunmaları sağlanmıştır. E. coli bağlı altın selüloz nanofibril yüzeyler altın çubuk nanopartiküllerle etkileştirilmiş ve SERS ölçümleri alınmıştır.Tayin limiti 2 kob/mL bakteri olarak belirlenmiştir. Analiz süresi; modifiye altın selüloz nanofibril yüzeyle bakteri etkileşim süresi 30 dakika ve modifiye yüzeye tutturulmuş bakteri ile modifiye altın çubuk nanopartikül etkileşim süresi 30 dakika olmak üzere toplamda 1 saattir. Geliştirilen yöntemin Raman haritalandırma yöntemi kullanılarak hedef molekülün (DTNB) yüzey üzerindeki dağılım yoğunluğu görsel olarak gösterilerek elde edilen sonuçlar desteklenmiştir. Son olarak geliştirilen tayin yöntemi, biyolojik örnek olarak marul üzerinde test edilmiştir. Tez kapsamında geliştirilen yöntemin düşük konsantrasyonlarda E. coli bakterisini tayin edebildiği gösterilmiştir.
Patojenik mikroorganizmaların tanısına yönelik elektrokimyasal nanogenosensör tasarımı
Bu çalışmada, patojenik mikroorganizmaların tayinine yönelik elektrokimyasal temelli bir nanogenosensör tasarımı gerçekleştirilmiştir. Tek kullanımlık kalem ucu elektrotlar (PGE) sensör yüzeyi olarak kullanılmış ve bu sensör yüzeyleri Grafen Oksit (GO) nanomateryali ile zenginleştirilmiştir. Tasarımı yapılan nanogenosensörde model mikroorganizma olarak Escherichia coli (E. coli) bakterisine ait 22 baz uzunluğundaki gen bölgesi kullanılmıştır. Model patojenik mikroorganizma E. coli'nin hem sentetik dizileriyle hem de gerçek örnekleriyle çalışılmıştır. Genosensörün hassasiyet ve seçiciliğini artırmak için Grafen Oksit nanomateryali kullanılmıştır. Grafen, karbon atomunun sp² hibritleşmesi yapan bal peteği örgülü yapılarından meydana gelen iki boyutlu bir nanomateryaldir. Grafen Oksit (GO) ise; grafitin oksidasyonu ile elde edilen grafen türevidir. Grafen oksitin yapısında farklı oksijen grupları bulunduğu için diğer moleküller ile daha iyi bağlanma imkanı sunmaktadır. Bu amaçla, Grafen Oksitin yüzeye daha iyi bağlanması için sensör yüzeylerine karbodimid kimyası uygulanarak, Grafen Oksit modifikasyonu gerçekleştirilmiştir. GO kaplı sensör yüzeylere kovalent yolla E. coli prob dizisi immobilize edilerek, E. coli hedef dizi ve tüm bazları hedeften farklı Mycobacterium tuberculosis hedef dizi ile hibridizasyona tabi tutulmuştur. Sensör yüzeyindeki etkileşimler 5mM [Fe(CN)6]3-/4- varlığında Elektrokimyasal Empedans Spektroskopisi (EIS) yöntemi ile analiz edilmiştir. Tüm nanogenosensörün seçiciliği ve optimizasyon koşulları sentetik diziler ile elde edilmiştir. En uygun hibridizasyon koşullarını (prob ve hedef konsantrasyonu, hibridizasyon tamponu, yıkama tamponu vb.) saptamak amacıyla çalışmalar yapılmıştır. Optimizasyon koşullarının elde edilmesinin ardından PCR ürünleri (gerçek örnekler) ile çalışmaya başlanmıştır. Belirlenen tüm optimum koşullar altında tasarlanan nanogenosensörü doğrulayıcı çalışmalar ile devam edilmiştir. Kalıtsal ve bulaşıcı hastalıkların tanısında kullanılan diğer yöntemlere göre; daha hızlı, kolay ve maliyeti düşük bir nanogenosensör tasarımı gerçekleştirilmiştir. Yüzey alanları ve hassasiyetlerini artıran bu nanogenosensörler, klinik tanıya uygulanabilirliği ve tek kullanımlık sistem ile mikroçip teknolojilerinin temeli olduğu belirlenmiştir.
Bakteriyel protein sentezi elongasyon faktörü Tu üzerindeki fosforilasyonun rolü
Elongation factor Tu (EF-Tu) plays a crucial role of carrying aminoacylated-tRNA molecules to the ribosome during the elongation phase of protein synthesis. Being a guanine nucleotide binding protein, EF-Tu is inactive when in complex with GDP whereas binding of GTP switches the protein to its active state in which EF-Tu forms a ternary complex with an aminoacylated-tRNA alongside GTP. Moreover, a critical phosphorylation of the conserved threonine in the 382th position of Escherichia coli EF-Tu abolishes the ability of EF-Tu to form a ternary complex. Although this phosphoryla-tion taking place in vivo and its effect on EF-Tu function has been revealed long ago, the responsible kinase for this phosphorylation remained unknown. In this study, the critical threonine is substituted by alanine, aspartic acid or serine in order to further analyze the role of this residue in EF-Tu function. None of the mutations have an effect on GDP or GTP binding capability of EF Tu. However, only the serine mutant retains the ability to bind aminoacylated-tRNA whereas the other two fail either to make or to preserve the bond as successful as the wild type. The T382 mutants are also used as negative or neu-tral controls in the process of searching for the protein kinase responsible for the EF-Tu phosphorylation. A eukaryotic like serine/threonine kinase in Bacillus subtilis, PrkC, was shown to be specifically phosphorylating the critical threonine residue in vitro in a recent study, which in turn led our study to a search of PrkC homolog in Escherichia coli. A recently identified protein kinase, RdoA, showed similarities to PrkC in its amino acid sequence and is chosen as the candidate protein kinase. Eventually, RdoA was cloned and expressed as a recombinant protein and the purified protein was used in in vitro experiments. EF-Tu is shown to be phosphorylated in its T382 residue by RdoA. However, the questions whether RdoA is the specific kinase that phosphorylates EF-Tu in vivo remains unanswered.
Kefirden izole edilen mayaların antimikrobiyal etkileri
Bu çalışmanın amacı, kefirden izole edilen maya izolatlarının bazı patojen mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etkilerini araştırmaktır. Yapılan çalışmada ilk olarak çeşitli markaların ticari kefirleri ile kefir danelerinden hazırlanan kefir içeceklerinden maya izole edilmiştir. Ardından bu mayaların Aspergillus flavus ve Aspergillus niger ile Escherichia coli ve Staphylococcus aureus üzerinde antimikrobiyal etkileri araştırılmıştır. Bu mikroorganizmalara karşı önce nokta ekim ve kuyucuk difüzyon yöntemleri uygulanmıştır. Nokta ekim yönteminde küfler üzerinde antimikrobiyal etkiyi gösteren zon çapının oluşmadığı, bununla birlikte sporlanmanın azaldığı görülmüştür. Kuyucuk difüzyon yönteminde ise bakterilere karşı oluşan zon çapı <1 mm olarak belirlenmiştir. Son olarak mikrodilüsyon yöntemiyle E. coli ve S. aureus'a karşı maya izolatlarının antibakteriyel etkisi optik yoğunluk ölçümü yapılarak 2 saat aralıklarla 24 saat boyunca incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre mayaların E. coli ve S. aureus gelişmesini tam olarak önlemediği görülmüştür. Bununla birlikte mayaların S. aureus'a karşı daha yüksek antibakteriyel etki gösterdiği belirlenmiştir.
Çocuklarda üriner sistem enfeksiyonu etkeni olan escherichia coli izolatlarında virülans faktörleri, filogenetik grup özellikleri ve ST131 klonu varlığının araştırılması
AMAÇ: Bu çalışmada; Ocak 2021 – Eylül 2021 tarihleri arasında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Cebeci Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarında 3-18 yaş arası çocuk hastaların üriner sistem enfeksiyonu (ÜSE) ön tanısıyla gönderilen idrar örneklerinden elde edilen 100 ilk, 100 tekrarlayan ÜSE etkeni toplam 200 adet Esherichia coli izolatının antimikrobiyal direnç oranları, filogenetik grup dağılımları, virülans faktörleri sıklığı ve O25b/ST131 klonuna ait olup olmadıkları değerlendirilmiştir. Elde edilen verilerin ilk ve tekrarlayan ÜSE etkenleri arasındaki ve O25b/ST131 klonuna ait olan ve olmayan izolatlar arasındaki dağılımları araştırılarak, ülkemizdeki sürveyans verilerine katkıda bulunmanın yanı sıra daha etkin bir ÜSE yönetimi için geliştirilebilecek tanı, tedavi ve profilaksi seçenekleri için yapılacak yeni çalışmalara ışık tutması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Konvansiyonel yöntemler ile tanımlanan izolatların antimikrobiyal duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üretimleri çift disk sinerji testi ile değerlendirilmiş, biyofilm oluşumları mikroplak yöntemi, hemolizin üretimleri kanlı agara ekim tekniği ile araştırılmıştır. Filogenetik gruplandırma, O25b/ST131 klonu, virülans genlerinin araştırılması, izolatların moleküler düzeyde üropatojenik E. coli (UPEC) olarak sınıflandırılması ve virotiplendirilmelerinde polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) kullanılmıştır. Aynı hastadan farklı zamanlarda toplanan izolatların arasındaki ilişkiyi ortaya koymak için değişken alanlı jel elektroforezi (PFGE) yapılmıştır. BULGULAR: En yüksek antimikrobiyal direnç oranı ampisilin (n=100, %50), amoksisilin-klavulanik asit (n=43, %21,5), sefazolin (n=99, %49,5), sefotaksim (n=43, %21,5) ve trimetoprim-sülfametoksazol'e (n=55, %27,5) karşı gözlenmiştir. Tekrarlayan ÜSE etkenlerinde (n=100) ilk ÜSE etkenlerine göre sefotaksim (n=29, %29), sefepim (n=25, %25) ve trimetoprim-sülfametoksazol (n=35, %35); O25b/ST131 izolatlarında (n=67) ise bu klonda olmayanlara (n=133) göre siprofloksasin (n=17, %25,4), amikasin (n=3, %4,5) ve gentamisin (n=10, %14,9) direnç oranları daha yüksek saptanmıştır (p<0,05). İzolatların 58'inin (%29) çoklu ilaca dirençli (ÇİD) olduğu, 38'inin (%19) GSBL ürettiği bulunmuştur. Tekrarlayan ÜSE etkenlerinde ÇİD ve/veya GSBL üreten izolatların oranı ilk ÜSE etkenlerine göre daha fazla bulunmuştur (sırasıyla n=36 (%36) / n=22 (%22); n=27 (%27) / n=11 (%11); p<0,05). İzolatların 3'ünde (%1,5) biyofilm oluşumu gözlenmiş, bu izolatların tamamı filogenetik grup A'ya ait bulunmuştur. Hemolizin üretimi izolatların 29'unda (%14,5) görülmüş olup, hemolizin üreten izolatlar içinde O25b/ST131 klonunun oranı bu klona ait olmayan izolatlara göre daha yüksek saptanmıştır (sırasıyla n=23 (%79) / n=6 (%21); p<0,0001). İzolatların 91'inin (%45,5) D, 75'inin (%37,5) B2, 25'inin (%12,5) A ve 9'unun (%4,5) B1 filogenetik grubunda yer aldığı bulunmuştur. B2 ve D grubunda yer alan izolatların antimikrobiyal dirençlerinin daha yüksek olduğu ve daha fazla sayıda virülans geni taşıdıkları saptanmıştır (p<0,05). İzolatların 67'si (%33,5) O25b/ST131 klonuna ait bulunmuştur. İlk ve tekrarlayan ÜSE etkenleri içindeki O25b/ST131 klonu oranları benzer bulunmuştur (p>0,05). İzolatların en sık adezyon [fimH n=194 (%97), papA n=114 (%57), yfcV n=99 (%49,5)] ve demir edinim sistemlerine [fyuA n=171 (%85,5), chuA n=156 (%78), iutA n=146 (%73)] ait virülans genleri taşıdıkları görülürken, en az oranda toksin grubu [vat n=64 (%32), hlyA n=31 (%15,5), cnf I n=13 (%6,5)] virülans genleri bulunmuştur. O25b/ST131 klonuna ait izolatlarda tüm virülans faktörleri bu klona ait olmayan izolatlara göre daha sık saptanmıştır (p<0,05). Antimikrobiyal direnç ile en sık birlikte görülen virülans geni papA olmuştur (ampisilin, amoksisilin-klavulanik asit, piperasilin-tazobaktam, sefazolin, sefotaksim, sefepim, siprofloksasin ve trimetoprim-sülfametoksazol direnci, p<0,05). İzolatların 101'i (%50,5)'i moleküler analizle UPEC olarak tanımlanmıştır. O25b/ST131 klonuna ait izolatların 65'i (%97), bu klona ait olmayan izolatların ise 36'sı (%27,1) moleküler analizle UPEC olarak tanımlanmıştır (p<0,0001). Çalışmamızda O25b/ST131 klonundaki izolatların 40'ı (%59,7) virotip B, 18'i (%26,9) virotip C, 3'ü (%4,5) virotip A ve 3'ü (%4,5) virotip D olarak saptanmıştır. PFGE ile 15 hastaya ait 33 izolat değerlendirilmiş, dokuz hastanın (%60), sonradan toplanan izolatı ile ilk izolatının aynı profilde olduğu görülmüştür. SONUÇ: E. coli'ye bağlı gelişen ÜSE çocuklarda önemli bir sağlık sorunudur. Özellikle E. coli O25b/ST131 klonu virülans faktörü ve antimikrobiyal direnç oranlarının yüksek olması sebebiyle ciddi bir halk sağlığı sorunu haline gelmektedir. Bu klona ilişkin sürveyansa, tanı testlerine, tedavi algoritmalarına ve önleyici tedbirlere odaklanılması zorlu E. coli enfeksiyonlarına karşı koymada yardımcı olacak, yeni profilaksi, tedavi veya aşı stratejilerinin geliştirilmesine, taşıyıcılık ve kolonizasyonun önlenmesine yönelik çalışmalara ışık tutacaktır.
Clostridium sporogenes otolitik enzimlerinin Escherichia coli'de rekombinant ifade edilmesi
Geç şişme, özellikle yüksek pH'lı, sert ve yarı-sert peynirlerde gözlenen, Clostridium cinsi üyesi bakterilerin neden olduğu ve peynir endüstrisinde ekonomik kayıplara neden olabilen, en önemli fermentasyon kusurlarından biridir. Peynirin olgunlaşması esnasında karbondioksit ve hidrojen gibi gazların ortaya çıkması sonucunda peynir matrisi genellikle ortaya çıkan gazın basıncına dayanamamakta ve peynir yapısında gözenekler, çatlaklar ve yarıklar oluşabilmektedir. Bu gazlara ek olarak ortaya çıkabilen bütirik asit ve asetik asit gibi metabolitler istenmeyen, anormal peynir aromasına da sebep olabilmektedir. Son yıllarda ülkemiz süt sanayiinde kaşar peyniri üretiminde önemli sayıda geç şişme sorunu ile karşılaşılmakta ve bazen bu durum kaşar peynirinin raf ömrü içerisinde şiştiğine yönelik şikayetler ile tüketicilere de doğrudan yansıyabilmektedir. Çiğ süte uygulanan baktofügasyon işlemiyle bakteriyel sporların azaltılması, lizozim ve nisin gibi katkı maddelerinin kullanılması ve koruyucu starter kültür kullanımı gibi yöntemler bu soruna yönelik çözüm geliştirme amacıyla uygulanıyor olsa da sorunun tamamen çözüldüğünü söylemek güçtür ve bu yöntemlere çeşitli alternatiflerin geliştirilmesi gerekmektedir. Bu tez çalışmasının amacı, türe özgü ve özellikle Gram pozitif bakterilerde etkili olan otolitik enzimlerin peynir üretimindeki en önemli bozulma etkenlerinden biri olan Clostridium suşlarının inhibisyonu üzerindeki litik etkisini inceleyerek peynirlerde yaşanan geç şişme sorununun çözülmesine katkıda bulunmaktır. Bu kapsamda, yerel kaşar peyniri örneklerinden izole edilmiş Clostridium sporogenes hücrelerinin genomunda bulunan, spor korteks litik enzimi (SleB) ve D-alanil-D-alanin Karboksipeptidaz (CRB) isimli 2 otolitik enzim ilk defa klonlanmış ve E. coli konakçısında ifade edilmiştir. Çalışma sonucunda, rekombinant otolitik enzimlerin C. sporogenes suşları üzerinde kısmi inhibisyonu gözlemlenmiş olup, daha ileri çalışmalarla bu enzimlerin aktivitesinin geliştirilebileceği ve peynircilikte yaşanan geç şişme sorununa karşı alternatif olarak kullanılabilme potansiyelinin olduğu belirlenmiştir.
Antibakteriyel dolgulu kolonlarda su dezenfeksiyonu
ÖZET Yüksek Lisans Tezi ANTİBAKTERİYEL DOLGULU KOLONLARDA SU DEZENFEKSİYONU FİLİZ BAYRAKÇI Anadolu Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Çevre Mühendisliği Anabilim Dalı Danışman: Yrd. Doç. Dr. A. Savaş KOPARAL 2002, 64 sayfa Bu çalışmada, antibakteriyel dolgulu kolonlarda su dezenfeksiyonu gerçekleştirilmiştir. Geri döngülü sistemlerde farklı akış hızlarında, farklı kolon sıcaklıklarında ve farklı başlangıç bakteri derişimlerinde E.coli bakterilerinin hayatta kalma oranları araştırılmıştır. Sürekli sistemde ise belirli E.coli derişimine sahip çözeltiler kullanılarak farklı kolon sıcaklıklarının giderime olan etkisi incelenmiştir. Çalışmalar yüzey alanı arttırılmış ve küre şekilli dolgu malzemeli kolonlarda yapılmıştır. Ayrıca Porsuk Çay'ından alman su örneği ile gerçek kirlilik koşullarına sahip çalışmalar yapılmıştır. Anahtar Kelimeler: Antibakteriyel, Dezenfeksiyon, Escherichia coli
Kolibasillozisli broylerlerden aşılama öncesi ve sonrasında elde edilen kanatlı patojenik Escherichia coli izolatlarının filogenetik karakterizasyonunun incelenmesi
Amaç: Ticari zayıflatılmış canlı Escherichia coli aşısı ile aşılanan broiler sürülerinden elde edilen kanatlı patojenik E. coli (APEC) izolatlarının filogenetik gruplarındaki değişiklikleri, aşının filogenetik çeşitlilik üzerindeki etkilerini ve broylerlerin yaşamlarının erken ve geç dönemlerinde elde edilen APEC izolatlarının antibiyotik direnç profillerini karşılaştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmanın materyalini, 2022 yılı boyunca 15 çiftlikten, aşılama öncesinde 180 ve aşılama sonrasında 180 olmak üzere, toplam 360 E. coli izolatı oluşturdu. Bakteriyel identifikasyon ve antibiyotik duyarlılık testleri otomatize mikrobiyoloji sisteminde (BD Phoenix 100™) ve Gram-negatif identifikasyon kartı (NMIC/ID-433) kullanılarak yapıldı. İzolatların filogenetik gruplandırması chuA, yjaA, TspE4.C2 ve arpA genlerini hedef alan Clermont multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemine göre yapıldı. Filogenetik grupların aşılama öncesi ve sonrası dağılımı Ki-kare (χ2) testi ile istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Bulgular: Aşılama öncesinde, izolatlar sırasıyla B1 (%22,8), F (%21,7), E (%21,1), C (%12,2) ve D (%8,9) gruplarında yoğunlaşmıştır. Aşılama sonrasında ise grup A (%56,7) ve B1 (%27,2) grupları baskın hale gelirken; C, D ve B2 gruplarının tamamen kaybolduğu gözlemlenmiştir. Broylerlerin yaşamlarının erken döneminde, tetrasiklin ve penisilin grubu antibiyotiklere karşı yüksek direnç oranları tespit edilirken, geç dönemlerinde tetrasiklin, penisilin, kinolon ve folat grubu antibiyotiklere karşı direnç oranlarında belirgin bir artış gözlemlenmiştir. Sonuç: Broylerlere uygulanan ticari canlı zayıflatılmış E. coli aşının filogenetik grupların dağılımında dikkate değer değişikliklere neden olduğu, özellikle filogrup B1 hariç tüm filogruplarda önemli etkiye sahip olduğu belirlendi. İzolatların yaygın kullanılan antibiyotiklere karşı yüksek direnç oranlarına sahip olduğunu, ancak klinik açıdan kritik öneme sahip kolistin gibi antibiyotiklere karşı düşük direnç seviyeleri saptandı. Anahtar kelimeler: İlaç Direnci, Kanatlı Hayvan, Aşı, Escherichia coli, Filogeni.
Farklı kaynaklardan izole edilen CTX-M-15 üreten escherichia coli izolatlarının plazmid replikon tipleri varlığı yönünden incelenmesi
Genişlemiş spektrumlu β-laktamaz (GSBL) üreten Escherichia coli'ler son yıllarda klinik örneklerden artan oranda izole edilmektedir. Hayvansal kaynaklı gıdaların ve su kaynaklarının GSBL üreten E. coli ile kontamine olmasından dolayı bu kaynakların insan enfeksiyonları için bir rezervuar olabileceği bildirilmiştir. Bu tez çalışmasında, 41 adet CTX-M-15 pozitif ve epidemiyolojik yönden ilişkisiz E. coli izolatının barındırdıkları plazmid replikon tiplerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırılmıştır. Buna ilaveten, tüm izolatların fenotipik fosfomisin direnç varlığı ve fosfomisin direncinden sorumlu plazmid aracılı fosA3 geninin varlığı araştırılmıştır. İzolatlar Türkiye'de daha önceki yıllarda yapılan çalışmalarda farklı kaynaklardan [tavuk eti ve çiğ süt, sürk peyniri, atık su (arıtma ve Asi Irmağı)] izole ve karakterize edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen insan klinik (n=8) izolatları ise; blaCTX-M-15 varlığı, klonal ilişkileri ve antimikrobiyal direnç profilleri yönünden bu çalışmada karakterize edilmişlerdir. Çalışmanın sonucunda, hiçbir izolatta fenotipik fosfomisin direncine ve fosA3 geninin varlığına rastlanılmamıştır. İncelenen 30 adet replikon tipi içerisinde toplamda 12 replikon tipinin (FIA, FIB, FIBKN, FII, X1, A/C, U, N, HI2, I2, I1α ve I1γ) varlığına rastlanılmıştır. Bulunan replikon tipleri arasında FIA, FIB, FIB KN ve FII'nın varlığı kaynaklar arasında istatistiksel olarak anlamlı oranda farklılık göstermiştir. FII replikon tipi toplamda 22 izolatta rastlanılmış olup, su ve tavuk eti izolatlarında diğer izolatlara göre istatistiksel olarak anlamlı oranda (P˂0,05) daha yaygın olduğu tespit edilmiştir. FIB replikon tipine tavuk eti, su ve klinik örneklerden soyutlanan izolatların %36.6'sında rastlanılmış olup çiğ süt ve peynir örneklerinden elde edilen izolatlarda rastlanılmamıştır. Benzer olarak, FIA replikon tipine su ve klinik örneklere ait izolatların %29.2'sinde rastlanılmış olup, diğer izolatlarda varlığına rastlanılmamıştır. Ancak, bu sonuçlardan farklı olarak, FIB KN replikon tipine sadece çiğ süt (n=6) ve Sürk peynirine ait izolatlarda (n=4) rastlanılmıştır (P=0,001). Sonuç olarak, incelenen izolatların çoğunda birden fazla replikon tipinin var olduğu ve kaynaklar arasında replikon tiplerinin istatistiksel olarak farklı olduğu ortaya koyulmuştur.
Yeraltı suyunun ileri dezenfeksiyonu ve toksisitesinin incelenmesi
Bu çalışmada, yeraltısuyunun bor katkılı elmas, iridyum oksit ve grafit elektrotların kullanıldığı paralel plaka ve grafit raschig elektrot ile damlatmalı reaktörlerde elektrokimyasal yükseltgeme ile dezenfeksiyonu gerçekleştirilmiştir. Paralel plaka reaktör ile yapılan çalışmalarda kesikli ve sürekli sistemde çalışılmış, arıtım süresinin ve uygulanan akım yoğunluğunun E. coli bakterilerinin hayatta kalma oranına ve toksisitelerine etkileri araştırılmıştır. Sürekli sistemde yapılan çalışmalarda, belli bir başlangıç E. coli derişimine sahip çözeltiye değişik akış hızlarında, farklı akım yoğunlukları uygulanmış ve hayatta kalma oranı incelenmiştir. Damlatmalı reaktörde yapılan çalışmalarda ise belli bir başlangıç E. coli derişimine sahip çalışma çözeltisi, farklı akış hızlarında, reaktöre gerilim uygulanarak elektrokimyasal yükseltgeme ile dezenfekte edilmiş ve hayatta kalma oranı ve toksisitesi incelenmiştir. Ayrıca, Eskişehir yeraltı suyundan alınan su örneği, hem paralel plaka hem de damlatmalı reaktörlerde elektrokimyasal dezenfeksiyona tabi tutulmuştur. Sonuç olarak, paralel plakalı reaktörlerin dezenfeksiyonda daha etkin olduğu, bununla birlikte tüm elektrot malzemelerinde elektrokimyasal dezenfeksiyonun yeraltı suyu için başarılı bir şekilde gerçekleştirilebildiği ancak yüksek bakteri derişimlerinde tam ölümün sağlandığı durumlarda toksikolojik incelemelerinin yapılması gerektiği sonucuna varılmıştır.
Nifuroksazit analogları içeren yeni benzimidazol türevlerinin sentezleri ve antimikrobiyal aktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmada yeni Nifuroksazit analogları içeren yeni benzimidazol türevlerinin sentezlenmesi, spektroskopik analizler ile yapılarının doğrulanması, antimikrobiyal ve sitotoksik etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Günümüzde mikrobik enfeksiyonların tedavisinde kullanılan birçok ilaç bulunmasına rağmen, mikroorganizmaların antimikrobiyal etkili ilaçlara kısa sürede rezistans kazanması, istenmeyen yan etkiler, toksik etkiler ve enfeksiyonlara karşı ideal özelliklere sahip kemoterapötik bileşiklerin henüz geliştirilememiş olması nedeniyle bu alandaki çalışmalar halen devam etmektedir. Bu çalışmada tasarlanan benzimidazol bileşikleri mikrodalga destekli reaksiyonlar sonucu sentez edilecektir. Sentezlenen türevlerin yapıları IR, 1H-NMR, 13C-NMR, Kütle spektroskopik verileri ve Elemental analiz sonuçları ile aydınlatılmıştır. Sentezlenen bileşiklerin antimikrobiyal ve sitotoksik etkileri in-vitro aktivite testleri ile belirlenmiştir. Yapısında 6-florobenzimidazol, hidrazon ve 2-metilfenil grupları taşıyan C44 kodlu bileşik MIC90 ≤1.95 µg/mL değeri ile Escherichia coli O157:H7 ve Escherichia coli'ye karşı en yüksek aktiviteyi göstermiştir. Aynı bileşiğin sitotoksisite testi sonucunda IC50 değerinin MIC90 değerinden 107.81 kat daha yüksek olduğu tespit edilmiştir
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten nozokomiyal Escherichia coli izolatlarında beta-laktamaz genleri ve klonal ilişkinin araştırılması
Amaç: Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten mikroorganizmalar dünyada önemli bir problemdir ve özellikle CTX-M beta laktamazı üreten Escherichia coli tüm dünyada yayılmakta, hem nozokomiyal hem de toplumsal kaynaklı infeksiyonlara neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı GSBL üreten hastane kökenli Escherichia coli izolatlarında beta laktamaz gen prevalansı, antibiyotik duyarlılıkları ve klonal ilişkilerini araştırmaktır.Gereç ve yöntem: İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezinde Haziran 2010-Haziran 2011 tarihleri arasında yatan hastalardan izole edilen toplam 76 GSBL üreten E. coli suşu çalışmaya alındı. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Klinik Laboratuvar ve Standartlar Enstitüsü'ne (CLSI) göre Kirby Bauer disk difüzyon yöntemiyle saptandı. GSBL varlığı Çift Disk Sinerji Testi ile saptandı, şüpheli olgularda sefotaksim/sefotaksim klavulanik asit E test şeriti (AB-Biodisk) kullanıldı. TEM, SHV, CTX-M, PER, VEB, GES, OXA-2 grup ve OXA-10 grup beta laktamaz genlerinin varlığı bu bölgelere özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyon (PZR) yöntemi ile araştırıldı. Suşlar arasındaki klonal ilişkilerin tespiti için PFGE (pulsed field gel electrophoresis) yöntemi kullanıldı.Bulgular: GSBL üreten E. coli izolatları en sık yoğun bakım (%35), dahiliye (%16) ve genel cerrahi (%13) bölümlerinden izole edildi. GSBL üreten E. coli'lerin en sık izole edildiği örnekler idrar (%34), kan (%33) ve yara (%21) olmuştur. Suşların tamamı imipenem, meropenem ve amikasine duyarlı bulundu. İzolatların hiçbiri sefotaksim ve seftriaksona duyarlı bulunmadı. GSBL pozitif E. coli izolatlarının ertapeneme duyarlılığı %83, piperasilin/tazobaktama %61, sefaperazon/sulbaktama %63, seftazidime %18, sefepime %25, aztreonama %20 olarak saptandı. E. coli suşlarında CTX-M, TEM, OXA-2 grup, PER, SHV, OXA-10 grup beta laktamaz oranları, sırasıyla %89.5, %59.2, %15.8, % 14.5, %11.8 ve %3.9 olarak saptandı. İzolatların hiçbirinde GES ve VEB beta laktamaz geni saptanmadı. Bir izolatda araştırılan beta laktamaz genlerinden hiçbiri saptanmadı. PZR analizi sonucu 25 izolatta TEM ve CTX-M beta laktamazı birlikte, 20 izolatta yalnız CTX-M beta laktamaz geni ve 2 izolatta yalnız TEM beta laktamaz geni bulunduğu saptandı. SHV beta laktamazı hiçbir izolatda tek başına saptanmadı. PFGE yöntemi ile GSBL üreten izolatlar arası belirgin klonal ilişki saptanmadı.Sonuçlar: Bu çalışma ile hastanemizde nozokomiyal GSBL üreten E. coli suşları arasında CTX-M tipi enzimin yüksek sıklıkta olduğu gösterildi. GSBL üreten bakterilerin poliklonal olarak yayıldığı saptandı ve baskın epidemik suş tanımlanamadı. Direnç genlerinin mobil genetik elemanları ile aktarılmış olabileceği düşünülerek epidemik klonlar ile plazmidler arasındaki ilişkiyi açıklayacak plazmid analizi ve Multilokus sekans tipleme (MLST) gibi daha ileri çalışmalara gereksinim olduğu sonucuna varıldı.Anahtar Kelimeler: E. coli, beta laktamaz genleri, CTX-M, PFGE
Synthesis and activity studies on novel 6-methoxybenzothiazole-piperazine derivatives with propanamide chain
In this study, ten novel compounds, bearing N-(6-methoxybenzothiazol-2-yl)-3-(4-substituedpiperazinyl)propanamide backbone were synthesized. In vitro antibacterial and antifungal activity were determined using of Ofloxacin and Nystatin as standards respectively. To obtain starting compound, 2-amino-6-methoxybenzothiazole was acylated with 3-chloropropionyl chloride. After substitution of chlorine in 3-chloro-N-(6-methoxy-1,3-benzothiazol-2-yl)propanamide by different piperazine derivatives, the target compounds were obtained. Structure elucidation of the synthesized compounds were confirmed by UV, FT-IR, 1H-NMR, 13C-NMR, mass spectral and elemental analysis methods. In addition, their antibacterial and antifungal activity were evaluated in vitro by agar-based disc diffusion and minimum inhibitory concentration assays against Staphylococcus aureus (ATCC 6538), Pseudomonas aeruginosa (ATCC 15442), Escherichia coli (ATCC 11229) and Candida albicans (ATCC 10231) strains. According to activity results, the most active compounds were compounds 2 and 5 against Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli and Candida albicans with (inhibition zone: 12 mm). Docking studies were performed to predict the interactions of compounds in test set with DNA gyrase subunit B of S. aureus. Under light of docking studies, a new compound with promising GyrB inhibition was designed. Keywords: Antimicrobial, benzothiazole, piperazine, antibacterial, antifungal.
İdrarda bulunan üromodulinin (TAMM-horsfall proteini) escherichia coli, klebsiella pneumoniae, pseudomonas aeruginosa, enterococcus faecalis ve candida albicans üzerine olan etkisinin irdelenmesi
Üriner sistem enfeksiyonları (ÜSE), tüm dünyada her yıl 150 milyon kişiyi etkileyen en yaygın bakteriyel enfeksiyonlardan biridir. ÜSE geçirilmesine en sık neden olan mikroorganizma üropatojenik Escherichia coli (UPEC)'dir. Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeroginosa, Enterococcus faecalis, Candida albicans gibi mikroorganizmalar da etken olarak görülmektedir. Üromodulin (UMOD) üriner sistemin doğal bağışıklık mekanizmalarında görev aldığı bilinen idrardaki en bol proteindir. Bu çalışmanın amacı, idrardaki üromodulinin (UMOD) ÜSE oluşmasını önleyen veya tedavisine katkı sağlayan bir molekül olduğunu gösterip gelecekte bu molekülün bu tür enfeksiyonlarda destek amacıyla kullanılabilirliğini göstermektir. Çalışmaya 22 ila 72 yaş aralığında, 18 kadın 17 erkek olmak üzere toplam 35 sağlıklı gönüllü dahil edildi. Her bir sağlıklı gönüllünün ayrı ayrı idrar örneklerine, kob/ml cinsinden miktarları bilinen ve en sık ÜSE etkenleri olan yukarıda sayılan mikroorganizmalar ekilerek 24 saat inkübasyondan sonra kob/ml cinsinden miktarları ölçüldü. Daha sonra mikroorganizma ekilmiş ve ekilmemiş idrar numunelerindeki UMOD miktarları ölçülerek; bu mikroorganizmaların idrardan uzaklaştırılmasının sağlanması veya üremelerinin durdurulması konusunda, idrardaki UMOD seviyelerinin nasıl bir etki sağladığı ve bu mikroorganizmaların UMOD düzeyini nasıl etkilediği gösterildi. Verilerin istatistiksel analizinde IBM SPSS Statistics Versiyon 22.0 paket programı kullanılmış olup tüm analizlerde (p<0,05) sonucu istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, E. faecalis ve C. albicans'ın; inkübasyon sonrası ve inkübasyon öncesi ölçülen UMOD miktarları karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı azalma olduğu tespit edildi. Bu sonuçlar, idrardaki üromodulinin, bakteriyostatik ve/veya bakterisidal bir etkiyle üropatojen miktarını etkilediğini göstermekle birlikte; bu konuda daha fazla hasta sayısı veya çok merkezli yeni çalışmalara ihtiyaç olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Üriner Sistem Enfeksiyonu, Üromodulin, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecalis, Candida albicans
Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen escherıchıa colı suşlarının önemli virulens genlerinin ve antibakteriyel duyarlılıklarının incelenmesi
Bu çalışmada mastitisli sığır sütlerinden E. coli'nin izolasyonu, identifikasyonu, izolatların önemli virulens genlerinin [Shiga toksin 1 (stx1), Shiga toksin 2 (stx2), ısıya duyarlı toksin (lt), ısıya dirençli toksin (st), invaziv antijen lokusu (ial), intimin (eaeA), demet oluşturan pilus (bfpA), fimbrial antijen (aafII)] ve antibiyotik duyarlılık profillerinin incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak özel bir süt işletmesindeki mastitisli 328 inekten bir yıl boyunca alınan 390 süt örneği kullanıldı. E. coli izolasyonu klasik yöntemler kullanılarak gerçekleştirildi. Bakteri identifikasyonunun doğrulanmasında ve virulens genlerinin belirlenmesinde polimeraz zincir reaksiyonundan (PZR) faydalanıldı. İzolatların sekiz antimikrobiyal aileye ait on antibiyotiğe karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile incelendi. Çalışmada mastitisli süt örneklerinin % 17,2'sinden (67/390) E. coli izole ve identifiye edildi. İzolatların % 19,4'ünün (13/67), incelenen virulens genlerinden en az bir tanesini taşıdığı belirlendi. En sık görülen virulens genleri stx1 (5/13=% 38,5), stx2 (2/13=% 15,4), st (2/13=% 15,4), lt (1/13=% 7,7), eaeA (3/13=% 23,1) iken; bfpA ve aafII genleri hiçbir izolatta bulunmadı. Virulens geni taşıyan izolatların % 53,8'i (7/13) EHEC, % 23,1'i (3/13) ETEC ve % 23,1'i (3/13) EPEC olarak tespit edildi. İzolatların% 89,5'i (60/67), % 37,3'ü (25/67), 35,8'i (24/67) kloramfenikol, ampisilin ve tetrasikline dirençli olduğu tespit edilirken; kullanılan diğer 8 antibiyotik için direnç % 2,9 ile % 22,3 arasında değişti. İzolatların % 3,0 (2/67)'ü kullanılan tüm antibiyotiklere duyarlı iken; % 30,0'u (20/67) çoklu direnci gösterdi. Antimikrobiyal duyarlılık, bakterilerin direnç profillerindeki değişiklikleri saptamak için izlenmelidir. Anahtar kelimeler: Escherichia coli, mastitis, antibiyogram, virulens gen
Taze peynirlerden izole edilen E.coli suşlarının genotiplendirilmesi
Bu araştırmada, Aydın ilinde üretilen taze peynirlerden izole edilen E.coli suşlarının RAPD-PCR yöntemi ile genotiplendirilerek filogenetik yakınlıklarının ve ekolojik çeşitliliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada, Aydın ili ve çevresinde farklı mandıralarda üretilip, mandıra satış noktalarında, marketlerde ve semt pazarlarında satışa sunulan taze peynirler koliform bakteri sayısı ile E. coli varlığı yönünden incelenmiştir. Farklı satış noktalarından toplam 100 taze peynir numunesi, her bir numuneden 250 gram olacak şekilde steril poşetler içerisinde soğuk zincir altında Adnan Menderes Üniversitesi, Veteriner Fakültesi Besin Hijyeni ve Teknolojisi Anabilim Dalı Mikrobiyoloji Laboratuvarına getirilmiştir. Taze peynir örneklerinin zenginleştirilmiş ve selektif besiyerlerine ekimlerini takiben izole edilen E.coli şüpheli bakterilerin biyokimyasal yöntemlerle identifikasyonu yapılmıştır. İdentifikasyon sonuçları PCR ile doğrulanmıştır. İzole edilen E.coli suşları RAPD-PCR yöntemi ile genotiplendirilmiştir. Sonuç olarak araştırmamızda 77 adet taze peynir örneğinde ortalama 4,83 log kob/g koliform bakteri saptanmış, koliform bakteri saptanan 77 adet taze peynir örneğinin 22 sinden 44 adet E.coli izolatı elde edilmiştir. Elde edilen 44 adet izolat PCR yöntemi ile de E.coli olarak doğrulanmıştır. Bu izolatların RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi sonucu 22 farklı genotip belirlenmiştir.
Çanakkale ilindeki mezbahaların kritik kontrol noktalarından alınan numunelerde koliform, Escherichia coli ve Escherichia coli 0157: H7 varlığı üzerine araştırmalar
öz Bu çalışmada, Çanakkale ilindeki merkez, Ezine ve Biga mezbahalarından Nisan-Temmuz 2002 ayları arasında koliform, E.coli analizi için karkas (but, karın ve göğüs bölgelerinden), deri ve çevresel örnekler (işçi elleri, elbiseleri, kullanılan bıçak, balta, su), E.coli 0157.H7 varlığının araştırılması için bunlara ilaveten rektumdan alınan örnekler incelenmiştir. E.coli 0157.H7 analizi için incelenen toplam 299 örnekten E.coli 0157.H7 izole edilemezken, sığırlardan ve koyunlardan alınan toplam 198 karkas ve deri örneklerinin 97'sinde (%48.98) koliform grubu mikroorganizma, 83'ünde (%41.91) E.coli tespit edilmiştir. Sığır karkaslarından alınan örneklerdeki E.coli sayılarının 5 (% 2.52) örnekte tolere edilebilir sınırı aştığı görülmüştür. Ayrıca işçi elleri, elbiseleri, bıçaklar, baltalar ve sulardan oluşan toplam 49 çevresel örneğin 23'ünden (%46.93) koliform grubu mikroorganizma, 14'ünden (%28.57) ise E.coli izole edilmiştir. Araştırma sonunda, Çanakkale ilindeki mezbahalarda yapılan kesimlerde hijyen yönüyle yetersizlik olduğu tespit edilmiş, kesim öncesinde, kesim sırasında ve sonrasında deriden karkasa mikrobiyal kontaminasyonun önlenmesini, çalışanların, kullanılan alet ve ekipmanların hijyen düzeylerinin arttırılmasını sağlayacak tedbirlerin alınmasında iyi üretim uygulamaları (GMP) ve HACCP prensiplerinin benimsenmesinin gerekliliği düşünülmüştür. Anahtar Kelimeler: Mezbaha, hijyen, E.coli OJ57:H7, E.coli, koliform.
Çanakkale şehir şebeke suyunda ağır metal analizi ve bakteriyolojik inceleme
Bu çalışmada, 20 Nisan-5 Mayıs 2007 tarihleri arasında, Çanakkale şehir şebeke suyunun farklı 40 noktasından örnekler alınıp gerekli ön işlemler uygulandıktan sonra arsenik (As), kurşun (Pb), bakır (Cu), çinko (Zn) ve kadmiyum (Cd) ağır metallerinin miktar ve mikrobiyolojik analizleri yapılmıştır. Bu analizlerde Pb, Cu Zn ve Cd için ICP-AES (Inductively Couple Plazma Atomic Emission Spectroscopy) cihazı, As tayini için Diferansiyel Puls Anodik Sıyırma Voltametri cihazı kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre Cd belirleyebilme limitinin altında, As 0,95-11,9 µg/l, Cu 0,004-0.58 mg/l, Pb <0,08 mg/l, Zn 0-5,30 mg/l değerleri arasındadır. Türkiye Su Standartları (TSE 266), Dünya Sağlık Örgütü (WHO), Çevre Koruma Ajansı (EPA) ve Avrupa Topluluğu (EC) su standartları ile karşılaştırıldığında As, Pb, Cu, Zn ve Cd değerlerinin müsaade edilen sınırlar içinde olduğu görülmüştür.Aynı noktalardan alınan su örneklerinin mikrobiyolojik analizleri membran filtre yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre toplanan 40 adet su numunesinin 28'i (%70) toplam bakteri yönünden, 18'i (%45) koliform bakteri yönünden ve 1 tanesi de (%2,5) Escherichia coli yönünden TSE 266, WHO, EPA ve EC su standartlarına göre kirli konumda olduğu saptanmıştır.