Çukurova bölgesinden izole edilen çoklu ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis kompleks suşlarındarpoB, KatG ve inhA genlerindeki genomik mutasyonlar

En azından rifampisin (RIF) ve izoniazide (INH) dirençli olan çok ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis (MDR-TB), tedavinin daha karmaşık olması, maliyeti ve yan etkileri nedeniyle halk sağlığı için büyük bir tehdittir. RIF ve INH'ye karşı direnç genellikle rpoB ve KatG genlerinde, inhA promotöründe ve oxyR-ahpC intergenik bölgelerinde gen mutasyonları ile ortaya çıkarmaktadır. Modern genomik bilimin gelişimi, ilaç direncinin moleküler mekanizmasını anlamak ve ilaca dirençli M. tuberculosis'i teşhis etmek için bize etkili bir yöntem sunmaktadır. Türkiye'nin Çukurova Bölgesi'nden 70 klinik M. tuberculosis suşunda 4 gen veya intergenik bölgedeki değişiklikleri bulmak için tüm genom dizileme (WGS) kullanılmıştır. Suşlar 40 MDR-TB ve 30 pan-duyarlı izolat içermekteydi. Daha sonra bu değişikliklerin RIF ve INH'ye karşı dirençle ilişkisi incelenmiştir. Sonuçlar, fenotipik oransal yöntemle karşılaştırıldığında, direnç tespiti için WGS'nin duyarlılığı ve özgüllüğünün RIF için %77,5 ve %100,0 (rpoB'deki mutasyonlara dayalı olarak), INH için %80 ve %100, %30 ve %100 ve %12,5 ve %93,3 (sırasıyla katG, inhA ve oxyR-ahpC'deki mutasyonlara dayalı olarak) olduğu görülmektedir. WGS verileri ayrıca inhA promotöründeki mutasyonların katG deki mutasyonlara bağlı olarak INH için duyarlılığı yalnızca %5 artırdığını göstermiştir. Ayrıca, oxyR-ahpC intergenik bölgelerindeki mutasyonlar, katG geni ve inhA promotöründeki mutasyonlara bağlı olarak INH için özgüllüğü %6,3 oranında azaltmıştır. RIF dirençli izolatların S450L (%52,5), H445T (%7,5), A435V (%7,5), L430P (%5), L430L (%2,5) ve 494 (%2,5) kodonları rpoB geninde en yüksek mutasyon oranını sergilemiştir. katG geninin en çok değişen kısımları S315T (%52,5), S315A (%2,5), G316S (%7,5), L336P (%5), S309T (%5), T328C (%2,5), A311P (%2,5) kodonları ve bir suşta hem T328C hem de S315A (%2. 5); inhA promotörünün C-15T (%25), G-47C (%2,5) ve G-64C (%2,5) pozisyonları; ve INH dirençli izolatlar arasında oxyR-ahpC'nin G-88A (%5), G-48A (%2,5) ve T17C (%5) pozisyonları.