459
Arşivlenen Tez
6
DOI Atanmış
1%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Cevizin SSR, SNP ve DArT markörleri ile yoğun genetik bağlantı haritasının oluşturulması
Ceviz (Juglans regia L.) dünyada en önemli sert kabuklu meyve türlerinden biridir. Ceviz aynı zamanda ülkemiz için de çok önemli bir meyve türüdür. Uzun gençlik kısırlığı nedeniyle cevizde ıslah programları uzun zaman almaktadır. İşte bu zorluğun üstesinden gelmek için moleküler yöntemlerin kullanılması gerekmektedir. Bu nedenle, bu çalışma cevizin (1) ilk SSR esaslı genetik haritasını oluşturmak, (2) SSR, SNP ve DArT markörlerini kullanarak cevizde yüksek yoğunlukta haritalar elde etmek amaçlamıştır. Genetik haritalama da Chandler x Kaplan-86 F1 populasyonu kulanılmıştır. Toplamda 1,438 adet SSR primer çifti taranmış ve 505 adet açılım gösteren SSR markörü F1 populasyonunda analiz edilmiştir. Chandler genetik haritasında 279 markör haritalanırken, Kaplan-86 genetik haritasında 274 SSR markörü haritalanmıştır. Birleştirilmiş genetik harita 166 adedi ortak markör olmak üzere toplamda 387 adet markör içermiştir. Birleştirilmiş genetik haritanın toplam uzunluğu 1,569.9 cM olmuş ve ortalama LG uzunluğu 98.1 cM olmuştur. Cevizin yüksek yoğunluktaki genetik haritası sekanslama yöntemiyle genotiplendirme metodu kullanılarak mevcut SSR genetik haritasına SNP ve DArT markörlerinin eklenmesiyle elde edilmiştir. Chandler genetik haritası 3,483 markör içerirken, Kaplan-86 genetik haritası ise 4,275 SSR, SNP ve DArT markörü içermiştir. Chandler genetik haritasının toplam uzunluğu 1,248.9 cM iken, Kaplan-86 genetik haritasının toplam uzunluğu 1,826.5 cM olmuştur. Chandler ve Kaplan-86 genetik haritalarında cM başına sırasıyla 3.0 ve 2.4 markör düşmüştür. Chandler genetik haritasında herbir LG ortalama 234.7 markör içerirken, Kaplan-86 genetik haritası 267.2 markör içermiştir. Sonuç olarak, bu çalışma kapsamında cevizde ilk olarak SSR esaslı genetik harita elde edilmiş ve yüksek yoğunlukta genetik haritalar oluşturulmuştur. Bu tez kapsamında elde edien veriler cevizde bundan sonra yapılacak QTL analizleri, ıslah ve genetik çalışmaların altyapısını oluşturacaktır.
Antidepresan Escitalopramın moleküler modellemesi, DNA etkileşim özellikleri, sitotoksisitesi ve genotoksisitesi
Escitalopram Oksalat (EO), Türkiye ve çeşitli Avrupa ülkelerde en çok reçete edilen antidepresanlardan biridir, fakat hücre seviyesinde etkisini gösteren yeterli çalışma mevcut değildir, bu nedenle burada Escitalopram Oksalat'ın DNA ve hücre düzeyindeki etkilerinin incelemesi amaçlanmıştır. Escitalopram Oksalat (EO)'ın moleküler etkileşim modellemesi ve DNA etkileşimi autodock analizi ile araştırılmıştır. EO'ın sitotoksik etkisi Metiltiyazolil Diphenyl-tetrazolium bromür (MTT) testi, Minimum Bakterisidal Konsantrasyon (MBC) ve Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MİC) yöntemleri ile belirlenmiştir. Escitalopram Oksalat'ın DNA düzeyindeki genotoksik etkisi ise UV-Vis spektrofotometre ve agaroz jel elektroforezi teknikleri ile araştırılmıştır. Autodock analizinde EO'nun kovalent olmayan bağlar ile DNA'nın minor yarığı ile etkileşime girdiği gözlenmiştir. MTT sonucunda EO 50 μM konsantrasyonunda NIH 3T3 hücrelerinde sitotoksik etki göstermiştir. E.coli ve Bacillus subtilis için ilacın MİK değeri 0.185mM ve 0.55mM olarak belirlenmiştir. Escitalopram Oksalat 5, 15 ve 45 mM konsantrasyonlarında E.coli'yi öldürürürken, Bacillus subtilis'i öldürmemiştir. EO'nun UV-Vis spektrofotometre çözeltisinin 238 nm'deki absorpsiyon değeri, DNA'nın eklenmesi ile artarak hiperkromik etki göstermiş olup DNA bağlanma değeri (Kb) 0.035 M−1'dir. DNA ve EO karışımına CuCl2 ve 2H2O ilave edilerek kontrol DNA'sı ile karşılaştırıldığında çift iplikli DNA'da herhangi bir kırık gözlenmemiştir. Ayrıca, EO DNA'yı hidroksil serbest radikaline karşı korumuştur.
Karpuz genetik kaynaklarında ovül-ovaryum kültürü yöntemiyle haploid bitki elde edilmesi
Bu çalışma, karpuz genetik kaynaklarında ovül-ovaryum kültürü yöntemiyle haploid bitki elde etmek amacıyla yapılmıştır. Çalışmada 4 genotip; Kar 23, Kar 37, Kar 116 ve Kar 147 kullanılmıştır. Besi ortamına farklı dozlarda 2,4-D (2.5 mg/l, 5 mg/l) ve TDZ (0.5 mg/l, 1 mg/l) hormonları ve poliaminlerin (putresin ve spermidin) 500 µM/l dozu ayrı ayrı ve her ikisi birlikte eklenmiştir. Toplam 16 farklı ortam kombinasyonu kullanılmış ve her bir ortama MS + 8 g/l agar + 30 g/1 sakkaroz ilave edilmiştir. Çalışmada iki farklı deneme kurulmuştur. Birinci denemede, dişi çiçekler antezisten 1 gün önce toplanmış, ovaryumlar ve izole edilen ovüller kültüre alındıktan sonra karanlıkta 35 °C'de 3 gün sıcaklık şoku ön uygulaması yapılmış, ardından iklim odalarına (3000-4000 lüks ışık yoğunluğuna sahip) yerleştirilmiştir. İkinci denemede, dişi çiçekler antezisten 2 gün önce toplanmış, ovaryum ve izole edilen ovüller kültüre alındıktan sonra iklimlendirme odalarına transfer edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, genotipler arasında farklı seviyelerde ovül-ovaryum gelişimi ve kallus oluşumu görülmekle birlikte embriyo oluşumu ve bitkicik gelişimi Kar 37 ve Kar 147 genotiplerinde, 2.5 mg/l 2,4-D + 1 mg/l TDZ + 500 µM SPD, 2.5 mg/l 2,4-D + 1 mg/l TDZ + 500 µM PUT ve 5 mg/l 2,4-D + 0.5 mg/l TDZ bulunan ortamlarda gözlendiği saptanmış, ancak bunlardan tam bir bitki elde edilememiştir. Anahtar Kelimeler: Karpuz (Citrullus lanatus L.), genetik kaynak, haploid, spermidin, putresin
Mersin Körfezi'nden izole edilen Aeromonas ve Pseudomonas cinsi bakterilerin antibiyotik ve ağır metal dirençliliğinin araştırılması
Bu çalışmada Mersin Körfezi'nden izole edilen Pseudomonas ve Aeromonas bakterilerinin antibiyotik ve ağır metal dirençlilik düzeyleri belirlenmiş. Tetrasiklin antibiyotiğine dirençli bakterilerinde dirençlilik mekanizması tanımlanmıştır. Dört mevsimde çalışma boyunca toplamda 340 bakteri izole edilmiştir. Bu izolatların 94 tanesi Aeromonas türü, 186 tenesi Pseudomonas türü bakteri olarak tanımlanmıştır. Antibiyotik test sonuçlarına göre, Pseudomonas ve Aeromonas için en yüksek antibiyotik dirençliliği Tetrasiklin ve Kanamisin antibiyotiklerine karşı sırasıyla% 76.9 ve% 91.3 olarak tespit edilmiştir.Pseudomonas ve Aeromonas bakterilerinin Kadmiyum, Kurşun, Bakır ve Nikel ağır metallerine karşı dirençlilik düzeyleri belirlenmiş. Esherichia coli K-12 bakterisi referans suş olarak kullanılmıştır. Ağır metal test sonuçlarına göre Pseudomonas bakterileri Kadmiyum'a %71.5, Nikel'e %69.35, Bakır'a %67.2 ve Kurşun'a %23.65'i direçli olarak belirlenmiştir. Aeromonasbakterileri Kadmiyum ve Nikel'e %79.78'i, Bakır'a %78.72'si, Kurşun'a ise %19.14'ü dirençli olarak belirlenmiştir. Tetrasikline karşı dirençli Pseudomonas bakterilerinden 17, Aeromonas bakterilerinden 13 tane rastgele seçilen izolatlarda Tet A, B, C, D, E, M, W ve X gen kasetleri taraması yapılmıştır. Tet A, B, C, D, E, M, W ve X gen kasetleri taraması sonucunda sırası ile 16, 13, 14, 14, 11, 7, 11 ve 5 Pseudomonas bakterisi ve yine sırası ile 11, 9, 9, 10, 7, 7, 8 ve 5 Aeromonas bakterisi pozitif olarak tespit edilmiştir.
Mercimekte (Lens culinaris) SSR ve SNP markörleri kullanarak doymuş genetik harita oluşturulması ve bazı agromorfolojik özellikler ile ilişkili kantitatif özellik bölgelerinin belirlenmesi
Bu araştırma, mercimek bitkisinde SNP/DaRT ve SSR DNA markörlerini kullanarak doymuş genetik harita elde etmek ve mercimekte bazı bitkisel özellikleri kontrol eden kantitatif özellik bölgelerini belirlemek amacıyla yürütülmüştür. Araştırmada, Karacadağ x Silvan kırmızı mercimek melezlemesinden geliştirilen 144 adet rekombinant kendilenmiş hat ve anaçlar kullanılarak 2014-2015 yetiştirme sezonunda Adana, 2015-2016 yetiştirme sezonunda ise Adana (taban ve kıraç) ve Sivas çevresinde tesadüf parselleri deneme desenine göre denemeler kurulmuştur. Bağlantı haritası elde etmek için yapılan moleküler analizler sonucunda 24 adet SSR ve 2287 SNP ve DArT DNA markörüne (toplam 2311 DNA markörü) sahip, markörler arası uzunluğu 0.40 cM/Markör, toplam uzunluğu ise 1041.3 cM olan ve 7 adet bağlantı grubu içeren genetik bağlantı haritası elde edilmiştir. Dört farklı çevrede incelenen agro-morfolojik karakterler ve elde edilen genetik bağlantı haritası kullanılarak yapılan kantitatif özellik bölgeleri (QTLs) belirleme analizleri sonucunda, incelenen agro-morfolojik özellikler için toplam 57 adet QTL bölgesi belirlenmiştir. Bu araştırmada saptanan QTL bölgelerinin mercimek ıslahında Marköre Dayalı Seleksiyon ıslahında etkin olarak kullanılabilmesi için önce doğrulamanın yapılması, doğrulama yapıldıktan sonra ise bu QTL bölgelerinin doğrudan mercimek ıslahında kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.
Moleküler yöntemlerin kullanımı ile Türkiye morchella (kuzugöbeği) cinsi genetik çeşitliliğine katkılar
Sunulan bu çalışmada, Türkiye Morchella (kuzugöbeği) cinsi çeşitliliğine DNA dizi analizlerine dayalı moleküler tekniklerin kullanımı ile katkılar sunulması hedeflenmiştir. Daha önce Türkiye'de yapılan çalışmalarda Morchella cinsinde önemli bir çeşitlilik yakalanmıştır. Bu araştırma ile bu çeşitliliğin artırılmasına çalışılmıştır. Türkiye'nin farklı bölge ve illerinden toplanan kuzugöbeği mantarı örnekleri ile yeni bir koleksiyon oluşturulmuştur. Bu koleksiyon, farklı gen bölgelerinin (ITS rDNA, 28S rDNA, EF-1α, RPB1 ve RPB2) DNA dizi analizlerine dayalı yöntemle analizlenmiştir. Filogenetik ağaçlar, MEGA programında Maximum Likelihood (ML) analizi ile oluşturulmuştur. Çalışma sonucunda, koleksiyon içerisinde; Morchella steppicola, M. dunensis, M. tridentina, M. importuna, M. eximia, M. dunalii, M. mediterraneensis, M. deliciosa, M. pulchella ve Mel-13 türleri tespit edilmiştir. Koleksiyonda yer alan bazı örneklerin tür adları, analizlenen tüm gen bölgelerinde tüm örnekler için kaliteli DNA dizileri elde edilemediği için sonraya bırakılmıştır. Bu örnekler; M. laurentiana, M. eohespera veya M. purpurascens türleri ile yüksek benzerlik göstermişlerdir. Filogenetik olarak bu kardeş türlerin ayırımı zor olmaktadır. Ayrıca koleksiyonda yer alan M. steppicola'nın Türkiye'de moleküler olarak doğrulanması ilk defa bu ararştırma ile yapılmıştır. Çalışma halen devam etmekte olup, eksik gen bölgelerinin tamamlanması sağlanarak, tam olarak tür adı tespit edilemeyen türlerin tespiti yapılmaya çalışılacaktır. Ayrıca kısa süre içerisinde, tespit edilen türlerin mikroskobik analizleri de çalışma sonuçlarına eklenecektir.
Amyotrofik lateral skleroz hastalarında süperoksit dismutaz enziminin moleküler düzeyde incelenmesi
Amyotrofik lateral skleroz (ALS) yetişkinlerde en sık rastlanan nöromüsküler hastalıklardan bir tanesidir. Hastalığın oluşumunda farklı genlerin rol oynadığı düşünülmektedir. Bu genler içerisinde Cu/Zn Süperoksid Dismutaz (SOD1) geni en fazla mutasyona uğrayan genlerden bir tanesidir. SOD1 geni süperoksidin moleküler oksijen ve hidrojen perokside inaktivasyonunu katalizleyen ve antioksidan savunmada rol oynayan süperoksit dismutaz enzimini kodlamaktadır. Bu nedenle yapılan çalışmada Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Nöroloji polikliniğine başvuran ve ALS tanısı konulan 36 hastadan SOD1 geninin 1. ekzon ve intron bölgesinde rs17881180 mutasyon varlığı SANGER DNA dizi analiz ile araştırılmıştır. SOD1 geninin 1. ekzon bölgesinde hiçbir hastada mutasyon saptanmamışken altı hastada intronik varyantlar tespit edilmiştir. İki hastada homozigot formda, dört hastada heterozigot formda intronik varyant belirlenmiştir. Çalışma sonuçlarımıza göre hastalarda mutasyon saptanmaması olgu sayımızın az olmasından ya da sporadik ALS olgularında SOD1 geninde mutasyon oranının düşük olmasından kaynaklanıyor olabilir. İntronik varyantların ise hastalıkla ilgili pek bilgilendirici olmadığı daha sonraki çalışmalarda daha fazla olgu ve daha fazla gen gruplarının birlikte çalışılmasının hastalığın anlaşılmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Amyotrofik lateral skleroz, Süperoksit dismutaz, Mutasyon
Kitosan biyopolimeri ile atık sulardan reaktif red 198 boyar maddesinin giderimi
Bu çalışmada Reaktif Red 198'in, karides kabuklarından elde edilen kitosan kullanılarak adsorpsiyon yöntemi ile atık sulardan giderilmesi çalışılmıştır. Çalışmada pH, sıcaklık, boya konsantrasyonu ve partikül çapının adsorpsiyon üzerine etkisi araştırılmıştır. Adsorpsiyon için optimum pH değeri 5 olarak belirlenmiştir. Sıcaklığın etkisi ise negatif yönde olup sıcaklık arttıkça kitosanın adsorpsiyon kapasitesinin düştüğü gözlemlenmiştir. Başlangıç boya konsantrasyonunun adsorpsiyona etkisi incelendiğide; 200 mg/L boya konsantrasyonunda; 150 mesh elek altı ve elek üstü kitosanda adsorpsiyon değerleri sırasıyla 197,38 mg/g ve 196,22 mg/g olarak belirlenmiştir. 100 mg/L boya konsantrasyonunda ise 150 mesh elek altı ve elek üstü kitosanda adsorpsiyon değerleri sırasıyla 97,41 mg/g ve 96,10 mg/g olarak belirlenmiştir. Kitosanın partikül çapının küçülmesi ile adsorpsiyon yüzey alanı genişlediğinden dolayı Reaktif Red 198'in tutunması daha kolay olmuştur. Çalışmanın sonuçları doğrultusunda; adsorpsiyonun izoterm modelinin Langmuir izoterm modeline uygun olduğu görülmüştür. Langmuir izoterminde maksimum adsorpsiyon kapasitesi (Qmax ) ise 500 mg/g olarak hesaplanmıştır. Kinetik modelde ise Pseudo-Second Order uygunluğu tespit edilmiştir.
Farklı oranlarda hint inciri (Opuntia ficus-Indica) ilavesinin probiyotik meyveli yoğurtların bazı özellikleri üzerine etkileri
Bu çalışmada, inek sütüne farklı oranlarda Hint inciri meyve pulpu (%0, 6, 8 ve 10) ilavesi ile probiyotik (Lactobacillus rhamnosus) set tip yoğurtlar üretilmiş ve +4°C'de 14 gün süre ile depolanan yoğurtların fizikokimyasal, tekstürel, mikrobiyolojik ve duyusal özellikleri belirlenmiştir. Mikrobiyoloji analizleri için inülin ilaveli pozitif kontrol (K2) yoğurdu da kullanılmıştır. Depolamanın ilk günü yoğurtların bileşimleri ve mineral madde profilleri, depolama süresince ise serum ayrılmaları, su tutma kapasiteleri, renk, tekstürel, duyusal özellikleri ve biyoaktif bileşenleri ile yogurt bakterileri ve probiyotik kültürün sayısı belirlenmiştir. Meyve ilavesi yoğurtların pH, serum ayrılması, su tutma kapasitesi, L*, a*, b* değerleri, sertlik, kıvam, yapışkanlık, viskozite indeksi, görünüm, yapı, aroma ve toplam kabul edilebilirlik puanları ile Lb. delbrueckii ssp. bulgaricus, Streptococcus thermophilus ve Lb. rhamnosus sayılarını istatistiksel olarak önemli düzeyde etkilemiş, probiyotik bakterinin gelişimini teşvik etmiş, toplam fenolik madde, toplam karotenoid, betalain, askorbik asit, antioksidan aktivite ile Ca, K, Na, Mg, Fe, Zn, Cu ve Mn minerallerinin miktarlarını arttırmıştır. Tüm analiz sonuçları incelendiğinde; Hint inciri meyve pulpu ilaveli probiyotik yoğurtların kullanılan tüm oranlarda tüketilebilir özellikte olduğu, yabancı ve istenmeyen tat, koku ve aromaya sahip olmadıkları saptanmıştır. En fazla %8 oranında Hint inciri içeren yoğurtların biyoaktif bileşenler açısından daha üstün özelliklere sahip oldukları ve fonksiyonel özellikleri arttırılmış meyveli probiyotik yogurt olarak endüstriyel üretim için bu oranların önerilebileceği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Yoğurt, Hint inciri, Lactobacillus rhamnosus, tekstür, mineral
Turunçgillerde bulunan bazı sekonder metabolitlerin biyoteknolojik ve klasik yöntemlerle eldesi, sentezde rol oynayan genlerin moleküler yöntemlerle araştırılması
Bu tez çalışmasında klasik ve biyoteknolojik yöntemler kullanılarak bazı turunçgillerden sekonder metabolitlerin üretilmesi ve sentezinde rol oynayan genlerin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Klasik yöntemlerle mandarin, limon, portakal, turunç ve altıntop çeşitlerine ait meyve kabuklarından esansiyel yağlar elde edilerek kimyasal bileşimleri analiz edilmiştir. D-limonenin major bileşik ve portakallarda daha yüksek olduğu bulunmuştur. Portakal ve altıntop meyve eksplantları, kallus kültürlerinde kullanılmıştır. Metabolitlerin biyoteknolojik üretiminde farklı bitki büyüme düzenleyicileri ile desteklenmiş katı ve süspansiyon Murashige & Tucker (MT) ortamı kullanılmıştır. Metabolit üretimini artırmak amacı ile sakkaroz, metil jasmonat (MeJA) ve karanlık uygulaması yapılmıştır. Kalluslardan metabolitler ekstrakte edilip toplam fenolik ve naringin miktarları enstrumental analizler ile yapılmıştır. Sonuç olarak, altıntopun ve albedo eksplantının daha uygun olduğu gözlemlenmiştir. Elisitör uygulamalarında 40g/L sakkaroz daha az etkili olurken 20-30g/L sakkaroz ile 10 μM MeJA'nın metabolit üretimde daha etkili olduğu tespit edilmiştir. Sentezde rol oynayan genlerin tespiti için Illumina HiSeqTM 2000 ile RNA-Seq analizleri yapılmıştır.
A study on the partial replacement of sodium chloride with different chloride salts in fermented cracked green table olives from cv. sari ulak
Sodium chloride is essential ingredient during the table olive fermentation, however lowering the sodium intake is advised by authorities due to high sodium intake causing some health problems. The aim of this study was to evaluate the influence of partial replacement of NaCl with different chloride salts of KCl, MgCl2 and CaCl2 on the physicochemical, microbiological and sensory characteristics of fermented cracked cv. Sarı Ulak green table olives. The values of pH and total acidity as lactic acid of cracked table olives were in the range of 4.00-4.58 and 5.34-6.07 g/kg respectively. The numbers of lactic acid bacteria, yeasts, non- Saccharomyces spp. and total mesophilic aerobic bacteria increased during the fermentations. Coliform bacteria did not survive after two weeks. Sensory analysis showed that the most preferred trail is with NaCl brine followed by NaCl+KCl combination and then NaCl+MgCl2 salt treatment. The trail which conducted by CaCl2 along with NaCl, was not preferred because of the bitter taste.
Analysis of paraoxonase-1 gene in small for gestational age neonates using molecular techniques
In developed countries, there are a number of studies on the identification, diagnosis and treatment of risk factors responsible for pregnancies resulting in small for gestational age neonates. Although this problem is much more important in developing and underdeveloped countries, there are very few studies in this area and the majority of these studies are insufficient in terms of method and statistical evaluation. In the present work, the PON1 (rs662 and rs705379) gene polymorphisms were examined by broad DNA sequence analysis in small for gestational age neonates and the variation of PON1 gene polymorphisms were determined. The blood samples of SGA babies were taken from Cukurova University Balcali Hospital, Neonatal Intensive Care Unit in first three days of birth. The study analysis was done on 41 SGA neonates by the RT-PCR procedures. As a conclusion, because of small number size of cases used in this study, many studies are required using a large number size of SGA neonates.
Investigation of the occurrence of siderophore genes in E. coli isolated from foodborne and clinical samples and identification of genotypic relationship of Escherichia coli by using PFGE method
Iron is essential for Escherichia coli growth and survival in the host and the external environment, but its availability is generally low due to the poor solubility of its ferric form in aqueous environments and the presence of iron-withholding proteins in the host. Most E. coli can increase access to iron by excreting siderophores such as enterobactin, which have a very strong affinity for Fe3+. A smaller proportion of isolates can generate up to 3 additional siderophores linked with pathogenesis; aerobactin, salmochelin, and yersiniabactin. This study compared the presence of siderophore genes in E.coli strains isolated from clinical and food samples, and studied genotypic relationship of Escherichia coli strains. Sixty five of E. coli strains were isolated from the clinical samples and 35 of E.coli isolated from the food samples were our material in this study. The prevalence of the siderophore-related genes were determined in the E.coli strains by the PCR method which was as follow: enterobactin receptor (Fep A), 18%; enterobactin biosynthesis (Ent A), 18 % ; yersiniabactin receptor (Fyu A), 17%; heme receptor (Chu A) 16%; aerobactin receptor (iut A),12%; aerobactin biosynthesis (iuc A),15%; and salmochelin receptor (iro N), 3%, and iron-responsive element (ire A), 1 %. The genotypic relationship of E.coli strains have also studied by using PFGE method and the evaluation of PFGE analysis showed that 6 (6.8%) out of 89 isolates of human and foodborne isolates had a clonal relationship while there was no significant relationship between the other isolates. Conclusion: The siderophore-related genes are main factors in the growth and survival of the E.coli clinical strains and their adaptation to the iron limiting environment, our results supported that and found that siderophore genes are higher prevalence in E.coli isolated from clinical samples than food samples.
Kanserde likit biyopsi ve yeni nesil dizileme metodunun klinik laboratuvar uygulamalarına entegrasyonu
Yeni nesil dizileme yöntemi, moleküler tanıda ve rutin klinik laboratuvar uygulamalarında gün geçtikçe artan uygulama alanlarıyla ön plana çıkmaktadır. Bu doğrultuda likit biyopsi çalışmaları, kanser hastalarının sağaltımında yüksek hassasiyet oranı nedeniyle hem tanısal hem de prognostik açıdan bilgi verici bir metot olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bu sebeple, yeni nesil teknolojiler ile likit biyopsinin moleküler genetik tanı amaçlı rutin klinik uygulamalara entegrasyonu büyük bir gereklilik halini almıştır. Bu sayede kanser tanısının ve tedaviye hedef olabilecek yolakların daha hızlı belirlenebilmesi, daha güvenilir bir hasta takibi sağlanması mümkün olmakta; tekrarı gereken çalışmalarda invaziv işlemler ile elde edilen çalışma materyalinin yeniden temininde yaşanan sorunların ve tümör heterojenitesi probleminin önüne geçilmesi ile hastaya yalnızca lokalize tümör örneğine yönelik tedavilerden de öte daha kapsamlı ve efektif tedavi seçenekleri sunulmasına olanak sağlanabilmektedir. Likit biyopsi materyali ile yapılan yeni nesil dizileme ilişkili literatür bilgisi çok sınırlı olmakla beraber, gelişen teknoloji ile gerek araştırma gerekse rutin klinik çalışmalarında ihtiyaç duyulan tecrübe ve bilgi birikimine sahip uygulayıcı merkez eksiği ön plana çıkmaktadır. Bu yöntemin rutin klinik laboratuvar uygulamalarına entegrasyonunu sağlamak amacı ile Çukurova Üniversitesi AGENTEM laboratuvarlarında uygulanmakta olan tümör paneli, likit biyopsi materyali ile çalışılarak bu teze olanak sağlanmıştır. Bu tez çalışması ile her geçen gün önemini ve gerekliliğini arttıran yeni nesil dizileme yönteminde likit biyopsi materyalinin kullanımı ile yöntemsel ve biyoinformatik verilerin literatürle paylaşılması, ülkemizde bir ilk olarak da rutin sağlık hizmetlerinde bu uygulamanın kullanılması hedeflenmektedir.
Adana ili pamuk ekim alanlarında Aphis gossypii glover (Hemiptera: Aphididae) populasyonlarının neonikotinoid grubu insektisitlere karşı direnç durumunun belirlenmesi
Çukurova pamuk alanlarında yaygın bir şekilde bulunan ve toplanan Aphis gossypii Glover (Hemiptera: Aphididae) populasyonlarında neonicotinoid grubu insektisitlere (acetamiprid, imidacloprid, clothianidin, thiamethoxam) dayanıklılığının nedeni biyoanaliz, biyokimyasal ve moleküler yöntemler kullanılarak ortaya çıkarılmaya çalışılmıştır. Denemede pamuk alanlarından toplanan yedi populasyon ve kontrol populasyonların biyoanaliz denemelerine göre probit analizi sonucunda en hassas ve dayanıklı populasyonlar sırasıyla Acetamiprid için Bahçe (RF (Direnç faktörü):1.54), Kürkçüler (RF:10.89); Imidaclorpid için Bebeli (RF:54.62), Kürkçüler (RF:206.55); Thiametoxam için Yumurtalık (RF:5.78), Körkuyu (RF:65.72); Clothianidin için Körkuyu (RF:1.14), Bahçe (RF:38.35) olarak bulunmuştur. Enzim analizi istatistiki anlamda yüksek metabolik direnci ortaya cıkarmıştır. İnsektisitler içinde en yüksek enzim akitviteleri, karboksil esteraz enzimi Korkuyu populasyonunda 17,8 nM/dk/mg protein, glutatyon S-transferaz (GSTs) enzimi Bahce populasyonunda 142,3 nM/dk/mg protein ve Korkuyu populasyonunda 3,8 nM/dk/mg protein ile en yuksek monooksigenaz P450 enzim aktivitesi bulunmuştur. Moleküler çalışmalarda nikotinik asetilkolin reseptör (nAChR) β1 alt ünitesi RFLP enzim kesimlerinde mutasyona rastlanmamıştır. Bu çalışma, Türkiye'de neonicotinoidlere karşı A. gosyypii'de direnc gelişmesini ve bu direncin kırılması icin yeni yonetim stratejilerine ihtiyac olduğunu ortaya koymuştur.
Bazı yerli ve yabancı badem çeşitlerinin SSR markör teknikleri ile karakterizasyonu
Badem, Prunus L. cinsi içerisinde yer alan sert kabuklu ılıman iklim meyve türüdür. Karakterizasyon çalışmalarda en sık kullanılan markör yöntemlerinden biri SSR (Simple Sequence Repeats) moleküler yöntemidir. Bu çalışma bazı yerli ve yabancı badem çeşitleri arasındaki genetik ilişkileri ve varyasyonu belirlemek amacıyla yapılmıştır. Bu çalışmada toplam 22 adet badem çeşidi kullanılarak 28 adet SSR primer çifti ile moleküler karakterizasyon yapılmıştır. Toplamda 28 adet SSR lokusundan ortalama allel sayısı 9.46 olan, allel sayısı 2 ile 14 arasında değişen toplam 265 adet allel elde edilmiştir. Ayrıca toplam 22 adet badem çeşidinde alleller 94 bç ile 273 bç aralığında değişmiştir. Genetik çeşitlilik sonucunda ortalama etkili allel sayısı (Ne) 5.85, ortalama gözlenen heterozigotluk (Ho) 0.75 ve beklenen heterozigotluk (He) ise 0.76 olarak hesaplanmıştır. En yüksek allel sayısı 14 adet allel ile CPDCT042 lokusunda tespit edilmiştir. Bununla birlikte, en yüksek He değeri 0.90 ile CPDCT042 ve UDAp-439 primerlerinde belirlenirken, en yüksek polimorfizm bilgi içeriği 0.89 ile CPDCT042 primerinde belirlenmiştir. Elde edilen toplam 265 allel kullanılarak 22 adet badem çeşidinin UPGMA analizi yapılarak soyağacı oluşturulmuştur. Soyağacına göre çeşitler 'Türk' ve 'Yabancı' olmak üzere iki ana gruba ayrılmıştır. Çeşitler arasında genetik benzerlik katsayısına göre birbirine en uzak çeşitler 'Akbadem' yerli badem çeşidi ile 'Nikitsky' yabancı badem çeşidi arasında belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmadan elde dilen sonuçlar bundan sonra bademde yapılacak ıslah ve genetik çalışmaların alt yapısını oluşturacaktır. Anahtar Kelimeler: Badem, SSR, Prunus, genetik benzerlik, karakterizasyon
Elajik asit ( EA )'in insan periferal lenfositlerinde ın vıtro genotoksik ve antigenotoksik etkileri
Bu çalışma, doğal fenolik bir bileşik olan elajik asit (EA)'in insan periferal lenfositlerinde in vitro genotoksik ve antigenotoksik etkilerini kardeş kromatid değişimi (KKD), kromozom anormalliği (KA), mikronukleus (MN) ve tek hücre jel elektroforezi (KOMET) testleri ile belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. İnsan periferal lenfositleri 24 ve 48 saat, komet testinde ise 1 saat boyunca 60, 80, ve 100 µg/ml konsantrasyonlardaki EA ile muamele edilmiştir. Ayrıca EMS ve H2O2'nin etkisine karşı EA'nın antigenotoksik etkisinin olup olmadığı araştırmak amacıyla hücreler EA ve bilinen klastojen ve mutajen olan EMS veya H2O2 karışımı ile muamele edilmiştir. Bu çalışmada, EA incelenen konsantrasyon ve muamele sürelerinde KKD, KA/Hücre, anormal hücre yüzdesini ve mikronükleus oluşumunu kontrole ve çözücü kontrole oranla istatistiksel olarak uyarmamıştır. Komet testinden elde ettiğimiz sonuçlara göre de EA, nükleusta DNA hasarına sebep olmamıştır. Bu nedenle nükleustan göç eden DNA kırıklarının oluşturduğu nükleusa bağlı kuyruğun uzunluğu, kuyruktaki DNA yoğunluğu ve kuyruk momentinde önemli değişiklik olmamıştır. EA, test edilen muamele süreleri ve konstrasyonlarda proliferasyon indeksini (PI), mitotik indeksi (MI) ve nukleus bölünme indeksini (NBI) kontrole ve eritici kontrole nazaran önemli derecede etkilememiştir. Yani EA'nın genotoksik ve de sitotoksik etkisi yoktur. EA+EMS uygulamasında incelenen muamele sürelerinde ve konsantrasyonlarda EA, kontrol ve çözücü kontrole oranla EMS kaynaklı artan KKD sayısını, KA/Hücre, anormal hücre yüzdesini ve MN oluşumunu önemli oranda azaltmıştır. EA+EMS uygulamasında EA, EMS kaynaklı azalan MI'yı pozitif kontrole göre 24 ve 48 saatlik muamele sürelerinde 100 µg/ml konsantrasyonda istatistiksel olarak önemli derecede artırmıştır. Yine EA, EMS kaynaklı azalan PI'yı pozitif kontrole oranla arttırmıştır. EA, EMS kaynaklı azalan NBI'yı test edilen muamele sürelerinde ve konsantrasyonlarda pozitif kontrole oranla istatistiksel açıdan önemli derecede arttırmıştır. EA+H2O2 uygulamasında EA, H2O2 kaynaklı artan kuyruk uzunluğunu ve kuyruk momentini pozitif kontrole oranla 80 ve 100 µg/ml konsantrasyonlarda, kuyruktaki DNA yoğunluğunu ise 100 µg/ml konsantrasyonda pozitif kontrole oranla istatistiksel açıdan önemli oranda düşürmüştür.
Investigation of occurence of autotransporter genes in Escherichia coli isolated from clinical and food sources and identification of phylogenetic relationship of E.coli strains by using pfge method
The autotransporter proteins constitute one of the most important cell components responsible for pathogenicity in bacteria and are frequently transferred as mobile genetic elements from different bacteria and allow the host cell to transfer new virulence genes. The purpose of this study was to identify the presence, distribution and virulence potential of autotransporter genes that are effective in the protection of the bacteria against host defence systems. Therefore, autotransporter genes have also been questioned the prevalence in the surveillance of E.coli strains and in the distribution of food among the people of the ExPEC strains, such as UPEC or whether or not there were porter roles. Sixty-five E.coli strains isolated from non-intestinal system clinical specimens and thirty-five E.coli strains isolated from the food sources. A total of 100 E.coli isolates were used in this study. The prevalence of the autotransporter-related genes was determined in the E.coli strains by using the PCR method which was as follows: Agn43 15%; Tsh 1%; UpaJ 8% and UpaC 6%. While that other genes such as Sat, Vat and UpaB genes could not be detected. It was used PFGE method for the detection of clonal relationships and was found in 6 (6.8%) out of 89 isolates of human and food isolates had a clonal relationship. In conclusion, E.coli strains isolated from clinical specimens were found to have higher prevalence autotransporter genes than E.coli strains isolated from food samples. However, the specific distribution of autotransporter among E.coli strains has not established yet.
Designing and in vivo evaluation of microemulsion formulation containing capsaicin for the treatment of neuropathic pain
Capsaicin (CAP) is the compound found in chili peppers and responsible for their bitter taste, burning, and irritant effect. It has been used for the treatment of pain disorders, especially in neuropathic pain (NP). CAP is more effective at higher doses however, its side effects increase with higher doses. In this study, novel oral microemulsion capsaicin formulation (ME CAP) has been developed in order to increase the solubility, in vivo bioavailability and decrease adverse effects of CAP. The effect of ME CAP evaluated by comparing with commercially available oral CAP preparations on neuropathic mice. Micro emulsions are dispersions of water and oil. This form of oil-water mixtures is homogeneous, transparent, and thermodynamically stable. Stabilization of mixture is achieved by a surfactant, usually in combination with a co-surfactant. The micro-emulsion was prepared using oleic acid, Tween 80, propylene glycol, ethanol and water. Pseudo ternary phase diagrams were constructed to determine the area of the microemulsion at different ratios of surfactant to co-surfactant. The optimum formulation on different physicochemical characteristics such as globule size, pH, and stability were studied. The sciatic nerve partial tight ligation (PSL) model was used to induce NP in mice. Thermal and mechanical stimuli were used to evaluate allodynia, which is one of the most important signs of NP. After two weeks, NP was tested using the cold plate method and von Frey filaments testing. The mice in the treatment group were administered 10 mg/kg capsaicin by oral gavage. The effects of conventional (classic) capsaicin, which is frequently used in neuropathies, and ME CAP in this study were compared. Our results showed that the presented formulation is more effective than classic CAP with Von Frey test while showing no difference between them with the cold plate test. Therefore, the developed ME CAP formulation at lower doses could reduce side effects and improve the bioavailability of the orally administered CAP in the treatment of NP, and thus would get a good patient compliance.
Β-1,4-glukanaz enzimini üreten toprak bakterisinin izolasyonu ve in vitro mutagenez ile genetik modifikasyonu
Çalışmada toprak örneklerinden Bacillus sp. suşları pH 5.0-6.0'da ve iki ayrı sıcaklıkta (37℃ ve 50℃) izole edilmiş ve bu izolatlarda β-1,4-glukanaz (CMCaz) enzimi üreten bakteri suşları belirlenmiştir. Bu izolatlardan Bacillus sp. AZH suşu seçilerek (β-1,4-glukanaz +, α-amilaz+, ksilanaz-, proteaz+) α-amilaz, ksilanaz, proteaz gibi istenmeyen enzim genleri Ethidium bromide (EtBr) ve Ultraviole ışını (UV) kullanılarak mutasyon ile köreltilmiş böylece sadece β-1,4-glukanaz üreten mutant suşlar (Bacillus sp. AZH-mEB, Bacillus sp. AZH-mUV) elde edilmiştir. Bacillus sp. AZH (yabani suş) ve mutant varyeterine (Bacillus sp. AZH-mEB, Bacillus sp. AZH-mUV) ait enzim aktiviteleri; miktar, fiziksel ve biyokimyasal özellikleri yönünden karakterize edilmiştir. Optimum sıcaklık değerleri Bacillus sp. AZH ve Bacillus sp. AZH-mEB için 50℃ olarak, Bacillus sp. AZH-mUV için ise 60℃ olarak bulunmuştur. Optimum pH değerleri araştırılmış ve elde edilen verilere göre optimum pH değerleri Bacillus sp. AZH için 9.0; Bacillus sp. AZH-mEB için Bacillus sp. AZH-mUV için ise 7.0 olduğu tespit edilmiştir. Bacillus sp. AZH ve Bacillus sp. AZH-mEB, Bacillus sp. AZH-mUV mutant varyeterine ait β-1,4-glukanaz enziminin üretim seviyeleri karşılaştırılmış ve relatif aktivitelerinin sırasıyla; %100, %100 ve %71,5 olarak bulunmuştur. Sıcaklık direnci ölçümlerinde Bacillus sp. AZH-mUV 30℃, Bacillus sp. AZH-mEB ve yabani suşta 40℃'de ön inkübasyon sonrasında %100 aktivite göztermişlerdir. Bu üç suşta ayrıca metal iyonların etkisi de araştırılmış (CaCl2, MgCl2, KCl2, EDTA, üre); yabani suş ve Bacillus sp. AZH-mUV'de tüm iyonların enzim aktivitesini arttırdığı ancak Bacillus sp. AZH-mEB'de üre ve MgCl2 varlığında enzim aktivitesinin düştüğü gözlemlenmiştir. Son olarak her üç bakteriye ait selülaz enzimlerinin moleküler ağırlıkları SDS-PAGE ve zimogram analizleri ile yaklaşık olarak 40 kDa olduğu belirlenmiştir.
Bakteriyofajların bazı gıda ve klinik örneklerden izole edilen Salmonella spp. ve Salmonella biyofilmi üzerine etkisi
Salmonella ve Salmonella biyofilmi dünya genelinde öncelikle gıda sektörü ve klinikde gastrointestinal rahatsızlıklara neden olmaktadır. Son yıllarda antibiyotikler ve dezenfektanlar patojenlere ve onların biyofilm yapılarına karşı etkili olamamaktadır. Bu nedenle bakteriyofaj terapisi gibi yeni mücadele yöntemleri ortaya konmaktadır. Bu çalışmada bakteriyofajların Salmonella spp. ve Salmonella biyofilmi üzerine etkisini araştırmak için 191 adet Gıda örneği (24'ü tavuk eti, 63'ü balık eti, 22'si kırmızı et, 72'si yer fıstığı ve 10'u çeşitli sebzeler), 37 adet gıda işletmesinden alınan tüm malzeme ve ekipman yüzey örnekleri, 9 adet su örneği (seyhan nehri, seyhan gölü, sulama kanalı, kanalizasyon suları ve süt işletmesi atık suları) ve klinik örnek olarak 43 safra taşı ve 25 diş örneği incelenmiştir. Bakteriyofaj olarak ise bu çalışmada 4 adet su örneğinden izole edilen fajlar ve ve Hollanda'dan temin edilen Salmonellex™ fajı kullanılmıştır. Sonuç olarak 37 gıda işletme yüzeyinin 12'sinde, 24 tavuk etinin 22'sinde, 22 kırmızı etin 12'sinde, 9 su örneğinin 3'ünde ve 25 diş örneğinin 2'inde toplamda 51 Salmonella spp. izolatı elde edilmiştir. Şüpheli bu Salmonella spp. izolatların PCR ve API 20E test kiti ile doğrulanmaları yapıldığında 48 izolatın Salmonella spp. olduğu belirlenmiştir. Salmonella bakteriyofajı izolasyonunda da analize alınan 8 su örneğinin sadece 4'ünden izolasyon gerçekleştirilmiştir. İzole edilen bu fajlar TEM ile hücre morfolojisi ve PFGE yapılarak genom büyüklüğü değerlendirilmiştir. PSCs1, PSDs1, PSSr1 ve PSMc1 olarak kodlanmış olan fajların Miyoviridae ailesine, PSCs2'nin ise Siphoviridae ailesine ait olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca ticari olarak kullanılan Salmonellex™ faj preparatının içeriği incelendiğinde Miyoviridae ailesinden iki farklı bakteriyofaj bulundurduğu gözlenmiştir. Analize alınan örneklerden izole edilen seçilmiş 5 Salmonella spp.ve referans suşa mikroplakada,çelik yüzeyde safra taşında ve diş örneklerinde biyofilm oluşturulmuştur. Mikroplaka'da oluşturulmuş olan Salmonella biyofilm üzerine izole edilen fajların ve Salmonellex™ fajının azalma etkisi incelendiğinde PSDs1 bakteriyofajı 1011 PFU/mL'lik bir titrede, % 65.6 olarak en yüksek etkiyi göstermiştir. Safra taşları ve diş örnekleri ve çelik yüzeyinde oluşturulan aynı suşlara ait biyofilmler üzerine ise araştırmada kullanılan 6 faj'ın hepsinin yine1011 PFU/mL'lik faj titresinde etkili olduğu görülmüştür.
Molecular genetic differences of high and low dose isoniazid resistance in multi drug mycobacterium tuberculosis
TB günümüzde dünyada en fazla ölüme yol açan 10 ölüm nedeni arasındadır. Izoniazid (INH), kaybetmeyi göze alamayacağımız en önemli kemoterapötik ve profilaktik ilaçlardan biridir ve global tüberküloz (TB) kontrol programlarının ana bileşenidir. INH profilaksisi TB gelişmesi riskini azaltır (şüpheli ve latent). Ayrıca, ucuz, etkili ve yan etkisi düşük olan alternatifi olmayan bir ilaçtır. INH direncine tipik olarak katG ve inhA promotör bölgelerinde mutasyonlar neden olur. katG mutasyonları yüksek seviyeli izoniazid direnci sağlarken, inhA mutasyonları düşük seviyeli isoniazid direnci sağlar. Bu çalışmada, INH direncine neden olan genetik mutasyonların, fenotipik izoniazid direnci seviyesi ile ilişkisini inceledik. Bu amaçla, 91 INH dirençli izolatın 3 farklı ilaç düzeyinde fenotipik direnci belirlenmiş ve aynı zamanda KatG, furAlG, fabGl-pro inhA ve inhA dahil olmak üzere INH ilaç direnci ile ilişkili dört gen bölgesi, PCR ile amplifiye edilerek çoğaltılmış ve bu bölgelere DNA sekans çalışması yapılarak mutasyonlarının ileç direnç seviyeleri incelenmiştir. Çalışmanın sonucu olarak, inhA'nın promotör bölgesindeki mutasyonların düşük seviyeli, katG Ser315Thr mutasyonlarının orta derecede ve katG Ser315Thr ve inhA c-15t kombinasyonunun yüksek seviyede fenotipik direnç gösterme eğiliminde olduğunu bulduk. Bunlardan başka mutasyonlar ile izoniazid seviye direnci arasında net bir ilişki bulunamamıştır.
Antepfıstığı çiçek tomurcuklarında erkek ve dişi organlarının gelişiminde etkili olan miRNA'ların belirlenmesi ve ekspiresyonu
Çiçek açan bitkilerin büyük çoğunluğu hermafrodit çiçeklere sahip iken çok az bir kısmı ayrı ayrı erkek ve dişi bitkilere sahip olan dioik türleri içerir. Antepfıstığı (Pistacia vera L.) dioik bir türdür ve rüzgârla tozlanır. Bu çalışmanın amacı, antepfıstığı dişi ve erkek çiçek tomurcukları içerisindeki cinsiyet organlarının büyüme ve gelişmelerini taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile izlemek ve cinsiyet organlarının gelişmesinde etkili olan miRNA'ları ve bunların hedeflediği genleri küçük RNA (sRNA) sekanslaması ile belirlemektir. SEM analizleri ve sRNA sekanslaması için ilkbaharda çiçek tomurcuklarının gelişmeye başlamasından itibaren bir sonraki yıl çiçek açıncaya kadar haftalık olarak örnekler alınmıştır. SEM analizleri sonucunda hem dişi hem de erkek çiçek tomurcuklarının gelişimlerinin ilk aşamalarında her iki cinsiyete ait organların oluştuğu ancak haziran ayı sonundan itibaren karşı cinsiyet organ gelişminin durduğu belirlenmiştir. İlkbaharda tomurcuk gelişiminin ilk aşamalarını kapsayan 10 dönemde ve çiçeklenme öncesi 3 dönemde alınan örneklerde sRNA sekanslaması yapılmıştır. Sekanslama soucunda dişi çiçek tomurcuklarından 159 ile 181 arasında bilinen ve 289 ile 360 arasında değişen sayılarda yeni mikroRNA (miRNA) belirlenmiştir. Erkek çiçek tomurcuklarında ise 134 ile 174 arası bilinen ve 224 ile 335 arasında değişen sayılarda yeni miRNA belirlenmiştir. Dişi ve erkek örnekler arasında 18 tanesi dişilerde ve 7 tanesi ise erkeklerde yüksek seviyede farklı ekspirese olan toplamda 25 adet miRNA belirlenmiş ve bunlar qRT-PCR ile valide edilmiştir. Farklı ekspirese olan miRNA'lardan 11 tanesinin Siirt çeşidi genomunda 78 adet ve Bağyolu genomunda 157 adet geni hedeflediği tespit edilmiştir. Hedeflenen genlerin bir kısmının farklı bitki türlerinde çiçek organlarının gelişmesinden sorumlu genler olduğu belirlenmiştir.
Karagöz balığı (Diplodus vulgaris, Geoffory Saint-Hilaria, 1817) genetik çeşitliliğinin mikrosatellit markörlerle incelenmesi
Bu çalışmada Türkiye'de Doğu Akdeniz kıyılarında yaşayan Karagöz balığında (Diplodus vulgaris) genetik ayrımın mikrosatellit markırlar ile analizi yapılmıştır. Mikrosatellitler tekrarlanan DNA dizileri olup polimorfturlar ve bir, iki, üç ya da dört nükleotidli motiflerin çeşitli permütasyonların herhangi biri tarafından oluşturulurlar. Bu araştırmada, 69 adet D. vulgaris örnekleri Mersin, Antalya ve İskenderun körfezlerindeki balık satıcılarından temin edilmiştir. Balık örneklerinden izole edilen çekirdek DNA'lar Dvul33, Dvul38 ve Dvul84 mikrosatellit markırlar yardımıyla çoğaltılmıştır. Filogenetik analizler sonucu, Mersin ve Antalya'ya ait balıkların benzer genotipe sahip oldukları görülmüştür. İskenderun körfezinden elde edilen balıkların lokal hareketlilik gösterdikleri belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Diplodus vulgaris, Mikrosatellitler, DNA, PCR
Fontibacillus pullulanilyticus DSHK107T'den pullulanaz üretimi
Bu çalışmada, Çukurova Üniversitesi kampüs toprağından izole edilen ve Fontibacillus cinsine ait yeni bir type tür olarak tanılanan Fontibacillus pullulanilyticus DSHK107T'den pullulanaz üretilmiş ve enzimin karakterizasyonu yapılmıştır. Pullulanaz aktivitesini saptamak amacı ile izole eden 110 suş %1 nişasta ve %1 pullulan içeren agar besiyerlerine ekilerek 37°C'de 72 saat inkübe edilmiştir. Daha sonra bakteri kültürü iyot çözeltisi ile boyanmıştır. 14 suşta pullanaz aktivitesi görülmüştür. Kısmi olarak saflaştırılan enzimin optimum aktivitesi pH 8,0 ve 30°C'de saptanmıştır. Enzimin pH 5,0-7,0 aralığında ortalama %87 aktiviteye sahip olması asidik ortamda çalışılmaya elverişli olduğunu göstermiştir. 30°C-50°C aralığında ortalama %95 aktiviteyle enzimin yüksek oranda kararlılık da sağladığı belirlenmiştir. Elde edilen bulgular, izole edilen enzimin endüstride kullanıma uygun olduğunu göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Fontibacillus pullulanilyticus DSHK107T, pullulanaz, pullulan, enzim üretimi
Doğu Akdeniz sahil şeridinden izole edilen bakterilerin antibiyotik ve ağır metal direçliliğinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Doğu Akdeniz Sahil Şeridi'nden alınan deniz suyu örneklerinden izole edilen Enterobacteriaceae familyasına ait bakterilerin ağır metal ve antibiyotik dirençlilikleri belirlenmiş ve tetrasiklin direncinin moleküler düzeyde karakterizasyonu amaçlanmıştır. Örneklerden toplam 426 bakteri izole edilmiştir. En yüksek oranda tespit edilen bakteri % 27.9 ile Escherichia coli olup, diğerleri Enterobacter cloacae (% 19.95), Shigella sp. (% 11.50), Enterobacter aerogenes (% 7.70) ve Klebsiella pneumoniae (% 7) şeklinde tespit edilmiştir. Elde edilen izolatların % 99'unda çoklu antibiyotik direnci indeks değerinin 0.2'den büyük olduğu tespit edilmiştir. İzolatların en fazla ampisiline, gentamisine ve tetrasikline dirençli oldukları belirlenmiştir. Bakterilerin % 83'ünün bakıra, % 68'inin nikele, % 66'sının kadmiyuma ve % 9'unun kurşuna karşı gösterdikleri belirlenmiştir. İzolatlarda, tetA geni % 97, tetB geni % 80, tetC geni % 67, tetD geni % 80, tetE geni % 70, tetM geni %30, tetW geni %73 ve tetX geni %27 oranında tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Antibiyotik Direnci, Ağır Metal Direnci, Enterobacteriaceae, Tetrasiklin Direnç Genleri, Doğu Akdeniz Sahil Şeridi
Efflux pump gene expression and efflux proteins in multidrug resistant mycobacterium tuberculosis complex
Isoniazid (INH) and rifampicin (RIF) are the most effective drugs in the treatment of tuberculosis. Known of molecular resistance mechanisms for these important tuberculosis drugs is essential to quick diagnoses of multidrug-resistant (MDR) tuberculosis and extensive drug-resistant tuberculosis. Numerous studies show efflux pump as an important mechanism for antibiotic resistance and using of efflux inhibitors with antituberculosis drugs during treatment, enhanced success. 40 clinical MDR Mycobacterium tuberculosis isolates and 40 clinical pan-sensitive isolates were included to evaluate the expression of 20 putative drug efflux pump (EP) genes and sequence mutations in rpoB (RIF), katG (INH), the inhA promoter (INH), and oxyR-ahpC (INH). Nine and three MDR isolates were induced to over- express efflux pump genes by INH and RIF, respectively. drrA, drrB, efpA, jefA, mmr, Rv0849, Rv1634, and Rv1250 were overexpressed under INH or RIF stress. MDR isolates that carried the wild-type katG, inhA, and oxyR-ahpC efflux pump genes were most overexpressed under INH stress in a than in those that carried mutations. Without drug inducement, efpA, Rv0849, Rv1250, Rv1634, Rv2994, stp, Rv2459, pstB, drrA, and drrB expression levels were significantly higher (P < 0.05) in 40 MDR isolates than in 40 pan- sensitive isolates. In conclusion, EP may play an important role in INH acquired resistance in MDR tuberculosis especially with mutations in katG and INH genes. Understanding of expression levels for EP genes between MDR and sensitive tuberculosis some may be helpful to diagnose and treat resistant tuberculosis.
Has kefal balığı (Mugil cephalus) atıklarından kollajen eldesi ve karakterizasyonu
Has kefal (Mugil cephalus) deri (ASC-D) ve kemiğinden (ASC-K) asitte çözünür kollajen (ASC) izole edilip karakterize edilmiştir. ASC-D ve ASC-K'nin kollajen verimleri, kuru ağırlık bazında sırasıyla % 5,57 ve % 2,63 bulunmuştur. Her iki kollajenin besin kompozisyonunda ana bileşen protein olup, kül ve yağ içerikleri düşüktür. Her iki kollajende glisin dominant amino asit olup bunu sırasıyla prolin, alanin, hidroksiprolin, arginin ve glutamik asit izlemiştir, tirozin, metiyonin ve lösin miktarları ise düşük bulunmuştur. Fourier dönüşümlü kızılötesi spektroskopisi (FTIR), her iki kolajenin de üçlü sarmal yapısının korunduğunu göstermiştir. Taramalı Elektron Mikroskopu (SEM) görüntülerinde kollajenlerin süngerimsi görünümde ve lifli yapıda olduğu belirlenmiştir. Termal denatürasyon sıcaklıkları sırasıyla ASC-D için 35,69°C ve ASC-K için 35,05°C bulunmuştur. X-Işını Kırınım Difraktometresi (XRD) ölçümleri kollajenlerin sarmal yapılarının bozulmadığını göstermiştir. Kollajenlerin Ultraviyole Görünür Işık (UV-Vis) absorpsiyon spektroskopi ölçümlerinde tek bir absorbsiyon zirvesine sahip olup sırasıyla ASC-D için 229 ve ASC-K için 230 nm dalga boyunda maksimum absorbans göstermiştir. Her iki kollajen de, UV-Vis, FTIR spektrometresi ve amino asit bileşimine dayananarak tip I kollajen olarak tanımlanmıştır. Bu bulgular has kefal atıklarının (deri ve kemik) alternatif bir kolajen kaynağı olma potansiyeline sahip olduğunu göstermektedir.
Cyclamen coum'da somatik embriyogenesis yöntemi ile rejenerasyonun araştırılması
Bu tez çalışmasında C. coum türünde, yaprak ve yaprak sapı eksplantları kullanılarak somatik embriyogenesis yöntemi ile rejenerasyon araştırılmıştır. Embriyojenik kallusların elde edilmesi için farklı konsantrasyon ve kombinasyonlarda NAA, 2,4-D, BA, Kinetin ve 2-iP içeren altı farklı protokol denenmiştir. Tüm denemelerde kallus oluşumu gözlenmiştir. Ancak embriyo oluşumu, NAA, BA ve Kinetin içeren ortamlarda görülürken 2,4-D ve 2-iP içeren ortamlarda görülmemiştir. En yüksek rejenerasyon oranları in vitro'da muhafaza edilen bitkiciklerden alınan eksplantlar ile kurulan denemeden elde edilmiştir. Bu denemede kallus oluşum oranları, yaprak sapında %84.21 ile %91.22 arasında değişim gösterirken, yaprak eksplantlarında, %87.17 ile %89.74 arasında değişmiştir. Embriyo oluşum oranları yaprak sapı eksplantlarında %47.36 ile %68.42 arasında ve yaprak eksplantlarında %43.58 ile %69.23 arasında değişim göstermiştir. Elde edilen somatik embriyoların farklı gelişim aşamaları taramalı elektron mikroskopu ile görüntülenmiştir ve aşamalara ait farklılıklar incelenmiştir. Çalışmada somatik embriyogenesis dışında sınırlı oranda organogenesis ile rejenerasyon oluşumu da gözlenmiştir. Somatik embriyogenesis yöntemi kullanılarak elde edilen bitkicikler başarılı bir şekilde dış ortama aktarılmıştır ve aktarılan bitkilerin %82.5'i hayatta kalmıştır.
omega-6 ve omega-3 yağ asitlerinin insan meme kanseri MCF7 hücre hattındaki apoptoz ilişkili genler üzerine etkisi
Bu çalışmada, insan meme kanseri, MCF7 hücre hattında omega-3 (EPA, DHA) ve omega-6 (LA) yağ asitlerinin çeşitli dozları ve kombinasyonları, 24 saat süresince uygulanmıştır. Yapılan bu uygulamalar sonucunda MCF7 hücre hattında, MTT yöntemi uygulanarak hücrelerin canlılığı kontrol edilmiştir. Sonraki aşamalarda ise muamele edilen hücrelerden protein izolasyonu yapılarak, Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) yöntemi ile apoptoz ilişkili genler olan fosfo-p53 (Ser15), p53, Bad, fosfo-Bad (Ser112), bölünmüş Kaspaz-3 (Asp175) ve bölünmüş PARP (Asp214) protein ekspresyon düzeyleri belirlenmiştir. Muamele edilen tüm dozlar fosfo-p53 (Ser15) ve p53 ifadelerinde anlamlı farklılıklara yol açmamış ancak diğer proteinlerin ifadelerini anlamlı ölçüde arttırmıştır.
Mersin bitkisinde (Myrtus communis L.) yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak transkriptom analizi ve SSR markırlarının geliştirilmesi
Mersin (Myrtus communis L.) Myrtaceae familyasına ait olan tıbbi aromatik açıdan önemli olan bir türdür. Mersin yaygın olarak parfüm, baharat ve tıbbi endüstride kullanılmakta, meyvesi taze olarak tüketilmektedir. RNA-Seq tekniği son zamanlarda geliştirilen ileri düzey transkriptom analiz tekniğidir. SSR markırlarının tespiti ve geliştirilmesi için son yıllarda sıklıkla yeni nesil dizileme teknolojilerinden faydalanılmaktadır. Bu çalışmada, mersin bitkisinde Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri kullanılarak SSR markırlarının geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla bir siyah meyveli ve bir beyaz meyveli olmak üzere iki mersin genotipinde Illumina HiSeq 2000 Sequencing cihazı kullanılarak RNA sekanslama çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Örneklerde 111.000'in üzerinde transkript elde edilmiştir. Transkriptlerin toplam uzunluğu 79.141.165-93.880.054 arasında değişmiştir. Örneklerde tespit edilen unigenlerin sayısı ise 68.476-79.802 olarak belirlenmiştir. RNA-Seq analizleri sonucunda, iki farklı mersin genotipinde gerçekleştirilen de novo analizleri ile genom üzerinde tekrar eden bölgeler tespit edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda, en yüksek tekrar motifinin 12.885 dinükleotid olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca 12-11776 arasında değişen sayıda farklı tekrar motifleri ortaya çıkarılmıştır. Belirlenen bu tekrar motiflerini çoğaltacak uygun SSR primerleri tasarlanmıştır. Tez çalışması sonucunda 10.000 üzerinde SSR primeri geliştirilmiştir.
Radyofrekans elektromanyetik radyasona maruz bırakılmış sıçanlarda inflamatuvar ve anti-inflamatuvar sitokin düzeylerinin araştırılması
Günümüzde cep telefonları modern iletişimin ayrılmaz bir parçası haline gelmiştir. Halen dünya çapında 2,71 milyar akıllı telefon kullanıcısı ve 5,13 milyar mobil cihaz kullanıcısı olduğu bilinmektedir. 2G ve 3G gibi cep telefonları 869-900 MHz, mobil iletişim için 935–960 MHz (GSM-900), GSM-1800'ler 1805-1880 MHz ve 3G ve Wi-Fi'lar 2110–2450 MHz iyonlaştırıcı olmayan RF-EMR yaydığı bildirilmiştir. Bu çalışmamızda 1800 MHz (SAR 0,15 W/kg, 1,74 W/m2 ) RF-EMR'un immün sistem üzerindeki olası zararlı etkilerini araştırmayı amaçladık. Çalışmamızda 32 adet sağlıklı Wistor albino erkek sıçan kullanılmıştır. Sıçanlar 6 hafta, haftada 5gün, günde 4saat olmak üzere elektromanyetik radyasyona maruz bırakıldı. Uygulama yapılmadan önce, uygulamanın 3. haftası ve uygulama sonrası kan örnekleri toplandı. ELISA tayin yöntemi ile inflamatuvar (IL-1, IL-12, IFN-γ,TNF-α) ve anti-inflamatuvar (IL-10, IL-4) sitokin düzeylerine bakıldı. Flow Sitometri yöntemi ile de Anneksin-V pozitif hücrelerin % oranları belirlendi. Sonuçlarımızda, RF-EMR'un uygulamasından sonra inflamatuvar sitokinlerden IL-1 ve IFN-γ'nın plazma düzeylerinin istatistiksel olarak anlamlı düzeyde artış, TNF-α'nın plazma düzeyinin ise anlamlı bir şekilde azalma olduğu tespit edildi. IL-12'nin düzeyinde ise herhangi bir değişiklik saptanamadı. Anti-inflamatuvar sitokinler'in (IL-10 ve IL-4) plazma düzeylerinde ise herhangi bir değişiklik tespit edilmedi. Lenfosit hücrelerin Anneksin-V pozitiflik değerlerinde ise sadece canlı hücrelerin % oranlarında azalma saptandı. Sonuç olarak, her ne kadar bu çalışmada bazı sitokinlerin plazma düzeylerinde anlamlı değişikler saptanmış olsa da bu sonuçların kendi içlerinde tutarlı olmaması nedeniyle RF-EMR uygulamalarının immün sistem üzerindeki etkilerinin olduğunu söylemek için henüz çok erken. Bu konu ile ilgili daha çok sayıda çalışmalara ihtiyaç olduğunu düşünmekteyiz.
Comparison between multiplex PCR of the regions of difference (RD) and spoligotyping for identification of Mycobacterium bovis and Mycobacterium bovis BCG strains
Identification of Mycobacterium isolates is important for appropriate treatment of tuberculosis. BCG is difficult to distinguish from other strains of M. bovis and other members of the M. tuberculosis complex by conventional methods. The molecular methods that demonstrate the presence of RD regions, which also play a significant role in the evolutionary process, are very important in rapid diagnosis. We aimed to make this distinction by performing multiplex PCR with 7 RD regions taking into account the evolutionary tree of the Mycobacterium tuberculosis complex. The strains used for this study were randomly selected among the Mycobacterium tuberculosis complex, which includes M. tuberculosis, M. bovis and M. bovis BCG and other strains; isolated during 2007-2017 in the Regional Tuberculosis Laboratory, Çukurova University. These strains were already identified using the biochemical and growth tests. Genomic DNA was obtained by the Mickle apparatus and all strains tested by RDs-based Multiplex PCR based on the presence or absence of the seven RD regions. Spoligotyping was performed to confirm sublineages. The molecular identification by RDs-based Multiplex PCR has high sensitivity and specificity in differentiation between the MTBC subspecies. We conclude that this molecular method allows accurate and rapid identification of the MTBC members including M. bovis and BCG strains at low cost.
Çukurova bölgesindeki pulmoner tüberkülozlu hastaların balgam örneklerinden izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında pirazinamid direncinin moleküler mekanizmalarının araştırılması
Tüberküloz (TB), bilinen en eski hastalıklardan birisidir. Günümüzde özellikle çoklu ilaca dirençli (MDR- ÇİD) ve yaygın ilaca dirençli (XDR – YİD) Tüberküloz basilleriyle enfekte olmuş hasta sayısının artması, hastalığın kontrolündeki en büyük problemdir. Ancak ileri moleküler metotlarla direncin moleküler mekanizması tespit edilerek uygun tedavi rejimleri kısa sürede belirlenebilmektedir. Bu çalışmada T.C. Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Kurumu Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarına bağlı 8 ildeki hastane ve Verem Savaş Dispanserinde (VSD'de) pulmoner tüberküloz veya şüpheli temas öyküsü ile takip edilen hastalara ait klinik materyallerden izole edilen 100 M. tuberculosis kompleks suşunun genotipik ve fenotipik yöntemlerle 97'sinin M. tuberculosis (%97), 3'ünün M. bovis (%3) olduğunu, antibiyotik duyarlılık testi, sonucunda izolatların 59'unun PZA dirençli (%59), 41'inin ise PZA duyarlı (%41) olduğu tespit edilmiştir. PZA direncinden sorumlu genlerin DNA dizi analizi sonucunda 3 PZA doğal dirençli M. bovis hariç, kalan 56 PZA dirençli izolatın 49'unda pncA (%88) ve 9 izolat da ise panD (%16) mutasyonu, PZA duyarlı 41 izolatın, 8'inde de pncA (%20) ve 5'inde panD (%12) mutasyonu tespit edilmiştir. 3 PZA dirençli ve 1 PZA duyarlı izolatlarda hem pncA hem panD mutasyonuna sahip olduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Tüberküloz, İlaç direnci, Pirazinamid, PncA, PanD
Miscanthus giganteus'dan dark fermentasyon ile biyohidrojen üretimi üzerine fizikokimyasal ve enzimatik ön işlemlerin etkisi
Bu çalışmada Miscanthus giganteus kullanılarak lignoselülozik biyohidrojen üretimi araştırılmıştır. Biyokütle hidrolizasyonunda kimyasal kullanmadan 120 ve 135°C sıcaklıklarda otoklavda, kimyasal kullanarak yapılan ön hidroliz çalışmalarında zayıf asidik % 0,5 ve % 1 sülfürik asit, zayıf bazik % 0,5 ve % 1 NaOH kimyasal uygulamalar 121 ve 135°C'de belirlenmiştir. Kimyasal uygulama sonucunda oluşan hidrolizat biyolojik ön işlem için Viscoamyl Flow selülaz enzimi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Ön hidroliz çalışmalarında en yüksek şeker hidrolizi % 1 H2SO4 ve 135°C sıcaklıkta 60 dakika ön işlemle elde edilmiş olup enzimatik hidroliz ile birlikte toplamda 27,43 g indirgen şeker elde edilmiştir. Bazik ön işlemi takip eden hidrolizasyonda ise 18,67 g indirgen şeker elde edilmiştir. Biyohidrojen üretimine ön işlem tekniklerinin etkisinin belirlendiği çalışmada asidik ön işlem sonucu elde edilen hidrolizattan 15,45 L, bazik ön işlemden elde edilen hidrolizattan 14,74 L biyohidrojen üretimi yapılmıştır. Biyohidrojen üretimine başlangıç pH etkisinin belirlendiği çalışmada başlangıç pH'ı 6.5'e ayarlandığında 15.45 L, pH 5,5'e ayarlandığında ise 17,16 L biyohidrojen üretimi sağlanmıştır. Hidrolizat konsantrasyonun etkisinin araştırıldığı çalışmada 50g indirgen şeker hidrolizatından pH 5.5'te 17,16L biyohidrojen üretilirken oran 100g indirgen şeker'e çıkarıldığında 25,3 L'ye çıkmıştır. Şeker oranın artışı biyohidrojen üretiminde baskılayıcı etki yaratmış ve verimde düşme gözlenmiştir. Bu çalışma ile Miscanthus giganteus biyokütlesinin kimyasal, fiziksel ve biyolojik ön işlemler yapılarak biyohidrojen ve fermentatif enerji kaynaklarının üretiminde kullanılabilecek önemli bir materyal olduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Biyohidrojen, Miscanthus giganteus, Dark Fermentasyon, Enzimatik hidroliz
Bazı ekmeklik buğday çeşitlerinin fonksiyonel DNA markörleri ile karakterizasyonu
Ekmeklik buğday ıslahında gen kaynaklarının moleküler olarak karakterize edilmesi oldukça önemlidir. Özellikle bu bilgilerin bilinmesi, yapılacak ıslah çalışmalarının başarısını artıracaktır. Bu çalışmada, 63 fonksiyonel DNA markörü kullanılarak, 54 hekzaploid Türk ve yabancı orijinli buğday çeşidi moleküler olarak karakterize edilmiştir. Bu araştırmada; adaptasyon, kalite, biyotik ve abiyotik faktörlere dayanıklılık sağlayan gen bölgeleri ile ilişkili 63 adet fonksiyonel DNA markörü kullanılmış ve çeşitler arasındaki gen bölgelerinin allelik durumları ve allellerin frekans değerleri saptanmıştır. İncelenen gen bölgeleri bakımından, çeşitler arasında önemli genetik farklılıkların olduğu belirlenmiştir. Araştırma bulgularına dayanılarak, incelenen ekmeklik buğday çeşitlerinin buğday ıslah programlarında farklı amaçlar için kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.
Zeytin karasuyunun ileri oksidasyon teknikleriyle ön işlemden sonra anaerobik biyogaz sistemlerinde biyogaz verimliliği üzerine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, zeytinyağı atık sularının ileri oksidasyon yöntemleri kullanılarak ön arıtımı ve arıtılmış atık suyun anaerobik sistemde biyogaz verimi üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Ozon çalışmalarında zeytin karasuyunun kimyasal oksijen ihtiyacı (KOİ) giderimi için en uygun pH 7 olarak belirlenmiştir. pH 7'de 150 dakikalık ozon uygulaması ile %35.6 KOİ giderimi, %29.7 toplam organik karbon (TOK) giderimi sağlanmıştır. Foto-fenton çalışmalarında KOİ giderimi için en uygun pH 3 olduğu belirlenmiş ve zeytin karasuyunun foto-fenton ile 240 dakika işleme alınması ile %44 oranında KOİ giderimi, %19.7 TOK giderimi sağlanmıştır. Zeytin karasuyunun ozon ile muamelesi sonucunda oluşan 15367 mg/L KOİ oranındaki çıkış suyu ile 3420 mL biyogaz üretimi sağlanırken, foto-fenton uygulamalarının ürünlerinden 11980 mg/L KOİ oranında 1251 mL biyogaz üretimi sağlanmıştır. Bu çalışmada zeytin karasuyunun arıtılmasında ozon ve foto-fenton uygulamaları tek başına etkili olmadığı, fakat ozon ve foto-fenton uygulamaları ile anaerob biyolojik uygulamaların kombinasyonlarının etkili olduğu görülmüştür.
Selülaz aktivitesi gösteren Clostridium sp. suşlarının izolasyonu enzim karakterizasyonu ve bu suşlardan üretilen selülazın pilot biyogaz sisteminde kullanılması
Bu çalışmada Osmaniye ili katı atık düzenli depolama sahasından alınan numunelerden izole edilen 3 adet selülaz pozitif anaerobik bakteri Clostridium sp. olarak tanımlanmıştır. Bu bakterilerden en yüksek selülaz aktivitesi olan 4 nolu suş kullanılarak enzim üretilmiş ve üretilen enzimin karakterizasyonu yapılmıştır. Enzimin en iyi aktivite gösterdiği sıcaklık 60 ºC en iyi aktivite gösterdiği pH 8.0 olarak belirlenmiştir. Enzim optimum şartlarda %1 CMC substrat çözeltisinde 12 saat süre sonunda 6.95 mg/mL indirgen şeker açığa çıkarmıştır. İzole edilen selülaz kullanılarak gerçekleştirilen biyogaz üretiminde 37 ºC 12 günde toplamda 5110 mL biyogaz üretilirken, enzim eklenmeyen kontrol grubunda 4890 mL gaz üretilmiştir. 55 ºC sıcaklıkta yapılan çalışmada 12 günde toplamda enzim bulunan deney grubunda 7050 mL, enzim bulunmayan kontrol grubunda ise 5640 mL biyogaz üretimi gerçekleşmiştir. Üretilen enzimin termofil olması biyogaz üretimi çalışmalarında da etkisini göstererek üretilen gaz miktarında %20 artış sağlamıştır. Bu çalışmada çöp sahasından izole edilen Clostridium sp. alkali termofil selülaz izole edilmiştir. Bu enzimin yüksek sıcaklıkta çalışan biyogaz sistemlerinde kullanılabilir bir enzim olduğu söylenebilmektedir.
Clostridium' lardan üretilen amilazın karekterizasyonu ve biyogaz verimliliği üzerine etkisi
Bu çalışmada katı atık düzenli depolama tesisinden izole edilen Clostridium sp. kullanılarak amilaz üretimi ve amilaz aktivitesi üzerine sıcaklık, pH, substrat konsantrasyonun etkisi belirlenmiş ve üretilen enzimin nişasta içerikli atık sularda biyogaz üretimi etkisi çalışılmıştır. Çalışmada izole edilen bakterinin üreme sıcaklığı 37°C olup mezofiliktir. Enzimatik aktivite üzerine sıcaklığın etkisi 30-80C ve pH' ın etkisi 3.0-8.0 arasında çalışılmıştır. Enzimin çalıştığı optimum sıcaklık 30C ve pH 6.0 olarak belirlenmiştir. Zamana bağlı olarak yapılan enzimatik hidroliz çalışmasında 8 saat sonra açığa çıkan indirgen şeker oranı 3.65 mg/mL olup, bir saatte açığa çıkan şeker oranından 4.38 kat daha fazladır. Substrat konsantrasyonun etkisi % 0.5, 0.75, 1 ve 2 nişasta konsantrasyonunda belirlenmiş ve substrat konsantrasyonu iki katına çıktığında açığa çıkan indirgen şeker oranı %39 artmıştır. Biyogaz üretimi üzerine enzim kullanılmasının etkisi 37ºC sıcaklıkta belirlenmiş ve enzim kullanılmayan kontrol grubunda 3400 mL biyogaz üretilirken enzim eklenen deney grubunda ise 3670 mL %55 CH4, % 44 CO2 gazından oluşan biyogaz üretilmiştir. Enzim eklenmesinin %7.3 daha fazla biyogaz üretimi sağladığı belirlenmiştir. Biyogaz üretimi kontrol grubuna göre 4 gün daha önce dengeye ulaşmıştır. Bu çalışmada anaerob Clostriudum sp. 'den izole edilen amilaz mezofilik biyogaz sistemlerinde kullanılabilecek bir enzimdir. Anahtar Kelimeler: Clostriudum sp., Biyogaz, Amilaz, Enzim Aktivitesi
Obez olan ve olmayan kadınlarda vücut yağ oranı, total oksidatif stres, total antioksidan kapasite ve inflamasyon marker'ının (C-reaktif protein) incelenmesi
Bu çalışmada obez ve sağlıklı kadınlarda vücut yağ oranı, oksidatif stres ve inflamasyon markırlarının incelenmesi ve karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya Mustafa Kemal Üniversitesi Hastanesi dahiliye bölümüne başvuran, diyetisyene yönlendirilen ve çalışmaya katılmayı kabul eden 30 obez ve 30 sağlıklı olmak üzere toplam 60 kadın dahil edilmiştir. Vücut yağ oranı ve kütlesi, C-Reaktif Protein (CRP) düzeyi, Total Oksidatif Stres için Total Oksidan Kapasite (TOS) ve Total Antioksidan Seviye (TAS) ölçülmüştür. Deney ve kontrol gurubu arasındaki istatistiksel anlamlılığa baktığımızda vücut kitle indeksi, TAS, TOS, OSİ, CRP, yağ oranında iki grup arasında anlamlı fark olduğu bulunmuştur (p>0.05). Deney grubunda bütün parametrelerin yüksek olduğu tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda obez ve sağlıklı bireylerin biyokimyasal parametreleri arasında fark olduğu ortaya konulmuştur. Ulaşılan sonuçlar, obezite ile mücadele üzerine gelecekteki çalışmalara rehberlik edecektir.
Bazı nar genotiplerinde antosiyanin sentezi ile ilişkili genlerin ifade seviyelerinin belirlenmesi
Nar (Punica granatum L.), barındırdığı değerli sekonder metabolitlerden dolayı antioksidan içeriği zengin, antitümör ve antikanser aktiviteleri yüksek bir meyvedir. Birçok farklı alanda kullanılıyor olması nar meyvesine olan talebi arttırmış ve bu durum üretime olumlu yansımıştır. Bu çalışmada, besin kompozisyonuna etki eden antosiyanin sentezi ile ilişkili bazı genlerin ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla, Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü Nar Genetik Koleksiyonunda yer alan "33N53", "İzmir-1479" ve "19/147" genotiplerine ait yaprak, tohum ve meyve kabuğu dokuları kullanılarak qRT-PCR reaksiyonları gerçekleştirilmiş ve dokulara ait gen ekspresyon düzeyi belirlenmiştir. Analizlerde CHS, CHI, F3H ve PAL genlerinin ekspresyon düzeyi belirlenmiştir. Analizler sonucunda CHS ve CHI genlerine ait ekspresyon düzeyi üç genotipe ait yaprak, dane ve kabuk dokusunda yüksek çıkmıştır. Fakat F3H ve PAL genlerine ait ekspresyon düzeyi yalnızca 19/147 genotiplerine ait dokularda yüksek çıkmıştır. Kabuk ve dane rengi bakımından koyu kırmızı renge sahip olan 19/147 genotipinin antosiyanin içeriği ve gen ekspresyon düzeylerinin uyumlu olduğu tespit edilmiştir.
Construction of high-density genetic linkage maps and QTL analysis in almond
Almond (Prunus dulcis (Mill) D.A. Webb) is the only nut tree species in Rosaceae family and it is one of the most important nut crops in Turkey. Cultivar breeding programs in almond take a long time due to its long juvenile period. So, it is necessary to use molecular approach to overcome such problems. Construction of genetic linkage maps and quantitative trait locus (QTLs) analysis are important tools to develop markers linked to economically important phenotypic characters, which can significantly shorten the breeding efficiency. Therefore, in this study, we aimed (1) to construct a high-density genetic linkage map and (2) to detect QTLs associated with economically important phenotypic characters in almond. 'Gülcan-2 x Lauranne' and 'Guara x Nurlu' F1 populations were used in genetic linkage mapping and QTL analysis. The phenotypic data obtained from 2015, 2016, 2017 and 2018 growing seasons and from 21 characters were used. SSR, DArT and SNP markers were used for high-density genetic linkage map construction. In 'Gülcan-2 x Lauranne' population, the Gülcan-2 maternal linkage map included 3,338 markers, and the total map length was 469.86 cM with 7.1 marker density (marker/cM), whereas the Lauranne male genetic map contained 3,442 markers, and the total map length was 572.27 cM with 6.23 marker density. In 'Guara x Nurlu' population, the Guara maternal linkage map included 2,563 markers, and total map length was 443.92 cM with 5.79 marker density (marker/cM), whereas the Nurlu male genetic map contained 3,135 markers, and the total map length was 516.02 cM with 6.14 marker density. QTL analysis was conducted using genetic linkage maps and phenotypic data analysis. As a result, a total of 12, 11, 23 and 22 major QTLs were detected in Gülcan-2, Lauranne, Guara and Nurlu maps, respectively. The data produced in this study will be very useful for breeding and genetic studies in the future for almond. Key words: Almond, SSR, SNP, genetic mapping, QTL
Construction of high-density genetic linkage map and QTL analysis using an interspecific F1 population in pistachio
Pistachio (Pistacia vera L.) is one of the commercially most important cultivated fruit tree species around the world including Turkey due to its edible nuts having beneficial properties to human health as well as commercial importance in the industry. Cultivar breeding programs in pistachio take a long time, huge labor, high cost, and large land areas due to the alternate bearing and long juvenile period of pistachio. To mitigate such constraints in the breeding programs, the molecular approach is necessary to apply. Therefore, this study aimed (i) to construct the first SNP-based high-density genetic linkage maps using an interspecific F1 population derived from a cross between P. vera cv. 'Ohadi' and P. atlantica cv. 'Pa-18' ('Ohadi x Pa-18'), (ii) to perform QTL analysis in leaf, shoot and inflorescence traits in pistachio. To obtain the SNP markers, DArT-SeqTM genotyping-by-sequencing method was used. A total of 1,407 SNPs was mapped in the 'Ohadi' female, whereas the 'Pa-18' male map consisted of a total of 2,518 SNPs markers. The total length of the 'Ohadi' map was 1,122.2 cM with an average length of 74.8 cM, while the 'Pa-18' map was 1,307.2 cM in length with an average length of 87.1 cM. The marker density was 1.2 and 1.9 markers per cM in 'Ohadi' and 'Pa-18' linkage maps, respectively. 'Ohadi' map had an average of 93.8 markers per linkage group, while the 'Pa-18' map had an average of 167.9 markers per linkage group. A total of four significant QTLs that are related to terminal leaflet base, leaf width, tree vigor, and inflorescence rachis length were detected in three linkage groups in the 'Ohadi' genetic linkage map. The data generated in this study will be very useful and framework for further QTL analysis, molecular breeding, and genetic studies in the future for pistachio.
Olgunlaştırılmış Kars kaşar peynirindeki peptitlerin izolasyonu ve biyoaktif özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada olgunlaştırılmış Kars Kaşar peynirinden elde edilen peptit fraksiyonları, antibakteriyel, antioksidan ve ADE inhibitörü aktivite gibi bazı biyoaktif özellikler açısından değerlendirilmiştir. Peynirden elde edilen suda çözünür özütlerin doğrudan ve enzimatik hidrolizi sonrası ultrafiltre edilmesi ile açığa çıkan 4 farklı peptit fraksiyonunun (F1, F2, F3 ve F4) antibakteriyel aktiviteleri disk difüzyonu ve minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) analizleri ile incelenmiş olup E.coli ve S.aureus bakterileri üzerinde herhangi bir inhibitör etkisi gözlenmemiştir. Antioksidan kapasitelerini belirlemek amacıyla DPPH ve FRAP analizleri uygulanmış, en yüksek antioksidan aktivite FRAP sonucunda 798.12±14.18 mM Trolox/g ekstrakt değeri ile F4 adlı fraksiyonda gözlenmiştir. DPPH analizi sonucunda ise en yüksek aktivite F3 adlı fraksiyonda 70.13±0.38 mM Trolox/g ekstrakt olarak belirlenmiştir. Fraksiyonların ADE enzimini inhibe etme yüzdesi F1 ve F2 fraksiyonlarında (%100 inhibisyon ile) oldukça yüksek bulunmuştur. Bunun yanı sıra en küçük IC50 değeri 1.00 mg/mL ile F2 fraksiyonunda gözlenmiştir. Diğer fraksiyonların IC50 değerleri küçükten büyüğe doğru F3 (IC50=3.22 mg/mL), F1 (IC50=7.96 mg/mL) ve F4 (IC50= 141.64 mg/mL) şeklinde belirlenmiştir. En düşük inhibitör etki, en yüksek IC50 değeri ile F4 fraksiyonunda görülmüştür.
Isolation and molecular diagnosis of Trichoderma spp. and evaluation of it's inhibitory effectiveness on some pathogenic fungi
In this study.4 isolates of Trichoderma spp. as well as 7 isolates of Macrophomina .phaseolina and one isolate of Fusarium were isolated and identified from soil and compost in Adana province/ Turkey. In addition Two isolates Dermatophytes sp, were included for molecular study.The identification of Trichoderma spp was carried out based on morphological features as well as phylogenetic analysis using two primers (ITS1 and ITS4). Isolates were identified as T. viride, T. virens,T. harzianum and T. lixii. while all isolates of M.phaseolina were identified as M.phaseolina based on morphological features as well as phylogenetic analysis using two primers (ITS5 and ITS4 ). Also isolates of Fusarium and dermatophytes were identified as F.oxysporum, Trichophyton tonsurans and Microsporium canis respectively based on phylogenetic analysis using two primers (ITS1 and ITS4 ). From the antagonistic test. all isolates of Trichoderma showed promising results in reducing growth of pathogens under in vitro conditions. However, the efficacy was variable among the tested isolates.The best antifungal concentration was (15 ml/L) with T. harzianum isolate in inhibition for M.phaseolina, F.oxysporum, Trichophyton tonsurans and Microsporium canis.
Foşa, çakıldak ve tombul fındık çeşitlerinin In vitro koşullarda kitlesel üretimi
Bu tez çalışmasında Türkiye için ticari değeri yüksek Foşa, Tombul ve Çakıldak fındık çeşitlerinin farklı dozlardaki bitki büyüme düzenleyicileri kullanılarak virüsten ari kitlesel üretim olanaklarının araştırılması amaçlanmıştır. Elma mozaik virüsünden ari Foşa, Çakıldak ve Tombul fındık çeşitlerinin kitlesel üretimi için eksplant olarak nodal segmentler kullanılmıştır. Bu bitkiciklerin çoğaltımı için DKW temel besi yerinde bitki büyüme düzenleyicilerinden BAP (0, 1, 2, 3, 4, 5 mg/L), IBA (0, 0.01, 0.1, 0.2 mg/L), GA3 (0.05 mg/L) ve MT'nin (0, 1, 2, 3, 4, 5 mg/L) farklı dozları denenmiştir. Foşa ve Tombul için en iyi sürgün gelişimi 2 mg/L MT, 0.2 mg/L IBA ve 0.05 mg/L GA3, Çakıldak için en iyi sürgün gelişimi 3 mg/L MT, 0.2 mg/L IBA ve 0.05 mg/L GA3 kombinasyonlarından elde edilmiştir. Köklenme için farklı dozlardaki IBA (0, 1, 2, 3 mg/L), NAA (0, 0.01, 1, 2 mg/L) ve Sequestren Fe 138 (200 mg/L) içeren MS temel besi yerinde bitkilerin kök sayıları ve kök uzunlukları belirlenmiştir. Foşa, Çakıldak ve Tombul için en iyi köklendirme besi yerinin 2 mg/L IBA ve 1 mg/L NAA'nı içeren besi yeri olduğu saptanmıştır. Ayrıca bu tez çalışmasında Elma mozaik virüsü ile bulaşık olan bitkilere in vitro koşullarda termoterapi uygulaması yapılmıştır. Termoterapi uygulamasında 16 saat ışık 8 saat karanlık fotoperiyot, 40 μmol∙m2∙s-1 ışık şiddetinde, 25˚C ile başlayan ve her gün bir derece artırılarak gündüz 36 ˚C - gece 32 ˚C de 28-32 hafta bekletilmiştir. Termoterapi uygulama aşamasındaki bitkiler DAS-ELISA ve RT-PCR ile test edilmiştir ve termoterapinin 45. gününde bu bitkilerin virüsten arındırıldığı tespit edilmiştir.
Yabani makarnalık buğdayda (Triticum dicoccoides) DNA metilasyon çeşitliliğinin MSAP (methylation-sensitive amplification polymorphism) tekniğine göre saptanması
Bu çalışma, "Verimli Hilal" bölgesinin farklı bölgelerinden toplanmış olan yabani gernik buğday (T. dicoccoides) genotiplerinde DNA Metilasyon varyasyonunu MSAP tekniği ile tanımlamak, bu varyasyonun yabani gernik genotiplerinin toplandığı bölgelere göre değişip değişmediğini belirlemek ve DNA metilasyonunun makarnalık buğdayın evriminde nasıl bir rol oynadığını saptamaya çalışmak amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada 87 adet yabani gernik genotipi ve 3 adet makarnalık buğday genotipi kullanılmıştır. Genomik DNA'nın metilasyon modelini belirlemek için 3 adet MSAP primer kombinasyonu kullanılmıştır. Thalos transpozon elementini çevreleyen 'CCGG' bölgelerinin metilasyon modelini belirlemek için 1 adet TMD (Transposon-Methylation Display) primer kombinasyonu kullanılmıştır. Farklı ülke orjinli yabani gernik popülasyonlarının ortalama metilasyon seviyelerinin birbirine yakın olduğu belirlenmiştir. Yabani gernik popülasyonunun makarnalık buğday popülasyonuna göre daha fazla metilasyon seviyesine sahip olduğu saptanmıştır. Genomik DNA'nın ve Thalos transpozon elementinin incelenen metilasyon seviyesi ve modeli bakımından geniş varyasyon gösterdiği saptanmıştır. Bu araştırmada genomik DNA ve transpozon metilasyonunun genellikle orijinlerine özgü olduğu ve yabani buğdayların kültür buğdaylarına göre daha yüksek metilasyon seviyesi ortaya koyduğu saptanmıştır. Bazı genotiplerin toplandıkları orijinlerinden bağımsız metilasyon modelleri sergileyebildiği, özellikle farklı metilasyon seviyesi ve modeline sahip genotiplerin farklı çevre şartları altında epigenetik yanıtın gen fonksiyonlarını nasıl düzenlendiğinin anlaşılması ile ilgili yapılacak araştırmalarda önem arz ettiği sonucuna varılmıştır.
Diyabetik sıçan aorta kasının kasılma parametreleri üzerine pulslu manyetik alan ve antioksidanların etkilerinin araştırılması
Bu çalışmada, diyabetik sıçanların aort kaslarında meydana gelen deformasyona alternatif bir tedavi yöntemi olan pulslu manyetik alan ve antioksidanların kasılma parametrelerine, antioksidan enzim seviyelerine ve stres faktörlerine etkileri araştırıldı. Erkek 120 adet Wistar albino türü sıçan, her birinde 10 hayvan olmak üzere 12 gruba ayrıldı. Diyabet gruplarında diyabet olgusu, sıçanların kuyruk veninden 45 mg/dl/kg streptozotosin maddesi enjektesi edilerek geliştirildi. Pulslu manyetik alan gruplarında bulunan sıçanlar, 50 Hz frekanslı, 1 mT şiddetinde yatay yönlü pulslu manyetik alana 1 ay boyunca günde 1 saat maruz bırakıldı. Antioksidan gruplarında bulunan sıçanlara ise iki farklı antioksidan olan resveratrol ve pterostilben intraperitonal olarak 1 ay boyunca günün aynı saatinde enjekte edildi. Deney sonucunda sıçanların dekapite yöntemi ile kalplerinden kan alındı ve aort dokuları çıkarıldı. ELISA yöntemi ile antioksidan enzim seviyelerinin ve ısı şok protein seviyelerinin belirlendi.. Sıçanlarda izole edilen torasik aorta preparatları önce krebs çözeltisi bulunan organ banyolarında 60 dakika boyunca 1,5 g gerilim ile dengelenme periyodunda bekletildi. Sonra, 10-6 M KCL çözeltisi ile kasılma kuvvetleri (mg), 10-6 M ACh veya SNP ile gevşeme parametreleri (%) gözlendi ve bu parametreler BIOPAC MP35 sistemi ile kayıtlandı. Deney sonunda elde ettiğimiz bulgulara göre, diyabetik aortalı sıçanların kontrollere nazaran gevşeme sürelerinin daha kısa kasılma kuvvetlerininse daha fazla olduğu görülmüştür ancak manyetik alan ve antioksidan etkisinin uygulanan aortların kasılma kuvvetlerinde azalış ve gevşeme sürelerinde artış gözlenmiştir. İnvaziv olmayan pulslu manyetik alan ve antioksidan uygulamasının, diyabetik bireylerde kalp hastalıkları riskinin artmasını önlemeye yardımcı olabileceğini düşündürmektedir.
Bazı gamların Bacillus coagulans'ın gelişimi ve biyofilm oluşumu üzerine etkisi
Bu çalışmada prebiyotik özelliğini belirlemek amacıyla bazı gamların (keçiboynuzu, pektin, ksantan ve aljinat) B.coagulans' ın gelişimi ve biyofilm oluşturma özelliği üzerine etkisi araştırılmıştır. Gamların, B.coagulans'ın gelişimi üzerine etkisi, nutrient agar besiyeri kullanılarak, yayma ekim yöntemi ile belirlenmiştir. Farklı gamlar kullanarak B.coagulans' ın biyofilm oluşturma özelliklerini belirlemek amacıyla ise, mikrotitrasyon plak yöntemi kullanılmıştır. Araştırmada kullanılan B. coagulans biyofilmlerinin % 0.4 kristal viyole ilavesiyle 630 nm'de ölçülen absorbans değeri 0.11 bulunmuştur. Absorbans değerinin >0.1 olması biyofilm oluşumunu göstermektedir. Çeşitli gamların (keçiboynuzu, pektin, ksantan, aljinat) probiyotik B. coagulans biyofilmi üzerine etkilerinin belirlenmesine yönelik çalışmalardan elde edilen bulgular; % 0.4 kristal viyole ilavesiyle 630 nm'de ölçülen absorbans değeri % 2, 3, 4 oranlarında sırasıyla pektin gamı için 0.27, 0.33 ve 0.40, ksantan gamı için 0.44, 0.25 ve 0.46 keçi boynuzu gamı için 1.68, 0.21 ve 0.91, aljinat gamı için 0.35, 0.32 ve 0.26 ölçülmüştür. Biyofilm denemeleri sonucunda keçiboynuzu, ksantan, aljinat ve pektin gamlarının B. coagulans' ın biyofilm oluşturma özelliğini arttırdığını göstermiştir. Araştırmada kullanılan probiyotik B. coagulans' ın başlangıç sayısı 7.69 log kob/mL iken, inkübasyon sonunda çeşitli gamların B. coagulans'ın sayısını arttırdığı belirlenmiştir. %2, %3 ve %4 pektin gamı ilavesi sonucunda B. coagulans canlı hücre sayısında sırasıyla 0.22, 1.02 ve 1.51 log kob/mL artış meydana gelmiştir. %2, %3 ve %4 ksantan gamı ilavesi sonucunda B. coagulans'ın canlı hücre sayısında 0.27 log kob/mL düşüş, 0.51 log kob/mL artış ve 2.26 log kob/mL artış meydana gelmiştir. Aynı oranlarda (%2, 3 ve 4) keçi boynuzu ilavesi sonucunda ise B. coagulans'ın canlı hücre sayısında sırasıyla 0.35 log kob/mL, 1.06 log kob/mL ve 1.18 log kob/mL artış meydana gelmiştir. % 2, 3, 4 aljinat gamı ilavesi sonucunda ise B. coagulans'ın canlı hücre sayısında sırasıyla 0.41, 1.5 ve 1.78 log kob/mL artış meydana gelmiştir. Bu artış, tüm kullanılan gamların B. coagulans bakteri gelişimi üzerine olumlu etkisi olduğunu göstermiştir.
Neonikotinoid insektisid sülfoksaflor'un Swiss albino farelerde (Mus musculus) beyin dokusunda oksidatif stres ve kaspaz-3 gen ekpresyonuna etkileri ile fucoidan'ın koruyucu rolü
Bu çalışmanın amacı neonikotinoid insektisid sülfoksaflor'un Swiss albino erkek farelerde (Mus musculus) beyin dokusunda, GSH-bağımlı antioksidan sisteme, lipid peroksidasyonuna ve kaspaz-3 gen ekspresyonuna etkileri ile antioksidan özelliğe sahip sülfatlanmış polisakkarit fucoidan'ın bu süreçlerde koruyucu rolünü araştırmaktır. Bu amaçla, farelere sülfoksaflor 15 mg/kg dozda, fucoidan ise 50 mg/kg dozda intragastrik gavaj yoluya 24 saat ve 7 gün sürelerle uygulanmıştır. Beyin dokularında tGSH,TBARS ve protein miktarları ile GPx, GR, GST enzim aktiviteleri spektrofotometrik yöntemlerle ve kaspaz-3 mRNA ekspresyon düzeyi RT-PCR ile belirlenmiştir. Sülfoksaflor'un beyin dokusunda TBARS miktarı, GPx, GR ve GST enzim aktiviteleri ile kaspaz-3 mRNA ekspresyon düzeyinde artışa neden olduğu ve tGSH miktarını azalttığı belirlenmiştir. Fucoidan'ın sülfoksaflor ile birlikte etkisinde TBARS miktarının azaldığı, tGSH miktarının artarak kontrol düzeylerine yaklaştığı, GPx, GR, GST enzim aktivitelerinin arttığı gösterilmiştir. Ayrıca sülfoksaflor etkisinde kaspaz-3 mRNA ekspresyon düzeyinde meydana gelen artışın fucoidan'ın etkisi ile kontrol düzeylerine azaldığı belirlenmiştir. Bu çalışmanın sonuçları sülfoksaflor'un oksidatif strese neden olarak apoptotik hücre ölümünü tetiklediğini göstermiştir. Fucoidan ise antioksidan etki ile GSH-bağımlı antioksidan sistemi destekleyerek sülfoksaflor'un neden olduğu oksidatif koşullardan ve apoptotik hücre ölümünden beyin hücrelerini koruyucu rol oynamıştır.