Medulloblastomada vinkristin direncini regüle eden kromatin regülatörlerlerinin araştirilmasi

Medulloblastoma (MB), genellikle 6-8 yaş arasında teşhis edilen, çocukluk çağının en yaygın beyin kanseri tipidir. Primer MB tedavilerinde başarı oranı %50'nin üzerindeyken, hastaların %30'unun üzerinde bir bölümünde nüks görüldüğü ve sağ kalım oranının %25'in altına düştüğü belirtilmiştir. Buna ek olarak, nüks görülen hastalarda, edinilmiş ilaç direnci yaygın olarak gözlenmekte, ve bu durum, tedavide önemli zorluklara yol açmaktadır. Son çalışmalar, MB'nin farklı alt gruplarına özel olarak, kromatin düzenleyicilerinde mutasyonlar gözlemlendiğini ve gen anlatımında anlamlı farklılıklar olduğunu açığa çıkartmıştır, bu da MB tümörü oluşumunda ve gelişiminde epigenetik faktörlerin önemini göstermektedir. Bu çalışmada, hem ana MB hücrelerinde, hem de ilaç direnci geliştirilmiş MB hücrelerinde epigenetik prob kütüphanesi ve CRISPR/Cas9 tabanlı genetik ablasyon kütüphanesi (EPIKOL) kullanılarak MB'nin epigenetik zayıflıklarının belirlenmesi ve MB tümörü oluşumundaki ve ilaç direncinin gelişimindeki etkisinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Oluşturulan ilaç dirençli MB hatlarında, vinkristine karşı 100 kata varan çoklu ilaç direnci gözlemlenmiş ve önemli bir ilaç pompası olan ABCB1 gen anlatımı seviyesinde anlamlı fark gösterilmiştir. Kimyasal prob kütüphanesinin kullanımı ile CBP/p300 bromodomain'lerinin inhibisyonunun ilaç dirençli MB hücrelerinin vinkristine olan duyarlılığını arttırdığı ve bunun ABC ve SLC pompalarını gen anlatımının düzenlenmesiyle oluştuğu gösterilmiştir. EPIKOL taraması ile de, CBP inhibisyonunun ilaç dirençli MB üzerindeki duyarlılığı arttırıcı etkisi yeniden doğrulanmıştır. Buna ek olarak, NRF2'nin negatif düzenleyicisi KEAP1 geninin inhibisyonunun da ABCB1 gen anlatımını dolaylı olarak düzenleyerek, vinkristin dirençli hücrelere spesifik olarak duyarlılığı arttırdığı gözlemlenmiştir. Ana MB hücre hattında ise aynı etki gözlemlenmemiştir. Birden fazla sgRNA kullanılarak yapılan doğrulama deneylerinde vinkristin dirençli MB hücrelerinde KEAP1 geni ablasyonu üzerine vinkristine maruz bırakıldıklarında apoptoz seviyelerinde artış gösterilmiştir. Bunlara ek olarak KEAP1-KO vinkristin dirençli hücrelerde yapılan transkriptom analizinde, vinkristinin ana pompası olan ABCB1 sevisinde düşüş gözlemlenmiştir. Bu tez, MB'de edinilmiş vincristin direnincinin iki önemli düzenleyicisini tanımlamış olup, bu düzenleyicilerin, gelecekteki çalışmalarla beraber olası terapötik etki potansiyaline sahip olduğu ortaya koymuştur.