Duhok (Irak) bölgesinden izole edilen E.koli suşlarının antimikrobiyal duyarlılık ve antibiyotik direnç genlerinin moleküler yöntemlerle araştırılması

Bu çalışmada, Mart 2021'den Eylül 2021'e tarihine kadar olan bir süre içinde Irak'taki Duhok ve Zakho adlı şehirlerdeki üç büyük hastaneden 365 adet E. koli IYE (İdrar Yolları Enfeksiyonu) izolatı klinik vakalardan bir araya getirilmiştir. Toplanan E. koli izolatlarının türlerini tespit etmek amacıyla 43 tane biyokimyasal test uygulamaya koyuldu. Bunlardan 205 adedi (%56.16'sı) erkek hastalardan, 165 adedi (%43.83'ü) kadın hastalardan izole edildi. 100 adet E. coli izolatı (Duhok ve Zakho ilçelerinin her ikisi de dâhil olmak üzere) rastgele seçildi ve bu izolatlar antibiyotik duyarlılık testine tabi tutuldu. Test edilen izolatların birçoğu antibiyotiğe yüksek düzeyde direnç gösterdi. Mevcut olan tüm antimikrobiyal ajanlar arasında en güçlü olanın İmipenem olduğu tespit edilirken, Ampcillin, Gentamicin, Amikacin ve Nalidiksik asitin bu izolatlar üzerinde en az etkiye sahip olduğu gözlemlendi. Bu seçilen izolatlardan iki yöntem kullanılarak genomik DNA ekstrakte edildi. 100 adet izolat, ticari bir kit aracılığı ile ekstrakte edildi; ticari kit kullanılarak ekstrakte edilen genomik DNA konsantrasyonunun ortalaması 1.8 saflık ile 115.25ng/µl düzeyindeydi. Bu izolatların tümünün genomunun E. koli olduğunu doğrulamak için yaklaşık olarak 657 baz çifti moleküler ağırlığa sahip tüm suşlarda türe özgü gen olarak uidA'nın tek bir bandını üreterek başarılı bir şekilde amplifiye edildi. Elde edilen sonuçlara göre, virülans ve antibiyotik direnci ile ilgili Pai ve hyl genlerin bu izolatlardan 10 tanesinde (%28) test edilmiş herhangi bir belirteçten yoksun olduğunu ortaya çıkardı. Pai geni, patojenite adasının varlığı için belirteç olarak %75 oran ile diğer tüm virülans belirteçleri arasında en baskın olan belirteçtir ve bunu yüzde 69'luk bir oran ile hyl geni takip etmektedir.