İzmir Dikili Bademli deniz ılıcasından termofilik ve halofilik bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu

Son yıllarda ekstrem biyoçeşitlilik üzerine yapılan çalışmalar biyoteknolojik açıdan önemli mikroorganizmaların kullanımına odaklanmıştır. Biyoteknolojik özelliklerde yüksek sıcaklık, yüksek tuz, asit ve basınç gibi ekstrem koşullara dayanıklı mikroorganizmalar ve bunların biyoürünleri tercih edilmektedir. Kaplıcalar özellikle halofilik ve termofilik ekstremofil mikroorganizmaların doğal yaşam alanlarından biridir. Bu çalışmanın amacı Türkiye'deki İzmir/Dikili (Bademli) deniz ılıcasından termofilik ve halofilik bakterileri izole etmek ve karakterize etmektir. Bu çalışma üç aşamada gerçekleştirilmiştir: Birinci aşamada, İzmir İli Dikili İlçesi Bademli deniz ılıcasından Brown Broth ve Thermus besiyeri kullanılarak bakteri izolasyonu için çeşitli istasyonlardan (deniz suyu, çamur, kum vb.) örnekler alınmıştır. Elde edilen kültürlerden farklı koloni morfolojisine sahip mikroorganizmalar seçilerek fenotipik karakterizasyon yapılmıştır. İkinci aşamada farklı morfolojik özelliklere sahip bakteri suşlarına kodlar verilerek fizyolojik testleri (hareketlilik testi, sıcaklık, pH, oksijen parametreleri), biyokimyasal testleri (nişasta hidrolizi, kazein hidrolizi, katalaz testi, sitrat testi, üreaz testi, jelatin hidrolizi, oksidaz testi), tuz toleransı ve ayrıca farklı antibiyotiklerin etkisi araştırıldı. Elde edilen sonuçlar referans suşlarla karşılaştırıldı. Üçüncü aşamada seçilen hücrelerin kromozomal DNA izolasyonu yapılarak üniversal primerler kullanılarak 16S rRNA analizi yapıldı. Elde edilen diziler BLAST arama aracı kullanılarak karşılaştırıldı. İzole edilen suşların 16S rRNA dizisi, çoklu dizi hizalama programı kullanılarak NCBI veri tabanından dizi homolojisi gösteren bir referans dizi ile hizalandı. Filogenetik ağaç MEGA 7 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) yazılımı kullanılarak oluşturuldu. Farklı türlerin dizi hizalaması CLUSTAL W kullanılarak gerçekleştirildi ve komşu birleştirme yöntemi için evrimsel mesafe matrisleri Kimura iki parametreli model algoritması kullanılarak hesaplandı. Çalışmada farklı koloni ve hücre morfolojisine sahip 27suş izole edildi. Bu termofilik ve halofilik suşların 16S rRNA analiz sonuçlarına göre Bacillus ve Anoxybacillus türlerine yakın olduğu belirlendi.