Klinik E. Coli izolatlarında plazmit aracılı MCR gen bölgelerinin varlığının araştırılması ve bu genlerin yakın ilişkilerinin tespiti

E. coli, hastane kaynaklı enfeksiyonlarda en sık izole edilen gram negatif bakterilerden biridir. Normal flora üyesi olmasının yanında sebep olduğu sistemik enfeksiyonlar ile de bilinir. Bu enfeksiyonları önemli kılan ana etken ise bakterilerin rutin tedavide kullanılan antibiyotiklere karşı geliştirdiği dirençtir. Kolistin, gram negatif bakterilere karşı kullanılan son seçenek antibiyotiklerden birisidir. Kullanımı nefrotoksisite ve nerotoksisitesi nedeniyle kısıtlanmasına karşın, son zamanlarda özellikle çoklu ilaç direnci geliştiren suşların ortaya çıkmasıyla yeniden önem kazanmıştır. Ancak kolistinin bilinçsiz kullanımı bu antibiyotiğe karşı da direnç gelişmesine neden olmuştur. Günümüze kadar bilinen kolistin direncinin sadece intrinsik genlerdeki mutasyonlar nedeniyle olduğu düşünülmekteydi. Ancak mobil kolistin direnç (mcr) genlerinin keşfiyle, kolistin direncinin plazmid aracılığıyla suşlar arasında aktarılabildiği keşfedilmiştir. Bu genlerin tanımlanan 10 farklı alleli vardır. Çalışmamızda, bugüne kadar plazmid üzerinde tanımlanan tüm mcr allellerinin varlığını araştırarak bölgemizdeki plazmid aracılı direncin prevalansını ve tespit edilen genlerin birbirleriyle olan ilişkisini belirlemeyi amaçladık. Bu amaçla çalışmamıza, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda izole edilen ve ardışık sırayla seçilen 26 klinik E. coli suşu dahil edildi. Bu izolatlardan 2'si (%7,69) kolistine dirençli idi. 26 E. coli suşu konvansiyonel yöntemlerle doğrulandıktan sonra kolistin direnç profilleri sıvı mikrodilüsyon testi ile doğrulandı. İzolatlardan kit kullanılarak plazmid izole edilip, real-time PCR yöntemi ile mcr gen bölgelerinin varlığı incelendi. Bir dirençli izolatta mcr-1 geni tespit edilirken, diğer mcr allellerine hiçbir izolatta rastlanmadı. Çalışmanın sonucunda mcr-1 pozitif izolat oranı %3,8 (1/26), dirençli suşlar içerisindeki oranı ise % 50 (1/2) olarak bulundu. İzolatlarda mcr-1 geni haricinde hiçbir mcr alleli bulunamaması nedeniyle genler arası ilişkiler tespit edilememiştir. Kolistin direnç prevelansının düşük olması ve kolistin dirençli bir izolattaki mcr-1 dışında mcr genlerine rastlanmaması bölgemizdeki antibiyotik direnci için riskin henüz düşük olduğunu göstermektedir. Çalışmamız aynı zamanda bölgemizde E. coli izolatlarında tüm plazmid aracılı mcr allellerinin birlikte bakıldığı ilk çalışmadır.