Klinik örneklerden Burkholderia cepacia kompleksinin PCR tabanlı identifikasyonu

iiiKLİNİK ÖRNEKLERDEN BURKHOLDERİA CEPACİA KOMPLEKSİNİNPCR TABANLI İDENTİFİKASYONU(Doktora Tezi)Dilek Hande BİNNETGAZİ ÜNİVERSİTESİFEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜOcak 2006ÖZETSon yıllarda Pseudomonas ve Burkholderia cepacia kompleks etkenlerininbelirlenmesinde moleküler tanı yöntemlerinin kullanılması önem kazanmıştır.Araştırmada 97 klinik örnekten B. cepacia kompleksin moleküleridentifikasyonu yapılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ile 97 izolatın 28'indeB. cepacia kompleks için özel olan 770 baz çift (bp)'lik 16S rRNA gen bölgesiçoğaltılmıştır. B. cepacia kompleks PCR ürünleri TaqI, RsaI ve Tsp509Irestriksiyon endonükleaz enzimleri ile doğrulanmıştır. Çalışmada restiriksiyonendonükleaz enzimleri ile doğrulanan izolatların nükleotid dizilerininbelirlenmesi hedeflenmiş ve örneklere DNA dizi analizi uygulanmıştır.B. cepacia kompleks izolatlarının DNA dizi analizi ile belirlenen nükleotid dizisi,gen kütüphanesine kayıtlı AY207313 nükleotid dizisi ile karşılaştırılmıştır. Heriki nükleotid dizisinin birbirinin aynı olduğu tespit edilmiştir. 28 B. cepaciakompleks izolatına moleküler bant yapılarının tespiti için rastgele seçilenprimerle PCR (AP-PCR) uygulanmıştır ve örnekler 6 gruba dağılmıştır. AP-PCR ürünlerinin oluşturduğu bantların sayı ve büyüklüğünü tespit etmek içinürünlere DNA biyoanalizi uygulanmıştır. DNA biyoanaliz sonuçlarının grafik,ivjel ve sayısal değerlendirmeleri sonucunda B. cepacia kompleks izolatları 11gruba ayrılmıştır ve her grubun DNA bant büyüklüklerinin sayısal sonuçlarıelde edilmiştir. Çalışmada B. cepacia kompleks izolatlarının identifikasyonundamoleküler yöntemlerin önemi vurgulanmış ve. mikroorganizmalarınidentifikasyonu için geleneksel kültür yöntemlerinin yanında moleküleryöntemlerinde kullanılması tavsiye edilmiştir.Bilim Kodu : 203.1.104Anahtar Kelimeler : Burkholderia cepacia kompleks, PCR, identifikasyon,DNA biyoanalizi, AP-PCRSayfa Adeti : 84Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Güven Uraz