Theses supervised by Prof. Dr. Güven Uraz
18 theses · Gazi University
Bitki gelişiminde kullanılan bazı maddelerin mutajenik etkilerinin Salmonella Ames mikrozom testi ile araştırılması
Çalışmamızda, tarım sektöründe sıklıkla kullanılan 4 farklı bitki gelişim düzenleyicisinin (Gibberellic acid, Kinetin, Chlormequat chloride, 2,4,6-trichlorobenzoic acid) mutajenik etkileri araştırılmıştır. Deneyler metabolik aktivasyon enzimleri varlığında (S9+) ve yokluğunda (S9-), Salmonella Ames Mikrozom test yöntemiyle yapılmıştır. Test yönteminde Salmonella typhimurium TA 98 ve TA 100 suşları kullanılmıştır. TA 98 suşu çerçeve kaymasına yol açan mutajenlerin, TA 100 suşu ise baz çifti değişimine yol açan mutajenlerin belirlenmesi için kullanılmıştır. Mutajenite deneylerine başlamadan önce, test maddelerinin sitotoksik dozları belirlenmiştir. Daha sonra her test maddesi için sitotoksik olmayan 5 doz seçilmiştir. Mutajenite tayini için Gibberellic acid maddesinin 50 µg/plak, 100 µg/plak, 500 µg/plak, 1000 µg/plak, 5000 µg/plak dozları çalışılmıştır. Kinetin maddesinin 2,5 µg/plak, 25 µg/plak, 250 µg/plak, 1000 µg/plak, 2500 µg/plak dozları, Chlormequat chloride maddesinin 100 µg/plak, 200 µg/plak, 400 µg/plak, 800 µg/plak, 1600 µg/plak dozları çalışılmıştır. 2,4,6-trichlorobenzoic acid maddesinin ise 5 µg/plak, 50 µg/plak, 500 µg/plak, 1000 µg/plak, 2500 µg/plak dozları çalışılmıştır. Deneme plaklarında elde edilen koloni sayıları spontan kontrol plakları ile karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. Test bulgularına göre; Kinetin maddesinin 2500 µg/plak dozu, TA 98 suşu üzerinde S9 enzimi varlığında ve yokluğundamutajen olarak tespit edilmiştir. Yine Kinetin'in 2500 µg/plak dozu, TA 100 suşu üzerinde S9 enzimi varlığında yapılan deneylerde mutajen olarak belirlenmiştir. Kinetin maddesinin diğer dozlarının, TA 98 ve TA 100 üzerinde geri mutasyona neden olmadığı tespit edilmiştir. 2,4,6-trichlorobenzoic acid maddesinin 2500 µg/plak dozu, TA 98 suşu üzerinde S9 enzimi yokluğunda yapılan deneylerde mutajen olarak belirlenmiştir. 2,4,6-trichlorobenzoic acid maddesinin diğer dozlarının, TA 98 ve TA 100 üzerinde geri mutasyona neden olmadığı tespit edilmiştir. Diğer iki madde Gibberellic acid ve Chlormequat chloride'nin denenen tüm dozları non-mutajen olarak belirlenmiştir. Dolayısıyla bu iki madde için çerçeve kayması ve baz çifti değişimi gibi mutasyonlara neden olmadıkları düşünülebilir.
Kadın hastalarda bazı tanı yöntemleriyle ürogenital enfeksiyonların araştırılması
Kadınların %10-35'i yaşamının herhangi bir döneminde ürogenital sistem enfeksiyonu geçirmektedir. Bir kez üriner sistem enfeksiyonu geçiren kadınların %50'sinde enfeksiyon yinelemektedir. Yaşlı kadınlarda bakteriuri sıklığı %10-15 kadardır. Gebelikte asemptomatik bakteriuri sıklığı %2-5 kadardır. Asemptomatik bakteriurinin gebe kadınlarda pyelonefrit, premature doğum, düşük doğum, tartılı bebek ve yeni doğan sepsisi gibi olumsuz etkileri olabilir. Ürogenital enfeksiyonlar bakteriyel ve diğer pek çok nedene bağlı olarak görülebilir.Araştırmada 12.11.2011-07.01.2012 tarihleri arasında ürogenital enfeksiyon şüpheli 479 kadın hasta Servikovajinal ve İdrar örneği çalışılmıştır. Bu örneklerde Candida, Gardnerella vaginalis, Ureoplasma urealiticum, Mycoplasma hominis, Trichomonas vaginalis ve Escherichia coli araştırılmıştır.Toplam 479 kadın hasta Servikovajinal ve İdrar örneğinden 189'unda mikroorganizma varlığı tespit edilmiştir. 12 Candida, 48 Gardnerella vaginalis, 107 Ureoplasma urealiticum, 35 Escherichia coli varlığı belirlenmiştir. Ancak bazı örneklerde birden fazla mikroorganizma tespit edilmiştir. 9 hasta örneğinde Ureoplasma urealiticum ve E. coli birlikte, 3 hasta örneğinde Gardnerella vaginalis ve E. coli birlikte, 1 hasta örneğinde Candida spp. ve E. coli birlikte tespit edilmiştir. 479 hastada Mycoplasma hominis ve Trichomonas vaginalis araştırılmış ancak varlığı tespit edilememiştir. Varlığı tespit edilen 12 Candida'nın 5'i Candida albicans 7'si Candida spp.'dir.Toplam 107 Ureoplasma urealiticum tespit edilmiş hastanın tamamına antibiyotik duyarlılık testi uygulanmıştır. Tüm hastaların Tetrasiklin ve Doksisiklin antibiyotiklerine duyarlılığı tespit edilmiştir. Kadın hastaların 78'i Siprofloksasin, 47'si Ofloksasin antibiyotiklerine dirençlidir.Toplam 35 E. coli tespit edilmiş hastanın tamamına antibiyotik duyarlılık testi uygulanmıştır. Tüm hastalar Ertapenem, Gentamisin, Amikasin, Sefoksitin, İmipenem antibiyotiklerine duyarlı bulunmuştur. 35'i Colistin, 30'u Ampisilin, antibiyotiklerine dirençlidir.Anahtar kelimeler : Candida albicans, Gardnerella vaginalis, Ureoplasma urealiticum, Escherichia coli, Trichomonas vaginalis
Sütten izole edilen laktik bakteriler ve streptokokların enzim aktiviteleri
Araştırmada çiğ sütten izole edilen laktik asit bakterilerinin bazı enzim özellikleri ve gıda patojeni bakteriler üzerine inhibitör aktivitelerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu nedenle 30 çiğ süt örneğinden 74 laktik bakteri izolatı izole edilip adlandırılmıştır. Adlandırılan türler; 10 Lactobacillus delbrueckii ssp. lactis, 9 Lb. casei, 6 Lb. rhamnosus, 5 Lb. acidophilus, 5 Lb. coryniformis ssp. tourquens, 3 Lb. plantarum ssp. plantarum, 5 Leuconostoc mesenteroides ssp. mesenteroides, 3 Leu. mesenteroides ssp. dextranicum, 9 Pediococcus pentosaceus, 6 P. dextrinicus, 1 P. inopinatus, 1 P. acidilactici, 4 Streptococcus lactis, 1 S. cremoris, 2 Enterococcus faecalis, 1 E. faecium ve 3 Lactococcus lactis ssp. lactis olarak tespit edilmiştir. Çiğ sütten izole edilen laktik bakterilerin proteaz, lipaz, elastaz, α-amilaz enzim özellikleri ve hemolitik aktiviteleri araştırılmıştır. 74 izolatın 70'inde proteolitik aktivite tespit edilmiştir. 36 izolat (%51,4) zayıf (+), 34 izolat (%48,6) orta (++) proteolitik aktivite göstermiştir. İzole edilen laktik bakterilerin, Elastinli Nutrient Agarda araştırılan elastaz enzim özellikleri saptanmamıştır. Trybutrin Agarda lipolitik aktiviteleri araştırılan laktik bakterilerde, Leu. mesenteroides ssp. dextranicum türünün zon çapı 4 mm olarak tespit edilmiştir. Diğer suşlarda zon çapı gözlenmemiştir. α-amilaz enzim aktiviteleri Nişasta Agar besiyerinde test edilmiştir. Lb. plantarum ssp. plantarum, Lb. casei, Lb. coryniformis ssp. tourquens, Pediococcus pentosaceus ve Leu. mesenteroides ssp. dextranicum türlerinde α-amilaz (+) aktivite göstermiştir. Kanlı Agarda hemolitik aktiviteleri incelen laktik bakterilerden, S. lactis, Lactococcus lactis ssp. lactis ve Enterococcus faecium türleri (+) aktivite gösterirken diğer türlerde hemolitik aktivite gözlenmemiştir. Çiğ sütten izole edilen 17 farklı bakteri türünün her birinden bir suş alınarak inhibitör etki çalışılmıştır. Bu bakterilerin inhibitör etkisi kuyu difüzyon metoduyla Nutrient Agar ve %0,2 glikozlu Nutrient Agarda çalışılmıştır. Tüm inhibitör etkisi çalışılan bakteri türleri, Staphylococcus aureus, Listeria Monocytogenes ve Salmonella typhimurium üzerine inhibitör etki göstermiştir. Ancak E. coli ve Klebsiella pneumoniae üzerine etki göstermemiştir. En büyük etkiyi Lb. delbrueckii ssp. lactis Nütrient Agarda 12 mm, %0,2 glikozlu Nutrient Agarda 18 mm zon çapıyla L. monocytogenes ve S. typhimurium üzerine göstermiştir. Bu koşullarda %0,2 glikozlu ortamda zon çapları daha büyük gözlenmiştir. Çalışılan tüm laktik bakteri türleri E. coli ve K. pneumoniae üzerine etki göstermemiştir.
Çiğ sütten izole edilen mayalarda biyofilm ve bazı enzimlerinin araştırılması
Çiğ sütün mikrobiyal kalitesi, kaliteli ve sağlıklı süt ve süt ürünlerinin üretimi için önemlidir. Süt endüstrisinde maya kontaminasyonu kaliteyi, fonksiyonelliği ve üretilen ürünlerin güvenliğini olumsuz yönde etkilemektedir. Biyofilmler hem endüstriye, hem de sağlık üzerine olan etkileri nedeniyle gıda sanayinde oldukça önemlidir. Biyofilm ürüne kontamine olabilmekte ve işletmede borular korozyona uğrayabilmektedir. Aynı zamanda Biyofilm oluşturan mikroorganizmalar kullanılan biyomateryaller ile kolonize olmakta ve biyofilmden ayrılan mikroorganizmalar septisemiye yol açabilmektedirler. Çalışmamızda 100 çiğ süt örneğinden 73 maya izole edildi. İzole edilen türlerin 12'si C. kefyr, 11'i C. lipolytica, 5'i C.guiliermondii, 4'ü C.rugosa, 3'ü C.intermedia, 2'si C.lusitaniae, 10'u Tri.beigelii, 7'si Tri.capitatum, 8'i S.cerevisiae, 6'sı Cr.neoformans, 1'i Cr.albidus, 1'i Cr.neoformans var uniguttulatus, 3'ü de Rho.rubra türlerinde biyofilm varlığı, slime oluşumu ve fosfolipaz enzimi oluşumu araştırılmıştır.Araştırmamızda, kristal viyole kullanılarak yapılan biyofilm çalışmasında, 48 saatlik ölçümlerde; 19 Candida, 9 Trichosporon, 7 Saccharomyces, 5 Cryptococcus ve 2 Rhodotorula'da; 72 saatlik ölçümlerde; 22 Candida, 12 Trichosporon, 7 Saccharomyces, 5 Cryptococcus ve 3 Rhodotorula izolatında biyofilm varlığı tespit edilmiştir. Slime faktör varlığı araştırması Standart Cam Tüp Yöntemi ve Kongo Kırmızılı Agar Yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Araştırmamızda, Standart cam tüp yöntemi ile yapılan slime faktör çalışmasında, 13 Candida, 6 Trichosporon, 3 Cryptococcus, 4 Sachharomyces'de; Kongo kırmızılı agar yöntemi ile yapılan çalışmada 15 Candida, 7 Trichosporon, 3 Cryptococcus, 5 Sachharomyces ve 1 Rhodotorula izolatında slime faktör oluşumu tespit edilmiştir. Yumurta sarılı agar yöntemi ile çalışılan 73 maya izolatının 20'sinde fosfolipaz enzimi tespit edilmiştir. Fosfolipaz aktivitesi gösteren 20 mikroorganizmanın; 4'ü Candida, 3'ü Trichosporon, 5'i Sachharomyces, 5'i Cryptococcus ve 3'ü Rhodotorula'dır. Sonuç olarak çiğ sütlerden izole edilen maya ve maya benzerlerinde biyofilm, slime ve fosfolipaz enziminin varlığı, sütte maya kontaminasyonu işletme ve insan sağlığı açısından önemini ve işletmelerde yeterli sanitasyon işlemleri üzerinde durulması gerekliliğini ortaya çıkarmaktadır.Anahtar kelimeler :Çiğ süt, maya, biyofilm, slime, fosfolipaz
Çiğ sütten izole edilen Bacillus'ların adlandırılması ve biyofilm varlığının araştırılması
Araştırmada Eylül 2010 ? Nisan 2011 tarihleri arasında Ankara ve çevre illerin çeşitli süt işletmelerinden toplanan 50 çiğ süt örneği materyal olarak çalışılmıştır. Çalışılan 50 örnekten Bacillus izolasyonu gerçekleştirilerek tür seviyelerindeki tanımlamaları BBL Crystal Identification System Gram-Positive ID Kit ile yapılmıştır. Bunun dışında biyokimyasal testler (Katalaz, indol, sitrat, triple sugar iron (TSI), Voges Proskauer (VP), üre) çalışılmıştır. Sonuç olarak 50 çiğ süt örneğinden 109 Bacillus izolasyonu gerçekleştirilmiştir. 109 Bacillus'un 11'i Bacillus licheniformis, 22'si B.subtilis, 14'ü B.macerans, 4'ü B.stearothermophilus, 20'si B.brevis, 1'i B.pumilus, 2'si B.cereus, 1'i B.lentus, 1'i B.megaterium, 5'i B.polymyxa, 6'sı B.coagülans ve 22'si B.ssp. olarak adlandırılmıştır.Ayrıca tür seviyesinde adlandırılması yapılan bu izolatlarda biyofilm varlığı araştırılmıştır. Kristal viyole boyar maddesi kullanılarak yapılan biyofilm çalışmasında 24 saat ve 48 saatlik süre sonunda elde edilen değerler spektrofotometre yardımıyla 540 nm dalga boyunda okutulmuştur. 24 saatlik spektrofotometrik değerlendirme sonucunda toplam 109 izolatın 105'i (%96,3) biyofilm pozitif, 4'ü (%3,7) biyofilm negatif olarak bulunmuştur.Biyofilm varlığı tespit edilen bu 105 izolatın 19'u (%18,10) B.subtilis, 20'si (%19,05) B.brevis, 10'u (%9,52) B.licheniformis, 2'si (%1,90) B.cereus, 1'i (%0,95) B.megaterium, 1'i (%0,95) B.pumilus, 4'ü (%3,82) B.stearothermophilus, 1'i (%0,95) B.lentus, 14'ü (%13,34) B.macerans, 5'i (%4,76) B.polymyxa, 6'sı (%5,71) B.coagülans, 22'si (%20,95) B.ssp.'tir.Anahtar Kelimeler : Bacillus, biyofilm, çiğ süt
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas, Klebsiella, Staphylococcus ve Candida cinsi mikroorganizmalarda biyofilm varlığının araştırılması
Biyofilm, bir yüzeye yapışarak, birlikte yaşayan ve birbirleriyle haberleşen bakterilerin oluşturduğu bir organizasyondur. Biyofilm bakterileri çevre koşullarına, serbest bulunan planktonik bakterilerde daha dirençlidir. Biyofilmler cansız veya canlı yüzeylere yapışabilirler. Bu yüzeyler arasında canlı dokular, medikal implantlar, endüstriyel veya içme suyu sistemlerinin boruları veya doğal akuatik sistemler yer alır. Yabancı cisimlerdeki biyofilmler, Gram pozitif veya Gram negatif bakterilerden ya da mayalardan oluşabilir. İzole edilen bakteriler Gram pozitiflerden, Staphylococcus aureus ve Staphylococcus epidermidis; Gram negatiflerden Klebsiella pneumoniae, ve Pseudomonas aeruginosa' yı, mantarlardan ise Candida türlerini içerir. Biyofilmler, kullanılan araca ve hastada kalma süresine bağlı olarak tek tür ya da çok türden oluşabilir.Çalışmamızda klinik örneklerden izole edilen 10 Pseudomonas, 20 Klebsiella, 55 Staphylococcus ve 15 Candida kökeninde biyofilm varlığı ve slime faktör oluşumu araştırılmıştır.Araştırmamızda, kristal viyole kullanılarak yapılan biyofilm çalışmasında, 24 saatlik ölçümlerde; 7 Pseudomonas, 8 Klebsiella, 52 Staphylococcus ve 12 Candida' da; 48 saatlik ölçümlerde; 6 Pseudomonas, 7 Klebsiella, 42 Staphylococcus ve 12 Candida izolatında biyofilm varlığı tespit edilmiştir. Safranin kullanılarak yapılan biyofilm çalışmasında; 24 saatlik ölçümlerde 10 Pseudomonas, 7 Klebsiella, 17 Staphylococcus ve 12 Candida' da, 48 saatlik yapılan ölçümlerde; 8 Pseudomonas, 16 Klebsiella, 39 Staphylococcus ve 11 Candida izolatında biyofilm varlığı tespit edilmiştir.Slime faktör varlığı araştırması Standart Cam Tüp Yöntemi ve Kongo Kırmızılı Agar Yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Her iki yöntemde de; Pseudomonas izolatlarında slime faktör varlığı tespit edilememiştir. Klebsiella izolatlarının hepsinde Slime Faktör varlığı tespit edilmiştir. Toplam 55 Staphylococcus izolatının 33'ünde ve toplam 15 Candida izolatının 12'sinde Slime Faktör varlığı tespit edilmiştir.Sonuç olarak, farklı klinik örneklerden izole edilen farklı mikroorganizmalarda biyofilm varlığı oranı yüksek bulunmuşken, slime faktör varlığı formation, mikroorganizma cinsine göre değişiklik göstermektedir.
Bazı gıda boyalarının mutajenik potansiyellerinin ames/mikrozom testi ile araştırılması ve ß-galaktozidaz üzerine etkileri
Çalışmada, Ponceau 4R, Tartrazin, Indigotin, Cochineal Carmin, Sunset Yellow adlı gıda boyalarının mutajenik potansiyelleri Salmonella/mikrozom test sistemi ve ilave olarak b-Galaktozidaz enzim aktivitesi değişimi ile araştırılmıştır. Yapılan çalışmada, Salmonella/mikrozom test sisteminde Salmonella typhimurium TA 100 ve TA 102 suşları kullanılmıştır. S9 fraksiyonu varlığında ve yokluğunda deneyler tekrar edilmiştir. S9 fraksiyonu yokluğunda; Salmonella typhimurium TA 100 için Sodyum azid, TA 102 için Danomisin ve S9 fraksiyonu varlığında; TA 100 ve TA 102 suşları için pozitif mutajen olarak 2-Aminofloren kullanılmıştır. Test edilen gıda boyalarından Ponceau 4R ve Sunset Yellow, S9 fraksiyonu yokluğunda mutajenik etki göstermiştir. S9 fraksiyonu yokluğunda, Ponceau 4R ve Sunset Yellow'un test edilen tüm konsantrasyonlarında geri dönen koloni sayısı negatif kontrol plağından fazla bulunmuştur. Diğer taraftan, S9 fraksiyonu yokluğunda Tartrazin, Indigotin ve Cochineal Carmin'de mutajenik aktivite gözlenmemiştir. Fare karaciğer enzimleri varlığında deneyler tekrarlandığında, Cochineal Carmin hariç test edilen gıda boyalarının tümünün mutajenik etkilere sahip olduğu belirlenmiştir. Test edilen gıda boyaları arasında, mutajenitesi en fazla olan Ponceau 4R ve Sunset Yellow'dur. Araştırmada, bu gıda boyalarının ß-galaktozidaz enzimi üzerine etkileri de test edilmiştir. Ponceau 4R, Tartrazin, Indigotin, Cochineal Carmin ve Sunset Yellow adlı gıda boyalarının ß-galaktozidaz enzimi üzerine etkileri ?ß-galaktozidaz Enzim Aktivitesi Saptama Kiti? ile araştırılmıştır. Test edilen gıda boyalarının yanı sıra, mutajen bir madde olan Sodyum azid'in ß-galaktozidaz enzimine etkisi araştırılmıştır. Çalışmada gıda boyaları ve Sodyum azid'in ß-galaktozidaz enzimine etkileri, kontrol enzim aktivitesi (0,9229-0,9235 U/ml) ile kıyaslanarak hesaplanmıştır. Kontrol enzim aktivitesi ile karşılaştırıldığında, Sodyum azid ß-galaktozidaz enzim aktivitesini % 51,11 - % 75,31 oranlarında (sırasıyla; 25 - 100 µl konsantrasyonları) azaltmıştır. Çalışmada, sırasıyla 25 - 100 µl konsantrasyonlarda ilave edildiğinde; Ponceau 4R (% 33,95 - % 67,32), Tartrazin (% 18,60 - % 37,24), Indigotin (% 3,85 - % 15,36) ve Sunset Yellow (% 23,75 - % 55,36) ß-galaktozidaz enzim aktivitesinde düşüşe sebep olmuştur. Cochineal Carmin ise ß-galaktozidaz enzim aktivitesinde azalmaya yol açmamıştır. Yapılan çalışmada test edilen gıda boyalarından mutajenik olanların ß-galaktozidaz enzimi üzerine de etkili oldukları gözlenmiştir. Çalışmada mutajenik etkilerin belirlenmesinde kullanılan Salmonella/mikrozom test sistemi ve b-Galaktozidaz enzim aktivitesi değişimi yöntemlerine göre, test edilen gıda boyalarından Ponceau 4R, Tartrazin, Indigotin ve Sunset Yellow mutajenik maddelerdir.
Klinik örneklerden izole edilen K. pneumoniae suşlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamaz enzim varlığının PCR-RFLP yöntemi ile araştırılması
Geniş spektrumlu beta laktamazlar (GSBL) gram-negatif basillerde sefalosporinlere (seftazidim, seftriakson, sefotaksim) ve aztreonama dirençten sorumludurlar. Geniş spektrumlu beta laktamaz üreten Klebsiella bakterileri klinisyenler açısından büyük bir problemdir. Bu enzimler, özellikle çocuk hastalar ile tıbbi ve cerrahi birimlerde tedavide başarısızlık nedenidir. Araştırmada geniş spektrumlu beta laktamaz varlığı fenotipik (çift disk sinerji testi ve klavulonik asit kombinasyonu içeren disk kullanımı yöntemi) ve genotipik metodlarla (PZR-RFLP) araştırılmıştır. Ayrıca Klebsiella bakterilerinde plazmid analizi çalışılmıştır.Araştırmada çeşitli klinik mikrobiyoloji laboratuarlarından 128 Klebsiella bakterisi toplanmıştır. Bu bakteriler manuel yöntemlerle ve API 20E test kiti ile adlandırılmıştır. İdentifikasyon sonucu 103 K.pneumoniae (86 idrar kültürü, 7 yara kültürü, 5 kan kültürü, 3 balgam kültürü, 2 trakeal aspirat kültürü, 2 aspirasyon sıvısı kültürü), 25 K.oxytoca (21 idrar kültürü, 2 yara kültürü, 1 trakeal aspirat kültürü, 1 aspirasyon sıvısı kültürü) elde edilmiştir. Çift disk sinerji testi (ÇDST) ile %66 oranında GSBL pozitiflik gözlemlenmiştir. Klavulonik asit kombinasyonu içeren disklerin kulanımı yöntemiyle Klebsiella şuşlarının %59,37'sinin GSBL pozitif olduğu belirlenmiştir. Yapılan çalışmada; Klebsiella bakterilerinde SHV ve TEM tipi GSBL, spesifik primerler kullanılarak PZR yöntemiyle belirlenmiştir. SHV tip GSBL izolatların %56,25'inde (128 izolatın 72'sinde), TEM tip GSBL ise izolatların sadece %39,84'ünde (128 izolatın 51'inde) bulunmuştur. Amplifikasyon sonucu sırasıyla 293bp ve 966bp'lik ürünler elde edilmiştir. Bunun yanı sıra SHV ve TEM spesifik PZR ürünlerinin RFLP analizi de çalışılmıştır. Kesim sonucu, PZR ürünlerinin hiçbirinin NheI restriksiyon enzimiyle kesilmediği tespit edilmiştir. Ayrıca, bu çalışmada Klebsiella bakterilerinin plazmid DNA profilleri belirlenmiş ve molekül ağırlıkları tespit edilmiştir. Sonuçlar 42 izolatın plazmid taşıdığını ve molekül ağırlıklarının 1,375 ile >21,226 kb arasında bulunduğunu göstermiştir. Diğer izolatların plazmid DNA taşımadığı belirlenmiştir. Plazmid DNA bulunan 42 izolatın 32'sinde ÇDST yöntemi veya PZR çalışmasında GSBL taşıdığı belirlenmiştir.
Doğadan ve klinik örneklerden izole edilen pseudomonas bakterilerinin değişik fenotipik özelliklerinin farklı yöntemlerle araştırılması
Pseudomonas bakterileri, doğada yaygın olarak bulunur. Bu genus içerisinde en sık izole edilen türü P.aeruginosa'dır. Bu mikroorganizma nazokomiyal enfeksiyonların başta gelen etkenidir. Konak savunmasının bozulduğu durumlarda ciddi enfeksiyonlara sebep olur. P.aeruginosa enfeksiyonlarının patogenezinde, çeşitli virülans faktörleri önemli rol oynar.Çalışmamızda, doğadan ve klinik örneklerden izole edilen 155 Pseudomonas kökeninde, biofilm, elastaz, alkali proteaz, pigment, ekzotoksin A, fosfolipaz C ve adezyon gibi virülans faktörleri araştırılmıştır.Araştırmamızda, toplam 104 klinik Pseudomonas izolatında; 24 saatlik ölçümlerde, biofilm varlığı; kristal viyole kullanılarak yapılan çalışmada, 56'sında (%53.84), safranin kullanılarak yapılan çalışmada, 65'inde (%62,50) ve toplam 51 doğa örneğinde ise %50.98 kuvvetli pozitif bulunmuştur. 48 saatlik ölçümlerde, kristal viyole kullanılarak yapılan çalışmada, 42'sinde (%40.38), safranin kullanılarak yapılan çalışmada, 50'sinde (%48.07) ve toplam 51 doğa örneğinde ise 21'inde (%41.17) kuvvetli pozitif bulunmuştur.Çalışmamızda; 104 klinik Pseudomonas izolatında elastaz aktivitesi, 82 suşda (%78,84), 51 doğa izolatlarında ise 38'inde (%74.50) pozitif bulunmuştur. Alkali proteaz aktivitesi, klinik izolatların 74'ünde (%71.15), 51 doğa izolatında ise 29' unda (%56.86) pozitif bulunmuştur.Adlandırılan 104 klinik Pseudomonas izolatında fosfolipaz C aktivitesi, metod 1'e göre; 74'ünde (% 71,15) pozitif bulunurken 51 doğa örneklerinde ise 34'ünde (% 66.66) pozitif bulunmuştur. Metod 2'ye göre yapılan çalışmada ise; 104 klinik Pseudomonas izolatında 66'sında (% 63.46) pozitif bulunurken 51 çevre izolatında ise 33'ünde (% 64.70) pozitif bulunmuştur. Çalışmamızda; toplam 100 P.aeruginosa klinik izolatında, piyosiyanin üretimini 35'inde bulunurken piyoverdin üretimi ise 63'ünde bulunmuştur. 3 adet P.fluorescens izolatında ise 1'inde fluorescein oluşumu gözlenmiştir. Ekzotoksin A (ETA) geni 100 izolatta araştırılmış ve 55'I (%55) pozitif bulunmuştur. 87 klinik örnekten 49'u (%56.32) pozitif bulunurken, 13 doğa örneğinden 6'sı (%46.15) pozitif bulunmuştur.Pseudomonas izolatlarında, adherens varlığı; 20 adet HE hücresinin herbirine adhere olan bakteriler, mikroskopta sayılmıştır. Klinik örneklerde bakteri sayısı, 200'ün altında 33 adet, 200-300 arası 52 adet ve 19'u 300'ün üstünde bulunmuştur. Toprak örneklerinde bakteri sayısı, 200'ün altında 15 adet, 200'ün üstünde 13 adet, su örneklerinde ise 10 adet 200'ün altında ve 13 adet 200'ün üstünde bulunmuştur. Pseudomonas bakterilerinin inhibisyon testinde; mannose, galactose ve N-acetil glucosamine (NAGA) kullanılmıştır. Adherens test sonuçları % olarak hesaplanmıştır. Bu sonuçlara göre mannose kullanılmasında; klinik örneklerde 57-98, toprak örneklerinde 52-89, su örneklerinde 55-87 arasında bulunmuştur. Galactose kullanılmasında; klinik örneklerde 48-84, toprak örneklerinde 51-82, su örneklerinde 52-85 arasında bulunmuştur. NAGA kullanılmasında ise klinik örneklerinde 50-86, toprak örneklerinde 57-86, su örneklerinde 54-92 arasında bulunmuştur.Sonuç olarak, virülans faktörlerinin varlığı, bakterinin patogenezinde önemli rol oynadığını göstermektedir.
Klinik örneklerden izole edilen Klebsiella bakterilerinin identifikasyonu ve enzimatik aktivitesi
ÖZETGeniş spektrumlu beta laktam antibiyotikler bakterisid etkili olması ve yan etkilerinin az olması nedeniyle klinisyenler tarafından oldukça sık kullanılan antibiyotiklerdir. Bu ilaçların klinikteki kullanımı arttıkça bu antibiyotiklere karşı özellikle beta laktamazlara bağlı direnç de artmaya başlamıştır.Bu çalışmada 194 Klebsiella izolatının 172(%88,66)'sinde ß-laktamaz enzim aktivitesi pozitifitir.Çalışmada Amikasin, Ampsilin, Piperasilin, Sulbaktam/Ampsilin ve Trimethoprim/sulfometaksozol antibiyotikleri kullanılmıştır. Klebsiella bakterilerinde beta laktam inhibitörü olan Sulbaktam/Ampsilin'e %13,40 duyarlı, beta laktamaz türevi Ampisilin'e karşı ise %2,06 duyarlı olduğu gözlenmiştir. Trimethoprim/sulfometaksozol'e %34,02 duyarlılık saptanmıştır. Piperasilin'e ise %1,03 duyarlı Klebsiella suşları kaydedilmiştir. Ancak Klebsiella bakterilerinin Amikasin'e %45,36 duyarlı olduğu gözlenmiştir.Bu çalışmada K.pneumoniae, K.oxytoca'ya ek olarak K.rhinoscleromatis, K. ornitolytica, K.ozaenae'de de GSBL varlığını saptanmıştır. Klebsiella'da GSBL varlığı çift disk sinerji testi(ÇDST) ve klavulanik asit kombinasyonu içeren disk kullanımı yöntemi ile çalışılmıştır.Çalışmamızda ÇDST yöntemiyle %65 oranında GSBL pozitiflik gözlemlenmiştir. Klebsiella izolatlarının ÇDST'nde kullanılan antibiyotiklerden Amoksisilin/Klavulanikasit'e %19,07, Seftazidim'e karşı %39,17, Aztreonam'a %28,35, Sefotaksim'e %10,82 duyarlı, Seftriakson'a %22,16 ve Sefpodoksim' e %12,89'u duyarlıdır. Klavulonik asit kombinasyonu içeren disklerin kulanımı yöntemiyle Klebsiella şuşlarının %53'ü GSBL (+) pozitiftir. Türlere göre ÇDST ile yapılan GSBL dağılımına bakıldığında 2 K. ornithinolytica'nın 2'si, 2 K.rhinoscleromatis'in 1'i, 8 K.ozaenae'nin 5'i, 15 K.oxytoca'nın 8'i, 167 K.pneumoniae'nin 110'u GSBL pozitiflik gözlemlenmiştir. Klavulanik asit kombinasyonu içeren disk kullanımı yöntemiyle yapılan GSBL dağılımına bakıldığında ise K.ornithinolytica'nın ve K.rhinoscleromatis'in ÇDST yöntemiyle aynı GSBL oranına sahip olduğu, 8 K. ozaenae'nin 5'inde, 15 K. oxytoca'nın 5'inde, 167 K. pneumoniae'nin ise 90'ında GSBL pozitiflik gösterdiğini gözlenmiştir.Beta laktamaz ve GSBL enzim aktiviteleri bakımından ülkeler, bölgeler, hastaneler ve aynı hastanedeki birimler arasında da farklılıklar gözlenmektedir. Bizim çalışmamızda da yüksek oranda GSBL pozitifliği gözlemlenmiştir.
Bazı Pseudomonas türlerinin 2,4-diklorofenoksiasetik asit ve trifluralin herbisitleri üzerine biodegredasyon etkilerinin incelenmesi
Zirai ürünlerde verim artışını sağlamak için, zararlı otlarla mücadelede herbisitler yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu kullanım zamanla çevre kirliliğine yol açmakta ve her türlü canlı yaşamı (mutajenite ve kanser) tehdit etmektedir. Herbisit kontaminasyonu giderilmesinde alg ve bazı tür bakterilerle yapılan biyolojik mücadele son 10 yılda giderek önem kazanan bir konu olmuştur.Pseudomonas cinsine ait bazı türler hidrokarbonlu bileşikleri parçalamaktadır. Bu çalışmada, çevre (toprak ve su) ve klinik örneklerden izole edilen 4 farklı Pseudomonas türünün, ülkemizde yaygın kullanılan 2,4-D ve trifluralin'i biyolojik olarak parçalayabilme düzeyleri ölçülmüştür. Bu amaçla 110 çevre örneği ve 11 klinik örnekten izole edilen P. aeruginosa, B. cepacia, P. fluorescens ve P. putida türünden 4 çevre ve 4 klinik örnek seçilerek toplam 8 bakteri çalışmaya alınmıştır. Bakteri izolasyon ve identifikasyonu klasik yöntemler kullanılarak ve otomatik sistemlerden yararlanılarak yapılmıştır. Bakteriler; 2,4-D (25, 50 ve 100 ppm) ve trifluralin (100, 250 ve 500 ppm) pipetlenen mikro plaklarda 3 gün boyunca bırakılmıştır. Her gün alınan örneklerden canlı koloni sayımı yapılmıştır. Sonuçlar Probit analizi ile letal konsantrasyon değerlerine dönüştürülmüştür. 2,4-D'ye en dirençli P4 bakterisi (klinik örnek) Burkholderia cepacia (LC90; 27 ppm) ve trifluralin'e en dirençli P11 bakterisi (çevre örneği) Pseudomonas aeruginosa (LC90; 360 ppm) olarak saptanmıştır. Dirençli iki bakterinin herbisit biyodegredasyonu HPLC yöntemi ile belirlenmiştir. Bakterinin en etkin ortamdaki biodegredasyonu'nun belirlenmesi için çok etkenli (23) deney tasarımı deney düzeneği kurulmuştur. Üç gün boyunca her gün deney ortamından alınan örneklerde herbisit miktarları HPLC yöntemiyle ölçülmüş ve biyodegredasyon sonuçları yüzde'ye dönüştürülmüştür. Üçüncü gün deney sonuçları kullanılarak Yates algoritma istatistik yöntemiyle yorumlanmıştır (Anlamlılık P= 0,01 ve 0,05) .B. cepacia 2,4-D'yi ortamda aktif karbon yokken % 33,3 oranında parçalamış iken; ortamda aktif karbon varken % 99,7 oranında parçalamıştır. P. aeruginosa trifluralin'i ortamda aktif karbon yokken kullanıldığı zaman % 58,4 oranında parçalamış iken; ortamda aktif karbon varken % 99,3 oranında parçalamıştır. Ortamda aktif karbon ve süksinik asit'in olması herbisit biyodegredasyonunda bakterilerin etkinliğini arttırmıştır.Sonuç olarak; ülkemizde sıklıkla kullanılan herbisitlerin (2,4-D ve trifluralin) neden olduğu çevre kirlenmesinin giderilmesinde, Burkholderia cepacia ve Pseudomonas aeruginosa kullanımının biyolojik mücadelede yarar sağlayacağı düşünülmektedir. Çalışmanın farklı türler ve pestisitlerle yapılacak büyük ölçekli yeni denemelere ışık tutacağını düşünmekteyiz.
Kan kültürlerinden izole edilen K. pneumoniae, K. oxytoca, E. coli izolatlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamaz enzimi varlığının araştırılması
Araştırmada 191 hastanın kan örneklerinden izole edilen Klebsiella ve E.coli bakterilerinin Geniş Spektrumlu Beta Laktamaz aktivitesi çift disk sinerji testi yöntemi ile araştırılmıştır. 191 bakterinin 66'sı K.pneumoniae, 1'i K.oxytoca, 124'ü E.coli olarak adlandırılmıştır. 66 K.pneumoniae bakterisinin 19'unun (%28,4) geniş spektrumlu beta laktamaz aktivitesi pozitif bulunmuştur. İzole edilen tek K.oxytoca'nın enzim aktivitesi negatiftir. 124 E.coli'nin ise 38'inin (%30,6) geniş sektrumlu beta laktamaz enzim aktivitesi pozitiftir. Geniş Spektrumlu Beta Laktamaz enzimi üreten Klebsiella bakerilerinin CLSI (Clinical And Laboratory Standards İnstitute) kriterlerine göre çift disk sinerji yönteminde kullanılan antibiyotiklere direnç oranları sırasıyla amoksisilin klavulanik asite (AMC) %100, sefotaksime (CTX) %84, seftazidime (CAZ) %84, aztreonama (ATM) %95, seftraiksona (CRO) % 89,5 bulunmuştur. Geniş Spektrumlu Beta Laktamaz enzimi üreten E.coli bakterilerinin çift disk sinerji yönteminde kullanılan antibiyotiklere direnç oranları sırasıyla amoksisilin klavulanik asite (AMC) %95, sefotaksime (CTX) v %84, seftazidim (CAZ) %84, aztreonama (ATM) %79, seftraiksona (CRO) %79, bulunmuştur. Rutin laboratuvarlarda kolaylıkla uygulanabilir olması, basit, hızlı, güvenilir sonuçlar vermesi ve ekonomik olması sebebiyle çift disk sinerji yönteminin, Geniş Spektrumlu Beta Laktamaz enzimi aktivitesi araştırmalarında sıklıkla tercih edilmektedir. Sonuç olarak, Geniş Spektrumu Beta Laktamaz aktivitesi pozitif olan bakterilerin araştırılması; tedavide uygun antibiyotik seçimini kolaylaştıracağı, ayrıca kullanılan ilaçlara karşı direnç gelişiminin önlenmesinde yararlı olabileceği düşünülmektedir.
Ankara ilinde tüketime sunulan sokak sütlerinde ve beyaz peynirlerde Brucella varlığının ELISA yöntemiyle araştırılması ve Brucella bakterisinin Kefir'de yaşam süresinin tayini
Bu aratırmada; ilk olarak 100 çi süt örnei ve 200 beyaz peynir örnei olmak üzere toplam 300 örnek ELISA yöntemiyle incelenmitir. ncelenen 100 çi süt örnei; Ankara ili semt ve ilçelerindeki sokak sütçülerinden temin edilmitir ve ELISA yöntemiyle Brucella Ig G Pozitiflii yönünden incelenmitir. Buna göre 100 adet örnein 16 (%16)'sı Brucella spp. yönünden pozitif bulunmutur. ncelenen 200 beyaz peynir örneinden; 100 tanesi Ankara'da bulunan deiik market ve semt pazarlarından, 50 tanesi ırnak ilinden ve 50 tanesi ise Van ilinden temin edilerek ELISA yöntemiyle Brucella Ig G Pozitiflii yönünden incelenmitir Buna göre 200 adet örnein hiçbirinde Brucella Ig G antikorları yönünden pozitiflik saptanamamıtır. Ayrıca bu aratırmada; Brucella bakterilerinin Kefirde canlı kalma süresi de aratırılmıtır. Bu çalıma sonucunda; Brucella melitensis 16M ve Brucella abortus 544sularından hazırlanan bakteriler kefir içerisindeki üç farklı bakteri younluunda ilk 0-24 saat aralıında canlılıını sürdürürken, 24 saatten itibaren üreyememektedir.
Kefirden izole edilen maya ve bakterilerin bazı patojen mikroorganizmalar üzerine inhibitör etkisi
Araştırmada kefirden izole edilen laktik asit bakterileri ve mayalarınbazı patojen bakteriler üzerine göstermiş olduğu inhibitöraktivitelerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu nedenle AnkaraÜniversitesi Ziraat Fakültesinde üretilen kefir örneklerinden izole edilenLactobacillus casei, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus,Leuconostoc cremoris, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium,Candida kefir, Candida famata türlerinin antimikrobiyal aktiviteleriçalışılmıştır. Klinik, peynir ve süt örneklerinden izole edilen 91 patojenbakteri indikatör olarak kullanılmıştır. Bu izolatlar; 20 Staphylococcus(%22), 13 Salmonella ( %14), 3 Shigella (%3), 22 Klebsiella ( %24), 11Enterobacter (%12), 6 Hafnia (%7), 4 Citrobacter ( %5), 2 Pseudomonas(%2), 2 Proteus (%2), 1 Listeria (%1), 2 Serratia (%2), 4 Escherichia(%5), 1 Aeromonas (%1) olarak tespit edilmiştir. Kefirden izole edilenCandida türleri ve laktik asit bakterilerinin antimikrobiyal aktivitelerikuyu difüzyon metodu ile test edilmiştir. Candida famata ve Candidakefir mayaları çalışmada indikatör bakterilere karşı en etkin inhibitöraktiviteyi Staphylococcus türleri üzerinde göstermiştir. Candida kefirtüm izolatlarda C. famata' ya oranla daha etkin inhibitör aktiviteoluşturmuştur. C. kefir ve C. famata tüm Klebsiella pneumoniaeizolatları üzerinde inhibitör etki göstermiştir. Ancak Klebsiella oxytocaizolatlarının bazılarında inhibitör zonu tespit edilmiştir. C. kefir ve C.famata' nın indikatör Salmonella typhi, Salmonella paratyphi veSalmonella typhimurium türlerine karşı oluşturdukları zon çapı 6 mm ile18 mm arasında değişmektedir. 2 Salmonella cholerasius izolatındanyanlız birinde inhibitör zonu tesbit edilmiştir. Candida kefir ve C.famata' nın indikatör Pseudomonas putida, Shigella flexneri,Aeromonas hydrophila, Enterobacter aerogenes, Enterobacter,Enterobacter gergoviae, Enterobacter agglomerans, Enterobactercloacae ve Proteus mirabilis izolatları üzerine inhibitör etki gösterdikleritespit edilmiştir. Ancak Listeria monocytogenes, Shigella sonneiizolatlarında inhibitör zonu oluşmamıştır. Bazı Escherichia suşlarındaC. kefir ve C. famata mayallarının inhibitör etkisi gözlenmiştir.Enterococcus fecalis, Enterococcus faecium bakterilerinin indikatörStaphylococcus, Listeria, Salmonella, Shigella, Klebsiella,Enterobacter, Hafnia, Citrobacter, Pseudomonas, Proteus, Serratia,Escherichia, Aeromonas izolatları üzerinde büyük inhibitör zonu tespitedilmiştir. Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium bakterileri tümindikatör izolatlar üzerinde benzer antimikrobiyal aktivite göstermiştir.Kefirden izole edilen, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus, Lb.casei, Leuconostoc cremoris bakterileri tüm indikatör izolatlar üzerindeantimikrobiyal aktivite göstermiştir. Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus bakterisinin en etkin antimikrobiyal aktivitesi indikatörListeria monocytogenes ve Staphylococcus izolatları üzerinde tespitedilmiştir. Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ve Leuconostoccremoris bakterileri Pseudomonas putida izolatları üzerinde çok düşükenzim aktivitesi göstermiştir. Lb. casei' nin indikatör Shigella, Proteus,Serratia izolatlarına etkisi gözlenmiştir. Leu. cremoris ise indikatörStaphylococcus izolatlarında etkin inhibitör aktiviteyi göstermiştir.Anahtar Kelimeler : Laktik asit bakterileri, Kefir, İnhibitör aktivite
Üst solunum yollarından izole edilen staphylococcus ve moraxella izolatlarının beta-laktamaz aktiviteleri ve antibiyotik duyarlılıklarının saptanması
Çalışmada, Dışkapı ve Ulus çocuk hastanesine gelen çocuk hastaların boğazkültürlerinden izole edilen stafilokokların biyokimyasal testlerle adlandırılması,β-laktamaz enzim aktiviteleri, GSBL(geniş spektrumlu beta-laktamaz) veantibiogram duyarlılık testleri yapılmıştır. Ayrıca boğaz kültürlerinden izoleedilen moraxellaların biyokimyasal testlerle adlandırılması, GSBL ve β-laktamaz enzim aktivitelerine bakılmışıtır. Toplam 150 çocuk hastanın boğazkültürlerinden 100 Staphylococcus, 5 Moraxella izole edilmiştir. Araştırmada ensıklıkla S.aureus (%38) tespit edilmiştir. Daha az sıklıkta S.simılans (%19),S.saprophyticus (%18), S.haemolyticus (%13), S.warneri (%12) izole edilmiştir.Moraxellanın cinsiyete göre dağılımı şöyledir: %40'ı kızlardan, %60'ı erkekçocuklardan izole edilmiştir. Stafilokok türlerinin cinsiyete göre dağılımı iseşöyledir: S.aureus'un kızlarda bulunma oranı %40,38, erkeklerde %35,41'dir.S.simulans'ın kızlarda bulunma oranı %17,30, erkeklerde % 20,83 ,S.saprophyticus'un kızlarda bulunma oranı %19,23, erkeklerde %16,66 ,S.haemolyticus'un kızlarda oranı %13,49, erkeklerde %12,5 , S.warneri kızlarda%9,6, erkeklerde %14,58 oranında tespit edilmiştir. Stafilokok ve moraxellabakterilerinin GSBL `lerine bakılmıştır. GSBL'de amoksisilin/klavulonik asit,sefpodokim, aztreonam, seftazidim, seftriakson, sefatoksim antibiyotiklerivkullanılmıştır. 100 Stafilokok izolatından 16 `sının ( % 16 `sının ) genişlemişspektrumlu beta laktamaz enzimi ürettiği saptanırken, 5 Moraxella izolatınıntümünün genişlemiş spektrumlu beta laktamaz enzimi üretmediği saptanmıştır.Boğaz kültüründen izole edilen 100 stafilokok izolatının kullanılanantibiyotiklerden Sulbaktam/ampisilin'e dirençli stafilokok % 4, duyarlı % 96olarak tespit edilmiştir. Stafilokok izolatlarından % 8'itrimethoprim/sulfametaksozole dirençli, % 92'si duyarlı olarak tespit edilmiştir.Stafilokok izolatlarından amikasine % 12 dirençli, % 88 duyarlı olarak tespitedilmiştir. Stafilokok izolatlarından oksasilin'e dirençli % 11, duyarlı % 89olarak tespit edilmiştir. Tüm Stafilokok izolatlarından Vankomisin'e dirençli %8, duyarlı % 92 olarak tespit edilmiştir. Stafilokok ve moraxella izolatlarının β-laktamaz enzim aktivitelerine bakılmıştır. Stafilokok izolatlarından 44'ü (%44)β-laktamaz (+) olarak bulunmuştur. Moraxellaların 5'i (%100) β-laktamaz (+)olarak tespit edilmiştir.Bilim Kodu :203.1.105Anahtar Kelimeler :Stafilokok identifikasyonu, moraxella identifikasyonu,antibiogram, beta-laktamaz, geniş spektrumlu beta-laktamazSayfa Adedi :70Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Güven URAZ
Klinik örneklerden Burkholderia cepacia kompleksinin PCR tabanlı identifikasyonu
iiiKLİNİK ÖRNEKLERDEN BURKHOLDERİA CEPACİA KOMPLEKSİNİNPCR TABANLI İDENTİFİKASYONU(Doktora Tezi)Dilek Hande BİNNETGAZİ ÜNİVERSİTESİFEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜOcak 2006ÖZETSon yıllarda Pseudomonas ve Burkholderia cepacia kompleks etkenlerininbelirlenmesinde moleküler tanı yöntemlerinin kullanılması önem kazanmıştır.Araştırmada 97 klinik örnekten B. cepacia kompleksin moleküleridentifikasyonu yapılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ile 97 izolatın 28'indeB. cepacia kompleks için özel olan 770 baz çift (bp)'lik 16S rRNA gen bölgesiçoğaltılmıştır. B. cepacia kompleks PCR ürünleri TaqI, RsaI ve Tsp509Irestriksiyon endonükleaz enzimleri ile doğrulanmıştır. Çalışmada restiriksiyonendonükleaz enzimleri ile doğrulanan izolatların nükleotid dizilerininbelirlenmesi hedeflenmiş ve örneklere DNA dizi analizi uygulanmıştır.B. cepacia kompleks izolatlarının DNA dizi analizi ile belirlenen nükleotid dizisi,gen kütüphanesine kayıtlı AY207313 nükleotid dizisi ile karşılaştırılmıştır. Heriki nükleotid dizisinin birbirinin aynı olduğu tespit edilmiştir. 28 B. cepaciakompleks izolatına moleküler bant yapılarının tespiti için rastgele seçilenprimerle PCR (AP-PCR) uygulanmıştır ve örnekler 6 gruba dağılmıştır. AP-PCR ürünlerinin oluşturduğu bantların sayı ve büyüklüğünü tespit etmek içinürünlere DNA biyoanalizi uygulanmıştır. DNA biyoanaliz sonuçlarının grafik,ivjel ve sayısal değerlendirmeleri sonucunda B. cepacia kompleks izolatları 11gruba ayrılmıştır ve her grubun DNA bant büyüklüklerinin sayısal sonuçlarıelde edilmiştir. Çalışmada B. cepacia kompleks izolatlarının identifikasyonundamoleküler yöntemlerin önemi vurgulanmış ve. mikroorganizmalarınidentifikasyonu için geleneksel kültür yöntemlerinin yanında moleküleryöntemlerinde kullanılması tavsiye edilmiştir.Bilim Kodu : 203.1.104Anahtar Kelimeler : Burkholderia cepacia kompleks, PCR, identifikasyon,DNA biyoanalizi, AP-PCRSayfa Adeti : 84Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Güven Uraz
Ankara yöresinde tüketime sunulan çiğ sütlerde Salmonella-shigella ve bazı patojenlerin izolasyonu
iiiANKARA YÖRES NDE TÜKET ME SUNULANÇ Ğ SÜTLERDE SALMONELLA-SH GELLAVE BAZI PATOJENLER N ZOLASYONU(Yüksek Lisans Tezi)Merve ÜZÜMGAZ ÜN VERS TESFEN B L MLER ENST TÜSÜŞubat 2006ÖZETBu çalışmada 06.10.2003-10.01.2005 tarihleri arasında Ankara ili semtlerindeve ilçelerinde satışa sunulan sokak sütlerinden toplam 100 adet çiğ süt örneğiile çalışılmıştır. Bu örneklerde Salmonella, Shigella, Yersinia, Listeria veStaphylococcus, Citrobacter, Klebsiella, Enterobacter, Providencia, Proteus,Morganella cinsi bakterilerin varlığı araştırılmıştır ve her bir örneğin toplamcanlı mezofil bakteri sayımı, toplam koliform bakteri sayımı ve toplam E. colisayımı yapılmıştır. Ayrıca izole edilen her bir bakterinin proteaz aktiviteleri velipaz aktiviteleri çalışılmıştır. 100 çiğ süt örneğinin toplam mezofil bakteriortalaması 1,6x106 adet/ml , toplam koliform bakteri ortalaması 1,1x106 adet/ml,toplam E. coli sayısı ortalaması 7x 105 adet/ml olarak saptanmıştır. Çalışmadaelde edilen toplam 115 izolatın tür dağılımı şu şekildedir: 1 Shigella (%0,86), 9Salmonella (%7,84), 1 Listeria (%0,86), 32 Staphylococcus (%27,82), 17Citrobacter (%14,8), 13 Klebsiella (%11,30), 17 Enterobacter (%14,8), 3Providencia (%2,60), 16 Proteus (%13,91), 6 Morganella (%5,21). Çalışmada,izole edilen 19 patojen mikroorganizmanın %5'i Shigella sonnei, %26'sı S.typhi, %21'i S.paratyphi, %5'i L.monocytogenes, %43'ü de S. aureus olarakbelirlenmiştir. Araştırmada çiğ sütten izole edilen toplam 19 patojen bakterininCalsium Caseinat Agar'da 37 ºC'de proteolitik aktiviteleri çalışılmıştır. Toplam19 izolattan 13'i (%68,43) proteolitik aktivite gösterirken, 6 (%31,57) izolattaivproteolitik aktivite gözlemlenmemiştir. Araştırmada çiğ sütten izole edilentoplam 19 patojen bakterinin Gliserol Tribütirit Agar'da lipolitik aktiviteleriçalışılmıştır. 19 izolattan 10'u (%52,63) lipolitik aktivite gösterirken, 9 (%47,37)izolatta lipolitik aktivite gözlenmemiştir.Bilim Kodu : 203.1.010Anahtar Kelimeler : Çiğ süt, Salmonella, ShigellaSayfa Adedi : 62Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Güven URAZ
Klinik örneklerden izole edilen K.pneunomia, K.okytoca, E.coli suşlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamaz enzimi varlığının araştırılması
Genişlemiş Spektrumlu Beta Laktamaz (GSBL) 1980'li yıllardan beri"genişlemiş spektrumlu" sefalosporinlerin Gram negatif bakterilerinsebep olduğu infeksiyonlarda yaygın biçimde kullanımı sonucu ortayaçıkmış, sayı ve çeşit yönünden hızla artarak tüm dünyada özelliklehastanelerde önemli bir sorun haline gelmiştir.Bu çalışmada Gazi Üniversitesi Hastanesinin değişik poliklinik vekliniklerinde Mikrobiyoloji laboratuarına gönderilen çeşitli klinikörneklerden izole edilen 100 E.coli ve 100 Klebsiella suşunda GSBLvarlığı araştırılmıştır. GSBL varlığı Çift Disk Sinerji Yöntemiyleincelenmiştir. 100 Klebsiella suşunun 70'i Klebsiella pneumoniae, 30'uKlebsiella oxytoca olarak tanımlanmıştır.E.coli suşlarının 19'unda (%19) GSBL varlığı saptanmıştır. Klebsiellasuşlarının 34'ünde (%34) GSBL bulunmuştur. Yetmiş K.pneumoniaesuşunun 30'unda (%43), 30 K.oxytoca suşunun 4'ünde (%13) GSBLvarlığı bulunmuştur.ivGSBL pozitif bulunan Klebsiella suşlarının en duyarlı olduklarıantibiyotikler sırasıyla İmipenem (%94,1), Piperasillin/Tazobaktam(%61,8), Amikasin (%58,8), Gentamisin (%41,2), Sefepim (%23,5),Siprofloksasin (%17,6) olarak bulunmuştur. Klebsiella suşlarının endirençli bulundukları antibiyotikler sırasıyla Amoksisilin/Klavulanikasit,Trimetoprim/Sulfametoksazol (%94,1), Sulbaktam/Ampisillin,Seftazidim, Aztreonam, Seftriakson (%88,2) olarak bulunmuştur. GSBLpozitif bulunan E.coli suşlarının en duyarlı oldukları antibiyotiklersırasıyla İmipenem (%100), Piperasillin/Tazobaktam (%94,7), Amikasin(%78,9), Gentamisin (%36,8) ve Sefepim (%31,5) olarak bulunmuştur.E.coli suşlarının en dirençli oldukları antibiyotikler sırasıylaAmoksisilin/Klavulanikasit (%100), Trimetoprim/Sulfametoksazol(%94,7), Seftazidim, Siprofloksasin (%84,2), Sulbaktam/Ampisillin,Seftriakson (%78,9), Aztreonam (%73,6) olarak bulunmuştur.Sonuç olarak, GSBL üreten mikroorganizmaların rutin laboratuarlardaaraştırılması ve klinisyenlere bildirilmesi, bu mikroorganizmalara bağlıinfeksiyonlarda tedavi başarısı için gereklidir.Basit, hızlı ve ekonomik bir yöntem olan çift disk sinerji yöntemi,mütevazi laboratuvarlarda bile kolaylıkla bu amaç içinkullanılabilmektedir. Hastane enfeksiyonları ile etkili bir mücadele için,GSBL sıklığının araştırılması ve klinisyenlerin doğru antibiyotiğeyönlendirilmesi en önemli önlemlerden biri olacaktır.Bilim Kodu : 401.03.04Anahtar Kelimeler : Çift disk sinerji testi, GSBL, K.pneumoniae,K.oxytoca, E.coliSayfa Adedi : 94Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Güven URAZ