Klinik örneklerden izole edilen candida, trichosporon, geotrichum ve rhodotorula kökenlerinin dna dizi analizi yöntemli ile tanımlanması

İmmunsupresif hastalarda en sık rastlanan fungal patojenlerin mayalar olduğu, bunlar arasında da en sık Candida'ların saptandığı bildirilmektedir. Candida'lara ek olarak son yıllarda Trichosporon, Geotrichum, Rhodotorula, Saccharomyces gibi maya benzeri mantarlara bağlı enfeksiyonlarda artış görüldüğü belirtilmektedir. Cins düzeyinde tanımlama birçok maya mantarı için yeterli olabilirken, özellikle antifungal ajanlara dirençli olan bazı mayaların tür düzeyinde identifikasyonu önemli bir gereksinimdir.Çalışmamızın amacı klinik örneklerden izole edilen ve klasik yöntemler ile tanımlanan Candida, Trichosporon, Geotrichum ve Rhodotorulatürlerinin daha hızlı ve güvenilir identifikasyonu amacıyla DNA dizi analizi yönteminin uygulanması ve sonuçların karşılaştırılmasıdır.Bu amaçla çalışmaya 2010-2012 yılları arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mikoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen 45 maya kökeni ile beş referans köken dahil edilmiştir. ITS ve D1-D2 bölgesinin DNA dizi analizi sonuçları ile konvansiyonel metodlardan ID 32C ve mısır unu-tween 80 agar sonuçları kıyaslandığında C.krusei, C.parapsilosis, C.lusitaniae, C.kefyr, T.asahii, C.pelliculosa, C.tropicalis, G.capitatum, T.inkin ve R.muciloginosa türüne ait kökenler tüm yöntemlerle aynı tanımlanmıştır.ID 32 C metodu ile tanımlanan dokuz C.glabrata kökeninin ise ikisi hariç yedi kökeni tür düzeyinde doğru tanımlandığı saptanmıştır. ID 32 C yöntemi ile C.glabrata olarak tanımladığımız iki köken dizi analizi sonucuna göre sırasıyla Candidapelliculosa ve Pichiakluyveri olarak tanımlanmıştır. Mısır unu tween 80 agar'da iki kökenin C.glabrata ile uyumsuz morfoloji gösterdiği gözlenmiştir.Klasik yöntemler ile tanımlamada sorun yaşanan ve nadir rastlanan maya türlerinin identifikasyonunda veya çok hızlı tanımlama gerektiren durumlarda DNA dizi analizi yönteminin kullanabileceği sonucuna varılmıştır.