Lactobacillus plantarum'un moleküler yöntemler ile tanılanması ve genomik anti-faj sistemleri

Laktik asit bakterileri (LAB), endüstriyel gıda fermentasyonlarında en sık kullanılan mikoorganizmalardır. LAB'ın probiyotik özelliği, çoklu ilaç dirençliliği, bakteriyosin üretimi, çeşitli enzim aktiviteleri gibi özelliklerinin yanı sıra bakteriyofajlara karşı dirençliliği de endüstriyel kullanım alanlarında önem arz etmektedir. Mikroorganizmalar evrimsel süreçte çeşitli hayatta kalma stratejileri geliştirmişlerdir. Bunlardan biri de genomik anti-faj sistemi olan CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) savunmasıdır. CRISPR düzenli aralıklarla kümelenmiş kısa palindromik tekrarlar olarak tanımlanmaktadır. Bu tekrar dizileri arasına yerleştirilen yabancı genetik elemanların DNA dizileri ile CRISPR ilişkili (cas) genlerinin iş birliği ile gerçekleşen RNA temelli bir immün sistemdir. Bu çalışmada 40 Lactobacillus sp. izolatından Lactobacillus plantarum türlerinin hızlı tanısı, türe spesifik prob ve primerler ile Real-Time PCR 'da gerçekleştirilmiştir. İzolatlardan 25'i Lactobacillus plantarum olarak tespit edilmiştir. Tespit edilen 25 Lactobacillus plantarum için moleküler ve biyoinformatik yöntemler ile genomik anti-faj sistemi olan CRISPR-Cas lokuslarının varlığı araştırılmıştır. L.plantarum'un crispr dizilerine spesifik primer dizaynı gerçekleştirilmiştir. Klasik pcr denemeleri ile L. plantarum izolatlarından 14 'ünde Crispr lokusu saptanmıştır. Sonuçlar NCBI-Blast, CRISPRFinder ve CrisprTarget veritabanları kullanılarak analiz edilmiştir. Lactobacillus plantarum subsp. plantarum nF1-FD straininde 6 repeat ,5 spacer dizisi bulunmuştur. Diğer izolatlarda ise Crispr ilişkili proteinler (Dead/Deah box helikazlar) tespit edilmiştir. Anahtar sözcükler: L.plantarum, anti-faj, CRISPR-Cas