Medicago sativa'nın sazova çeşidinden antimikrobiyal bir peptidin tanımlanması ve bitki gelişim sürecindeki ekspresyonunun değerlendirilmesi

Son yıllarda antibiyotik direncinin artması, antifungal olarak kullanılan tarım ilaçlarına karşı gelişen zararlı bitki ve fungisit dirençleri ve bu ilaçların insan sağlığına olan etkileri yeni antimikrobiyal ajanların keşfini zorunlu kılmıştır. Yeni antimikrobiyal ajanlar olarak antimikrobiyal peptitler (AMP) stabil yapıları ve memeli hücrelerine toksik özellik göstermemeleriyle ön plana çıkmaktadır. Özellikle bitki tohumlarının birçok AMP içerdiği bilinmektedir. Bu tez çalışmasında M. sativa Sazova çeşidinden ısıya dayanıklı yeni bir AMP tanımlanarak bu AMP'nin karakterizasyonunu yapmak amaçlanmıştır. Bunun için Sazova tohumlarından peptitler (10 kDa≥) elde edilmiştir. Elde edilen peptitler için disk difüzyon, jel kapama ve mikrodilüsyon testleri yapılarak antimikrobiyal bir peptit içerdiği tespit edilmiştir. Daha zonra jel kapama testinde inhibisyon zonu veren aralıktaki peptit bandı LC-MS/MS ile molekül ağırlığı 5,2048 kDa olan hipotetik peptit olan M. sativa Defensin 2.1 olduğu belirlenmiştir. Bu Defensinin Sazova çeşidindeki Defensin 2.1'in gen sekansı Sanger yöntemi ile elde edilerek aminoasit sekansına çevrilmiştir. UniProt Defensin 2.1 ve Sazova Defensin 2.1 sekansları arasında 3 farklı amino asit farklılığı olduğu belirlenmiştir. Sazova Defensin 2.1'in fizyokimyasal özellikleri (Expast ProtParam), sekonder (PROCHECK) ve tersiyer (SwissModel, Phyre2 ve PRISPRED) yapısı in silico araçlarla tahmin edilerek yeni bir AMP karakterize edilmiştir.