Melatonin biyosentezinde görev alan Clock genleri (Bmal1, Per1, Cry1, Cry2 ve Per2) gen varyantlarının Nannospalax (Mammalia: Rodentia) sitotiplerinde araştırılması

Körfareler, uzun yaşam süreleri ve kansere karşı dirençleriyle ün kazanmışlardır. Ancak, kansere karşı bu direncin temel nedeni hala belirsizdir. Bu hayvanların muhtemelen diğer organizmalardan farklı bir melatonin sentez mekanizmasına sahip olabilecekleri ve bu nedenle kansere karşı dirençli oldukları öne sürülmektedir. Bu çalışma, Türkiye'de bulunan Nannospalax türlerinde, melatonin biyosentezinde önemli bir rol oynayan Clock genlerinden Bmal1, Per1, Cry1, Cry2 ve Per2'deki varyasyonlar incelemiştir. Ayrıca, bu varyasyonlar Nannospalax galili, Mus musculus, Heterocephalus glaber, Rattus norvegicus ve Homo sapiens gibi diğer organizmalarla karşılaştırılmış ve insanlarda bu varyasyonların patojenik etkilere sahip olup olmadığı da araştırılmıştır. Bu amaçla, seçilen mutasyonlu ekzon bölgelerinin DNA temelli taraması yapılmış ve ilgili gen bölgelerinin sekansları elde edilmiştir. Ardından Blast, Ensembl, Polyphen-2, SNAP2, String gibi çeşitli biyoenformatik araçlar ve veritabanları kullanılarak analizler gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, Per1 geninde 11, Per2 geninde 7, Cry1 geninde 2 ve Cry2 geninde 9 olmak üzere toplam 29 varyasyon belirlenmiştir. Bmal1 geninde ise herhangi bir varyasyon saptanmamıştır. Bu verilere göre, bazı varyasyonlar ışık kaynaklı UV hasarının gerçekleştiği domainlerle ilişkilendirilirken, diğerleri PAS domaini ve 5'-UTR bölgelerinde bulunurken, geri kalanları proteinlerin alan dışı bölgelerinde konumlanmıştır. Daha fazla araştırma, bu varyasyonların gelecekteki çalışmalar için nasıl seçileceği ve üzerine yoğunlaşılacağına dair önemli ipuçları sunabilir.