Mercimek genomunda rekombinant kendilenmiş hatları kullanarak AFLP and SNP markırlarının haritalanması

Precoz X WA8649041 çaprazlanmasıyla elde edilen mercimek RIL haritalama popülasyonunun 101 bireyi SNP ve AFLP markörler kullanılarak genotiplendirilmiştir. Çalışma sonucunda SNP ve AFLP markörlerinden oluşan, RIL mercimek popülasyonuna ait yüksek çözünürlüklü genetik bağlantı haritasının oluşturulması hedeflenmiştir. RIL popülasyonu ve ebeveynlerinde (Precoz ve WA8649041) Illumina platform sekanslama ile GBS protokolü uygulanarak SNP keşfi yapılmıştır. Sekanslama sonucunda elde edilen 7758 SNP markörden 6688 SNP markörün skorlaması yapılmış ve bu tez çalışmasında bu SNP'lerin ilk 400 tanesi haritalamada kullanılmıştır. Çalışmada 6 adet AFLP kombinasyonundan toplam 194 polimorfik bant elde edilmiş ve haritalamada kullanılmıştır. Precoz X WA8649041 populasyon genomu Joinmap 4.0 programı kullanılarak haritalanmış ve toplam 413 cM uzunluğunda harita elde edilmiştir. Çalışmada uzunlukları 16,9 cM ile 73,8 cM arasında değişen 9 farklı bağlantı grubu elde edilmiştir. Bağlantı gruplarının ortalama uzunluğu 45,9 cM ve bağlantı grubu başına düşen ortalama markör sayısı 37 olarak tespit edilmiştir. Harita üzerinde ortalama markör yoğunluğu her 0.9 cM'da 1 markör olarak saptanmıştır. Skorlanan markörlerden 321 SNP (%77) ve 162 AFLP (%9) markörü bağlantı grupları üzerinde yer almıştır. Bağlantı grubundaki maksimum markör sayısı 77 (LG3), minimum sayı ise 10'dur (LG9). RIL popülasyonu ve ebeveynlerinde SNP ve AFLP markörler kullanılarak oluşturulan genetik bağlantı haritası büyük genoma (~4 Gbp) sahip mercimeğin haritalanması çalışmalarına önemli katkı sağlamıştır. Çalışma sonucunda elde edilen bu harita, mercimek ıslahında marköre dayalı ıslah (MAS) analizlerinde kullanılabilir.