Mikrorna deneylerinin bilgi tabanlı temsili ile tıbbi karar destek sürecinin desteklenmesi

Tıp teknolojilerinin gelişmesi ile hem kişiselleşmiş tıp yaklaşımı hem de gen ifadelerinin analizlerine yönelik çalışmalar yaygınlaşmaya başlamıştır. Gen ifadelerinin hastalık teşhisi ve benzer vakaların tespit edilmesi amacıyla kullanılabildiğinin gösterilmesi bu alanda disiplinler arası çalışmaların artmasına neden olmuştur. Gen ifadelerinin istatistiksel olarak karşılaştırılması esasına dayanan çalışmalar olmakla birlikte, alan bilgisinin analizlere yansıtılmasının araştırma verimliliğine olumlu olarak yansıyacağı değerlendirilmektedir. Bu tez çalışması kapsamında, mikroRNA (miRNA) ifadelerinin hastalık teşhisi ve ilgili vakaların geri getirilmesine yönelik kullanılmasında başarımın arttırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla, alan bilgisinin analizlere yansıtılabilmesi için literatür tabanlı elde edilmiş miRNA grupları kullanılarak deney temsilinin küme bazlı yapılması yaklaşımı esas alınmıştır. Önerilen yaklaşım kapsamında araştırmacıların kullanımına açık tarayıcı tabanlı miSEA aracı (http://binf.baskent.edu.tr) geliştirilmiş ve deneylerin temsil edilmesi için kullanılmıştır. Bu yaklaşım ile geleneksel yöntemler karşılaştırılmış; sınıflandırma analizlerinde SVM algoritması ve geri-getirim çalışmalarında ise Öklid algoritması ile performans artışı sağlandığı tespit edilmiştir. Buna ek olarak, güncel gen ifade profilleme teknolojilerinin de analiz edilebilmesi için çapraz-teknoloji deney arama yaklaşımı önerilmiş ve performans analizleri yapılmıştır. Gerçekleştirilen sistem ve önerilen yaklaşımları içeren modüllerin karar destek sistemlerinde kullanılmasına yönelik öneri oluşturulmuştur.