Mitokondriyal demir taşıyıcı genlerin kavak ağacında (Populus trichocarpa) genom düzeyinde belirlenmesi ve biyoinformatik analizleri

Demir (Fe) hemen hemen tüm organizmalar için gerekli bir mikro besindir ve özellikle fotosentez yapan canlılarda demir gereksinimi çok yüksektir. Bitkilerde, kloroplast ve mitokondri organellerinde demir elementi çok yoğun bir şekilde kullanılmaktadır. Mitokondrilere demir alınımında rol oynayan MIT (Mitochondrial Iron Transporter: mitokondriyal demir taşıyıcı) genlerinin keşfiyle, mitokondriyal demir dengesi ve önemi daha iyi anlaşılmıştır. Bu çalışma, kavak (Populus trichocarpa) bitkisinde MIT genlerinin genom çaplı belirlenmesi ve biyoinformatik analizlerle yapılarının ortaya konulması amaçlamıştır. Bu bağlamda, kavak bitkisinin genomunda üç adet MIT geni (Potri.001G282400.1, Potri.009G077600.1 ve Potri.016G125200.1) bulunmuştur. Moleküler ağırlık ve izoelektrik nokta değerlerinin ise 34.95-37.23 kDa ile 7.62-9.12 arasında olduğu bulundu. Kavak bitkisinin MIT protein dizilerinin amino asit kompozisyonu incelenmiş olup, yüzde olarak en fazla bulunan amino asit çeşidi ortalama %12.2 ile alanin (Ala) bulunmuştur. Yapılan filogenetik analizler sonucunda, monokot-dikot bitkilerin net bir şekilde birbirinden ayrıldığı tespit edildi. Özellikle, kavak MIT protein dizilerinin söğüt bitkisiyle gruplaştığı belirlendi. Ayrıca, kavak MIT genlerinin kuraklık stresi altında, gen çeşidine bağlı olarak ifade seviyelerinin çeşitlilik gösterdiği belirlenmiştir.