Narda (Punica granatum L.) meyve çatlama mekanizmasının moleküler yöntemlerle araştırılması

Nar (Punica granatum L.), 2n=16 kromozoma sahip, besin içeriği ve antioksidan özelliği bakımından önemli bir bitki türüdür. Sahip olduğu özellikler nedeni ile insan beslenmesinde vazgeçilmez olduğu kadar sağlık, kozmetik ve endüstriyel alanlarda da kullanımı yaygın, değerli bir meyvedir. Bu özellikler narın talebinde artışlara neden olmakta ve artan talepler üretimin arttırılmasına yönelik baskılar oluşturmaktadır fakat meyve üretiminde mevcut olan birçok problem üretim miktarında düşüşlere ve ciddi ekonomik kayıplara yol açmaktadır. Bu problemlerin en önemlisi meyve çatlamasıdır. Kültürel uygulamalar ve genetik faktörler probleme neden olan unsurlardır. Meyve çatlama probleminin genetik mekanizmasının aydınlatılması ve elde edilen bilgilerin ıslah programlarına entegre edilmesiyle, besin kompozisyonu yüksek, verimli, çevresel koşullara dayanıklı, katma değeri yüksek ticari çeşitlerin geliştirilmesi mümkündür. Günümüzde RNA Sekanslama (RNA-Seq) Teknolojisi, organizmalara ait genetik bilginin kısa zamanda etkin olarak aydınlatılmasına ve tüm moleküler regülasyonların, fizyolojik, metabolik ve biyokimyasal fonksiyonların ve bu fonksiyonlarla ilişkili yolakların belirlenmesine olanak tanımaktadır. Bu amaçla, narda meyve çatlama mekanizmasının aydınlatılması ve mekanizması ile ilişkili genlerin tespit edilmesi için Illumina HiSeqTM 2000 platformundan yararlanılmış ve İzmir-15 ile Hicaz çeşitlerine ait farklı dönemlerde alınan meyve kabuğu dokularında transkriptom analizi yapılmıştır. Dizileme sonucunda toplam 519 milyon baz okuma ve 22 000 Unigen tespit edilmiştir. Transkriptom analizi ile belirlenen transkriptlerin, hücresel organeller, hücre duvarı ve membranı, organel membranları, abiyotik stres cevapları, intra ve ekstraselüler aktivite ve katalitik aktivite ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Gen ontoloji analizi ile hücre duvarı, hücre ve organel membranları, nükleaz aktivitesi, sinyal iletim sistemiyle ilişkili transkriptlerin ekspresyon profillerinde farklılıklar görülmüştür.