Polikistik böbrek hastalığının moleküler yöntemlerle araştırılması

Amaç: Dünya çapında milyonlarca kişiyi etkileyen ve son dönem böbrek yetmezliği (SDBY)' nin en yaygın nedeni olarak bilinen polikistik böbrek hastalığı (PBH) klinik ve genetik olarak heterojen bir gruptur. Tek gen mutasyonlarının neden olduğu, yaşamı tehdit eden en yaygın genetik bozukluklardan biri olan PBH, otozomal dominant (ODPBH) ve otozomal resesif (ORPBH) olarak kalıtım göstermektedir. ODPBH çoğunlukla Polycystic Kidney Disease 1 (PKD1) ve Polycystic Kidney Disease 2 (PKD2) genindeki mutasyonlardan, ORPBH ise çoğunlukla Polycystic Kidney and Hepatic Disease 1 (PKHD1) genindeki mutasyonlardan kaynaklanmaktadır. PBH' da genetik araştırmalar ile hastalığın kesin tanısı konabilmekte, hastalığın prognozu öngörülebilmekte, tedaviye uygun hastalar seçilip tedavi yöntemi belirlenebilmekte, aile planlaması için genetik danışmanlık verilebilmekte ve böbrek transplantasyonu seçeneklerinde rehberlik edebilmektedir. Kalıtsal böbrek hastalıklarında 100' den fazla genin aydınlatıldığı Next Generation Sequencing (NGS) teknolojisinin gen hedefli analiz yöntemleri ile daha kısa zamanda, daha güvenilir sonuçlar alınabilmektedir. Çalışmamızda PBH' na sahip hastalarda, NGS yöntemi ile PKD1, PKD2 ve PKHD1 genlerindeki mutasyonların araştırılması, fenotip-genotip ilişkisinin karşılaştırılması, elde edilebilecek yeni mutasyonların literatüre katkı sağlaması, hastalığa özgü biyobelirteç olarak kullanılabilmesi ile erken tanı ve tedaviye yardımcı olması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışma grubuna dahil olan 31 hastanın pedigrileri çizilip kalıtım tipleri belirlenerek, klinik verileri ve kan örnekleri toplandı. DNA izolasyonu yapılıp, saflıkları değerlendirilen örnekler, kütüphane hazırlığı ve hedef zenginleştirme işlemleri tamamlandıktan sonra, NGS cihazına yüklendi ve çalışma başlatıldı. Sonuçların biyoinformatik analizi veri tabanları kullanılarak gerçekleştirildi. Elde edilen sonuçların fenotip-genotip ilişkisi değerlendirildi. Bulgular: NGS verilerinin analizi sonucunda, PKD1 geninde saptanan toplam 85 varyantın; % 3,53' ü Patojenik (P), % 5,88' i Muhtemel Patojenik (LP), % 24,71' i Klinik Önemi Bilinmeyen (VUS), % 51,76' sı Benign (B), % 14, 12' si Muhtemel Benign (LB) olarak değerlendirildi. PKD1 geninde saptanan "P" ve "LP" varyantların, % 62,50' si, "VUS" varyantların % 23,81' i "Novel" varyantlar olarak değerlendirildi. PKD2 geninde saptanan toplam 10 varyantın; % 20' si "P", % 10' u "VUS", % 50' si "B", % 20' si "LB" olarak değerlendirildi. PKDH1 geninde saptanan toplam 56 varyantın, % 1,79' u "LP", % 30,36' sı "VUS", % 67,86' sı "B" olarak değerlendirildi. PKHD1 geninde saptanan tek "LP" varyant "Novel" ve "VUS" varyantların % 29,41' i "Novel" varyantlar olarak değerlendirildi. Genlerde saptanan varyantlar hastaların klinik verileriyle birlikte değerlendirildiğinde, fenotip-genotip ilişkileri uyumlu olarak bulundu. Sonuç: Çalışmamızda elde edilen verilerin, PBH' da tanı, prognoz ve potansiyel terapötik müdahalelere odaklanan gelecekteki araştırmalara katkı sağlaması hedeflendi. Sonuçlarımız, PBH' nın altında yatan genetik faktörlerin daha derinlemesine anlaşılmasına, hastalığa özgü biyobelirteç olarak kullanılabilmesi ile erken tanı ve tedaviye katkıda bulunabilecektir. Ege bölgesi Manisa ve yöresinde ilk kez elde edilen orijinal sonuçlarımız ve "Novel" olarak değerlendirilen varyantlar veri tabanlarında yer alarak bu konuda çalışacak araştırmacılara referans olabilecektir.