Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı

Diyabet hastalarında mineral trioksit agregat/1α,25-dihidroksivitamin D3 kombinasyonu ile dental pulpa kök hücrelerinde odontojenik farklılaşmanın araştırılması

Diyabet hastalarında yapılan dental tedavilerin uzun dönemde başarısızlıkla sonuçlandığı ve bu hastalarda daha fazla diş çekimi görüldüğü bilinmektedir. Mineralizasyon mekanizmasında önemli rolü olduğu bilinen ve diyabet hastalarında sıklıkla eksikliği bildirilen Vitamin D3'un rutin diş hekimliği tedavilerinde kullanılan mineral trioksit agregat (MTA) ile kombinasyonunun diyabet hastalarından elde edilen dental pulpa kök hücreleri üzerindeki odonto/osteojenik farklılaştırma potansiyelini araştırmak hedeflenmiştir. Sigara içmeyen, insülin dışında ilaç kullanmayan üç Tip 1 diyabet hastasının ve üç kontrolün dental pulpalarından izole edilen mezenkimal kök hücrelerin özgüllüğü CD34, CD45, Nanog Oct-4, CD73, CD90 ve CD106 belirteçleri kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile değerlendirilmiştir. Hücreler dört farklı besi yerine maruz bırakılmıştır: normal besi yeri (NB): DMEM, %10 FBS, antibiyotik ve antimikotik, Farklılaştırma besi yeri (FB): NB'ye ß-gliserofosfat ve askorbik asit, FB+MTA: FB'ye 0,02mg/mL MTA ve FB+MTA+VitD3: FB+MTA besi yerine 10nM VitD3 ilavesini içermektedir. 14. günün sonunda hücrelerin odonto/osteojenik farklılaşma miktarları alizarin kırmızısı testi, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (DSPP, DMP1, COL1α1, OCN) ve immünfloresan (anti BSP II, anti DMP1, anti COL1α1) yöntemleri ile değerlendirilmiştir. Hücrelerin mezenkimal kök hücre karakteristiği CD73, CD90 ve CD106 ifadelerinin yüksek bulunması ile gösterilmiştir. Alizarin kırmızısı boyaması, odonto/osteojenik belirteçlerin ifadesi ve immünfloresan deneyleri kontrollerde daha fazla farklılaşma olduğunu göstermiştir (p<0,05). Kontrollerde sadece MTA farklılaşmanın indüklenmesi için yeterli etkinin oluşmasını sağlarken, diyabet hastalarında bu etkinin oluşmasının sağlanması için besi yerine VitD3 ilave edilmelidir (p<0,05). Çalışmanın sınırlamaları dahilinde diyabet hastalarının dental tedavilerinde MTA'nın VitD3 ile kombinasyonunun daha ileri deneyler ile çalışılması ve sistemik hastalıklar göz önünde bulundurularak dental tedavi prosedürlerinin oluşturulması önerilmektedir.

LAP1B proteinin kas hücrelerinin transkripsiyon regülasyonundaki rolünün araştırılması

Çekirdek iç membran proteini LAP1B'nin (lamina-ilişkili polipeptit 1, izoform B) işlev kaybı insanda kas distrofisi ve kardiyomiyopatiye neden olmaktadır. LAP1B'nin kas dokusundaki işlevi henüz bilinmemektedir. Tezin amacı, LAP1B'yi ifade etmeyen kas hücrelerinin farklılaşma sürecinde transkriptom düzeyindeki değişikliklerin belirlenmesi ile, insanda neden olduğu kas distrofisinin moleküler patogenezinin anlaşılmasına katkı sağlamaktır. Bu amaçla in vitro model olarak kullanılmak üzere kontrol ve bir LAP1B-ilişkili kas distrofisi hastasına ait primer fibroblastlar ölümsüzleştirilmiş ve uyarılabilir MyoD gen transferi gerçekleştirilmiştir. Kontrol hücrelerin sekiz günde olgun miyotüpler oluşturduğu gözlenirken, mutant hücrelerin füzyon kapasitelerinin çok düşük olduğu ve farklılaşmayı tamamlayamadıkları bulunmuştur. Ayrıca C2C12 fare miyoblastlarında LAP1A/B ifadesinin baskılanmasına neden olan mutasyonlar oluşturulmuş ve aynı bulgular gözlenmiştir. RNA dizileme yöntemi ile kontrol ve mutant hücrelerde tüm transkriptom içerisinde ifadesi değişen genler ve görev aldıkları yolaklar belirlenmiştir. Bu yolaklar arasından kas kasılması, hücre döngüsü, mitozda kromatit segregasyonu ve hücre dışı matriks organizasyonu öne çıkmıştır. Mutant hücrelerin p21 ifadesinin baskılanmış olmasına rağmen hücre döngüsünden çıktıkları hücre döngüsü analizi ile belirlenmiştir. Son olarak mutant hücrelerde p53 ifadesinde ve mikroçekirdek sayısında gözlenen artışın, hücresel stres ve DNA hasarı ile ilişkili olduğu görülmektedir. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, LAP1B'nin kas farklılaşmasının erken evresinde hücre döngüsü çıkışında rolünün olmadığı ancak miyogenin ifadesinin uyarılması için DNA hasarının tamirinde görevli olabileceğine işaret etmektedir. LAP1'in yeni yolaklardaki olası rolünün tanımlanması, tedavide hedeflenebilir yolakların keşfedilmesine de olanak sağlayacaktır.

Glukozilseramidaz-beta gen mutasyonlarının dopaminerjik nöronlarda α-sinüklein yıkım mekanizmaları üzerindeki etkilerinin araştırılması

Lizozomal Glukoserebrosidaz (GS) enzimini kodlayan Glukozilseramidaz-beta (GBA) genindeki mutasyonların, otozomal resesif kalıtılan lizozomal bir depo hastalığı olan Gaucher Hastalığı'na (GH) neden olduğu bilinmektedir. GH, hücrelerde lizozomal glukoserebrosit birikimi ile karakterize olup karaciğer, dalak, kemik iliği, akciğer ve sinir sistemi gibi farklı doku ve sistemleri etkileyerek hastalık patolojisine neden olmaktadır. Gaucher Hastalığı nörolojik bulgularına göre Tip I (nöropatik olmayan form), Tip II (akut nöropatik form) ve Tip III (kronik nöropatik form) olmak üzere klinik alt tiplere ayrılmaktadır. Son yıllarda, GH ile ilişkili olduğu kanıtlanmış GBA mutasyonlarının Parkinson Hastalığı (PH) ve diğer sinükleopatiler için en önemli risk faktörü olduğu da tanımlanmıştır. Bu bağlamda, yapılan moleküler analizler, mutant Glukoserebrosidaz (GS) enziminin ?sinüklein birikimini tetikleyerek patolojiye neden olduğunu göstermiştir. GS ve α-sinüklein birikimi arasındaki patolojik ilişkiyi açıklayabilmek için, hücre içi lipit kompozisyon değişikliği, otofajik/lizozomal fonksiyon bozukluğu, Ubikitin Proteozom sistemindeki bozukluklar ve hücre içi kalsiyum dengesinin bozulması gibi birçok farklı mekanizma öne sürülmesine rağmen iki hastalık arası ilişkinin temelleri hala tam olarak bilinmemektedir. Bahsi geçen ilişkiyi açıklayabilmek için öne sürülen patolojik mekanizmalardan biri de, GBA mutasyonları sonucu Glukoserebrosidaz enzim aktivitesindeki değişikliklerin α-sinükleinin yıkım mekanizmalarını etkileyerek hücre içi α-sinüklein birikimine neden olduğudur. Yapılan çalışmalar, GS enzim eksikliğinin, α-sinükleinin yıkımından sorumlu olan Ubikitin-Proteazom Sistemi (UPS), Şaperon Aracılı Otofaji (ŞAO) ve Makrootofaji mekanizmalarını etkileyerek α-sinüklein birikimine neden olabileceğini göstermiştir. Hücredeki protein kalite kontrolünün sürekliliği için bu mekanizmaların gerekli durumlarda birbirlerini kompanse ettiği bilinmektedir. Fakat, GBA mutasyonları sonucu oluşan GS enzim eksikliğinin bu mekanizmaları nasıl etkilediği tam olarak bilinmemektedir. Bu bilgiler ışığında, nöropatik ve nöropatik olmayan Gaucher Hastalığı'na neden olan farklı GBA mutasyonlarının, hücrelerde biriken α-sinükleinin yıkım mekanizmaları arasındaki ilişkiyi etkileyerek nöronal dejenerasyonda rol oynayabileceği hipotezi kurulmuştur. Bu amaçla, farklı nörolojik tutulum gösteren Gaucher hastalarından ve Parkinson hastalarından alınan fibroblast kültürlerinden elde edilecek olan indüklenmiş pluripotent kök hücre (iPKH) kökenli dopaminerjik nöron kültürlerinde, GBA mutasyonlarının biriken α-sinükleinin yıkımında rol oynayan Ubikitin Proteozom Sistemi (UPS), Şaperon Aracılı Otofaji (ŞAO) ve makrootofaji mekanizmalarını nasıl etkilediğinin araştırılması amaçlanmaktadır. GBA mutasyonlarının, α-sinüklein yıkım mekanizmaları üzerine etkilerinin belirlenmesi nörolojik tutulumlu Gaucher Hastalığı patogenezinin aydınlatılması açısından büyük önem taşımaktadır.

Spinal müsküler atrofi'li drosophila melanogaster modelinde RDP3 proteini ve histon asetilasyon düzeylerinin araştırılması

DNA-histon ilişkisinin gevşemesine ve transkripsiyonun aktivasyonuna neden olabilen histon asetilasyonu, histon proteinlerinin amino ucu kuyruk bölgelerindeki lizin amino asitlerine asetil grubu ekleyen histon asetil transferaz (HAT) enzimleri ve bu enzime tersinir olarak çalışan histon deasetilaz enzimleri (HDAC) arasındaki denge sayesinde kontrol edilmektedir. Bu dengenin bozulması nörodejeneratif hastalıkların patofizyolojisi ile ilişkilendirilmiş ve HDAC enzimlerini inhibe edebilen bileşikler geliştirilmiştir. Anabilim Dalı'mızda yürütülen bazı çalışmalarda da HDAC inhibitörleri sentezlenmiş, in vitro ortamda HDAC1 spesifik inhibisyon aktivitelerinin olduğu saptanmış ve bu etkinin in vivo ortamda araştırılmasına ihtiyaç duyulmuştur. Bu tez çalışması kapsamında, HDAC inhibitör aktivitesi olduğu bilinen fenilbütirik asit kullanılarak SMA'lı Drosophila melanogaster modelinde HDAC inhibitör araştırmalarında kullanılabilecek uygun evre ve koşulların belirlenmesi ve daha önce sentezlenmiş olan HDAC inhibitörlerinin etkilerinin in vivo ortamda araştırılabilmesine uygun altyapının oluşturulması amaçlanmıştır. HDAC1 enziminin Drosophila ortoloğu olan Rpd3 proteinin ifade düzeyi yabanıl tip ve SMA'lı sineklerin larva ve ergin dönemlerinde araştırılmış, ergin dönemde daha yüksek ifade edildiği görülmesine rağmen istatistiksel olarak anlamlı bir fark olmadığı gösterilmiştir. Bundan sonraki çalışmalara Rpd3 proteinin daha fazla ifade edildiği ergin dönem ile devam edilmiştir. Pupadan çıktıkları gün toplanan ergin sineklere 5 gün süreyle 5 mM ve 10 mM fenilbütirik asit uygulanmış, yapılan Western blot analizlerinde H3K18 asetilasyon düzeyinde değişiklik gözlenmezken H3K27 asetilasyon düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı artış saptanmıştır. 5 mM ve 10 mM fenilbütirik asit 10 gün süreyle uygulandığında ise H3K27 ve H3K18 asetilasyon düzeyleri değişmemiştir. Bu tez çalışması ile fenilbütirik asit'in SMA'lı Drosophila melanogaster'deki H3K27 asetilasyonunu anlamlı olarak artırdığı ilk kez gösterilmiş ve bundan sonra yapılacak olan HDAC inhibitör aktivitesi tarama çalışmalarında takip edilebilecek kriterler belirlenmiştir.

Klinik olarak glomerülonefrit şüphesi ile böbrek biyopsi yapılan hastalarda "geçici reseptör potansiyel iyon kanal (TRPC) gen ailesinin" farklı ifade profillerinin incelenmesi

Glomerüler böbrek hastalıkları dünyada çok sayıda insanı etkilemeye devam etmekte olup son dönem böbrek hastalığına yol açan etyolojiler içerisinde yer almaktadır. Bu hastalıkların en erken bulgusu idrarda protein kaybıdır. Proteinüri mekanizmaları üzerine yapılan çalışmalarda glomerüler filtrasyon bariyeri komponenti olan podositler önemli rol oynamaktadırlar. Podositler, konjenital nefrotik sendromlar (slit diyagram proteinlerinden nefrin, podosin, CD-2 ilişkili protein, TRPC6 mutasyonları sonucu), minimal lezyon hastalığı (MLH), fokal segmental glomerüloskleroz (FSGS), membranöz glomerülonefrit (MGN), diyabet ve lupus nefriti gibi pekçok insan ve deneysel glomerüler hastalıklarında hasara uğramıştır. Hasarın şiddeti ve süresine bağlı olarak podositler farklı yanıt verebilmektedirler. Erken evrede podositlerde görülen otofaji ve hipertrofi (Evre I) adaptif ve koruyucudur. Fakat sonraki evrelerde hasarın şiddeti ve uzunluğu arttıkça (evre II ve III) maladaptif süreçe girilmekte olup klinik olarak proteinüri gözlenmekte olup patolojik olarak da epitelyal'den mezenkimal hücrelere transizyon sonrasında apoptitoz ve sonuçta glomerüloskleroza kadar olay ilerlemektedir. TRPC kanalları selektif olmayan Ca+2 geçirgen katyon kanalları olup omurgalıların dokularında geniş olarak ifade edilmektedirler. Fosfolipaz C uyarısı ile ilişkili sinyal iletim yollarına yanıtta aktif hale gelirler. Geçici reseptör potansiyel iyon kanalı C6 (TRPC6) podositlerde exprese edilmekte ve slit diyaframın bir komponentidir. TRPC6 podositlerdeki slit diyafram proteinleri (nefrin, podosin, α-aktinin-4 gibi) ve mekanosensitif Ca+2 ile aktive K+ kanalları ile ilişki içindedir. Genetik ve kazanılmış hastalıklarda TRPC6 overaktivasyonu patolojik Ca+2 girişi ile podosit hasarına neden olmaktadır. Dual etkilidir. Akut aktivasyonu podositleri kompleman aracılı hasardan korurken, kronik aktivasyonunda fokal segmental skleroza yol açmaktadır. Kültüre podositlerde TRPC6'nın kalsinörin aktivasyonu yaptığı gözlenmiştir. Kalsinörin aktivasyonu podositlerde defosforilasyon ve aktin ilişkili protein sinaptopodin proteolizi ile proteinüriye yol açar. TRPC1, TRPC2, TRPC4 ve TRPC5 stromal-interacting molekül 1 (STIM 1) adlı protein ile etkileşim içinde olup bu protein hücre içi kalsiyum depo içeriğine duyarlıdır. Bu protein ile bağlanma sonucunda TRPC kanalları endozomlardaki kalsiyum salıcı zona bağlanırlar. STIM1 TRPC3 veya TRPC6'ya bağlanmaz fakat indirekt olarak farklı hücre tiplerinde TRPC kanallarının kapı davranışlarını değiştirirler. STIM1'in podositlerde exprese olup olmadığı bilinmemektedir. TRPC6 gen mutasyonunun herediter fokal segmental skleroz (FSGS) nedeni olması dışında patofizyolojik olarak artmış TRPC6 expresyon düzeyleri kazanılmış glomerüler hastalıklarda da artmıştır. Yapılan bir çalışmada TRPC6 mRNA ekspresyonunun genetik kökenli olmayan minimal lezyon hastalığı (MLH) ve membranöz glomerülonefrit (MGN) hastalarının böbrek biyopsi örneklerinde kontrol grubu hasta örnekleri (tümör nefrektomili hastaların sağlıklı böbrek parçası) ile karşılaştırıldığında belirgin artmış bulunmuştur. Buna dayanarak da TRPC6'nın genetik olmayan glomerüler hastalıklarda önemli rol oynadığı ve TRPC6'ya yönelik olarak yapılabilecek blokajların etkili bir tedavi yöntemi olabileceği söylenmektedir. Çalışmanın amacı; Mikroskobik ve/veya makroskobik hematüri olsun ya da olmasın proteinüriye sahip olup klinik olarak glomerülonefrit düşünülen ve böbrek biyopsisi yapılan hastalarda TRPC ailesi üyelerinin farklı ifade profillerinin incelenmesiyle hastaların tanı ve prognozuna katkıda bulunmaktır. Materyal Metod: Bu çalışma Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Nefroloji polikliniğine başvuran, glomerülonefrit ön tanısı ile böbrek biyopsisi yapılan 108 hasta ve kontrol olgusu olarak primer böbrek tümörü tanısı ile üroloji kliniğinde nefrektomi yapılan 37 hasta ile yapılmıştır. Alınan biyopsi örneklerinde PKD2, TRPC1, TRPC6, STIM-1 ve Orai-1 mRNA düzeyleri hasta ve kontrol grubu olarak çalışıldı.. Sonuçlar: Hasta ve kontrol grubunu karşılaştırdığımız zaman her iki grubun cinsiyet dağılımı benzerdi. Diyabet ve hipertansiyon sıklıkları da benzerdi. Hasta ve kontrol grubunun TRPC ekspresyon profillerini karşılaştırdığımızda nedenli böbrek biyopsisi yapılan grubun TRPC ekspresyon düzeyleri kontrol grubuna göre istatiksel açıdan anlamlı şekilde yüksek idi. Alt grup analizi yaptığımızda; nedenli böbrek biyopsisi yapılan hasta grubu diyabeti olan ve olmayan şeklinde karşılaştırıldığında diyabetik grubun TRPC1, TRPC6 ve STİM1 düzeyleri diyabeti olmayanlara göre istatiksel açıdan anlamlı yüksek bulundu. Hasta grubunun TRPC ekpresyon profillerinin demografik ve böbrek biyopsi patoloji sonuçları ile yapılan korelasyon analizinde TRPC1, TRPC6 ve STİM1 ile diyabet varlığı arasında pozitif bir korelasyon vardı. Biyopsideki arteriolar hyalinozis ile NPHS2 ve ORAI arasında pozitif korelasyon vardı. İlginç şekilde böbrek biyopsisinde glomerüllerin C4d boyanmasının pozitif olması ile TRPC6, NPHS2 ve PKD2 ve IG M pozitifliği ile TRPC6 ve STİM1 arasında negatif korelasyon var idi. ORAI ile glomerüler skleroz oranı arasında pozitif korelasyon bulundu. Sonuç olarak; proteinürik böbrek hastalarında TRPC gen ekspresyon profillerinin sağlıklı böbrek dokusuna göre istatiksel açıdan anlamlı artmış olduğunu bulduk ki bu da literatürdeki artmış TRPC6 ekspresyonu ve proteinüri arasındaki ilişkiyi desteklemekteydi. Biz proteinüri şiddeti ile TRPC ekspresyon profilleri arasında pozitif bir ilişki bulamadık. Yine sonuçlarımıza baktığımızda literatüre benzer şekilde diyabetik hastalarda TRPC6 ve STİM1 ekspresyon profillerinin artmış olduğunu gördük ki bu hastalarda gelişen podosit hasarında hücre içi kalsiyum yolaklarının aktive olmuş olduğu bilgisini desteklemektedir.

Hipertansiyonlu olgularda ARHGAP42 rs633185 gen polimorfizminin kan basıncı ve arteriyel sertlik üzerine etkilerinin araştırılması

Amaç: Hipertansiyon (yüksek kan basıncı), kalp krizi, felç, kalp yetersizliği, böbrek yetersizliği gibi komplikasyonların gelişimine katkıda bulunan hem erkeklerde hem de kadınlarda yaşam süresini kısaltan bir hastalık olarak tanımlanmaktadır. Yapılan çalışmalar ile tansiyon değişikliklerine katkıda bulunan yaygın genetik varyantlar tanımlanmaya başlanmıştır. Bu varyantlardan bazıları da ARHGAP42 geninin ilk intronunda yer alan tek nükleotid değişimleridir (rs604723, rs633185, rs607562 ve rs667575). Bu çalışmadaki amacımız, ARHGAP42 rs:633185 gen polimorfizminin kan bansıncı, ambulatuvar kan basıncı ve arteriyel sertlik ile ilişkili olup olmadığını anlayıp, erken teşhis ve hipertansiyon için kişiselleştirilmiş tedavi seçeneklerinin aranmasının yanında, elde edilecek sonuçlarla daha geniş çaplı bir araştırmaya öncülük edecek olan öncü bir Türk toplumu genetik profilinin çıkarılmasına katkı sağlamaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamız, 79 hipertansiyon tanısı konulmuş olgu ve 76 sağlıklı kontrol grubu verileri kullanılarak gerçekleştirildi. Olguların arteriyer sertlik ölçümleri ve 24 saatlik ambulatuvar kan basıncı ölçümleri kaydedildi. Olgulardan kan örnekleri alındı ve DNA izolasyon işlemleri tamamlandı. ARHGAP42 rs633185 polimorfizmine ait genotipleme, real time PCR ile gerçekleştirilerek istatistiksel analiz yapıldı. Bulgular: Hipertansiyonlu olgu ve kontrol grubunun genotip dağılımlarını inceledik. CG genotipi hipertansiyonlu olgularda, kontrol grubuna kıyasla 1,89 kat, GG genotipi ise 4,55 kat anlamlı artış gösterdi. Aynı zamanda allel dağılımlarını incelediğimizde, G allelinin hipertansiyonlu olgu grubunda kontrol grubuna kıyasla 1,466 kat artış gösterdiğini saptadık.

Kronik böbrek yetersizliği olan çocuk hastalarda kardiyovasküler belirteç olarak suPAR ve SIRT1'in değerlendirilmesi

Kronik Böbrek Hastalığı (KBH); böbrek fonksiyonlarının ilerleyici ve geri dönüşümsüz olarak kaybıyla sonuçlanan böbrek hasarıdır. Kardiyovasküler sistem hastalıkları KBH'da önemli bir morbidite ve mortalite nedenidir. Çözünebilir ürokinaz plazminojen aktivatör reseptörü (suPAR) bir inflamasyon biyobelirteci olup azalmış glomerüler filtrasyon hızıyla (GFR) ilişkisi bildirilmiştir. Sirtuin1 (SIRT1) ise oksidatif stres ve inflamasyona yanıtın araçlarındandır. Bu çalışmada, kronik böbrek hastalığı olan ve olmayan çocukların serum suPAR ve SIRT1 düzeylerinin karşılaştırılması; kalp ve damar etkilenmesi olan ve olmayanlar arasında fark olup olmadığının değerlendirilmesi amaçlandı. Materyal Metod: Bu çalışma Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Nefroloji Bilim Dalında KBH tanısı olan toplam 49 hasta ve 20 sağlıklı çocuk olgu ile yapılmıştır. SIRT1 ve suPAR düzeyleri ELİSA yöntemi ile Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalında çalışıldı. Sonuçlar: Çalışmaya dahil edilen 69 (49 hasta/20 kontrol) çocuğun 35'i erkek, 34'ü kızdı. Ortalama yaşları 14,6±5 yıldı. Kronik Böbrek Hastalığına neden olan primer hastalıklar değerlendirildiğinde; en sık neden ürolojik anormallikler (%40.8, n=20) olarak saptandı. Hastaların ortalama serum SIRT1 düzeyleri 8,01±5,03; suPAR düzeyleri 2,50±2,85 olup her iki parametre de kontrol grubu ile benzerdi (p=0.444, p=0.760). KBH tanılı hastaların SIRT1 ve suPAR düzeyleri kız ve erkek cinsiyette, ürolojik ve non-ürolojik nedenli kronik böbrek hastalarında benzerdi (p>0.05). Hastaların serum suPAR ve SIRT1 düzeyleri KBH evrelerine göre değerlendirildiğinde; KBH evresine göre serum suPAR ve SIRT1 düzeyleri arasında anlamlı fark yoktu. Hastalar diyaliz tedavisi alan ve almayanlar olarak gruplandırıldığında; her iki grup ortalama SIRT1, PWV (nabız dalga hızı) ve augmentasyon indeksi (Aix) değerleri benzerken (p>0.05); diyaliz tedavisi alan hastaların ortalama suPAR düzeyi almayanlara göre anlamlı düşük bulundu (p=0.029). Diyaliz tedavisi alan hastalar kontrol grup kıyaslandığında ise SIRT1 düzeyleri benzerken (p>0.05), ortalama suPAR düzeyleri diyaliz tedavisi alan grupta anlamlı düşük bulundu (p= 0.043). Diyaliz tedavisi almayan hastalar ile kontrol grubunun SIRT1 ve suPAR düzeyleri benzerdi (p>0.05). Sonuç olarak; KBH'lı çocuklarda serum suPAR ve SIRT1 düzeyleri kontrol grubu ile benzerdi. Ayrıca, serum suPAR düzeyleri diyaliz tedavisi alan grupta diyaliz almayanlara göre anlamlı olarak düşük olduğu bulundu. Bu konuda daha fazla hasta ve kontrol grubu içeren, ayrıca birden fazla ölçümün yapıldığı çalışmaların yararlı olabileceği kanısındayız. Anahtar Kelimeler; kronik böbrek hastalığı; çocuklar; suPAR; SIRT1

Kolorektal kanser hücrelerinde BIBR1532 ve resveratrol kombinasyonunun LncRNA ekspresyon değişimi üzerindeki etkisi

Kolorektal kanser en sık rastlanan üçüncü kanser tipi ve dördüncü ölüm nedeni olarak bilinmektedir ve hedefe yönelik yeni tedavi yöntemleri araştırılmaya devam etmektedir. Kanser hücrelerinde; belirli uzun kodlanmayan RNA'lar olarak bilinen lncRNA'ların ekspresyonunun yüksek olduğu; karsinomların gelişmesi ve progresyonundan sorumlu olduğu bilinmektedir. Dolayısıyla, lncRNA'ların kanser tedavisinde hedef olarak ele alınabileceği düşünülmektedir. BIBR1532 bir telomeraz inhibitörüdür ve tümörlerdeki aktif telomerazı inhibe etme amaçlı kanser araştırmalarında yaygın olarak kullanılmaktadır. Resveratrol ise doğal bir fitoaleksindir, proliferasyon ve apoptozda rol oynayan molekülleri hedeflediği bilinmektedir. Ayrıca spesifik olarak KRAS-aracılı sinyalleşmeyi inhibe ederek apoptozu indüklediği tespit edilmiştir. Çalışmamızda, HT-29 kolorektal kanser hücrelerine BIBR1532 ve resveratol maddeleri uygulanmasının ardından; maddelerin sitotoksisitesi,olası apoptotik etkileri ve lncRNA ekspresyonlarındaki değişimi incelemek hedeflenmektedir. Proliferasyon deneyi ile her kuyucuk için uygun HT-29 hücre miktarı belirlenmiştir. WST-1 analizi ile BIBR1532 ve resveratrol maddelerinin sitotoksik etkisi doza ve zamana bağlı olarak değerlendirilmiştir. Ardından, belirlenen IC50 dozlarında tekli ve kombine olarak ilaç uygulanmış ve ilaç uygulanmayan hücreler kontrol olarak ele alınarak apoptoz analizi Annexin V ile gerçekleştirilmiştir. LncRNA analizi için, apoptoz deneyinde uygulandığı şekilde dozlar hücrelere uygulanmış, ilaç eklenmeyen hücreler kontrol olarak ele alınmıştır. Tüm hücre gruplarından RNA izolasyonu gerçekleştirilerek cDNA sentezlenmiş ve lncRNA ekspresyonundaki değişiklikler RT-PCR ile değerlendirilmiştir. HT-29 hücreleri için uygun hücre konsantrasyonu 2 x 104 hücre / ml olarak belirlenmiş, ardından sitotoksisite testleri yapılmıştır. BIBR1532 ve resveratrol için IC50 dozları sırasıyla 50.81 μM (48. saat) ve 86.23 μM (72 saat) olarak belirlenmiştir. İki madde için CI 1.7 olarak belirlenmiştir. BIBR1532 ve resveratrol ajanlarının her ikisi de hücrelerin canlılık oranını düşürürken, apoptozu indükleyici bir etkileri tespit edilmemiştir. BIBR1532 ve resveratrol kombinasyonunun kolorektal kanser hücrelerinde uygulanmasına dair literatürde herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Çalışmamızda bu maddelerin uygulamasının kanser ilişkili lncRNA ekspresyonlarında yarattığı değişiklikler ekpsresyon analizleri ile araştırılmasının, daha önce incelenmemiş olan lncRNA'ların CRC ile ilişkilendirilerek tedavi stratejilerinin oluşturulmasında yeni bir bakış açısı kazandıracağını düşünmekteyiz.

Meme kanseri ve meme kanseri kök hücrelerinde bIbR1532'nin epitelyal mezenkimal transizyon üzerine moleküler etkilerinin incelenmesi

Kanser kök hücreleri (KKH) tümör dokusunda bir alt popülasyon olarak yer alan ve tümör oluşturma kapasitesine sahip, aynı zamanda tedavi direncine neden olan hücre grubudur. Tümör heterojenitesine katkı sağlayan KKH'leri, günümüzde kanser tedavisinin tam olarak başarılı olamamasının sebepleri arasında gösterilmektedir. Bu hücrelerin kanser tedavisinde bir hedef haline gelmesi ilgi çekici bir konudur. Yüksek telomeraz aktivitesi ile yüksek migrasyon ve invazyon kabiliyetleri sonucunda metastaza neden olmaları KHH'lerinin ortak özellikleri olarak kabul edilmektedir. Kemoterapötik ajanların sağlıklı dokuya hasar vermesi ve KKH'lerinin tedaviye direnç oluşturması yeni terapötik hedef arayışı ihtiyacını doğurmaktadır. Seçici bir küçük molekül inhibitörü olan BIBR1532, telomerazı inhibe ederek kanser hücrelerinin etkili bir şekilde hedeflenmesine olanak sağlamaktadır. Bunun yanında, yapılan son çalışmalar telomerazın epitelyal mezenkimal transizyon (EMT) ile ilişkili olduğunu savunmaktadır. Epitel hücrelerin mezenkimal bir morfoloji kazanmasına sebep olan EMT programının, kanser metastazında etkili olduğu bilinmektedir. Meme kanseri hücrelerinde telomerazın baskılanarak EMT mekanizmasının sekteye uğratılması çalışmamızın hipotezini oluşturmaktadır. Çalışmamızda, meme kanseri hücreleri MDA-MB-231 ve MCF-7, meme kanseri kök hücreleri ve meme epitel kök hücrelerinde telomeraz inhibitörü BIBR1532'nin sitotoksisitesi bulunmuş ve maddenin apoptoz üzerine etkileri incelenmiştir. Yara iyileşme testiyle BIBR1532'nin hücrelerin migrasyon hızına etkisi incelenmiş, asılı damla deneyi ile sphere oluşturma kapasiteleri gözlenmiştir. Son olarak EMT ilişkili 84 genin ekspresyonları gerçek zamanlı qPCR ile analiz edilmiştir. BIBR1532 etken maddesinin MDA-MB-231 ve MEKH'leri için IC50 değerleri 72. saatte sırasıyla 18,04 ve 38,71 μl olarak analiz edilmiştir. Etken maddenin MDA-MB-231 ve MCF-7 hücreleri üzerinde apoptotik bir etkisi gözlenmezken, MKKH ve MEKH'leri üzerinde kontrole göre sırasıyla %26.5 ve %32.2 oranında apoptoz görülmüştür. Etken maddenin MEKH'leri üzerindeki etkisi ilk kez araştırılmıştır ve ilacın kök hücreler üzerinde apoptotik bir etkisi olduğu gözlenmiştir. Asılı damla deneyi ile incelenen sphere yapıları ise, BIBR1532 uygulanan kök hücrelerde kontrol grubuna göre küçülmüştür. Yara iyileşme deneyinde etken maddenin kök hücreler üzerindeki migrasyon hızını azaltıcı etkisinin kanser hücrelerine göre daha yüksek olduğu gözlenmiştir. BIBR1532 uygulanan hücre hatlarında EMT ilişkili genlerin regüle olması ise telomeraz inhibisyonunun EMT mekanizmasını etkilediğini göstermektedir. Kanser tedavisinde KKH'lerinin telomeraz inhibisyonuyla hedefli eliminasyonu, kanser hücrelerinin EMT mekanizmasına bağlı olarak hareket yeteneğini ve köklülüğünü sınırlandırabilmektedir. Yüksek telomeraz aktivitesiyle korele meme kanserinde, metastazın önlenmesi ve kanser nüksünün önüne geçilebilmesi açısından umut verici bir adım olabilir.

Üçüncü nesil tirozin kinaz inhibitörü ponatinib' e duyarlı ve dirençli KML hücrelerine stat5 inhibitörü pimozid uygulamasının lösemik hücre yanıtı üzerine etkilerinin araştırılması

Hematopoietik kök hücrenin klonal bir miyeloproliferatif bozukluğu olan kronik miyeloid lösemi (KML), t(9; 22) resiprokal translokasyonu sonucunda oluşan BCR/ABL onkogeni ile karakterizedir. Bu onkogen sürekli tirozin kinaz aktivitesine neden olur ve KML lökomogenezinden sorumludur. Tirozin kinaz inhibitörü (TKI) İmatinib, KML tedavisinde yeni bir çığır açmıştır. Fakat, KML olgularının zamanla İmatinibe karşı direnç geliştirdiği gözlenmiştir. Bu nedenle II. nesil (Dasatinib, Nilotinib, Bosutinib) ve III. nesil TKI'leri (Ponatinib) geliştirilmiştir. Kazanılmış İmatinib direnci; Dasatinib, Nilotinib, Bosutinib ve Ponatinib için de azalmış etkinlik ve artmış direnç ile ilişkilendirilmiştir. JAK/STAT yolağında bulunan STAT proteinleri, birer transkripsiyon faktörüdür ve lösemi gelişiminde önemli rol oynamaktadırlar. Özellikle aktif STAT5, lösemik hücrelerin sağ kalımını ve proliferasyonunu sağlayan temel proteinlerdendir. Lösemide artan STAT5 gen ekspresyonunun baskılanmasıyla lösemik hücre apoptozunun indüklenmesinin ve TKI tedavisine karşı gelişebilecek direncin üstesinden gelinmesinde anahtar bir role sahip olduğunun gösterilmesi; STAT' ları, KML' ye karşı geliştirilen yeni anti-kanser ilaçların, birinci hedefi haline gelmiştir. Çalışmamızda, FDA onaylı psikotropik ilaç olan "Pimozide" etken maddesinin aynı zamanda STAT5 inhibitörü olmasından yola çıkarak, STAT5 protein fosforilasyonunun inhibe edilmesiyle KML hücrelerinin proliferasyonu, apoptozu, hücre döngü aresti, çeşitli biyolojik fonsiyonları bulunan genlerin mRNA seviyesindeki ekspresyonları ve STAT5' lerin protein ekspresyonu gibi hücresel yanıtlar üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, KML hücre hattı modeli atasal K562 ve onun 1 nM Ponatinib' e direnç kazandırılmış K562/Pon1 dirençli hücrelerinde moleküler düzeyde analizler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, Ponatinib + Pimozide kombinasyon deneyleri de tez kapsamında araştırılmış, hücresel yanıt analizleri bu deney grupları için de gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmada kullanılan lösemi hücre hatlarında Pimozide etken maddesinin sitotoksik etkisi WST-1 analizi kullanılarak zaman ve doza bağımlı olarak değerlendirilmiştir. Hücrelere uygulanan Pimozide, Ponatinib dozlarının ve kombinasyon dozlarının hücreler üzerinde oluşturduğu apoptotik etki Annexin V yöntemine göre değerlendirilirken, hücre döngüsü üzerindeki etki "BD Cycletest Plus DNA Reagent Kit" ile değerlendirilmiştir. Doz uygulamalarının hücreler üzerinde oluşturduğu gen ekspresyon değişimleri, tüm doz grupları ve kontrol gruplarından elde edilen mRNA'larla RT-qPCR ile belirlenmiştir. Son olarak proteinlerin kantitatif tayinleri için western blot yöntemi kullanılmıştır. Pimozide etken maddesinin 72. saat IC50 dozu K562 hücreleri için 5,06 μM belirlenirken, K562/Pon1 hücreleri için 8,72 μM olarak belirlenmiştir. Gen ekspresyon ve western blot çalışmalarımızın ortak sonucu olarak Pimozidenin STAT5 inhibitörü olduğu ve hem STAT5A hem de STAT5B genlerini inhibe ettiği belirlenmiştir. Ayrıca STAT3, JAK2, SOCS1 gibi JAK/STAT yolağında çeşitli görevlere sahip olan proteinlerinin ekspresyonu değiştirmesi, bu yolağı etkilebilecek önemli bir ajan olduğunu düşünmekteyiz. Pimozide etken maddesinin hücreler üzerinde apoptotik etkiye sahip olduğunu ve hücre döngüsünde G0-G1 arrestine neden olduğu tespit edilmiştir. Pimozidenin K562 hücrelerindense K562/Pon1 hücrelerinde daha effektif olduğu belirlenmiştir. Bu sayede, KML' de gelişmiş olan ilaç direncini kırmada kullanılabilecek effektif bir ajan olabileceğini düşünmekteyiz. Ayrıca K562/Pon1 hücrelerinde ponatinible kombine olarak kullanıldığında; Ponatinib ilacının DRI 3,49 olarak belirlenmiştir. Kullanılan Ponatinib dozunun azaltılabilecek olmasından dolayı normal hücrelerin üzerinde oluşan sitotoksitenin azaltacağı düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: KML; Pimozide; STAT5

Tirozin kinaz ınhibitörlerine duyarlı ve dirençli kronik myeloid lösemi hastalarında, uzun kodlamayan RNA ekspresyonlarının moleküler düzeyde araştırılması

Uzun kodlamayan RNA' lar (lncRNA), ortalama 200-100 kbp uzunluğunda, hücrelerde gen ifadesinin epigenetik düzeyde kontrolünden sorumlu olan RNA molekülleridir. LncRNA' ların ekspresyon düzensizliği çeşitli insan kanser tipleri ile ilişkilidir. Ancak, Kronik myeloid lösemi' de (KML) ve özellikle tirozin kinaz inhibitörlerine karşı oluşan dirençte lncRNA' ların fonksiyonları tam olarak bilinmemektedir. Uzun kodlamayan RNA NEAT1 çeşitli kanser türlerinde önemli role sahip olup, iki kısa izoforma sahiptir: kısa form NEAT1_1 ve uzun form NEAT1_2. NEAT1 aynı zamanda nukleusta sub bodies olan 'paraspeckles' ve microspeckles oluşumundan da sorumludur. Bu çalışmanın amacı KML'de ve tirozin kinaz inhibitörlerine karşı gelişen direnç mekanizmasında etki gösteren lncRNA ekspresyon profillerinin belirlenmesi ve belirlenen lncRNA'ların TKİ direnç mekanizmasında ve KML progresyonundaki rollerinin saptanmasıdır. Dolayısıyla KML'de gen ifadesini direkt veya dolaylı şekilde etkileyen lncRNA' ların profillenmesi, sağlıklı olgulardan ve tirozin kinaz inhibitörlerine duyarlı/dirençli kronik myeloid lösemi hastalarından elde edilen kan örneklerinden RNAeasy Mini kit (Qiagen) ile total RNA izolasyonu, 'Thermocycler' cihazında qRT-PCR (kantitatif revers transkriptaz-gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemi ile cDNA (komplemanter DNA) sentezi ve 'ABI 7500 Fast' cihazında qRT-PCR (gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu) array ile yapılmıştır. Farklı ekspresyon seviyeleri gösteren lncRNA'lar potansiyel terapötik hedefler olabileceğinden, lncRNA' ları hedefleyen tedavi stratejisinin tirozin kinaz inhibitörlerine karşı direnç gösteren KML hastalarının tedavisi için de, umut verici nitelikte olacağını düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: KML, LncRNA , Tirozin kinaz inhibitörlerine direnç

Kutanöz malign melanomda bazı onkogen ve tümör baskılayıcı genlerin ekspresyon düzeylerinin araştırılması

Kutanöz malign melanom (KMM), epidermal melanositlerden meydana gelen cilt kanserinin agresif bir şeklidir ve insidansı dünya çapında artmaktadır. Diğer kanser türlerinde olduğu gibi, KMM'ler de çeşitli protoonkogenlere ek fonksiyon kazandıran mutasyonlar ya da tümör baskılayıcı genlerin işlev kaybetmesine sebep olan değişimler nedeniyle gelişir. Melanomagenezde onkogenlerinin aktivasyonlarıve tümör baskılayıcı genlerinin inaktivasyonlarının yanı sıra, tümör baskılayıcı genlerin hipermetilasyonu ya da onkogenlerin hipometilasyonu gibi epigenetik değişimler de etkili olabilmektedir. Bu çalışmada kutanöz malign melanom yolağında rol aldığı düşünülen tümör baskılayıcı ve onkogenlerin (NOTCH2, ABCB5, HAGE (DDX43), NRAS, CDKN2A, CTNNB1, MYC, BCL-2) ekspresyon düzeyleri araştırılmıştır. Çalışma grubunu, KMM tanısı almış 50 hasta ile bu tanıyı almamış 50 sağlıklı birey olmak üzere toplamda 100 birey oluşturdu. Bu bireylere ait parafin blok doku örnekleri Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı arşivinden temin edildi. Hasta ve sağlıklı bireylerden alınan parafin blok doku cilt materyallerinden 10 mikron kalınlığında kesitler alınarak total RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirildi ve seçilen genler, qPCR yöntemiyle analiz edildi. Bu genlerin ekspresyon düzeyleri arasındaki ilişki için Pearson korelasyon katsayısından yararlanıldı. İstatistik anlamlılık olarak p<0.05 baz alındı. Çalışmada gen ekspresyonlarının hasta ve kontrol grupları bakımından farklılıkları incelendiğinde CTNNB1, NOTCH2 ve MYC (p<0.05). Gen ekspresyonlarında gruplar arası farklılıklar istatistiksel olarak anlamlı bulundu. ABCB5, HAGE (DDX43), NRAS, CDKN2A, BCL-2 genlerinin ise ekspresyon düzeyi bakımından gruplar arasında bir farklılık göstermediği tespit edildi. Genlerin ekspresyon düzeylerinin birbiri ile korelasyonu incelendiğinde, CTNNB1gen ekspresyon düzeyinin artışına bağlıolarak CDKN2A, ABCB5 ve NRAS gen ekspresyon değerleri de artmaktadır (sırasıyla r ve p değerleri; r=0.264, p<0.05; r=0.261, p<0.05 ve r=0.253, p<0.05). Benzer şekilde BCL-2 ile HAGE-DDX43 geni arasında(r=0.230, p<0.05) ve ABCB5 ile NRAS geni arasında aynı yönlü doğrusal ilişki olduğu bulunmuştur (r=0.212, p<0.05). Hasta grubunda gen ekspresyonları ile metastaz olma durumu arasındaki farklılıklar incelenmiş sadece NOTCH2 gen ekspresyonundaki farklılık istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0.05). Sonuç olarak, bu çalışmada bahsedilen onkogen ve tümör baskılayıcı genlerdeki düzensizliklerin hücre döngüsünü ve sinyal yolaklarını etkilediği, bu durumun melanom gelişimine ve ilerlemesine katkı sağladığı düşünülmektedir. Bu sebeple yapılacak olan moleküler analizlerin, KMM' deki biyolojik davranış ve moleküler etyopatogenezi daha iyi aydınlatılması ile histoloji ile biyolojik davranış profillerini ortaya çıkarmada yol göstericiolacaktır.

Sağ ve sol kolon tümörlerinde GALNT5 ve ZDHHC9 genlerinin ifade düzeylerinin araştırılması

Kolorektal kanserler her iki cinsiyette görülme sıklığı bakımından üçüncü sırada yer almaktadır. Kolon kanserinde ilkin tümörün sağ ya da sol kolonda bulunmasına göre klinik, patolojik ve genetik farklılıklar meydana gelmektedir. Bu durum hastalığın seyrini ve uygulanacak olan tedavi yöntemini değiştirebilmektedir. Yaptığımız çalışmada sağ ve sol kolon yerleşimli tümöral dokularda ZDHHC9 ve GALNT5 genlerinin ekspresyonlarını inceledik. Örneklemimiz; Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim dalında 42'si sağ kolon, 47'si sol kolon olmak üzere 89 tümörlü doku örneği ve aynı bireylerin tümörlü dokuya komşu sağlıklı doku örneğinden oluşmuştur. Çalışmamız; kolorektal kanserin en yaygın türü olan adenokarsinomlu dokulardan hazırlanmış parafin bloğa gömülü arşiv materyallerinde gerçekleştirildi. Doku örneklerinden önce RNA izolasyonu arkasından cDNA sentezi gerçekleştirildi. ZDHHC9 ve GALNT5 genlerinin ekspresyonu Real Time PCR'de karşılaştırmalı CT (ΔΔCT) yöntemiyle analiz edildi. Bulguların istatistiksel değerlendirmesi Wilcoxon T-testi, Student T-testi ve Mann-Whitney U-testi ile yapıldı. Kolorektal kanser erkeklerde kadınlara göre daha sık görülmektedir (p<0,05). Sağ ve sol kolon tümörleri genel olarak ve ayrı ayrı değerlendirildiğinde: ZDHHC9 ve GALNT5 genlerinin her ikisinin de ekspresyon seviyelerinde artış söz konusudur (p<0,001). Bu artış her iki cinsiyette de benzer oranlarda olup farklılık göstermemektedir. Her iki genin sağ ve sol kolon tümörlerindeki ekspresyonunu karşılaştırdığımızda ise sol kolon GALNT5 geni ekspresyonu sağ kolona göre daha yüksektir (p<0,048). ZDHHC9 ve GALNT5 genleri ekspresyonlarının hem sağ hem sol kolon tümörlerinde daha yüksek olması kolon kanserine yakalanmada biyobelirteç olabileceklerini göstermektedir. Sol kolon GALNT5 geni ekspresyonunun sağ kolona göre daha yüksek olması ise sol kolon kanserlerinin sağ kolon kanserlerinden daha sık rastlandığı gerçeğini açıklamada önemli bir belirteç olabilir. Mersin örneklemi temelinde gerçekleştirdiğimiz bu çalışma ZDHHC9 ve GALNT5 genlerinin kolorektal kanserli doku ve kontrol grubundaki ekspresyon değerlerine dair ülkemizdeki ilk çalışma olma özelliği taşımaktadır.

Otizm spektrum bozukluğunda RhoA, ROCK1 ve ROCK2 gen ekspresyonlarının araştırılması

Otizm Spektrum Bozukluğu (OSB), sosyal iletişimsel gelişmede yetersizlik, tekrarlayıcı davranışlar ve kısıtlı ilgi alanı ile seyreden, erken çocukluk döneminde başlayan nörogelişimsel bir bozukluktur. Bozulmuş sosyal etkileşim ve iletişim ve tekrarlayan veya sınırlı ilgi ve davranışlar olmak üzere iki temel semptom kümesiyle karakterizedir. Çalışmalar göstermektedir ki; Rho/Rho-kinaz sinyal yolağı, aktin iskeletinin potent düzenleyicilerinden olduğu için sinaptik yapılanmada ve fonksiyonda önemli bir role sahiptir. Nöronal bağlantıların kurulması sırasındaki basamakların herhangi birinin bozulmasının beyin gelişimi ve fonksiyonu üzerinde önemli etkileri vardır ve Mental Retardasyondan, Epilepsi, Otizm ve Şizofreniye kadar değişen merkezi sinir sisteminin gelişimsel bozukluklarına neden olabilir. Bu nedenle, Rho/Rho-kinaz sinyal yolağındaki herhangi bir karışıklık, Merkezi Sinir Sistemi'nin yapıları ve işlevleriyle ilgili bozuklukların ortaya çıkmasını tetikleyebilmektedir. Bu bağlamda çalışmamızda RhoA, ROCK1 ve ROCK2 genlerinin ekspresyon analizinin Otizm Spektrum Bozukluklarında Rho/Rho-kinaz sinyal yolağı üzerindeki etkisini araştırmayı hedefledik. Çalışmaya Adıyaman Eğitim ve Araştırma Hastanesi Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı Anabilim Dalı'nda Otizm Spektrum Bozukluğu tanısı almış 82 birey ve deney grubundaki hastaların cinsiyet ve yaş grubu göz önünde bulundurularak aile öyküsünde Otizm Spektrum Bozukluğu öyküsü bulunmayan 82 sağlıklı birey dahil edildi. Bu çalışmada Rho/Rho-kinaz sinyal yolağında rol oynayan RhoA, ROCK1 ve ROCK2 genlerinin ekspresyon düzeyleri hasta ve kontrol bireylerin kan örneklerinden alınarak belirlendi. RhoA, ROCK1 ve ROCK2 genlerinin ekspresyon düzeyi Real-time PCR ile belirlendi. Sonuçlar karşılaştırmalı C(T) yöntemi kullanılarak analiz edildi. Otizm Spektrum Bozukluğu grubundaki 82 bireyin 54'ü (% 65,9) erkek, 28'i (% 34,1) kız birey olup Otizm Spektrum Bozukluğu grubunun yaş ortalaması 7,74±4,35'dur. Otizm Spektrum Bozukluğu erkek cinsiyette daha sık görülmektedir (p<0.001). RhoA geni ifade düzeyi Otizm spektrum bozukluğu gösteren hastalarda daha düşüktür (p<0,001). Rho/Rho-kinaz sinyal yolağında rol oynayan RhoA, ROCK1 ve ROCK2 genlerinin diğer nöropsikiyatrik hastalıklarla ilişkili bulunması, nörogelişimsel süreçler üzerindeki etkileri ve bu nöropsikatrik hastalıklarda görülen bozulmuş yürütme işlevi ve sosyal işlevsellik gibi nörobilişsel kusurları paylaşmalarından dolayı Rho/Rho-kinaz sinyal yolağı genlerinin genetik kümeleri Otizm Spektrum Bozukluğu olasılığını yansıtabilir diyebiliriz. Bu durum hastalığın patofizyolojisine ve gen ekspresyon kriterlerine göre sınıflandırmak için etkili bir yaklaşım sağlayabilir.

Alzheimer hastalığı hücre hattı modelinde mitokondri spesifik antioksidan MitoQ'nun mitokondriyal disfonksiyon üzerindeki etkinliğinin araştırılması

Ortalama yaşam süresinin uzamasıyla beraber, toplumda nörodejeneratif hastalıkların insidansında bir artış görülmektedir. Bu durum hem bireylerin yaşam kalitelerini olumsuz olarak etkilemekte hem de sağlık sektörü için büyük bir yük teşkil etmektedir. Demansın yaygın görülen bir formu olan Alzheimer hastalığı (AH) nöronların erken ölümüyle ilişkili progresif bir hastalıktır. Günümüzde yaklaşık 36 milyon insanın etkilendiği AH'nin, 2050 yılında 115 milyon insanı etkilemesi beklenmektedir. AH genetik ve çevresel faktörlerle tetiklenebilen bir hastalıktır. AH'li hastaların yaşam kaliteleri hastalığın ilerlemesiyle büyük ölçüde düşmekte ve hastalar bakıma muhtaç hale gelmektedir. Hatta ileri evrede beyin fonksiyonlarının önemli ölçüde hasara uğramasıyla beraber, bu hastalar kaybedilmektedir. AH tedavisinde kullanılmak üzere 1998 yılından itibaren 244 ilaç çalışması yapılmış olup bugün yalnızca donepezil, rivastigmin, galantamin ve memantin tedavide kullanılmaktadır. Bu ilaçlar AH belirtilerinin yavaşlatılmasına yöneliktir. AH'nin ortaya çıkmasında geçerli olduğu düşünülen 5 hipotez bulunmaktadır. Bunlar; kalıtsal olarak aktarılması, asetilkolin sentezinde azalma, beyinde Amiloid-beta (Aβ) plak birikiminin nörotoksik etkileri, hiperfosforile tau nedeniyle beyinde nörofibril yumaklarının oluşumu, mitokondri dinamiklerinde ve fonksiyonlarında bozulmalardır. Aβ plakları nöronlar arası komünikasyonu bloke ederek, tau yumakları ise hücre içine esansiyel moleküllerin ve besinlerin girmesini engelleyerek etki gösterirler. Mitokondri disfonksiyonu AH'nin erken evrelerinde ortaya çıktığından hastalığın sebebi olabileceği üzerinde durulmakta ve hastalığın erken teşhisi ve tedavisine imkan sağlayabileceği düşünülmektedir. Mitokondri kendi genetik materyalini taşıyan bir organeldir. Mitokondriyal DNA (mtDNA) solunum zincirinde elektron taşınması için gerekli 80 proteinden 13'ünü kodlamaktadır. AH'de bazı mitokondriyal fonksiyonların etkilendiği gösterilmiştir. Bu fonksiyonlardan bazıları glukoz metabolizmasında azalma, mitokondriyal enzimatik hasar ve ROS üretimindeki artıştır. Mitokondri dinamiklerinde saptanan değişimler ise; mitokondriyal füzyon ve fizyon dengesinde bozulma, mitokondrinin aksonlar üzerindeki taşınmasında azalma, hücre içi mitokondri oranında düşüş ve morfoloji bozulmalarıdır. Bu tez çalışmasında ülkemizde yaygın olarak görülen nörodejeneratif hastalıklardan biri olan AH'nin mekanizmasının tanımlanmasına katkıda bulunmak, mitokondri disfonksiyonu ile AH'nin patogenezi arasındaki ilişkinin açığa çıkarılması ile potansiyel terapötik hedefler ortaya koymak amaçlanmıştır. Bu amaçla SH-SH5Y nöroblastoma hücrelerinde Aβ42 agregatları ile AH modeli geliştirilmiştir. Mitokondri hedefli yeni nesil bir antioksidan molekül olan MitoQ uygulanarak, Aβ42'nın sebep olduğu oksidatif stresin ortadan kaldırılması hedeflenmiştir. Yapılan analizler sonucunda, MitoQ'nun antioksidan özelliği sayesinde Aβ42'nin hücreler üzerindeki olumsuz etkilerinde ve mitokondri disfonksiyonu üzerinde iyileşme sağladığı gösterilmiştir.

Maternal depresyonun sıçan yavrularında hipotalamik nöroinflamasyon gelişimine etkisi

Gebelik sırasında ve doğumdan sonra gelişen maternal depresyon önemli bir halk sağlığı problemi olarak tanımlanmaktadır. Maternal depresyon hem annenin hem de yavrunun sağlığı ve yaşam kalitesini olumsuz yönde etkilemektedir. Gebelik sürecinde gelişen depresyon ve tedavisinin epigenetik olarak yavruyu etkilediği bilinmektedir. Majör Depresif Bozukluğun etiyolojisi son derece karışıktır ve tam olarak aydınlatılamamıştır. Nöroinflamasyon, depresyon etiyolojisinde yaygın olarak kabul edilen bir hipotez olarak değerlendirilmektedir. Bu tez projesinde deneysel maternal depresyon modeli oluşturulan sıçanların birinci kuşak yavrularda nöroinflamasyonla ilişkili kinürenin yolağı metabolitlerinin hipotalamik gen ifadesi üzerine etkilerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gebe sıçanlara kronik hafif stres modeli (KHS) ve antidepresan tedavisi kapsamında kontrol (K), sertralin (S), depresyon (D) ve depresyon+sertralin (D+S) grupları oluşturularak postnatal 1., 30. ve 150. günlerde yavrularının hipotalamus dokuları alınmıştır. Hipotalamus dokularında total RNA izolasyosyon sonrası, cDNA sentezi gerçekleştirilmiştir. Kinürenin yolağı, pro- ve antiinflamatuar sitokin genlerinin (IDO1, HAAO, AADAT, KMO, IL1β, IL6, TNFα, TGFβ ve IL10) mRNA düzeyinde ifadeleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPZR) analizi ile belirlenmiştir. Yenidoğan (1. gün) sıçanlarda depresyon grubunda artmış olan HAAO ifadesi D+S grubunda anlamlı oranda baskılanmıştır. Sertralin uygulamasının IL6 ifadesini K ve D+S gruplarına göre artırdığı gözlenmiştir. Diğer genlerde ekspresyon düzeyleri değişmemiştir. Ergen (30. gün) sıçanlarda KMO ve TNFα genlerinin depresyonda ifadeleri artmıştır. Antiinflamatuar TGFβ geninin ifadesi depresyonda azalmıştır. Sertralin uygulaması ile TGFβ ve IL10 ekspresyon seviyesinde artış gözlenmiştir. Erişkin (150. gün) sıçanlarda depresyon grubunda artmış olan KMO, HAO ve IL6 ifadesi sertralin uygulaması ile baskılanmıştır. Bulgular, maternal depresyonun kinürenin ve sitokin genlerinin ekspreyonunu değiştirdiğini göstermiştir. Sonuçlar gebelikte yaşanan depresyonun inflamatuar mekanizmalar ile yeni nesil yavruları etkilediğini göstermiştir. Bu sonuçlar yavruların ileride yaşayabileceği psikopatolojik durumla ilişkisini desteklemektedir.

Verapamilin in vitro parkinson hastalığı modelinde antiparkinson etkisinin mitokondrial disfonksiyon üzerinden değerlendirilmesi

Bir fenilalkilamin türevi olan verapamil kalsiyum kanal blokörüdür. Nörodejeneratif hastalıkların ortak bir özelliğinin kalsiyum sinyal düzensizliği olduğu belirlenmiştir. Hücrede Ca2+ iyon konsantrasyonunun artması hücre içi işlevi bozarak mitokondrial disfonksiyona, oksidatif stresin artmasına yol açar ve Parkinson hastalığının (PH) gelişiminde önemli rol oynar. Yapılan çeşitli çalışmalarda verapamilin nöronlara kalsiyum girişinin bloke ederek çeşitli akut nörotoksisite modellerinde nöroprotektif etki gösterdiği belirlenmiştir. Ayrıca verapamilin antihipertansif, antianjinal ve antiaritmik özelliklere sahip olduğuda gözlemlenmiştir. Bu çalışmada ise verapamilin in vitro PH modelinde antiparkinson etkisi mitokondrial disfonksiyon üzerinden değerlendirilmiştir. SH-SY5Y hücrelerinde in vitro PH modeli 6-hidroksidopamin (6-OHDA) kullanılarak oluşturulmuştur. Ardından verapamilin SH-SY5Y hücreleri üzerindeki sitotoksik etkisi ile 6-OHDA indüklü toksisiteye karşı nöroprotektif etkisi XTT analizi ile araştırılmıştır. Sitotoksisite sonuçları dikkate alınarak, devam eden analizderde hücreler 6 saat süresince 10 µM verapamil ile ön işleme tabi tutulmuş, ardından 24 saat süresince 150 µM 6- OHDA ile muamele edilmişdir. Sonrasında deney gruplarında hücre içi reaktif oksijen türleri (ROS) seviyesi ile mitokondrial membran potansiyeli (MMP) belirlenmiş; süperoksid dismutaz (SOD) ve katalaz (CAT) antioksidan enzim aktiviteleri analiz edilmiş ve PH ve mitokondri fonksiyonu ile ilişkili genlerin ekspresyon seviyeleri qRTPZR analizi ile değerlendirilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, SH-SH5Y hücrelerinde 6-OHDA uygulaması kontrol grubu ile karşılaştırıldığında ROS seviyesini artırırken MMP'yi azaltmış; SOD aktivitesinde de anlamlı azalmaya neden olmuştur. 6-OHDA grubu ile karşılaştırıldığında verapamil uygulaması ise ROS seviyesini azaltırken, SOD enzim aktivitesini artırmıştır. Ayrıca 6-OHDA ve verapamilin mitokondri fonksiyonu ve PH ile ilişkili çeşitli genlerin ekspresyon seviyelerini de modüle edebildiği belirlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışma ile, verapamilin 6-OHDA ile oluşturulmuş in vitro PH modelinde oksidatif streste azalmaya sebep olarak mitokondri fonksiyonunu düzenlediği ve nöroprotektif etkiye sebep olduğu ortaya konmuştur. Anahtar Kelimeler: Parkinson hastalığı, Verapamil, 6-hidroksidopamin

Kolon kanseri hücrelerinde kolekalsiferol/D3 vitamin uygulamasının otofaji ve endoplazmik retikulum stresi üzerinden değerlendirilmesi

D vitamini, vücut üzerinde yaygın etkileri olan güçlü bir steroid hormon kolekalsiferolün öncüsüdür. Antikanser etkiye de sahip olan D vitamini, yetersiz güneş ışınlarına maruz kalma ve kanserli bireylerde görülebilecek çeşitli sebeplerden dolayı bu etkisini gösteremez. Ayrıca bazı kanser hastalarında D vitamini eksikliği ile de karşılaşılmaktadır. Kolekalsiferol vücudu besleyen en önemli D vitamini formudur. Yapılan çalışmalar kolekalsiferolün çeşitli kanser hücrelerinin proliferasyonunu, göçünü, invazivliğini ve anjiyogenezini inhibe ettiğini göstermiştir. Ayrıca kolekalsiferol, bağırsaktaki bağışıklık hücrelerinin biyolojisini düzenleyerek bağırsak mikrobiyotasını olumlu yönde etkilemektedir. Bu çalışmada kolekalsiferol uygulamasının kolon kanseri hücrelerinde otofaji ve endoplazmik retikulum (ER) stresi üzerine etkisi değerlendirilmiştir. Kolekalsiferolün HT-29 ve HCT 116 hücreleri üzerindeki sitotoksik etkisi XTT analizi ile araştırılmıştır. Sitotoksisite sonuçları dikkate alınarak, sonraki analizde hücreler 48 saat boyunca 150 ve 250 µM kolekalsiferol ile muamele edilmiştir. Ardından kontrol ve doz gruplarından RNA izolasyonu yapılmış, cDNA sentezlenmiş ve apoptoz, ER stresi ve otofaji ile ilişkili genlerin ekspresyon seviyeleri qRT-PZR ile analiz edilmiştir. Kolekalsiferolün kolon kanseri hücrelerinin koloni oluşturma yetenekleri üzerine etkisi, koloni formasyon analizi ile değerlendirilmiştir. Ayrıca florometrik tabanlı otofaji kiti ve GRP78/BiP ELISA kiti kullanılarak kolekalsiferolün otofaji ve ER stresi üzerine etkisi araştırılmıştır. qRT-PZR sonuçlarına göre, kolekalsiferol uygulaması kolon kanseri hücrelerinde apoptoz ve ER stresi ile ilişkili genlerin ekspresyonunu artırırken, otofaji ile ilişkili genlerin ekspresyonunu azaltmıştır. Benzer şekilde kolekalsiferol uygulaması sonrasında otofaji azalırken ER stresi belirteci GRP78/BiP miktarında artış saptanmıştır. Ek olarak, kolekalsiferol, kolon kanseri hücrelerinin koloni oluşturma yeteneğini önemli ölçüde azaltmıştır. Tüm sonuçlar bir arada değerlendirildiğinde, kolekalsiferolün kolon kanseri hücrelerinde otofajiyi baskılayarak, ER stresi ile apoptozu arttırarak antikanser etkiye neden olduğu düşünülmektedir.

COVID-19 testi pozitif çıkan ailevi akdeniz ateşi hastalarında mefv gen mutasyonlarının dağılımı

Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA) otoimmün bir hastalıktır. Tam olarak etki mekanizması bilinmemekle birlikte yapılan çalışmalarda AAA tanısı konmuş MEFV mutasyonlarına sahip hastalarda bu mustayonların birçok hastalık ile ilişkisi araştırılmış ve anlamlı ilişkiler bulunmuştur. AAA ile ilişkilendirilen varyantlar arasında patojenitesi en belirgin olan 9 varyant (M694V, M694I, M680I, V726A, R761H, A744S, I692del, E167D ve T267I) vardır. Bu varyantlara ilave olarak anlamı henüz tam olarak bilinmeyen 5 varyant daha tanımlanmıştır (E148Q, K695R, P369S, F479L ve I591T).Günümüzün en büyük problemi olan bulaşıcılığı yüksek COVID-19 insan sağlığı üzerinde büyük bir tehdit oluşturmaktadır. COVID-19 (Koronavirüs - SARS-CoV-2) insanları ve aynı zamanda çok çeşitli hayvanları enfekte eden zarflı, pozitif tek sarmallı büyük RNA virüsleridir. COVID-19 'un ilk belirtisi başlarda pnömoniydi. Sonraki görülen vakalarda ayrıca özellikle küçük çocuklar arasında gastrointestinal semptomlar ve asemptomatik enfeksiyonlar tanımlanmıştır. Hastalığın şiddeti ve etkisi bireyler arasında çok farklılık göstermektedir. Hastalık kendini semptomatik ya da asemptomatik olarak gösterir. Semptomatik hastalarda ateş, öksürük, burun tıkanıklığı, yorgunluk ve üst solunum yolu enfeksiyonlarının diğer belirtilerinden oluşan hastalığın klinik belirtileri genellikle bir haftadan kısa bir süre sonra başlar. Enfeksiyon, başvuru sırasında bilgisayarlı tomografide görüldüğü gibi, hastaların yaklaşık %75'inde pnömoniye karşılık gelen nefes darlığı ve şiddetli göğüs semptomları ile ciddi hastalığa ilerleyebilir. Bağışıklık sistemi üzerinde ciddi ve kalıcı hasarlar bırakabileceği gibi ölümle de sonuçlanabilmektedir. Lenfopeni yaygın görülmektedir ve inflamatuar belirteçler (C-reaktif protein ve proinflamatuar sitokinler) yükselmektedir. AAA hastaları ile COVID-19 arasındaki ortak semptomların başında yüksek ateş gelir. AAA hastalarında atak sırasında ateş 38-40°C'ye kadar çıkabilir. Ateş bir saat ile 4 gün arasında yüksekliği değişkenlik gösterir. Kolşisin kullanan hastalarda kısa süreli ataklar sırasında ateş görülmeyebilir. AAA hastalarının kullandığı tek ilaç olan kolşisin atakların sıklığını ve şiddetini azaltmakla birlikte amiloidoz oluşumunu ve birikimini engellemede de büyük bir role sahiptir. AAA tanısı konmuş ve düzenli kolşisin kullanan hastaların COVID-19'a yakalandıklarında hastalığı çok daha hafif geçirdikleri gözlemlenmiştir. Bu çalışmada AAA - COVID-19 ilişkisinin ortaya konması, AAA hastalarında tanı ve kolşisin kullanımının COVID-19 için öneminin vurgulanması hedeflenmiştir. Öncelikle Konya Şehir Hastanesi'ne başvuran ve AAA tanısı konmuş hastalar ve MEFV varyantı bulunmayan kontrol hastaları belirlenmiştir. Belirlenen hastalardan 18 yaş üstü olanların COVID-19 testi sonuçları, kolşisin kullanma durumları ve demografik bilgileri listelenmiştir. Bu bilgilere HSYS (Halk Sağlığı Yönetim Sistemi) ve HBYS sistemleri üzerinden erişim sağlanmıştır. Toplanan veriler olarak SPSS programı üzerinden iki değişkenli ki-kare analizi ve ikili lojistik regresyon analizi yapılmıştır.MEFV varyantlarının dağılımı ve COVID-19 test sonucu arasında önemli veriler elde edilmiştir. Bu çalışma bize MEFV varyantlarındaki COVID-19 testi negatif çıkan hastaların pozitif çıkan hastalara göre daha fazla olduğunu açıkça göstermiştir ama yapılan analizler sonucunda, COVID-19 testi ile MEFV varyantları ve kolşisin kullanım durumu üzerinde anlamlı bir farklılık bulunamamıştır. Ayrıca kolşisin kullanan hastalarda da kullanmayanlara göre daha az COVID-19 testinin pozitif çıktığını gözlemlemiş olduk. Mutasyonsuz bireyler ile AAA hastası bireylerin COVID-19 test sonuçları karşılaştırıldığında ise MEFV varyantına sahip bireylerin pozitif çıkma oranının daha düşük olduğunu görmüş olduk. Hasta sayısının arttırılmasıyla ve hastalarla yapılacak anketlerle birlikte çalışmanın geliştirilebileceğini, litaratüre katkı sağlayacak veriler elde edileceğini düşünmekteyiz.

Kısa süreli opioit uygulamasının epigenetik mekanizmalar üzerine etkisi

Morfin, şiddetli ağrıların tedavisinde kullanılan güçlü analjezik etkiye sahip bir opioit alkaloiddir. Morfinin kötüye kullanımı; beyin nöronlarında meydana gelen adaptasyon ile nöron fonksiyonlarını değiştirmektedir. Morfin bağımlılığını açıklamaya yönelik bazı teoriler ileri sürülmüştür, ancak henüz kesin olarak ispatlanmamıştır. Morfin ve diğer opioitlerin epigenetik etkilerini ortaya koyan çalışmalar bulunmaktadır. Farklı transkripsiyon faktörlerini etkileyerek ve dolaylı epigenetik modifikasyonlar sonucunda bazı genlerin ifadesinde değişikliğe neden olabilmektedir. Bu tez çalışmasının amacı; kısa süreli opioit uygulamasının miRNA biyogenez yolagı ve metilasyon profili üzerine etkili DNMT (DNA metil transferaz) genlerinin ifadeleri üzerine etkisinin in vitro ve in vivo model kullanılarak araştırılmasıdır. İn vivo morfin bağımlılığı ve çekilmesi sıçan modelinde; kontrol (K), 7 gün 10 mg/kg morfin (M) ve 10 mg/kg morfin bağımlılığı + 1 mg/kg nalokson (M+N) grubu sıçanların hipotalamus dokuları kullanılmıştır. İn vitro modelde ise sinir bilim çalışmalarında altın standart olarak tercih edilen SH-SY5Y insan nöroblastom hücre hattı kullanılmıştır. Kontrol, en yüksek toksik olmayan morfin (10 µM), 10 µM nalokson ve 10 µM morfin +10 µM nalokson grubu oluşturulmuştur. Doku ve hücre örneklerinden total RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirilmiştir. miRNA biyogenezi yolağı ve DNMT genlerin ifadesi qPZR ile tespit edilmiş ve gruplar arası farklar istatistiksel analizler ile karşılaştırılmıştır. XTT analizi sonucunda SH-SY5Y hücrelerinde en yüksek toksik olmayan morfin dozu 10 µM olarak tespit edilmiş ve in vitro bağımlılık modelinde kullanılmıştır. Morfin uygulamasının DNMT1 DNMT2 ve DNMT3B genlerinin ifadesini artırdığı, nalokson uygulamasının ise baskıladığı gözlenmiştir. TRBP2 hariç, miRNA biyogenez yolağında bulunan genlerin morfin grubunda artmış ifadesinin nalokson uygulaması ile baskılandığı gözlenmiştir. İn vitro ve in vivo bağımlılık modellerinde gen ifadesi düzeyleri genel olarak benzer bulunmuştur. DNMT genlerinin ifadesinin M grubuna ait hipotalamus dokusunda artmış, M+N grubunda ise baskılanmıştır, ancak yalnızca DNMT3A geninde anlamlı fark tespit edilmiştir. Morfin grubunda artmış DGRC8, XPO5 ve AGO1 ifadesinin nalokson uygulaması ile baskılandığı gözlenmiştir Morfin ve nalokson uygulamasının epigenetik düzeyde çalışmaya konu olan genlerin ifadesini genel olarak etkilediği tespit edilmiştir. Bu tez projesi kapsamında; in vivo ve in vitro subkronik opioit bağımlılık modellerinin etkinliğinin karşılaştırılması gerçekleştirilmiştir. İn vitro modelin etkin bulunması; farklı farmokojik uygulamalar ve opioit bağımlığın fizyopatolojisinin daha iyi anlaşılmasına katkı sağlaması beklenmektedir. Deney hayvan modellerine olan gereksinime alternatif olarak, sağlayacağı etik ve teknik kolaylıklar nedeniyle translasyonel düzeyde benzer çalışmaların gerçekleştirilmesine olumu yönde etkisi beklenmektedir.

Meme kanseri hücre hatlarında sisplatin ve juglonun etkilerinin araştırılması

Meme kanseri dünya genelinde insidansı en yüksek kanser türlerinden biridir. Dünya çapında meme kanseri tüm kanser vakalarının yaklaşık %12'sini oluşturur ve vaka/ölüm oranı %15'tir. 2020 verilerine göre kanser ölümlerinin %11'ini meme kanseri vakaları oluşturmaktadır. Meme kanserinde tedavi yaklaşımları ise cerrahi, radyoterapi, kemoterapi, endokrin tedavi ve hedeflenmiş tedavi olarak sınıflandırılmaktadır. Meme kanseri tedavisinde sıklıkla kullanılan yöntemlerden biri olan kemoterapi, artan olanaklar ve bilgiye ulaşımın hızı sayesinde gün geçtikçe daha umut vadeden sonuçlar vermektedir. Yaygın kullanılan kemoterapi ilaçlarından Sisplatin, DNA onarım mekanizmalarına müdahale eder ve DNA hasarına neden olarak kanser hücrelerinde programlanmış hücre ölümünü uyarır ve kanser hücrelerini yok etmeyi hedefler. Kemoterapinin yanı sıra kanser tedavisinde alternatif tıp tedavilerinde yer verilen fitokimyasalların kullanımı da gün geçtikçe yaygınlaşmaktadır. Bu fitokimyasalların önemli bir örneği de juglondur. Kanser üzerinde de etkili olduğu keşfedilen juglon, canlı hücreler üzerinde antioksidan, antiproliferatif, antitümör, anti-inflamasyon, antivirüs etkileri bulunmaktadır. Vücutta kanserin kökeni olan primer kanserden uzak bir organ veya doku bölgesinde sekonder tümörlerin gelişmesi metastaz olarak adlandırılır. Kodlama yapmayan RNA'lar da metastazda önemli rollere sahiptir. lncRNA ve miRNA'lar hücre içinde birçok kontrol mekanizmasında anahtar rol oynadıkları ve karsinogenezde hem onkogenik hem de supresör özelliklere sahip oldukları görülmektedir. Meme kanseri metastazında rol alan BLACAT1, miR-155-5p ve CCR2 önemli ncRNA'lardır ve meme kanserinin farklı alt tiplerinde anormal ekspresyon seviyeleri gözlenmiştir. Yapılan bu çalışmada meme kanseri hücre hatları MDA-MB-231 ve MCF-7 üzerinde juglon ve sisplatinin sitotoksik etkileri araştırılmıştır. Daha sonra bu hücre hatlarında uygulanan maddelerin BLACAT1, miR155-5p ve CCR2 ncRNA'ların ekspresyon seviyeleri üzerine etkileri qPCR ile incelenmiştir. Son olarak Transwell invasyon deneyi ile hücre hatlarının invazivlik durumları analiz edilmiştir.

PKR kinaz aktivasyonunun koryokarsinom hücrelerinde kemoterapötik ajana duyarlılığına etkisi

Amaç: Bu çalışmanın amacı hücre kültüründe çoğaltılan koryokarsinom (swan 71) hücrelerinin PKR aktivasyonu sonucunda proliferasyon ve apoptotik özelliklerinin ne şekilde değişeceğini belirmeyi amaçlandı. Ayrca PKR aktivasyonunun koryokarsinom hücrelerinde kemoterapötik ajan doksorubisine karşı duyarlılığını belirleyerek, kanser tedavisinde kullanabilecek bir alternatif olabileceğini göstermeyi hedeflendi. Gereç ve Yöntem: İlk olarak hücre kültürü yöntemiyle insan plasenta trofoblast karsinom swan 71 hücreleri çoğatıldı. Hücreler, doksorubisin grubu ve poly I:C/LPS/doksorubisin grubu olarak iki gruba ayrıldı. Doksorubisin grubunda doksorubisin, farklı dozlarda (0.39 μg/ml, 1.56 μg/ml, 6.25 μg/ml, 25 μg/ml, 100 μg/ml) hücrelere 24 saat boyunca uygulandı. PKR aktivasyonu oluşturmak için ise LPS ve poly I:C swan 71 hücrelerine 48 saat uygulandı. Ardından gruplar; kontrol, doksorubisin, poly I:C/LPS ve poly I:C/LPS/doksorubisin olarak oluşturuldu. Deney gruplarına göre, hücrelere uygulanan 50 μl poly I:C ve 500 μl LPS 48 saat boyunca inkübasyona, 100 μl doksorubusin ise 24 saat inkübasyona bırakıldı. LPS, poly I:C ve doksorubisinin swan 71 hücreleri üzerine olan etkilerine belirlemek için MTT canlılık testi yapıldı. Daha sonra bu gruplar arasında doksorubisin ile 24 ve 48 saat muamele edilen hücrelerde ve poly I:C/ LPS 48 ve 72 saat muamele edilen hücrelerde flow sitometri yöntemiyle canlılığa, nekroz ve apoptoz yolaklarına bakıldı. Son olarak, deney gruplarına doksorubisin 24 saat ve poly I:C/LPS 48 saat muamele edildi ve bu hücrelerden protein izolasyonu metoduyla protein elde edildi. Ardından, bradford deneyi ile elde edilen protein miktarı belirlendi. PKR aktivasyonun tespiti ve PKR aktivasyonunda doksorubisinin etkisini belirlemek için western blot deneyi yapılarak p-PKR ve a-tubuline bakıldı. Bulgular: İlk olarak hücre sayım cihazıyla yapılan deneyde doksorubisinin farklı dozları ile (0.39 μg/ml, 1.56 μg/ml, 6.25 μg/ml, 25 μg/ml, 100 μg/ml) muamele edilen swan 71 hücrelerinde kontrole oranla doza ve zamana bağlı canlılık yüzdesinde konsantrasyon arttıkça istatistiksel olarak anlamlı azalmalar gözlendi (p < 0,05, p < 0,001). Doksorubisinin farklı dozları ile muamele edilen PKR aktive edilmiş hücrelerde, kontrole oranla doza ve zamana bağlı istatistiksel olarak anlamlı azalmalar gözlendi (p < 0,05, p < 0,001). Doksorubisin, PKR aktive edilen hücrelerde, doza bağlı ve zamana bağlı olarak hücreleri öldürücü etkiye direnç sağlamıştır ve istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Devamında MTT testi; kontrol, LPS/poly I:C, doksorubisin ve LPS/poly I:C/dox gruplarında değerlendirildi fakat sonuç elde edilemedi. Flow sitometride kontrol, LPS/poly I:C, doksorubisin ve LPS/poly I:C/dox gruplarında 24 ve 48 saat canlılık değerlerine bakıldığında ise poly I:C/LPS grubunda kontrole göre anlamlı derecede artış gözlendi (p<0,05, p<0,001). Poly I:C/LPS/dox grubunda ise doksorubisin grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı bir artış saptandı (p<0,05, p<0,001). Daha sonra kontrol, LPS/polyI:C, doksorubisin ve LPS/poly I:C/dox gruplarında 24 ve 48 saat süreyle nekroz yolağına bakıldığında, LPS/polyI:C grubunun kontrole oranla nekroz yolağına gitmediği, LPS/polyI:C/dox grubunun ise doksorubisin grubun göre nekroz yolağına gittiği görüldü. Kontrol, LPS/polyI:C, doksorubisin ve LPS/poly I:C/dox gruplarında 24 saat ve 48 saat boyunca apoptoz yolaklarına bakıldığında, LPS/polyI:C/dox grubunun doksorubisin grubuna göre apoptoza gittiği gözlendi. Son olarak tüm gruplarda p-PKR aktivasyonu western blot analiziyle tespit edildi. PKR aktivasyonunun doksorubisinin duyarlılığını engellediği görüldü. Sonuç: Mevcut çalışmada, PKR aktivasyonunun koryokarsinom hücrelerinde bir kemoterapötik ajan olan doksorubisine karşı direnç gösterdiği gözlendi.

Kainik asit ile eksitotoksisite oluşturulmuş nöroblastoma hücrelerinde GLT-1 (Glutamat Transporter 1) yıkım yolağının, SIRT 4 (Sırtuın 4) ile düzenlenmesinin araştırılması

Amaç: Çalışmada; SIRT4'ün, nöroblastoma hücrelerinde, GLT-1'in ekspresyonunu ve degradasyonunu nasıl düzenlediği ve GLT-1 promotorundaki transkripsiyon faktörleri üzerine etkisinin aydınlatılması amaçlandı. Bunun yanında özellikle kainik asit kaynaklı eksitotoksisite durumunda bu düzenlemenin nasıl değiştiğinin gözlemlenmesi hedeflendi. Gereç ve Yöntem: SH-SY5Y insan nöroblastoma hücre hattında, SIRT4 genini susturmak için SIRT4 shRNA içeren lentiviral partiküller kullanıldı ve SIRT4 geni susturulmuş kararlı SH-SY5Y hücre hattı elde edildi. SIRT4'ün susturulduğunu göstermek Western Blot yöntemi kullanıldı. Uygun şartları sağlayan tek bir hücre hattı seçilerek diğer deneylerde kullanılmak üzere çoğaltılmaya devam edildi. Kontrol SH-SY5Y hücreleri ve SIRT4 geni susturulmuş SH-SY5Y hücreleri kainik asit (1mM) ile muamele edilerek eksitotoksisite modeli oluşturuldu. Toplam dört deney grubu meydana getirildi. Bunlar; kontrolgrubu, kainik asit ile eksitotoksisite modeli oluşturulmuş grup, SIRT4 susturulmuş grup ve kainik asit ile eksitotoksisite modeli oluşturulan ve SIRT4 susturulmuş gruptur. Dört deney grubundaki GLT-1 ifadeleri Western Blot yöntemi kullanılarak analiz edildi. Dört deney grubundaki GLT-1 mRNA seviyeleri qPCR yöntemi kullanılarak belirlendi. GLT-1 promotoru ve transkripsiyon faktörlerinin (CREB ve REST) etkileşimi CHIP (Kromatin İmmünopresipitasyon) metodu ile dört deney grubunda gösterildi. Bulgular: Kontrol grubu, Kainik asit ile eksitotoksisite modeli oluşturulmuş grup, SIRT4 susturulmuş grup ve Kainik asit ile eksitotoksisite modeli oluşturulan ve SIRT4 susturulmuş gruplarındaki GLT-1 ekspresyon düzeyinin belirlenmesi için her gruptan protein izolasyonu yapılarak Western Blot yöntemi uygulandı. Elde edilen sonuçlarda GLT-1'in nöroblastoma hücrelerinde oligomerik yapılar oluşturduğu görüldü. SIRT4 geni susturulmuş iki grup arasında eksitotoksisite oluşturmak toplam GLT-1 ifadesini istatistiksel olarak anlamlı şekilde azaldığı gözlemlendi. Bunun yanında eksitotoksisite oluşturulmuş iki grup arasında SIRT4 genini susturmanın yine toplam GLT-1 ifadesini istatistiksel olarak anlamlı şekilde azalttığı bulundu. Ardından dört deney grubunda GLT-1 mRNA seviyeleri, qPCR yöntemi kullanılarak belirlendi. Elde edilen sonuçlara göre dört deney grubu arasında, GLT-1 mRNA seviyesinin, istatistiksel olarak anlamlı bir fark göstermediği gözlemlendi. Sonuç: Elde edilen sonuçlar, nöroblastoma hücrelerinde SIRT4'ün susturulmasının ve eksitotoksisite durumunun GLT-1 ifadesini, mRNA düzeyinden ziyade protein düzeyinde etkilediğini göstermektedir.

Meme kanseri koşullu besiyerinin endotel hücrelerdeki adezyon molekülleri ve immün kontrol noktaları genleri üzerindeki etkileri

Meme kanseri, yaygın olarak süt kanallarını oluşturan hücrelerden veya kanallara süt sağlayan lobüllerden kaynaklanan bir kanser türüdür. Kanser gelişimi esnasında tümör mikro-çevresinde bulunan birçok faktör önem kazanmaktadır. Bu faktörler arasında, endotel hücreler ve immün hücreler gibi hücresel faktörler ile integrinler ve ekstraselüler matriks elemanları gibi yapısal faktörler bulunmaktadır. Endotel hücrelerinden sentezlenen bazı faktörlerin immün hücre modülasyonlarında etkili olması ve tümör hücrelerinin metastazında rol oynaması bu faktörleri kanserde önemli kılmaktadır. Çalışmamızda, meme kanseri koşullu besiyerinde inkübe edilen endotel hücrelerdeki immün kontrol moleküllerinin ve adezyon moleküllerinin ekspresyon seviyelerinde değişiklik olup olmadığını inceledik. Bu amaç için normal meme hücre hattı olan CRL-4010, meme kanseri hücre hatları olan CRL-2329 ve MDA-MB-231 hücrelerinden elde edilen koşullu besiyerleri HUVEC'lere uygulandı. Endotel hücrelerinde, hücre proliferasyonu, hücre migrasyonu ve belirlenen adezyon ve immün kontrol noktaları genlerinin ekspresyon seviyelerindeki değişimlere nasıl etkiler yaptığı incelendi. Hücre proliferasyonu deneyinde, CRL-2329 deney grubunda 48 saatin sonunda kontrole göre artış gösterdiği bulunmuştur. Hücre migrasyonu deneyinde ise, meme kanseri koşullu besiyerlerinde bulunan HUVEC grubunun daha hızlı kapandığı gözlemlenmiş ve anlamlı bulunmuştur. Çalışmamızda adezyon moleküllerinden; ICAM-1, VCAM-1, PECAM-1, E-selektin, VE-kaderin, E-kaderin ve immün kontrol noktaları genlerinden; PD-L1, PD-L2, IDO-1, IDO-2, VISTA, LAG3, CTLA-4 genlerinin ekspresyon düzeyleri Real Time PCR yöntemi ile analiz edilmiştir. Gen ekspresyon seviyelerindeki değişimler incelendiğinde, adezyon moleküllerinden olan ICAM-1, VCAM-1, PECAM-1, E-selektin, VE-kaderin anlamlı olarak değişimler göstermiştir. İmmün kontrol noktaları genlerinde ise, PD-L1, PD-L2, IDO-1, VISTA, LAG3 kontrole göre anlamlı değişimler göstermiştir. Elde ettiğimiz verilerin kanser hücrelerinin çoğalmasına ve metastazına destek sağladığını belirtebiliriz. Bu nedenle, bulduğumuz sonuçlar literatüre katkı sağlayabilecektir.

Hipoksi koşulları altındaki meme kanseri hücrelerinde hipertermi ve kurkuminin kanser kök hücre benzeri özelliklere ve epitelyal-mezenkimal dönüşüme etkilerinin incelenmesi

Meme kanserinin heterojen bir hastalık olduğu, hipoksinin invazyon ve metastazda etkin rol oynadığı ve kötü prognoz ile ilişkili olduğu bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı hipoksi koşulu altında Hipertermi, 17-AAG ve Kurkumin üçlü tedavisinin meme kanseri hücre dizilerinde CSC ve EMT belirteçlerinin gen ifadeleri ve hücresel fonksiyonlar üzerindeki etkilerini incelemek ve araştırmaktır. Bu çalışmada ilk olarak hipoksi koşulu oluşturmak için meme kanseri hücre dizilerinde CoCl2'ün doza ve zamana bağlı qRT-PCR yöntemi ile HIF1A ifade düzeyleri araştırılmıştır. Bunun sonucunda MDA-MB-231 hücre dizisinin 3. saatte 25 µM, CRL-2329 hücre dizisinin ise 3. saatte 100 µM CoCl2 ile inkübasyonunun, en yüksek HIF1A gen ifade düzeyi gösterdiği bulunmuştur. Çalışmamızda hipoksi oluşturulmuş meme kanseri hücre dizilerinde 17-AAG ve kurkumin etken maddelerinin MTT deneyi ile 24. ve 48. saat IC50 dozları belirlenmiştir. Belirlenen bu dozlara bağlı olarak hipertermi ile beraber kombine gruplar oluşturulmuştur. Çalışmamızda hipoksi oluşturulmuş hücre dizilerine uygulanan HT + 17-AAG + Kurkumin üçlü tedavinin; hipoksi grubuna, sadece HT ve HT + 17-AAG uygulanan gruplara kıyasla kanser kök hücre belirteci ve epitelyal mezenkimal geçiş ile ilişkili belirteç genlerin mRNA ekspresyon düzeylerini anlamlı bir şekilde azalttığı görülmüştür. Ayrıca hücre migrasyonu deneyi ile elde edilen bulgulara göre de bu kombinasyonun hücreler üzerinde antiproliferatif ve antianjiyogenik etkiye sahip olduğu tespit edilmiştir. Bu veriler, CSC ve EMT belirteçlerini aşırı ifade eden hipoksik meme tümörlerinde oldukça iyi bir kombinasyon ajanı olabileceğine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: Meme Kanseri, Hipoksi, Hipertermi, 17-AAG, Kurkumin, CSC, EMT

Sitagliptin tedavisi uygulanan deneysel obezite modelinde farklı dokularda GLP-1 gen ifadesinin analizi

Obezite dünya çapındaki hastalıklar arasında en büyük beşinci risk faktörü olup Türkiye, obezitenin en çok görüldüğü üçüncü ülkedir. Obeziteye eşlik eden birçok hastalık bulunmaktadır. Bu nedenle obeziteye neden olan ve obeziteyi geriye çevirecek olan moleküler ve genetik mekanizmalar ortaya konulmalıdır. Glukagon benzeri peptit 1 (GLP-1) ve glukozedine bağlı insülinotropik peptit (GIP), glikoz regülasyonunda yer alan başlıca inkretinler olup insülin salınımını uyarmak için salgılanır. GLP-1 glukagon seviyelerini baskılar, gastrik boşalmayı geciktirir ve tokluğu arttırır. GLP-1 ve GIP'in in vivo etkileri, bu hormonların dipeptidil peptidaz-4 (DPP-4) enzimi tarafından hızlı bozunması ve baskılanması nedeniyle kısa ömürlüdür. DPP-4 inhibitörleri olan vildagliptin ve sitagliptin şu anda çok sayıda ülkede tip 2 diyabet tedavisi için onaylanmış ve geliştirilmekte olan oral ajanlardır. Bu çalışmada kas, karaciğer ve yağ dokusunda insülin salınımının pozitif düzenleyicisi olan GLP-1 geninin ekpresyon düzeyleri; Obez, Obez + Sitagliptin Kontrol, Kontrol + Sitagliptin gruplarına ayrılan doku gruplarında kantitatif real-time PCR yöntemi kullanılarak araştırıldı. Çalışmamızda 32 adet wistar albino sıçandan 24 'ünün dokuları kullanılmıştır. Doku örnekleri ile total RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirilerek gen ekspresyon düzeyleri analiz edildi. Elde edilen sonuçlar qiagen veri analiz sistemi kullanılarak ve student t testi baz alınarak istatiksel olarak değerlendirildi. Araştırma sonuçlarımıza göre, karaciğer dokusunda obez grubuna göre obez+sitagliptin GLP-1 gen ekpresyon düzeyinin artmış olduğunu ve gözlenen bu farkın istatiksel olarak anlamlı olduğunu saptadık (p=0.02), yine karaciğer dokusunda K+Stg-Ob kıyaslandığında; GLP-1 gen ifadesinde 12.52 kat anlamlı bir artış saptadık (p=0.01) Kas ve yağ dokusu gruplarında gen ekspresyon düzeylerinde anlamlı bir farklılık saptanmamış olup nedeninin bireysel farklılıktan veya diğer etkenlerden kaynaklanabileceği düşünülmektedir. Sonuç olarak obezitede, sitagliptin tedavisi kullanılarak insülin salınımının uyarılma mekanizmasının transkripsiyonel düzenleyicisi olan GLP-1 geninin ekspresyon düzeyinin incelenmesi, obezitenin altında yatan olayların daha iyi anlaşılmasına ve obezitede sitagliptin tedavisinin nasıl hedeflenebileceğinin anlaşılması üzerine katkı sağlayacaktır.

All-trans retinoik asit ve 1,25-dihidroksi vitamin D3'ün SARS-COV-2 hedef ve aracı molekülleri üzerine etkilerinin incelenmesi

Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs tip 2 (SARS-CoV-2) yeni bir koronavirüs olup, şiddetli akut solunum yolu hastalığının (Covid-19) etkeni olan RNA virüsüdür. ACE2, TMPRSS2, TMPRSS11D ve CD147 SARS-CoV-2'nin aktivasyonu, enfeksiyonu ve iletimi için gerekli proteinlerdir. ACE2 reseptörleri akciğer, bağırsak, kalp ve böbrek gibi birçok dokuda bulunmaktadır. Endotel hücrelerinde de ACE2 reseptörü bulunmaktadır. SARS-CoV-2 enfeksiyonu sırasında hücrelerde başta ACE2 olmak üzere diğer aracı moleküller hastalığın seyrini belirleyebilirler. ATRA ve vD3 moleküler etkilerini hücre içinde bulunan reseptörler aracılığıyla gösteren, hücre çekirdeğinde transkripsiyonu düzenleyerek gen düzeyinde etki gösterebilen nükleer hormon reseptörleridir. Yaptığımız literatür taramasında ATRA ve vD3'ün SARS-CoV-2 enfeksiyon mekanizmasına aracılık eden molekül ekspresyonları ile ilgili bir çalışmaya rastlanmamıştır. Ayrıca, Covid-19 hastalığına sahip hastalara birçok klinikte tedavi olarak yüksek doz Vitamin D3 verilmektedir. Biz bu çalışmada nükleer hormon reseptör ligandları olarak ATRA ve vD3 uygulayacağımız endotel hücrelerinde SARS-CoV-2 ile ilişkili hücresel moleküllerin ekspresyonlarını analiz edeceğiz. Bu amaçla, endotel hücrelerinde hem ATRA hem de vD3 muamelesi sonucunda ACE2, TMPRSS2, TMPRSS11D, CD147, CD26, CYPA gibi hedef genlerinin ifade değişimleri, hücre proliferasyonu ve migrasyonu araştırılmıştır. Bu genler SARS-CoV-2'nin hedef hücreye giriş mekanizmasının aydınlatılmasında birer potansiyel hedef olabilir. Ayrıca hedef genlerin ifadelerindeki farklı sonuçların analizleri, endotel hücrelerin gen ifade seviyesi üzerindeki etkisine dair literatüre katkıda bulunacaktır. Bunun yanında ATRA endotel hücrelerinde migrasyonu ve hücre proliferasyonunu baskılamıştır. Aynı zamanda vD3 endotel hücrelerinde migrasyonu arttırmış ve hücre proliferasyonunu ya baskılamamış ya da etkilememiştir. Bu bakımdan bulgularımız endotel hücrelerinde SARS-CoV-2'nin mekanizmasının aydınlatılmasına katkı sunacak ve COVİD19 hastalığın tedavisinde literatüre katkı sağlayacaktır.

SARS-COV-2 ile ilişkili hedef moleküllerin regülasyonunda ısı şok proteinlerinin rolünün araştırılması

Koronavirüsler, insanlarda ve diğer memelilerde yaygın olarak görülen ve sistemik bozukluklara neden olabilen RNA virüsleridir. Anjiyotensin Dönüştürücü Enzim-2 (ACE2)'yi hücreye girişinde reseptör olarak kullanır. Ayrıca TMPRSS2 ve EMMPRIN(CD147)'nin de virüsün hücreye girişinde yardımcı olduğu bilinmektedir. ACE2 ve TMPRSS2'nin yanı sıra TMPRSS11D, Siklofilin A (CYPA), CD26 ve CD147'yi bulunduran endotel hücreleri, SARS-CoV-2 tarafından hedef haline gelmiştir.Hücre, virüsün içeriye girmesiyle, hücresel mekanizmaları oluşacak hasardan korumak için ısı şok proteinleri (Hsp)'ni sentezler. Özellikle Hsp70 ve Hsp90'nın yüksek seviyede eksprese edildiği bilinmektedir. Hipertermik şartlar altında, Hsp70 ve Hsp90 inhibitörü olan Quercetin ve 17AAG'nin moleküler etki mekanizması endotel hücrelerinde tam olarak araştırılmamıştır. Bu çalışma kapsamında, hipertermik şartlar altında hücrede sentezi artan ısı şok proteinlerinin ve inhibitörlerinin SARS-CoV-2 ile ilişkili hücrede bulunan hedef moleküller üzerine etkileri araştırılmıştır. Hipertermik şartlar altında Quercetin ve 17AAG uygulanan HUVEC'lerde HSF1, HSP90AA1, HSP90AB1, HSPA1A, ACE2, TMPRSS2, TMPRSS11D, CYPA, CD26 ve CD147 genininekspresyon seviyelerini analiz etmek için Real Time PCR yapılmıştır. Quercetin ve 17AAG'nin hipertermi uygulanmış ve uygulanmamış HUVEC'lerde hücre proliferasyonuna ve hücre göçüne etkilerini belirlemek için MTT ve migrasyon deneyleri yapılmıştır. Elde edilen bulgularımıza göre hiperterminin hücrelerde HSF1, HSP90AA1, HSP90AB1, HSPA1A, CYPA, CD26 ve CD147'nin ekspresyon seviyelerini arttırdığı ACE2, TMPRSS2 ve TMPRSS11D'ninekspresyon seviyelerini azalttığı görülmüştür. Bu moleküllerin hipertermi ile artmış ve azalmış seviyeleri SARS-CoV-2'nin hücreye girişini engellemek ve endotel hücre fonksiyonlarının devamlılığını sağlamak açısından hipertermik tedavinin önemini desteklemektedir. Elde edilen diğer bulgularımıza göre 17AAG ve Quercetin'in hem hipertemi uygulanan hem de uygulanmayan hücrelerde hücre proliferasyonunu ve migrasyonunu baskıladığı görülmüştür.

Investigation of possible interaction between ARID3A, ARID3B, lncRNAs MALAT1 and NORAD in non-small cell lung cancer (NSCLC)

The most common cancer-related death with a poor prognosis is lung cancer. For attempts at survival, early diagnosis and effective treatment methods are crucial. Approximately 85% of lung cancers are non-small cell lung cancers (NSCLC). Long non-coding RNAs, also known as lncRNAs, are crucial to numerous biological processes. Their conflict causes carcinogenesis and may have an effect on the pathways that are considered important therapeutic targets in various cancers. The neoplastic initiation, progression, metastasis, tumor angiogenesis, chemoresistance, and genomic instability in NSCLC are caused by a lack of regulation of long non-coding RNAs, MALAT1 and NORAD, that are involved in metastasis. Both MALAT1 and NORAD are important for cell cycle progression as they directly regulate the expression of the transcription factor E2F1. It has been reported that the expression of p53 target genes is also affected by MALAT1 by repressing p53 promoter activity followed by cell cycle progression, and NORAD is indirectly regulated by p53. The AT-rich interaction domain (ARID) family of DNA-binding proteins, especially ARID3A and ARID3B are involved in various biological processes, including cell proliferation, differentiation, and development. ARID3A and ARID3B play important roles in E2F-dependent transcription and are transcriptional targets of p53. The pivotal function in promoting either cellular proliferation by pRB-E2F or growth arrest by p53 pathways implies a tight and finely tuned regulation. Both ARID3A, ARID3B and lncRNAs MALAT1, NORAD are involved in pRB-E2F and p53 pathways. In this study, we tried to find probable interactive and functional connectivity among ARID3A, ARID3B, lncRNAs MALAT1 and NORAD in NSCLC.

Alzheimer hayvan modelinde cucurbitacin E ve I'nin TAU fibrillerinin birikimine neden olan oksidatif mekanizmadaki enzimlerin inhibe edilmesinde kullanılması, ilgili genlerin ekspresyonunun ölçülerek hafıza kaybına etkisinin incelenmesi

Bu çalışmada, Alzheimer hayvan modelinde Cucurbitacin E ve I'nın TAU fibrillerinin birikimine neden olan oksidatif mekanizmadaki enzimlerin inhibe edilmesinde kullanılması, ilgili genlerin ekspresyonunun ölçülerek hafıza kazanımına etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Alzheimer hastalığı ortalama yaşam ömrünün uzamasıyla yaşlı popülasyonda sıklıkla görülen, nedenleri tam anlaşılamamış ve tedavisi bulunmayan progresif nörodejeneratif hastalıktır. Alzheimer hastalığının moleküler patolojisine baktığımız zaman karşımıza amiloid plak ve nörofibril yumaklar çıkmaktadır. Hastalığın şiddetinin arttığı dönemlerde ise bu iki patoloji içinde TAU proteinleri açısından zengin olan nörofibril yumakların daha fazla tespit edildiği gözükmektedir. Bu yüzden bu çalışmada, Cucurbitacin E (CuE) ve I (CuI)'nın Alzheimer hastalığının taklit edildiği hayvan modelinde TAU protein birikimimin engellenmesi veya yavaşlatılmasına katkısının araştırılması ve bilişsel testlerle desteklemek üzere Alzheimer hastalığının tedavi edilmesi amaçlandı. Bu amaçla fizyolojik ve morfolojik olarak insan genetiğine daha yakın olan Sprague Dawley dişi sıçanlar seçildi (225-250 gr). Hayvanlar her grupta 6 hayvan olmak üzere rastgele 6 gruba ayrıldı (N= 36). Gruplar;1- Kontrol, 2- Stereotaksik, 3- Stereotaksik+aCSF (yapay beyin omurilik sıvısı), 4- Stereotaksik+Okadaik asit (OKA), 5- Stereotaksik+OKA+CuE+I (düşük doz), 6- Stereotaksik+OKA+CuE+I (yüksek doz) Motor fonksiyonarı için rotarod testi, bilişsel geri kazanımın tespitinde morris su labirenti ve anksiyete durumunun belirlenmesinde yükseltilmiş artı labirent testi kullanıldı. Hipokampus dokusu çıkarıldı ve TAU protein birikimindeki değişiklikler immünohistokimyasal olarak tespit edildi. COX1, COX2 ve TAU protein seviyeleri western blot ile gösterildi. COX1 ve COX2' nin gen ekspresyon seviyeleri ise kantitatif Real-Time PCR ile belirlendi (qPCR). İstatistiksel olarak karşılaştırmalar tek yönlü ANOVA ile post-hoc analizler Tukey testi kullanılarak yapıldı. Sonuçlar CuE+I'nın Alzheimer TAU patolojisini düzenleyerek hafızanın geri kazanımında etkili olabileceğini ve tedavi amaçlı kullanılabileceğini göstermiştir.

Obezitede Sitagliptin tedavisinin farklı dokularda LPIN 2 ve SIRT 6 gen ifadesinin analizi

Obezite en riskli hastalıklar arasında beşinci sıradadır. Tip 2 diyabet ve insülin direncine bağlı, bozulmuş glikoz toleransıyla bağlantılıdır. Pankreastaki beta hücrelerinin hasarı; iskelet kası, karaciğer ve yağ dokuları tarafından kullanılan glikozu etkileyen insülin eksikliğine yol açar. LPIN 2, hücresel lipid metabolizmasını, doğal bağışıklığı, serebellum fonksiyonunu ve bağırsak lipoprotein mekanızmasındaki fosfatidik asit fosfatazları etkileyen LPIN protein ailesinin bir üyesidir. LPIN 2 böbrek gastrointestinal kanallarında, akciğer, eritrositler, tükürük bezleri, adipoz doku ve lenfoid hücrelerinde bulunmaktadır. SIRT 6 ise DNA onarımı, telomerlerde, glikoz ve lipid metabolizmasını düzenleyerek hücresel homeostazı etkiler, böylece diyabet, obezite, kalp hastalığı, kanser gibi hastalıkları ve ayrıca enfeksiyon da dahil olmak üzere yaşlılıkla ilgili birçok metabolik yolu etkiler. Sitagliptin; DPP-4 inhibitörü olarak diyabet tedavisinde kullanılan antidiyabetik bir ilaçtır. Çalışmamızda deneysel hayvan modelleri oluşturarak Tip 2 diyabette kullanılan sitagliptini, obezite tedavisinde kullanarak farklı tedavi yöntemleri geliştirme amaçlandı. 32 wistar albino sıçanın, 16 tanesi normal yem ile beslenip 8 tanesine sitagliptin verildi, 16 tanesi yüksek yağlı diyetle obez yapılıdı ve obez yapılan sıçanların 8 tanesine sitagliptin verildi. Hayvanlar; Kontrol, Kontrol + Sitagliptin, Obez, Obez + Sitagliptin gruplarına ayrıldı. 32 wistar albino sıçanın 24'ünün karaciğer kas ve yağ dokularında LPIN 2 ve SIRT 6 genlerinin mRNA düzeylerine RT-PCR yöntemi ile bakıldı ve istatiksel olarak değerlendirldi.

Düşük ejeksiyon fraksiyonlu kalp yetmezliği (lvef<%40) olan diyabetik hastalarda SGLT-2 inhibitörü ilaçların epigenetik etkisi

Kalp yetmezliği tüm dünyada mortalite ve morbiditenin en önemli sebeplerinden biri olmaya devam etmektedir. Son zamanlarda kalp yetmezliği tedavisinde mortalite üzerine direk etkisi nedeniyle kılavuzlarda kullanılması gereken ilaçlar listesine giren SGLT-2 inhibitörü ilaçların etki mekanizması hala tam olarak bilinmektedir. Bu çalışmada SGLT-2 kullanımı ile kalp yetmezliği hastalarında bazı mikro RNA'ların (miRNA) seviyelerinde değişim olup olmadığına bakılarak bu grup ilacın olası epigenetik etkisi araştırılmıştır. Üniversitemiz kardiyoloji kliniğinde ejeksiyon fraksiyonu %40'ın altında olduğu tespit edilen ve endokrinoloji tarafından SGLT-2 inhibitörü kullanımı uygun görülen 40 hasta ve 20 sağlıklı gönüllü hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların kan örneklerinden SGLT-2 inhibitörü ilaç kullanımı öncesi ve SGLT-2 inhibitörü ilaç kullanımını takiben üçüncü ayda Revers-Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi ile miR-21, miR-132, miR-499 ve miR-210 gen ekpresyon düzeyleri analiz edildi. Yine sağlıklı gönüllülerden alınan kan örneklerinden aynı şekilde miR-21, miR-132, miR-499 ve miR- 210 gen ekpresyon düzeylerine bakıldı. İlaç kullanımı sonrası üçüncü ayda Mir-21 ve Mir-499 gen ekspresyon düzeylerinde istatistiksel olarak anlamlı biçimde artış olduğu saptandı (p=0,005) Mir-210 ekspresyon düzeyinde hastalarda istatistiksel olarak anlamlı bir artış olmakla beraber ilaç kullanımı sonrası değişiklik olmadığı bulundu. Mir-132 ekspresyon düzeyinde açısından ise gruplar arasında iistatistiksel olarak anlamlı bir farklılık olmadığı saptandı (p =0,421). Sonuç olarak SGLT-2 inhibitörü ilaçların etki mekanizmalarından biri de epigentik olarak miRNA seviyelerini değiştirerek (miR-21, miR-499) olabilir.

Leishmania örneklerine ait total DNA'larının izolasyonu, saflaştırılması ve restriksiyon endonükleaz profillerinin incelenmesi

ÖZET Leishmania Örneklerine Ait Total DNA'larının izolasyonu, Saflaştırılması ve Restriksiyon Endonükleaz Profillerinin incelenmesi Çukurova ve. Şanlıurfa bölgelerinde; Sivrisinek ve Flebotomlara karşı mücadelede kullanılan insektisitlere rağmen, kutanöz Leishmaniazis her geçen gün yayılım göstermektedir. Leishmanialarda oluşan direnç sonucu, bu ajanlarla mücadele etmek zorlaşmakta ve yeni ilaçlar gerekmektedir. Mücadele zorlaştığı gibi büyük bir iş kaybı görülmektedir. Her an kutanöz Leishmaniazis ajanlarının viskerotropik enfeksiyon ajanları olabilme tehlikesi vardır. Bu çalışmada ana amaç; elde edilen izolatlar arasında genotipik olarak farklılık olup olmadığını, örneklerin referans suşlara genotipik olarak benzeyip benzemediğini tesbit etmektir. Çukurova ve Şanlıurfa bölgelerinde kutanöz Leihmaniazisli hasta bireylerden toplam 25 örnek kültüre alındı. Örnek ve referans suşların total DNA'ları izole edildi. Total DNA; EcoRI, Hindlll, Hinfl, Haelll, Alul ve Rsal restriksiyon enzimleriyle kesilerek, bunların restriksiyon fragman profilleri çıkarıldı. Örneklerin restriksiyon fragmanları hem kendi aralarında hem de her bölgenin örnekleri kendi içinde değerlendirildi. Ayrıca elimizde bulunan 14 referans susun total DNA restriksiyon fragmanlarıyla karşılaştırıldı. Çalışma sonuçlarına göre; Çukurova ve Şanlıurfa izolatları arasında genotipik olarak heterojenite belirlenmesinin yanında, her bölgenin kendi içinde de heterojenite tesbit edildi. Yapılan DNA profil karşılaştırmalarına göre; izolatların kimi DNA fragmanlarının referans suşların fragmanlarına benzediği görüldü. Ancak hiç bir izolat, referans suşlarla bire bir benzerlik göstermedikleri belirlendi. Anahtar Sözcükler: Kültür, Leishmania İzolasyonu, Restriksiyon Endonükleazlar, RFLP Analizi, Total DNA

Çukurova bölgesindeki ailevi akdeniz ateşi hastalarında MEFV geni 10.ekzon majör nokta mutasyonlarının incelenmesinde ARMS ve PCR-RFLP yöntemlerinin karşılaştırılması

ÖZET Çukurova Yöresindeki Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geni 10. Ekzon Majör Nokta Mutasyonları Sıklığının İncelenmesinde ARMS ve PCR- RFLP Yöntemlerinin Karşılaştırılması Ailevi Akdeniz ateşi (AAA) tekrarlayan ateş, abdominal ağrı, artrit ve plörit ile karakterize, otozomal resesif geçişli genetik bir hastalıktır. Hastalık Akdeniz havzası populasyonlarında oldukça, sık görülmektedir. Son yıllarda AAA hastalığından sorumlu olan gen (MEFV geni) klonlanmış ve günümüze kadar 29 MEFV gen mutasyonu tanımlanmıştır. Bu mutasyonlar içinde en sık görülenler 10. ekzon majör nokta mutasyonları olan M694V, M694I,* M680I ve V726A mutasy onlarının MEFV allellerinin % 85 'inde bulunduğu bildirilmiştir. Bu çalışmada Çukurova Yöresinde yaşayan ve aralarında akrabalık ilişkisi bulunmayan 50 AAA hastasında MEFV geni 10. ekzon majör nokta mutasyonları olan M694V, M694I, M680I ve V726A mutasyonlarının sıklığı ARMS ve PCR- RFLP yöntemleriyle incelendi ve mutasyonların belirlenmesinde kullanılan bu iki yöntem güvenilirlik, zaman ve ekonomik açıdan karşılaştırıldı. Çalışmaya alınan 50 hastanın bağımsız allellerinin %75'inde mutasyon bulundu ve hastalarımızın 12 farklı genotipe sahip oldukları gözlendi. Hastaların 31'inde (%62) her iki allelde de mutasyon saptandı. Aynı mutasyon yönünden homozigot mutant hasta sayısı 13 (%26), mutasyonların farklı kombinasyonlarını bir arada bulunduran (birleşik heterozigot) hasta sayısı 18 (%36), biri mutant diğeri bilinmeyen heterozigot hasta sayısı ise 13 (%26) olarak belirlendi. Altı hastada (%12) ise incelediğimiz mutasyonlardan herhangi biri saptanamadı. En sık görülen mutasyonlar sırasıyla M694V %43, M680I %20, V726A %9 ve M694I %3 olarak belirlendi. Mutasyonların araştırılmasında kullanılan ARMS ve PCR- RFLP yöntemlerinin her ikisinin de güvenilir oldukları, bununla birlikte ARMS yönteminin PCR-RFLP'ye göre daha hızlı, pratik ve ekonomik olduğu belirlendi. Anahtar sözcükler: Ailevi Akdeniz Ateşi, ARMS, MEFV, Mutasyon, PCR-RFLP

Ovaryum ve endometriyum kanserlerinde kromozom düzensizlikleri ve sık rastlanan p53 geni 7. ekzon mutasyonlarının taranması

ÖZET OVARYUM VE ENDOMETRIYUM KANSERLERİNDE KROMOZOM DÜZENSİZLİKLERİ ve SIK RASTLANAN P53 GENİ 7. EKZON MUTASYONLARININ TARANMASI* Organizmada tümör süpresör gen olarak bilinen p53 geni, hücre siklusunun kontrolünden sorumlu olan bir proteini kodlar. İnsan kanserlerinin yaklaşık %50 sinden p53 mutasyonlan sorumlu olduğundan malign insan kanserlerinin çoğunda p53 geni moleküler değişimlerin hedefi olmaktadır. Tüm kanser tipleri gibi, jinekolojik kanserlere de hücrelerin çoğalma, farklılaşma ve ölümlerini düzenleyen genlerde oluşan değişiklikler neden olmaktadır. Dolayısıyla p53'ün fonksiyon kaybı veya inaktivasyonuyla hücre proliferasyonunun kontrolü bozulacak, hücreler DNA hasan olsa bile canlı kalacak ve kontrolsuz çoğalmayı sürdürecektir.Toplam olarak 11 ekzon ve 393 tripletten oluşan p53 geninde nokta mutasy onlarının sıkça görüldüğü sıcak noktalar; 129-146, 171-179, 234-260 ve 270-287. tripletler arasında yoğunlaşmaktadır. Bu tripletler 5 ve 8. ekzonlar arasındaki bölgeyi içermektedir. Ovaryum ve endometriyum kanserlerinde görülen nokta mutasyonlan daha sık olarak 7. ekzonda (%46) ve özellikle 236 (%5.4), 238 (%5.4), 244 (%8.1), 248 (%19) ve 259 (%8.1) tripletlerinde yoğunlaşmaktadır. Tümörlerde moleküler değişiklikler olduğu gibi 3000-5000 kb'dan daha büyük bölgeleri etkileyen sitogenetik değişiklikler de mevcuttur. Birçok tümörde yüksek oranda kromozomal dengesizlik bulunmuştur. Çalışmamızda Ç.Ü. Tıp Fak. Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalına başvuran 23 hastanın ovaryum ve endometriyum karsinomlu dokusundan DNA 1ar izole edilerek, p53 geninin ovaryum ve endometriyal kanserlerde en sık mutasyona uğrayan 7. ekzonu PCR'la çoğaltıldı. p53 mutasyonlannı belirlemek amacıyla BspLUllI, Maeni, Ital, MspI ve Hinfl enzimleri kullanılarak RFLP (Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi) analizi uygulandı. Bunun yamsıra, kanserli ovaryum ve endometriyum dokularına ait örneklerden, primer hücre kültürü yapılarak metafaz alanları elde edildi ve kromozomlardaki değişiklikler sayısal ve yapısal yönden karakterize edildi. 12 endometriyum ve 11 ovaryum kanseri olgusuna ait PCR ürünlerinin BspLUllI enzimiyle kesimi sonucunda kodon 236'da 1; Ital enzimiyle kesimi sonucunda kodon 244'te 5 olguda heterozigotluk görüldü. MaelH, MspI ve Hinfl enzimleriyle kesim sonucunda kodon 238, 248 ve 259'da tüm olgularımızda herhangi bir mutasyon saptanmadı. Ovaryum gurubunda kodon 236'daki mutasyon, 11 olguda 1 (%9) oramnda bulundu. Kodon 244'teki mutasyon ise 11 olguda 5 (%45) oranında görüldü. Ovaryum gurubunda kodon 238, 248 ve 259'da; Endometriyum gurubunda ise çalışılan 5 kodonda da bilinen mutasyonlara rastlanmadı. XIIÇalışmamızda, ovaryum ve endometriyum kanseri sitogenetiğinde 3. kromozomdaki anomaliler birinci, 5. kromozomdaki anomaliler ikinci ve 1. kromozomdaki anomaliler üçüncü sırada yer aldı. Tümörigenez sürecinde ortaya çıkan primer değişimler olan ve o kanser tipi için tanısal öneme sahip marker olarak kullanılabilen klonal değişimler ovaryum kanseri olgularımızda; lq21, lq32, 3p25, 3qll, 5pl3, 5q31, 12pl0, 12ql2 ve 14ql3 bölgelerinde; endometriyum kanseri olgularımızda ise; lp21, lp22, lp32, lp36, lq21, lq31, lq32, 2pl3, 2qll, 2q21, 2q35, 3pl4, 3p21, 3p23, 3q21, 3q25, 4pl5, 4q21, 5pl5, 5q22, 5q31, 6q21, 7q21, 7q22, 9q22, 9q34, 10pl3, llpl5, llq23, llq24, 12pl2, 12pl3, 12ql3, 12q24, 13ql4, I3q22, 16pl3, 17pl2, 17q21, 21pl3, Xq26 ve Xq27 bölgelerinde gözlendi. Ayrıca kanser kırılma noktaları ve frajil bölgelerden lq21, lq32, 3p21, 7q22 ve llq23 bölgeleri ovaryum kanseri ve lp36, lq32, 2pl2, 3p21, 7q22, 9q34, llpl5, llq23, 12ql3, 14qll, 14q32, 16pl3 ve 21q22 bölgeleri de endometriyum kanseri olgularımızda gözlenmiştir. Bu kanser tipleri ile ilişkili aday genler araştırılırken bu bölgelere özel önem verilmesi gerektiği düşünülmektedir. Çalışmamızda ovaryum ve endometriyum kanserlerinde belirlenen kromozomal klonal değişimler, bu kanserlerin gelişiminde rol oynayan major genlerin kromozom lokalizasyonlarının araştırılmasında yol gösterici olabilecektir. Anahtar Sözcükler: Endometriyum kanseri, Kanser sitogenetiği, Mutasyon, Ovaryum kanseri, p53. XU1

Koroner ateroskleroz etiyolojisi ile koroner bypas olan hastalarda metilen tetrahidrofolat redüktaz gen polimorfizmlerinin araştırılması

ÖZET Koroner Ateroskleroz Etiyolojisi ile Koroner Bypas Olan Hastalarda Metilen Tetrahidrofolat Redfiktaz Gen Polimorfizmlerinin Araştırılması Metilen Tetrahidrofolat Redfiktaz (MTHFR) enzimi; 5,10 Metilen Tetrahidrofolat'ın 5 Metil Tetrahidrofolat'a dönüşümünü katalize eden bir enzimdir. MTHFR homosisteinin metilasyonu ve nükleotid biyosentezi gibi pek çok biyokimyasal yolda bulunan folat metabolizmasında rol oynar. MTHFR, DNA sentezi ve metilasyon reaksiyonları arasındaki dengeyi sağlar. Ayrıca bu enzim, kardiyovasküler hastalıklar için bir risk etmeni olan plazma homosistein seviyesini de etkilemektedir. MTHFR geni, lp36.3'dc haritalanmış bir gendir. İnsan MTHFR geninin cDNA'sı kısmi olarak 1994'te izole edilmiş ve cDNA sekansının yaklaşık 2.2 kilobaz (kb) büyüklüğünde olduğu ve 11 ekzon içerdiği saptanmıştır. Bu çalışmanın amacı koroner atheroskleroz hatahğı ile MTHFR 677 C- >T ve 1298 A- >C polimorfizmleri arasındaki ilişkiyi araştırmaktır. Bu amaçla polimorfizmlerin bulunduğu bölgeler Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile amplifiye edilmiştir. Polimorfizmler uygun restriksiyon enzimleri kullanılarak Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RFLP) yöntemi ile belirlenmiştir. Çalışmalar kontrollü olarak yürütülmüştür. Bu çabşmada MTHFR 677 C->T ve MTHFR 1298 A-+C polimorfizmleri ile koroner ateroskleroz hastalığı (677 C-»T için; p=0.240, 1298 A->C için; p=0.278), cinsiyet (677 C->T için; p=0.961, 1298 A->C için; p=0.980), tıkalı damar sayısı (677 C-*T için; p=0.181, 1298 A->C için; p=0.747) arasındaki farkın önemli olmadığı gözlenmiştir. Ayrıca, koroner ateroskleroz hastalığı ile sigara ve alkol tüketimi arasındaki farkın da anlamlı olmadığı bulunmuştur (sigara için; p=0.713, alkol için; p=0.429). Anahtar Sözcükler: Homosistein, Koroner ateroskleroz, Metilen tetrahidrofolat redfiktaz enzimi, Metilen tetrahidrofolat redfiktaz geni. XII

İlk trimester spontan düşüklerde fetal, maternal ve paternal sitogenetik incelemeler

ÖZET İlk Trimester Spontan Düşüklerde Fetal, Maternal ve Paternal Sitogenetik İncelemeler Bu çalışmada, tekrarlayan düşük olgularında sitogenetik faktörlerin rolü belirlenmeye çalışıldı. Bunun için 2 ve üzeri sayıda düşük öyküsü bulunan 31 annenin son düşüklerinden koryonik villus veya fötal doku örnekleri alınarak sitogenetik incelemeleri yapıldı. Bunun için uzun süreli doku kültür yöntemi kullanıldı. Buna paralel olarak incelenen olguların ebeveynlerinin de lenfosit kültürleri yapılarak karyotip analizleri gerçekleştirildi. Çalışmamızda %77.5 oranında kültür başarısı elde edildi. Olguların %58'inde anomali saptandı. Bu anomalilerin %66.6'sı sayısal ve %33.3'ü yapısal anomali şeklindedir. Sayısal anomalilerin %42'sini trizomiler, %33'ünü triploidiler ve % 25'ini monozomiler oluşturmaktadır. Tüm olgular bazında yapısal anomali oranı %19.3'tür. Çalışmamızda genel anne yaşı ortalaması 26.3±6.2'dir. Anne yaşı ortalaması normal ve anomalili olgularda sırasıyla, 27.8+6.5 ve 25.3±5.5 olarak hesaplandı. Anne yaşı ortalaması, trizomik olgularda 25.8 ve cinsiyet monozomilerinde 24 olarak bulundu. Tüm olguların düşük sayıları 2 ile 11 aralığındadır. Düşük sayılarının aritmetik ortalaması tüm olgularda 3.4+2.0; normal olgularda 3.8+2.2 ve anomalili olgularda 3.0+1.7 şeklindedir. Tüm olgularda düşük haftalarının (gestasyonel yaş) aritmetik ortalaması 9.5+3.5, normal olgularda 8.2+3.3 ve anomalili olgularda 10.5+.3.1 olarak hesaplandı. Çalışmamızda analizi yapılan 31 olgunun %45.2'si erkek ve %54.8'i kızdır. 14 erkek olgunun 10'unda (%71.4) anomali saptandı. Ayrıca, karyotip analizleri yapılan 31 çiftin 4'ünde kromozomal anomali saptandı. Anomali oranı çiftler bazında %13, bireyler bazında %6.5 olarak hesaplandı. Tüm bu bulgular, genel olarak literatür sonuçları ile uyumludur. Tüm bu veriler ışığında; elde ettiğimiz sonuçlar, düşük etiyolojisinin aydınlatılması ve düşük öyküsü olan anne adaylarının bir sonraki gebelikleri için yol gösterici olması açısından oldukça önemlidir. Anahtar sözcükler: Spontan düşük, Hücre kültürü, Kromozomal anomaliler, Sitogenetik analiz, Karyotipleme. vııı

Bakteriofaj T4 lizozim geninin (Gen e) plazmid vektörler ile klonlanması

ÖZET Bakteriofaj T4 Lizozim Geninin (Gen e) Plazmid Vektörler ile Klonlanması Lizozim (EC 3.2.1.17), prokaryotik hücre duvarlarının peptidoglikan heteropolimerlerinde bulunan N-asetil glukozamin (NAG) ve N-asetil muramik asit (NAM) arasındaki p-1,4 glikosidik bağlarının hidrolize olmasını katalizleyen bir enzimdir. Bu çalışmada, bakteriofaj T4 lizozim geninin (gen e) pUC18 ve pRS416 vektörlerini kullanarak Escherichia colFde klonlanması amaçlanmıştır. Gen e'nin T4 genomundan PCR ile amplifikasyonu için Bam HI tanıma dizisine sahip primerler dizayn edildi. Vektörlerin ve PCR ürününün Bam HI endonükleaz ile kesiminden sonra ligasyon reaksiyonu ile iki rekombinant plazmid oluşturuldu ve pUC18L ve pRS416L olarak isimlendirildi. Bu plazmidleri taşıyan rekombinant E. coli hücrelerinin gen e'yi eksprese ettiği ve lizozim E olarak adlandırılan aktif T4 lizozimini besi ortamına salgıladığı tespit edildi. Aynı zamanda lizozim E'yi üreten E. coli klonlarının L ve LB besi ortamlarında lize olmaksızın ürediği gözlendi. Fakat, kültüre alınan rekombinant bakteri hücrelerinin, non-iyonik su veya 10 mM'lık Tris pH 8.0 gibi osmatik dengeleyicilerin olmadığı hipotonik bir ortama alındıklarında ozmatik basınca dayanamayarak kolayca patladığı görüldü. Rekombinant E. co/fnin hücre duvarının, üretilen lizozim E'nin etkisi ile zayıflatılmış olabileceği fakat besi ortamındaki tuz konsantrasyonuyla oluşturulan ozmatik basıncın ise duvarı zarar görmüş hücreleri lize olmaktan korumuş olabileceği düşünülmektedir. Bu sonuçlar, gen e'yi taşıyan her hangi bir E. coli plazmid vektörü ile EDTA, lizozim ve SDS gibi hücre duvarı ve hücre zarını parçalayıcı ajanlar kullanmaksızın plazmid veya kromozomal DNA izolasyonunun kolaylaştırabileceğini göstermektedir. pRS416L bu amaca yönelik olarak geliştirilmiş bir prototip mekik vektördür. Anahtar Sözcükler: E. coli, T4 Lizozim geni, Klonlama, PCR, Plazmid vektörler IX

Nöropsikiyatrik ve zihinsel özürlü hastaların sitogenetik incelenmesi

ÖZET Nöropsikiyatrik ve Zihinsel Özürlü Hastaların Sitogenetik İncelenmesi Nöropsikiyatrik hastalıklar, genetik faktörlerle olumsuz çevre koşullarının birlikte rol oynadığı multifaktoriyel geçiş gösteren bir hastalık grubudur. Bu konuda aile, ikiz ve evlat edinme çalışmalarının yanısıra sitogenetik ve moleküler genetik çalışmaları da yapılmıştır. Bu tip hastalıklara sahip kişilerde, kromozom aberasyonlarının ve kromozomal frajil bölgelerin sıklığında artış olduğu bildirilmiştir. Bu çalışma, Adana Ruh ve Sinir Hastalıkları Hastanesinde şizofrenik bozukluk (134 hasta), bipolar bozukluk (17 hasta), diğer psikozlar (25 hasta), epilepsi (5 hasta) ve mental retardasyon (12 hasta) tanısı konulan 193 hastayı ve kontrol amaçlı sağlıklı 30 kişiyi kapsamaktadır. Çalışma grubumuzu oluşturan hasta ve normal bireylerin normal ve folattan yoksun iki ayrı besiyeri kullanılarak kromozom analizleri yapılmıştır. Sonuçlarımız hasta grubumuzda genetik dengesizlikte bir artışın olduğunu göstermiştir. Sayısal ve yapısal kromozom aberasyonlarının ve kromozomal frajil bölgelerinin insidansında kontrol grubuna oranla bir artışın bulunduğu saptanmıştır. Ayrıca cinsiyet ve yaşın frajilite frekansına etkisi de değerlendirilmiş, erkeklerde frajilite görülme sıklığının daha yüksek olduğu ve yaş faktörünün frajilite üzerine etkili olmadığı sonucuna varılmıştır. Çalışmamızda kromozomal anomaliler ile nöropsikiyatrik ve zihinsel özürlülük arasında bir ilişkinin bulunduğu saptanmış ve bu ilişki literatür bilgileri ile desteklenmiştir. Hasta grubumuzda frajil bölgelerin rastgele dağılmadığı, her hastalık grubu için belirli kromozom band bölgelerinde yoğunlaştığı ve bu band bölgelerinde aday genlerin yerleşmiş olabileceği ileri sürülmüştür. Buna dayanarak frajil bölgeler ile nöropsikiyatrik hastalıklar arasındaki potansiyel ilişki tartışılmıştır. Bu bulgularımızın nöropsikiyatrik hastalıkların etiyoloj isinde yer alan major genlerin kromozomal lokalizasyonunun araştırılmasında sitogenetik, moleküler ve populasyon genetiği çalışmalarına önemli katkılar sağlayacağı düşüncesindeyiz. Anahtar Sözcükler: Nöropsikiyatrik hastalıklar, Zihinsel özürlülük, Kromozom analizi, Frajil bölgeler, Kromozom aberasyonları. XI

Çukurova'da sivrisinek mücadelesinde kullanılan Bendiocarb'ın memelilere (sıçanlara) etkisi

ÖZET Bu çalışmada, karbamatlı bir insektisit olan Bendiocarb ' m laboratuvar koşullarında dermal ve oral olarak bir memeli türü olan sıçanların serum ve tam kan ChE aktivitesi üzerindeki inhibisyon etkisi incelendi. Bunun için püskürtme dozu ve dermal LDsa dozu gözönüne alınarak hazırlanan artan bendiocarb (%80 W.P.) konsantrasyon larının serum ChE aktivitesi üzerindeki inhibisyon etkisi incelenmiştir. Ayrıca 2,5 mg/kg ve 5 mg/kg dozlarının oral yolla verilmesi sonucu tam kan ve serum ChE 'inin inhibisyonu ve teknik bendiocarb 'm aynı dermal ve oral dozlarının in vitro koşullarda serum ChE aktivitesi üzerindeki inhibisyonu araştırılmıştır. Dermal, oral in vitro ve in vivo çalışmalarımızda artan bendiocarb konsantrasyonları ile enzim aktivitesi değerleri arasında negatif bir ilişki olduğu ve bendiocarb ' m (%8Q W.P.) püskürtme dozunun dermal olarak bir kez alınmasının memelilerde önemli bir etki göstermemekle birlikte kümülatif bir etki görüldüğü saptandı. Halbuki teknik bendiocarb' m aynı dermal dozları kullanılarak yaptığımız in vitro çalışmalar sonucu ChE inhibisyonunun oldukça yüksek bir biçimde olduğu görüldü. Bendiocarb' m (%80 W.P.) 2.5 mg/kg ve 5 mg/kg oral dozlarının sıçanların tam kan ve serum ChE aktivitesini en fazla 1. ve 3. günlerde herbir dozdan 10 dk. sonra ve doza bağlı şiddette inhibe ettili ve bendiocarb ' m inhibitor etkisine karşı tam kan ChE 'inin plazma ChE 'ma göre daha hassas olduğu bulundu. Teknik Bendiocarb ' m 2.5 mg/kg, 5 mg/kg ve 10 mg/kg oral dozları kullanılarak yaptığımız in vitro çalışmalar sonucu ChE inhibisyo nunun oldukça yüksek bir biçimde olduğu saptandı. Bendiocarb' m (%80 W.P.) çalışmamızda uygulanan dermal ve oral dozlarının sıçanların beslenme durumu ve vücut ağırlığına bir etkisi olmadığı bulundu. VII

Sıtma vektörü anopholes sacharovi erginlerinde ATPaz aktivitesi ve sivrisinek mücadelesinde kullanılan Pirimiphos Methyl'in bu aktiviteye etkisi

Viral hastalıkların insan kromozomlarında yaptığı hasarların "sister chromatid exchange" (SCE) testi ile araştırılması

. H- ÖZET VE SONUÇLAR Araştırmamızda 49 Hepatitli hasta ve 11 takip olgusunda viral hepatitin kromozomlara etkisi SCE testi ile araştırıldı. Bu gruplardan alınan ortalama SCE değerleri 39 çocuktan oluşan kontrol grubu ile karşılaştırılarak değerlendirildi. Tüm gruplardaki olgularda toplam 113850 kromozom sayıldı. Hasta grubu, kontrol grubu ve takip grubu olguları SCE sıklıkları yönünden karşılaştırıldı ve aşağıdaki sonuçlar elde edildi. 1. Bütün bu olgularda SCE sıklığı kromozomların büyüklüğü ile doğru orantılı olarak, arttığı gözlendi, özellikle A,B,C grubu kromozomlarda diğerlerine oranla yüksek SCE bulundu. 2. Hasta grubunda 1225 metafaz plağı araştırılarak metafaz başına düşen ortalama SCE değeri 9.53±0.120 olarak saptandı. 3. Kontrol grubunda toplam 975 metafaz plağı incelenerek metafaz başına düşen ortalama SCE değeri 6.09±0.42 olarak bulundu. 4. Takip grubunda toplam 275 metafaz plağı incelenerek metafaz başına düşen ortalama SCE değeri 6.33±0.116 olarak belirlendi. 5. Hasta grubu ortalama SCE değeri ile kontrol grubu ortalama SCE değeri karşılaştırıldığında farkın önemli olduğu bulundu (P<0.05). 6. Hasta grubu ortalama SCE değeri ile takip grubu ortalama SCE değerleri yönünden karşılaştırıldığında farkın önemli olduğu görüldü (P<0.05). 7. Kontrol grubu ortalama SCE değerleri ile takip grubu ortalama SCE değerleri yönünden karşılaştırıldığında farkın önemsiz olduğu saptandı (P>0.05). 8. Cinsiyetin SCE sıklığına etki etmediği tesbit edildi. 9. Yaşın SCE sıklığına etki etmediği bulundu. lO.Mitotik ve Replikasyon indexin hasta grubunda yüksek oysaki kontrol ve takip grubunda düşük olduğu saptandı. Kontrol ile takip grubu arasında fark görülmedi. 11. Hastada yükselen SCE, iyileşme döneminde onarım mekanizmasının çalışmasıyla düştü. 44

Çukurova bölgesindeki sivrisineklerde gelişen fizyolojik insektisit direncinin incelenmesi

Türkiye'de ve özellikle Adana bölgesinde 1957 yılından itibaren halk sağlığı ve tarımsal mücadele amacıyla vektör ve zararlı türlere karşı yoğun bir şekilde farklı gruplardan insektisitler kullanılmıştır. İnsan sıtma hastalığının vektörü olan An. sacharovi ve benzer böceklerde insektisitlere karşı gelişen direnci tespit etmek için günümüzde uygulanan hassasiyet testleri başarılı bir şekilde kullanılmaktadır. Fakat bu yöntem ile fizyolojik direnç konusunda detaylı bilgi alınamadığı için biyokimyasal ve genetik temele dayanan alternatif yöntemler geliştirilmiştir. Bu çalışmanın ilk aşamasında; farklı sezonlarda insektisit uygulamalarının yoğun olduğu Tabaklar, Herekli köyleri ile nispeten az insektisit kullanılan Menekşe köyü ile hiçbir insektisit baskısı altında bulunmayan ve tüm yıl boyunca aktif olan Laboratuvar Kolonisine ait An. sacharovi ergin dişileri de arazi örnekleriyle kıyaslanması amacıyla teste maruz bırakıldılar. Hassasiyet testlerinde; DDT %4, Malathion %5, Propoxur %1, Deltamethrin %0.025 ve Permethrin %0.25 insektisitlerinin letal dozları kullanılarak örnekler hassas ve dirençli olarak gruplandırıldı. Çalışmanın ikinci aşamasında üç enzim çalışılmış olup, bunlar; Organofosfat ve Karbamat insektisit direncinde hedef yapı olan Asetilkolin Esteraz (AchE) enzimi ile Organoklor ve Pyrethroid insektisitlerin etkisizleştirilmesinde çok büyük rolü olan Glutatyon S-Transferaz (GST) ve tüm insektisit gruplarının etkisizleştirilmesinde rolü olan non-spesifik Genel Esteraz enzimleri çalışıldı. Hassasiyet test sonuçlarına göre yaptığımız gruplandırma ile aynı örneklerde 3 enzim için ölçtüğümüz aktivite oranları arasında uyumun nasıl olduğunun anlaşılması için yaptığımız diskriminant analizinde; AchE enzimi için %76.6, GST az enzimi için % 74.1 ve Genel Esteraz enzimi için de %62.2 gibi oldukça yüksek bir uyumluluk tespit edildi. IXHer üç enzim için de saptadığımız aktivitelerin, dirençlilerde hassaslardan anlamlı derecede daha yüksek olmasının yanında gonoaktif döneme ait enzim aktiviteleriinin de yağlanmış sezondan anlamlı derecede daha yüksek olduğu bulundu. Ayrıca çok yoğun insektisit kullanılan lokalitelere ait AchE, GST ve Genel Esteraz enzim aktivitelerinin, nispeten az ve hiç insektisit kullanılmayan lokalitelere nazaran daha yüksek aktivite gösterdikleri bulundu. Anahtar Kelimeler : An.sacharovi, İnsektisitler, Direnç enzimleri, Hassasiyet testleri. x

Fare Lizozim ve İnterlökin-2 Genlerinin Klonlanması ve Malign Melanomada Anti-tümöral DNA Aşısı Olarak Kullanılması

ABSTRACTCloning of Mouse Lysozyme and Interleukin-2 Genes and Using asAnti-tumoral DNA Vaccine in Malign MelanomaAli İrfan GÜZELImmunocompetent hosts can potentially recognize malignancies andimpede their proliferation by killing them. However, any failure of the immunesystem due to the lack of tumor immunogenicity or a tumor inducedimmunosuppressive environment causes malignant cells to escape from theimmune detection. One goal of tumor immunotherapy is to manipulate the hostimmune response to the malignancies to allow for the recognition andelimination of them.The aim of this study is to clone mouse interleukin-2 (IL-2) and lysozymegenes to pHM6 mammalian expression vector and use them in B-16V melanomacells for the purpose of immunotherapy. In different studies made previously, IL-2 has been used both in the form of DNA vaccine and peptide, but lysozyme onlyin the peptide form. The lysozyme, known to have anti-tumoral andimmunomodulatory as well as antibacterial activities was investigated first timehere in the form of DNA vaccine.For this purpose, four experiments were made to evaluate the anti-tumorigenic effects of lysozyme and interleukin-2 genes when used in vaccineform. 1) Plasmids combined with mouse IL-2 and lysozyme genes (pHM6mIL-2and pHM6mLys) were injected in the form of DNA - liposome complex into thetumor mass formed by the injection of B-16V melanoma cells into mice (inbredC57BL/6) subcutaneously. 2) Recombinant plasmids were injected into micesubcutaneously two days before the injection of B-16V cells to the same site. 3)B-16V tumor cells transfected with recombinant plasmids (B-16VpHM6mIL-2 andB-16VpHM6mLys) were injected subcutaneously to the mice. 4) Tumor free miceof the assay 3 were challenged with B-16V melanoma cells.Overall 277 mice were used in 15 groups of four experiments. The resultsof experiments 1 and 2 showed that the injection of recombinant plasmidscarrying IL-2 and lysozyme genes either before or later the tumor developmentdid not significantly retard the progress. However, in experiment 3, the micewere remained tumor free in a ratio of %32 for B-16VpHM6mIL-2, %51.7 for B-16VpHM6mLys and %49.2 for B-16VpHM6mLys + B-16VpHM6mIL-2. There was notumor development in the mice living after experiment 3 treatments when B-16cells were re-injected (experiment 4) indicated that a protective immunity wasarisen. These results had showed that, lysozyme can also be used in the tumorimmunotherapy if it be secreted in tumor cells in a high level through an agentsuch as plasmid DNA.Key Words: B-16V, C57BL/6, DNA Vaccine, IL-2, Lysozyme, pHM6 plasmid vector,Tumor immunotherapy

Meme kanserli hastalarda CYP19 geni kodon 39 trp/arg polimorfizminin ve genotip dağılımının araştırılması

Meme kanseri, meme hücrelerinin anormal çoğalma gösterdikleri genetik bir hastalıktır. Meme kanseri için risk faktörlerinin çoğu östrojen seviyesindeki artışa ya da östrojene uzun süre maruz kalma ile ilişkilidir. Östrojen biyosentezinde ve östrojenin metabolitlerine ve ürünlerine dönüşümünde rol alan polimorfik genler, sporadik meme kanseri gelişiminde önemli rol oynamaktadırlar. 15q21.2'de lokalize olmuş CYP19 geni, östrojen biyosentezinde önemli rolü olan, androjenlerin östrojenlere dönüşümünü katalizleyen, aromataz enzimini kodlar. Bu gendeki herhangi bir genetik değişiklik, aromataz aktivitesinde ve östrojen seviyesinde değişikliğe yol açabilir. CYP19 geninde meme kanseriyle ilişkili olduğu düşünülen pek çok polimorfizm araştırılmaktadır. Bu çalışma meme kanseri riski ile CYP19 geni Kodon 39 Trp/Arg polimorfizmi arasındaki ilişkiyi araştırmak üzere planlanmıştır. Çalışmamızda meme kanseri tanısı konularak ameliyat edilmiş olan hastalar deney grubunu, kanser tanısı almamış olanlar kontrol grubunu oluşturmuştur. Bu kişilerin kanlarından DNA izole edildikten sonra bir çifti C (Arg) alleli için diğer çifti T (Trp) alleli için olmak üzere 2 çift primer ile PCR gerçekleştirilmiş ve genotipleme yapılmıştır. Japon kadınlarda yapılan çalışmada varyant Arg allelinin homozigot ve heterozigot taşıyıcılarının özellikle premenapozal kadınlar arasında önemli oranda artmış meme kanseri riski sergiledikleri bildirilmiştir. Ancak çalışmamızda hem kontrol grubunda hem de hasta grubunda ve özellikle aile öyküsü olan hastalarda da TT genotipi gözlenmektedir.

Akciğer kanserli hastalarda gözlenen kromozomal düzensizlikler ile hücre ölüm reseptörü-4 genindeki polimorfizmlerin incelenmesi

Akciğer Kanseri (AK), genel ölüm nedenleri arasında kalp hastalıklarından sonra gelen ve kanser ölümlerinin %28'ini oluşturan multifaktoriyal bir hastalıktır. Hastalık, yaşla artmakla beraber, en sık 50-70'li yaşlarda kendini göstermektedir. Temel neden sigara kullanımı olup, sigara dumanına maruziyet, radon, mesleki nedenler, diyet, kronik akciğer hastalıkları, hava kirliliği, cinsiyet ve genetik faktörler de hastalığın gelişiminde etkendir. Bugüne kadar, AK'nden sorumlu herhangi bir gen veya kromozom bölgesi tanımlanmamıştır. Ancak, tümör oluşumlarında sayısız kromozom düzensizliklerinin meydana geldiği bilinmektedir.Canlılarda hücre ölüm reseptörü-4 (DR4) olarak isimlendirilen transmembran bir reseptör aracılığı ile hücresel ölümün gerçekleştiği bilinmektedir. Sekizinci kromozomun p21-22 bölgesinde yerleşik olup çeşitli kanser türlerinde bu bölgenin allelik kayıplarının olduğu bildirilmiştir. Bu reseptörü kodlayan gende meydana gelen herhangi bir anomali, hücre sinyalizasyonunu etkileyerek hücre ölümünün gerçekleşememesi ve dolayısıyla kanserleşme ile sonuçlanır. Bu gendeki dört ayrı polimorfizimin (G422A, C626G, A683C ve A1322G) AK ve diğer kanserlerin gelişiminde etkili olduğu gibi kemoterapötik ilaçlarla birlikte hastalığın tedavi şeklinin belirlenmesinde de etkilidir.Çalışmamızda; Ç.Ü. Göğüs Hastalıkları Polikliniğinde AK ön tanısı ile gelen 60 hasta birey ile sigara kullanan ancak herhangi bir akciğer rahatsızlığı geçirmemiş 30 sağlıklı birey hem sitogenetik hem de DR4 gen polimorfizmleri açısından tarandı. Sitogenetik çalışmalarda standart prosedürler uygulanmış olup, DR4 gen polimorfizmlerin belirlenmesinde PCR-RFLP ve PCR-ARMS tekniklerinden faydalanıldı. Gerektiği yerde dizi analizine başvuruldu.Çalışmamızda; doku ve kan sitogenetiğinde 1p36, 1q23, 1p33, 1q11, 1q31, 3p, 7p, 7q22, 9p, 9q, 10p, 10q22, 10q24, 11p12-13, 11q21, 11q23, 12q13, 12q15, 12q24 ve Xq26 kromozomal bölgeleri AK'nde önemli kritik bölgeler olarak kaydedildi. Bunun yanı sıra hem cinsiyet hem de otozomal kromozom anöploidileri de sık rastalanan anomaliler şeklinde bulundu. Bu nedenle, AK'nden sorumlu genleri araştırırken bu kromozomal bölgeler ile cinsiyet kromozomlarının araştırılması gerektiği düşünülmektedir.Hasta ve kontrol grubunun DR4 gen polimorfizmlerine baktığımızda, her iki grubun G422A ve C626G değişimlerini büyük oranda heterozigot olarak taşıdığı belirlendi (Sırasıyla her iki bölge için %56,7 ve %40). A683C ve A1322G açısından ise her iki grubun, her iki bölge için yüksek oranda AA genotipini taşıdığı saptandı (sırasıyla A683C için %68,3 ve %70; A1322G için %88,3 ve %80). Her dört bölge için hasta-kontrol karşılaştırılması yapıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir sonuç elde edilemedi (p>0,05). Ancak ekzon 5'in A683C bölgesinde CC genotipinin ve ekzon 10'un A1322G bölgesinde GG genotipinin önemli olabileceği, normal TRAIL sinyalizasyonu oluşturarak TRAIL dirençliliği oluşturmadığı ve AK tedavisinde kemoterapötik ilaçlarla birlikte TRAIL'in tedavideki etkisini arttırdığı söylenebilir. Bu nedenle daha fazla hasta ve diğer ekzon bölgelerin çalışılması gerektiği düşünülmektedir.

Antisosyal kişilik bozukluğu olan ve agresif davranış sergileyen erkek bireylerde Y kromozomu düzensizliklerinin araştırılması

Cinsiyet kromozom anormalliklerinin psikozlarla ilişkisi olduğu bilinmektedir. XYY kromozomları olan erkek bireyler fenotipik olarak uzun boylu, güçlü kas yapılı ve normal bir zekaya sahiptirler. Bu erkeklerin çoğunluğu fenotipik olarak normal olmasına rağmen değişken derecede klinik özellikler gösterebilir. Fakat bu kimselerin, anormal kromozom bileşimleriyle davranış biçimleri arasındaki bağlantı tam olarak da çözümlenebilmiş değildir.Bu çalışmada; antisosyal kişilik bozukluğu olan ve agresif davranış sergileyen erkek bireylerde Y kromozomu düzensizliklerinin araştırılmasının yanında bu olgular üzerindeki sitogenetik faktörlerin rölü belirlenmeye çalışıldı. Bunun için Dr. Ekrem Tok, Adana Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Hastanesinde ve Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Psikiyatri Servisinde tedavi altında olan toplam 132 erkek bireyin ve kontrol amaçlı sağlıklı 60 bireyin kan örnekleri alınarak sitogenetik incelemeleri yapıldı.Bunlara ek olarak; Y kromozomundaki sayısal ve yapısal düzensizlik bulunan olguların genetik danışmanlık sürecini de kapsayan, uygun sosyo-psikolojik bir yol izleyerek klinik takip ve tanı süreci ile topluma kazandırılmasında sağlık personeline yardımcı olunması amaçlamaktayız.Anahtar sözcükler: Agresyon, Antisosyal kişilik bozukluğu, Kromozomal anomaliler, Sitogenetik analiz, XYY sendromu

Nöroblastoma hastalarında kromozom düzensizlikleri, MYCN ve AURKA gen değişiklerinin incelenmesi

Nöroblastoma (NB), sempatik sinir sisteminin öncül hücrelerinden kaynaklanan bir embriyonel tümördür. NB hastalığının oluşumunda, birçok kromozom düzensizliği ve MYCN geninin etkili olduğu bilinmektedir. Ayrıca, AURKA geninin MYCN geni üzerinde etkili olduğu da ileri sürülmektedir. Bu nedenle, çalışmamızda NBnin etiyolojisinde etkili olduğu düşünülen bu genetik değişikliklerinin incelenmesi amaçlandı.Çalışmamız, Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Pediatrik Onkoloji Polikliniğine NB ön tanısı ile başvuran 25 hasta ile bu hastalara yaş ve cinsiyet açısından uygun olan sağlıklı ve ailesinde kanser öyküsü olmayan 25 kontrol grubu sitogenetik açıdan incelendi. Hasta grubundan, 9 hastanın (%36) parafin dokusunda MYCN ve AURKA gen değişiklikleri FISH tekniği ile araştırıldı. Hasta ve kontrol grubunun kan dokusundaki kromozom düzensizlikleri standart sitogenetik prosedürler uygulanarak incelendi.Çalışmamızda, 25 hastanın 21'nün (%84) kan dokusunda kromozom düzensizlikleri bulundu. Hasta grubunda, hücrelerin %18,4'ünde ve kontrol grubunda hücrelerin %2,6'sında kromozom düzensizliği tespit edildi. Hasta ve kontrol grubu arasındaki bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0,0001). Hasta grubunda bu düzensizliklerin %72'si yapısal ve %28'i sayısal olduğu rapor edildi. Bu yapısal düzensizliklerden; 1q21, 1q32, 2p24, 2q21, 2q31, 4q31, 9q11, 9q22, 13q14, 14q11, 14q24 ve 15q22 kromozomal bölgelerinin NBda önemli kritik bölgeler olduğu kaydedildi. Diğer çalışmalarda da bu bölgelerin çoğunun NB etiyolojisinde yer alan onkogen ve protoonkogenlerinin bulunduğu sıcak noktalar olduğu bildirilmiştir. Parafin dokuları çalışılan 9 hastanın, 6'sında (%66,7) MYCN ve AURKA gen amplifikasyonları ve bunların sadece evre 4 hastalarına (%85.7) ait olduğu bulundu. Elde edilen bu oranların literatür bilgileri ile uyumlu olduğu saptandı.Sonuç olarak çalışmamızda; kromozomal düzensizliklerinin NB etiyolojisinde önemli olduğu; 1q21, 1q32, 2p24, 2q21, 2q31, 4q31, 9q11, 9q22, 13q14, 14q11, 14q24 ve 15q22 kromozom bölgelerinin hastalığın tanısında ve prognozunda önemli ve hastalıkla ilişkili genlerin araştırılmasında hedef noktalar olabileceği ileri sürülebilir. Bununla birlikte, MYCN ve AURKA gen amplifikasyon artışı ile hastalığın ileri evreleri (3,4) arasında paralel bir ilişki bulunduğundan, bu amplifikasyon değerleri hastalığın tanısı ve prognozunda kriter olarak alınabilir.Anahtar kelimeler: Kromozom, Gen, Kromozom Düzensizlikleri, AURKA, MYCN

Frajil X sendromu ön tanısı alan çocuklarda sitogenetik değişiklikler ve FMR 1 geni trinükleotid tekrar sayılarının araştırılması

Bu çalışmada; FXS ön tanısı ile gelen çocuklarda sitogenetik ve moleküler analizler ile hastalık oranını tayin etmek ve her iki analiz arasındaki uyumu göstermek amaçlandı.

Streptokok enfeksiyonu ile ilişkili pediatrik otoimmün nöropsikiyatrik hastalıkta (Pandas MHC haplotiplerinin araştırılması

Streptokok enfeksiyonlarına bağlı gelişen pediatrik otoimmün nöropsikiyatrik hastalıklar olarak da tanımlanan PANDAS yeni tanımlanmış bir hastalıktır. Çocukluk çağında, özellikle 4-12 yaşları arasında, A grubu Beta hemolitik Streptokok enfeksiyonu sonrasında gelişen otoimmünite mekanizması ile meydana gelir. Streptokokların hücre duvarında antijenik özellikte M, T, R proteinleri bulunur. Bunlardan M proteini Piyojen streptokokların en önemli virülans faktörüdür. İmmün sistemde M grubu antijenlere karşı duyarlı olan B lenfositler ilk aşamada bunları yok ederler. Duyarlı hale gelmiş T ve B lenfosit hücrelerinden bazıları kan-beyin bariyerini aşarak; moleküler mimikri ile, duyarlı konağın bazal gangliyasındaki nöron hücre membranında bulunan epitoplara çapraz reaksiyon vererek bağlanır ve davranış ve hareketlerle ilgili anormalliklerin ortaya çıkmasına neden olur. İmmünolojik reaksiyonların direk olarak tetiklediği ve/vaya önemli bir faktör olarak rol oynadığı; PANDAS, gibi nöropsikiyatrik bozuklardan dolayı dikkatler immünoloji alanına odaklanmıştır. Doku antijenlerine moleküler yapı benzerliği gösteren ekzojen kaynaklı antijenik yapıların moleküler mimikri mekanizmasıyla, genetik temele dayanan oto antikor senteziyle veya immün cevabın düzenlenmesinde; MHC sisteminin (Büyük Doku Uygunluk Kompleksi) belirli haplotiplerinin hedef doku ve organlarda otoimmün reaksiyonları tetiklemesi sonucunda apopitoz mekanizmasıyla hedef doku ve organlarda fonksiyon kayıplarının nedeni olabileceği gösterilmiştir. Çalışmamızda PANDAS'lı olan bireylerin, MHC haplotiplerinin belirlenmesi ve HLA haplotipleri arasındaki ilişkileri incelenmiştir.Anahtar Sözcükler: PANDAS, OKB, İmmün Sistem, HLA, MHC Antijenleri.