Proteomiks çalışmalarında fosfopeptitlerin spesifik olarak zenginleştirilmesi ve kütle spektrometrisi ile tayini için polikatyonik malzemelerin geliştirilmesi

Fosforilasyon canlı organizmaların hücre döngüleri içerisinde proteinler için en çok karşılaşılan translasyon sonrası modifikasyondur (post-translational modification, PTM) ve kinaz sinyal yollarıyla düzenlenmektedir. Bu sinyal döngüsü esnasında meydana gelen sorunlar genellikle kanser, diyabet, kronik iltihaplı veya nörodejeneratif hastalıklarla ilişkilendirilmektedir. Bu nedenle, fosforilasyonları tanımlayarak hücre içerisindeki kinaz aktivitesini izlemek amacıyla farklı analitik yaklaşımlar geliştirilmiştir. Fosforilasyonun tanımlanması bu hastalıkların ardında yatan nedenlerin anlaşılması ve tedavi edici yaklaşımların ortaya koyulabilmesi açısından büyük yarar sağlamaktadır. Protein fosforilasyonlarının tanımlanması amacıyla genellikle kütle spektrometrisi kullanılmaktadır. Kütle spektrometrisinin birçok avantajına rağmen, ortamda bulunan bol miktardaki fosfatlanmamış peptitlerin varlığında, fosfopeptitlerin tayin edilmesi oldukça zordur. Ayrıca kütle spektrometrik şartlarda fosfopeptitlerin iyonlaşma etkinlikleri, yapılarında bulunan fosfat gruplarının baskınlığı nedeniyle, fosforilasyona uğramamış emsallerine göre oldukça düşüktür. Bu nedenle, fosfoproteomik verilerin başarılı bir şekilde değerlendirilebilmesi için kütle spektrometrik analizler öncesinde fosfopeptitlerin, içinde bulundukları karmaşık ortamdan alınarak saflaştırılmaları amacıyla yüksek seçiciliğe sahip zenginleştirme metotlarının geliştirilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, kolay ve ucuz bir yöntem ile polimerik malzemeler sentezlenmiş, bu polimerik malzemelerin MALDI-MS uygulamalarında kullanılabilecek yüksek seçiciliğe ve etkinliğe sahip olup olmadıkları ve fosfopeptit zenginleştirme uygulamalarındaki performansları incelenmiştir.