Rotavirusun 0-5 yaş arası çocuklarda polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile serotiplendirilmesi ve poliakrilamid jel elektroforezi ile elektroferotiplendirilmesi

Rotavirus tüm dünyada 0-5 yaş arası çocuklarda akut gastroenteritin en önemli etkenidir. Bu çalışmada hastanemize başvuran akut gastroenteritli 0-5 yaş arasındaki çocuklarda rotavirus enfeksiyonlarının prevalansının belirlenmesi ve bölgemizde yaygın olan rotavirus serotip ve elektroferotiplerin saptanması amaçlanmıştır.Çalışma Nisan 2009 ile Şubat 2010 tarihleri arasında gastroenterit ile hastanemize başvuran 0-5 yaş arasındaki 251 hastanın gaita örnekleri ile gerçekleştirilmiştir. Antijen pozitifliği ELISA ile saptanmış ve pozitif örneklerden fenol-kloroform-izoamil-alkol methodu ile dsRNA'lar izole edilmiştir. İzolatlar PAGE ile elektroferotiplendirilmiştir. Rotavirus G ve P serotipleri RT-PZR ve Nested PZR ile belirlenmiştir.Çalışmaya alınan örneklerin 53'ü (%21.1) ELISA pozitif bulunmuştur. Bunların 31'inde (%58.5) G tipleri ve 24'ünde (%45.3) P tipleri saptanmıştır. Çalışmamızda G tiplerini G1(%16.1), G2(%12.9), G3(%38.7), G4(%25.8) ve G9 (%6.5) serotipleri, P tiplerini de P[8]( %87.5), P[6] (%8.3) ve P[9] (%4.2) serotipleri oluşturmuştur. Rotavirus G/P(%34) kombinasyonlarından en sık G3P[8] serotipi (%38.9) saptanmıştır. Dört farklı elektroferotip gözlenmiş ve E (%43.4) tipi sıklığı; E1(%43.5), E2(%43.5), E3(%4.3) ve E5(%8.7) olarak saptanmıştır.Çalışmamızın sonucunda, bölgemizde G1-4 ve G9 tiplerinin yaygınlını koruduğu, ancak belirgin şekilde G1'den G3 ve G4'e geçiş olduğu ve G9'un azaldığı gözlenmiştir. Daha önce yaygın görülen G1P[8]`in yerini G3P[8]'in aldığı saptanmıştır. Önceki çalışmalarda tüm E tipleri görülebilmesine rağmen çalışmamızda 4 E tipi tespit edilmiştir. Globalleşmenin bir sonucu olarak önceki dönemlerde rastlanan sıklıklarda sapmalar olduğu gösterilmiştir.Anahtar Sözcükler: Rotavirus, Serotip, PAGE, Elektroferotip