SERPINA1 geninde alfa-1 antitripsin eksikliğine (A1ATD) neden olan allellerin ARMS tekniği ile genotiplenmesi

Alfa-1-antitripsin eksikliği (AATD), SERPINA1 olarak adlandırılan gendeki mutasyonlardan kaynaklı serumda normal sınırlardan düşük AAT seviyeleriyle karakterize otozomal ko-dominant bir hastalıktır. AAT hepatositlerde üretilerek kana salınır ve primer görevi vücudu nötrofil elastaz aktivitesinden korumaktır (antiproteaz). Serum AAT seviyesindeki eksiklik, nötrofil elastaz ve diğer proteolitik enzimlerin akciğer dokusunda hasar oluşturmasına ve buna bağlı olarak da amfizem, kronik bronşit, kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), bronşektazi ve astım gibi hastalıklara neden olabilmektedir. SERPINA1 geninde bugüne kadar 100'den fazla farklı mutasyon tanımlanmıştır. Bunlar arasında hastalıkla ilişkili en yaygın varyantlar S ve Z allelleri olarak belirlenmiştir. Normal AAT proteaz inhibitörü (PI) 'M' harfi ile gösterilmektedir. Varyantların tespitinde immünoassay yöntemler, izoelektrik odaklama (IEF) ve moleküler genotipleme (PCR ve PCR-RFLP) gibi yöntemler kullanılmaktadır. Amplifikasyon-refrakter mutasyon sistemi (ARMS), tek baz değişiklikleri veya küçük delesyonlar içeren herhangi bir mutasyonu tespit etmek için basit, hızlı ve güvenilir bir yöntemdir. Literatüre bakıldığında KOAH ve Amfizemli hastalarda ARMS metodu kullanılarak yapılmış bir genotipleme çalışması mevcut değildir. Planlan bu çalışmada ARMS-PCR yöntemiyle hastalıkla en sık ilişkili olan 'S' ve 'Z' varyantları ile bunların normal allellerinin genotiplenmesi amaçlanmıştır. KOAH ve amfizem tanısı konmuş hasta grubu (53 kişi) ile kontrol grubundan (33 kişi) periferik kan alınıp DNA'ları izole edilmiş ve tasarlanan özgün primer dizileri ile de PCR amplifikasyonları yapılmıştır. ARMS-PCR sonuçlarını doğrulamak amacıyla da tüm örneklerin ilgili bölgelerinin dizi analizi yapılmıştır. Sonuç olarak; bu yöntem ile Normal allel ve 'S' varyantı belirlenebilmiş ancak üç farklı primer kullanılmasına rağmen 'Z' varyantı ve normal alleli özgün olarak belirlenememiştir.