Mutation analysis of the TERT gene in ovarian cancer patients of turkish population by next generation sequencing method

Yumurtalık kanseri, ülkemizde rahim ağzı ve rahim kanserinden sonra en sık görülen jinekolojik kanserdir. Hastalığın sıklığı, farklı ırk ve etnik gruplar arasında değişiklik göstermekle birlikte, gelişmiş ülkelerde, gelişmekte olan ülkelere göre daha yüksektir. Her yaştan kadını etkiler. Kötü huylu yumurtalık tümörlerinin büyük çoğunluğunu Epitelyal tümörler oluşturur. Çeşitli risk faktörlerinin yumurtalık kanseri riskinin artmasıyla ilişkili olduğu bilinmektedir. Bu risk faktörleri arasında özellikle genetik faktörler yumurtalık kanseri gelişme riskinin artmasından sorumludur. Mutasyon genetik materyaldeki kalıtsal değişikliklerdir ve kansere neden olabildiği için önemlidir. TERT, ATRX, MGMT, IDH genlerindeki mutasyonların birçoğu, birden çok kanser türü riski ile ilişkilendirilmektedir. Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı, yumurtalık kanseri dahil olmak üzere kanser çalışmalarında kullanılarak, mevcut mutasyonların tanımlanmasının yanında, yeni keşiflerin de yapılmasını kolaylaştırmaktadır. Çalışmamızda Yeditepe Üniversitesi hastanesinde Over kanseri tanısı almış, demografik açıdan özdeş niteliklere sahip 18 – 76 yaş arası 33 kadın hasta dahil edilmiştir. Hastalardan rızaları dahilinde toplanan kan örneklerinden DNA izolasyonu yapılıp, Yeni Nesil Dizileme yöntemi kullanılarak IDH1, IDH2, TERT, MGMT ve ATRX genlerindeki anlamlı ve anlamsız mutasyonlar tespit edilmiştir. Biyoinformatik analiz çalışması Illumina Data Analysis Program ile gerçekleştirilmiştir. Toplam 33 hastanın 24'nde TERT genine ait 7 farklı varyant gözlenmiştir. Mutasyonlar hem ekzonik hem de intronik bölgelerde görülmüştür. Çalışmamızda TERT geninde, 7 hastada heterozigot ve 1 hastada homozigot c.2850-3039C>T; (p.H950H, p.H1013H) mutasyonu, 2 hastada heterozigot c.2517G>A; (p.T839T) mutasyonu, 1 hastada heterozigot, c.2031C>T; (p.G677G) mutasyonu, 3 hastada heterozigot c.835G>A (p.A279T) mutasyonu, 1 hastada heterozigot c.1392C>T; (p.F464F) mutasyonu, 1 hastada heterozigot c.2995-3184G>A; (p.A1062T, p.A999T) mutasyonu, 16 hastada heterozigot ve 3 hastada homozigot c.915G>A; (p.A305A) mutasyonları tespit edilmiştir. Çalışmada görülen 7 farklı varyant içerisinde klinik önemi bilinmeyen varyantlar saptanmıştır. Çalışmamıza dahil ettiğimiz diğer genler için ATRX geninde 5 varyant, IDH1 geninde 3 varyant, IDH2 geninde 1 varyant ve MGMT geninde 6 varyant tespit edilmiştir. IDH1 geninde intronik bölgede bir hastada c.699-3delC delesyon gözlenmiş olup, 3 hastada görülen c.532G>A (p.V178I) mutasyonun muhtemel zararlı olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca ATRX geninde heterozigot Novel varyant; c.881A>G c.995A>G (p.D332G; p.D294G) tespit edilmiştir. ATRX geninde tespit edilen Novel varyant, Sanger dizileme ile heterozigot olarak doğrulanmıştır. Çalışmamızda bulduğumuz TERT,IDH1,IDH2,MGMT ve ATRX genlerine ait varyantlar mevcut veri tabanları ve literatürle karşılaştırılmıştır. Bulduğumuz varyantlar daha önce yumurtalık kanseriyle ilişkilendirilmemiş olup, yumurtalık kanserine yatkınlık için yeni bir belirteç adayı olarak değerlendirilmiştir. Sonuçlarımızın, ileride daha büyük kohortlar ile gerçekleştirilecek çalışmalar veya fonksiyonel çalışmalarla doğrulanması durumunda, bulgularımız, yumurtalık kanserinin moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasına önemli katkı sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Over cancer, Tert, polymorphisms