Tuz gölü sedimentlerindeki prokaryotik çeşitliliğin metagenomik, tek hücre genomiği ve kültür bağımlı yaklaşımlarla belirlenmesi

Bu çalışmada, Tuz Gölü'ne ait sediment tabakada bulunan mikrobiyal toplulukların profili, 16S rDNA gen hedefli Illumina MiSeq yüksek-verimli dizileme, gen klonlama ve kültür çalışmaları ile ortaya konmuştur. Ayrıca bu ortamda bulunan mikroorganizmaların metabolik potansiyelleri ve çevresel rolleri, metagenomik, tek hücre genomiği analizleri ve kültür bağımlı EcoPlate çalışmaları ile değerlendirilmiştir. Klonlama ve MiSeq dizileme ile elde edilen verilerde Halobacteriales, Thermoplasmatales, "Methanonatronarchaeia", Methanobacteriales, "Rhodothermales", Bacteroidales, Halanaerobiales, Gemm-4 (Gemmatimonadetes), KB1 / OP1 (Acetothermia), Desulfobacterales, Desulfovibrionales ve Oceanospirillales grupları ile ilişkili filotiplerin yüksek oranda temsil edildiği saptanmıştır. Metagenomik analizler ile elde edilen 25 adet taslak genomun genel özellikleri ve metabolik potansiyelleri ortaya konmuştur. Bu genomlar, Halomonas (2), Halodesulfurarchaeum (1), Thiohalorhabdus (1), Rhodobacteraceae (1), Halanaerobiaceae (2), Lentimicrobiaceae (2), Chloroflexi (1), Candidatus Izimaplasma (1), Bacteria domaini (3), Ca. Marinimicrobia (2), Ca. Omnitrophica (1), Ca. Microgenomates (1), Aday bölüm MSBL-1 (3), Aday bölüm SA1 (1), Ca. Bathyarchaeota (1) ve Ca. Nanohaloarchaea (1) grupları ile filogenetik olarak ilişkilidir. Bu taslak genomlardan yaklaşık olarak yarısının, kültüre edilmiş temsilcisi bulunmayan gruplara ait olduğu görülmektedir. Bazı sediment örneklerinde Ca. Acetothermia filotipleri yüksek oranda (~%30) temsil edilmiştir. Tek hücre genomiği çalışmasında, hedef grup olarak belirlenen Ca. Acetothermia'ya ait 6 adet tek hücre genomunun analizi gerçekleştirilmiştir ve bu temsilcilerin genom özellikleri ve olası metabolik profili ortaya çıkarılmıştır.