Vankomisinin bağlanma modunun teorik olarak hesaplanması

Moleküler dinamik simülasyonları (amber v9) ile vankomsinin N-Ac-D-Ala-D-Ala, N-Ac-D-Ala ve asetat ligantları ile oluşturdukları komplekslerin bağlanma enerjileri ve moleküler tanıma özellikleri bulundu. Ayrıca moleküler dinamik simülasyon ile desteklenmiş MM-PBSA yardımıyla vankomsinin N-Ac-D-Ala-D-Ala, N-Ac-D-Ala ve asetat ligantları ile oluşturdukları komplekslerin bağlanma serbest enerji değerleri sırasıyla -24.68 kcal mol-1, -17.10 kcal mol-1 ve -17.70 kcal mol-1 olarak hesaplandı. Hesaplamalar sonucu elde edilen sonuçlar literatürdeki değerlerle mukayese edilebilir seviyede olup bu yöntemlerin bu tür sistemler için güvenilir neticeler verebileceğini göstermiştir.