Veri tabanı filtreleme teknolojisi ile dizayn edilen TOAP2 türevinin (LI-15) patojen mikroorganizmalara karşı etkilerinin araştırılması

Antimikrobiyal peptitler (AMP), doğuştan gelen bağışıklık sisteminin önemli bileşenlerinden biri olup; bakteriler, funguslar, bitkiler ve hayvanlar tarafından sentezlenen, geniş antimikrobiyal spektruma sahip küçük moleküllerdir. Antibiyotik direncinin küresel sağlık açısından ciddi bir tehdit haline gelmesi, yeni ve etkili antimikrobiyal ajanlara duyulan ihtiyacı artırmıştır. Bu doğrultuda AMP'ler, alternatif biyolojik ajanlar olarak ön plana çıkmaktadır. Ancak doğal AMP'lerin toksisite ve stabilite gibi sınırlayıcı özellikleri, sentetik olarak tasarlanan peptitlere olan ilgiyi artırmıştır. Son yıllarda gelişen biyoinformatik yaklaşımlar, hedefe yönelik, düşük toksisiteli ve yüksek etkinlikte AMP'lerin rasyonel tasarımına olanak sağlamaktadır. Bu çalışmada, "veri tabanı filtreleme teknolojisi" kullanılarak AMP tasarımı gerçekleştirilmiş ve antibiyofilm özellik gösteren ToAP2 peptidi analiz edilerek LI-15 peptidi tasarlanmıştır. LI-15'in antimikrobiyal, antibiyofilm ve sitotoksik özellikleri in vitro koşullarda değerlendirilmiş, sekonder yapısı FTIR ve CD spektroskopisi ile karakterize edilmiştir. Antimikrobiyal aktivitesi mikrodilüsyon ve öldürme kinetiği ile; antibiyofilm etkisi kristal viyole testi ve SEM analizleri ile test edilmiştir. Sitotoksisite analizi, insan fibroblast hücre hattı (HDFa) kullanılarak MTT ve LDH testleriyle yapılmıştır. Ayrıca, LI-15'in biyofilm oluşumuyla ilişkili virülens genleri üzerindeki etkisi qRT-PCR ile analiz edilmiştir. Sonuç olarak, ilk kez tasarlanan LI-15 peptidinin antimikrobiyal ve antibiyofilm etkiler gösterdiği, ayrıca düşük sitotoksisite profiline sahip olduğu belirlenmiştir. Bu bulgular, LI-15'in yeni bir antibiyofilm peptit adayı olduğunu önermektedir.