Biofilms

112 theses under this subject heading

Medical SpecialtyOpen AccessTR

Acinetobacter baumannii klinik suşlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması

Amaç: Acinetobacter baumannii suşları, dünya üzerinde yaygın görülen nozokomiyal patojenlerdir. Bu çalışmada 2018-2019 yılları arasında Hitit Üniversitesi-Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde çeşitli klinik örneklerden izole edilen A. baumannii izolatlarının fenotipik ve genotipik testlerle virülans faktörlerinin test edilmesi (biyofilm oluşumu, haraket yeteneği, hemoliz oluşturma), direnç genlerinin araştırılması, uluslararası klon analizi yapılması, izolatlar arasındaki klonal yakınlığın belirlenmesi ve plazmid profilinin tanımlanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: 98 A. baumannii izolatının identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılığı Vitek 2 sistemiyle, kolistin antibiyotik duyarlılığı ise sıvı mikrodilüsyon metoduyla belirlendi. Karbapenem direnci ilişkili genler ve biyofilm ilişkili genler tarandı. İzolatlar moleküler yöntemlerle tiplendirildi, uluslararası klonları belirlendi ve alkali lizis yöntemiyle suşların plazmid profilleri çıkarıldı. İzolatların koloni tipi, hemoliz özelliği, motilitesi, biyofilm oluşumu ve metallobetalaktamaz üretimi fenotipik yöntemlerle test edildi. Biyofilm oluşumu seramik yüzey, plastik tüp, vasküler kateter ve foley kateter yüzeylerinde araştırıldı. Biyofilm seviyesi spektrofotometreyle ölçüldü, elektron mikroskobuyla görüntülendi. Bulgular: A. baumannii izolatlarının imipenem-meropenem direnci %87 (85/98), kolistin direnci %8 (8/98) olarak bulunmuştur. İzolatların %42'si çoklu ilaca dirençli, %45'i aşırı ilaç dirençli, %13'ü ise tüm antibiyotiklere duyarlı saptanmıştır. Suşların %83,5 (71/98)'inde metallobetalaktamaz enzimi pozitif bulunmuştur. Karbapenem dirençli izolatların %98,8 (84/85)'inde blaOXA-51, blaOXA-23, ISab1/blaOXA-51, ISAba1/blaOXA-23 genleri pozitif saptanırken, blaOXA-24/40 ve blaOXA-58 genleri saptanmamıştır. Hastane salgın izolatı Genotip D, uluslararası clon II olarak belirlenmiştir. Genel olarak, duyarlı ve dirençli izolatların plazmid profilleri, genotipleri ve klonalitesi arasında benzerlik gözlenmemiştir. İzolatların %88'inde farklı seviyelerde biyofilm oluşumu ölçülmüştür ve çoğunda biyofilm genleri saptanmıştır. Biyofilm oluşumu en güçlü foley kateter yüzeyinde gözlenmiştir. Çalışmada hemolitik aktivite haricinde virülansla direnç arasında ilişki bulunmamıştır. Sonuç: Dirençli A. baumannii suşlarının virülans özelliklerinin ve direnç mekanizmalarının belirlenmesi, suşların epidemiyolojik takibi A. baumannii enfeksiyonlarına karşı korunma ve tedavide fayda sağlayacak, olası komplikasyonları ve mortaliteyi azaltmada etkili olacak, gelecekte yeni tedavi yöntemlerin geliştirilmesine yardımcı olacaktır. Anahtar Kelimeler: A. baumannii, antibiyotik direnci, virülans, REP-PCR, plazmid

Acinetobacter baumanniiBakteriyel enfeksiyonlarBiyofilmler+7
Nezahat Koşar
Hitit University
2021
00
Master'sOpen AccessTR

Scenedesmus dimorphus biyofilm kültürlerinde azot açlığının lipid üretimi üzerine etkisi

Bu çalışmada Scenedesmus dimorphus biyofilm kültürlerinde azot (N) stresinin lipid üretimi üzerine etkisi incelenmiştir. Yeşil alglerden (Chlorophyceae) S. dimorphus' un planktonik ve biyofilm formu, %100 N ve %25 N içeren ortamlarda inoküle edilmiştir. Yapılan denemelerde N stresinin ve biyofilm oluşumunun, kuru madde (DCW), klorofil-a ve total lipit miktarlarına olan etkisi incelenmiştir. S. dimorphus mikroalginin biyofilm oluşturma becerisinin incelenebilmesi için laboratuar koşullarına modifiye edilerek Dönen algal biyofilm reaktörü (RABR) kurulmuştur. RABR' ın tasarımında S. dimorphus mikroalginin biyofilm oluşturabilmesi için çeşitli tutunma materyalleri denenmiş ve en yüksek tutunma oranına ve hasat işleminin kolay olması gibi özelliklere sahip olmasından dolayı polietilen halat kullanılmasına karar verilmiştir. Deneme sonucunda elde edilen en yüksek kuru biyokütlenin 0,275 g/m2 olduğu ve bu sonucun %100 N içeren biyofilm formundan elde edildiği belirlenmiştir. Uygulanan azot stresinin total lipit miktarına olan etkisi incelendiğinde, en yüksek DCW içinde % total lipit miktarının 13,81 olduğu ve bu sonucun %25 N içeren biyofilm formundan elde edildiği belirlenmiştir.

Biyofilm sistemleriBiyofilmlerBiyoreaktörler+1
Fatma Kar
Kütahya Dumlupınar University · Institute of Graduate Studies in Science
2019
00
Master'sOpen AccessTR

Chlorella vulgaris biyofilm kültürlerinde azot açlığının lipid üretimi üzerine etkisi.

Yapılan bu çalışmada Chlorella vulgaris mikroalginin biyofilm formu üzerinde azot (N) stresinin lipit üretimine etkisi araştırılmıştır. C. vulgaris mikroalgi 40 gün süresince %100 N ve %25 N içeren ortamlarda üremeye bırakılmıştır. Laboratuar ortamına uygun olarak tasarladığımız Dönen Algal Biyofilm Reaktörü ile C. vulgaris' in biyofilm oluşturma yeteneğini gözlenmiştir. C. vulgaris' in reaktör üzerinde biyofilm oluşturabilmesi için çeşitli malzemeler denenmiştir. Hasat kolaylığı ve yüksek tutunma gibi kriterler nedeniyle polietilen halatı kullanılmasına karar verilmiştir. Yapılan denemede en yüksek kuru ağırlık değeri 0,359 gr/m2 ile %100 N içeren ortamda elde edilmiştir. En yüksek total lipit miktarı ise 8,02 mg ile azot stresi uygulanmış %25 N içeren biyofilm formunda olduğu belirlenmiştir.

Biyofilm sistemleriBiyofilmlerBiyoreaktörler+1
Ersel Çeçen
Kütahya Dumlupınar University · Institute of Graduate Studies in Science
2019
00
DoctorateOpen AccessTR

Farklı ı̇rrı̇gasyon aktı̇vasyon yöntemlerı̇nı̇n, yan kanallardaki bı̇ofı̇lm kaldırma etkı̇nlı̇klerı̇nin karşılaştırılması

Giriş: Bu tez çalışması, farklı irrigasyon tekniklerinin, 3 boyutlu yazıcıda üretilmiş yan kanallara sahip rezin bloklarda biofilm taklit eden hidrojeli çözme kapasitesini karşılaştırmayı amaçlamıştır. Endodontik tedavide irrigasyon tekniklerinin önemi ve etkinliği üzerine daha fazla bilgi edinmek, bu alanda daha etkin ve daha başarılı klinik uygulamaların geliştirilmesine yardımcı olabilir. Gereç ve Yöntem: Çalışmada, SAF, Endoactivator, ultrasonik irrigasyon ve kanal içi ısıtma yöntemleri, 75 adet rezin bloğun, üst ve alt yan kanallarındaki biofilmi çözmek için uygulanmıştır. Biofilmi taklit etmek için hidrojel kullanımıştır. Hidrojel, rezin blokların üst ve alt yan kanallarına yerleştirildikten sonra, herbir irigasyon aktivasyon metodu uygulanmıştır. Bloklar işlem öncesi ve sonrasında tartılarak ve görsel olarak skorlandırılarak, kaldırılan hidrojel miktarı ölçülmüştür. Bulgular: Elde edilen veriler, kullanılan farklı irrigasyon tekniklerinin hidrojel çözme kapasitesi arasında belirgin farklılıklar olduğunu göstermiştir. SAF grubunun, diğer gruplara kıyasla en yüksek hidrojel skorlarına sahip olduğu görülmüştür. Kontrol grubuna kıyasla, tüm irrigasyon tekniklerinin hidrojel çözme kapasitesi anlamlı derecede yüksektir, ancak Endoactivator grubunun hidrojel çözme kapasitesi diğer tekniklere kıyasla daha düşük kalmıştır. Sonuç: Farklı irrigasyon tekniklerinin endodontik tedavide önemli bir rol oynadığı ve teknikler arasında hidrojel çözme kapasitesi açısından farklılıklar olduğu görülmüştür. Bu çalışma, bu farklılıkların daha iyi anlaşılmasına katkıda bulunmayı hedeflemektedir. Anahtar kelimeler: Biyofilm taklit, Endoaktivator, Hidrojel, Self Adjusting File, Ultrasonik sistem

BiyofilmlerEndodontiHidrojeller+2
Bilal Turan
Gaziantep University · Institute of Health Sciences
2023
00
Master'sOpen AccessTR

Farklı klinik vakalardan izole edilen Pseudomonas aeruginosa'daki biyofilm genlerinin gen ekspresyon çalışması

Bu çalışma, ratlarda asetik asit uygulaması ile oluşturulan kolitte Pseudomonas aeruginosa'nın tedavi aktivitelerinin araştırılması amacıyla yapılmıştır. Probiyotik olarak Pseudomonas aeruginosa'nın ratlarda deneysel olarak oluşturulan kolitteki ve bağırsak mukozası üzerindeki iyileştirici etkis belirlenmeye çalışılmıştır. Bu nedenle toplam 24 Wister dişi rat, kontrol ve 3 uygulama grubunda, rastgele ve eşit olarak, her birinde altı hayvan olacak şekilde dört grup oluşturulmuştur. İlk grup kontrol grubu olarak ayrılmıştır. İkinci gruba iki hafta boyunca günde 1mL Pseudomonas aeruginosa, üçüncü gruba anüs kenarına 1 mL asetik asit, dördüncü gruba ise hem Pseudomonas aeruginosa hem de asetik asit uygulanmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlarda Pseudomonas aeruginosa kullanımı sonucunda iltihaplanma ve ishal gibi bağırsak rahatsızlıklarının tedavisinde probiyotiklerin etkili olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmada asetik asit ile tedavi edilen ratlarda daha düşük ALB seviyeleri gözlemlenmiştir. Çalışmada yapılan in vivo ve in vitro incelemeler soucunda, Pseudomonas aeruginosa uygulamasının asetik asit kaynaklı inflamasyon, apoptoz ve oksidatif hasarda koruyucu bir rol üstlendiği ortaya çıkmıştır. Buna bağlı olarak azalan kolit şiddeti tedavinin ne kadar etkili olduğunu göstermektedir.

AntibiyotiklerBiyofilmlerEkspresyon+2
Tara Fouad Raouf Raouf
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2023
00
Master'sOpen AccessTR

Ürolitiyazisli hastalardan izole edilen bakteri suşlarının biyofilm oluşturma yeteneğinin fenotipik ve moleküler olarak değerlendirilmesi

Bu çalışma, ürolitiyazisli hastalarda gelişen üriner sistem enfeksiyonlarının yaygın etkenlerini saptamak ve bu kökenlerin biyofilm oluşturma yeteneğinin fenotipik ve moleküler olarak değerlendirilmesi amaçlamaktadır. Kesitsel olarak planlanan ve Nisan-Ağustos 2022 tarihleri arasında yürütülen prospektif çalışmamıza Kerkük Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne idrar yolu enfeksiyonu semptomları ile başvuran ve böbrek taşı tanısı alan toplam 100 hasta dahil edildi. Alınan idrar örneklerinden klinik olarak önemli bakterilerin tanımlanması için rutin konvansiyonel yöntemler kullanıldı. İzole edilen bakterilerin antibiyotik duyarlılık testleri disk difüzyon yöntemi ile gerçekleştirildi. Gerekli olduğunda VITEK® 2 (bioMérieux, Fransa) ticari identifikasyon ve duyarlılık sistemleri kullanıldı. Saptanan kökenlerin biyofilm oluşumu mikroplak yöntemi ile incelendi ve biyofilm ile ilişkili bazı genlerin moleküler tespiti yapıldı. Hastalardan alınan idrar örneklerinin %60'ında anlamlı üreme oldu. En sık izole edilen etkenler sırasıyla Escherichia coli (n:36), Proteus mirabilis (n:17), Staphylococcus aureus (n:3), Klebsiella pneumoniae (n:2) ve Pseudomonas aeruginosa (n:2) olarak saptandı. E. coli ve P. mirabilis kökenlerinde en duyarlı antibiyotiğin imipenem olduğu belirlendi. İzole edilen E. coli kökenlerinin %89'unda biyofilm oluşumu gözlenirken, bu oran P. mirabilis kökenleri için %94 olarak saptandı. İzole ettiğimiz 36 E. coli izolatının 24'ünde foc geni, 20'sinde ise sfa geni tespit edilmiştir. P. mirabilis'e ait 17 izolatın 12'sinde pfmA geni saptanırken 10'unda mrpA geni bulunmuştur. Elde edilen sonuçlar, özellikle E. coli ve P. mirabilis kökenlerinde yüksek biyofilm oluşumu ve bu biyofilm oluşumuna ilişkin genlerin sıklıkla bulunması açısından önemlidir. Çalışmamızın, ürolitiyazisli hastalarda gelişen üriner sistem enfeksiyonlarının tedavisi ve önlenmesinde kullanılabilecek etkili stratejilerin geliştirilmesine katkı sağlayabileceği kanaatindeyiz.

BiyofilmlerBöbrek taşlarıDirenç+1
Mohammed Munadı Mohammed Mohammed
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2023
00
Master'sOpen AccessEN

Molecular study of the biofilm formation associated with methicillin-resistance of Staphylococcus aureus isolated from clinical samples

In this study, 132 samples were collected from different clinical sources. All samples were collected from Al-Imam Al-Sadiq Teaching Hospital and Mirjan Teaching Hospital in Babylon Governorate during the period from June to September 2022. Only 36 isolates were confirmed to be Staphylococcus aureus by biochemical tests, Vitek-2 detection, and molecular diagnosis using the 16SrRNA gene. Methicillin-resistant S. aureus was phenotypically identified by methicillin disc assay and genetically confirmed by the mecA gene, all 36 were methicillin-resistant and possessed the mecA gene. The results of the antimicrobial resistance test by the disc diffusion method showed for 7 antibiotics from different groups, that 36 (100%) isolates are resistant to Methicillin and Penicillin, 33 (91.66%) isolates are resistant to Erythromycin, 21 (58.33%) isolates are resistant to Tetracycline, 18 (50%) isolates are resistant to Ciprofloxacin and Gentamicin, and 6 (16.66%) isolates are resistant to Clindamycin. The prevalence of biofilm producer bacterial isolates was 27 (75%); 6 (16.66%) produced strong biofilm, 21 (58.33%) produced moderate biofilm, and 9 (25%) isolates produced non/weak biofilm. Molecular detection results for clfA, icaA, and bbp genes responsible for biofilm formation showed that bacterial isolates possessed them by 41.66%, 50%, and 0%, respectively.

Biofilms
Mustafa Sahıb Abs Abs
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2023
00
Master'sOpen AccessEN

Investigation of the biofilm formation multiple drug resistance (MDR) Escherichia coli in uropathogenic and related with virulence gene in Baghdad

It was diagnosed Escherichia coli in 85 urine samples out of 150 samples by using by Vitek 2 system. When it was performed the antibiotic resistances test, the results appeared isolates of E. coli were resistant to antibiotics: Piperacillin/tazobactam (77.6%) Imipenem (77.6%),Amoxicillin/Clavulanic Acid (70.5%), Cefixime (67.1%), Ticarcillin-clavulanic acid (65.8%), Cefepime(64.7%), Ceftriaxone (64.7%), Ceftazidime (62.4%), Ciprofloxacin (56.4%), Cefotaxime (52.9%), Doxycycline (52.9%), and low resistance to antibiotics: Ampicillin-sulbactam (47%), Cefoxitin(45.9%), Imipenem+EDTA (42.4%), Netilmicin (41.2%), Meropenem (41.2%), Cefalexin (38.8%), Tobramycin (37.6%), Levofloxacin(32.9%), Colistin (18.9%), Amikacin (15.3%), Trimethoprim/ sulfamethoxazole (8.2%), and Tetracycline (5.9%). Besides, E. coli isolates that produce strong biofilm were 48 %, that produces moderate biofilm was 32%, and the isolates with weak production of biofilm were 20%. The presence of adeS-adeR gene in E. coli isolates was 100%, while OmpA/MotB gene was 26.7% and CusE gene was 23.3%. In conclusion, this study appeared to the prevalence of E. coli that produce strong biofilm with the presence of resistance genes.

Biofilms
Weam Jaddoa Abed Al Zaıdı
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2023
00
Master'sOpen AccessTR

Farklı klinik örneklerden izole edilen virülans ve antibiyogram profili ile E. Coli'nin filogenetik gruplaşmasının uygunluğu

Escherichia coli, filogrup tipi veya biyofilm varlığı ve dolayısıyla patojenite adası gibi patogenez sürecine müdahale eden birçok faktörün bulunduğu, insan dahil olmak üzere hayvanlarda ciddi patojenezlere neden olan gram negatif bir bakteridir. Bakteri, idrar, dışkı ve hastane gibi farklı kaynaklardan alınan örneklerden izole edilmiştir. İzolasyon işlemi, izolatların laboratuarda seçici ve diferansiyel besiyerlerine yerleştirlmeleri ve aşılamada kullandığımız API20 gibi sıradan yöntemlerle yapılmıştır. Moleküler yöntemlerde ise (chuA, yjaA ve tsE4) genlerini bulmak için PCR kullanılmıştır. Bu çalışmada B2 (%70) en yüksek filogenetik gruplandırmayı gösterirken D en düşük (%0) gruplandırma oranına sahip olmuştur. Biyofilmde ise üç kategori ortaya çıkmıştır. Bunlar %50'den fazla olan güçlü, %43,3 orta ve %3,4 zayıf olarak belirlenmiştir. E. coli'nin Antibiyogramı incelendiğinde, antibiyotiklere karşı fazla direnç gösterdiği ortaya çıkmıştır. Belirlenen direnç oranları bakterilerin elde edildiği kaynaklara göre farklı değerler almıştır. Bunlar; İdrar izolatlarında %40 iken, dışkı ve hastane izolatlarında sadece %5,7 oranında tespit edilmiştir.

BiyofilmlerEscherichia coliPatojenite+1
Dhurgham Abdulkadhım Alfarhan
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessTR

Kadınlarda üriner sistem enfeksiyonlarından üropatojenleri oluşturan biyofilmin izolasyonu, tanımlanması ve moleküler karakterizasyonu

Çalışma, kadınlarda en yaygın biyofilm oluşturan üropatojenleri izole etmek ve tanımlamak için yapılmıştır. Bu çalışma ırak – kerkük ilinde kadın doğum ve çocuk hastanesinde Ekim 2020 ve Mart 2021 tarihleri arasında farklı yaş gruplardaki ve farklı bölgelerdeki kadınlardan alınan 124 idrar örenği alınarak gerçekleştirilmiştir. İzole edilen bakterilerde biyofilm oluşumu araştırılmıştır. En çok biyofilm üropatojen pervalansı olarak Escherichia coli ve Klebsiella pneumonia de gözlemlendi. Biyofilm oluşturan üropatojen izolatların antibiyotiklere karşı dirençlerini tanımlamak için antibiyotik duyarlılık testi yapılmıştır. İzole edilmiş E. coli ve K. pneumonia suşu, yüksek bir biyofilm aktivitesi gösterdiğinden, ilk önce üropatojenlerin karakterizasyonunu doğrulamak ve daha sonra biyofilm oluşumundan sorumlu genleri saptamak için moleküler analize tabi tutulmuşlardır. İki izole suş, 16SrRNA gen dizisinin (1500 bp) ürün boyutunda iki amplikon göstermiştir. Buna göre, iki suş, NCBI'de E. coli izolatı için MZ647704 ve K. pneumoniae izolatı için MZ647716 erişim numarası altında tescil edilmiştir. Ayrıca iki genin (fimH ve mrkD) analiz edilmesi önerilmiş ve genlerin DNA amplifikasyonu yoluyla gen saptama işlemi gerçekleştirilmiştir. Biyofilm Tedavilerinde Bakteriyofajlarla ilgili yeni çalışmalar ve ileri teknikler yapılmalıdır.

BiyofilmlerEscherichia coliKlebsiella pneumoniae+1
Sumaya Jabbar Karıem Askar
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessEN

Antibacterial activity of biosynthesized nanoparticles by pyocyanin pigment against biofilms formed Escherichia coli isolated from different clinical sources

From October 2021 until April 2022, this study included 100 samples have been collected from patients with symptoms referred to as a urinary tract infection (UTI) and these samples have been collected from in iraq Al-Yarmouk Hospital patients of both gender, males and females. After conducting the isolation and diagnosis of 100 urine samples for urinary tract infection (UTI) patients by microscopy and biochemical tests, 40 Escherichia coli isolates have been obtained. Antimicrobial sensitivity has been tested with 15 different types of antibiotics, E. coli strains showed the highest rates of resistance to the following antibiotics (Gentamycin, Trimethoprim/ Augmentin, and tetracycline ). While has been sensitive to (Piperacillin, Amikacin, Meropenem, Tobramycin, Cefotaxime, and Levofloxacin). The biofilm formation of 40 isolates of Escherichia coli generated on MacConkey agar was revealed. As 32 (80%) of the isolates were positive for biofilm phenotype while 8 (20%) isolates of Escherichia coli did not produce biofilm. The inhibitory effect of Fe2O3 nanoparticles biosynthesized with pyocyanin showed promising antibiotic activity against biofilms produced by the tested E. coli isolates at different concentrations of which 0.2, 0.4, and 0.8 mg/mL with the further dilution of the sub-MICs, The highest inhibition rate was at a concentration of 0.8 in hole No. 1.

BiofilmsEscherichia coliNanotechnology+1
Rusul Mansoor Abed Al-gburı
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessTR

Iraklı hastalardan izole edilen pseudomonas aerugınosa bakterilerinde biyofilm oluşumundan sorumlu TSSC1 geninde titanyum nanoparçacığının değerlendirilmesi

Çalışma, 5/10/2020 ile 15/1/2021 tarihleri arasındaki farklı yaşlardaki çeşitli klinik kaynaklardan ve Ramadi Eğitim Hastaneleri ve Heet General Hospital'dan 100 numunenin toplanmasını içermiştir. Mikroskopik ve biyokimyasal testler yapıldıktan sonra Pseudomonas aeruginosa izolatı elde edildi. En düşük inhibitör konsantrasyonlarının değerlerini belirlemek için Vitek kompakt sistem 2 cihazları kullanıldı. PCR kullanarak TSSC1 gen ekspresyonundaki değişikliği belirlenmiştir. Analiz edilen 100 Dermatit P. aeruginosa'dan, biyofilm üzerinde VITEK sistemi ve titanyum nanopartikül kombinasyonu ile biyokimyasal test kullanılarak tanımlandı. P. aeruginosa arasındaki TSSC1 sıklığı, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tekniği ile genetik olarak belirlendi. Titanyum nanoparçacığının biyofilm TiO2 NP'leri üzerindeki etkisi ölçülmektedir. Bakteriyel büyümeyi engelleyebildiği ve 500 g/mL'de maksimum 14 mm inhibisyon alanı ve 100 g/mL'de en az 11 ve 12 mm inhibisyon alanı gözlenmiştir. Ayrıca virülans genlerinin prevalansı, en yüksek TSSC1 ve ardından TCC2 insidansını gösterdi (100%). Sonuç olarak, çalışma, virülans genlerinin prevalansının en yüksek TSSC1 insidansını (%100) gösterdiğini gösterdi ve sağlam pseudomonas biyofilminin çoğu antibiyotiğe karşı direnci arttırdığını doğruladı. Iraklı hastalarda biyofilm oluşumu üzerinde titanyum nanoparçacığının pozitif biyofilm fenotipi gösterdi.

Biyofilmler
Ahmed Nafea Obaıd Obaıd
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessTR

İYE hastalarında çoklu ilaca dirençli Klebsiella Pnömonisi üreten biyofilmde tip I fimbriaların moleküler tespiti

daha sonra doldurulacak

BiyofilmlerKlebsiellaÜriner sistem enfeksiyonları+1
Dhurgham Nader Atıyah Atıyah
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessTR

Pseudomonas aeruginosa'da antibiyotik stres altında ALGD gen ekspresyonunun incelenmesi

aeruginosa'nın, çok çeşitli virülans faktörleri ile donatılmış çoklu ilaca dirençli bir patojendir. Aljinat, P. aeruginosa'nın önemli virülans faktörlerinden birini temsil etmekte olup, biyofilmin hücre dışı matris malzemesi olarak işlev gördüğünden terapötik zorluğu karmaşıklaştırır ve artırır. Sonuç olarak, bu çalışma, antibiyotik stresi altında eksprese edilen algD geninin miktarını tespit etmeyi amaçlamıştır. AlgD gen ekspresyonunun kontrol edilmesi, P. aeruginosa'nın biyofilm oluşturma kapasitesini azaltabilir; böylece terapötik zorluğu azaltır. Bu çalışmada toplam 175 klinik örnek toplanmış, sadece 50 izolat P. aeruginosa olarak tanımlanmıştır. Bununla birlikte, en yüksek izolasyon yüzdesi sırasıyla yanık ve yara örneklerinden %56 ve %44 olarak gözlemlenmiştir. Disk Difüzyon yöntemi, Amikasin direncinin (%36), ardından Seftazidim (%24), Gentamisin (%22), Sefepim (%18) ve son olarak İmipenem (%2) olduğunu gösterilmiştir. Ayrıca tüm izolatlar Siprofloksasin ve Meropenem'e duyarlı olarak gözlemlenmiştir. Çoğu izolat 128 µg/mL MIK geliştirmiştir. İlgi çekici olan, bu çalışmada P. aeruginosa'nın tüm izolatları biyofilm oluşturmuştur; burada sırasıyla 38, 9 ve 3 izolat zayıf, orta ve güçlü biyofilmler geliştirmiştir. PCR çalışması, 15 P. aeruginosa izolatından 10'unda algD tespit edildiğini ortaya koymuştur. Tüm bu on izolat, alt MİK'te Amikasin ile tedavi edildiğinde azaltılmış bir biyofilm sunsa da qPCR sonuçları, algD'nin toplam altı izolatta (PA8, PA35, PA47, PA49, PA39, PA44) yukarı regüle edildiğini gösterirken, diğer dört izolatta (PA1, PA19, PA27, PA36) aşağı regüle edildiğini göstermiştir.

AljinatlarAntibiyotiklerBiyofilmler+2
Thaer Mahmood Hamad Al-janabı
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessEN

Study some virulence characteristics of multidrug resistant biofilm forming acinetobacter Baumannii isolated from clinical sites

According to biochemical testing, this bacterium exhibits catalase-positive, oxidative- negative, with aerobic growth. Acinetobacter spp. is regarded to be a gram-negative coccobacillus. Other characteristics of these bacteria include being non-fermentative, motile, and non-fastidious. It has come to light that some strains of Acinetobacter baumannii are able to live on hospital surfaces and equipment for extended periods of time and that these strains have developed into multidrug-resistant pathogens (MDR). Both practicing doctors and those doing research in the medical field are beginning to express concern over the bacterial illnesses that are becoming more common. Baumanii is the causative agent of a wide range of illnesses that are seen in hospitals as well as in the general population. These diseases include infections of the body's skin and soft tissue, urinary infections, encephalopathy, septicemia, as well as pneumonia. Furthermore, A. baumannii was linked to a higher risk of bacteremia acquired within an intensive care unit versus circulatory infections acquired outside the intensive care unit. Whenever the virulence encoding genes of A. baumannii strains are eliminated or disturbed, their adhesion, colonization, as well as invasion capacities are all demonstrated to be affected. This suggests that the in vivo pathogenicity of these strains has been hampered. All of the components of the virulence factor, including its efflux pumps, hemolytic mediators, ferric acquisition systems, lipopolysaccharides, as well as outer membrane proteins, have the ability to play a part in the pathogenesis that occurs throughout the host. The A. baumannii, phospholipids are metabolized by phospholipases (PL) C (plcN) and Dare lipolytic enzymes, both of which may hydrolyze phospholipids and therefore contribute to the propagation of the illness. The creation of biofilms is a hallmark of the pathogenesis that is caused by A. baumannii. These biofilms are a major factor in the pathogen's exceptional resistance to antibiotics. In the context of microbiology, a biofilm is a community of microorganisms that is encased in an extracellular matrix and is able to withstand a range of stresses, in particular drying out, the action of immune system effectors, and the presence of antimicrobial chemicals. There are several different settings in which biofilms may be found, including both soil and water. The vast majority of A. baumannii strains include a chaperon/usher pilus system, which both controls the expression of genes and make it easier for protective capsules to form in response to antibiotic therapy. In addition, the system is responsible for the creation of the pilus as well as other tasks, such as cell attachment. A hundred samples were collected from patients of varying ages and genders who had been admitted to a variety of hospitals in the city of Baghdad between September 1, 2021, and December 30, 2022. Patients from a wide range of clinical settings provided this group, which was then sampled. All of the samples were put through the culture process, and sixty A. baumannii were discovered as a result. These isolates were put through a series of characterization procedures that included biochemical assays, and the microtiter-plate method. The objectives of these procedures were to determine antibiotic resistance and biofilm formation. A current diagnostic approach that incorporates genetic screening utilizing polymerase chain reaction PCR methods detects PLcN & bla OXA genes. The majority of the bacterial isolates in this investigation had the MDR feature, which indicates that there is a high incidence of resistance to various classes of antibiotics, as shown by the findings of this study. On the other hand, 81.7% of the total isolates showed the potential to form biofilms. This was an unexpected finding. During the course of this research, it was found that every single isolate had both the blaOXA and PLcN genes. Due to the fact that the majority of multidrug-resistant strains produce biofilm, bacterial isolates that have high frequencies of bla OXA and PLcN genes. These results show how important molecular epidemiology methods and regular infection control programs are for providing continuous monitoring and evaluation of antibiotic sensitivity of clinical A. baumannii in order to stop the bacterium from spreading.

Acinetobacter baumanniiBiofilmsVirulence factors+1
Zaınab Mohammed Mahmood Al-mashhadanı
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessTR

Biyofilm oluşturan invaziv Candida albicans'ın moleküler tanısı

Candida albicans, insanlarda invazif hastalığa neden olan ve dünya çapında yüksek sağlık maliyetlerine neden olan, çoklu ilaç tedavisine direnç gösteren bir mantar patojenidir. İnvazif kandidiyazis (İS), hastenede tadavi gören çocuklarda önemli morbidite ve mortaliteye neden olan, ciddi bir hastane enfeksiyonudur. Bu çalışmanın amacı, invazif Candida Albicans mantarının popülasyondaki prevalansını belirlemek ve biyofilm oluşumunun patojenite üzerindeki etkisini incelemektir. Çalışmaya, yaşları 16-70 arasında iki cinsiyetten oral kandidiyazisi 101 hasta dahil edilmiştir. Numuneler, Kerkük halk sağlığı laboratuvarını ziyaret eden 63 hasta, Kerkük Onkoloji ve Hematoloji tanı ve tadavi Merkezi'ndeki 15-20 yaş arası 20 hasta ve Azadi Eğitim Hastanesinde yatmakta olan 15-20 yaş arası 18 hastadan alınmak suretiyle Ekim 2020-Mart 2021 tarihleri arasında alınmıştır. Mevcut çalışmanın sonuçları, CRA yöntemlerinin aksine Mikrotiter plaka yöntemi ile çalışanların sadece %22,2'sinin ve kanser hastalarının %60'ının Candida albicans pozitif olduğunu ve Candida albicans izolatlarının büyük çoğunluğunun biyofilm üreticisi olduğunu göstermiştir. İzole suş, 18SrRNA gen dizisinin (550 bp) ürün boyutunda iki amplikon göstermiştir. Candida izolatının ALS3 ve SAP8 genlerinin (%76,92) biyofilm oluşumunun iki kritik yönünü araştırdık. biyofilm formları vardır. Buna göre, iki suş, NCBI'de ALS3 izolatı için (Lc651376) ve SAP8 izolatı için (Lc651377) erişim numarası altında tescil edilmiştir. Klinik mikolojinin önemli yönlerini ve C. albicans'tan biyofilm üretimi ile olası hastalık ilişkilerini kontrol etmek için gelecekte çalışmalar yapılabilir.

BiyofilmlerCandida albicansYalıtkanlar
Sınan Abdullah Alı Alı
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessTR

Klinik ve gıda orjinli Staphylococcus aureus'ta biyofilm kodlama geninin moleküler tespiti

Staphylococcus aureus, hem insanları hem de hayvanları etkileyen yaygın bir bakteriyel hastalıktır. Deri enfeksiyonları, menenjit, endokardit, septisemi ve toksik şok sendromuna neden olur. Topladığımız 150 örnekten 37'si (%60) insan omurilik sıvısı, 18'i (%29) süt, 20'si (%10) balık olmak üzere farklı kaynaklardan 61 Staphylococcus aureus elde ettik. Numuneler, Al-Kadhimiya Devlet Eğitim Hastanesine ve Bağdat Valiliği ve pazarlarındaki bazı harici laboratuvarlara başvuran hastalardan alındı. Örnekler, Mannitol tuzlu agar besiyerinde kültürlerin özelliklerine göre teşhis edildi. Biyofilm oluşumunun organizmanın hayatta kalmasına yardımcı olan ve dolayısıyla patojenik güçlerine katkıda bulunan en önemli virülans faktörlerinden biri olduğu düşünülmektedir. Gram-pozitif küresel şekilli bakteri, bakteri ve biyokimyasal testleri gözlemleyerek. DNA öncesi teşhis sürecinde doğruluğu arttırmak Toplanan 150 örnekten sadece 61'i staphylococcus aureus idi. 61 izolattan; 48'i güçlü biyofilm üretti, 13'ü orta düzeydeydi. Biyofilm oluşturan izolat sayısı 48 (%78.6) ve orta düzeyde biyofilm üreten izolat sayısı 13 (%21) idi. PCR tekniği kullanılarak 61 örnekten DNA izole edildi, özel gen primerleri kullanılarak 302 baz çifti büyüklüğünde eno geni tespit edildi.

BiyofilmlerKlinik izolatlarStaphylococcus aureus
Ahmed Mahmood Husseın Husseın
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessEN

Antibiotic resistance profiles of Pseudomonas aeruginosa isolates isolated from clinical samples, and evaluation of biofilm formation and the presence of biofilm-related genes (pelA, pslD and algD)

Pseudomonas aeruginosa is identified as an opportunistic pathogen since it predominantly creates nosocomial infections in immune compromised people. The available knowledge about P. aeruginosa pathogenesis has primarily come from investigating clinical isolates; in this case there were a total of 100 samples obtained from a variety of locations in Baghdad hospitals and sorted into three groups: clinical (40) isolates from burns and (40) specimen from wounds and (30) from sputum, collected from October 2021 to the April 2022. Twenty isolates of P. aeruginosa were found of these samples and they cultured by specific and differential media, Using culture conditions, biochemical assays, and the VITEK-2 compact system, bacteria were identified. For all bacterial isolates, the antibiotic sensitivity test is valid according to the minimum inhibitory concentration (MICs). The maximum level of resistance was demonstrated to be against Tigecycline (8), followed by Cefazolin (64), while high sensitive was to Ciprofloxacin (0.25), followed by Levofloxacin (0.5) and Gentamicin (1), cefepime (1), Ceftazidime (2) and Imipenem (2), Amikacin (2) and Piperacillin /Tazobactum (8) respectively according to MICs results of each antibiotics. Biofilm production was detected using the micro titration plate technique, with the majority of strains (50%) producing moderate biofilms, 35% producing strong biofilms, and 15% producing weak biofilms. When it comes to virulence genes, In 20 isolates, three genes were identified, the algD gene was found in 17 isolates (85%), pelA was found in 17 isolates (85%), and pslD was found in 15 isolates (75%). The genes algD, pslD, and pelA were chosen as virulence factors, the genotypic algD/pslD/pelA – pattern, which is responsible for the phenotypic pattern of biofilm development. There were statistically significant variations in genotypic pattern predominance across biofilm forming isolates from various sources, Using Chi-square analysis, a very significant relationship between biofilm forming capability and genetic pattern (p value 0.764) was discovered. In this research we wanted to reveal if there was a linkage between the production of biofilms and the expression of biofilm-related genes (algD, pelA, pslD), and analyzing antibiotic resistance profiles in P. aeruginosa clinical samples isolated. Keywords: Biyofilm formation; Pseudomonas aeruginosa ; pelA; Polysacharide

Bacterial infectionsBiofilmsPolysaccharides+1
Noor Rıyadh Hamoodah Almzıl
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessTR

İdrar yolları enfeksiyonu hastalarından geniş spektrum beta laktamaz üreten Klebsiella pneumoniae'nin MrkD geninin moleküler tespiti

Bu araştırma, Nisan 2022 ile Eylül 2022 arasındaki dönemde Irak'ın Bağdat Vilayetinde yapılmış olup, Bağdat'taki El-Kadhimiya Hastanesi'ne başvuran hastalardan 9-11 yaş arası 100 erkek çocuktan alınan idrar örneğinden gerçekleştirilmiştir. İzolatlar tanısı konvansiyonel biyokimyasal testlerin yanı sıra MacConkey agar, nutrient agar, morfolojik ve kültürel özelliklerine göre konulmuş ve bu kriterlere bağlı olarak Klebsiella spp. ürolojik hastalarda idrar yolları enfeksiyonunda (İYE) göre daha yaygın olarak tespit edilmiştir. Klebsiella pneumoniae'den sadece 50 (%50) izolat elde edilmiştir. Sonuçlar, tüm izolatların (%100) mrkD genine sahip olduğunu göstermiştir. K. pneumoniae izolatları için PCR sonuçları, mrkD geninin mevcut olduğunu ortaya koymuştur. Bu çalışmada test edilen 50 K. pneumoniae izolatının tamamı biyofilm üretmiştir. Biyofilm üreticileri arasında 30 (%60) izolat güçlü, 20 (%40) izolat orta düzeydedir.

BiyofilmlerKlebsiellaÜriner sistem enfeksiyonları
Haneen Ibrahım Mhmood Shaheen
Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessTR

Farklı dezenfektanların çeşitli yüzeylerde Listeria monocytogenes biyofilmine etkileri

Listeria monocytogenes, gıda işleme tesislerinde biyofilm oluşturabilen gıda kaynaklı en önemli patojenlerden biridir. Biyofilm oluşturma yeteneği, dezenfektanlara karşı direncin artmasına ve verimsiz dezenfeksiyon işlemine sebep olmakta olup gıda endüstrisi ve nihayetinde tüketici için ciddi bir tehdit oluşturmaktadır. Son yıllarda, biyofilm oluşumundaki stres direnci mekanizmalarının işlevi ve bunların dezenfektanlara karşı direnci noktasında laboratuvar çalışmalarında önemli ilerlemeler kaydedilmiş olup biyofilmi elimine etme konusunda da farklı çalışmalarla desteklenmelidir. Bu çalışmada, paslanmaz çelik 316, epoksi ve PVC olmak üzere gıda ile temas eden başlıca yüzeylerde L. monocytogenes biyofilmlerine karşı belirlenmiş konsantrasyonda ve farklı sürelerde yaygın olarak kullanılan üç dezenfektanın (klor tablet, perasetik asit bazlı dezenfektan ve laktik asit bazlı dezenfektan) etkinliği değerlendirilmiştir. Dezenfektanların antimikrobiyal aktivitesini belirlemede sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak Listeria monocytogenes ATCC 7644 ve Listeria monocytogenes (gıda kaynaklı) suşları denenmiştir. Kullanılan perasetik asit bazlı dezenfektan ve klor tabletin MİK ve MBK değerlerinin laktik asit bazlı dezenfektana göre daha düşük olduğu saptanmıştır. Tüm dezenfektanların iki suşta da MİK ve MBK değerleri eşit çıkmıştır. Paslanmaz çelik 316, epoksi ve PVC yüzeylerinde L. monocytogenes'in 2 suşu ile biyofilm oluşturularak dezenfektanların bulunan MBK konsantrasyonlarında farklı süreler denenerek dezenfektanların etkisine bakılmıştır. Paslanmaz çelik yüzeylerde 30 saniye süre uygulanan klor tabletin, mikroorganizmaların tamamını engellediği ve bu yüzeyde iki suşta da en etkili dezenfektan olduğu saptanmıştır. L. monocytogenes ATCC 7644 biyofilmi bulunan epoksi yüzeylerde 30 saniyede perasetik asit bazlı dezenfektan mikroorganizmaların %100'ünü engellerken, L. monocytogenes (gıda kaynaklı) suş bulunan epoksi yüzeylerde 1 dakika perasetik asit bazlı dezenfektan uygulaması ile mikroorganizmların tamamının öldürüldüğü bulunmuştur. L. monocytogenes ATCC 7644 biyofilmi bulunan PVC yüzeylerde klor tabletin 15 dakika (4,75 log kob/kupon azalma), perasetik asit bazlı dezenfektanın 60 dakika (4,91 log kob/kupon azalma)' da tüm mikroorganizmalar engellenmiştir. Laktik asit bazlı dezenfektanın aynı suş ve yüzeydeki 90 dakika uygulamasıyla 4,39 log kob/kupon azalma sağlanmıştır L. monocytogenes (gıda kaynaklı) biyofilm olan PVC yüzeylerde 30 dakika klor tablet (4,92 log kob/kupon azalma) uygulamalarıyla tüm mikroorganizmaları engellediği belirlenmiştir.

BiyofilmlerDezenfektanlarLaktik asit+2
Ayşe Öztürk
Bursa Technical University · Institute of Graduate Studies
2023
00
DoctorateOpen AccessTR

Kateter örneklerinden izole edilen staphylococcus suşlarında biyofilm oluşumunun, antibiyotiklerin biyofilmler üzerine etkisinin ve meca geninin araştırılması

Hastanelerde sıklıkla kullanılan kateterlerin en önemli komplikasyonu, enfeksiyonların gelişme riskidir. Kateter kaynaklı enfeksiyonlarının en sık nedenlerinden olan stafilokoklar biyofilm oluşturabilme potansiyelleri ile kateter üzerindeki kolonizasyonlarını sağlarken, aynı zamanda konak savunmasından ve antibiyotiklerden de korunmaktadırlar. Çalışmamızda Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı hastane merkez laboratuvarına gönderilen kateter örneklerinden izole edilen 62 Staphylococcus suşunun biyofilm oluşturma özellikleri, antibiyotiklerin biyofilmler üzerine etkisi ve metisilin direncinden sorumlu mecA geninin araştırılması amaçlanmıştır. İzolatların antibiyotik duyarlılık testleri Vitek2 compact sistemle çalışılmış, oksasilin, vankomisin ve daptomisin MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon testiyle belirlenmiştir. Suşların biyofilm özellikleri ve Minimum Biyofilm Eradike edici Konsatrasyon (MBEK) değerleri mikroplak yöntemi ile belirlenmiştir. Çalışmamız sonucunda suşların oksasilin, vankomisin ve daptomisinin MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla 32/>128, 1/2 ve 0,25/1 μg/ml olarak belirlenmiştir. 62 stafilokok suşunun 34 (%54,8) biyofilm pozitif (BP) olarak saptanmıştır. BP suşların %23,5'i zayıf (+), %32,4'ü orta (++) ve %44,1'i güçlü (+++) biyofilm özelliği göstermiştir. Oksasilin, vankomisin ve daptomisinin MBEK50 ve MBEK90 değerleri sırasıyla 64 />128, 128 />128 ve 4/>32 μg/ml olarak belirlenmiştir. Suşlardaki mecA geni varlığı Real-time PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Suşların %90,3'nün mecA geni taşıdığı saptanmıştır. Çalışmamızdaki bulguların biyofilm enfeksiyonlarını anlamada ve tedavisinin daha akılcı yönlendirilmesinde yol gösterici olacağı düşünmekteyiz.

AntibiyotiklerBiyofilmlerEnfeksiyon+5
Yağmur Ekenoğlu
Çukurova University · Institute of Health Sciences
2017
00
Master'sOpen AccessTR

CO2 lazer gaz destekli nitrürlenmiş Ti-6Al-4V alaşımının Özelliklerinin belirlenmesi

Bu çalışmanın amacı, Ti-6Al-4V alaşımının nitrürlenmesi, bu alaşımdan üretilecek ürünlerin dayanım, korozyon, aşınma ve özellikle implant uygulamalarında iyon salınım sorunları gibi durumlar ile karşılaşmayı en aza indirgemek, alaşımın kullanım süresini artırmak ve güvenilir olmasını sağlamak için kullanılabilecek etkin yöntemlerden biridir. Literatürde plaka şeklinde ki numuneler üzerinde, nitrür yüzeyi ile titanyum alaşım yüzeyinin karşılaştırmalarının yapılmasına yönelik yeterli çalışma bulunmaktadır. Nitrürleme işleminden sonra Ti-6Al-4V alaşımında oluşturulmuş olan nitrürlenmiş bölge ile Ti-6Al-4V alaşım arasında meydana gelen yapısal, mekanik ve biyolojik olarak gösterecekleri davranışları yapılmış olan diğer çalışmalar ışığında değerlendirilmiştir. Alaşımda nitrürlenmiş bölgenin mikroskobik analizi, nitrilmiş katmanın mikro yapısı, nitrürlenmiş tabaka ile ham bölgenin mikrosertlik derecesinin karşılaştırılması, çekme testlerinde numunelerin gösterdiği davranışın belirlenmesi ile bakteri tutunması açısından nitrürlemenin etkilerinin değerlendirilmesi bu çalışmanın esas amaçları içinde yer almaktadır.

BiyofilmlerNitrürlemeTitanyum nitrit
Şeyhmus Aydın
Kırşehir Ahi Evran University · Institute of Graduate Studies in Science
2019
00
Master'sOpen AccessTR

Bitki büyümesini teşvik edici bazı bakterilerin oluşturduğu biyofilm yapılarının raman spektroskopisi ile karakterizasyonu

Bitki büyümesini teşvik eden rizobakteriler (PGPR), bitki rizosferinde yaygın olarak bulunmaktadır. Bu bakteriler bitki kök gelişimini arttırmakta ve bitkilere daha iyi büyümeleri için maksimum besin maddesi alma fırsatları sağlamaktadır. Büyümeyi teşvik etmenin yanı sıra, PGPR'lerin stres toleransı (ısı, kuraklık, tuzluluk ve hastalık), ağır metallerin biyoremediasyonu, karmaşık toksik organik bileşiklerin biyolojik olarak parçalanması, biyo-kontrol ajanları ve biyofilm oluşumu gibi bir dizi işlevi vardır. Çeşitli bitki büyümesini teşvik eden rizobakteriler arasındaki etkileşim, esas olarak planktonik büyüme modu altında araştırılmıştır. Bununla birlikte, PGPR'nin biyofilm modunda kök yüzeyi ve toprak üzerindeki davranışının anlaşılması için yapılan çalışmalar çok yenidir ve bu alanla ilgili daha fazla araştırmaya gerek olduğu aşikârdır. Bu nedenle, bitki-mikroorganizma etkileşiminin anlaşılmasına katkı sağlamak için kök yüzeyi ve rizosfer kolonizasyonu üzerindeki biyofilm gelişiminin derinlemesine araştırılmasına ihtiyaç bulunmaktadır. Kızılötesi ve Raman spektroskopileri, biyofilmlerin moleküler yapısı hakkında spektral bilgi elde etmek için birbirini tamamlayıcı olarak kullanılan titreşim spektroskopi teknikleridir. Kızılötesi spektroskopisi (IR) biyofilmleri karakterize etmek için yaygın olarak kullanılmasına rağmen, sudan kaynaklanan müdahale hidratlı biyofilmlerin bileşiminde kullanımını sınırlandırmıştır. Dağınık fotonların frekansları moleküldeki bağların türlerine bağlı olduğundan, her molekülün Raman spektrumu benzersizdir ve bu molekülün parmak izi olarak düşünülebilir. Raman spektroskopisinin kırınımla sınırlı uzamsal çözünürlüğü yaklaşık 1 μm'dir ve bu, proteinler, karbonhidratlar, lipitler ve nükleik asitler gibi çeşitli moleküller ve moleküler gruplar içeren karmaşık yapıların ayrıntılı analizini sağlamaktadır. Bu çalışmada; bitki büyümesini teşvik edici özellikleri olan Bacillus drentensis, Bacillus mojavensis, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas putida ve Arthrobacter nitroguajacolicus bakterilerinin oluşturduğu biyofilm yapılarının Raman ve FT-IR Spektroskopisi ile karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Ayrıca bu bakterilerin polistiren yüzeylerde biyofilm oluşturma kapasiteleri kristal viyole deneyi ile belirlenmiş ve Bacillus drentensis, Pseudomonas fluorescens ve Arthrobacter nitroguajacolicus bakterilerinin ise Arabidopsis thaliana Columbia ekotipi köklerindeki kolonizasyonları Taramalı Elektron Mikroskop (SEM) analizi ile belirlenmiştir.

BiyofilmlerKızılötesi spektroskopiPolisakkaritler-bakteriyel+2
Tacettin Çiftçi
Kırşehir Ahi Evran University · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00
Master'sOpen AccessTR

Vajinal kaynaklı lactobacillus spp. şuşlarından elde edilen ekzapolisakkaritlerin antibiyofilm ve anti-quarum sensing aktivitelerinin belirlenmesi

Ekzopolisakkaritler (EPS'ler), doğada bitkiler, mantarlar ve bakterilerde yaygın olarak bulunan biyopolimerler olup antimikrobiyal, anti-biyofilm, antioksidan, antitümör, antiviral ve immünomodülatör aktivitesi nedeniyle insan sağlığına katkıda bulunma potansiyeline sahiptir. Çalışmamızda daha önce vajinal mikrofloradan izole edilen probiyotik özelliği kanıtlanmış, Laktik asit bakterileri (LAB) arasından güçlü EPS üreten beş suş (L. paracasei L1, L. casei L2, L. pantarum L4, L. crispatus L5 ve L. rhamnosus L17) seçilmiştir. Suşlardan saf olarak elde edilen EPS'lerin antimikrobiyal, antibiyofilm, anti-quarum sensing, antioksidan aktiviteleri ile MDA-MB-231 meme kanser hücre hattı hücreleri üzerindeki anti-proliferatif etkileri araştırılmıştır. Çalışmamızda ayrıca saf EPS'lerin FT-IR ve GC-MS analizleri yapılmış olup, elektron mikoskop görüntüleri elde edilmiştir. ix Çalışma sonucunda LAB kökenli EPS'lerin güçlü antimikrobiyal aktiviteye sahip olduğu, patojenik suşlar arasında en güçlü antimikrobiyal etkinliğe sahip suşun L. casei L2 suşuna ait EPS olduğu belirlenmiştir. Saf EPS özütlerinin anti-biyofilm aktivitesini belirlemek amacı ile E. coli ve P. aeruginosa suşları kullanılmıştır. Çalışma sonucunda EPS'lerin farklı konsantrasyonlarında inhibisyon etkisi gösterdiği ve özellikle L1 ve L2 suşlarından elde edilen EPS'lerin daha güçlü aktiviteye sahip olduğu görülmektedir. Saf EPS'lerin farklı konsantrasyonlardaki anti-quarum sensing aktivitelerinin araştırıldığı çalışmada her bir EPS 10 mg/mL konsantrasyonunda ortalama eşit aktivite gösterirken 20 mg/mL konsantrasyonda etkinin arttığı ve etki oranın değişiklik gösterdiği belirlenmiştir. Saf EPS'lerin MDA-MB-231 meme kanser hücre hattı hücreleri üzerindeki anti-proliferatif etkinin L. paracasei L1 suşuna ait EPS'nin 115 μg/ml'lik en yüksek dozunda %90-95 düzeyinde ölüm görülürken, L. casei L2 suşuna ait EPS'lerin 85 μg/ml'lik en yüksek dozunda ise yaklaşık %100 oranında ölüm görülmüştür. İnsan sağlığı üzerinde farklı yararlı etkileri bulunan EPS'lerin doğal antimikrobiyal ve antikanser özelliğine sahip olması dikkat çekicidir. Ancak ileride hem enfeksiyonların hem de çeşitli kanserlerin tedavilerinde kullanılabilmesi için bu alanda daha çok araştırmaya gereksinim vardır.

BiyofilmlerEkzopolisakkaritLactobacillus+3
Nadıa Maseer Raheel Raheel
Kırşehir Ahi Evran University · Institute of Graduate Studies in Science
2022
00

Related subjects