Yabani zeytin (Olea europaea L. var. oleaster) bitkisi genomunda MADS-box transkripsiyon faktörü ailesi tanımlanması ve qRT- PZR ile ifade analizi

Zeytin ağacı, Akdeniz bölgesinde yetişen meyvesinden elde edilen ürünlerle ticari öneme sahip bir bitkidir. Zeytinin ülke ekonomisi ve insan sağlığı üzerine olumlu etkileri önemini arttırmaktadır. Zeytinde büyüme ve gelişim için rol oynayan birçok gen bulunmaktadır. Bu genlerin aktivitesi de transkripsiyon faktörleri (TF) ile düzenlemektedir. Bu şekilde de organizmanın gelişimi, çoğalması, sinyal iletimi, stres cevabı gibi birçok biyolojik yolakta rol oynayan genlerin ifadesi ile düzenlenmektedir. MADS-Box transkripsiyon faktör ailesi ise, bitki gelişiminde, gametofit embriyo ve tohum gelişiminde, çiçek ve meyve gelişimi, kök ve yaprak morfolojisinin oluşmasında rol oynamaktadır. Bu tez çalışmasında, yabani zeytin genomunda bulunan MADS-Box TF ailesi karakterizasyonu, işlevsel atıflandırılması ve ifade analizi yapılmıştır. Uluslararası Zeytin Genom Konsorsiyumu (UZGK) tarafından elde edilen genom survey dizileme ve dokuya özgü yüksek hacimli transkriptom verileri ayrıntılı olarak analiz edilerek genom düzeyinde MADS-Box TF genlerinin ifade analizi ölçümü yapılmıştır. Çalışma sonucunda, zeytine ait 118 adet MADS-Box TF'nü kodlayan gen tespit edilmiştir. Bunlar ayrıca, 22 genin Mα, 5 genin Mβ, 25 genin Mγ ve 66 genin MIKC olarak sınıflandırılmıştır. Gen ontoloji sonuçlarında; gen ifadesi, üreme, gelişim ile ilişkili genlerin ön plana çıktığı belirlenmiştir. RNA-seq sonuçlarından elde edilen ısı grafiğinde hem dokular arasında hemde farklı aylara ait ifade seviyeleri belirlenmiştir. MADS-Box TF ailesine ait moleküler karakterizasyonun yanı sıra ifade seviyesi dokular arasında farklılık gösteren beş MADS-Box TF seçilerek qRT-PZR ile ifade seviyeleri ölçülmüştür. Bu genlerin dokular arasındaki ifade seviyeleri farkı analiz edilerek miRNA ve aday hedef genleri ile etkileşiminin incelenmesiyle MADS-Box TF genlerin zeytin çiçeği ve tohum gelişiminin yanı sıra vejetatif organ gelişiminde ve yağ biyosentezinde önemli rol oynayabileceği belirlenmiştir.