Yüksek verimli dizileme teknolojilerinin biyo-izlemeye entegrasyonu, yerel veri tabanının oluşturulması ve çalışmaya özel unix tabanlı biyoinformatik iş akışının geliştirilmesi

Ekosistemler barındırdıkları biyoçeşitlilik ile bir denge halinde yaşamı ayakta tutmaktadır. Ancak aşırı nüfus artışı, kaynakların dikkatsiz kullanımı gibi antropojenik etkiler ile bu ekosistemler tahrip olmaktadır. Bu ekosistemlerin barındırdığı biyoçeşitliliğin uzun vadede hızlı, ekonomik ve standardize teknikler ile takip edilmesi hem tür çeşitliliğinin korunması hem de koruma stratejilerinin erken evrelerde geliştirilebilmesi için büyük önem taşımaktadır. Son yıllarda en çok kullanılan moleküler tanımlama yöntemlerinden DNA barkodlama ve çevresel DNA metabarkodlama ile bu ihtiyaçlara cevap verilmeye başlanmıştır. Ancak bitkiler için yapılan çalışmalar gösteriyor ki literatürde çoğunlukla hayvanlar üzerinden geliştirilen bu tekniklerde bitkiler için halen önemli açıklar bulunmaktadır. Bitkilerde gerek evrensel barkod bölgesi gerek de evrensel primerler için henüz bir fikir birliğine varılamamıştır. Ayrıca birbirinden farklı ve geçiş ekosistemlerinde bulunan bitki türlerine yönelik çalışmalarda farklı sonuçlar elde edilmekte ve ekosisteme özgü değişiklik gösteren bu türlerin farklı analiz yöntemlerine ihtiyaçları bulunmaktadır. Hem bitkilerde yaşanan sorunlara farklı bir bakış açısı ile yaklaşmak hem de gelişen dizileme teknolojilerinden elde edilen ham verilerin birçok araştırmacı ve kullanıcı için oldukça yeni bilinmeyen bir bölge olarak karşılaşılması nedeni ile bu çalışmada nadir bir ekosistem olan İğneada Longoz Ormanları'nın sucul bitki türleri için DNA barkodlama ile yerel veri tabanı oluşturulmuş, eDNA metabarkodlama tekniği ile biyoçeşitliliği analiz edilmiş ve bitki spesifik biyoinformatik iş akışı optimize edilerek biyoçeşitlilik izleme çalışmalarının sucul bitki türlerindeki etkinliğini tespit edilerek biyoçeşitlilik izleme çalışmalarının sucul bitki türlerindeki etkinliği ortaya koyulmuştur.