DNA
221 theses under this subject heading
DNA metiltransferaz inhibitörü RG108 ve histon deasetilaz inhibitörü trikostatin a'nın nörit gelişiminde epigenetik etkilerinin karşılaştırılması
Nörodejeneratif hastalıkların nöropatolojisi genel olarak, beynin spesifik bölgelerindeki spesifik nöronların kaybı veya atrofisi ile ilişkilendirilir. Rejenerasyonun olmayışı; hasarlı nöronların ölümü, rejenerasyon kapasitesindeki düşüş, büyümeyi destekleyen nörotrofik faktörlerin eksikliği, rejenerasyon ve büyümeyi engelleyici santral sinir sistemi ortamı gibi nedenlerden kaynaklanmaktadır. Nörojenezin başlıca morfolojik karakteristiği, akson uzaması ve dendrit dallanmasının takip ettiği nörit gelişimidir. Nöritojenik maddeler, nöronal hücrelerdeki nörit gelişimini stimüle edebilme yetenekleri nedeniyle nöronal hasarların tedavisinde umut vadetmektedir. Susturulmuş genlerin aktivasyonu, kromatinin yeniden düzenlenmesi ve transkripsiyon gibi hücresel mekanizmalar üzerine etkili ve küçük moleküllü epigenetik ilaçların, nörotrofik faktörler ile kombinasyonu, nöronal hasarlarda alternatif bir yaklaşımdır. Bu çalışmada, iki yeni epigenetik ilaç olan, bir histon deasetilaz inhibitörü Trikostatin A ve bir DNA metiltransferaz inhibitörü RG108'in PC-12 Adh hücre hattı üzerindeki nöronal farklılaşma ve nörit gelişimi üzerine etkilerini karşılaştırmak amaçlanmıştır. İki ilacın sitotoksisitesi MTT yöntemiyle belirlenmiştir. Hücre farklılaşması, migrasyon ve invazyon analizleri için Gerçek Zamanlı Hücre Analiz Sistemi (RTCA DP) kullanılmıştır. Hücre migrasyonu verileri morfolojik olarak da test edilmiştir. Nörit gelişimi sonrasında hücrelerdeki Matriks metalloproteinaz-2 (MMP-2) miktarı, ELIZA tekniğiyle ölçülmüştür. Son olarak, nörit gelişimi immünofloresan boyalar yardımıyla fotoğraflanmış ve PC-12 Adh hücre hattı nörit analizi yapılmıştır. Deney sonuçlarına göre, hem Trikostatin A hem de RG108'in, sinir büyüme faktörü ile kombine halde, PC-12 Adh hücre hattında nöronal farklılaşma ve nörit gelişimini indükleyici etkileri bulunmuştur. Hücre farklılaşması, migrasyon, invazyon ve nörit gelişimi üzerine Trikostatin A, RG108'den daha etkili bulunmuştur.
Yeni 5-kloro-6-metoksi-2-[4-(sübstitüe)benziliden]-2,3-dihidro 1H-inden-1-on türevlerinin sentezi ve biyolojik etki çalışmaları
Kanserli hastaların sayısının gün geçtikçe artması nedeniyle, güçlü aktiviteye ve düşük toksisiteye sahip yeni antikanser ajanların geliştirilmesi önem kazanmıştır. Şalkonlar, flavonoit yapısındaki doğal veya sentetik bileşiklerdir. Son yıllarda yapılan çalışmalar, şalkon bileşiklerinin oldukça yüksek antikanser aktiviteye sahip olduklarını göstermektedir. Bu çalışmada, 5-kloro-6-metoksi-2,3-dihidro-1H-inden-1-onun p-sübstitüe benzaldehit türevleri ile reaksiyonu sonucu yeni şalkon türevleri elde edilmiştir. Sentezlenen bileşiklerin MCF-7 insan meme adenokarsinoma ve HeLa insan serviks karsinoma hücre dizileri üzerindeki sitototoksik etkileri MTT yöntemi ile değerlendirilmiştir. Ayrıca bileşiklerin NIH/3T3 fare embriyonik fibroblast hücre dizisine karşı toksisiteleri araştırılmıştır. 7 no'lu bileşiğin her iki kanser hücre dizisine karşı en fazla sitotoksik etkili bileşik olduğu tespit edilmiştir. Antikanser etkili bileşiklerin her iki kanser hücre dizisi üzerinde DNA sentez inhibisyon etkileri değerlendirilmiştir. 3 no'lu bileşik HeLa hücreleri üzerinde daha fazla DNA sentezi inhibisyonuna neden olurken, 10 no'lu bileşik MCF-7 hücreleri üzerine daha fazla DNA sentez inhibisyonuna neden olmuştur. En aktif bileşiklerin her iki kanser hücre dizisi üzerine apoptotik etkileri araştırılmıştır. 7 ve 10 No'lu bileşikler MCF-7 hücrelerine karşı apoptotik etki gösterirken, 2 ve 3 no'lu bileşikler HeLa hücrelerine karşı en aktif apoptotik bileşikler olarak tespit edilmiştir. Ayrıca 2 no'lu bileşik HeLa hücreleri üzerinde en fazla kaspaz 3 aktivasyonuna neden olan bileşik olarak bulunmuştur.
Yeni pirazolin türevi bileşiklerin sentezi ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Medisinal kimyada, antikanser ilaç tasarlama ve geliştirme çalışmalarında, pirazolin türevi bileşikler büyük önem kazanmıştır. Bu çalışmada, yeni pirazolin türevleri sentezlendi ve bu bileşiklerin AsPC-1 insan pankreatik adenokarsinoma, U87 ve U251 insan glioblastoma hücre dizileri üzerindeki sitototoksik etkileri değerlendirildi. Bu bileşikler arasında, 1-[((5-(4-metilfenil)-1,3,4-oksadiazol-2-il)tiyo)asetil]-3-(2-tiyenil)-5-(4-klorofenil)-2-pirazolinin (11) AsPC-1 ve U251 hücre dizilerine karşı sırasıyla 16.8 µM ve 11.9 µM IC50 değerleriyle en etkili antikanser ajan olduğu bulundu. Jurkat insan lösemi T-hücre dizisi ve insan periferal kan mononükleer hücreleri arasında 11 no'lu bileşiğin tümör seçiciliği açıkça görülmektedir. Ümit verici antikanser etkisine bağlı olarak, 11 no'lu bileşik U251 hücrelerinde apoptoz/nekroz değerlendirmesi ve DNA kırılma analizi için seçildi. 11 No'lu bileşik uygulanan U251 hücreleri düşük konsantrasyonda (1.5 µM) apoptotik fenotip gösterdi. Bu ligandın DNA-kırma etkinliği cisplatinden daha belirgindi ve bu etkinliği Fe(II)-H2O2-askorbik asit sistemleri ile açıkça arttırıldı. Bu sonuç, DNA kırılması ve hücre ölümü arasındaki ilişkiyi gösterdi. Anahtar Kelimeler: Pirazolin, oksadiazol, antikanser etki, apoptoz, DNA kırılması
Prematür ovaryan yetmezlikle XPD ve XRCC1 DNA tamir gen polimorfizminin ilişkisi
Prematür ovaryan yetmezlik (POF), reprodüktif yaş grubundaki kadınların yaklaşık %1'ini etkileyen, 40 yaşın altında ovaryan fonksiyonların kesilmesine artmış gonadotropin ve düşük östrojen seviyelerinin eşlik ettiği heterojen bir tablodur. POF vakalarının %90'ında etiyolojik faktör belirlenememektedir. Kadınların tüm reprodüktif hayatları boyunca sahip oldukları yedi milyon oositten sadece 500'den azı ovule olabilmektedir. POF'un ovaryan gelişim sırasındaki folikül sayısının düşük olmasından ya da folikül kayıp hızındaki bir artıştan kaynaklanıyor olabileceği düşünülmektedir. Epidemiyolojik çalışmalarda DNA hasarlayıcı ajanlara maruziyetin fertilitede azalmaya ve folikül sayısında kayba neden olduğu gösterilmiştir. DNA tamir geni polimorfizmleri DNA tamir enzimlerinin fonksiyonlarını değiştirebilmekte ve tamir edilmeyen DNA hasarları apoptozisi tetikleyebilmektedir. Bu nedenle biz bu çalışmada, Türk toplumunda idiopatik POF ile XPD ve XRCC1 polimorfizmlerinin ilişkili olup olmadığını araştırdık. Bu amaçla POF ve kontrol grubunda XPD-Lys751Gln, XRCC1-Arg194Trp ve XRCC1-Arg399Gln polimorfizmlerinin sıklığı analiz edildi. Hasta grubu yaşları 17-39 arasında değişen 25 POF hastasından oluşturuldu. Yaşları 21-64 arasında olan, 40 yaşından sonra menapoza girmiş olan ya da halen düzenli adet gören 25 kadın kontrol grubuna dahil edildi. Standart metodlar kullanılarak periferik kandaki lökositlerden DNA analizi yapıldı. Polimorfizmlerin tespiti bir LightCycler-System ile floresan işaretli hibridizasyon probları kullanılarak erime eğrisi analizi ile yapıldı. Yaptığımız çalışmada araştırılan polimorfizmlerin genotip dağılımları ve allel frekansları açısından POF ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmadı. XPD-Lys751Gln polimorfizmi için Gln/Gln+Lys/Gln genotipi sıklığı POF grubunda kontrol grubuna göre anlamlı ölçüde daha düşük bulundu. Bu çalışmada 751Gln allelinin POF'a karşı koruyucu bir rolü olduğu bulundu.
Naif kronik hepatit B hastalarında lamivudin tedavisinde 6.ayında HBV DNA sonuçlarının değerlendirilmesi
Giriş ve AmaçÇalışmamızda Lamivudin kullanan naif kronik hepatit B'li hastalarda viral supresyon oranlarını retrospektif olarak karşılaştırmayı amaçladık.Gereç ve YöntemÇalışmamıza Lamivudin kullanan 40 naif kronik hepatit B hastası dahil ettik. Hastalarda ALT, AST ve HBV DNA düzeyini araştırdık. Başlangıç, 3. ve 6. aydaki HBV DNA, ALT ve AST düzeylerini karşılaştırdık.BulgularLamivudin tedavisi alan hastaların tedavi öncesi, 3. ay ve 6. ayındaki HBV DNA düzeyleri karşılaştırıldı. Tedavinin 3. ayında hastaların hepsinde 1 log10'dan daha fazla düşüş mevcuttu. Primer cevapsız hasta saptanmadı. Tedavinin 6.ayında 28 hastada (%70) tam cevap saptandı.10 hastada (%25) parsiyel cevap, 2 hastada (%5) yetersiz cevap olduğu saptandı. Lamivudin tedavisi alan hastaların tedavi öncesi HBV DNA düzeyleri ile tedavinin 6. ay, HBV DNA düzeyleri karşılaştırıldığında HBV DNA düşüş hızları arasında istatiksel olarak anlamlı fark vardı.Lamivudin alan hastaların tedavi öncesi, 3.ay ve 6.ay AST ve ALT ortalamaları karşılaştırıldı. Başlangıç ve 6. ay AST ve ALT değerleri karşılaştırıldığında istatiksel olarak anlamlı azalma saptandı ( p<0.05 ) .Çalışmaya dahil edilen hastaların tedavi öncesi ve tedavinin 6. ayındaki HbsAg ve AntiHBsAg durumları karşılaştırıldı. Tedavi öncesi hastaların tamamında AntiHBs negatifti. Hastaların 6. ay takiplerinde 1 hastada AntiHBs serokonversiyonu geliştiği gözlendi.Lamivudin tedavisi alan hastaların tedavi öncesi ve tedavinin 6. ayındaki HBeAg durumları kaşılaştırıldı. Tedavi öncesi 4 hastada HBsAg pozitif olan hastaların 6.aydaki takiplerinde 2 hastada AntiHBsAg serokonversiyonu saptandı.SonuçÇalışmamızda tedavinin 6.ay HBV DNAsonuçları değerlendirildiğinde 10 hastada ( %25) parisyel cevap, 2 hastada (%5) yetersiz cevap saptandı. Yani çalışmaya dahil edilen hastaların %30'da istenilen düzeyde cevap elde edilemedi.Sonuç olarak kronik hepatit B tedavisinde direnç önemli bir sorun olması ve uzun dönem lamivudin kullanımı sırasında yüksek oranda direnç gelişmesi nedeniyle, direnç gelişiminin erken saptanması ve gereken değişimlerin yapılabilmesi için hastalar tedavi altında iken yakından izlenmelidir.Anahtar kelimeler: Kronik Hepatit B, Lamivudin, HBV DNA
Tiroid nodüllerinin değerlendirilmesinde DNA onarım proteinlerinin yeri
Tiroid Nodüllerinin Değerlendirilmesinde DNA Onarım Proteinlerinin Yeri Giriş ve Amaç: Benign ve malign tiroid lezyonları, endokrin bezlerin en sık görülen patolojileridir ancak zaman zaman bu lezyonların ayırımı histopatolojik olarak bile güç olabilir. Son yıllarda bazı moleküler göstergelerin bu amaçla kullanılabileceği bildirilmiştir. Mut-S-Homolog-2 (MSH2) ve Mut-L-Homolog-1 (MLH1) gibi bazı DNA onarım proteinleri [?Mismatch Repair? (MMR) proteinleri] ve metil guanin?DNA-metil transferaz (MGMT) gibi DNA onarım enzimleri üzerinde tartışılan moleküllerdir. Bu çalışmada; patolojik olarak papiller tiroid kanseri (PTK), kronik lenfositik tiroidit (KLT) ve multinodüler kolloidal guatr (MNG) tanısı konulmuş hastalarda MSH2, MLH1, MGMT düzeylerinin belirlenmesi ve bu lezyonların ayırıcı tanısında kullanılabilir olup olmayacakları araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Total ya da subtotal tiroidektomi yapılmış ve PTK (n=29, yaş; 50,07±16,42), MNG (n=26; 52,96 ±17,09) ve KLT (n=29; 46,21±11,80) tanısı almış 90 olguya ait doku örnekleri retrospektif olarak değerlendirildi. Parafin bloklardan elde edilen örnekler MGMT, MSH2, MLH1 proteinleri ile boyanarak immunhistokimyasal olarak değerlendirildi. Verilerin analizi için tanımlayıcı istatistiksel metotlar, ANOVA ve Pearson Ki-Kare testleri kullanıldı. Bulgular: MGMT, MSH2 ve MLH1 gruplar arasında istatistiki olarak anlamlı fark olmasa da PTK grubunda daha yüksek oranda foliküler hücre pozitifliği gösterdi. Gruplar MGMT ve MSH2 boyanma yoğunluğu ve immunreaktivite açısından benzerdi ancak PTK grubu lehine daha belirgindi. MGMT boyanma şekilleri açısından istatistiki fark olmamasına karşın, PTK olguları çoğunlukla nükleer ve stoplazmik; MNG olguları çoğunlukla nükleer boyanma paterni gösterdi. MSH2 % 50?den az ve %50 ve üzeri foliküler hücre pozitifliği şeklinde yapılan değerlendirmede KLT ve MNG grupları arasındaki fark anlamlı idi (p=0,023). MSH2 boyanma yoğunluğu ve immunreaktivite açısından KLT ve MNG grupları arasında farklı bulundu (sırasıyla p=0,001 ve p=0,044). MLH1 foliküler hücre pozitifliği PTK ile MNG grupları arasında farklı (p=0,032), immunreaktivitesi ise KLT ve MNG arasında farklı idi (p=0,012). Sonuç: DNA tamir genleri malign tümörlerde benign tümörlere oranla daha yüksek seviyelerde eksprese olur. Bu artış malign dönüşüm nedeniyle gelişen hasara cevaben DNA onarım genlerindeki fonksiyonel aktivasyona bağlanmaktadır. Bizim II çalışmamızda da DNA tamir genlerinden MGMT, MSH2 ve MLH1 düzeyleri değerlendirildiğinde papiller karsinom ve kolloidal guatr arasında istatistiksel olarak anlamlı fark olmamasına rağmen papiller karsinom olgularının daha yüksek boyanma gösterdiği görülmüştür. Papiller karsinom ve kronik lenfositik tiroidit ayırımının bazen histopatolojik incelemede bile zor olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada incelediğimiz moleküler göstergelerin de bu ayırımda yeterince aydınlatıcı olmadığı görülmüştür. Bu moleküllerin rutin pratikte kullanılabilir hale gelmesi için daha fazla veriye ihtiyaç olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Sözcükler: Tiroid, Papiller karsinom, Kronik tiroidit, Kolloidal guatr , DNA, MGMT, MMR, MSH2, MLH1.
Kronik hepatit B'li hastaların tedavisinde tenofovir'in tkinliğinin değerlendirilmesi
Giriş ve Amaç Çalışmamızda Tenofovir kullanan kronik hepatit B?li hastalarda viral supresyon oranlarını retrospektif olarak karşılaştırmayı amaçladık. Gereç ve Yöntem Çalışmamıza Tenofovir kullanan 117 kronik hepatit B hastası dahil ettik. Hastalarda ALT, AST ,HBV DNA, HBsAg, AntiHBs, HBeAg, AntiHBe düzeyini araştırdık. 1., 3., 6., 9., 12. aydaki HBV DNA, ALT , AST, HBsAg, AntiHBs, HBeAg, AntiHBe düzeylerini karşılaştırdık. Bulgular Tenofovir tedavisi alan hastaların 1. ay, 3. ay , 6. ay,9. ay ve 12. aydaki HBV DNA düzeyleri karşılaştırıldı. Tedavinin 3. ayında hastaların hepsinde 1 log10?dan daha fazla düşüş mevcuttu. Primer cevapsız hasta saptanmadı. Tedavinin 6. ayında 77 hastada (% 65,8) tam cevap , 21 hastada (% 17,9) parsiyel cevap , 19 hastada (% 16,2) yetersiz cevap olduğu saptandı. Tenefovir tedavisi alan hastaların tedavi öncesi HBV DNA düzeyleri ile tedavinin 6. ay, HBV DNA düzeyleri karşılaştırıldığında HBV DNA düşüş hızları arasında istatiksel olarak anlamlı fark vardı. Tenofovir alan hastaların 1. ay, 3.ay, 6.ay, 9. ay ve 12. ay AST ve ALT ortalamaları karşılaştırıldı. AST ve ALT değerleri karşılaştırıldığında istatiksel olarak anlamlı azalma saptandı ( p<0.05 ) . Çalışmaya dahil edilen hastaların tedavi öncesi ve tedavinin 9. ayındaki HbsAg ve AntiHBsAg durumları karşılaştırıldı. Tedavi öncesi hastaların tamamında AntiHBs negatifti. Hastaların 6. ay takiplerinde 1 hastada AntiHBs serokonversiyonu geliştiği gözlendi. Tenofovir tedavisi alan hastaların tedavinin 1. ayı ve tedavinin 12. ayındaki HBeAg durumları kaşılaştırıldı. Tedavinin 1. ayında 54 hastada AntiHBeAg pozitif olan hastaların 12. aydaki takiplerinde 62 hastada AntiHBeAg serokonversiyonu saptandı. Sonuç Sonuç olarak Kronik Hepatit B nedeni Tenofovir ile tedavi edilen hastalarda direnç yoktur. Hastaların AST, ALT, HBV DNA seviyelerinde istatiksel olark anlamlı düşüş saptanmıştır. HBsAg ve HBeAg serokonversiyonunda istetenen değerlere ulaşılamamıştır. Bunun için daha geniş serilere ihtiyaç vardır.
Dna seçici mikrokürelerin sentezi ve karakterizasyonu
Moleküler baskılama, hedef molekül hafızalı polimerler sentezlemek ve bu sayede de hedef moleküllere karşı seçici materyaller üretmek için bilim insanları tarafından son yıllarda oldukça fazla kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı 6 farklı canlı türünden elde edilen DNA moleküllerini Poli(Glisidil metakrilat), Poli(GMA), mikrokürelerine baskılamak ve bu polimerelere her canlı DNA'sı için ayrı seçicilik kazandırmaktır. Polimerlerin karakterizasyonu için Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM), Frouer Dönüşümlü İnfrared Spektroskopisi (FT-IR), Termal Analiz ve Lazer Taramalı Konfokal Mikroskop Analizi yapılmıştır. DNA baskılanmış polimerlerin seçiciliklerini kıyaslamak için konfokal mikroskop görüntüleri ve GC-MS kütle analizleri yapılmıştır.
Bazı antineoplastik ilaçların DNA ile etkileşim modunun belirlenmesi ve elektrokimyasal genosensör geliştirilmesi
Bu çalışmada, antineoplastik özellik gösteren 5-Florourasil (5-FU) ve 2-Tiyourasil (2-TU) ilaçlarının tayini ve dsDNA ile etkileşiminin incelenmesi için elektrokimyasal bir genosensör geliştirildi. Bu amaçla ilk olarak, bromokrezol mor monomerinin (BCP) camsı karbon elektrot (GCE) yüzeyine elektrokimyasal olarak polimerizasyonu gerçekleştirildi. Hazırlanan modifiye elektrot GCE/P(BCP) olarak adlandırıldı. GC/P(BCP) elektrodun yüzey morfolojileri FT-IR-ATR, Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) kullanılarak incelendi ve EDX analizi yapıldı. dsDNA, GC/P(BCP) elektrot yüzeyine immobilize edildi ve elde edilen elektrot GC/P(BCP)/dsDNA olarak adlandırıldı. Hazırlanan elektrotların elektron transfer özellikleri, elektrokimyasal empedans spektroskopisi (EIS) ve dönüşümlü voltametri (CV) teknikleri ile çalışıldı. GC/P(BCP)/dsDNA elektrot kullanılarak ilgili ilaçların elektrokimyasal tayini yapıldı. Bunun için ilaç ile etkileşim öncesi ve sonrası dsDNA molekülündeki guanin yükseltgenme sinyallerindeki değişiklikler izlendi. 5-FU ilacı için doğrusal çalışma aralığı 1-50 mg L-1 olarak bulundu. 2-TU için ise doğrusal çalışma aralığı ise 0,1-50 mg L-1 olarak belirlendi. Muhtemel bozucu türlerin, guanin yükseltgenme sinyali üzerine etkileri incelendi. Son olarak söz konusu ilaçların farmasötik ve idrar numunelerinde tayinleri yapıldı ve geri kazanım değerleri hesaplandı. Yapılan çalışmalar sonucunda her iki ilacın da dsDNA'ya ağırlıklı olarak interkalasyon yoluyla bağlandığı sonucuna varılabilir.
Türkiye'de bazı köpek ırklarında kalça ve dirsek displazisinin FCI (Federation Cynologique Internatinale) ve IEWG (International) kriterlerine göre radyografik değerlendirmeleri ve DNA tabanlı prediktif kan testleri sonuçlarıyla ilişkilendirilmesi
Bu çalışmada, köpeklerdeki gelişimsel ortopedik hastalıklardan kalça ve dirsek displazisi oluşumunda etkili olabilecek gen polimorfizmlerinin araştırılması ve elde edilen genetik bilginin hastalığı taşıyan köpeklerin erken yaşta tespit edilmesi ve hastalığa yatkınlık konularında kullanılma potansiyellerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Bu bağlamda, hasta ve sağlıklı hayvanlara ait radyolojik bulgular seçilen dört polimorfizme ait genotipik veri seti ile karşılaştırıldı. Çalışmaya 30 adet (n=30) Alman Çoban ve 30 adet (n=30) Labrador Retriever ırkı köpek dahil edildi. Tamamı 1 yaşını doldurup kemik olgunluğuna ulaşmış olan bu köpeklerden 36'sı dişi ve 24'ü erkekti. Damızlık izni almak üzere rutin tarama için getirilen köpeklere yapılan topallık ve ortopedik muayene sonrasında anestezi altında pelvis ve dirsek radyografileri uygun pozisyonlarda çekildi. Radyografiler FCI ve IEWG kriterlerine göre değerlendirildi ve derecelendirildi. Alınan kan örneklerinden gerçekleştirilen DNA izolasyonunu takiben genotiplendirme işlemi Real Time PCR teknolojisi kullanılarak yapıldı. Elde edilen veriler istatistiksel olarak analiz edildi. İstatistiksel analizlere göre sadece kalça displazisi yönünden hasta olan köpeklerde, dişiler ve erkekler arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulundu (p=0,0036). Hem kalça hem de dirsek displazisi yönünden hasta olarak değerlendirilen köpeklerde, SMYD3 gen lokasyonuna yakın (rs8897564) numaralı SNP1 arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulundu (sırasıyla p=0,015; p=0,007). Sonuç olarak, kalça/dirsek displazisinde etkili olduğu belirlenen gen lokasyonlarına yakın meydana gelen polimorfizmler ilk kez bu çalışma ile değerlendirildi ve SMYD3 gen lokasyonuna yakın meydana gelen (rs8897564) numaralı tek nükleotid mutasyonu (SNP1) hem kalça hem de dirsek displazisi için anlamlı bulundu. İlk kez dirsek displazisinde değerlendirilen bu polimorfizmin daha sonra yapılacak çalışmalara ışık tutacaktır. Anahtar Sözcükler: Kalça displazisi, dirsek displazisi, FCI, IEWG, tek nükleotid polimorfizmi (SNP), genetik, radyografik değerlendirme
Kısa abstinens süresiyle ardışık ejakülasyonun sperm kromatin bütünlüğü ve antioksidan aktiviteye etkisi
Üremeye yardımcı tedavi uygulamalarında tercih edilen tedavi yaklaşımına göre semen parametrelerinin embriyoloji laboratuvarı parametrelerine ve klinik başarıya etkisi değişmektedir. Semen parametreleri abstinens süresi ve androloji laboratuvarında uygulananyıkama protokollerine göre değişmekte ve inseminasyonda kullanılacak sperm materyalinin kalitesini etkilemektedir. Bu çalışmada normozoospermik erkeklerde kısa abstinens süresinin rutin semen parametrelerine, sperm kromatin ve DNA bütünlüğüne, oksidatif strese karşı gelişen antioksidan kapasiteye etkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Aynı hastadan ardışık ejakulasyonla2-5 günlük abstinens süresi sonrası (n=36) ve 1 saat abstinens süresi sonrası(n=36) alınan numuneler yıkama öncesi ve yıkama sonrası değerlendirildi.Yıkama öncesinde abstinens süresine bağlı olarak sperm volümünün ve total motil sperm sayısının kısa abstinens süresi aleyhine anlamlı olarak değiştiği, yıkama sonrasında motilitenin değişmediği, konsantrasyonun kısa abstinens grubunda anlamlı azaldığı görüldü. Abstinens süresi kısa tutulduğunda sperm kromatin hasarının ve DNA fragmantasyon oranının azaldığı, antioksidan kapasitede bir değişiklik oluşturmadığı saptandı. Bu çalışmanın sonucunda abstinens süresinin kısa tutulması sperm konsantrasyonunu ve bununla bağlantılı olarak total progressif sperm sayısını azaltmakla birlikte, normozoospermik olgularda uygulanacak üremeye yardımcı tedavi yaklaşımına göre inseminasyonda kromatin ve DNA bütünlüğü açısından daha kaliteli sperm kullanılmasına imkan sağlayacaktır. Ardışık ejakulasyon ve abstinens süresindeki kısalma aktioksidan kapasitede olumlu ya da olumsuz bir etki oluşturmamaktadır.
MALDI-TOF MS ve 16S rDNA dizi analizi ile geleneksel olarak üretilen mihaliç peynirinin mikrobiyotasininaraştırılması
Tez çalışmasında Mihaliç peynirinin laktik florası MALDI-TOF MS ve 16S rDNA dizi analizi yöntemleri ile karşılaştırmalı olarak tanımlandı. Araştırmada toplam 53 adet Mihaliç peyniri üretiminin en fazla yapıldığı Marmara Bölgesi'nden toplandı. Çalışmanın ilk bölümünde spesifik besiyerleri kullanılarak tüm laktik flora ortaya çıkartıldı ve seçilen 467 adet izolat MALDI-TOF-MS analizine tabi tutuldu. Besiyerlerinde üreyen mikroorganizmalar sayısal olarak değerlendirildiğinde M17 agarda gelişen streptokokların florada baskın olduğu belirlendi. Mikrooganizmaların tür tanısı için kullanılan MALDI-TOF-MS ve 16S rDNA dizi analiz sonuçlarına göre Lactobacillus fermentum (% 37,9), Lb. paracasei (% 32,5) ve Lb. rhamnosus (% 14,2) baskın laktobasil türleri olarak belirlendi. Benzer şekilde, Streptecoccus thermophilus (% 34), Str. gallolyticus ssp. macedonicus (% 31,9), Str. lutetiensis/Str. infantarius ssp. infantarius (% 14,8) ve Lactococcus lactis (% 12,7) M17'de üreyen streptokok ve laktokoklar olarak tanımlandı. Enterokoklar arasında ise KAA besiyerinden Enterococcus faecium (% 41,6) ve Ent. faecalis (% 38,5) en baskın türler olarak izole edilmiştir. Çalışmanın ikinci bölümünde tuzlu ve az tuzlu Mihaliç peynirleri ile bu peynirlerin kabuk (dış) ve iç (merkez) kısım mikrofloraları karşılaştırıldı. Sonuçta Lb. paracasei tuzlu peynirlere kıyasla az tuzlu peynirlerden daha sıklıkla izole edildi. Peynirlerin kabuk ve iç kısım karşılaştırmasında Lb. fermentum merkez kısımda daha yaygın olduğu, Ent. faecium'un ise kabuk kısmında daha baskın olduğu belirlendi. Elde edilen izolatlar ''Süt Ürünleri Gen Bankası'' starter kültür koleksiyonunda TSGB3001 başlangıç kodu ile kayıt ve muhafaza altına alındı. Bu suşların, peynir üretiminde potansiyel rollerinin anlaşılması için detaylı çalışmalara ihtiyaç vardır.
Katılma nöbeti olan hastalarda oksidatif durum ve dna hasarı araştırılması
Oksidatif stres reaktif oksijen türevleri ile antioksidan sistem arasında oluşan dengesizliktir. Bu dengesizlik hücre kompartımanlarında geri dönüşümsüz hasara neden olabilir. Katılma nöbeti olan hastalarda oksidatif stresin arttığı gösterilmiştir. Bu çalışmada artan oksidatif stresin DNA hasarına yol açabileceği düşünülerek katılma nöbeti olan hastalarda serum demir, folik asit ve vitamin B12 düzeyleri ile total oksidan seviye (TOS), total antioksidan seviye (TAS) ve mononükleer lökosit DNA hasarını belirlemeyi amaçladık. Yaş, cinsiyet bakımından birbirine benzer 40 katılma nöbeti olgusu ve 30 kontrol grubu çalışmaya dahil edildi. Plazma TAS, TOS, vitamin B12, folik asit ve demir seviyeleri ticari kit kullanılarak kolorimetrik yöntemle, periferal mononükleer lökosit DNA hasarı alkalen tekli hücre elektroforez yöntemi (comet assay) ile analiz edildi. Oksidatif stres indeksi (OSİ) hesapla bulundu. Katılma grubunda TOS, OSİ ve mononükleer lökosit DNA hasar seviyeleri kontrol grubuna göre anlamlı derecede yüksek (p <0.05), TAS düzeyi ise anlamlı derecede düşük bulundu (p <0.05). Katılma grubunda TOS ile DNA hasarı arasında anlamlı derecede pozitif korelasyon tespit edildi (r=0,287, p <0.05). Katılma nöbeti grubu ile kontrol grubu arasında demir, vitamin B12 ve folik asit eksiklikleri açısından istatiksel olarak anlamlı bir fark bulunmadı (p >0.05). Bu çalışmada sonuç olarak katılma nöbeti vakalarında oksidatif stres ve DNA hasarı artmış, antioksidan kapasite azalmış olarak bulunmuştur. Artan oksidatif stres ve DNA hasarının sonuçları bakımından yeni çalışmalara ihtiyaç vardır.
Işığa-duyarlı akıllı ilaç taşıyıcı sistemler: DNA-polimer ve protein-polimer konjugatlarının sentezi ve karakterizasyonu
Son zamanlarda özellikle kanser gibi önemli hastalıkların tedavisi için yeni metodların geliştirilmesine yönelik artan ihtiyaç sebebiyle, konvansiyonel ilaçların yerine daha etkili olabilecek ve hastaları daha az yan etkiyle tedavi edebilme potansiyeline sahip akıllı ilaç taşıyıcı sistemler geliştirilmektedir. Bu sistemler genellikle çeşitli polimerlerle oluşturulan nanoparçacıkların içine uygun ilaçların yüklenip hastalıklı bölgeye uygun hedeflendirmenin yapılarak ilacın tüm vücuda yayılmadan sadece istenilen bölgeye uygulanabileceği şekilde tasarlanmaktadır. Bu amaçla oluşturulacak taşıyıcı sistemlerin sentezinde uygun çözücüler içinde kendiliğinden birleşme özelliğine sahip amfifilik konjugatların kullanılması bu sistemlerin kolaylıkla elde edilmesine olanak sağlamaktadır. Amfifilik yapıları oluşturmak için hidrofobik ve hidrofilik iki blok çeşitli konjugasyon yöntemleriyle bir araya getirilir. Bu yapılar tamamen sentetik polimerlerle hazırlanabilirken canlı ortamla uyumlu olmaları sebebiyle günümüzde hidrofilik blok olarak biyomakromoleküller daha yaygın olarak çalışılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada fotoaktif bir molekül olan kumarin içeren metakrilat monomeri ile tersiyer bütil akrilat monomerinin ATRP ile polimerizasyonu sonucu hidrofobik bir polimer bloğu elde edilmiştir. Hidrofilik blok olarak ise iki ayrı biyomakromolekül kullanılmıştır. İlk olarak 22 bazlı tek zincirli bir oligonükleotit ile hidrofobik polimerin CuAAC "click" reaksiyonu vasıtasıyla konjugasyonu yapılmış ve bu konjugatın karakterizasyonu için FT-IR, DLS ve UV ölçümleri alınmıştır. Bir diğer hidrofilik blok olarak ise BSA proteini kullanılmıştır. Hidrofobik polimer ile BSA'nın CuAAC "click" reaksiyonu vasıtasıyla konjuge edilmesinden sonra elde edilen konjugatın karakterizasyonu FT-IR, DSC, SDS-PAGE, UV ve floresans ile yapılmıştır. Daha sonra konjugatların distile su içerisinde misel oluşumu sağlanmış ve DLS ölçümleri ile bu misellerin parçacık boyutları belirlenmiştir. Miseller UV ışık altında (350 nm) 1 saat aydınlatılarak tekrar DLS ölçümleri yapılmış ve parçacık boyutlarındaki değişim gözlenmiştir.
Kronik rinosinüzitli çocuklarda burun sıvısı ve kanda oksidatif stres, antioksidatif stres parametreleri ile kanda DNA hasarının incelenmesi
Rinosinüzit (RS), hem nazal mukoza hem de paranazal sinüslerin eş zamanlı inflamatuvar durumuna bağlı olarak gelişen patolojik bir süreci ifade eder. Akut ve kronik olarak da alt gruplara ayrılabilmektedir. Çocuklarda kronik rinosinüzit erişkinlere benzer şekilde, 6 hafta ve 3 aydan daha uzun süreli burun ve paranazal sinüslerin, biri burun tıkanıklığı veya burun akıntısı (anterior/posterior nazal akıntı) olmak üzere ,yüzde ağrı/basınç /dolgunluk hissi ya da öksürük şeklinde iki veya daha fazla semptomla karakterize inflamasyonu olarak tanımlanır. Burun sekresyonlarının değişimleri, mukosiliyer klirens eksikliği, immün yetmezlikler ve anatomik anormallikler gibi çeşitli faktörlerin rol oynadığı düşünülsede, tam olarak patogenez belirsizdir. Literatürde erişkinlerde görülen kronik rinosinüzitlerde oksidatif stres parametrelerinin değişimini inceleyen çalışmalar mevcuttur. Bu çalışmalarda hasta grupta oksidatif stres düzeylerinin yükselmiş olduğu gösterilmiştir ancak çocuklarda destekleyici çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada 01.09.2017 ve 01.11.2018 tarihleri arasında çocuk alerji,kulak burun boğaz ve çocuk polikliniklerimizde kronik rinosinüzit tanısı alan toplam 45 hasta ve kontrol grubu olarak 32 sağlıklı çocuk çalışmaya dahil edildi. Her iki gruba da inflamasyon ölçmek için kanda C-Reaktif Protein (CRP), alerji taraması için total IgE ve ADT yapıldı. Oksidatif stres ve antioksidatif stres parametreleri nazal sekresyonda ve kanda, DNA hasarı ise kanda çalışıldı.Bu yolla; kronik rinosinüziti bulanan hastalarda oksidatif stres parametreleri dağılımı ve buna bağlı DNA hasarı incelenmesi aynı zamanda alerji zeminin kronik rinosinüzit patogenezindeki etkisinin incelenmesi amaçlandı. Çalışmamızın sonuçlarına bakıldığında kronik rinosinüzit gruplarında kontrol gruplarına göre kanda ve nazal sekresyonda oksidatif stres ve DNA hasarının arttığı ,antioksidatif kapasitenin ise azaldığı saptandı.Değerler incelendiğinde; hasta grupta Total IGE, CRP, kan ve nazal sıvı oksidatif stress ve antioksidatif stress parametreleriyle istatistiksel olarak anlamlı ilişkili saptanmadı.Hasta grupta alerji test pozitifliği anlamlı olarak yüksek bulundu ancak hasta grupta allerji deri testi pozitif ve negatif hastaların kan ve nazal sıvı oksidatif stress ve antioksidatif stress parametrelerinin ortalaması karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmadı.Bu sebeple çalışmamız ADT pozitifliğinin oksidatif stres parametrelerini üzerine etkisi olmadığını gösterdi.Bu sonuçlar; diğer çocukluk çağı alerjik hastalıklarında olduğu gibi, kronik sinüzit patogenezinde de oksidatif stresin önemli rol oynadığını düşündürdü.
Candida boidinii kaynaklı NaD+ bağımlı format dehidrogenaz enziminin üretilmesi, enzim aktivitesinin ve termal stabilitesinin artırılması
Farklı endüstrilerde geniş bir kullanım alanına sahip olan enzimler, hastalıkların tanısında kullanılan biyokimyasal analizler için de önemlidir. Format (formik asit) tek karbonlu endojen bir metabolit olup, insan serumunda ve idrarında belirli seviyelerde bulunur. Format düzeylerinin insan serumu ve idrarında özellikle metanol intoksikasyonu, vitamin B eksiklikleri, astım, çeşitli psikiyatrik bozukluklar ve farklı patolojik durumlara bağlı olarak arttığı gösterilmiştir. Format Dehidrojenaz (FDH), format için mutlak özgüllük gösteren ve ortamda bulunan formattan elektronları NAD+'ye transfer eden bir enzimdir. Reaksiyonun sonunda oluşan NADH + H miktarı, reaksiyona giren formatın miktarı ile doğru orantılıdır. Tez projesi ile amacımız, NAD+ bağımlı FDH enzimininin rekombinant DNA teknolojisi ile üretilmesi, enzim aktivitesinin ve termal stabilitesinin artırılmasıdır. Çalışmamızda, Candida boidinii (Cbo) FDH proteinini kodlayan 1095 baz çift geni, bir şablon olarak kullanılarak Polimez Zincir Reaksiyonu (PZR) ile çoğaltıldı. Ürün pET-23b (+) ifade vektörüne klonlandıktan sonra ekspresyon için Escherichia coli (E.coli) BL21 (DE3) hücrelerine transfer edildi. Üretilen CboFDH enziminin saflaştırılması için afinite His-Trap kolonu kullanıldı. Enzim aktivitesi ölçümleri 340 nm'de NADH miktarının fotometrik ölçümü ile gerçekleştirildi. Moleküller arası etkileşimler üzerinde yapılan mutasyonların etkisini tahmin etmek için, Gaussian 09 yazılımına mevcut kristal yapı (PDB: 5DN9) tanıtıldı ve mutasyon yapılacak bölgeler tahmin edildi. Daha sonra, enzim aktivitesini ve termal stabilitesini artırmaya yönelik olarak Val120Thr, Phe285Thr, Gln287Glu, His311Gln ve Phe285Thr/His311Gln mutasyonları gerçekleştirildi. Mutasyonla aminoasitleri değiştirilmiş enzimin yapısı geometrik optimizasyon ile kendi ortamında gerçek forma en yakın şekilde modellendi. Sonuçlar Pymol paket yazılımı ile görselleştirilerek tartışıldı. Hem yabanıl tip hem de mutant FDH'ler için kinetik ve termostabilite çalışmaları yapıldı. Çalışmada ayrıca, yabanıl tip FDH ve mutant FDH suşlarının enzim aktivitesi üzerinde farklı metal iyonlarının ve organik çözücülerin etkisi araştırıldı. Yabanıl tip ve mutant enzimlerin ikincil yapıları ve termal stabilite çalışmaları dairesel dikroizm (CD) spektroskopisi ile incelendi. Çalışma sonucunda rekombinant DNA teknolojisi ile üretilen yabanıl tip CboFDH için uygun pH 7.4, optimum sıcaklık ise 40 °C bulunurken; mutant enzimler için optimum pH ve sıcaklıklar, Phe285ThrFDH için pH 7,sıcaklık 40 °C , Val120ThrFDH için pH 7, sıcaklık 40 °C , Gln287GluFDH için pH 7, sıcaklık 60 °C , His311GlnFDH için pH 7, sıcaklık 65 °C ve Phe285Thr/His311GlnFDH için pH 8, sıcaklık 65 °C olarak bulundu. CD cihazı ile α-heliks ikincil yapıları belirlenen yabanıl tip ve mutant enzimlerin termal denatürasyon (Tm) sıcaklıkları yabanıl tip CboFDH için 64 °C , Gln287GluFDH için 70 °C, His311GlnFDH için 77 °C ve Phe285Thr/His311GlnFDH için 73 °C olarak saptandı. Enzim kinetiği çalışmaları ile yabanıl tip CboFDH için format için KM değeri 2 mM, Kcat değeri 9.2 x 102 S-1, NAD için KM değeri 1.5 mM, Kcat değeri 2.62 x 104 S-1; Phe285ThrFDH için format için KM değeri 0.97 mM ve Kcat değeri 6.23 x 103 S-1,NAD için KM değeri 2.3 mM ve Kcat değeri 4.59 x 103 S-1; Val120ThrFDH için format için KM değeri 1.3 mM ve Kcat değeri 6.23 x 103 S-1, NAD için KM değeri 7.9 mM ve Kcat değeri 1.04 x 104 S-1; Gln287GluFDH için format için KM değeri 1.65 mM ve Kcat değeri 4.42 x 103 S-1, NAD için KM değeri 3.3 mM ve Kcat değeri 9.51 x 103 S-1; His311GlnFDH için format için KM değeri 1.5 mM ve Kcat değeri 3.28 x 103 S-1, NAD için KM değeri 1.6 mM, Kcat değeri 8.2 x 103 S-1; Phe285Thr/His311GlnFDH için format için KM değeri 1.4 mM ve Kcat değeri 6.95 x 103 S-1, NAD için KM değeri 7 mM, Kcat değeri 1.21 x 104 S-1olarak hesaplandı. Farklı konsantrasyonlardaki 11 farklı metalin enzim aktivitesine etkisi sonuçlarında yabanıl tip CboFDH ve mutant FDH'ler için CuCl2 harici tüm metallerin aktiviteyi %80'e kadar artırdığı gözlenirken; CuCl2'ün artan konsantrasyonlarda %77'ye kadar enzim aktivitesini düşürdüğü bulundu. Farklı konsantrasyonlardaki 5 farklı organik çözücünün enzim aktivitesine etkisi sonuçlarında ise yabanıl tip CboFDH ve tüm mutant FDH'lerde aseton, etanol, metanol ve propanolün enzim aktivitesini %20-%31 aralığında artırdığı ancak kloroformun artan konsantrasyonlarda enzim aktivitesini %97'ye kadar düşürdüğü bulundu. Bu çalışma, bazı patolojik durumlardaki seviyeleri önemli bir belirteç olan formata mutlak spesifik ayrıca endüstriyel kullanım alanları geniş NAD+-bağımlı FDH enziminin yerli ve büyük ölçekte üretilebilmesinde veri sağlaması açısından önemlidir. Anahtar Kelimeler: Candida boidinii, Format Dehidrogenaz, Format, Protein Mühendisliği, Rekombinant DNA Teknolojisi, Termal Stabilite
Antakya, Kayseri ve İzmir örneklerinde beta talasemi mutasyon tiplerinin saptanması
ÖZET ANTAKYA, KAYSERİ ve İZMİR ÖRNEKLERİNDE ? TALASEMİ MUTASYON TİPLERİNİN SAPTANMASI ? Talasemiler Dünyada en yaygın görülen kalıtsal hastalıktır. Dünyada yaklaşık 150 milyon insanın ? talasemik fenotipe sahip olduğu bilinmektedir. Çukurova bölgesi, Dünya Talasemi Kuşağı üzerinde bulunan Türkiye'nin güneyinde, Doğu Akdeniz kıyılarında yeralmakta olup yapılan çalışmalarda bölgemizde ? talasemi sıklığı %3.7 gibi yüksek oranda bulunmuştur. Daha çok P geni üzerinde oluşan nokta mutasyonlarla ortaya çıkan bu hastalık için 140' in üzerinde mutasyon tipi belirlenmiştir. Günümüzde halen kesin tedavisi bulunmayan bu hastalığın toplum sağlığını tehdit ettiği açıktır. Bu nedenle mutasyon tiplerinin belirlenerek bölgesel görülme sıklıklarının hesaplanması; ? talasemili olguların tedavilerinin daha doğru düzenlenebilmesi, moleküler yöntemler kullanılarak Prenatal Tanı'nın konulduğu laboratuvarların hızlı ve düşük maliyetlerle çalışması ve ailelere verilen genetik danışmanlık hizmetlerinin daha etkili yürütülmesi açısından önemlidir. Bu çalışmamızda Ç.Ü.Tıp Fakültesi ve Antakya Devlet Hastanesi tarafından ortaklaşa yürütülen evlilik öncesi talasemiler in taranmasına yönelik protokol kapsamında 33 heterozigot olgunun moleküler mutasyonları belirlenerek görülme sıklıkları saptandı. Çalışmamız sürerken Kayseri ve İzmir yöresinde bulunan Üniversite kliniklerinde fenotipleri belirlenerek gönderilen 50 ? talasemi olgusunun genotipik tanıları saptandı. Ayrıca İzmir'den gelen iki ailede Prenatal Tanı uygulayarak bir sağlam ve bir de hasta fetus belirlendi. Moleküler mutasyonları saptamak için ağırlıklı olarak ARMS yöntemi kullanıldı. Üç olguda ise DNA Dizi Analizi yöntemi kullanılarak sonuca ulaşıldı. Anahtar Sözcükler: ? talasemi, mutasyon tlplexl, ARMS, DNA Dizi Analizi, Prenatal Tanı. XXABSTRACT DETERMINING ? THALASSEMIA MUTATION TYPES OF SAMPLES FROM ANTAKYA, KAYSERİ and İZMİR ? Thalassemias are the most commonly inherited disorder in the World. It is known that about 150 million people have ? thalassemia phenotype. Çukurova region is in south Turkey where is on World Thalassemia Belt at the coasts of east Mediterranean. Studies which have been done in this region showed that the incidence of ? thalassemia is very high More than 140 mutation type defined for this disorder; mostly arise from point mutations on the human P globin gene. There is still no cure for this public health threatening problem. By the way characterization of mutation types and determining regional frequencies are important for clinicians to design treatment regimens, rapid and low costs in laboratories using molecular methods for prenatal diagnosis and effective genetic counseling of the families. In this study we characterize mutation types of 33 heterozygote cases in the content of the project for premarital carrier screening of the thalassemias in collaboration with Çukurova University Medical Faculty and Antakya Public Hospital. We detected the genotypes of 50 ? thalassemic cases whose phenotype s determined in the University clinics from Kayseri and İzmir region while our study was going on. We assessed a healthy and an affected fetus with Prenatal Diagnosis in two families came from İzmir. ARMS method was used for characterization of molecular mutation types, in three cases we obtained the results with DNA sequencing. Key Words: ? thalassemia, mutation types, ASMS, DNA Sequencing, Prenatal Diagnosis.
Leishmania örneklerine ait total DNA'larının izolasyonu, saflaştırılması ve restriksiyon endonükleaz profillerinin incelenmesi
ÖZET Leishmania Örneklerine Ait Total DNA'larının izolasyonu, Saflaştırılması ve Restriksiyon Endonükleaz Profillerinin incelenmesi Çukurova ve. Şanlıurfa bölgelerinde; Sivrisinek ve Flebotomlara karşı mücadelede kullanılan insektisitlere rağmen, kutanöz Leishmaniazis her geçen gün yayılım göstermektedir. Leishmanialarda oluşan direnç sonucu, bu ajanlarla mücadele etmek zorlaşmakta ve yeni ilaçlar gerekmektedir. Mücadele zorlaştığı gibi büyük bir iş kaybı görülmektedir. Her an kutanöz Leishmaniazis ajanlarının viskerotropik enfeksiyon ajanları olabilme tehlikesi vardır. Bu çalışmada ana amaç; elde edilen izolatlar arasında genotipik olarak farklılık olup olmadığını, örneklerin referans suşlara genotipik olarak benzeyip benzemediğini tesbit etmektir. Çukurova ve Şanlıurfa bölgelerinde kutanöz Leihmaniazisli hasta bireylerden toplam 25 örnek kültüre alındı. Örnek ve referans suşların total DNA'ları izole edildi. Total DNA; EcoRI, Hindlll, Hinfl, Haelll, Alul ve Rsal restriksiyon enzimleriyle kesilerek, bunların restriksiyon fragman profilleri çıkarıldı. Örneklerin restriksiyon fragmanları hem kendi aralarında hem de her bölgenin örnekleri kendi içinde değerlendirildi. Ayrıca elimizde bulunan 14 referans susun total DNA restriksiyon fragmanlarıyla karşılaştırıldı. Çalışma sonuçlarına göre; Çukurova ve Şanlıurfa izolatları arasında genotipik olarak heterojenite belirlenmesinin yanında, her bölgenin kendi içinde de heterojenite tesbit edildi. Yapılan DNA profil karşılaştırmalarına göre; izolatların kimi DNA fragmanlarının referans suşların fragmanlarına benzediği görüldü. Ancak hiç bir izolat, referans suşlarla bire bir benzerlik göstermedikleri belirlendi. Anahtar Sözcükler: Kültür, Leishmania İzolasyonu, Restriksiyon Endonükleazlar, RFLP Analizi, Total DNA
Sources of resistance in Durum wheat (Triticum durum) and its wild relatives aegilops spp.to Russian wheat aphid (RWA) (Diuraphis noxia mordwilko (Homoptera: aphididae ) and use of random amplified polymorphic DNA RAPD a
ABSTRACT M.Sc. THESIS SOURCES OF RESISTANCE IN DURUM WHEAT {Triticum durum) AND ITS WDLD RELATIVES Aegilops spp. TO RUSSIAN WHEAT APHID [Diuraphis noxia (Mordvilko)fHomoptera:Aphididae)] AND USE OF RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) ANALYSIS TO DETECT GENETIC VARIABILITY IN RWA Mohammed Izzat GHANNOUM DEPARTMENT OF PLANT PROTECTION INSTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCES UNIVERSITY OF ÇUKUROVA Supervisors: Prof.Dr. Serpil KORNOSOR Year : 1 998, Pages:73 Jury: Prof.Dr. Nedim UYGUN Dr. M.MiloudiNACHIT Dr. Moustapha EL BOUHSSINI This study was carried out to identify sources of resistance and mode of resistance in durum wheat and its wild relatives Aegilops spp. to Russian wheat aphid [Diuraphis noxia (Mordvilko) (Homoptera:Aphididae)], one of the most serious pest of cereals in several parts of the world, and to study the genetic variability in RWA populations from different countries using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) analysis to detect genetic variability in RWA. The results of the study showed significant differences among genotypes at the three mechanisms of resistance measurement antibiosis, antixenosis, and tolerance. Based on RAPD analysis of RWA, all the populations could be classified in to nine genetic groups at 75 percent similarity levels. Key words : Durum wheat, Diuraphis noxia, resistance, genetic variation. n
Çukurova yöresinde HumvWa lokusu allel frekans dağılımı
ÖZET Çukurova Yöresinde HumvWA Lokusu Allel Frekans Dağılımı Short tandem repeat (STR) lokusları, insan genomunda 2-6 baz çifti uzunluğundaki DNA dizilerinin birbirlerine baş-kuyruk olacak şekilde ardarda tekrar ettiği bölgelerdir. Bu bölgeler tekrar ünite sayılarındaki varyasyonlara bağlı olarak uzunluk polimorfizmi oluşturmaktadır. STR lokuslarının polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) ile analizi biyolojik vücut sıvı ve lekelerinin adli identifikasyonunda tercih edilmektedir, insan genomunda çok fazla miktarda STR lokusu bulunması, adli amaçlı kullanımda seçme şansını artırmaktadır. Amplifikasyon esnasında enzim kayması sonucu oluşan artık ürünlerin daha az olması nedeniyle, genellikle tetramerik STR lokusları kullanılmaktadır. Bu çalışmada Çukurova yöresinde yaşayan bireylerden alınan kan örneklerinde HumvWA lokusu allel frekans dağılımının saptanması ve veri tabanı oluşturulması amacıyla 110 kan örneği kullanıldı. Rastgele seçilen ve aralarında akrabalık bağı bulunmayan sağlıklı vericilerden alınan örneklerde; PCR, horizontal discontinuous PAGE ve gümüş boyama yöntemleri ile 8 (13-20) HumvWA alleli ile 23 farklı HumvWA fenotipi saptandı. Gözlenen fenotip frekans dağılımının Hardy-Weinberg Dengesine uyumu x2 testi ile değerlendirildiğinde, gözlenen fenotip frekans dağılımının Hardy-Weinberg Dengesi ile uyumlu olduğu saptandı (x2=8.9365, d.f=14, p>0.05). Ayrıca HumvWA lokusunun adli etkinlik değerleri (gözlenen heterozigotluk yüzdesi 0.7182, ortalama dışlama şansı 0.56822 ve ayırt etme gücü 0.92149) saptandı. İstatistiksel değerlendirmeler sonucunda, Çukurova yöresinde HumvWA lokusunun PCR'a dayalı allel frekans dağılımlarının kimliklendirme değerlendirmelerinde veri tabanı olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Anahtar Sözcükler: Adli etkinlik, Çukurova yöresi, HumvWA, PCR, populasyon genetiği. IX
Genetik jeneralize epilepsilerde biyobelirteç belirlenmesi
Giriş: Genetik Jeneralize Epilepsiler (GJE) tüm epilepsilerin yaklaşık dörtte birini kapsamakta olup, yapısal beyin bulgusu göstermeyen genetik epilepsi grubu olarak tanımlanmaktadır. GJE tanısında kullanılan spesifik bir genetik biyobelirteç bulunmamaktadır. Genetik biyobelirteçlerin en bilineni ve üzerinde en fazla araştırma yürütüleni mikroRNA'larıdır (miRNA). Daha önce birçok epilepsi hastasının incelendiği çalışmalarda miRNA alt tipleri olan miR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p incelenmiş olup sağlıklı kontrol grubuna kıyasla istatistiksel olarak ekspresyon seviyelerinin farklılık gösterdiği bulunmuştur. Çalışmamızda GJE hastalarında miR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p ekspresyon düzeyleri incelendi ve olası aday genetik biyobelirteç potansiyellerinin belirlenmesi amaçlandı. Yöntem: Çalışmaya GJE tanılı 21 hasta ve 18 sağlıklı kontrol dahil edildi ve bireylerin kan örneklerinden toplam RNA izole edildi. Elde dilen RNA'lardan cDNA sentezi yapıldı. MiR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p ekspresyon seviyeleri qRT-PCR ile analiz edildi. U6 housekeeping gen olarak kullanıldı. Belirtilen miRNA'ların tanısal değerini değerlendirmek için alıcı işletim karakteristiği (ROC) analizi ile eğri altındaki alan (AUC) değerleri hesaplandı ve p değerinin 0,05'ten küçük olması istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Sonuçlar: MiR-130a-3p'nin ekspresyon seviyesi, kontrol grubuna kıyasla hastalarda istatistiksel olarak anlamlı bir artış göstermiştir (p<0,05). ROC analizinde belirlenen AUC değeri 0,725'tir. Ancak miR-106b ve miR-194-5p'nin ekspresyon seviyeleri istatistiksel olarak anlamlı değildir. ROC analizindeki AUC değerleri sırasıyla 0,648 ve 0,571'dir. Tartışma: Çalışmamızda kullandığımız miRNA'ların değişen ekspresyon seviyeleri, GJE'nin etiyopatogenezi ile ilişkili olabilir. Bulgularımız, GJE tanısı ve prognozu için potansiyel bir biyobelirteç olarak miR-130a-3p'nin kullanılmasını önermektedir. Anahtar Kelimeler : Genetik biyobelirteç, Genetik jeneralize epilepsi, MikroRNA, ROC eğrisi
Detection of polymorphism and mutation in gilbert syndrome gene in patients with suspected hepatitis
This study aims to estimate the levels of liver enzymes in patients with liver disorders or similar symptoms like yellowing skin and eyes, abdominal pain, lethargy, or who have a genetic history of Gilbert syndrome. 100 sample were collected, with age range 20 to 50 years, in addition to 100 healthy volunteers, with age range 22 to 48 years. There was a great difference in GPT, GOT and G6PD enzyme concentration and total bilirubin between the two groups. Genetic study results showed that the genotype (TC) had the highest frequency of 10 % in patients versus the control group of 1%. The genotype (TT) had a frequency of 90% in patients compared to 99 % in control group. The results also showed that the genotype (GC) had the highest rate of 6% in patients. The genotype (GG) had a frequency of 94 % in patients compared to 100 % in control group. As a conclusion from 200 sample, the blood groups O and A have the highest frequencies among patients, indicating that these blood groups may be more susceptible to elevation bilirubin in patients with liver disorders. The differences in serum level of G6PD between study groups referred that this enzyme may have an important role in hyperbilirubinemia condition among patients. High frequency of genotypes TC of G6PD Aures (143 T→C) and GC of UGT1A1 (position 179G>C) genes polymorphisms in patients in comparison with control, indicated that these genotypes may play an important role in variation in the level of G6PD, abnormality in liver enzymes as well as hyperbilirubinemia.
Investigation of thermodynamic properties of favipiravir and ribavirin molecular structures used in the treatment of Covid-19 and their interaction with dna bases by DFT
Different properties of the molecular structures of favipiravir and ribavirin, which are used in the treatment of SARS-CoV-2 and also needed in the treatment of coronavirus disease (COVID-19) in recent years, have been investigated using Density Functional Theory (DFT) B3LYP/6-311G(d, p) and 6-311+G(d, p) methods. The geometrical optimization of the molecular structures of favipiravir and ribavirin was made in the ground state, gas, and water solvent environments, the bond parameters were obtained and the theoretical results were compared with the values in the literature. By obtaining molecular orbital energy values from energy calculations, global reactivity parameters such as electron affinity, electronegativity, chemical potential, chemical hardness, softness, and electrophilicity index were obtained for both environments. The interactions between adenine, guanine, cytosine, and thymine DNA bases and the molecular structures of favipiravir and ribavirin were investigated in water with the help of two parameters such as ΔN (charge transfer) and ECT (electrophilicity-based charge transfer) using global reactivity values. By using the optimized molecular structures of favipiravir and ribavirin, ground state frequency calculations were made for both environments, and thermodynamic properties of molecular structures such as entropy, enthalpy, heat capacity, zero point vibration energy, and Gibbs free energy were investigated.
The relationship between BRCA1, HER2, TP53 genes of breast cancer diagnostic
Breast cancer is a complex and heterogeneous disease that continues to pose significant challenges in both diagnosis and treatment. The staging and classification of breast cancer have evolved over the years, integrating both anatomical and biological factors to provide a more comprehensive understanding of the disease's progression and outcomes. The American Joint Committee on Cancer (AJCC) staging system, updated in its eighth edition in 2018, now incorporates biological markers alongside traditional anatomical criteria. Gene expression profiling has further delineated distinct molecular subtypes of breast cancer, aiding in more precise prognostication and targeted therapeutic approaches. The study's objective is to obtain data from patients diagnosed with breast cancer, analyze the differences, extract DNA from the breast tissue of mastectomy patients, and attempt to identify three genes associated with causing this disease. Additionally, the study aims to detect genetic mutations within these genes present in the collected samples. The samples were obtained from hospitals in Mosul city including AL-RABEE Hospital and Al-Jumhoory Hospital, with the help of supervisor pathologists. The patients' ages between 42-65 years, they lived in different environments and different conditions. A total of 11 samples were gathered from female patients who had undergone mastectomy or lumpectomy following essential examinations and tests including biopsy, MRI, breast ultrasound, X-ray, and mammogram. These patients had received a breast cancer diagnosis. After the surgery, the pathologist directly takes the sample from the mass and the lymph nodes near the mass (if found) approximately 1-2 gm. The samples were put in a container containing dH2O of about 5-10 mL, then kept in the freezer at -20℃ until the extraction of DNA. Samples showed the disparity of nodule size and site, and if the tumor has reached the lymph nodes or not in addition to the breast side and its type whether IDC, ILC, DCIS, or LCIS. Moreover, examination proved the presence of the disease depending on the shape and characteristics as an initial stage of diagnosis. The nodes are stony in texture, there are some important characters for studied samples. All samples demonstrated the presence of each BRCA1 gene, HER2 gene, and TP53 gene, except sample No. 5 TP53 gene was absent. The data of gel electrophoresis of the extracted and amplified DNA products proved the presence of one bundle separated for each sample of size 615 bp compared to the size of marker used that ranged from 100–1500 bp. Gel electrophoresis and alignment showed the presence of BRCA1 in all samples, this results may be improved that this gene is one of the mainly genes responsible for breast cancer. The obtained results showed the presence of a single band in the gel layer for each sample with size 330 bp by referring to the size of the marker except sample No.5 this clarified the existence of a band of molecular weight different from all samples. According to the B. HER2 gene, the Data demonstrated the presence of the HER2 gene in all samples. Additionally, gel electrophoresis proved this finding. The appearance of the gel under UV light exhibit that the molecular weight of HER2 gene is 290 bp compared with the size of the same marker used. In conclusion, the findings of this study indicate the presence of TP53, HER2, and BRCA1 genes in breast cancer samples, highlighting their potential role in the development and progression of the disease. Further research is needed to explore the specific mutations and functionalities of these genes in breast cancer and their implications for personalized therapy.