DNA
256 theses under this subject heading
Bazı börülce genotiplerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Bu yüksek lisans tezi Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğün'den sağlanmış olan 22 Vigna sinensis aksesyonunun morfolojik ve moleküler karakterizasyonu yapmak amacıyla yapılmıştır. Morfolojik karakterizasyon için UPOV ve Tohumluk Tescil Sertifikasyon Müdürlüğü tarafından belirtilen kriterler dikkate alınarak 33 morfolojik özelliğe ait gözlem yapılıp değerlendirme yapılmıştır. İstatistiki önemde en yüksek pozitif (r=1) korelasyon değerleri çiçek rengi ile çiçekte renklenmede ve negatif (r=-0,79) korelasyon değerleri halka şekli ile çiçek rengi ve halka şekli ile çiçekte renklenme arasında olduğu tespit edilmiştir. 10 adet RAPD primer kullanılmış ve bunlardan 7 tanesinden net, okunabilir ve tekrarlanabilen bant verdiği tespit edilmiştir. 281 bant elde edilmiştir. Polimorfik bilgi içeriği ortalamalarına bakıldığında 7 primer ortalaması 0,2839 olduğu ve OPB3 primerinin en yüksek (0,4227) polimorfizm gösteren primer ve OPB4 primerinin en düşük (0,1623) polimorfizm gösteren primer olduğu tespit edilmiştir.
Trakya yöresine ait Papazkarası üzümleri kullanılarak, spontan fermantasyon ile elde edilen şaraplardan Saccharomyces cerevisiae türü mayalarının izolasyonu, tanımlanması ve teknolojik özelliklerinin belirlenmesi
Günümüzde, özellikle büyük çaplı ticari şarap üretiminde, fermantasyon genellikle Saccharomyces cerevisiae türü maya kültürleri kullanılarak gerçekleştirilmektedir. Standart şarap mayası starter kültürleri yurt dışından getirtilerek ülkemizde endüstriyel şarapçılıkta kullanılmaktadır. Böylece zaman içinde bütün üreticilerin şarapları birbirine benzer karakterler göstermeye başlamıştır. Günümüzde yapılan çalışmalar, ülkelerin kendi yerel şarap mayalarını starter olarak kullanarak yerel özellikler taşıyan teruar şaraplarının üretimine yoğunlaşmaktadır. Tez kapsamında Edirne ve Kırklareli sınırlarında bulunan, yapılan bağcılık uygulamaları, mikroklimatik şartları, konumları gibi özellikleri farklılık taşıyan 4 bağdan ve Tekirdağ Bağcılık Araştırma Enstitüsündeki bağdan olmak üzere toplam 5 farklı lokasyondan Papazkarası üzümleri önolojik olgunluk aşamasında toplanmıştır. Toplanan üzümler ezilerek spontan fermantasyona tabi tutulmuştur. Fermantasyon sonunda şıralardan maya izolasyonları yapılmış ve toplan 66 adet izolat elde edilmiştir. İzolatlar, 1 adet ticari şarap mayası ile birlikte, temel şarap yapımı için gereken teknolojik özellikleri karşılayıp karşılamadıklarının anlaşılması için fermantasyon hızı, H2S üretim miktarı, yüksek sıcaklıkta gelişebilme, yüksek şeker konsantrasyonunda gelişebilme, yüksek etanole dayanıklılık, düşük pH değerlerinde gelişebilme, SO2'ye dayanıklılık, uçar asit miktarı analizlerine tabi tutulmuştur. Gerekli özelliklere sahip olduğu görülenler içerisinden 15 tanesi seçilerek DNA dizileme analizleri yapılmış ve Saccharomyces cerevisiae türüne ait oldukları tespit edilmiştir. Bu izolatlara yapılan DNA parmakizi analizlerinde 9 adet farklı suş tespit edilmiştir. İzole edilen mayalar ileride yapılacak uygulamalarda kullanılmak üzere Tekirdağ Bağcılık Araştırma Enstitüsü Müdürlüğünde -80°C'de gliserol stoklarda depolanmaktadır.
Bazı yabani korunga (Onobrychis sp.) populasyonlarının Tekirdağ ekolojik koşullarında tarımsal ve sitolojik özellikleri üzerine araştırmalar
Bu araştırmada, 49 yabani korunga populasyonunun bazı morfolojik, tarımsal ve sitolojik özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Tarla denemeleri Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarla Bitkileri Bölümü deneme alanında yürütülmüştür. Araştırmada bitki boyu, sap kalınlığı, yaprak sapı kalınlığı, yaprak boyu, yaprakta yaprakçık sayısı, yaprakta yaprakçık boyu, yaprakta yaprakçık eni, ana sapta çiçek salkımı sayısı, çiçek salkımı boyu, bitki yeşil ot verimi, bitki kuru ot verimi, kuru madde oranı, ham protein oranı, ADF oranı, NDF oranı ve çekirdek DNA içerikleri tespit edilmiştir. Korunga populasyonlarının bitki boyu, sap kalınlığı, yaprak sapı kalınlığı, yaprak boyu, yaprakta yaprakçık sayısı, yaprakta yaprakçık boyu, yaprakta yaprakçık eni, ana sapta çiçek salkımı sayısı, çiçek salkımı boyu, bitki yeşil ot verimi, bitki kuru ot verimi, kuru madde oranı, ham protein oranı, ADF oranı NDF oranıve çekirdek DNA içerikleri bakımından populasyonlar arasında istatistiki olarak önemli farklar meydana gelmiştir. Sonuç olarak, araştırmada kullanılan korunga populasyonları arasında morfolojik, tarımsal ve sitolojik özellikler bakımından geniş bir varyasyon mevcuttur. Yapılacak ıslah çalışmalarında genetik materyal olarak kullanılabilirler.
Yeni sentezlenmiş ferrosen temelli iridyum (III) – fosfinit komplekslerinin antioksidan antimikrobiyal, DNA bağlanma ve DNA kırma aktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmada yeni sentezlenmiş 8 farklı ferrosen temelli iridyum (III)-fosfinit komplekslerinin antioksidan, antimikrobiyal, DNA bağlanma ve DNA kırma aktiviteleri test edildi. Komplekslerin antioksidan aktivitelerini belirlemek için DPPH(2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) serbest radikal süpürme, metal şelatlama ve demir indirgeme gücü aktiviteleri çalışıldı. 200.0 mg L-1 konsantrasyonda en yüksek radikal süpürme aktivitesini (% 67.5±2,24) ve demir şelatlama aktivitesini (% 74.6±1,53) 2 nolu kompleks sergiledi. En iyi indirgeme gücü aktivitesine 1 nolu kompleksin sahip olduğu belirlendi. Ayrıca komplekslerin antimikrobiyal aktiviteleri, üç Gram + ve üçGram - bakteri kullanılarak agar disk difüzyon yöntemi ile incelendi. İridyum komplekslerinin Gram + bakterilere karşı daha iyi aktivite gösterdiği tespit edildi. Komplekslerin, Gram + bakterilere karşı 8-15 mm aralığında ve Gram -bakterilere karşı da 0-13 mm aralığında inhibisyonzonu oluşturduğu gözlendi. Komplekslerin DNA bağlanma aktivitesini belirlemek için buzağı timüs DNA'sı (CT-DNA)ve DNA kırma aktivitesini belirlemek için ise pBR 322 plazmid DNA'sı kullanıldı. Her iki aktiviteyi de belirlemek için DNA agaroz jel elektroforez yöntemi kullanıldı. Test edilen komplekslerin tamamının DNA bağlanma aktivitesine sahip olduğu ancak 1,2 ve 8 nolu komplekslerin daha iyi bağlanma aktivitesine sahip olduğu belirlendi. Komplekslerin DNA kırma aktivitesi incelendiğinde, test edilen bütün komplekslerin DNA'nın tek zincirinde kırılmaya neden olduğu belirlendi.
Investigating the effects of PKNOX2 and its interactors in P53 pathway regulation in bone marrow mesenchymal stem cells
Mesenchymal Stem Cells (MSC) are good platforms to study in-vitro molecular mechanisms. Like all cells, MSCs detect and respond to various stimuli with molecular signal mechanisms. p53 signal pathway is a well-known molecular mechanism for transduction of cellular stresses such as DNA damage. p53 signal pathway is heavily regulated in both transcription and post-translational modification of its elements. PKNOX2, a member of TALE homeodomain protein family, is a transcriptional activator of p53. In a previous study by Günel-Özcan lab group, protein interactors of PKNOX2 were determined by proteomics analysis following Co-immunoprecipitation. For this study, the interactors of PKNOX2 from proteomics was compared with the interactors of p53 obtained from BioGRID database and two proteins, DNAJA1 and RPS3 were selected as possible common interactors with possible signaling functions under stress conditions. In this study, three different sources of DNA damage stress, H2O2, DEB and γ-Irradiation were applied to human Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells (BM-MSC) and protein expression levels of DNAJA1, RPS3, p53 and PKNOX2 were measured with western blotting. PKNOX2 expression was found to be decreasing in DEB and γ-Irradiation significantly, p53 expression was found to be increasing in H2O2 application significantly. Expression levels of RPS3 and DNAJA1 were found to be stable under stress. Co-Immunoprecipitation was performed with anti-PKNOX2 and anti-p53 antibodies but the results were inconclusive for any interactions. Co-immunoprecipitation protocol was improved. Further study with this improved protocol is needed to unveil these interactions.
Antik insan kemik ve diş örneklerinde dna izolasyon metotlarının verimlilik açısından karşılaştırılması
Antik DNA (aDNA); ileri derecede hasara uğramış, müze örneklerinden veya kazılardan elde edilen diş ve kemik gibi materyallerdeki DNA olarak tanımlanmaktadır. Antik DNA çalışmaları ile nesli tükenen canlıların genetik dizilerinin okunması, akrabalık ilişkilerinin aydınlatılması, insan popülasyonlarının evrimsel kökeninin ortaya konması ve eski zamana ait patojenlerin dizilerinin eldesi mümkün olmuştur. PZR teknolojisinin gelişmesiyle birlikte antik DNA çalışmaları ilerlemiş ancak bu teknolojinin hassaslığı ve kontaminasyona karşı açık olması alanda yaşanan sorunların da şekillenmesine yol açmıştır. Antik DNA'nın uğramış olduğu hasar, kemik ve diş gibi materyallerden DNA eldesini zorlaştırmakta ve elde edilebilir DNA'nın uzunluğunu büyük ölçüde kısıtlamaktadır. Antik DNA'ya dair yapılan çalışmalar çok çeşitli olmakla birlikte ilk çıkışından bu yana DNA'nın izolasyonu ve PZR başarısının iyileştirilmesi alan içerisinde önemli bir konu olmuştur. Antik DNA örneklerinin dizilerinin okunması ve diğer moleküler tayinler için örnekten başarılı bir şekilde DNA izolasyonunun gerçekleştirilmesi gerekmektedir. Bunun için antik DNA'da sıklıkla kullanılan iki yöntem fenol-kloroform ve silika membran izolasyon yöntemleridir. Yapılan tez çalışmasıyla silika membran ve fenol-kloroform izolasyon metotlarının verimlilik ve amplifiye edilebilir DNA uzunlukları açısından karşılaştırılması hedeflenmiştir. Mitokondriyal DNA'nın amplifikasyonu için 162 bç, 177 bç ve 218 bç boyutlarında ürün veren 3 farklı primer çifti kullanılmıştır. Bu bağlamda yapılan çalışmalarda 5 adet femur, 5 adet talus ve 5 adet diş örneği kullanılarak silika membran ve fenol-kloroform izolasyonları gerçekleştirilmiş olup bu metotların farklı örnek türlerindeki başarısı da karşılaştırılmıştır. Örnekler Karia Bölgesinde bulunan Stratonikeia Antik Kenti kazılarından elde edilmiştir. Yapılan deneyler sonucunda femur ve talus örneklerinin fenol-kloroform izolasyonlarında yalnızca en kısa amplikonda (162 bç) başarılı sonuç alınmıştır. Aynı örneklerin silika membran izolasyonları ise her üç amplikonda da başarılı sonuç vermiştir. Böylelikle femur ve talus örnekleri için silika membran izolasyon yönteminin hem verim hem de amplifiye edilebilir uzunluk açısından fenol-kloroform izolasyonundan daha başarılı olduğu gösterilmiştir. Diş örneklerinde ise fenol-kloroform yönteminde en kısa amplikon boyutunda yoğun bantlar elde edilmiş, silika membran yönteminde ise az yoğun ancak daha uzun amplikon (177bç) boyutlarında sonuç alınmıştır. Aynı zamanda silika membran izolasyonunda fenol-kloroform metodunun aksine dekalsifikasyona gerek olmadığı ve PZR'nin 2. kuşakta sonuç verdiği görülmüştür. Kullanılan yöntem örnek özelinde değişiklik gösterebilmekle birlikte silika membran izolasyonu fenol-kloroform izolasyonuna kıyasla daha başarılı bulunmuştur.
Oligonükleotit ve dna ile yeni nesil floresans maddelerin etkileşimlerinin kütle spektrometrisi ve spektroskopik yöntemlerle incelenmesi
Tez çalışmasında yeni nesil floresans maddeler olan benzimidazol temelli platin (II) ve paladyum (II) içeren metal kompleksleri ve perilen diimit türevi yapıların tek iplik oligonükleotitler, çift iplik kısa ve uzun DNA'lar ile kovalent olmayan etkileşimleri hem DNA ile etkileşime girme mekanizmaları üzerinden hem de oluşan komplekslerin spektroskopik özelliklerinden dolayı DNA görüntüleme amacıyla kullanılabilme üzerinden tartışılmıştır. Bağlama etkileşimleri hakkında kalitatif ve/veya kantitatif bilgi sağlayan çeşitli kütle spektrometrik, spektroskopik ve jel elektroforetik yöntemler kullanılmıştır. Tez çalışmasında N,N-di(n-butil)-1,6,7,12-tetra(4-hidroksifenoksi)perilen-3,4,9,10-tetrakarboksilik asit diimit (FP-3), Sakkarinato-2,6-bis(N-metil-benzimidazol-2-il)piridinpaladyum(II) (PT-5), Sakkarinato-2,6-bis(N-metil-benzimidazol-2-il)piridinplatin(II) (PT-6) yapıları boyalar olarak kullanılmıştır. Tezde kullanılan boyaların, tek iplik oligonükleotitlerin, çift iplik DNA'ların ve aptamerlerin karakterizasyonu, bu boyalarla nükleik asitlerin etkileşimleri, etkileşim stokiyometrileri, kararlılıkları ve etkileşim oluşumunda etkili olan kovalent olmayan etkileşimin türünün tayini, DNA bağlanma yüzdeleri, inkübasyon süresinin ve inkübasyon derişiminin etkileşim üzerine etkisi ile ilgili çalışmalar Matriks Yardımlı Laser Desorpsiyon/İyonlaştırmalı Kütle Spektrometresi (MALDI-MS) ve/veya Elektrosprey İyonlaştırmalı Kütle Spektrometresi (ESI-MS) ile incelenmiştir. Aynı molekül kütlesine sahip farklı dizilimdeki oligonükleotitlerin konformasyonel olarak farklılıklarının ve bu oligonükleotitlerin eşleşmesi ile oluşan çift iplik DNA ile PT-5 ve PT-6 yapılarının etkileşimlerinin konformasyonel olarak incelenmesi amacıyla İyon Hareketliliği Kütle Spektrometresi (IM-MS) ile analizleri yapılmıştır. Bağlanmanın uygun olduğu etkileşimlerin absorbans değişiklikleri Ultraviyole-Görünür Bölge Spektroskopisi (UV-vis) ile izlenerek bağlanma sabitleri hesaplanmış ve floresans verimleri Floresans Spektroskopisi ile izlenmiş olup küçük molekül-DNA etkileşim mekanizmaları araştırılmıştır. Ayrıca tez çalışmasında kullanılmak üzere sentezlenen yapıların Agaroz Jel Elektroforezi yönteminde sensör-boyar madde olarak kullanımı ve DNA teşhisinde kullanılıp kullanılamayacağı incelenmiştir. Böylece DNA, RNA ve bunların fraksiyonlarının gözlemlenmesine dayanan, literatürde ve uygulamalarda sıklıkla kullanılan, oldukça kanserojen olan Etidyum Bromür yerine alternatif görüntüleme ajanları tespit edilmeye çalışılmıştır. Özgün 1:1 stokiyometrideki tüm etkileşimler için optimum inkübasyon süresi 24 saat olarak bulunmuştur. Perilen diimit türevi FP-3 boyasının uzun zincirli çift sarmal DNA yapıları için iyi bir interkalatör olduğu ve etkin bir şekilde görüntüleme ajanı olarak EtBr'ye alternatif olabileceği sonucuna varılmıştır. Benzimidazol türevi olan platin (II) içeren PT-6 ve paladyum (II) içeren PT-5 yapılarının DNA nükleik asitlerinin tüm nükleobazlarıyla etkileşime girdiği ve platinin paladyuma kıyasla daha kuvvetli ve kararlı etkileşim oluşturduğu belirlenmiştir. Bu boyaların DNA ile bağlanmalarında, EtBr molekülüne kıyasla daha zayıf floresans etki gösterdikleri bulunmuştur ancak özellikle uzun çift sarmal DNA'larla etkileşimler için EtBr'ye alternatif görüntüleme ajanı olabilecekleri belirlenmiştir. Tez çalışmaları sonucunda DNA ile iyi etkileştikleri tespit edilen bu boyaların tıp alanında kanser teşhisi ve ileriki deneysel çalışmalarla birlikte kanser tedavisi alanında, yan etkileri ve direnci bilinen cis-platine alternatif olarak kullanılabilme olasılıklarının yüksek olduğu kanaatine varılmıştır.
Şanlıurfa şebap güvercinlerinin mtDNA analizi yoluyla genetik yönden karekterizasyonu
Şebap Güvercini Türkiye'nin Güneydoğu'sunda kaya güvercinden köken alan ve uzun yıllar hobi amaçlı yetiştirilen diğer bir çok güvercin ırkından bir tanesidir. Bölgenin kültür mirası olan Şebap güvercinlerinde bilinen 6 varyate tespit edilmiştir. Diğer güvercin türleri ve ırkları arasındaki akrabalık ilişkisini belirlemek kayıt altına almak için bu çalışmada tüm mtDNA'ya bakılmış ve mtDNA üzerinde bulunan Cyt-B ve D-loop bölgelerinde çalışma yapılmıştır. mtDNA kontrol bölgesi (D-loop) dizisinin polimeraz zincir reaksiyonu ile yükseltgenerek Yeni Nesil Dizileme dizi analizi ile barındırdığı polimorfizmin belirlenmesi hedeflenmiştir. Sunulan çalışma Şebap Güvercin mtDNA kontrol bölgesi dizisinin incelendiği ilk araştırmadır. Yapılan çalışmada Şebap Güvercini'nde toplam 17232 bç geninden meydana geldiği 13 protein kodlayan gen bölgesi, 22 adet tRNA geni, 2 adet ribozomal RNA ve D-loop gen bölgesinden oluştuğu görülmüştür. Bununla beraber D-loop bölgesinde 28 adet SNP bulunmuştur. Bulunan SNP'ler yapılan filogenetik ağaç ile son derece uyumlu olup Şebap Güvercinin evcil güvercinler ile aynı kümede yer aldığı gözlemlenmiştir.
DNA konjugasyonunun bezelye proteininin teknofonksiyonel özellikleri üzerine etkisi
Gıda sektöründe yüksek oranda açığa çıkan bitkisel kaynakların atıklarını değerlendirmek; kaynaklarımızı korumak, verimliliği artırmak, çevre ve insan sağlığına fayda sağlamak ve en önemlisi ülkemiz açısından ekonomik kalkınmaya olumlu katkılar sağlayabilmesi açısından çok değerlidir. Özellikle meyve ve sebze atıklarının gıda endüstrisine kazandırılması için çalışmalar yapılmaktadır. Dünya genelinde domates üretimi büyük miktarlarda tarımsal atık üretimine sebep olmaktadır. Örneğin Türkiye'de, cam altı domates atığı yaklaşık 10 milyon ton/yıl olarak raporlanmıştır. Bu miktar senede onlarca milyon ton tarımsal metabolik atık demektir; gıda teknolojisi, biyomalzeme ve kompost gibi değerli yan ürünler geliştirmek için büyük bir potansiyel sunar. Bu çalışmada, bitkisel kaynaklı bir protein olan bezelye proteininin fonksiyonel özelliklerini iyileştirmek amacıyla DNA ile konjugasyonu gerçekleştirilmiştir. Konjugasyon işlemi, Maillard tipi bağlanma prensibine dayalı olarak hem ıslak ısıtma (su banyosu) hemde mikrodalga (mW) destekli yöntemlerle uygulanmıştır. Elde edilen DNA-protein konjugatlarının çözünürlük, yağ bağlama ve su tutma kapasitesi, emülsiyon stabilitesi, jel oluşturma yeteneği, renk gibi temel teknofonksiyonel özellikleri değerlendirilmiştir. Çalışma bulgularına göre, DNA ile konjugasyon bezelye proteininin su ve yağ bağlamakapasitesini artırmış özellikle mikrodalga ile hazırlanan konjugatlarda çözünürlük ve emülsiyon stabilitesinde belirgin iyileşmeler sağlanmıştır. FTIR ve SDS-PAGE analizleriyle konjugasyonun yapısal etkileri desteklenmiş ve proteinlerin ikincil yapılarında belirgin değişiklikler gözlenmiştir. Renk analizleri ve OPA sonuçları Maillard reaksiyonunun gerçekleştiğini ve bağlanma derecesini ortaya koymuştur. Sonuç olarak, DNA-protein konjugasyonu, bezelye proteinin işlevsel özelliklerini geliştirerek, özellikle gıda sanayisinde kullanılabilecek ve yenilikçi doğal katkı maddeleri geliştirilmesine olanak sağlamaktadır. Bu yaklaşım, bitkisel proteinlerin biyoyararlılığını ve teknolojik performansını artırmada umut verici bir strateji sunmaktadır.
Ratlarda deneysel benign prostat hiperplazisi modelinde sperm DNA hasarı tespiti
Koşal V, Ratlarda deneysel benign prostat hiperplazisi modelinde sperm dna hasarı tespiti. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Dölerme ve Suni Tohumlama Anabilim Dalı, Veteriner Programı Doktora Tezi, Van, 2018. Bu çalışmada testosteron hormonu kullanılarak oluşturulan benign prostat hiperplazisi modelinde sperm DNA hasarının tespit edilmesi amaçlandı. Bunun için ortalama 200 gr canlı ağırlığa ulaşmış erkek Albino Wistar Ratlar kullnıldı. Hayvanlar her bir grupta 6 rat olacak şekilde üç gruba ayrıldı. 1. Grup; placebo, 2. Grup; günlük 3 mg/kg dozunda, 3. Grup; günlük 5 mg/kg dozunda testosteron 30 gün süre ile intramusculer olarak yapıldı. Uygulamalar sonunda sacrifiye edilen ratlardan sperma örnekleri alındı. Sperm DNA hasarı, motilite, anormal sperm oranı ve yoğunluk analizleri yapıldı. Sperm DNA hasarı tespitinde COMET yönteminden faydalanılarak hazırlanan preperatlar 0 (hasarsız), 1 (az hasarlı), 2 (hasarlı), 3 (orta hasarlı), 4 (çok hasarlı) olarak derecelendirilerek her grup için yaklaşık 2000 adet sperm sayıldı. Derecelendirme sonucu üç farklı hasar tespit yöntemi kullanılarak hasar oranları tespit edildi. Sperm DNA hasar oranları; 1. grupta %3.87454, 2. grupta %9.35852, 3. grupta %15.2616. Arbitrary unite göre; 1. grupta %1.199262, 2. grupta %4.08116, 3. grupta %6.29845. Genetik hasar indeksine göre; 1. grupta %5.5351, 2. grupta %17.0475, 3. grupta %27.374 değerlerinde hasar boyutu gözlendi. Bu verilerin istatistiksel olarak anlamlı olup kullanılan testosteron miktarına bağlı alarak sperm DNA hasarının arttığı tespit edildi (p<0.001). Motilite muayenesi sonucu 1. grup %90, 2. grup %80, 3. grup %80 değerlerine sahipti. Uygulanan testosteron düzeyinden bağımsız olarak motilite oranında düşüş gözlendi (p<0.006). Sperm yoğunluğu muayenesi sonucunda tüm grupların etkilenmediği tespit edildi, istatistiki bir fark bulunamadı (p>0.05). Anormal sperm oranı 1. grup %5.75, 2. grup %11.88, 3. grup %17 değerlerine sahipti. Uygulanan testosteron düzeyine bağlı olarak anormal sperm oranında artış tespit edildi (p<0.001). Sonuç olarak; ekzojen testosteron hormonu kullanılarak oluşturulan benign prostat hiperplazisi modelinde, sperm DNA hasarı oranının arttığı, motilite ve anormal sperm oranının olumsuz olarak etkilendiği, sperm yoğunluğunun ise etkilenmediği tespit edildi. Anahtar Kelimeler: COMET, DNA hasarı, sperm.Anahtar Kelimeler: COMET, DNA hasarı, sperm.
Okulların DNA profilleri ile öğretmenlerin örgütsel vatandaşlık düzeyleri arasındaki ilişki
Bu araştırmanın amacı, okulların DNA profilleri ile öğretmenlerin örgütsel vatandaşlık düzeyleri arasındaki ilişkiyi belirlemektir. İlişkisel tarama modelindeki araştırmanın evrenini 2015 – 2016 öğretim yılında Uşak ilinde görev yapan 3986 öğretmen, araştırmanın örneklemini ise 457 ilkokul, ortaokul ve lise öğretmeni oluşturmaktadır. Araştırmada basit tesadüfî örnekleme yoluna gidilmiştir. Araştırmada veriler "Örgüt DNA'sı ölçeği" ve "Örgütsel Vatandaşlık Davranışı Ölçeği" ile toplanmıştır. Verilerin analizinde doğrulayıcı faktör analizi, aritmetik ortalama, tek yönlü varyans analizi, t-Testi, Pearson Momentler Çarpımı Katsayısı ve Basit Doğrusal Regresyon Analizi kullanılmıştır. Araştırma sonuçlarına göre; öğretmenler okulların DNA profillerini, sağlıklı örgüt profillerinden esnek örgüt profili olarak algılamaktadırlar. Okul düzeyleri arasında ilkokullar, diğer okul düzeylerine göre daha sağlıklı olan örgüt profillerine sahiptirler. Erkek öğretmenler okulların sağlıklı örgüt profillerinde olduğuna yönelik algı düzeyine sahip iken, kadın öğretmenlerin algı düzeyleri sağlıksız örgüt profillerinde daha yüksektir. Okullarda görev yapan öğretmenlerin sayısı arttıkça, öğretmenlerin okulların sağlıksız örgüt profillerinde olduğuna yönelik algı düzeyleri artmaktadır. Öğretmenlerin aynı okulda çalışma sürelerine göre okulların DNA profillerine yönelik algılarını farklılaşmazken, sağlıksız örgüt profillerindeki algı düzeyleri okula yeni gelen öğretmenler ile uzun süredir aynı okulda görev yapan öğretmenler arasında anlamlı olarak farklılaşmaktadır. Öğretmenlerin mesleki kıdemlerine göre okulların DNA profillerine yönelik algıları sadece gelişigüzel örgüt profilinde anlamlı olarak farklılaşmaktadır. Yine araştırmaya göre öğretmenlerin örgütsel vatandaşlık davranışı algıları yüksek düzeydedir. Örgütsel vatandaşlık davranışının alt boyutlarına göre en yüksek algıya sahip olduğu boyut centilmenliktir. Öğretmenlerin örgütsel vatandaşlık düzeyleri cinsiyetlerine ve mesleki kıdemlerine göre farklılaşmazken, okul düzeyi ve okuldaki öğretmen sayısına göre yardımlaşma, centilmenlik ve sivil erdem boyutlarında farklılaşmakta, vicdanlılık boyutunda ise farklılaşmamaktadır. Öğretmenlerin aynı okulda çalışma sürelerine göre örgütsel vatandaşlık düzeyleri sadece yardımlaşma boyutunda farklılaşmaktadır. Yine araştırma sonucuna göre öğretmenlerin okulların sağlıklı örgüt profillerine (esnek, askeri, tam zamanlı) yönelik algıları ile örgütsel vatandaşlık düzeyleri arasında pozitif yönlü orta dereceli bir ilişki görülmekteyken, öğretmenlerin okulların sağlıksız örgüt profillerine(gelişigüzel, yönetim ağırlıklı, pasif-saldırgan) yönelik algıları ile örgütsel vatandaşlık düzeyleri arasında negatif yönlü orta dereceli bir ilişki olduğu görülmektedir. Araştırmaya göre ortaokullarda esnek örgüt ve pasif-saldırgan örgüt profilleri öğretmenlerin örgütsel vatandaşlık davranışını, liselerde esnek örgüt, askeri örgüt ve pasif-saldırgan örgüt profillerin öğretmenlerin örgütsel vatandaşlık davranışını anlamlı bir şekilde yordadığı görülmektedir. Okulların sağlıklı esnek ve askeri örgüt özelliklerine sahip olmaları öğretmenlerin örgütsel vatandaşlık davranışını olumlu yönde yordamakta iken, pasif-saldırgan örgüt özellikleri olumsuz yönde yordamaktadır.
Pankreas kanseri hücre hattında TFAM ekspresyon düzeyinin hücre fonksiyonları üzerine etkisi
Pankreas kanseri genellikle geç bir aşamada farkedilir çünkü çok ileri evrelere ulaşana dek semptomları görülmez. Kilo kaybı, karın bölgesinde ağrı, sarılık (karaciğerdeki toksik yapılanma nedeniyle cildin sarıya dönmesi) en yaygın görülen semptomlardır. Bunlar genellikle tümör belli bir büyüklüğe eriştikten sonra ortaya çıkar ve çoğu zaman bereberinde karaciğer metastazı vardır. Karsinomaların metastaz yapması için, epitelyal tümör hücreleri, birincil bölgede istila, ikincil bir yerde yayılma ve kolonizasyonu içeren karmaşık bir dizi olaydan geçer. Bu metastatik kaskadı, sadece tümör hücrelerinde çalışan sayısız sinyal yolu ile değil aynı zamanda stromal hücrelerle olan ilişkileri de modüle edilebilir. İstilacı yetenekler elde etmek için, epitelyal tümör hücreleri, hücre- hücre adezyonlarının kaybını kolaylaştıran ve hücre hareketliliğini, kök hücre benzeri özellikleri ve apoptoza karşı direnci arttıran bir işlem olan bir epitel-mezenkimal geçişine (EMT) maruz kalabilir. Bu özellikler, tümörün farklılaşmasını arttırdığı ve metastaza gidişi arttırdığı bilinmektedir. MikroRNA'ların hücre çoğalması, farklılaşması, kök hücrenin yenilenmesi ve apoptoz gibi birçok biyolojik süreçte düzenleyici işlevlerinin olduğu bilinmektedir. miRNA'lar, hedefledikleri mRNA'lara göre onkojenik veya tümör baskılayıcı özellik kazanabilirler. Kanserin gelişimini arttırdığı düşünülen miRNA'lar 'onkomir' olarak tanımlanmaktadır. Onkogen olarak işlev gösteren bu miRNA'lar hedefi olan tümör baskılayıcı genleri baskılayarak tümörün gelişmesine katkı sağlarlar. Genellikle kanserlerde kontrolsüz büyümeyi arttırıcı ya da antiapoptotik olarak fonksiyon gösterdikleri rapor edilmiştir. Görevleri bir onkogenin ekspresyonunu kontrol etmek olan miRNA'lar ise 'tümör baskılayıcı miRNA'lar' olarak tanımlanmaktadır. Tümör baskılayıcı miRNA'ların ekspresyonundaki azalışın onkogenlerin ekspresyonunu arttırdığı ve sonuçta tümör oluşumuna neden olduğu bilinmektedir. mir200 ailesinin düşük ekspresi, invazyon ve metastaz malign tümör ilerlemesinin göstergelerindendir. Taranan literatür bilgilerine göre mir200a; meme, over, prostat, kolorektal kanser, mide ve pankreas kanserlerinde tümör baskılayıcı olarak görev almıştır. Bu çalışmada, mir200a'nın tümör baskılayıcı özelliği üzerinde durularak araştırmalar yapılacaktır. Oksidatif fosforilasyondan sorumlu olan mitokondri, hücresel enerjinin üretim merkezidir. Warburg'un, kanserin oksidatif fosforilasyondaki veya mitokondrideki bozulmalardan kaynaklandığını öne sürmesiyle son yıllarda mitokondri ve kanser arasındaki ilişkiyi belirlemeye yönelik çok sayıda çalışma yapılmıştır. Elde edilen verilere göre kanser hücrelerinde mtDNA'da mutasyon birikimi çekirdek DNA'sına göre 10 kat daha fazladır. Bu mutasyonlar çoğu kez homoplazmiktir ve erken evre kanser hücrelerinde belirlenebilir. Bu bulgular mtDNA mutasyonlarının kanserin işaretçisi olarak kullanılabileceği fikrini doğurmuştur. Aynı zamanda bu işaretlerin erken evre kanserlerde belirlenebilmesi kanser tedavisine erken başlama olanağını sunması açısından da önemlidir. İnsan mitokondrilerindeki transkripsiyon, POLRMT adı verilen DNA'ya bağlı bir RNA polimerazı tarafından yönlendirilir. Transkripsiyonun başlatılması, POLRMT'nin TFAM (mitokondriyal transkripsiyon faktörü A) ve TFB2M (mitokondriyal transkripsiyon faktörü B2) ile ilişkisini gerektirir. TFAM, transkripsiyon aktivasyonuna ek olarak DNA'yı nükleoid içinde paketleyen bir DNA bağlayıcı proteindir. mir200a, TFAM'ı hedefleyerek downregüle etmektedir. Bu tezde, pankreas kanseri hücre hattında TFAM ekspresyon düzeyinin kanser hücre fonksiyonları üzerine etkisi, mir200a ile TFAM ilişkisi üzerinden araştırılacaktır.
İmidakloprid ve asetamipridin in vitro sistemler üzerindeki toksik etkilerinin değerlendirilmesi
Neonikotinoidler son yıllarda başta arılar olmak üzere hedef olmayan organizmalar üzerindeki toksik etkileri nedeniyle dikkatleri üzerine çekmiş, bazı ülkelerde kullanımları kısıtlansa da, Türkiye dahil pek çok ülkede yaygın olarak kullanılan nikotin türevi bir insektisit grubudur. Bu çalışmada, grubun önemli temsilcilerinden olan imidakloprid ve asetamipridin saf formları ve ticari formülasyonlarının HT-29 insan kolorektal adenokarsinoma hücre hattı üzerindeki olası toksik etkileri tek başına ve karışım halinde uygulamalar ile araştırılmıştır. Bu amaçla MTT ve nötral kırmızısı deneyleri ile doz ve zamana bağımlı hücre canlılığı değerlendirilmiş; spektrofotometrik yöntemler ile oksidatif stresin değerlendirilmesi için glutatyon, süperoksit dismutaz, katalaz ve malondialdehit düzeyleri ölçülmüş; akış sitometrisi ile annexin V bağlanma durumu, kaspaz 3/7 aktivitesi ve mitokondriyal membran potansiyeli ölçümü ile apopitoz süreci belirlenmiş; comet yöntemi ile DNA hasarı tespit edilmiştir. Sonuçlara göre, bu deneysel koşullar altında imidakloprid ve asetamipridin HT-29 hücrelerinde kaspaz aracılı apopitoz, mitokondriyal membran depolarizasyonu, DNA hasarı ve oksidatif stres aracılığıyla sitotoksisiteyi indüklemiş olabileceği belirlenmiştir. Sonuçlarda düşük dozlarda belirlenen DNA hasarı, bileşiklerin karışım halinde daha düşük konsantrasyonlarda toksik etkilere neden olması ve toksisite oluşumunda formülasyonların ön planda olması dikkat çekici bulunmuştur.
Sülfonamid ve karbazol türevlerinin dna/protein etkileşimlerinin spektroskopik ve moleküler kenetlenme yöntemleri ile incelenmesi
Tez çalışması iki bölüm halinde yürütülmüştür. İlk bölümde sülfa grubu ilaçlardan model bileşik olarak seçilen ve antimikrobiyal özelliğe sahip sülfonamid türevi olan sülfatiyazol (STZ) ile calf thymus DNA (ct-DNA) ve protein (HSA/insülin) etkileşimleri spektroskopik (absorpsiyon, floresans) ve moleküler kenetlenme yöntemleri ile incelenmiştir. DNA ve STZ'nin zayıf floresans özellik göstermesi nedeni ile florometrik etkileşim çalışmalarında dolaylı yöntem tercih edilmiştir ve etidinyum bromür (EB) floresans uç olarak kulanılmıştır. STZ ile DNA, HSA, insülin etkileşimleri pH 7.4 tampon ortamında, farklı sıcaklıklarda çalışılmıştır ve termodinamik parametrelere (G, H, S) göre bağlanma özellikleri açıklanmıştır. H ve S parametrelerinin negatif olması, DNA ve insülinin STZ'ye hidrojen bağları ve van der Waals kuvvetleri ile bağlandığını, parametrelerin pozitif değerleri ise HSA'nın hidrofobik kuvvetlerle STZ ile bağlandığını işaret etmiştir. STZ ve DNA arasındaki kovalent olmayan bağlanma türünün oluk bağlanma olabileceği açıklanmıştır. Floresans rezonans enerji transferi (FRET) yöntemine göre, moleküller arası bağlanma uzaklığı STZ-HSA için 3.96 nm, STZ-insülin için 3.54 nm olarak bulunmuştur ve molekül çiftleri arasında ışımasız enerji aktarımının etkin olduğu sonucuna varılmıştır. Moleküler kenetlenme çalışmaları spektral sonuçları destekleyerek; STZ molekülünün, DNA, HSA, insülin gibi her bir hedef için benzer etkileşim ve konformasyon eğilimlerine sahip olduğunu ortaya koymuştur. İkinci bölümde ise yeni sentezlenen ve anti kanser etken maddesi olarak önerilen 3-amido-9-etilkarbazol türevleri CMR (morfolin içeren) ve CPR (piperazin içeren)'nin DNA/protein (HSA) bağlanma özellikleri aynı yöntemlerle incelenmiştir. Türevlerin floresans özelliğe sahip olmaları nedeni ile DNA florometrik etkileşim çalışmalarında direkt yöntem kullanılmıştır. CMR ile DNA/HSA ve CPR ile DNA/HSA komplekslerinin her birinin oluşumunda statik sönüm mekanizmasının ve termodinamik parametrelere göre bağlanmada hidrofobik etkileşimlerin etkin rol oynadığı sonucuna varılmıştır. Ayrıca DNA'nın bağlanma özellikleri, iki farklı floresans ucun (EB ve H33258) yarışma deneyleri, iyonik şiddet etkisi, iyodür iyonu sönümü kullanılarak incelenmiştir. Sonuçlar DNA ile CMR ve CPR'nin, DNA'nın A-T bölgesindeki küçük oluğa bağlanmasıyla etkileşime girdiğini göstermiştir. Floresans rezonans enerji transferi (FRET) yöntemine göre, moleküller arası bağlanma uzaklığı CMR-HSA için 3.10 nm, CPR-HSA için 2.45 nm olması bu molekül çiftleri arasında ışımasız enerji aktarımının etkin olduğu sonucuna varılmıştır. Elde edilen deneysel veriler, moleküler kenetlenme sonuçları ile desteklenmiştir ve doğrulanmıştır. Gerek spektral ve gerekse hesaplamalı sonuçlar, CMR ve CPR türevlerinin diğer benzer karbazol bileşikleri için model olabileceği ve ilaç tasarımında umut verici moleküler türler olarak sınıflandırılabileceğini göstermektedir.
Mycobacterium bovis antijenlerinin escherichia coli'de rekombinant DNA teknolojisi ile üretimi ve alt birim aşı geliştirilmesi
Tüberküloz, uzun yıllardan beri hala önlenememiş en yaygın bulaşıcı hastalıklardan birisidir. Hastalığın yayılmasının önlenmesi amacıyla insanlarda kullanımı onaylanmış tek aşı BCG aşısıdır. Ancak BCG aşısının koruyuculuğunun kişiler arasında değişkenlik göstermesi, enfeksiyonu önleyememesi gibi sorunları çözmek üzere arayışlar devam etmektedir. Bu bağlamda bu tez çalışmasında M. tuberculosis ve M. bovis'in virülansında önemli rol oynayan AhpC ve LprG proteinlerinin hem kendi başlarına hem de BCG ile prime aşılamanın ardından booster aşı antijeni olarak uygulanmaları ile hümoral ve hücresel bağışıklık yanıt üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla AhpC proteinini kodlayan ahpC ve LprG proteinlerini kodlayan lprG geni M. bovis genomundan polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış, bakteriyel ifadeleme vektörüne klonlanmış ve E.coli'de rekombinant olarak üretilmiştir. Rekombinant proteinler afinite kromatografisi ile saflaştırılmış, elektroforez ve immünoblotlama yöntemleriyle karakterize edilmiştir. Ardından, rekombinant AhpC ve LprG proteinlerinin yağ bazlı emülsiyon yapıda bir adjuvan olan Montanide ISA 61VG ile formülasyonları hazırlanmıştır. Aşılar farelere uygulandıktan sonra gelişen hümoral ve hücresel bağışıklık yanıtları ELISA yöntemine dayanan deneylerle araştırılmıştır. Fare serumlarında IgG ölçümüne dayanan hümoral yanıt ve IL-12 ölçümüne dayanan hücresel yanıt değerlendirmeleri her iki proteinin de aşı antijeni olarak etkili olduğunu göstermiştir. AhpC aşısının iyi bir booster aşı adayı olabileceği, LprG aşısının ise tek başına daha etkili olabileceği sonucuna varılmıştır.
Genisteinin DNA hasarı üzerindeki etkilerinin kolon kanseri hücrelerinde tek hücre jel elektroforez (COMET) yöntemiyle değerlendirilmesi
Günümüzde kanserin kalp hastalıklarından daha fazla ölüme yol açtığı ve kanser türleri içinde kolorektal kanserin yaygın görülen kanserlerden biri olduğu bilinmektedir. Bununla birlikte, uygulanan cerrahi müdahale ve kemoterapi, hastaların iyileşme ve sağ kalım sürecinde sınırlı fayda sağlamaktadır. Beklenen tedavi etkinliğinin görülememesindeki en önemli faktörler ise, hastalarda gelişen ilaç direnci ile yan etkileri azaltarak hasta uyumuna olanak sağlayabilecek hedefli tedavi ihtiyacıdır. Kolorektal kanser tedavi etkinliğini arttırmaya yönelik yapılan çalışmalara katkı sağlamak amacıyla, bu projede antikanser etkisi bilinen genistein, kemoterapinin temeli olan 5 – florourasil ve apopitoz aracısı olan TRAIL ligandının subtoksik konsantrasyonlarda tek başlarına ve kombinasyon halindeki SW480 ve SW620 kolon adenokarsinoma hücrelerinde sitotoksik etkileri MTT yöntemiyle, genotoksik etkileri Comet yöntemiyle, reaktif oksijen türleri, mitokondriyel membran potansiyeli, kaspaz 3-8-9 aktiviteleri kitler yardımıyla, apoptotik etkileri akım sitometrisi ve RT – PCR yöntemiyle incelenmiştir. Genisteinin 5-florourasil ve TRAIL'ın SW480 ve SW620 hücrelerinde sitotoksik etkili olduğu ve DNA hasarını arttırdığı belirlenmiştir. Bu maddelerin kombinasyon halinde sinerjistik apoptotik etki gösterdikleri, apoptoz indüksiyonunda reaktif oksijen türleri artışının, kaspaz 3-8-9 düzeylerindeki artışın ve mitokondriyel membran potansiyelindeki düşüşün etkili olabileceği görülmüştür. Ayrıca, TRAIL'ın hücrelerde DR5 aracılı apopitozu indüklediği tespit edilmiştir. Çalışmamızda yer alan ikili ve üçlü kombinasyonlarda ise, SW480 hücrelerinde anlamlı olmakla birlikte her iki hücre hattında da TRAIL ligandının tek uygulandığı gruba göre DcR1 ve XIAP antiapoptik gen ekspresyonlarında azalmanın olduğu saptanmıştır ve bu etkinin TRAIL direncinin ortadan kaldırılmasına katkı sağlayabileceği düşünülmektedir.
Nandrolonun genotoksisitesinin tek hücre jel elektroforez tekniği ile in vitro incelenmesi
Nandrolon, kas gücünü ve performansını arttırmak üzere genellikle gençler ve sporcular tarafından sıklıkla süistimal edilen anabolik androjenik steroidler arasında yer alır. Birçok ülkede kontrole tabidir ve bu nedenle tıbbi olmayan kullanımı genellikle yasa dışıdır. Sağlığı olumsuz yönde etkilediği bilinmektedir. Önemli yan etki risklerine rağmen, yaygın olarak kötüye kullanılmaktadır. Yüksek doz ve uzun süreli kullanımı söz konusudur. Literatür taramasının sonucu olarak, nandrolon dekanoatın genotoksisitesi konusunda birkaç çalışmanın yapıldığı ve bu çalışmaların da yetersiz olduğu görülmektedir. Bu çalışmanın amacı, nandrolon dekanoatın geniş aralıktaki dozlarda V79 Çin hamster fibroblast hücrelerinde hücre canlılığı ve sitotoksik olmayan dozlarda insan lenfositlerinde DNA hasarı üzerine etkilerini değerlendirmektir. Sitotoksisite, MTT yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Nandrolon dekanoatın insan lenfositlerinde genotoksisitesi ve ayrıca H2O2 ile oluşturulan oksidatif DNA hasarına karşı etkisi alkali tek hücre jel elektroforez yöntemi (Comet yöntemi) ile belirlenmiştir. V79 hücrelerinde 250 µM üzeri konsantrasyonlarda nandrolon dekanoatın hücre canlılığını doz-bağımlı bir şekilde anlamlı olarak azaltmıştır. IC50 dozu 739 μM olarak belirlenmiştir. Nandrolon dekanoat, tek başına çalışılan tüm konsantrasyonlarında (0,5-100 μM) lenfositlerde DNA hasarına yol açmamıştır. 10-100 μM arasındaki konsantrasyonlarda doz-bağımlı olarak oksidatif DNA hasarını önemli ölçüde azalttığı; ancak düşük konsantrasyonlarında (0,5 ve 1 μM) değiştirmediği görülmüştür. Çalışmanın sonuçları, nandrolon dekanoatın, genotoksik olmayan dozlarda oksidatif stres ile indüklenen DNA hasarını azaltabileceğini göstermektedir. Sonuç olarak, nandrolonun çalışmamızda gözlenen oksidatif strese karşı olası antigenotoksisitesi toksisite mekanizmasının ortaya çıkarılmasında mevcut bilimsel çalışmalara katkıda bulunabilir, bununla birlikte daha ileri araştırmalara ihtiyaç vardır.
Antifosfolipid, antikardiyolipin, ekstrakte edilebilen nükleer antijen ve anti-çift sarmal DNA antikorlarının pozitif olmasının gebelik sonuçları üzerine etkisi
Tanaçan A, Antifosfolipid, Antikardiyolipin, Ekstrakte Edilebilen Nükleer Antijen ve Anti-Çift Sarmal DNA Antikorlarının Pozitif Olmasının Gebelik Sonuçları Üzerine Etkisi, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı, Perinatoloji Bilim Dalı, Yandal Uzmanlık Tezi, Ankara, 2018. Ekstrakte edilebilen nükleer antijen (ENA) ve anti-çift sarmal DNA (anti-dsDNA) antikorlarının pozitif olması ve bu pozitifliğe eşlik eden Sistemik Lupus Eritematozus, Sjörgen Sendromu ve diğer otoimmün hastalıklar kötü obstetrik sonuçlar ve gebelik komplikasyonları ile ilişkili bulunmuştur. Bu yandal uzmanlık tezinin amacı ENA, anti-dsDNA, antifosfolipid (APL) ve antikardiyolipin (ACL) antikorlarının pozitif olmasının gebelik sonuçları üzerine olan etkisini göstermektir. Bilinen ENA, anti-dsDNA, APL IgG, APL IgM, ACL IgG veya ACL IgM antikor pozitifliği olan 91 hasta, rastgele seçilmiş olan 91 hasta ile gebelik sonuçları ve obstetrik komplikasyonlar açısından karşılaştırıldı. Gruplar arasındaki risk seviyesini karşılaştırmak amacıyla mevcut gebelikteki Beksaç Gebelik Obstetrik İndeksi (BOIp) (yaşayan çocuk sayısı+( π/10)/gravida) kullanıldı. Gruplar arasında ortanca maternal yaş, gravida, önceki düşük sayısı ve BOIp'ler açısından istatistiksel anlamlı farkın mevcut olduğu bulundu (sırası ile, p = 0.04, p < 0.001, p < 0.001, ve p < 0.001). Ayrıca, ortanca doğum haftası, doğum kilosu ve 1. dakika APGAR skorları arasında da istatistiksel olarak anlamlı fark izlendi (p < 0.001 for all). Bunların yanında, intrauterin gelişme geriliği, oligohidroamniyoz ve gestasyonel hipertansiyon oranları açısından da istatistiksel olarak anlamlı farklar bulundu (sırası ile, p < 0.001, p = 0.05, and p = 0.05). Çalışma grubunda 3 intrauterin ölüm mevcutken, kontrol grubunda hiç intrauterin ölüm izlenmedi (p = 0.123). Bu bulgular doğrultusunda, anti-dsDNA, ENA, APL ve ACL antikor pozitifliğinin plasental inflamasyona yol açarak gebelik sonuçlarını olumsuz etkileyebileceği sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: gebelik, ekstrakte edilebilen nükleer antijen, anti-çift sarmal DNA, antifosfolipid antikoru, antikardiyolipin antikoru, perinatal morbidite ve mortalite, plasental enflamasyon
HPV DNA (+) kadınların sağlık inanç modeli'ne göre izlem sürecindeki deneyimleri: Nitel bir çalışma
Amaç: HPV DNA (+) kadınların Sağlık İnanç Modeli (SİM)'ne göre smear testini yaptırmada etkili tutum ve davranışlarını, izlem sürecindeki deneyimlerini ve bununla ilişkili inançlarını tanımlamaktır. Yöntem: Araştırmada, nitel araştırma yaklaşımlarından fenomenolojik desen kullanılmıştır. Araştırmanın kavramsal çerçevesini SİM oluşturmuştur. Veriler "Tanıtıcı Bilgi Formu" ve "Yarı Yapılandırılmış Görüşme Formu" kullanılarak "derinlemesine görüşme" yöntemiyle toplanmıştır. Çalışmanın örneklemini, HPV DNA 16, 18 (+), LGSIL (+), HGSIL (+), ASCH (+) ve kolposkopi yapılan grup dışında kalan, belli aralıklarla pap smear ve/veya HPV DNA testi ile izlenmesi gereken HPV DNA (+) kadınlar (n: 16) oluşturmuştur. Veriler "içerik analizi" ile değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışmaya alınan kadınlar SİM'in bileşenlerine göre davranışlar ve inançlar deneyimlemişlerdir. Modele göre algılanan duyarlılık ile ilgili temalar; "Kansere yakalanma riski", "Tanının kabulü", ciddiyet teması altında; "Olumsuz etkileme", "Ölüm", "Kanser olma korkusu", "Sağlığın bozulması endişesi", "Kanser olmuş hissetme", "Kanserin getirmiş olduğu yük ", algılanan yarar temaları; "Serviks kanserine yakalanma riskinin azaltılması/önlenmesi", algılanan engel; "Sosyal destek eksikliği", "Randevu alamama", "Bilgi eksikliği", "Kendini muayeneye hazır hissetmeme", "Doktorun yaklaşımı", "Aile sürecinde bozulma", "Hastalığa özgü rahatsızlığın olmaması", "Muayeneden hoşlanmama", "Hastanenin konumu", "Çalışma durumu", "Muayene için bekleme süresinin uzunluğu", "Hastalık hakkında yanlış bilgi", "Hastaneye gelmenin yıpratıcı olması", "Hastanenin bakımsız ve pis olması", "Fiziksel engelli olma", sağlık motivasyonu temaları; "Gereksinim", "Sağlık/çare arama davranışı", "Deneyimleme" ve "Umut", öz yeterlilik; "Gerçek performans", "Başkalarının deneyimleri", "Sözel ikna", "Öznel algılar", eyleme geçiriciler; "İç ve Dış uyarı", sosyo-demografik faktörlerden "Sosyal destek varlığı" alt temaları belirlenmiştir. Sonuç: Çalışmada, SİM'e göre kadınların deneyimleri açıklanarak tanı sonrası izlem sürecine yönelik önemli veriler elde edilmiştir. HPV DNA (+) tanısı alındıktan sonra sadece kadınların değil aile bireylerinin de etkilendiği belirtilmiştir. Veriler doğrultusunda kadınlara sağlık personelleri tarafından bilgi, destek sağlanması, belirli aralıklarla danışmanlık hizmetlerinin verilmesi ve belirtilen engellerin giderilmesi izlem sürecinin daha olumlu geçirilmesini sağlayabilir. Anahtar Kelimeler; HPV DNA; Sağlık İnanç Modeli; Nitel Araştırma; Hemşirelik
Aşı adayı toxoplasma gondii GRA8 proteininin oluşturduğu immun yanıt ve korunmanın araştırılması
Toxoplasma gondii insan dâhil tüm sıcakkanlı hayvanları enfekte edebilen, insan ve hayvanlarda ciddi klinik tablolara yol açan zoonotik bir protozoondur. Dünya nüfusunun ortalama %30'u T. gondii ile enfektedir. Toksoplazmozis çiftlik hayvanlarında da büyük ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Bu yüzden T. gondii'ye karşı aşı geliştirmek oldukça önemlidir. Bu amaçla daha önceki çalışmamızda kuvvetli immun yanıt uyaran GRA8 geni öncelikle biyoinformatik olarak incelenmiş, proteinin hücre içi ve transmembran kısımları atılıp, sinyal peptidi eklenmiştir. Protein pcDNA.3.3 vektörü içine klonlanarak sadece GRA8 plazmid içeren ve CpG+Escort ile takviye edilmiş GRA8 plazmid DNA aşıları geliştirilmiştir. Daha sonra Swiss Webster fareler üç hafta ara ile iki kez SC olarak aşılanmış ve uyarılan sıvısal immun yanıt Western Blot ve ELISA ile hücresel immun ise flow sitometri ve MTT testleri ile belirlenmiştir. DNA aşılarının koruyuculuğu, 7-8 tane T. gondii PRU suşuna ait doku kistlerinin oral yoldan uygulanması ile tespit edilmiştir. Dokularda oluşan kistler faz kontrast mikroskobu ile sayılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, aşılama sonrası sadece GRA8 plazmid ve Cpg+Escort+GRA8 plazmid içeren aşı grupları kontrollere göre kuvvetli IgG yanıtı uyarmıştır (P<0,001). IgG1 ve IgG2a yanıtı incelendiğinde Th1-Th2 kutuplaşmasının dengeli olduğu tespit edilmiştir. Aşı gruplarında, IFN-γ salgılayan CD4 T lenfositleri ile CD8 T lenfosit oranlarının kontrollere göre sırasıyla 1,31-1,75 ve 1,17-1,70 kat arasında arttığı saptanmıştır. Stimülasyon indeksleri aşı gruplarında kontrol gruplarına göre %7-%34 arasında yüksek olduğu tespit edilmiştir. GRA8 plazmid aşısı uygulanan farelerde doku kisti sayısı 440,74±343,35 olup PBS ve Cpg+Escort+Boş plazmid uygulanan farelere göre belirgin olarak azalmıştır (P<0,0001, ****). Cpg+Escort+GRA8 plazmid aşısı uygulanan farelerde ise doku kisti sayısı ise 804,76±715,87 olup PBS (P=0,0086, **) ve Cpg+Escort+Boş plazmid (P=0,0007, ***) uygulanan farelere göre belirgin şekilde düşmüştür. GRA8 plazmid aşı grubunda oluşan doku kisti sayısı Cpg+Escort+GRA8 plazmid grubuna göre belirgin bir şekilde azalmıştır (P<0,05, *). Sonuç olarak bu çalışmada protein mikroarray taraması ile seçilen aşı adayı GRA8 antijeninden geliştirilen DNA aşılarının kuvvetli sıvısal ve hücresel immun yanıtı uyarabildiği ve toksoplazmozise karşı kısmi korunma sağladığı tespit edilmiştir. Ayrıca ileride yapılacak çalışmalarda GRA8 antijeni ve diğer T. gondii antijenlerinin kullanıldığı multi-antijenik DNA aşılarının geliştirilmesiyle toksoplazmozise karşı tam bir korunmanın olasılığı öngörülmektedir. Anahtar Kelimeler: Toxoplasma gondii; GRA8 proteini; DNA aşısı; Nano-adjuvant; CpG
Metamfetamine spesifik DNA aptamerinin geliştirilmesi
Metamfetamin yaygın olarak kötüye kullanımı olan yüksek derecede bağımlılık yapan uyarıcı ve nörotoksik bir ilaçtır. Metamfetamin kötüye kullanımı birçok tıbbi, sosyal ve ekonomik sorun ile ilişkilendirilmektedir. Metamfetamin kötüye kullanımı, tüm dünyada giderek artan uluslararası bir sorun haline gelmiştir. Bağımlılık toplumun karşı karşıya olduğu en yaygın, pahalı ve zorlayıcı sağlık sorunlarından biridir. Bununla birlikte, amfetamin türevlerinin (metamfetamin vb.) üretimi ve kötüye kullanımı artarak devam etmektedir. Birleşmiş Milletler Uyuşturucu ve Suç Ofisi verilerine göre dünya genelinde metamfetamin kullanıcılarının sayısı, hem opiat hem de kokain kullanıcılarının sayısı ile yarışır durumdadır. Önceki çalışmalarda, idrar, kan ve saç gibi biyolojik örnekle laboratuvar testleri, uyuşturucu kullanımını doğrulamak amaçlı kullanılmıştır. Bununla birlikte, örnek toplama sırasında değiştirme ya da yerine koyma gibi birçok problem ortaya çıkmaktadır. Düşük hassasiyet ve seçicilik, operasyonel uygulama zorlukları ve toksik çözücülerin kullanımı gibi çeşitli sınırlamalar, metamfetamin analizleri için yeni ve pratik yöntemlerin geliştirilmesine duyulan ihtiyacı doğurmuştur. Bu sınırlamaların bir sonucu olarak, bu yöntemlere alternatif olabilecek metamfetaminin belirlenmesi için daha hızlı ve daha ucuz yöntemler geliştirmeye ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada, ssDNA aptamerleri GO-SELEX (Grafen Oksit-Ligandların Üstel Zenginleştirilmesi ve Sistematik Evrimi) yöntemi kullanılarak metamfetamin kullanımına karşı seçilmiştir. Aptamerler, dizilerine özgü üç boyutlu katlanmalarıyla hedeflerine oldukça yüksek afinite ve özgüllükle bağlanabilen tek iplikli DNA veya RNA oligonükleotidleridir. Aptamerler, üç boyutlu yapılarına bağlı olarak, tek bir molekülden karmaşık analit karışımına ve hücrelerden tüm organizmaya kadar birçok farklı ligand tipine bağlanacak şekilde geliştirilebilir. Küçük moleküller için aptamerlerin geliştirilmesi için en pratik ve seçici SELEX yöntemlerinden biri grafen oksit SELEX (GO-SELEX) 'dir. Bu çalışma kapsamında metamfetamin için geliştirilen aptamerler, izotermal titrasyon kalorimetrisi (ITC) ile karakterize edilmiştir. ITC analizi ile aptamerlerin hedef moleküle afiniteleri belirlenmiştir. Geliştirilmiş aptamerlerin seçiciliği ve afinitesi, biyolojik numunelerde µM seviyesinde afinite ile metamfetamin molekülünün analizi için yeni aptasensörlerin geliştirilmesi için ümit vericidir. Anahtar Sözcük: Aptamer, Madde Bağımlılığı, Metamfetamin, SELEX, GO-SELEX.
Nükleik asitler ve polipeptidlerin alt birimleri (MONO-tetramer) arasındaki etkileşimlerinin moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Transkripsiyon faktörleri (TF) birçok farklı amino asittin bir araya gelmesi ile meydana gelen proteinlerdir. Yapısında bulunan amino asit dizileri, dış çevrenin entalpi değeri ve birbirleri arasındaki kovalent olmayan etkileşimlere bağlı olarak bu proteinin üç boyutlu bir yapı kazanmasını sağlamaktadır. Transkripsiyon faktörlerinin işlev gösterebilmesi ve DNA'ya etkin bir şekilde bağlanabilmesi için bu yapıyı kazanması gerekmektedir. Bu çalışmada, RE-1 (Baskılayıcı Element-1) susturucu transkripsiyon faktörünün (REST) DNA bağlanma bölgesine ait üçlü serin yapısı ve REST'in etkin olarak bağlandığı bilinen tek iplikli DNA dizisi içerisindeki AG ve CC ikili nükleotid dizilerinin birbiri ile olan kovalent olmayan bağ etkileşimlerinin hesapsal moleküler yöntemler kullanılarak araştırılması amaçlanmıştır. Bunun için, üçlü serin molekülü yapıları, ikili nükleotid molekülü yapıları ve bu yapıların etkileşimlerine ait konfomer analizi Spartan'14 programı ile bulundu. Bulunan her bir konfomerin optimizasyon (opt) ve frekans (freq) hesaplamaları MOPAC2016 programı PM6-D3H4 yöntemi ve Gaussian09 programı B3LYP/6-311++G(d,p) ile sulu ortamda oldukları varsayılarak hesaplandı. Hesaplama sonrasında rölatif enerji değerleri hesaplanarak, etkileşime girmesi istenen en kararlı yapılar belirlendi. Moleküler yapıların gösterimi Discovery Studio Visualizer 2019 programı ile yapıldı. Sonuç olarak, REST proteininin DNA'ya bağlanan aktif bölgesi içerisindeki serin rezidülerinin DNA ile kovalent olmayan etkileşimler içerisinden hidrojen (–H) bağı oluşturabileceği fakat diğer kovalent olmayan etkileşimlerin gerçekleşmediği bulundu.
Nanopore sekanslama teknolojisi kullanılarak, kişi tanımlama kiti geliştirilmesi
Amaç: İnsan Deoksiribo Nükleik Asidi (DNA) bilinen en stabil biyolojik materyallerden bir tanesi olup, kişiye özel bir çok tanımlama bölgesi içermektedir. Son yıllarda, DNA üzerindeki belirli Tek Nükleotid Polimorfizm'lerinin (Single Nucleotide Polymorphism-SNP) genotiplendirilmesi, özellikle kimliklendirme çalışmalarında giderek yaygınlaşan ve yüksek ayrım gücü sunan bir yöntemdir. Genotiplendirme işlemi, yeni nesil dizi analizi teknolojisindeki hızlı ilerlemeler sayesinde giderek pratikleşmiş olsa da bu cihazların birçoğunun uzun sürede sonuç vermesi ve büyük veri analizleri gerektirmesi, özellikle hızlı kimliklendirme gereken durumlarda büyük bir dezavantaj oluşturmaktadır. Bununla birlikte, 4. nesil olarak geçen Oxford Nanopore teknolojisini kullanan bir cihazın (Minion) uzun okumalar yapması, hızlı analiz ve küçük boyutları sayesinde sahada kullanıma imkan sağlaması, bu dezavantajları ortadan kaldırmıştır. Bu projede; Oxford Nanopore sekanslama platformuna uyum sağlayacak, teknolojik ve pratik SNP temelli bir kişi tanımlama prototipi geliştirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Ticari DNA kullanılarak, literatürde kişi tanımlama için sıklıkla kullanılan 52 SNP bölgesi multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction-PCR) metodu ile amplifiye edilmiştir. Bu amplikonlar Oxford Nanopore Minion cihazı ile sekanlanmıştır. Sekans verilerine göre özgün bir biyoinformatik iş akışı tasarlanmıştır. Bulgular: Üç ticari DNA örneği üzerinden yapılan çalışmalarda Nanopore verilerinin 52 SNP bölgesinde de tam olarak doğru sonuç verdiği gözlenmiştir. Toplam süre 1 saatin altında tamamlanmıştır. Sonuç: Bu tez sonucunda 52 adet SNP bölgesi Oxford Nanopore Minion cihazıyla başarılı bir şekilde sekanslanmıştır. Aynı zamanda SNP temelli kişi tanımlama için dünya üzerinde erişilmiş en hızlı süre elde edilmiştir.
Ratlarda oluşturulan iskemi reperfuzyon modelinde hasarın over dokusu üzerine olası etkileri ve vit D kullanımının etkinliğinin araştırılması
Çalışmamızda ratlarda oluşturulan deneysel 60 dk pneumoperitonium modeli sonrası overlerde oluşan iskemi reperfuzyon (İR) hasarın biyokimyasal, histopatolojik, mikrovasküler boyutu değerlendirilmiş, kontrol grubu ve bu hasarların önlenmesinde preoperatif vit D kullanılan çalışma grubu ile karşılaştırılmıştır. Çalışmamızda 24 aylık gebe olmayan 200-250 gr ağırlığında Sprague Dawley cinsi dişi sıçanlar kullanıldı. Pneumoperitonium sağlandıktan 60 dk sonra desuflasyon gerçekleştirilmiş ve 30dk boyunca İAB normalize edilmiştir. Her biri 7 rattan oluşan 3 çalışma grubu oluşturulmuştur. Reperfüzyon periyodunu takiben midline abdominal insizyon uygulanarak overler vizualize edilmiş,sağ overde histopatolojik, sol overde biyokimyasal olarak oksidatif stres markırları üzerinden İR hasar değerlendirilmiştir. Histopatoloji olarak dokulardaki folliküler dejenerasyon,vasküler konjesyon, inflamasyon ,hemoraji ve ödem değerlendirildi. Biyokimyasal olarak, apaptoz markırı olan caspaz 3 ve DNA tamir mekanizmalarının nükleotid eksizyon tamiri (NER) kısmından sorumlu olan PCNA düzeği ve AMH düzeği değişiklikleri araştırıldı. Dvit uygulanan grup ile diğer iki grup (şam ve iskemi-reperfüzyon )arasında anlamlı fark olduğu saptandı.