187
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Arşivlenen Tez
Classification of brain MR image data using data mining techniques
Alzheimer's Disease is a disease that shows its effects with the progression of the age and it causes the brain to be unable to fulfill its expected functions. The disease's effects show variety according to its phase such as to forget the name of surrounding people or cannot continue daily life without help. As of we know, there is no method has general acceptance for diagnosis and treatment. In this thesis study, the performance of data mining methods and that of deep learning on diagnosis of Alzheimer's Disease (AD) is assessed by using patients' magnetic resonance image (MRI) data. MRI data from 144 healthy persons named control normal (CN) and 175 patients with AD are used. These two groups consist of 167 male and 152 female aged between 55 and 91. Volumetry statistics of the parts of the brain from related MRI data are obtained and performance of the traditional data mining algorithms on feature selection and classification are evaluated. Also, the performance of Artificial Bee Colony algorithm developed in this thesis and used as a feature selector is compared with the classical feature selector methods. Besides this, collected images segmented as Gray Matter (GM), White Matter (WM) and Cerebrospinal Fluid (CSF) after the normalisation process. Statistical Parametric Mapping (SPM) software's tools are utilized for the normalization and segmentation. These GM images are used in deep learning method. Results are compared.
Hacıhaliloğlu kayısı Pprunus armeniaca L. cv. Hacıhaliloğlu ) meyvesinden biyoaktif bileşiklerin ekstraksiyonu ve özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada Kayısı ( Prunus armeniaca L) meyvesinin toplam fenol miktarı, toplam antioksidan miktarı , diyabette anahtar konumda olan α-glikozidaz ve α-amilaz üzerine inhibisyon etkisi ve antibakteriyel aktivitesi gibi biyoaktif özellikleri incelenmiştir. Metanol, etanol ve hekzan kullanılarak elde edilen özütlerin toplam fenol miktarı gallik asite eşdeğer olarak 0.075 - 1.28 mg/g arasında değişirken, en yüksek toplam fenolik madde etanollü özütte bulunmuştur. Meyve özütlerinin antioksidan kapasiteleri, DPPH yöntemine göre serbest radikal giderici etkisi 1.20-12.4 mM TE/ g ekstrakt arasında değişirken, FRAP yönteminde indirgeme gücü kapasitesi 5.73- 15.03 mM TE/ g ekstrakt arasında değişmiştir. En güçlü antioksidan etki FRAP yöntemine göre etanolde bulunurken, DPPH yöntemine göre hekzanlı özütte gözlenmiştir. α-glikozidaz inhibisyonu IC50 cinsinden 63.38- 954,00 mg/mL arasında farklılık gösterirken, α-amilaz inhibisyonu ise IC50: 6.26- 9.69 mg/mL arasında değişmiştir. α-glikozidaz ve α-amilazı inhibe etmede etanollü özüt en etkili bulunmuş olup değerler sırasıyla 593.3 mg/mL ve 118.66 mg/mL tespit edilmiştir. Kayısı meyve özütlerinden sadece etanollü özüt antibakteriyel aktivite göstermiştir. Etanollü özütün disk difüzyon yönteminde oluşturduğu zon çapı 7.66 mm (Escherichia coli) ve 8.33 mm (Staphylococcus aureus) olmuştur.
Akko XIII yenidünya çeşidinin (Eriobotrya japonica Lindl. Akko XIII) biyoaktif özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada yenidünya (Eriobotrya japonica Lindl.) meyvesinin toplam fenol miktarı, antioksidan, diyabette anahtar konumda olan α-glikozidaz ve α-amilaz üzerine inhibisyonu ve antibakteriyel aktivitesi gibi biyoaktif özellikleri incelenmiştir. Etanol, metanol ve hekzan kullanılarak elde edilen özütlerin toplam fenol miktarı gallik asite eşdeğer olarak 0.058-8.2 mg/g arasında değişmiştir. En yüksek toplam fenolik madde metanollü özütte bulunmuştur. Meyve özütlerinin antioksidan kapasiteleri, DPPH yöntemine göre serbest radikal giderici etkisi 1.86-75.85 mM TE/g arasında değişirken, FRAP yönteminde indirgeme gücü kapasitesi 1.91-11.04 mM TE/g arasında değişmiştir. En güçlü antioksidan etki metanollü özütte gözlenmiştir. α-glikozidaz inhibisyonu IC50 cinsinden 5.37-51.11 mg/mL arasında farklılık gösterirken, α-amilaz inhibisyonu ise IC50: 3.91-19.2 mg/mL arasında değişmiştir. α-glikozidazı inhibe etmede metanollü özüt en etkili (5.37 mg/mL) iken, α-amilaz inhibisyonunda etanollü özüt en etkili (3.91 mg/mL) olmuştur. Yenidünya meyve özütlerindenmetanol ve etanol ile edilen özüt Escheria coli'ye karşı sırasıyla 13.3±0.60 mm ve 14.7±0.60 mm düzeylerinde antibakteriyel etki gösterirken, tüm özütlerin Staphylococcus aureus'akarşıantibakteriyel aktivitelerin olmadığı saptanmıştır
Türkiye'de farklı yörelerde yetiştirilen yaş çay yapraklarından yeşil çay üretimi ve kalite özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, 2017 yılı çay sezonu 2. sürgün döneminde (Temmuz-Ağustos) ÇAYKUR'a ait Cumhuriyet, Tirebolu, Hemşin Organik ve Sabuncular Organik çay fabrikalarından temin edilen yaş çay yapraklarından üretilen yeşil çayların kalite parametreleri (su ekstraktı, toplam polifenol, kafein, kateşin, mineral madde vb.) araştırılmıştır. Böylelikle, yeşil çay üretiminde farklı bölgelerden temin edilen yaş çay yapraklarının yeşil çaya işlemeye uygunlukları ve üretim aşamalarında çayın bileşiminde meydana gelen değişimler tespit edilmiştir. Çay çeşitleri arasında Tirebolu yöresinden temin edilen yaş çay yapraklarından üretilen yeşil çayın kalite parametrelerinin diğer çeşitlere kıyasla daha yüksek olduğu ve Türk Gıda Kodeksi Çay Tebliği'ndeki yeşil çaya ait fiziksel ve kimyasal özelliklere uygun olduğu belirlenmiştir. Tirebolu yöresine ait yaş çay yapraklarından üretilen kuru yeşil çayın su ekstraktının %37.68, toplam polifenol içeriğinin %16.93, kafein değerinin %2.59, toplam kateşin değerinin %16.26 ve EGCG'da %9.41 olduğu belirlenmiştir. Duyusal kriterler açısından değerlendirildiğinde de en yüksek puanları Tirebolu yöresinden temin edilen yaş çay yapraklarından üretilen yeşil çayların aldığı tespit edilmiştir.
Şalgam sularının aroması üzerine etkili mikrofloranın yeni nesil dizileme yöntemi ile belirlenmesi ve istatistiksel değerlendirilmesi
Şalgam suyu, evlerde, küçük işletmelerde ve endüstriyel düzeyde üretilen kırmızı renkli, ekşi tatta fermente bir içecektir ve siyah havucun laktik asit fermantasyonu sonucunda elde edilmektedir. Bu çalışmada, fermantasyon süresi (20 gün) boyunca belirli aralıklarla alınan şalgam suyu örneklerinde renk, pH, titrasyon asitliği, suda çözünen katı madde miktarı ve mikrobiyolojik sayım analizleri yapılmış ile gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi uygulanmıştır. Ayrıca, fermantasyon sürecindeki baskın laktik asit bakterisi ve maya-küf tür ve kompozisyonları yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak belirlenmiş ve uçucu aroma bileşikleri profili analizleri gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda pH değerinin ve titrasyon asitliği değerinin sırasıyla 4,24-3,82 ve 4,03-8,33 g/L arasında değiştiği görülmüş, briks değerleri ise süreç boyunca 2,7 olarak ölçülmüştür. Süreç boyunca toplam bakteri sayısının giderek azaldığı, LAB ve maya-küf sayısının ise giderek arttığı görülmüştür. Fermantasyon sürecinde baskın LAB türleri Leuconostoc mesenteroides, Lactococcus lactis ve Leuconostoc pseudomesenteroides; baskın maya-küf türleri ise S. cerevisiae ve C. boidinii olarak tespit edilmiştir. Uçucu aroma bileşikleri içinde etil alkol en yüksek, fenol, 2,4-bis(1,1-dimetiletil) ise en düşük konsantrasyona sahiptir.
Türkiye'de farklı bölgelerde yetiştirilen stevia bitkisinin steviol glikozit içeriklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, ülkemizde Akdeniz, Karadeniz ve Marmara bölgelerinde yetiştirilen 4 farklı çeşit Stevia bitkisinden Stevia Rebaudiana Bertoni (BRT1, BRT2 ve BRT3) ve Stevia Morita II (MRTII) çeşitlerinin yaprak özellikleri (en, boy, en/boy oranı), kuru yaprak verimleri ve steviol glikozit içerikleri yetiştirme periyodu boyunca incelenmiştir. Stevia çeşitlerine ait fidelerin boylarının büyüme-gelişme evresi sonunda 74.00-101.50 cm'ye ulaştığı tespit edilmiştir. Stevia çeşitlerinin toplam kuru yaprak veriminin 333.96-624.00 kg/da arasında değiştiği ve en yüksek toplam kuru yaprak veriminin Akdeniz Bölgesi'nde 624.00 kg/da ile Burhaniye'den temin edilen Stevia Rebaudiana Bertoni'de (BRT 3) olduğu belirlenmiştir. En düşük toplam kuru yaprak veriminin, Marmara Bölgesinde 333.96 kg/da ile Stevia Morita II'de olduğu saptanmıştır. Stevia çeşitlerinin Toplam Steviol Glikozit (TSG) içeriğinin %11.90-17.76 arasında olduğu, Stevioside ve Rebaudioside A içeriğinin de sırasıyla %1.44-8.45 ve %3.42-13.98 arasında değiştiği belirlenmiştir. TSG içeriği açısından en iyi Stevia çeşidinin Akdeniz Bölgesinde yetiştirilen Stevia Morita II çeşidinde olduğu (TSG %17.76, Rebaudioside A %13.98 ve Stevioside %1.98) saptanmıştır. Ülkemizin Stevia yetiştiriciliği açısından gerek toprak yapısı ve gerekse iklim-ekolojik koşullar açısından uygun bir bölge olduğu ve Stevia Morita II (MRT II) çeşidinin adaptasyonunun daha kolay, hasat süresinin daha kısa ve steviol glikozit içeriğinin daha yüksek bir çeşit olduğu belirlenmiştir.
Microstrip patch antenna design for ultra-wideband communications
In this thesis, different configurations of microstrip patch antennas are designed for Ultra-Wideband (UWB) communication systems. The parameters of the antenna are examined between 3.1 GHz - 10.6 GHz such as Return Loss, Voltage Standing Wave Ratio and Radiation Pattern. In the study, materials and dimensional parameters are changed on the designed antennas for improving antenna behaviors within the specified frequency range. The generally, referenced methods are to vary the size, shape and types of materials used in the substrate, ground plane and patch. Antennas are designed and simulated by using CST Microwave Studio computer program. Key Words: microstrip patch antenna, radiation pattern, Return Loss, Ultra-Wideband
Prediction of a further tire life by using ANN
Tires are essential components of the automotive industry; In our modern world, it is inevitable to see every current vehicle equipped with some sets of tires. Depending on the nature of the business, there are lots of applications that are using tires like; Commercial, Industrial, Aerospace Etc. The needs always change by technology and the requests of business type. Thus, tire producers must develop new, modern tires which could provide the requirements and compete with their competitors. All these requests must be covered in an efficient way, including price, technology, research & development, and these activities must be parallel to partner industries. Tires mostly produced of natural or synthetic rubber, fillers (Carbon black), oil, steel, and textile. Because rubber is a highly elastic, almost incompressible material, depending on its composition, it can be stretched five times without showing signs of cracking or permanent deformation. In daily usage of tires, the tread part and tread materials contacts with different kinds of surfaces like asphalt, gravel, sand, etc. Due to friction forces and forces applied on the tire, the tire starts to lose volume from the tread part this is a known physical and chemical reaction caused by friction between the tire and road surface. Some other vital factors affect these results like tire compound, speed, the load on the tire, driving behaviour, tire pressure, tire contour, etc. All these effects could seem as tread volume loss, mini cuts, and chipping rubber parts on the tread surface. Thus results in mileage performance problems and visual mini cut and chipping issues that could be one of the critical factors of consumers in the tire using industries. This study aims to identify these phenomena before production or early mileage of tires and implement these results in the production line to select the right material, the method to save investment costs.
Cloning of the glucoamylase encoding gene found in aspergillus niger genome
Glucoamylase (GA) (1,4-α-glucosidase) is an exoamylase enzyme that is involved in the hydrolysis step of all processes in which glucose is needed. Glucoamylase which is a very important industrial enzyme produces D-glucose by hydrolyzing glucosidic linkages of starch, glycogen, and oligosaccharides from their non-reducing ends. The main reason that makes GA of such importance to the industry is its role in the starch process. Starch is one of the major components of the food, textile, laundry, pharmaceutics, and paper industries. In nature, there is two forms of glucoamylase, GAI which is commonly used in industry because of its capacity of high starch hydrolyzing and GAII. Most of the bacteria, yeasts, and fungi can produce glucoamylase in various forms, but especially the fungal glucoamylase is most often used in the industry. This study was aimed that produce recombinant glucoamylase enzyme in Pichia pastoris. In this way, an industrially important enzyme, glucoamylase, could be produced as recombinant on laboratory scale from the more economical and easier-breeding yeast strain. For this purpose plasmid that containing the glaA gene encoding the glucoamylase enzyme in GAI form found in Aspergillus niger genome was designed and transferred to Pichia pastoris. The molecular cloning of the glaA gene was confirmed by sequence analysis and transfection was verified by colony PCR and determination of enzyme activity. In addition to that, the activities of the resultant recombinant enzyme under different conditions were investigated.
Establishment of drug-resistant cell lines in non-small cell lung cancer
Non-small cell lung cancer is one of the leading causes of cancer-related deaths worldwide. One of the major reasons for this is the development of resistance against theurapatic drugs during treatment or due to genetic make up of tumors in patients. Although several molecular agents have been developed to overcome drug resistance, risk of recurrence is still being a challenge for efficient therapy at the present time. Thus, understanding chemoresistance mechanisms is crucial for successful treatment of this disease. In this study, it was aimed to establish drug-resistant sub-cell lines by mimicking treatment conditions of non-small cell lung cancer patients in vitro to study drug resistance mechanisms and to generate cell lines for future purposes to discover novel anti-chemoresistance agents. In accordance with this purpose, human non-small cell lung cancer cell line A549 was exposed to increasing concentrations of Epithelial Growth Factor Receptor targeting drug Erlotinib to create an Erlotinib resistant subline. To compare possible morphological and molecular changes during resistance development, a parental A549 subline was maintained in a parallel culture. The cell viability changes in both sublines were demonstrated by cell viability assays. Both groups of sublines were subjected to wound healing assay to monitor the differences in metastatic progression; on the other hand, tumorigenic capacities were measured by soft agar colony formation assays. Furthermore, the effects of Erlotinib on the gene expression changes of epithelial to mesenchymal transition markers, a key feature of chemoresistance, were detected by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction analysis. It was found that besides increased cell viability under drug conditions, Erlotinib resistant subline was more tumorigenic with a greater migration capacity than the parental subline. Finally mesenchymal biomarker N-Cadherin gene expression was significantly increased in Erlotinib resistant subline.