646
Arşivlenen Tez
3
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
CEA tespiti için elektrokimyasal immünosensörgeliştirilmesi
Bu çalışmada, karsinoembriyonik antijenin (CEA) tespiti amacıyla elektrokimyasal bir immünosensör geliştirilmiştir. Bunun için öncelikle altın elektrot yüzeyinde 3-merkaptopropiyonik asit (MPA) ve 11-merkaptoundekanoik asit (MUA) karışımı ile tek tabaka oluşturulmuştur. Daha sonra elektrot yüzeyi sırasıyla 1-etil-3-(3-dimetilaminopropil) karbodiimid/N-hidroksisüksinimid (EDC/NHS), antiCEA ve sığır serum albumini (BSA) ile modifiye edilerek immünosensör hazırlanmıştır. Hazırlanan immünosensör için MPA/MUA oranı ile, MPA/MUA, EDC/NHS, BSA, anti-CEA ve CEA süreleri optimize edilmiştir. Elektrokimyasal ölçümler için diferansiyel puls voltametrisi kullanılmıştır. İmmünosensörün doğrusal aralığının 0.05-50 ng/mL, tespit limitinin ise 0.03 ng/mL olduğu belirlenmiştir.
Metal organik kafes yapıları kullanılarak antikanserojen ilaçların in-vitro etkilerinin belirlenmesi
Bu tez çalışmasında, Metal Organik Kafes (MOF) yapılarının antikanser ilaç taşıyıcı sistemler olarak kullanım potansiyeli detaylı bir şekilde incelenmiştir. Çalışmanın temel amacı, MOF yapılarının metotreksat (MTX) ilacı ile yüklenebilirliğini ve bu yapıların kontrollü ilaç salımı üzerindeki etkilerini araştırmaktır. Bu doğrultuda, Gadolinyum (III) klorür heksahidrat ve tereftalik asit kullanılarak MOF yapıları sentezlenmiş ve bu yapılar metotreksat ile yüklenmiştir. Çalışma kapsamında kullanılan MOF yapıları FTIR, TGA, DSC ve XRD analizleri ile kapsamlı bir şekilde karakterize edilmiştir. FTIR analizleri, MOF yapılarının ve MOF-MTX kristallerinin kimyasal bağ yapılarını ve fonksiyonel gruplarını detaylı bir şekilde karakterize etmiştir. TGA analizleri, bu yapıların termal stabilitesini ve bozunma sıcaklıklarını belirleyerek termal dayanıklılıklarını ortaya koymuştur. DSC analizleri, MOF'ların termal özelliklerini detaylandırırken, XRD analizleri kristal yapılarının doğruluğunu sağlamıştır. Elde edilen veriler, MOF yapılarının metotreksat ile etkin bir şekilde yüklenebildiğini ve kontrollü ilaç salımı sağladığını açıkça ortaya koymaktadır. Bu çalışmada ayrıca, metotreksat yüklü MOF kristallerinin radyoterapi sırasında insan akciğer alveolar epitel hücreleri (A549) ve bronşiyal epitel hücresi (BEAS-2B) üzerindeki antikanserojen etkileri hücre kültürü ve in vitro radyoterapi denemeleri kullanılarak değerlendirilmiştir. MTT canlılık testi ile nanoparçacıkların akciğer kanseri hücrelerine yönelik antiproliferatif etkileri belirlenmiştir. Çalışmanın sonuçları, MOF yapılarının antikanser tedavilerde potansiyel bir ilaç taşıyıcı olarak kullanılabileceğini ve bu yapıların ilaç salım profillerinin optimize edilebileceğini göstermektedir. Bu tez çalışması, MOF yapılarının biyomedikal uygulamalarda kullanımını destekleyen önemli bilgiler sağlamaktadır ve gelecekteki antikanser teda vilerinde yenilikçi yaklaşımlar sunma potansiyeli taşımaktadır.
İnsan gözünün yapısal ve işlevsel özelliklerinin 3 boyutlu modellenmesi ve görmenin interaktif simülasyonu
Bu tezde insan gözünün yapısal ve işlevsel özelliklerini tanımlayan üç boyutlu web tabanlı interaktif modeller oluşturulması, görme ile ilgili mekanizmaların bilgisayar ortamında canlandırılmalarının gerçekleştirilmesi ve elde edilen materyal ile bir eğitim modülü hazırlanması amaçlanmıştır. Bu amaçla, elde edilen verilerden yola çıkılarak gözün fizyolojik anatomisi, retina hücreleri, görme yolları ve görme korteksi alanları üç boyutlu olarak modellenmiştir. Göz optiğinin temel ilkeleri, mercekler ve çalışma mekanizmaları, fototransdüksiyon, görme keskinliği, renkli görme ve kırma kusurları ile ilgili iki ve üç boyutlu canlandırmalar yapılmış; göz kaslarının interaktif modeli ile dokuz farklı göz hareketi sanal ortamda görsel olarak temsil edilmiştir. Hazırlanan tüm görsel materyalden web tabanlı interaktif eğitim modülü hazırlanmıştır. Hazırlanan eğitim modülüne bilgisayar ve mobil cihazlar üzerinden erişim sağlanmıştır. Eğitim modülüne erişim sağlayan kişilerin geri bildirimlerini almak üzere bir anket hazırlanmış, sisteme entegre edilmiştir. Tez çalışmasını takip eden süreçte, interaktif öğrenmenin uzun dönem yanıtlarının takip edilmesi planlanmıştır.
Urmiye gölünden alınan örneklerde arseniğe dirençli bakterilerinizolasyonu, tanımlanması, fenotipik ve moleküler karakterizasyonu
Yeraltı sularının, nehirlerin ve tarımsal çiftliklerin yaygın arsenik kontaminasyonu, yaygın arsenik zehirlenmesine ve sonuç olarak sağlık ve ekonomi ile ilgili sorunlara yol açmaktadır. Dünya çapında milyonlarca insan arsenik kontaminasyonu ile tehdit altındadır, bu nedenle olası küresel felaketi önlemek için ciddi önlemler alınmalıdır. Son yıllarda, biyoremidasyon uygulamalarının yolunu açan bakteriyel arsenik detoksifikasyonu ve metabolizmasını anlamak için birçok çalışma yapılmıştır. Bu tez çalışmasında, arsenik dirençli bakterileri, kurumakta olan Urmiye gölün'den izole ve karakterize etmeye çalışılmıştır. İlk izolasyon için, 10mM arsenat ve % 7,5 NaCl içeren ve 9,5 pH'ya ayarlanan LB ortamı kullanılmıştır. Bakterilerin tanımlanması fenotipik ve genotipik çalışmalara dayanılarak gerçekleştirilmiştir. Elde edilen toplam on izolat için 16s rDNA analizi, tüm suşların esas olarak Bacillus cinsine ait olduğunu ortaya çıkarmıştır. Bazı suşlar için, arsenat ve arsenit maksimum tolerans konsantrasyonu yüksek değerlerde saptanmıştır, sırasıyla; 320mM ve 32mM. Bütün suşlarda arsenat redüktaz geni (arsC) tespit edilmiştir. arsB geni, Bacillus sp. S1, S8, S12 ve E15 suşları haricinde tüm suşlarda saptanmıştır. Solunum arsenat redüktaz (arrB) ve arsenit oksidazın (arxA) metabolik genleri izolatların hiçbirinde tanımlanamamıştır.
Biyomoleküllere yönelik moleküler damgalanmış polimerler için hesapsal yaklaşım
Moleküler olarak damgalanmış polimerlerin (MIP'ler) hazırlanması zaman alıcıdır. MIP'lerin hazırlanma protokolleri, monomer seçimi, kalıp molekülü için uygun porojen, çapraz bağlayıcı ve stokiyometri oranını içerir. Hesapsal yöntemleri kullanmak, zaman ve maliyeti kısaltabilir. Hedef molekül ve monomerler için başlangıç yapıları oluşturmak için, Spartan 16'da konformasyonel dağılım uygulanmıştır. Kompleksler üzerinde çalışılmıştır. İlk geometriler, moleküler mekanik yöntemle konformasyonel dağılımla elde edildikten sonra, bu geometriler yarı ampirik yöntemlerle hesaplandı. Bir sonraki aşamada, kompleksler arasından enerji olarak en kararlı ve bazı daha az kararlı yapılar seçildi. Bu kompleksler için ayrıca Yoğunluk Foksiyoneli Teorisi (DFT) yöntemi kullanılarak daha yüksek seviyelerde hesaplamalar gerçekleştirildi. DFT çalışmalarında, bu yapılar Gaussian 09'da ωB97XD fonksiyoneli ve 6-311++G(d,p) baz seti ile hesaplanmıştır. MIP sisteminde solvent etkisini gözlemlemek için, hesaplamalarda Polarizable Continuum Model (PCM) kullanılmıştır. Ayrıca çapraz bağlayıcı moleküllerin pre-polimerizasyon kompleksine etkileri incelendi. Hidrojen bağları, moleküler olarak basılmış polimerlerin oluşumu ve stabilitesi için önemlidir. Hidrojen bağı etkileşiminden zayıf etkileşimler de moleküler tanımada etkilidir. Bu çalışmada bu etkileşimler ve MIP üzerindeki etkileri incelendi.
Petrokimya endüstrisindeki gaz emisyonlarının biyoteknolojik olarak değerlendirilmesinin araştırılması
Atmosferdeki CO2 seviyesi ve buna bağlı olarak gelişen iklim değişikliği dünya genelinde önemli bir kaygı oluşturmaktadır. Bu tez çalışmasında bu soruna bir çözüm arayışı kapsamında, endüstri kaynaklı CO2'nin biyoteknolojik olarak yakalanarak değerli bir ürün ve yenilenebilir bir enerji kaynağı olan biyometana dönüştürülmesi hedeflenmiş ve bu kapsamda hem simüle gazlarla hem de gerçek atık gazları ile denemeler gerçekleştirilmiştir. Tezin ilk bölümünde özgün HYBRID biyoreaktör konfigürasyonu ile çalışmalar başlatılmıştır. Bu bölümde, optimum H2/CO2 değeri ve hacimsel gaz yükleme hızları araştırılmıştır. En başarılı metan üretimi stokiyometrik olarak da beklenildiği gibi H2/CO2: 4:1 oranında tepe gazı bileşenleri arasında %86 olarak analiz edilmiştir. Ayrıca reaktör içerisindeki metanojenik biyoçeşitlilik PZR ve DGGE teknikleri ile analiz edilmiştir. Mikrobiyota analizi sonuçları incelendiğinde, beklenildiği üzere arke sayısının bakteri sayısından yaklaşık olarak 1 log (10 kat) fazla olduğu görülmektedir. Reaktör içerisinde hidrojenotrofik metanojenlerin dominant olduğu gözlemlenmiştir. Tezin ikinci aşamasında, immobilize biyoreaktörlerde dört farklı dolgu materyali ile (MBBR, cam boncuk, pomza ve cam halka) biyometan üretimi gerçekleşmiştir. Bu çalışmada elde edilen metan yüzdeleri %80, %75, %65 ve %78 olarak gözlemlenmiştir. Bu tez çalışması ülkemizdeki sanayi kuruluşları için CO2 gaz atığını değerlendirme ve bu atığı yenilenebilir bir enerji kaynağına dönüştürme potansiyeli ile sürdürülebilir bir iş modeli olarak çözüm sağlanabileceğini göstermektedir.
Antimikrobiyal özellikteki peptitler ile nanopartiküler sistemler yardımıyla yarı katı bir formülasyon geliştirilmesi
Bu tezde antimikrobiyal peptitler kullanılarak veziküler sistemler yardımı ile yara iyileştirme etkili bir yarı katı formülasyon geliştirilmesi üzerine çalışılmıştır. Veziküler sistemler, etkin madde olarak seçilen antimikrobiyal peptitlerin yara üzerine etki süresini uzatmak, stabilitesini artırmak amacı ile seçilmiş ve çalışma boyunca niozom formu üzerine iyileştirmeler yapılarak optimal formülasyona ulaşılmaya çalışılmıştır. En uygun formülasyona ulaşmak amacı ile, etkin madde in vitro yara iyileşme dozu belirlenmesi, niozom karakterizasyonunda mikroskobik gözlemler, partikül boyutu ve zeta potansiyel ölçümleri, diferansiyel tarama kalorimetre ölçümleri, taramalı elektron mikroskobu görüntüleri; yarı katı formülasyon karakterizasyonunda pH ve reoloji ölçümleri, dissolüsyon çalışmaları, stabilite incelemeleri ve salım kinetik modellemeleri tamamlanmıştır. Anahtar sözcükler: Yarı-katı, antimikrobiyal peptit, hBD-3, LL-37, veziküler sistemler, niozom, yara iyileşme, yara.
Biyomoleküler etkileşime yönelik elektrokimyasal nükleik asit biyosensörlerin geliştirilmesi
Tez çalışmamızın ilk kısmında, nükleik asit hibridizasyonuna dayalı biyomoleküler etkileşimden yola çıkılarak mikroRNA tayininin daha hassas ve duyarlı bir şekilde, daha hızlı, pratik ve düşük maliyetle yapılabileceği elektrokimyasal biyosensörlerin geliştirilmesi hedeflenmiştir. Bu doğrultuda tek kullanımlık kalem grafit elektrot (PGE) yüzeyi, kovalent bağlacıyı ajan (CA) ve iyonik sıvı (IL) ile modifiye edilerek kanser ve birçok hastalığın teşhisinde önemli bir biyobelirteç olarak tanımlı mikroRNA-34a tayinine yönelik bir biyosensör (IL-CA-PGE) geliştirilmiştir. Sensörün mikroskobik yüzey karakterizasyonu taramalı elektron mikroskobu (SEM), elekrokimyasal karakterizasyonu ise elektrokimyasal empedans spektroskopisi (EIS) ve dönüşümlü voltametri (CV) yöntemleri ile yapılmıştır. IL-CA-PGE yüzeyine immobilize edilecek DNA prob konsantrasyonu, miRNA-34a hedef konsantrasyonu, hibridizasyon süresi ve oluşan hibritin elektrot yüzeyine immobilizasyon süresi EIS tekniği ile optimize edilmiştir. DNA probu ve mikroRNA-34a hedef arasında hibrit oluşumuyla biyomoleküler etkileşime dayalı mikroRNA-34a tayini EIS tekniği ile yüzeydeki direnç farklanması izlenerek gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, geliştirilen biyosensörün uygulanabilirliğinin incelenmesi amacıyla yapay serum ortamında (FBS) miRNA tayini yapılmıştır. Farklı mikroRNA dizileri varlığında ise biyosensörün seçimliliği tampon çözeltisi ve FBS ortamında test edilmiştir. Tez çalışmamızın ikinci bölümünde, bir mikotoksin olan Fumonisin B1 (FB1) ile çift sarmal DNA'nın etkileşimini incelemek amacıyla PGE kullanılmıştır. Literatürde ilk kez FB1'in DNA ile etkileşimi elektrot yüzeyinde EIS tekniği kullanılarak incelenmiştir. DNA konsantrayonu, FB1 konsantrasyonu ve etkileşim süresi empedimetrik yöntemle optimize edilmiştir DNA biyosensörünün FB1'e seçimliliği farklı mikotoksinlerin; Zearalenon (ZEN), Deoksivinalenol (DON), Okratoksin A (OTA)'nın oranındaki karışım ortamlarında test edilmiştir. Biyomoleküler etkileşimlerin tek kullanımlık elektrokimyasal biyosensörlerle algılanmasına yönelik tez çalışmasında daha duyarlı ve seçimli bir şekilde tekrarlanabilir sonuçlar elde edilmesi gelecekte farklı miRNA ve toksin analizlerinin güvenle yapılabileceğini göstermektedir.
Biyomedikal uygulamalarda kullanılmak üzere polimerik tabanlı kompozit malzemelerin üretimi ve karakterizasyonu
Bu tez çalışmasında, elektroeğirme ve spin kaplama yöntemleri kullanılarak invaziv nöral implant ve protezlere uygun polimerik tabanlı kompozit malzemelerden arayüz geliştirilmiştir. Doğal bir biyopolimer olan ve biyomedikal alanda geniş kullanımlarasahip kitosan, biyoçözünürlüğü yavaş olması sebebiyle uzun dönemli invaziv uygulamalarda tercih edilmekle birlikte elektroeğirmede işlem performasını olumlu etkileyen polikaprolakton ve nöral hücrelerin elektroaktif hücreler olmaları sebebiyle grafen ile kompozitler oluşturulmuştur. İnce film kaplamalar için grafen/kitosan kompozitler tercih edilirken nanolif yüzeylerin üretimi için grafen/PCL kompozitler hazırlanmıştır. Karakterizasyon için taramalı elektron mikroskopisi (SEM), XRD analizi, Raman spektroskopisi, FTIR spektroskopisi. TG-DTG termogram analizleri, dört nokta prob yöntemi, elektrokimyasal empedans analizi; yüzeylere ekilen hücrelerin proliferasyonlarının belirlenmesi için MTT testi uygulanmıştır. Kontrolden yüksek proliferasyon değerlerine sahip yüzeylere aktin-DAPI boyama uygulanarak floresans mikroskobisinde hücrelerin nörit geliştirme özellikleri incelenmiştir. Hücre canlılığı ile nörit gelişiminin, elektriksel iletkenlikle paralel olduğu ve grafen katkılı nanolifler üzerinde nörit sayısının, filizlenmenin ve nörit uzunluklarının arttığı, grafen katkılı PCL nanolif yüzeylerin invaziv nöral uygulamalarda kullanıma uygun oldukları gösterilmiştir. Çalışmanın önemli bilimsel katkılarından bir diğeri de grafen katkılı PCL nanolif üretiminde elde edilen başarılı sonuçlardır
Otsu bitkilerin plastinasyonu
Bu tez çalışmamızda kuş, memeli, sürüngen gibi hayvan dokularının korunmasında uygulanan plastinasyon yönteminin bitki dokusuna uyarlanarak morfolojik özelliklerini koruyan plastine bitkiler elde edilmesi amaçlanmıştır. Tez öncesi yaklaşık on beş deneme şeklinde ön çalışma gerçekleştirilmiş ve bunlardan sekizinin tez içinde değerlendirilmesi uygun bulunmuştur. Gerçekleştirilen tez çalışmasında iki ana bölüm bulunmaktadır: Bunlardan ilki otsu bitki morfolojisini etkin olarak koruyan tespit solüsyonu ve yönteminin belirlenmesi; ikincisi ise tespitli otsu bitkilerin plastinasyonuna uygun malzemelerin ve yöntemin belirlenebilmesidir. Çalışmamızda, bitkilerin tespiti için çeşitli kimyasallardan oluşan solüsyonlar uygulandı ve dehidrasyon basamağında alkol ve aseton serilerinden geçirildi. Tezin ikinci bölümünü oluşturan plastinasyon malzemesi ve yöntemi olarak silikon ve gliserin maddelerinin kullanımı tercih edildi. Plastinasyon yöntemi uygulandı. Tespit solüsyonu için en uygun içerik ve yöntemin Shamasundar'ın çalışmasından esinlenerek hazırladığımız yöntemin olduğu sonucuna varıldı. Gliserin impregnasyon uygulamalı plastinasyon tekniği sonucunda elde ettiğimiz ürünler toksik olmayan, kokusuz, kuru ve dayanıklı materyaller olarak aslına en yakın morfolojik özellikleri korur şekilde elde edildi.
Terapötik bir monoklonal antikorun ortogonal kromatografik metotlarla karakterizasyonunun yapılması
Biyoteknolojik ilaç sınıfının en büyük kolu monoklonal antikorlardır. Terapötik monoklonal antikorlar farmasötik alanda 1986 yılından beri kullanılmaktadır. Son 5 yılda 40'ın üzerinde terapötik monoklonal antikor FDA tarafından onaylanmıştır. Son 10 yılda biyoteknolojik ilaçların pazar payı hızla yükselmektedir. Patentli orijinal biyoteknolojik ilaçların patent sürelerinin bitmesi biyobenzer pazarını doğurmuştur. Biyobenzer monoklanal antikor adayları regulasyonlara uygun olarak çok iyi karakterize edilmesi gerekmektedir. Orijinal moleküle fizikokimyasal benzerlik klinik olarak biyobenzerin güvenlik ve etkinlik başarısını arttırmaktadır. Kromatografik yöntemler, monoklonal antikorun fizikokimyasal özellikleri ve karakterizasyonun belirlenmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Protein A, Ters faz kromatografisi, Hidrofobik etkileşim kromatografisi, Hidrofilik etkileşim kromatografisi, Boyut eleme kromatografisi ve Katyon değişim kromatografisi kullanılarak ortogonal yöntemler ile Belimumab terapötik monoklonal antikoru karakterizasyonu yapılmıştır. Belimumab monoklonal antikoru Hc bölgesi amino asit sekansı sonucunda Gln-Asp-Glu-Leu-Thr-Gln-Asp-Pro-Ala-Val peptidine sahip olduğu bulunmuştur. Amino asit kompozisyonu analizi ile Triptofan ve Sistein elde edilememiştir. Belimumab amino asit kompozisyonunda en az metiyonin amino asitine, en fazla serin amino asitine sahiptir. Protein A kromatografisi ile miktar tayini metotu geliştirilmiştir. Doğrusallık grafiği R2=0,9994 bulunmuştur. Ters faz kromatografi miktar tayini ve impürite metotları geliştirilmiştir. Ters Faz doğrusallık grafiği R2=0.9998 bulunmuştur. İmpurite metotunda yaklaşık %8 impurite bulunmuştur. Hidrofobik etkileşim kromatografisi ile okside örnekler ayrılmıştır. Hidrofilik etkileşim kromatografisi ile Glikan profili ve %35 ile en fazla G1Fa glikanı olduğu bulunmuştur. Katyon değişim kromatografisi ile yük varyantlarının %8-12 arasında değiştiği ve asidik varyantların bazik varyantlardan fazla olduğu bulunmuştur. Molekül ağırlığı Sec-malls sistemi ile 142-145 kDa arasında olduğu, kütle spektroskopisine göre 147.016 kDa olduğu bulunmuştur. Bu tez çalışması ile Belimumab orijinal monoklonal antikorun fizikokimyasal özellikleri ve karakterizasyon profili belirlenmiştir.
İnsan spermatogonial kök hücrelerin iki ve üç boyutlu In vitro kültürü
Erkek inferilite sebeplerinden olan azospermi, semen örneğinde hiç sperm görülmemesidir. Spermatogenez erkekte puberte ile başlayıp mitoz ve mayoz bölünme aşamalarından geçerek spermatid oluşumu gerçekleşir. Bu süreci spermatogonium hücreleri mayoz aşamasını kontrol eden faktörler ile ileri farklılaşma göstererek tamamlar. Azospermi olgularında testiküler sperm ektrasiyonu (TESE) ile testisden alınan örneklerde sperm taraması yapılır. Fakat TESE örneklerinde sperm gözlenemeyen olgularda yardımcı üreme teknikleri uygulanamamaktadır. Çalışmada sperm gözlenmeyen fakat spermatogonial hücrelerin olduğu TESE örneklerinden spermatogonial kök hücrelerin farklı kültür ortamlarında farklılaştırılması ve farklılaştırılan hücrelerin karakterizasyonu amaçlanmıştır. Üç boyutlu (3B) kültür ortamlarının in vivo ortamlara benzerlikleri açısından spermatogonium hücrelerinin farklılaşması için in situ organizasyona benzer bir mikroçevre sağlayabileceği öngörüsünden yola çıkılarak, farklı 3D kültür ortamlarının bu farklılaşma sürecine olan etkilerini incelemek hedeflenmiştir. Çalışmanın özgün değeri insan spermatogonium hücrelerinden sperm benzeri hücre farklılaşmasını sağlayacak kültür sistemlerinin karşılaştırılması ve farklılaştırılan hücrelerin karakterizasyonunun hem immunhistokimyasal hem de moleküler düzeyde analiz edilerek bu hücrelerin fonksiyonel olarak spermatogenetik seriye ait hangi hücre aşamasına farklılaştırılabildiğinin analiz edilmesidir. Tez çalışmasında Manisa Celal Bayar Üniversitesi, Aile Planlaması İnfertilite Uygulama ve Araştırma Merkezine başvuran non-obstrüktif azospermi ön tanısı almış, semen örneğinde sperm olmayan ve TESE sonrasında sperm gözlenmeyen 8 hastaya ait örneklerin bir kısmının rutin ışık mikroskobik incelemesi ve DIFF Quick boyaması yapıldı ve spermatogonium hücrelerinin varlığı tespit edildi. Geriye kalan örnekler ise bir gece tripsin/EDTA solüsyonu içerisinde +40oC'de inkübe edildikten sonra jelatinli kültür kaplarında Ham's F10 içerisinde kültüre edildi ve kültür kabına yapışmayan hücreler toplandı. Toplanan hücreler CD90+ MiniMAcs seperasyonu yapıldıktan sonra elde edilen spermatogonium hücreleri, geleneksel 2B, yumuşak agar (SACS) ve kollajen köpük doku iskeleleri içerisinde farklılaştırma kültür vasatı ile 3 hafta boyunca kültüre edildi. RT-PCR gen ekspresyon analizlerinde spermatogonial kök hücrelerden elde edilen komplementer DNA'lar kullanılarak c-kit, Sirtl, Aurora-B, Aurora-C, Jmjdla ve Akrozin gen ekspresyonları belirlendi. GPR125 CD90, c-kit, α6 integrin, β1 integrin ve akrozin dağılımı indirekt immünohistokimya yöntemleri ile analiz edildi. Üç farklı kültür ortamında ileriye farklılaşmanın immunohistokimyasal verileri değerlendirildiğinde, kollajen köpük doku iskeleleri, germ hücrelerin devamlılığı ve çoğalması için uygun olduğu, agarın ise 15inci günden itibaren spermatogenezin farklılaşmasını desteklediği gösterildi. İleriye farklılaşmanın sonuçlarına göre, primer spermatosit veya erken dönem sekonder spermatosit aşamasına kadar olduğu düşünülmektedir. Agar gurubunda GPR125 (15 ve 22 inci günlerde) immunoreaktivitesi zayıf olması Akrozinin şiddetli olması agarın özellikle gerem hücrelerin ileri farklılaşmasını düşündürdü. Özellikle, Akrozin, immunoreaktivitesi agar ve kollajende 15 inci günde şiddetli pozitif iken, 22 inci günde kollajende pozitifliğin devam etmesi kollajenin özellikle germ hücrelerinin çoğalmasını ve ileri farklılaşmasını desteklediğini düşündürmekte ve hipotezi güçlendirmektedir. Matrijel ile kültüre edilen TESE örneklerinden elde edilen spermatogonium hücrelerinde kültürün 2. Haftasında c-kit ekspresyonun azalmış, özellikle Aurora-C ekspresyonun en fazla olarak gözlenmesi kültür ortamının spermatogonium hücrelerinin farklılşamasını desteklediği düşünüldü.
Biyoalgılamaya yönelik elektrokimyasal sensörlerin geliştirilmesi
Yakın bir geçmişte keşfedilen grafen, kusursuz fiziksel, kimyasal, elektriksel, termal ve optik özelliklere sahiptir. Grafen oksit (GO) ise, geniş yüzey alanı sunduğundan modifiye edildiği yüzeyin immobilizasyon ve adsorpsiyon kapasitesini arttıran bir nanomalzemedir. Tez kapsamında, yüzeyleri grafen oksit (GO) ve türevleri ile modifiye edilmiş tek kullanımlık elektrot olarak tasarlanan impedimetrik ve voltammetrik temelli biyosensörler geliştirilerek, seçimli ve duyarlı bir şekilde biyomoleküler etkileşim ve algılamaya yönelik uygulamaları gerçekleştirilmiştir. Tez çalışmasının ilk bölümünde, ilaç-DNA etkileşiminin elektrokimyasal tekniklerle incelenmesine yönelik, antikanser ilaç daunorubisin (DNR) ile çift sarmal DNA etkileşimi voltammetrik ve impedimetrik tekniklerle analizin yapıldığı indirgenmiş grafen oksit modifiye tek kullanımlık biyosensör platformu geliştirilmiştir. Tez çalışmasının ikinci bölümünde, akciğer, meme, pankreas, kolon kanseri gibi farklı kanser türleri, Alzheimer gibi nörodejeneratif hastalıklar ve diyabet gibi metabolik hastalıkların biyobelirteci olan miR-34a'nın kısa sürede, duyarlı ve seçimli bir şekilde analizine yönelik voltammetrik teknik ile analizini mümkün kılan grafen oksit modifiye biyosensör platformu geliştirilmiştir. Tez çalışmasının üçüncü bölümünde, lösemi, akciğer kanseri, meme kanseri ve multiple myeloma biyobelirteci olan miR-660'ın impedimetrik tayinine yönelik, seçimli ve duyarlı bir şekilde analizini mümkün kılan, kitosan ve nitrojen katkılı indirgenmiş grafen oksit modifiye, tek kullanımlık bir biyosensör platformu geliştirilmiştir. Geliştirilen biyosensörün gerçek örneklerde uygulamasını göstermek amacıyla yapay serum ortamında miR-660 tayini gerçekleştirilmiştir. Tez çalışmasının dördüncü ve son bölümünde, vücut sıvılarında glukoz ve insulin tayinine yönelik geliştirilen "çift biyobelirteç analiz çipi" tasarımında yer alan enzimatik glukoz sensörünün tasarımı ve uygulamalarına yönelik çalışmalara yer verilmiştir. Sensör yüzeyine immobilize edilen glukoz oksidaz enzimi varlığında tükürük ve kan örneğinden glukoz tayini, kronoamperometri tekniği kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Dolayısıyla tez kapsamında duyarlı ve seçimli bir şekilde elektrokimyasal ilaç-DNA etkileşiminin incelenmesi, miRNA analizi, vücut sıvılarında glukoz analizine yönelik, kullanımı pratik, hazırlanışı kolay, minyatürize edilmeye uygun tek kullanımlık analiz platformları geliştirilmiştir.
Biyomoleküler etkileşimi elektrokimyasal algılamaya yönelik DNA biyosensörlerinin geliştirilmesi
Çalışmamızın ilk bölümünde, PAMAM dendrimeri (G2-PS) modifiye perde baskılı elektrota dayalı (G2-PS/SPE) empedimetrik biyosensör ile miRNA-34a tayini yapılmıştır. Empedimetrik miRNA-34a'nın tayini ve geliştirilen biyosensörün farklı miRNA'lara karşı seçimliliği, tampon ve fötal sığır serumu (FBS) ortamlarında çalışılmıştır. Çalışmamızın ikinci bölümünde, kovalent ajanlarla aktive edilmiş kalem grafit elektrotların yüzeyine grafen oksit (GO) modifiye edilmiş; hazırlanan elektrotlar (GO-CA-PGE) ile empedimetrik miRNA-34a tayini gerçekleştirilmiştir. Geliştirilen elektrotların FBS ortamında miRNA-34a'nın tayinine uygulanabilirliği ve farklı miRNA'lara karşı seçimliliği test edilmiştir. Çalışmamızın üçüncü bölümünde, biyopolimer olan kitosan (CHIT) modifiye PGE'ler (CHIT-PGE) geliştirilmiş ve antikanser ilaç Daunorubisin (Dau) ile DNA etkileşiminin voltametrik tayini gerçekleştirilmiştir. Optimum koşullarda CHIT-PGE yüzeyinde Dau-fsDNA etkileşiminin tayini için, Dau ve guanin sinyallerindeki değişimler izlenerek etkileşim mekanizması yorumlanmıştır. Çalışmamızın son bölümünde, levan (LVN) modifiye PGE'ler (LVN-PGE) geliştirilmiş ve Dau ile DNA etkileşiminin voltametrik tayini gerçekleştirilmiştir. LVN-PGE'lerle hem fsDNA ve Dau analizleri hem de etkileşimin tayini yapılmıştır. Dau ve guanin sinyallerindeki değişimlere dayalı olarak ilaç-DNA etkileşimi değerlendirilmiştir.
Pamuk (Gossypium hirsutum L.)'da Verticilliumsolgunluğu (Verticillium dahliae Kleb.)'na karşıdayanıklı hatların In Vitro seleksıyon ile eldeedilmesine yönelik araştırmalar
Pamuk, ülkemiz ekonomisinin önemli sektörlerinden olan tekstil başta olmak üzere birçok farklı sanayi kolunun hammaddesidir. Pamuk tarımının ve pamuğa dayalı sanayinin sağladığı iş istihdamı göz önünde bulundurulduğunda, pamuk; hem Dünya, hem de ülkemiz genelinde sosyo-ekonomik yapı içerisinde önemli etkilere sahip bulunmaktadır. Pamuk bitkisindeki mevcut en önemli hastalık, vejetasyonun her aşamasında sorun olabilen toprak patojeni Verticillium dahliae Kleb. fungal etmeninin neden olduğu solgunluk hastalığıdır. Geniş bir konukçu dizisine sahip olan hastalık etmeni, Dünya'da ve ülkemizde önemli ekonomik kayıplara yol açmaktadır. Hastalık sebebiyle üreticiler birim alandan yeterli verimi alamamakta ve lif kalite değerleri olumsuz şekilde etkilenmektedir. Mevcut sistemde hastalıkla mücadelede istenilen başarı henüz sağlanmış değildir. Kimyasal mücadelesi olmayan bu hastalığa karşı dayanıklı çeşitlerin kullanılması gerekmektedir. Verticillium solgunluğuna karşı dayanıklılık genleri bilinmekle birlikte, bunların klasik ıslah çalışmalarında kullanılması oldukça zor ve pahalı olduğu gibi uzun zaman da almaktadır. Bitki ıslahında, biyoteknolojik yöntemlerin kullanımı ise; ıslah çalışmalarında zaman kazanımı ve seleksiyon aşamasında da doğru bireylerin seçimi açısından büyük önem taşımaktadır. Bu projede in vitro seleksiyon çalışmalarında somaklonal varyasyonun ortaya çıkmasında öneme sahip olan mutasyon kullanımı ve etkili mutasyon dozunun belirlenmesi, ayrıca pamuk (Gossypium hirsutum L.) kalluslarında Verticillium Solgunluk Etmeni (Verticillium dahliae Kleb.)'ne ait kültür filtratı uygulamalarının kallusların fizyolojik gelişim ve biyokimyasal içerik üzerine olan etkilerinin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Bu amaçla Verticillium solgunluğuna karşı duyarlı (NP Özbek 100) ve tolerant (Carmen) pamuk çeşitleri kullanılarak, kültür filtratı ve mutajen uygulamalarının hastalığa karşı dayanıklı bitki elde edilmesindeki potansiyelleri incelenmiştir. Dört farklı gama ışını radyasyon dozunun (100, 200, 300 ve 400 Gy) tohum çimlenme oranı, fide boyu ve kök uzunluğu üzerindeki etkileri incelenmiştir. Çimlenme denemesinin 7. gününde, çimlenme oranı, fide boyu ve kök uzunluğunun kontrol grubuna göre en çok sınırlandığı doz olan 300 Gy doz etkili mutasyon dozu olarak belirlenmiştir. Verticillium dahliae'nın yaprak döken (PYDV 6) ve yaprak dökmeyen (NPAE Vd11) patotiplerinden elde edilen kültür filtratlarının üç farklı dozu (% 25, % 50, % 75) kallus ortamlarına ilave edilmiştir. Kallusların hastalık etmenine karşı duyarlılıkları belirlenmiştir. Kültür filtratı uygulamalarının kallus üzerindeki etkisi incelendiğinde, denemenin 28. gününde kontrol gruplarına göre patotipler arasında en fazla antosiyanin ve kahverengi kallus oluşumuna sebep olan fungal kültür filtratı ve dozunun PYDV6 %75 olduğu ve aynı dozda kallus ağırlığının azaldığı görülmüştür. PYDV6 patotipine ait %75 dozda kültür filtratı uygulamasının her iki pamuk çeşidinde protein, klorofil, hidrojen peroksit, katalaz ve peroksidaz miktarları üzerindeki etkisi incelenmiştir. Mutasyon uygulaması olan ve olmayan gruplarda klorofil a, klorofil b, total klorofil, total karotenoid miktarlarının kültür filtratı uygulaması ile birlikte azaldığı ve çeşitler arasında en çok Carmen çeşidinin etkilendiği belirlenmiştir. Mutasyon uygulaması olmayan gruplarda kültür filtratı uygulaması ile birlikte Carmen çeşidinde katalaz miktarı %138, mutasyon uygulamasında ise % 165 artış göstermiştir. NP Özbek 100 çeşidinde ise aynı gruplarda katalaz miktarı sırası ile % 34 ve % 48 azalmıştır. Mutasyon uygulaması olmayan gruplarda kültür filtratı uygulaması ile birlikte Carmen çeşidinde peroksidaz miktarı 8 kat, NP Özbek-100 çeşidinde ise 4 kat daha fazla artış göstermiştir. Mutasyon uygulanan gruplarda ise aynı çeşitler için bu oran sırası ile 2.5 ve 2 kat olarak gözlenmiştir.
NLPR3 genin mutasyonlarının veya polimorfizmlerinin genotip − fenotip ilişkisi
İnflammasomlar doğal immun yanıtın en önemli bir parçası olup ve adaptif bağışıklığın farklı yönlerini ciddi olarak kontrol eden çoklu hücre içi protein kompleksleridir. Genellikle, inflammasomlar, farklı patojenik (PAMP) veya endojen steril tehlike sinyalleri (DAMP) kabul ettikten sonra ASC gibi adaptör proteinleri kullanarak kaspaz1 aktivasyonu yaparak interlökin (IL) -1β ve IL-18 gibi pro-enflamatuar sitokinlerin işlenmesine ve salınmasına yol açar. Bilinen 7 farkılı inflamazom arasında en çok araştırılan NLRP3 inflamazom yolağıdır. Bu yolağın sensör proteini olan kiryopirini kodlayan NLRP3 geninde saptanan mutasyonların 3 farkılı hastalıgın nedeni olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada , otoinflamatuar hastalığa özgü kilinik ve laboratuar bulguları olan , MEFV ve MVK gen mutasyonları negatif olan hastalarda NLRP3 gen analizi yaparak elde edilen DNA varyantlarının ve protein yapısının değerlendirilmesi ve fenotipe yansımasının araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla 25'i sağlıklı ve 25'i çalışma grubunu oluşturan toplam 50 kişi çalışmaya alınmıştır. Çalışmaya dahil edilen 50 olgudan edle edilen venöz kandan genomik DNA elde edilerek mutasyon analizi sanger DNA dizileme yöntemleri ile ve sonuçların okunması ise Finch TV, CLC Sequence Viewer - QIAGEN Bioinformatics ve MEGA7 biyanformatik porogramları ile yapılmıştır. Mutsyon değerlendirmeleri NCBI, PolyPhen-2, İNFEVERS ve bir çok farkılı veritabanlarına göre yapılmiştir. Kontrol ve çalışma gurubunda iki adet (Ala240Ala, Arg260Arg ) sinonim amino asit mutasyonu saptanmıştır ve fenotip ile hiç bir ilişkisi olmadiği için polimorfizm olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca çalışma gurubunda iki kişide sekans taranmasında mutasyon bulunmadı ve mühtemenel diğer genetik Otoinflamatuvar hastalık açısından diğer genlerin çalışılması yapıldı. Kontrol gurubunda hastalıkla ilişkili hiç bir mutasyon saptanmamıştır. Çalışma gurubunda hastalıkla iklişkili 6 adet farklı mutasyon saptanmıştır bunlardan biri Thr913Met mutasyon olmak üzere tarafımızdan ilk defa olarak İNFEVERS veritabanına bildirilmiştir. Çalışma grubunda ayrıca 2 adet sinonim aminoasit mutasyonu da saptanmıştır. Her mutasyonun protein yapısına etkisi ayrıca araştırılmıştır .Sonuç olarak, bu tezde , hem sağlıklı hem de otoinflamatuar kilinik ve labratuar bulguları olan hastalarda NLRP3 gen analizi yapılarak hastalığın nedensel genetik varyantıları saptanmış ve proteine etkileri ortaya konulmuştur.
Bruton hastalığında BTK gen mutasyonlarının protein fonksiyonlarına etkisi ve genotip ve fenotip ilişkisi
BTK geni tarafından kodlanan protein, B hücresi gelişiminde önemli bir rol oynamaktadır. Bu genin mutasyonları, Xbağlantılı agammaglobulinemi'e neden olur, bu immün yetmezliği, olgun B lenfositleri üretememe ile karakterizedir ve Ig ağır zincir yeniden düzenlenmesinin başarısızlığı ile ilişkilidir. Tec ailesinin tirozin kinazı olan Bruton tirozin kinaz (BTK), B hücresinin fonksiyonu için şarttır. X-bağlantılı agammaglobulinemi adlandırılan bu genetik hastalığına muzdarip kalan insanların çoğu, az miktarda olgun B-hücresine sahiptirler ve bakteriyel enfeksiyonlara son derece duyarlıdırlar. Hastalığa, B hücresi gelişiminde rol oynayan BTK genindeki mutasyonlarından kaynaklanmaktadır. BTK geninin etki alanındaki tek tek mutasyonların rolü incelenmekte olup ve tekabül eden mutansyonların yapısı belirlenmektedir. Bu yapıda, nokta mutasyonlar BTK'yi nasıl inaktive edebileceğini ve daha sonra XLA'ya neden olacağı tartışmamızı sağlamaktadır.Mutasyonları BTK geninin genomik organizasyonu ve bireylerin hastalık seyri açısından yorumlanmaktadır.saptanan BTK'dakı XLA'ya neden olan mutasyonlar BTKbaz ve HGMD veritabanında rapor edilmiştir.
Genome wide association studies (GWAS) metodu aracılığı ile kültür (Cicer arietinum L.) ile yabani nohut (C. reticulatum) populasyonlarında danede Fe, Zn, Ca, Mn, Mg ve besin değeri bileşenleri ile ilişkili DNA markörlerinin saptanması
Nohut, insan gıda maddesi olarak kullanılan, ekonomik değeri yüksek önemli baklagillerden biridir. Zengin içeriği sayesinde yüzyıllardır insan beslenmesinde önemli bir yer tutmaktadır. Demir (Fe), çinko (Zn), kalsiyum (Ca), magnezyum (Mg), mangan (Mn) besin elementleri ile protein, lutein, C vitamini, glukoz, fruktoz, sakkaroz gibi besin değeri bileşenleri insan sağlığı açısından son derece önemlidir ve eksikliklerinde birçok sağlık sorunları ortaya çıkmaktadır. Bu çalışmada, kültür (Cicer arietinum L.) ve yabani (Cicer reticulatum) nohut populasyonlarında danede besin elementleri ve besin değeri bileşenleriyle ilişkili DNA markörlerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada 73'ü kültür 107'si yabani olmak üzere 180 genotip ve Genotyping by Sequencing Metodu'ndan elde edilen 121,840 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markörü kullanılmıştır. STRUCTURE programında populasyon yapısı belirlenmiş ve 180 genotip kendi aralarında 2 (K=2) ana gruba ayrılmıştır. Principal Component Analysis (PCA) ve Neighbour Joining (NJ) agaç analizleri ile STRUCTURE analizi sonuçları doğrulanmıştır. TASSEL (Trait Analysis by Association, Evolution and Linkage) programında Karışık Lineer Model (Mixed Lineer Model, MLM) metodu kullanılmış, 11 fenotipik özellik ile ilişkili toplam 154 SNP önemki derecede ilişkili SNP markörü saptanmıştır. Çalışmadan elde edilen bu markörler bu besin elementi ve değerlerince zengin nohutların geliştirilmesinde kullanılabilecektir.
Kitinolitik Bacillus suşları kullanılarak kitooligosakkaritlerin enzimatik üretimi
Kitin ve kitosanın enzimatik veya kimyasal depolimerizasyonu ile kitooligosakkaritler (COS) elde edilmektedir. Suda çözünen ve düşük molekül ağırlıklı kitooligosakkarit türevleri, birçok açıdan ana polimerden üstündür. COS'ler çok geniş alanda biyolojik aktiviteye ve çeşitli endüstrilerde dikkat çekici potansiyel uygulama alanına sahiptir. Bu proje daha önce izole edilen ve moleküler olarak tanımlanmış yerli Bacillus suşları tarafından üretilen farklı kitosanaz enzimleri kullanılarak kitosanın enzimatik hidrolizi ile COS üretmek amacı ile planlanmıştır. Bu amaçla, maksimum kitinaz ve kitosanaz aktivitelerinin belirlenmesi için 16 farklı kitinolitik Bacillus suşu taranmıştır. İstatistiksel yöntemler kullanılarak kitosanaz üretiminin optimizasyonu için Bacillus mojavensis EGE-B-5.2i (GenBank aksesyon numara KC119405) seçilmiştir. 7,5 g L⁻¹ çözünür nişasta, 6,5 g L⁻¹ kolloidal kitosan, 7,5 g L⁻¹ pepton ve 3,5 g L⁻¹ NaCI içeren bir ortam keşfedilmiş ve optimize edilmiş ortam kullanılarak kitosanaz aktivitesi 9,5 kata kadar artmıştır. Daha sonra 37 kDa'lık bir kitosanaz iyon değişim kromatografisi kullanılarak saflaştırılmıştır. Saflaştırılmış kitosanazın optimum sıcaklığı ve pH'sı sırasıyla 55°C ve 5,5 olarak belirlenmiştir. Enzim aktivitesinin %66'sının bir saat boyunca 55°C'de stabil olarak kaldığı ayrıca geniş bir pH (3,0-11,00) aralığında stabil olduğu saptanmıştır. Kitosanaz için optimum substrat çözünür kitosan olmuş ve çözünür kitosan ile enzimin Km ve Vmax değerleri sırasıyla 2,1 mg mL⁻¹ ve 244,5 µmol min⁻¹ mg⁻¹ olarak belirlenmiştir. Ayrıca, COS analizi için HPLC yöntemini optimize etmek için farklı kolonlar ve detektörler test edilmiştir. Daha sonra DAD detektörü ve Hypersil APS-2 kolonu kullanılarak bir gradiyent elüsyon yöntemi optimize edilmiştir. Bacillus suşlarının ham kitosanaz ekstraktları, kitosanı COS'lere hidrolize etmek için kullanılmış ve hidrolizatlar, optimize edilmiş yöntem kullanılarak HPLC ile kantitatif olarak analiz edilmiştir. 14 Bacillus suşunun ham kitosanaz ekstraktları, kitosanı COS'lere başarılı bir şekilde hidrolize edebilmiş ve polimerizasyon derecesi (DP) 2-6 arasında olan farklı oligomerler tespit edilmiştir. COS ürünlerinin relatif verimleri %11-31 aralığında belirlenmiş ve Bacillus thuringiensis EGE-B-3.5m suşunun ham kitosanaz ekstraktı ile en yüksek relatif verim (%31) elde edilmiştir. Ham kitosanaz ekstraktlarının çoğukitosanın hidroliz ürünü olarak kitobiyoz oluşturmuştur. HPLC metodu, COS karışımının etkili bir şekilde ayrılmasını sağlayabilmesine rağmen, sonuçların doğrulanması ve oligomerlerin doğru karakterizasyonu için LC-MS, MALDI-TOF-MS ve NMR analizinin yapılması gerekli olmuştur.
Streptozotocin (STZ)'in genotoksik, sitotoksik ve apoptotik potansiyeli
Streptozotosin (STZ), toprakta yaşayan "Streptomyces acromogenes" adı verilen bir gram pozitif bakteri tarafından sentezlenen, geniş spektrumlu aktivite gösteren bir antibiyotiktir. STZ 1959 yılında keşfedilmiş olup, 1963'de diabetojenik etkisi ortaya çıkarılmış ve sonrasında yaygın olarak deney hayvanları ve preklinik çalışmalarda diyabet indükleyici ajan olarak kullanılmıştır. Bu çalışmada STZ akut ve orta vadede beyin korteks, siyatik sinir ve karaciğer dokularında genotoksik ve sitotoksik etkisi aynı zamanda apoptotik potansiyeli incelenmiştir. Toksisite testleri kapsamında hücre kültürü çalışmaları gerçekleştirilmiş, A549, MCF-7, Hek-293, PC3, U87MG, MPanc-96, HeLa ve CaCo-2 hücre hatlarında IC50 değerleri hesaplanmıştır. STZ' nin 10, 5, 1 ve 0.5 μg dozları için AMES testi ile genotoksik etkileri belirlenmiştir. In vivo denemeler kapsamında 40 adet Sprague-Dawley sıçan STZ (n=20) ve kontrol (n=20) olmak üzere 2 gruba ayrılmıştır. STZ grubuna, 50 mg/kg STZ (0.05 M sitrat tamponunda, pH: 4.5) intraperitonal olarak verilmiştir. Kontrol gruba ise yalnızca salin uygulaması yapılmıştır. Uygulamadan 24 saat, 1, 2 ve 4 hafta sonrasında her gruptan 5 adet sıçan sakrifiye edilmiş ve anestezi altında dokuları çıkarılmıştır. Sıçanlardan alınan karaciğer, beyin ve siyatik sinir dokularında histolojik değerlendirme yapılarak en fazla etkilenen dokunun siyatik sinir olduğu belirlenmiştir. Ayrıca Roche Light Cycler® 480 II sistemi ile her hücre hattında apoptoz ile ilişkili 7 genin ekspresyon profilleri belirlenmiştir. Bu çalışmada elde edilen veriler ile sıçanlarda STZ uygulamasının akut-orta dönemde sinir sistemi, karaciğer ve beyin korteks üzerindeki etkilerinin ortaya konması planlanmış olup bulgularımıza göre, STZ maruziyetinin diyabet ile oluşan doku hasarını arttırdığı gözlenmiştir. STZ tarafından indüklenen biyokimyasal değişikliklerin ortaya konulmasının hücresel ve fizyolojik anlamda önemli ve gerekli olduğu ortaya konmuştur. Anahtar sözcükler: Streptozotosin, Apoptoz, Toksisite, Beyin, Karaciğer.
Mannheimia haemolytica'dan lökotoksin üretimi için yeni besiyeri tasarımı ve ürün karakterizasyonu
Pnömonik pastörellozis hastalığına neden olan Mannheimia haemolytica'nın patojenezinde en önemli virulens faktörünün ruminant spesifik lökotoksin olduğu belirlenmiştir. Bu ekzotoksin, ruminantların lökositlerine toksik etki göstermekte ve ayrıca hastalığın ilerlemesinde de merkezi bir rol oynamaktadır. Lökotoksine karşı hayvan vücudunda geliştirilen bağışık yanıt, hastalığa karşı korumada etkilidir. Bu çalışmada M. haemolytica A1 (ATCC BAA 410) suşunun lökotoksin üretimini sağlayan besiyeri geliştirilmesi ve elde edilen lökotoksinin antijenik karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Lökotoksin üretiminin istatistiksel olarak tasarlanmasında 15 amino asit, 3 vitamin, 3 inorganik tuz ve 2 diğer bileşen olmak üzere toplamda 24 bileşenin etkisi değerlendirildi. Design Expert programı kullanılarak iki aşamalı Plackett-Burman tasarımı ile lökotoksin üretiminde düşük, olumlu ya da olumsuz etkileri olan bileşenler L-prolin, L-treonin, L-valin, L-glutamin ve NH4SO4 modelden çıkartıldı. Plackett-Burman tasarımı ikinci aşamasında L-arginin, L-izolösin, L-glutamik asit ve L-fenilalaninin olumlu veya olumsuz ancak etkisi yüksek bileşenler olduğu belirlendi. Ardından Central Composite Design (CCD) kullanılarak lökotoksin üretiminde bu bileşenlerin optimum derişimleri L-arginin; 0.69 g/L, L-izolösin; 1.4 g/L, L-glutamik asit; 3.59 g/L ve L-fenilalanin için 0,058 g/L olarak belirlendi. Gerçekleştirilen doğrulama deneyleri sonrasında da oluşturulan CCD modeli doğrulandı. Bakteriyel büyüme spektrofotometrik olarak, lökotoksin miktarı ise monoklonal antikor kullanılarak ELISA testi ile ölçüldü. Tasarlanmış besiyerinin ileri iyileştirilmesine yönelik KHPO4, NaHCO3 ve NaHPO4 kullanıldığında hücre büyümesini ve lökotoksin üretimini arttırdığı gözlemlendi. Tasarlanmış besiyeri RPMI-1640 ve BHI karşılaştırıldığında M. haemolytica'nın en iyi biyokütle üretimi BHI'de gözlemlendi. Ancak lökotoksin üretimi açısından değerlendiğinde BHI (16µg/ml), RPMI-1640 besiyeri (43µg/ml) ve tasarlanmış besiyerinden (18µg/ml) daha az lökotoksin üretimi sağladığı gözlemlendi. Bu çalışmada L-arginin, L-aspartik asit, L-glutamik asit, glisin, L-izolösin, L-lösin, L-lizin, L-fenilalanin ve tiamin HCl lökotoksin üretimine etkisi olduğu ilk defa gösterildi. Anahtar sözcükler: lökotoksin, Mannheimia haemolytica, istatistiksel optimizasyon, Plackett Burman tasarımı, merkezi bileşen tasarımı.
İzmir ilindeki bazı endemik bitki türlerinin endofitik mikroorganizma profillerinin DGGE ile belirlenmesi
Bu çalışmada, Styrax officinalis ve Dianthus erinaceus endemik bitki türlerinin kök kısımlarındaki bakteriyal ve fungal endofit çeşitliliğinin, kültürden bağımsız bir yaklaşım olan DGGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Bitkilerin köklerindeki endofitik bakteri ve fungus çeşitliliği 16S rDNA, ITS DGGE parmak izi ve filogenetik analizler kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Bitki örnekleri İzmir ilinin Kemalpaşa ilçesinden toplanmış ve aynı gün içinde laboratuvara getirilmiştir. Köklerin yüzeyleri sterilize edildikten sonra sterilite kontrolü yapılmıştır. Akabinde bitki örneklerinden total DNA izolasyonu, 16S rDNA ve ITS DGGE amplikonlarının jelden geri kazanımı ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. İki bitki örneğinden toplam 10 bakteriyel ve 13 fungal filotip elde edilmiştir. Filotipler NCBI-GenBank veribanındaki bakteri ve funguslara ait diziler ile benzerlikleri bakımından karşılaştırılmıştır. Bitki örneklerinin kök kısımlarındaki dominant endofitik bakteri çeşitliliğinin çoğunluğunu Protobacteria filum ve alt filumlarının oluşturduğu belirlenmiştir. Bitkilerdeki endofitik fungus çeşitliliğinin ise Ascomycota filumuna dahil Penicillium sp., Alternaria sp. ve kültürü yapılmamış Cladosporium sp. gibi fungus genuslarından oluştuğu belirlenmiştir. Çalışmamızda D. erinaceus'un endofitik bakteri ve fungus çeşitliliğinin S. officinalis'e göre daha yüksek olduğu saptanmıştır.
6-Tioguanin-DNA etkileşiminin elektrokimyasal tayinine yönelik biyosensörlerin geliştirilmesi
Çalışmamızın ilk bölümünde antikanser ilaç 6-Tioguanin'nin (6-TG) elektrokimyasal tayini ve 6-TG'nin DNA oligonükleotitleri ile etkileşiminin tek kullanımlık kalem grafit elektrotlar (PGE) ile tayini çözelti fazında incelenmiştir. Etkileşim öncesinde ve sonrasında, 6-TG ve DNA'nın elektrokimyasal sinyalleri PGE ile ölçülerek sinyallerdeki farklanmalar (azalış/artış) üzerinden etkileşim, diferansiyel puls voltametrisi (DPV) tekniği kullanılarak tayin edilmiştir. Ayrıca, PGE yüzeyinde 6-TG'nin DNA ile etkileşimi elektrokimyasal empedans spektroskopisi (EIS) tekniği kullanılarak incelenmiştir. Çalışmamızın ikinci bölümünde tek duvarlı karbon nanotüp (SWCNT) modifiye edilmiş kalem grafit elektrotlar (SWCNT-PGE) kullanılarak 6-TG tayini ve 6-TG-DNA etkileşiminin elektrot yüzeyinde tayini incelenmiştir. Geliştirilen nanomalzeme temelli biyosensörün mikroskobik yüzey karakterizasyonu taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile yapılmıştır. 6-TG ve DNA'nın elektrokimyasal sinyalleri, PGE ve SWCNT-PGE kullanılarak ölçülmüştür. 6-TG ve DNA etkileşiminin SWCNT-PGE ile tayininde, diferansiyel puls voltametrisi (DPV) ve elektrokimyasal empedans spektroskopisi (EIS) teknikleri kullanılmıştır. Çalışmamızda, tek kullanımlık kalem grafit elektrotlar ile 6-TG'nin elektrokimyasal analizi ve 6-TG ile DNA etkileşiminin elektrokimyasal tayininin seçimli, hızlı ve duyarlı bir şekilde yapılabileceği gösterilmiştir. Böylece, tek kullanımlık elektrokimyasal DNA biyosensörlerine dayalı geliştirdiğimiz prosedürlerle hem düşük tayin sınırında 6-TG analizi, hem de 6-TG-DNA etkileşiminin elektrokimyasal tayininin yapılabileceği sonucuna varılmıştır.
Denizel mikroalg türlerinden Nitzschia thermalis ve Isochrysis galbana'nın farklı stres koşulları altında fukoksantin miktarlarının belirlenmesi.
Fukoksantin, mikroalg ve makroalglerde bulunan bir primer karotenoid olup antitümör, antioksidant ve antiobezite gibi farmasötik özelliklere sahiptir. Diğer karotenoidler gibi fukoksantinin biyosentezi, çeşitli çevresel veya biyolojik stres koşulları altında mikroalglerde tetiklenebilmektedir. Bu çalışmada ticari öneme sahip iki denizel mikroalg Nitzschia thermalis (EGEMACC-56) ve Isochrysis galbana 'nın (EGEMACC-86) farklı azot (0 mg/L- 75 mg/L-200 mg/L) ve farklı demir (0 mg/L-3.15 mg/L-15.8 mg/L) konsantrasyonlarında spesifik büyüme ve ikilenme sürelerinin belirlenmesinin ardından, toplam yağ içerikleri, yağ asidi ve fukoksantin değerleri tespit edilmiştir. Çalışma neticesinde maksimum spesifik büyüme hızı N.thermalis için yüksek azot denemesinde 0,47±0,03 gün-1, I.galbana için yüksek demir denemesinde 0,49±0,02 gün-1 olarak tespit edilmiştir. En yüksek fukoksantin miktarları N.thermalis ve I.galbana için yüksek demir denemelerinde sırasıyla 7,57±0,83 mg/g biyokütle ve 10,09±0,45 mg/g biyokütle olarak tespit edilirken, en yüksek toplam yağ içeriği ise N.thermalis ve I.galbana için azot yokluğu denemelerinde sırasıyla % 26,93±1,8 ve % 33,49±2,2 olarak tespit edilmiştir.
Nanomalzeme modifiye biyosensörlerle dakarbazin-DNA etkileşiminin elektrokimyasal tayini
Çalışmada DNA hedefli antikanser ilaç olan Dakarbazin (DCB) ile DNA arasındaki biyomoleküler etkileşim tek duvarlı karbon nanotüp (SWCNT) modifiye kalem grafitelektrotlar (PGE) kullanılarak elektrokimyasal yöntemle tayin edilmiştir. Bu kapsamda, SWCNT ile modifiye edilmiş elektrotlarla DCB-DNA arasındaki etkileşim, diferansiyel puls voltametri (DPV) ve elektrokimyasal empedans spektroskopisi (EIS) teknikleri ile incelenmiştir. Voltametrik analizde etkileşimden önce ve sonra sırasıyla DCB ve guanin yükseltgenme sinyalleri ölçülmüştür. DCB konsantrasyonu ve DCB'nin DNA ile etkileşim süresi gibi deneysel koşullar optimize edilmiştir. Ayrıca, DCB'nin nükleik asitlerle etkileşimi PCR örnekleri kullanılarak hem elektrokimyasal yöntemle, hem de jel elektroforez tekniği kullanılarak incelenmiştir. Sonuç olarak çalışmada SWCNT modifiye edilmiş PGE yüzeyinde antikanser ilaç olan DCB'nin nükleik asitlerle etkileşimi elektrokimyasal yöntemle incelenmiş ve elde edilen sonuçlar, elektroforez yönteme dayalı sonuçlarla kıyaslanmıştır. SWCNT-PGE ile DCB-DNA etkileşiminin elektrokimyasal tayininin düşük maliyetli, seçici ve duyarlı bir yöntemle yapılabildiği sonucuna varılmıştır.
Mikroalg ve siyanobakterilerden bazı kimyasal bileşiklerinin üretimi ekstraksiyonu saflaştırılması ve aktivite tayini
Siyanobakteriler (mavi-yeşil alg) ve mikroalgler fikobiliprotein (PBP), karotenoidler ve çoklu doymamış yağ asitleri gibi önemli yüksek değerli ürünler, sayısız önemli biyoaktif ve biyoteknolojik olarak önemli kimyasalların gıda, kozmetik, ilaç ve nutrasötik endüstrilerinde uygulanan değerli bir kaynağı oluştururlar. Bu tezin ilk bölümünde, kültür koşullarının optimizasyonu ile siyanobakteri ve mikroalglerin biyokütle ve yüksek değerli bileşiklerin (fikosiyanin ve fukoksantin) arttırılması için yanıt yüzey yöntemi (RSM) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. RSM ile tahmin edilen Arthrospira platensis'nin maksimum biyokütle ve fikosiyanin içeriği sırasıyla 1,06 g L−1 ve 107 mg L−1 bulunmasına rağmen maksimum biyokütle ve fikosiyanin içeriği optimize edilmiş koşullar (sıcaklık 33 ± 2 ºC, ışık şiddeti 44 μmol photons m−2 s−1 ve karıştırma hızı 120 rpm) altında validasyon deneylerinde 1,32 g L−1 ve 127 mg L−1 olarak elde edilmiştir. Ayrıca, optimize edilmiş koşullarda (sıcaklık 33 ± 2 ºC, ışık şiddeti 44 μmol fotonlar m−2 s−1 ve 2,5 L dak−1 hava akış oranı) 7L Panel foto-biyoreaktörde (PPBR) Arthrospira platensis'in büyüme ve fikosiyanin içeriği üzerindeki etkisi araştırılmıştır ve PPBR'de büyüme hızı 0,202 gün−1 ve 228 mg L−1 fikosiyanin içeriği ile 2,42 g L−1 maksimum biyokütle veriminin elde edildiği gözlenmiştir. Benzer şekilde Phaeodactylum tricornutum tarafından fukoksantin üretimi için kültür koşullarının optimizasyonu yapılmış, RSM tarafından tahmin edilen maksimum fukoksantin içeriği 7,9 mg g-1 iken, maksimum fukoksantin içeriği 10,22 mg g-1 optimize edilmiş koşullar altında (sıcaklık 15 °C, ışık şiddeti 55 μmol photons m−2 s−1 ve karıştırma hızı 130 rpm) doğrulama deneylerinde elde edilmiştir. Ayrıca, optimize edilmiş koşullarda (sıcaklık 15 °C, ışık şiddeti 55 μmol photons m−2 s−1 ve 2,5 L dak−1 hava akış oranı) 7L Panel fotobiyoreaktörde (PPBR) P. tricornutum'un fukoksantin içeriği üzerindeki etkisi araştırılmıştır ve PPBR'de maksimum fukoksantin içeriği 44,13 mg g-1 elde edilmiştir. Ek olarak, farklı azot kaynaklarının büyüme ve fikobiliprotein (PBP: PC, APC ve PE) bileşimleri üzerindeki etkisi üç siyanobakteri suşunda incelenmiştir. 12 günlük kesikli üretimde, Phormidium sp. ve Pseudoscillatoria sp. test edilen tüm nitrojen kaynaklarını kullanabilmişler olmasına rağmen her iki suş için de en iyi azot kaynağı amonyum klorür ve maksimum büyüme oranları sırasıyla µ=0,284±0,03 ve µ=0,274±0,01 gün–1, fikobiliprotein içerikleri %19,38±0,09 ve %19,99±0,14 kuru ağırlık olarak belirlenmiştir. Oysaki, Arthrospira platensis için en yüksek büyüme oranı µ= 0,304 ± 0,0 gün – 1 ve fikobiliprotein içeriği %22,27 ± 0,21 kuru ağırlıkta sodyum nitratla elde edildi. Bu tezin ikinci bölümünde, çeşitli ekstraksiyon tamponlarının kullanıldığı farklı ekstraksiyon metotlarının A. platensis ve P. tricornutum'dan elde edilen fikoksiyanin ve fukoksantin ekstraksiyonu için ekstraksiyon yöntemlerinin etkinliğinin belirlenmesi değerlendirilmiştir. Bu çalışmada değerlendirilen farklı hücre parçalama yöntemleri arasından ultrasonikasyon (2 dak) ile birlikte donma-çözmede (bir kez) ekstraksiyonu tamponu olarak Na-fosfat kullanılarak yapılan fikosiyanin ekstraksiyonu ve maksismum C-PC eldesi için etkili yöntem olduğu kanıtlanmıştır. Ayrıca, fikosiyanin iki aşamalı kromatografik yöntem kullanılarak saflaştırıldı ve analitik dereceli saflıkta (A620/A280 oranı> 4) elde edilmiştir. Saflaştırılan C-fikosiyanin ve ve β alt birimlerine karşılık gelen iki bandın varlığı SDS-PAGE de gösterilmiştir. P. tricornutum'dan fukoksantin ekstraksiyonu için araştırılan farklı ekstraksiyon yöntemleri arasında ekstraksiyon çözücüsü olarak metanol kullanılarak yapılan ultrason destekli ekstraksiyon yönteminin (UAE) en etkili yöntem olduğu kanıtlanmıştır. Ekstraksiyondan sonra fukoksantin açık silika kolon kromatografisi kullanılarak başarıyla saflaştırılmıştır. Ayrıca, ham ekstraktların ve saflaştırılmış fikosiyanin ve fukoksantinin biyoaktivitesi farklı patojen bakterilere (Escherichia coli, Moraxella catarrhalis, Staphylococcus aureus ve Candida albicans) karşı değerlendirilmiştir ve aktiviteleri gözlemlenmiştir.
Yerli siyah üzüm çeşitlerinden üretilen şarapların tavuk eti marinasyonunda etin raf ömrü ve Salmonella typhimurium üzerine etkisinin belirlenmesi ve resveratrol, kuarsetin ve kateşin düzeylerinin
Bu araştırmada Öküzgözü, Kalecik karası ve Boğazkere şaraplarıyla yapılan 2, 6 ve 24 saatlik marinasyon işleminin tavuk etinde raf ömrü ve S.typhimurium, psikrofilik mikroorganizmalar ve maya sayısı üzerine antimikrobiyal etkisi araştırılmıştır. Denemelerde tavuk etine 3.2-3.8 log cfu/g S. typhimurium ve 3.7-5.3 log cfu/g düzeyinde maya inoküle edilmiş ve florada mevcut psikrofilik mikroorganizmalarla (5.6-7.3 log cfu/g) çalışılmıştır. Marinasyon denemelerinde genelde marinasyon süresi uzadıkça test mikroorganizmalarında birbirine benzer düzeyde sayısal azalmaların gözlendiği, bu sayısal azalmaların 2, 6, 24 saatlik marinasyon süreleri sonunda 0.5-0.7, 0.5-1.0 ve 1.0-1.5 log cfu/g arasında değiştiği saptanmıştır. Marinasyon işlemi yapılmayan tavuk eti örneklerinde (kontrol örnek) buzdolabında (+4°C) depolama sürecinin 8. gününde pütrid koku oluşumu saptanmasına karşın, Öküzgözü, Kalecik karası ve Boğazkere şaraplarıyla 2, 6 ve 24 saat marine edilen tavuk etlerinde ise pütrid koku oluşumu sırasıyla 14, 25 ve 32 gün; 13, 18 ve 29 gün; 13, 21 ve 27 günlerde saptanmıştır. Mikrobiyolojik analizlere ek olarak, Öküzgözü, Kalecik karası ve Boğazkere şaraplarının sırasıyla ortalama pH değerleri 3.5, 3.5 ve 3.6; titre edilebilir asit miktarları 0.50, 0.47, ve 0.55 ppm; % alkol konsantrasyonları 13.8, 14.2 ve 12.9; kuru madde miktarları ise 38.6, 40.1 ve 32.7 ppm olarak saptanmıştır. Öküzgözü, Kalecik karası ve Boğazkere şaraplarında sırasıyla ortalama trans-resveratrol miktarı 6.3, 2.3 ve 1.3 ppm, kuarsetin miktarı 4.5, 7.1 ve 1.1 ppm ve kateşin miktarı 99.1, 71.6 ve 95.6 ppm olarak tespit edilmiştir.
Biyopolimer esaslı doku iskelesi sistemleri ve biyouyumluluklarının ve biyodegradasyonlarının araştırılması
Çeşitli doku ve organlara uyum ve tedavi özellikleri gösterecek ve aynı zamanda doku destek materyali olarak kullanılabilen polimer esaslı biyomateryaller üzerinde yapılan çalışmalar giderek artmaktadır. Sunulan bu çalışmada ise elde edilen biyomateryallerin doku uyumluluğunun kompozit sentezinde kullanılan biyopolimerler aracılığıyla arttırılabilmesi mümkün müdür, tedavi amaçlı kullanılabilir mi ve aynı zamanda bozunarak vücuttan atılabilir mi sorularının cevabını araştırmak üzere, %30 oranında poli (etilen glikol) diakrilat (PEG-DA) ve %70 oranında tampon ortamında %0,5 ağırlık/hacim (w/v) albümin, jelatin ve dekstran biyopolimerleri kullanılarak biyokompozit doku iskeleleri elde edilmiştir. Öncelikle FTIR ve SEM analizleri gerçekleştirilerek biyopolimerlerin yapıya katıldıkları belirlemiştir. Bu karakterizasyonlara ek olarak şişme, salım, biyobozunurluk ve sitotoksisite analizleri gerçekleştirilmiştir. Şişme analizleri ile %15-25 arasında elde edilen sonuçlarına rağmen %90-95 değerlerine ulaşabilen gentamisinin salım değerleri elde edilmiştir. Biyobozunurluk analizleri 37C, pH 7.4'de gerçekleştirilerek 3 aya varan sürelerde yaklaşık %70 oranında bozunma verileri elde edilmiştir ve bozunma süreci devam etmektedir. Yapının biyouyumluluğunun araştırılması için doğrudan temas testi yöntemi kullanılarak hücre sayımı yapılmıştır. Sonuçta sentezlenmiş materyallerin hepsi aynı sonucu vermemekle birlikte bazılarında yeterli uyumluluk gözlemlenmiştir.
Batı Anadolu'da zeytinlerde görülen meyve çürüklük etmenlerinin saptanması ve çürüklüklerin bazı kalite özelliklerine etkisi üzerinde araştırmalar
Zeytin, Türkiye de özellikle Ege Bölgesi çiftçisi için ekonomik önemi yüksek bir meyvedir. Son yıllarda, ortaya çıkan iklim değişiklikleri nedeniyle zeytinde bazı yeni hastalıkların varlığı bildirilmiştir. Bu tezde, zeytin meyve çürüklüğüne neden olan fungal patojenler araştırılmıştır. Bu amaçla, 2011-2012 yıllarında Aydın, Balıkesir, Manisa, İzmir illerinden hastalıklı ve sağlıklı zeytin meyve örnekleri toplanmıştır. Toplanan bu meyve örneklerinden 254 adet patojen izolat elde edilmiştir. En yüksek sayıda patojen izolat (73 adet) Botryosphaeria spp., olarak tespit edilmiştir. Bu türün dışında, 54 izolat Alternaria spp., 16 izolat Fusarium spp., 12 izolat Phoma spp., 11 izolat Colletotrichum spp., ve sekiz adet Trichothecium spp., teşhis edilmiştir. Diğerlerine göre daha az sayıda saptanan patojen izolatlar arasından; altı Aspergillus spp., iki Stemphylium spp., dört Penicillium spp., dört Ulocladium spp., bir Neofusicoccum parvum, bir Boeremia exiqua, bir Pestalotiopsis spp., ve bir Cladosporium spp izolatı teşhis edilmiştir. Ülkemizde zeytin meyvesinde çürüklüğe neden olan hastalık etmenlerinin tespiti ve bu hastalık etmenlerinin meyve ve yağ kriterlerini etkileyip etkilemediği bu proje ile ilk kez araştırılmıştır. Araştırma sonuçlarının, Bakanlık tarafından oluşturulacak yeni düzenlemelere ve bundan sonra yapılacak çalışmalara temel teşkil edeceği düşünülmektedir.
Şapkalı mantarlardan biyolojik yöntemlerle kitin üretimi
Kitin; böceklerden, deniz kabuklularının dış iskeletinden ve bazı fungus türlerinin hücre duvarından izole edilebilen, doğada en çok bulunan biyopolimerlerdendir. Kitin ve türevleri; medikal, gıda, tarım, kozmetik gibi birçok alanda kullanım yeri bulmuştur. Dünya genelinde kitin üretim prosesinde kitin kaynağı olarak en fazla kullanılan hammadde deniz kabukluları olmakla birlikte bu durum çeşitli dezavantajları da beraberinde getirmektedir. Hayvansal kaynaklı kitinin son yıllarda yapılan çalışmalarda, özellikle denizel kaynaklı ürünlere alerji ve astım yatkınlığı olan insanlar üzerinde olumsuz etkileri olabileceği gösterilmiştir. Bu nedenle alternatif yeni kitin kaynakları ve kitin ekstraksiyon yöntemleri konusunda birçok çalışma yapılmaktadır. Deniz kabuklularından kitin eldesi prosesinin üretim maliyetinin yüksek oluşu, oluşan ürünün fizikokimyasal özelliklerinin değişken olması gibi nedenler, kitin için farklı bir kaynak olan mantarlardan kitin ekstraksiyonu konusunu gündeme getirmiştir. Bu çalışmada; ülkemizde ve dünyada yaygın olarak üretilen Agaricus bisporus (kültür mantarı)'un hücre duvarından kitin ekstraksiyonu kimyasal, mikrobiyal ve enzimatik yöntemler kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Kitin ekstraksiyonu için en önemli aşama olan protein giderimi (deproteinizasyon) aşaması NaOH muamelesi ile kimyasal, Bacillus sp. bakteri suşu kullanılarak mikrobiyal, proteaz enzimi "Savinase 16L" ile enzimatik olmak üzere 3 farklı yöntemle gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın asıl amacı olan biyolojik yöntemle deproteinizasyon sonuçları, yapılan kimyasal yöntemle deproteinizasyon sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak, yüzde kitin verimliliği; kimyasal deproteinizasyon için %76, mikrobiyal deproteinizasyon için %62 ve enzimatik deproteinizasyon için ise %60 olarak belirlenmiştir. Elde edilen kitin miktarı spektrofotometrik ölçümlere dayanan kolorimetrik bir yöntem kullanılarak belirlenmiş ve en yüksek kitin verimi %29 olarak belirlenmiştir. Bu sonuçlar ışığında biyolojik yöntemin ve mantarların kitin ekstraksiyonu için yeni alternatifler olabileceği sonucuna ulaşılmıştır.
Glioma hücrelerinde temozolomid ve kc7f2 ajanlarının kombinasyonlarının moleküler biyolojik açıdan incelenmesi
Malign beyin tümörleri nöronal hastalıklar içerisinde önemli bir yer tutmakta olup Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından histolojik ve invaziflik ve genetik özellikleri baz alınarak I, II, III ve IV derece olarak sınıflandırılmıştır. Glioblastom Multiform (GBM) 2016 WHO raporunun son değerlendirilmesine göre Astrositom alt sınıfının IV dereceli en invaziv ve malignant üyesidir. Malign beyin tümörlerinin önemli bir kısmını oluşturarak, tedaviye karşı direnci ve zayıf yanıt verme özelliğinden, bunların yanısıra topografik yapısı nedeniyle kan beyin baryerinin kimyasal tedaviye karşı oluşturduğu engel, ayrıca ağır klinik ifadesinden dolayı tedavisi zorlaşmakta ve yeni tedavi yöntemleri ve yeni terapötik ajanların geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Konvansiyonel tedavi yöntemleri olarak cerrahi rezeksiyon, radyoterapi ve kemoterapi uygulanmakta olup hastalarda medyan sağkalım süresi 12.5 aydır. Glioblastom tedavisinde Temozolomid (TMZ) yaygın olarak kullanılmakta ve primer tedavi yöntemi sayılmaktadır. Aliklleyici ajanlar sınıfının bir üyesi olan TMZ kan beyin bariyerini kolayca geçe bilmesinden dolayı güncel olarak en etkin ilaç sayılmakta. Buna rağmen radyoterapi ile kombinasyon halinde uygulandığında sağkalım süresi 15 ayı geçmemekte. Bunun nedeni TMZ`ye karşı oluşan direnç mekanizmasıdır. Glikoz metabolizması, enerji üreten ve ATP olarak depolayarak tüm hücresel süreçler için enerji sağlayan karmaşık bir enerji üreten makinedir. Bir glükoz molekülü, tam glikolitik katabolizmadan sonra 38 molekül ATP üretir. Otto Warburg'un sayısız çalışması ve temel hipotezine göre, kanser metabolizması normal hücrelerden tamamen farklıdır. Kanser hücreleri mitokondriyal adım girmeden sadece ilk glikolitik adımı gerçekleştirerek anaerobik fenotipe eğilim gösterirler. Sonuçta bu hücreler laktik asit üretir ve salgılarlar ve mikro-ortamlarını aerobik koşullarda bile daha asidik yaparlar. Bu olgu "Warburg hipotezi" ve ya "anaerobik glikoliz" olarak tanımlanmakta. Glikoliz enzimleri ilk olarak bu fenotipik ifadenin temel aktörleri olmasına rağmen, bazı genetik ve epigenetik faktörler de istisna değildir. Bu nedenle deneyimizde kanser metabolizmasını hedef almak için KC7F2 etken maddesini kullandık. Çalışmamızda kanser metabolizmasının hedefleyerek TMZ kematerapötik ajanının etkisi ile kombinasyon halinde kanser hücre proliferasyonu, sağkalımı, apoptoz, metabolizma genlerinin ekspresyonu üzerindeki etkiyi gözlemlemek için iki farklı etken maddenin ayrı ayrı ve kombine halde etkisini inceleyerek değerlendirdik. Deneyimizin sonucunda etken maddelerin kombinatif etkisinin TMZ alkilleyici ajanının etkin dozunu düşürdüğünü ve etkisinin arttığını gözlemlemiş olduk, ayrıca etkilerinin metabolik açıdan değerlendirererek aerobik glikolizi baskıladığını da gözlemledik.
Dermokozmetik amaçlı biyomimetik peptit içeren lipit nanopartiküllerin üretilmesi ve karakterizasyonu
21. yüzyılın anahtar teknolojisi olan biyoteknoloji, tüketicinin daha etkili ve güvenli ürün arayışları talepleri doğrultusunda, kozmetik endüstrisini etkisi altına almıştır. Yaşlanma karşıtı cilt bakım ürünlerinde meydana gelen yıllık % 6 lık büyüme hacmi biyonanoteknolojik ürünlerin pazarda etkinliğini arttırmıştır. Bu anlamda tez çalışmasında deri yaşlanmasına karşı engelleyici ürünler ortaya çıkarma amacıyla MMP-12 enziminin inhibisyonuna yönelik inhibitör peptit (PEP3) dizayn edilmiştir. PEP3, 13 µM konsantrasyon da, MMP-12 enzimini % 88 oranında inhibe etmiştir. 10 ug/ml PEP3 konsantrasyon ile HS68 hücre hattı üzerinde yapılan Western blot deneyinde, kollajen I, IV, elastin ve fibronektin proteinlerin miktarlarında artış gözlenmiştir. PEP3, katı lipit nanopartikül (KLN) ile kapsüllenmiş ve transdermal salınım çalışması yapılmıştır. Yüklenme etkinliği % 59,92 olarak bulunmuştur. PEP3 yüklü KLN, mannitol ile kurutularak stabilite çalışması yapılmıştır. Nanotoksikolojik açıdan güvenlik değerlendirilmesi yapılan PEP3'ün, KLN içeren formülasyonunun, 28 gün kullanımı sonrasında başlangıca göre %18 oranında kırışıklık azalışı meydana getirdiği bulunmuştur. Fonksiyonerliği ve güvenirliği kanıtlanmış olan PEP3 aktif içerik olarak dermokozmetik sektörüne DervatylTM marka (dermal renovation peptide) ürün adı ile sunulmuştur.
Evaluation of YB-1 transcriptional factor, DNA glycosylase hNTH1 and human topoisomerase I functions in relation to drug resistance and DNA repair mechanisms
Acquired resistance to anti-cancer therapy is common and is a major clinical issue. Functional DNA repair pathways provide a common mechanism for drug resistance, but it can also result from mutations or reduced expression of the targeted protein. The overexpression or nuclear localisation of the multifunctional Y-box binding protein (YB-1) is considered as a prognostic marker for drug resistance in tumours. YB-1 has several interaction partners in cells; in this study, we have focused on its interaction with the human DNA repair enzyme NTH1 (hNTH1) and human DNA topoisomerase I (hTopoI), two enzymes that have been shown to be stimulated by YB-1. The abundance of the hNTH1/YB-1 complex was shown to increase in cisplatin-resistant tumour cells. Human TopoI is an essential enzyme involved in cellular regulation of DNA supercoiling and is the target of several anti-cancer agents. YB-1 enhances the activity of hTopoI and its sensitivity to hTopoI inhibitor, camptothecin in tumour cells. We have characterised the YB-1/hNTH1 and YB-1/hTopoI complexes in vitro and in vivo using Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) measurements to identify and develop new strategies for the treatment of drug-resistant tumours. We also designed and optimised an original FRET-based biosensor to screen two medium-sized chemical libraries in order to find potential inhibitors of the hNTH1/YB-1 complex. Several "hits" were identified that significantly reduced the FRET level of our biosensor. For some of these compounds, we have reproduced these results starting from powders, have performed dose-response curves and have validated their actions as inhibitors of the hNTH1/YB-1 interface using alternative binding assays. Taken together, our results demonstrate that YB-1 directly interacts and stimulates a DNA repair and a DNA relaxing enzyme and targeting the YB-1/hNTH1 interface represents an interesting new strategy for the development of anti-cancer drugs.
Sodyum kanalı(scn1a&scn1b) tipini kodlayan genlerdeki mutasyonların dravet sendromu ile ilişkisi
Dravet sendromu (DS) ve ateşli nöbet artı jeneralize epilepsi (GEFS +) Voltaj bağımlı sodyum kanalı kodlayan gen tip I(scn1a) bir dizi mutasyonlar insanlarda çeşitli epilepsi sendromlarının nedeni olmaktadır. Bu mutasyonların büyük çoğunluğu SCN1A geninde, ve temamen dominant geçişlidirler.(Gefs +) neden olan ve bilinen mutasyonlar muhtemelen kanal aktivitesini değiştirerek, yanlış anlamlıyken DS neden olan mutasyonların çoğu, fonksiyon kaybı ile sonuçlanır. DS ve (GEFS +) mutasyonu olan Aile üyelerinde genellikle geniş bir nöbet tipi ve şiddet aralığında değişiklikler göstermektedirler ve bu değişkenliğe diğer genlerden gelen olay sonuçlarının bir kısmı gösterilecek. Birçok farklı biyofiziksel etkileri (SCN1A – DS,GEFS+ ) mutasyonlar kazançı , kanal aktivitesi kaybı ile tutarlı heterolog ekspresyon sistemleri içinde gözlenmektedir.DS ve Gefs + hastalarında nesil nöbeti, önemli bir faktör olduğu mühtemeldir ve SCN1A mutasyonları, GABAerjik inhibitör nöronların aktivitesini azaltmasına genel bir illet olabilmektedir.Ülkemizde ilk defa olarak bu genin nukleotit yapısı sağlıklı insanlarda araştırılacaktır Ayrıca epilepsi hastalarda bu genin mutasyonları tanı amacıyla kullanılarak,Dravet sendromu gibi moleküler tanısı zor olan hastalığa erken ve kesin tanı konulacaktır.
Saanen ırkı keçilerde pou1f1 geni polimorfizmi ve verim özellikleri ile ilişkilerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Saanen ırkı keçilerde POU1F1 geni polimorfizmi ve genotipler ile süt verimi ve bileşenleri, doğumda oğlak sayısı, oğlak doğum ağırlığı ve sütten kesim ağırlığı arasındaki ilişkilerin incelenmesi amaçlanmıştır. İki farklı sürüden (Bornova ve Manisa) toplam 108 baş keçi, materyal olarak kullanılmıştır. POU1F1 geni altıncı ekzon ve 3' flanking bölgesindeki polimorfizm, PstI ve AluI restriksiyon enzimleri ile PCR-RFLP ve DNA dizi analiz yöntemleri kullanılarak incelenmiştir. POU1F1 geni, AluI ve PstI lokuslarında 2 allel, 3 genotip belirlenmiştir. TT, TC ve CC genotip frekansları PstI lokusunda sırasıyla %64.8, %31.5 ve %3.7, AluI lokusunda ise %54.6, %31.5 ve %13.9 olarak saptanmıştır. Bornova ve Manisa sürülerinde her iki lokusta T allel frekansı (AluI için sırasıyla 0.56 ve 0.88, PstI için sırasıyla 0.80 ve 0.81) yüksek olarak gözlenmiştir. POU1F1/AluI ve POU1F1/PstI lokusları bakımından sürüler Hardy-Weinberg dengesinde bulunmuştur (p>0.05). POU1F1/AluI için genotipler ile laktasyon süt verimi, doğumda oğlak sayısı, POU1F1/PstI için ise oğlak doğum ağırlığı arasında önemli ilişki bulunmuştur (p<0.05). POU1F1/AluI; TC ve CC genotiplerinin laktasyon süt verimi ve doğumda oğlak sayısının TT genotipinden yüksek olduğu gözlenmiştir. POU1F1/PstI; CC genotipinin oğlak doğum ağırlığı diğer genotiplerden daha yüksek bulunmuştur. Yapılan çalışma sonucunda keçilerde POU1F1 geninin üreme, büyüme, süt verimi ve bileşenleri gibi özellikler için moleküler marker olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.
In vitro production and flowering of some orchid species for commercial-scale realization
In this study, commercial production protocols were established for Cattleya sp. moreover, in vivo plantlet surface sterilization and in vitro regeneration protocols were also established for Vanda sp. Valuable data about in vitro flower-triggering of Cattleya sp. shoots were obtained. Surface sterilization rate of in vivo shoots of Cattleya sp. were found 100% and 83,33% in root and stem explants, respectively. Regeneration rate was 10,05 in thin layers excised from the Cattleya sp. shoots by the technique of TCL. In the study of multiplacation of PLB from PLB, the highest proliferation rate were found as 7,50, 1,56 and 111,85 in semi-solid cultures, flask liquid cultures and RITA® bioreactors, respectively. In the study of shoot regeneration from PLB, shoot regeneration rate was determined as 13,00 in semi-solid cultures, regeneration formation rate were found 0,67 and 199,90 in flask liquid cultures and RITA® bioreactors, respectively. In Cattleya sp., shoot proliferation rate was 3,5 and root formation number per shoot was 7,34. In adaptation of in vitro rooted Cattleya shoots to ex vitro conditions, acclimatization was succeeded at 92,89%. In order to trigger in vitro flowering of Cattleya sp., shoots were cultivated in different media compositions, photoperiods, day/night temperatures and pseudobulb arose at 6,67% ratio. Surface sterilization rate of roots, leaves, stems and flower parts in Vanda orchids were succeeded at 95.83%, 80%, 71,67% and 70%, respectively. Moreover, 61,90% callus formation has been observed on anthers taken from the flowery parts of the plant and 1,11 regeneration ratio has been obtained on stem explants.
Propolisten alerjik etkisi düşük yeni bir biyoteknolojik ürün eldesi ve bu ürünün antienflamatuvar etkisinin araştırılması
Propolis kendine has medikal özellikleri nedeniyle gıda endüstrisinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu özelliklerine rağmen propolis, bu maddeye karşı alerjik yatkınlığı olan tüketicilerde bazı alerjik reaksiyonlara neden olabilmektedir. Önceki çalışmalarımız sonucunda, propolisin Lactobacillus plantarum (10, 8014, ATCC suşları) gibi bazı özel suşlarla biyodönüşümü ile propolisteki alerjen moleküllerin miktarının azaldığı kanıtlanmıştır. Bu çalışmada, propolisin anti-enflamatuvar aktivitesine, antioksidan aktivitesine ve fenolik içeriğine biyodönüşümün etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Biyodönüşüm öncesi, fermentasyon için uygun olmayan ve yoğun formdaki katı propolis örneklerinin çözünmesini kolaylaştırmak için, propolis örnekleri, farklı çözgenlerle (10% etanol ve polietilen glikol– PEG 40%) ve farklı bir yöntemle (ultrasonik işlem 300 W/25 OC / 30 dakika) muamele edilmiştir. Fermentasyonlar, 30 OC sıcaklıkta 48 saat süresince sabit karıştırma hızı koşullarında gerçekleştirilmiştir. Antienflamatuvar aktivite, in-vitro koşullarda hyaluronidaz analizi yapılarak ve ksantin oksidaz aktivitesi ölçülerek belirlenmiştir. Ksantin oksidaz tarafından üretilen radikallerde en yüksek inhibisyon yüzdesi (%) biyodönüşüm öncesi PEG ile muamele edilen ekstraktlarda ve fermentasyon işleminde L.plantarum 8014 suşunun kullanımı ile elde edilmiştir (%88.43). Biyodönüşüm öncesi ultrasonik yöntemle muamele edilen propolis örneklerinin radikal inhibisyon yüzdesi elde edilen en yüksek inhibisyon değerini takip etmiştir (%86.21). Hyaluronidaz aktivitesi % inhibisyon sonuçlarıyla ilgili olarak, en yüksek inhibisyon değeri, biyodönüşüm öncesi PEG ile muamele edilen ve fermentasyon süresince L.plantarum 8014 suşu kullanıldığında elde edilmiştir (%93.93) Sonuçlar, analiz edilen örneklerin antienflamatuvar aktivitesinin biyodönüşüm öncesi kullanılan ekstraksiyon yöntemleri ve spesifik L.plantarum suşlarına bağlı olarak oldukça yüksek olduğunu göstermiştir, antienflamatuvar aktivite için tüm parametreler açısından optimizasyon yapılması önerilir. Anahtar Kelimeler : Propolis, antienflamatuvar, fenol, enflamasyon
Polimerik nanomalzemelerin kanser tanısında kullanılabilirliğinin araştırılması
Kanser, kontrolsüz hücre bölünmesi olarak ortaya çıkan, invazyon ve metas-taz süreçleriyle birlikte vücudun diğer dokularına da yayılma eğilimi gösteren ölümcül bir hastalıktır. Kanserin tedavi edilebildiği durumlar da mevcuttur ancak teşhis süresi geciktiği zaman tedavi edilme imkanı oldukça zor olan, çoğunlukla da tedavi edilemeyen bir rahatsızlıktır. Bu nedenle kanserin erken teşhis edilmesi ve tedavi sürecinin titizlikle takip edilmesi gerekmektedir. Literatür araştırmalarında da kanserin her çeşidi için erken teşhise imkan sağlayabilecek yöntemler geliştirilmeye çalışılmakta ve bu yöntemlerin uygulamaya geçebilmesi için vali-dasyon, patentleme gibi ek işlemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu tez kapsamında bir kanser biyobelirteci olarak kullanılan CA 125'in erken teşhisine ve hastalığın takibinde kullanımına yönelik olarak elektrokimyasal tayine dayalı, az maliyetli, hızlı, pratik bir yöntem gelişmek için polimerik nanomalzeme geliştirilmesi, yön-temin optimize edilmesi ve geliştirilen yöntemin validasyonunun yapılması amaç-landı. Bu amaç doğrultusunda polimerik nanomalzeme olarak p(HEMA) polimerik nanomalzemesi sentezlendi ve elektrokimyasal tayinde kullanılan elektrot yüzeyi ile sağlam bir bağ oluşturması amacıyla p(HEMA) polimerik nanomalzemesine aşılama yöntemi ile L-Sistein amino asidi kovalent olarak bağlandı. Aşılama sonrası elde edilen Cys-graft-p(HEMA) polimerik nanomalzemesi karakterize edildi. Karakterizasyon amacıyla; yüzey morfolojisini görüntülemek için cam yü-zeyde ve altın yüzeyde SEM fotoğrafları elde edildi, boyutlarını belirlemek ama-cıyla Zeta-Size analizleri gerçekleştirildi, kimyasal kompozisyonunu belirlemek amacıyla FTIR analizleri gerçekleştirildi ve L-Sistein'in yapıya ne kadar katıldığını belirlemek amacıyla elementel analiz gerçekleştirildi. Karakterizasyonlar so-nucunda 50 nm boyutlarında küresel morfolojide ve yapısında gram polimerik nanomalzeme başına 0,011 mmol L-Sistein içerdiği belirlendi. Karakterizasyon sonrasında CA 125 tayin koşullarını optimize etmek amacıyla; polimerik nano-malzemenin elektrot yüzeyine bağlanma süresinin optimizasyonu, CA 125 antiko-runun bağlanma süresinin optimizasyonu, CA 125 tayin süresinin optimizasyonu ve CA 125 tayin aralığının optimizasyonu gerçekleştirildi. Bu optimizasyonlar sonucunda Cys-graft-p(HEMA) polimerik nanomalzemesinin optimum bağlanma süresi 2 saat, CA 125 antikorunun bağlanma süresi 1 saat, CA 125 tayin süresi 10 dk olarak belirlendi. CA 125 tayin aralığı için yapılan denemelerin sonucunda lineer tayin aralığı 5-400 U/mL olarak belirlendi, aralığın doğrusal olduğu F-testi ile doğrulandı. Tespit limiti (LOD) 1,87 U/mL olarak hesaplanırken tayin limiti (LOQ) 5,62 U/mL olarak belirlendi. Yapılan deneme ve hesaplamaların ardından tekrarlanabilirlik denemeleri amacıyla 5 kez çift tekrarlı olacak şekilde ölçümler tekrarlandı. Yapılan tekrarlar sonucunda gerçeklik için yapılan t testi p=0,05 ve serbestlik derecesi 4'e göre sonuçların gerçeklik değeri içerisinde yer aldığı belir-lendi. Tekrarlanabilirlik denemeleri sonucuna göre kesinlik değerini belirlemek amacıyla uygulanan Cochrane testi ve Grubb testine göre sonuçlar %1 ve % 5 kri-tik değerlerine göre kesinlik aralığın içinde bulundukları belirlendi. Yapılan ista-tistiksel hesaplamalar bakımından kesinlik ve gerçeklik değerleri içerisinde bu-lunduğu için sonuçların doğruluk aralığı içerisinde olduğu belirlendi. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda kısa tayin süresi, geniş tayin aralığı, yöntemin doğruluğuna göre günümüzde uygulanan CA 125 tayin yöntemlerine alternatif bir yöntem olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.
Organize sanayi bölgesi atıksularının su sümbülü (Eichhornia crassipes) kullanılarak fitoremediasyonu
Günümüzde bazı bitkiler ile gerçekleştirilen fitoremediasyon, biyoteknolojinin çok yeni bir alanıdır ve son yıllarda giderek artan bilimsel bir ilgi görmüştür. Bu çalışmada İzmir Tekeli Organize Sanayi Bölgesi arıtma tesisinden alınan çeşitli atık sularda (dengeleme havuzu, membran biyoreaktör çıkışı, nanofiltrasyon ve ters osmoz süzüntüleri) su sümbülü, Eichhornia crassipes yetiştirilmesi ve bu suların E.crassipes yardımıyla arıtılması ile ilgili laboratuvar ölçeğinde denemeler gerçekleştirilmiştir. E.crassipes ile denemeler 22˚C ve 25˚C olmak üzere iki farklı sıcaklık değerinde gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda su sümbüllerinin her iki sıcaklıkta da membran biyoreaktör sonrası çıkış suyunun ve dengeleme havuzu ham atık sularının pH, iletkenlik, tuzluluk, toplam çözünmüş katı madde, toplam azot, nitrat azotu, sodyum ve kalsiyum miktarlarında önemli giderimler gerçekleştirdiği gözlemlenmiştir. Bunun yanında E.crassipes ters osmoz ve nanofiltrasyon konsantrelerindeki bazı parametrelerde giderimler gerçekleştirdiği fakat yüksek tuzluluk değerleri bitkinin sağlıklı gelişimini sınırlandırdığı görülmüştür. Ayrıca yapılan tuzluluk denemeleri sonucunda su sümbülü bitkisi için letal tuzluluk değeri 3 ppt olarak bulunmuştur.
Hedera helix L. bitkisinden standardize ürün hazırlanmasına yönelik ekstraksiyon optimizasyonu ve ultra HPLC-CAD ile analiz yöntemi geliştirilmesi
Bu çalışmada ilaç hammaddesi olan Hedera helix L. (Duvar sarmaşığı) bitkisinin içerdiği hederasaponin C, -hederin ve hederagenin gibi etken maddeler için var olan miktar tayini metotlarına alternatif, daha hızlı ve güvenilir olan yeni bir metot geliştirilmiş ve valide edilmiştir. Analizler için geliştirilen yöntemde C18 kolon (100 x 4 mm i.ç., 3 µm) ve asetonitril:su mobil faz olarak kullanılmış ve akış hızı 1,25 ml/dk olarak ayarlanmıştır. Ayrıca bu çalışmalar yeni bir dedektör teknolojisi olan Charged Aerosol Dedektör (CAD) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Hedera helix L saponinlerinin CAD ile analizine yönelik literatürde kayıtlı bir çalışma bulunmamaktadır. Bu tez kapsamında sadece literatüre değil aynı zamanda ilaç sanayisine yeni, ekonomik ve çevreci bir analiz metodu kazandırılmıştır. Anahtar kelimeler: Hedera helix L., U-HPLC, validasyon, Charged Aerosol Dedektör (CAD), hederasaponin C
Fenil alanin hidroksilaz ( PAH) genindeki nükleotid yer değişimlerinin enzim aktivitesi ile ilişkisi
Hyperphenylalaninemia (HPAs), en sık görülen ve doğuştan gelen metabolizma bozukluğudur (1: 10.000), resesif kalıtımlı ve fenilalanin hidroksilaz (PAH) genini kodlayan mutasyonlar sonucunda meydana gelmektedir. PAH L-Fenilalanini , L-Tyrosine dönüştürmektedır. PAH süprese olmasıs L-Phe ve toksik metabolitlerin birikimine yol açmaktadır . HPAs Phe serum seviyelerine uygun olarak üç grupta incelenmektedir : 1. Klasik PKU 2. Hafif PKU 3.Hafif HPA . kromozom 12 üzerinde yer alan PAH geni, 171 kb ve 13 eksondan oluşmaktadır. Bugüne kadar PKU için 600'den fazla etken mutasyonlar , tüm PAH genine tarif edilmekte olup , bunlardan : %62 missens mutasyon ; %14 delesyon ; %11splise sit mutasyon %6 nonsens mutasyon ;%2 insersiyondur . PAH, hepatik monooksijenaz ve 452 amino asitli 6R-L-eritro-5,6,7,8-tetrahidrobiopterin (BH4) ve moleküler oksijen kullanarak L-Phe , L-Tyr dönüşümünü kataliz etmektedir. PAH üç domaindan oluşur : 1. N-terminal düzenleyici domain 2. Geniş katalitik domain 3. C-terminal tetramerizasyon domain . Ayrıca HPA ilk tanımlanan metabolik bozukluğudur ve klinik semptomları önlemek için kısıtlı-Phe diyeti tedavi olarak saptanmıştır. Benim tezin amacı 25 PKU hastalarında ve 25 taşıyıcılarda PAH geninin moleküler analizi gerçekleştirmek için yapılmiştır. PAH mutasyonlarının analizi ve PAH geninin moleküler epidemiyolojisini tanımlayabilmek ve Ege'nin diğer bölgelerinden gelenlerden elde edilen verileri karşılaştırmak amaçlandı. PAH geninin analizi, amplifikasyon ve tüm gen direk sekanslama ile, periferal kandan genomik DNA ekstraksiyon yoluyla gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın son aşamasında, optimize edilmiş negatif hastalarda PKU etken mutasyonların tespitlenmesi, intron ve düzenleyici bölgeler dahil olmak üzere tüm PAH geninin dizi analizi yapılmıştır. Sonuç olarak, bizim çalışmamızda, hastalarda PAH geninin taşıyıcı veya kalıcılık riski mutasyonların epidemiyolojisi ve aile içinde PKU prenatal tanı, PKU hastalarında BH4 duyarlılığı, mutasyonları ve fenotip ile hastalığın ilişkisi saptandı . Veri görünümünde, ülkemizde meydana gelen çeşitli yerleşimler tarihsel ve antropolojik noktanın yenilenmesine yardımcı olabilirliği amaçlanmıştır.
Vanilya (Vanilla planifolia L.) bitkisinde in vitro rejenerasyonların sağlanması ve hücre süspansiyonlarında metil jasmonat elisitörünün biyokütle üretimine etkileri
Vanilya, dünya piyasalarında yüksek fiyatla satılan ve çok talep gören bir üründür. Doğal vanilya yüksek ekonomik değere sahiptir ve safranın ardından dünyanın ikinci en pahalı baharatlarından biridir. Ekonomik değerine rağmen, diğer orkide türleri arasında vanilya bitkisi, üzerinde, en az çalışılanlardan biri olmuştur (Arenas and Dressler, 2010). Vanilyanın sentetik formu (vanilin), başlangıç maddeleri (koniferin, guaiakol, öjenol ve lignin) kullanılarak çeşitli kimyasal yöntemler ile fabrikalarda elde edilebilmektedir, ancak vanilya aroması doğal olarak sadece vanilya meyvesinden sağlanabilmektedir (Rao and Ravishankar, 2000). Türkiye'nin bazı bölgeleri vanilya bitkisini yetiştirmek için uygun iklime sahip olmasına rağmen, bu bitki Türkiye'de yetiştirilmemektedir. Bu nedenle tez çalışmasında vanilya bitkisinin in vitro koşullarda rejenerasyonuna yönelik araştırmalar gerçekleştirilmiştir. Tez çalışmasında, olgunlaşmış Vanilla planifolia'nın tohumları, genç yaprakları, nod ve havai kök eksplantları başlangıç materyali olarak kullanılmıştır. Çalışmada nod eksplantlarından en yüksek kallus rejenerasyonu (%80) VK4 besin ortamında (MS+1 mg/L 2,4-D + 1 mg/L BAP) elde edilirken, VK3 (MS+1 mg/L 2,4-D + 0,5 mg/L BAP) ve VK6 (MS+1 mg/L BAP + 0,5 mg/L NAA) besin ortamlarında ise %100 oranında doğrudan sürgün rejenerasyonları sağlanmıştır. Ayrıca VK6 ortamında %50 oranında köklenme yüzdesi elde edilmiştir. VK2 (MS+1 mg/L 2,4-D + 0,5 mg/L KIN) ortamında dolaylı sürgün rejenerasyon oranı %33,3 olarak belirlenirken, VK4 ortamında ise %71,4 oranında dolaylı embriyo oluşumları saptanmıştır. Araştırmada tüm embriyolar globuler aşamada kalmıştır. Tohum ve diğer eksplantlardan elde edilen 0,5 g yaş ağırlıktaki kalluslar, en başarılı kallus rejenerasyonunun sağlandığı sıvı besin ortamı içerisinde kültüre alınmıştır (karıştırma hızı: 100 rpm; inkübasyon sıcaklığı:24±2°C). Kültürler karanlıkta tutulmuştur. Kurulan hücre süspansiyon kültürlerinde büyüme parametreleri belirlenmiştir. 0, 7, 14, 21 ve 42. günlerde gerçekleştirilen analizler sonucunda MeJa uygulamalarında en yüksek yaş ve kuru ağırlık değerleri (0,0519 g/ml; 0,0104 g/ml) 100 µM MeJa uygulamasıyla 21. günde elde edilmiştir. Kültürün 6. haftasında hücre süspansiyon kültürlerinde globuler embriyo oluşumları görülmüş ve en yüksek kuru biyokütle oranına (%30,8) 100 µM MeJa uygulamasında ulaşılmıştır. Anahtar sözcükler: Vanilya, Vanilla planifolia L., In Vitro, Hücre Süspansiyon Kültürü, Metil Jasmonat
Domateste bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığına karşı dayanıklılık mekanizmasıyla ilişkili olabilecek genlerin ifadelerinin belirlenmesi
Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) adlı bakteriyel etmen domateste bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığına neden olmaktadır. Bu hastalığa karşı dayanıklılık çok genle kontrol edilmekte ve bu genler domatesin yabani türlerinde (Solanum pimpinellifolium, Solanum hirsutum ve Solanum peruvianum) bulunmaktadır. Bu çalışmada, Cmm etmenine karşı dayanıklılık mekanizmasından sorumlu gen/genlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, domatesin dayanıklı hatları (LA 407, LA 2157), hassas hatları (BATEM, Moneymaker) ve LA 2157 hattı ile BATEM 1 nolu saf hat arasındaki F1 melezlerinin Cmm patojenine karşı savunma mekanizmalarında etkili olabilecek 16 farklı genin ifade profilleri analiz edilmiştir. Dayanıklı ve hassas hatlara ait bitkiler, ülkenin farklı bölgelerinden toplanmış ve virülensliği yüksek 10 Cmm izolat karışımı ve kontrol gurubu olarak saf su ile gövdeden inoküle edilmiştir. İnokülasyon sonrası 1, 2, 4, 6, 8, 10 , 12 saat ve 1, 2, 4, 6, 8, 10, 12'inci günlerde, her bir bitkiden inokülasyon noktasının 1 cm altından ve 1 cm üzerinden örnekler alınmıştır. Alınan bitki örneklerinde 16 geninin ifadelerindeki değişim real-time PCR ile araştırılmıştır. LA 2157 ve LA 407 hatlarında, BATEM ve Moneymaker hatlarına göre yüksek oranda dayanıklılık tespit edilmiştir. Hastalık şiddeti bakımından değerlendirildiğinde ise LA 2157 hattının, LA 407 hattına göre daha dayanıklı olduğu belirlenmiştir. Hem hassas hem de dayanıklı hatlarda ERF/AP2 geni, Pti5 geni, ACO1 geni, sınıf II kitinaz geni, W-IP Sn-1 geni, ekstensin benzeri protein (ELP), K-1 TF geninin erken ve geç dönemde ifadelerindeki artış, bu genlerin Cmm dayanıklılık mekanizmasında etkili olabileceğini göstermektedir. Hassas Moneymaker ve BATEM 1 hatlarında VWP geninin erken dönemde en yüksek ifadeye ulaşması ve dayanıklı LA 2157 hattında ise geç dönemde en yüksek ifade profili göstermesi, bu genin Cmm etmenine karşı duyarlı tepkide ve temel savunma sisteminde rol oynayabileceğini düşündürmektedir. Ayrıca, EIX R1 geninin LA 2157 ve LA 407 dayanıklı hatlarda en üst ifadeye erken dönemde ulaşması, bu genin temel savunma mekanizmasıyla ilgili olabileceğini göstermektedir.
Spinal musküler atrofi'li farelerde, adeno ilişkili virüs serotipi 9 vektörü kullanarak prenatal gen tedavisi
SMN gen ekspresyonunun intrauterin (IU) şeklinde düzeltilmesi SMA hastalığın tedavisinde kritik bir yaklaşım olabilir. Bu çalışmada, fare embriyolarına rAAV9-SMN vektörün intraserebroventriküler (ICV) enjeksiyonu ile hastalığın semptomlarının yok edilmesi araştırılımıştır. Gen tedavisi çalışması için, 4 x 10^10 vgk ss ya da scAAV9-SMN vektörlerden ICV enjeksiyonu ile sırasıyla, 44 ve 39 adet SMA fetüsüne aktarılmıştır. Doğumdan sonra, Enjekte edilmiş embriyoların SMN protein ekspresyonu, sağ kalım süreleri ve hastalık semptomlarının iyileşmesi araştırılmıştır. IU şeklinde enjekte edilmiş SMA'lı fetüslerin canlı doğum oranı yaklaşık %43.85'dir ki total hayatta kalma oranından (%69.41) daha düşüktür. Ss ve scAAV9-SMN vektörlerinin prenatal aktarılması SMA'lı fetüslerinin yaşam sürelerini artırarak sırasıyla 63±30 ve 105±50 gün hayatta kalmalarını sağlamıştır. Her iki çalışma grubunda motor nöron sayısı ve kas patolojisinde iyileştirmeler saptanmıştır, ancak scAAV9-SMN vektörünün etkinliği ss-vektörden daha fazla belirlenmiştir. Sonuç olarak, rAAV9-SMN vektörlerin intrauterin ICV enjeksiyonu SMA hastalığın tedavisi için yeni bir terapötik yaklaşım sunabilir. Ancak, bu yöntemin anne ve embriyo için güvenirliğini incelemesi konusunda fazla araştırma yapılmalıdır.
Türkiye'deki kistik fibrozisli hastalarda CFTR geni DNA varyantlarının karakterizasyonu ve fenotipik özellikleri ile ilişkisi
Kistik fibrozis birçok vücut sistemini etkileyen otozomal resesif bir hastalıktır. Kistik fibrozis transmembran regulatör (CFTR) geninde meydana gelen mutasyonlar, bu haslığa neden olur. CFTR geni insanda kromozom 7 üzerinde lokalize olup 250000 nükleotidden meydana gelir. ABCC7 olarakta bilinen CFTR proteini hücrede kanal proteini olarak görev yapar ve klor iyonlarının hücre içine ve dışına geçişini kontrol eder. CFTR genindeki mutasyonlar, CFTR proteininin yapısında değişikliğe neden olabilir. Sağlıklı (control grup) 25 bireylerden ve kistik fibrozis şüphelisi 30 bireylerden genomik DNA örnekleri DNA sekans yöntemi ile karşılaştırılmıştır. Tüm gen analizi ile CFTR genindeki mutasyonlar tespit edilmiştir. Sağlıklı bireylerin hiç birinde hastalık yapıcı mutasyon gözlenmezken, buna karşın hasta grubunda, 26 farklı mutasyon gözlenmiştir. Hasta grubunda en yaygın gözlenen mutasyonlar ve görülme oranları sırasıyla, F508del (%13.3), F1052V (%13.3), I148T (%10), R297Q (%6.6), E92K (%6.6), E632X (%6.6), bunların yanında R74W (%3.3), G126D (%3.3), L183I (%3.3), G178R (%3.3), K174X (%3.3), R347P (%3.3), E379X (%3.3), T388M (%3.3), M472V (%3.3), G542X (%3.3), I807M (%3.3), I982I (%3.3), L1034F (%3.3), Y1092H (%3.3), K1165E (%3.3), T1220I (%3.3), S1235R (%3.3), W1282X (%3.3), S1426F (%3.3) mutasyon oranları saptanmıştır. Çalışmamızda veri tabanında yer almayan altı yeni mutasyon ilk olarak tanımlandı. Bu mutasyonlardan üçü misens (M472V, K1165E, L1034F) biri sinonim (I982I) ve iki taneside stop kodon (K174X, E632X) mutasyonlarıdır.
Bazı yeşil mikroalglerin karotenoid profillerin belirlenmesi
Mikroalglerin çok çeşitli kullanım alanlarına sahip oldukları bilinmektedir. Hayvan yemi, gübre, biyodizel, gıda boyası gibi farklı ticari ürünlerin yanı sıra farmasötik potansiyelleri yüksek olduğundan ilaç ve kozmetik sanayide de sıklıkla kullanılan mikroorganizmalardır. Mikroalglerin kullanılmasının nedeni yapısal çeşitliliği yüksek metabolitler üreten organizmalar olması ve içerdikleri karotenoid yoğunluğuyla dikkat çekmeleridir. Faydalı etkileri çok sayıda çalışmayla ortaya çıkarılmış, yüksek satış fiyatı ve geniş market alanına sahip olan karotenoidlerin yerel kaynaklardan elde edilmesi, hem kaynakların verimli bir şekilde kullanılması hem de sürdürülebilirliği sağlayacağı ekonomik katkılar açısından oldukça önemlidir. Yapılan çalışmada mikroalgler üzerine üç farklı stres parametresi (karıştırma hızı, ışık şiddeti ve azot kıtlığı) uygulanmış ve maksimum toplam karotenoid miktarı elde edilmek üzere bu parametrelerin optimizasyonu yapılmıştır. Uygulanan istatistiksel analiz yöntemiyle dört mikroalg türü için optimum stres parametreleri bulunmuştur. Optimizasyon modellerinin tümünde regresyon katsayısı (R2>0,90) kabul edilebilir sınırlar içerisinde çıkmıştır. Optimum koşullarda üretilen türlerin toplam karotenoid miktarları; Chlorella vulgaris 23,78 mg/g biyokütle, Ankistrodesmus convolutus 24,13 mg/g biyokütle, Tetraselmis striata 8,59 mg/g biyokütle ve Dunaliella salina 5,51 mg/g biyokütle olarak bulunmuştur. En yüksek toplam karotenoid miktarı A. convolutus için bulunduğundan, bu türle optimum koşullarda panel fotobiyoraktörde üretim yapılmıştır. Üretimin sonunda 4,55 g kuru biyokütle elde edilmiştir. Elde edilen biyokütlenin içinde 20,86 mg/g biyokütle klorofil a, 54,86 mg/g biyokütle klorofil b ve 35,72 mg/g biyokütle toplam karotenoid olduğu hesaplanmıştır. Reaktörden hasat edilen kuru biyokütlenin ekstraksiyonunu kolaylarştırmak için yapılan farklı hücre parçalama tekniklerinden en verimlisi çelik bilyelerle yapılan parçalama işlemi olmuştur. En verimli parçalama tekniği seçildikten sonra ultrasonik ekstraksiyon ve mikrodalga ekstraksiyonu yapılmış, ekstraktlar HPLC-DAD cihazı ile analiz edilmiştir. Analiz sonucunda ultrasonik ekstraksiyon uygulanan örnekteki toplam karotenoid miktarı 0,98 mg/g biyokütle bulunmuştur. Bu tez çalışması ile ülkemiz biyoçeşitliliğinden izole edilen yeşil mikroalg türlerinin karotenoid üretimi koşulları belirlenmiş ve profilleri çıkarılmıştır. Buna ek olarak, çalışma daha sonraki akademik çalışmalara yol gösterici olabilecek içeriğe ve özgünlüğe sahip olarak hazırlanmıştır. Anahtar sözcükler: Chlorophyta, mikroalg, karotenoid, Box-Behnken.
Bacopa australis'in in vitro koşullarda mikroçoğaltımı
Bu tez kapsamında; Bacopa australis bitkisinde farklı büyüme düzenleyicileri (BBD) içeren besin ortamlarının, kültür tiplerinin, farklı substratlar içeren çeşitli hacimlere sahip kültür kaplarının in vitro koşullarda kitlesel çoğaltımdaki rollerinin değerlendirilmesi amacıyla, hızlı ve ekonomik bir mikroçoğaltım prosedürünün belirlenmesi üzerine çalışmalar yapılmıştır. Araştırmamızda; B. australis bitkisine ait nod parçaları mikroçoğaltım için eksplant kaynağı olarak kullanılmıştır. Çalışmanın ilk aşaması; BAP, IBA ve NAA bitki büyüme düzenleyicilerini (BBD) içeren yarı katı MS besin ortamlarında yapılmıştır. Uygulanan besin ortamlarına göre en başarılı sonuçlar; 3 mg/l BAP ve 1 mg/l IBA bitki büyüme düzenleyicilerini içeren agarla katılaştırılmış yarı katı MS besin ortamında, ortalama sürgün sayısı 17.71 adet/eksplant ve sürgün uzunluğu 5.53 cm/eksplant olarak tespit edilmiştir. İkinci aşamada ise, eksplantların dört farklı substrata karşı verdiği tepkiler araştırılmış ve agar ile katılaştırılmış besin ortamındaki eksplantların diğer substratlara göre sürgün sayısı ile sürgün uzunluğu açısından daha iyi olduğu saptanmıştır. Üçüncü aşama ise, eksplantların kültür tiplerine verdiği cevapları incelemek olmuş ve çift fazlı kültür sistemi, çoklu sürgünlerin oluşumundan tam bitkinin eldesine kadar geçen süreyi yarı yarıya kısaltması ve daha ekonomik bir seçenek olmasıyla bir adım öne çıkmıştır. Bu sistemde elde edilen en yüksek sürgün sayısı 13.63 adet/eksplant ve kök sayısı 18.52 adet/eksplant olarak tespit edilmiştir. Dördüncü aşamada eksplantların farklı kültür kaplarına tepkileri araştırılmış ve sürgün kültürleri için en yüksek değerlerin elde edildiği kültür kabı tipinin Vitrovent olduğu belirlenmiştir. Son aşamada ise, in vitro kültürlerden elde edilen bitkicikler dere kumu içeren akvaryuma aktarılmışlardır. Aklimatizasyonun 30. gününde bitkiciklerin canlılık oranlarının %100 olduğu tespit edilmiştir.
Prostat kanser kök hücrelerınde megalin ekspresyonunun sonic hedgehod (SHH) yolağı ile ilişkisinin incelenmesı
Gelişmiş prostat kanseri başlangıçta androgen baskılayıcı terapiye (ADT) yanıt verse de, bu tedavi agresif ve genellikle iyileştirilemeyen durumla sonuçlanmakta ve hastalığın invazif ve metastatik kastralasyon dirençli prostat kanserlerin gelişmesi yönündeki (mCRPCs) progresyonunun halen karşısı alınamamaktadır. Mevcut tedaviler genellikle neoplastik, hızlı büyüyen kanser hücrelerini hedeflemekte, oysa tedavinin daha etkili ve başarılı olabilmesi için kanser hücre populyasyonu içerisinde az sayda hücreden oluşan kanser kök hücrelerinin (KKH) hedeflenmesi gerekmektedir. KKH, geleneksel tedavilere dirençten, invazyondan ve hatta metastazdan sorumlu tutulan, tümör yapısı içinde çok az sayıda hücreden oluşan, kök hücre gibi sonsuz sayıda bölünebilen ve sessiz kalabilen hücre gurubudur. KKH'de SHH, Wnt, Notch ve BMP yolakları gibi çok yönlü sinyal yolaklarının düzenlenmesindeki bozukluklar kanser oluşumu ve yayılması ile ilişkili bulunmaktadır. SHH sinyali prostat bazal/kök hücrelerin prostat KKH'e transformasyonunda yer alarak KKH devamlılığı, sağ kalımını düzenlemektedir. Sağlıklı dokularda megalin/LRP2, SHH reseptörü işlevi yaparak SHH yolağını duruma-bağlı olarak uyaran veya baskılayan bir endositik reseptördür. KKH'de SHH yolak inhibisyonu için megalinin bir biyolojik belirtec olasılığını saptanması KKH'ni yok etmek, dolayısı ile ilaça direnci azaltmak, olası invazyon ve metastazı önlemek için ümit verici tedavi hedefi sunmaktadır. Ancak megalin ekspresyon ve işlevini etkileyen prostat KKH' ne özgü genetik ve epigenetik faktörlerin daha detaylı incelenmesi, megalin-aracılıklı SHH yolak düzenlenme mekanizmasına yönelik yeni fonksiyonel çalışmaların yapılması, elde edilen verilerin prostat kanser hasta klinik verileri ile karşılaştırılması gerekmektedir. Bunun ynı sıra prostat KKH'de SHH yolağı ve Wnt, Notch ve BMP, TGFß yolakları gibi çok diğer yolaklar arasındaki karşılıklı etkileşim araştırılmalıdır.
Talasemi nedensel geni HBB DNA variantlarının saptanması ve protein fonksiyonlara etkisi
Beta talasemi (β talasemi), mikrositik hipokromik anemi, çekirdekli kırmızı kan hücreleri bulunan anormal periferik kan yayması ve düşük hemoglobin A (HbA) ile sonuçlanan hemoglobin alt birim beta'nın (hemoglobin beta zinciri) sentezinin azalması ile karakterizedir. Talasemi majörlü bireylerde şiddetli anemi ve hepatosplenomegali görulup ; Genellikle yaşamın ilk iki yılında tıbbın dikkatini çekmektedirler. Tedavi edilmeden etkilenen Çocukların gelişmesi ciddi derecede başarısız ve yaşam süresini kısalmasına neden olmaktadır. Transfüzyon demirin aşırı yüklenmesini azaltan düzenli bir transfüzyon programı ve şelasyon tedavisi ile normal büyüme ve gelişmeyi sağlamak ve genel prognozu önlemek amaclanmiştir. HBB geninde yaklaşık 400 mutasyonun oluştuğu tespit edilmiştir. Mutasyonların çoğu, HBB geninin içinde tek bir DNA yapı bloğunda (nükleotid) bir değişiklik ile saptanılmaktadır. Beta-globin üretimini azaltan HBB gen mutasyonları, beta-plus (B + ) talasemi adı verilen bir duruma neden olduğu ve Hücrelerin herhangi bir beta-globin üretmesini engelleyen mutasyonlar ise beta sıfır (B 0 ) talasemi ile sonuçlanan mutasyonların analizi araştırılmıştır .
Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde genotyping by sequencing (GBS) metodunu kullanarak populasyon yapısının belirlenmesi
Bu çalışmada, Türkiye ve farklı ülkelerden toplanmış, 173 adet Phaseolus vulgaris genotipleri arasındaki genetik çeşitliliğin ve popülasyon yapısının Genotyping by Sequencing (GBS) metodu ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu çalışma ile ilk kez fasulyede GBS metodu kullanılmıştır. GBS metodu ile fasulye genomunda bulunan Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markırları saptanmıştır. GBS analizi sonucunda 1500 SNP elde edilmiştir. Markırların ortalama PIC değeri 0,2 olarak tespit edilmiştir. SNP markırları kullanılarak STRUCTURE programında popülasyon yapısı belirlenmiştir ve 173 genotip kendi arasında 3 guruba (K=3) ayrılmıştır. Elde edilen bulgulara göre Andean ve Mezoamerikan gruplarına başarılı bir şekilde ayrıldığı görülmüştür. Fasulyede ilk kez yüksek yoğunluklu markır kullanılarak genetik çeşitlilik analizi gerçekleştirilmiştir.