Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Kanserli hastalarda fungal kolonizasyon ve soyutlanan maya türlerinin antifungal duyarlılıklarının araştırılması

Kanserli 62 hasta sürveyan kültürlerle fungal kolonizasyon yönünden izlenmiş; kolonize olgulardan soyutlanan maya türlerinin in vitro antifungal duyarlılıkları ketokonazol için disk diffüzyon yöntemiyle, amfoterisin B ve flukonazol için tüpte sulandırım yöntemiyle araştırılmıştır. Olguların %69.3'ünde fungal kolonizasyon saptanırken en sık kolonize olan bölgenin orofarinks olduğu (%48.5) görülmüştür. Ayrıca antifungal kemoprofilaksi uygulanan olguların %65'inde fungal kolonizasyon gözlenmiştir. Antifungal duyarlık deneylerinde amfoterisin B'ye direnç %12.5 gibi düşük bir oranda bulunurken ketokonazol ve flukonazol'e ilişkin sonuçların antifungal direncine yönelik ipuçları taşıdığı gözlenmiştir.

Malatya'da hepatit E virus seroprevalansının araştırılması

50 ÖZET İlimizde hepatit E virüsünün seroprevalansını saptamak ve virüsün çeşitli gruplarda epidemiyolojik özelliklerini araştırmak için bu çalışma planlandı. Farklı sosyo-ekonomik düzey ve yaş gruplarından 600, kan donörlerinden 216, hemodiyaliz hastalarında 74, ve mevsimsel dağılımı incelemek için 310 olmak üzere toplam 1261 kişiden sağlanan serum örneklerinde EIA yöntemiyle anti-HEV IgM ve anti-HEV IgG antikorları araştırıldı. Normal populasyondan alınan 600 serum örneğinin 59'unda (%9.8) anti-HEV antikorları saptandı. Seropozitif örneklerin 42'sinde (%7) anti-HEV IgG, 11 'inde (%1.8) anti-HEV IgM, 6'sında (%1) ise her iki antikor birlikte pozitifti. Sosyo-ekonomik düzeyi yüksek grupta anti-HEV seropozitifliği %6.6, düşük grupta %13 olarak bulundu. Aralarındaki farkın anlamlı olduğu saptandı. HEV seropozitliğinin yaş gruplarına göre dağılımı incelendiğinde her iki grupta da 1 1-20 yaş grubunda anti-HEV seropozitifliği yüksekti. Anti-HEV seropozitifliği kan donörlerinde %9.8 (21/216), hemodiyaliz hastalarında %1.4 (1/74) ve gebelerde %14.8 (9/61) olarak saptandı. Hepatit E virüsünün mevsimsel dağılımını araştırmak için dört mevsimde topladığımız serumlarda, anti-HEV seropozitifliği en yüksek ilkbahar da (%13.4) saptanmış bunu sırasıyla kış (%10.8), sonbahar (%5.4) ve yaz (%4.3) mevsimleri izlemiştir. Sonuç olarak HEV seropozitifliğinin yağışların artması, sosyo ekonomik düzey ve eğitim seviyesinin düşmesi ile yükseldiği buna karşın51 hemodiyaliz, kan donörleri ve gebelerin bu enfeksiyon için özel bir risk grubu oluşturmadıkları gözlendi.

Solunum sistemi örneklerinden Moraxella (Branhamella) catarrhalis izolasyonu ve in-vitro antibiyotik duyarlılıkları

M. catarrhalis, 1970'lı yıllara kadar üst solunum yollarının kommensal elemanı olarak kabul edilen bir bakteri idi. Ancak günümüzde hem immünsupresif, hem de immünkompetan hastalarda lokal ve sistemik infeksiyonlardan izole edilmesi nedeniyle önemi giderek artmaktadır. Solunum yolu örneklerinden M. catarrhalis'm izolasyonu, identifikasyonu ve in- vitro antimikrobiyal duyarlılıklarını araştırmak amacıyla bu çalışma yapıldı. Toplam 212 hastadan alınan 316 örnek M. catarrhalis açısından incelendi. Üst Solunum Yolu Infeksiyonlu 104 hastanın boğaz kültürlerinden çocuklarda %22.5, erişkinlerde %17.8 oranında M. catarrhalis izole edildi. Kreşe devam eden sağlıklı 56 çocukta %30.3, sağlıklı erişkinlerde %9.6 oranında orofaringial taşıyıcılık tespit edildi. Alt Solunum Yolu Infeksiyonlu 108 hastanın 14'ünden (%12.9) M. catarrhalis izole edildi. M. catarrhalis izole edilen hastaların yaş ortalaması 51 idi. %86'sında altta yatan patoloji vardı ve %64'ünde sigara öyküsü mevcuttu. İleri yaş, sigara öyküsü ve altta yatan bir hastalığın varlığı, M. catarrhalis infeksiyonlarına zemin hazırladığı tespit edildi. Tüm çalışma gruplarından toplam 71 M. catarrhalis izole edildi. 65 susta (%91.5) p-laktamaz aktivitesi mevcuttu. Suşların %91.5'inde ampisilin, %7'sinde trimetoprim-sulfametoksazol, %15.4'ünde tetrasiklin ve %25.3'ünde sefaklor direnci tespit edildi. Tüm suşlar amoksisilin- klavulanik asit, eritromisin, azitromisin, sefuroksim, sefiksim, sefotaksim ve ofloksasine duyarlı bulundu. 1977'de p-laktamaz üreten ilk M. catarrhalis susunun bildirilmesinden bu yana suşların p-laktamaz üretimi giderek artmıştır. Günümüzde bu oran %90'ın üzerindedir. Ampisilin ve diğer bazı antibiyotiklere karşı direnç gelişmiş olması bu bakterinin ileriki yıllarda öneminin giderek artacağını düşündürmektedir. Bu nedenle özellikle solunum yolu örneklerinde bu bakterinin izolasyonunun rutin çalışmalara dahil edilmesi yararlı olabilir.

Hepatit B enfeksiyonunda HBV suşlarının DNA polimeraz geni mutasyonları ve lamivudin adefovir, entekavir, telbivudin ve tenofovir ilaç direnci analizi

Hepatit B virüs (HBV) enfeksiyonları tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de önemli bir halk sağlığı sorunudur. Dünya üzerinde HBV ile karşılaşmış iki milyar kişi olup, bunların 400 milyonu HBV taşıyıcısıdır. HBV enfeksiyonu klinik olarak akut, fulminant, kronik hepatit veya kronik taşıyıcılık olarak görülebildiği gibi karaciğer sirozu ve hepatoselüler karsinomaya (HCC) da yol açabilmektedir. Her yıl yaklaşık bir milyon kişi siroz ve HCC gibi HBV ilişkili nedenlerle ölmektedir. Dünyadaki HCC olgularının %60-80?i HBV ile ilişkilidir. HBV?li hastalarda tedavinin düzenlenmesi ve antiviral cevabın değerlendirilmesi açısından DNA düzeyi önemli bir kriterdir. Tedavi uygulanan hastalarda son zamanlarda nüleotid anologlarına karşı artan oranlarda direnç gelişimi izlenmekte ve maliyeti oldukça yüksek olan tedavinin sonuçsuz kaldığı görülebilmektedir. Antiviral ajanlara karşı oluşan direnç gelişiminin ana sebebi, HBV polimeraz enziminin hata yapma oranının yüksek olması ve direçli mutant suşların uzun süreli ilaç kullanımı ile birlikte seleksiyona uğrayarak baskın hale gelmesidir. Bu çalışmada Hepatit B?li olgularda HBV DNA düzeyi ile birlikte serolojik ve biyokimyasal test sonuçları değerlendirilmiş, DNA polimeraz gen bölgesinde meydana gelmesi muhtemel antiviral dirence neden olan mutasyonlar araştırılmıştır. Çalışma, Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesinde Mart 2012- Ocak 2013 tarihleri arasında yapıldı. Örnekler çeşitli polikliniklerden HBV enfeksiyonu ön tanısıyla gönderilen ve yapılan rutin testler sonucunda serum HBsAg ve HBV DNA?sı pozitif olan hastalardan seçildi. Çalışmaya 64?ü (%64.6) erkek, 35?i (%35.4) kadın 99 hasta dahil edildi. Hastaların %79.8?i erişkin, %20.2?si çocuktu. Bu hastaların biyokimyasal parametreleri (ALT, AST) ve hepatit belirteçleri (HBsAg, HBeAg) ile HBV DNA düzeyleri aralarındaki ilişki karşılaştırıldı. Serum HBsAg, HBeAg ve transaminazlar (ALT, AST) ile HBV DNA düzeyleri arasındaki ilişki istatiksel olarak anlamlı bulundu. Ayrıca antiviral ilaçlara karşı direnç gelişimini belirleyen HBV DNA polimeraz gen mutasyonları pyrosekans DNA dizi analizi yöntemiyle (PyroMark Q24, QIAGEN, Almanya) araştırıldı. Bu amaçla 169, 173, 180, 181, 184, 194, 202, 204, 236 ve 250 numaralı kodonlar sekanslanarak ilaç direnci mutasyon analizi yapıldı. Yalnız bir hastada 204 numaralı kodonda meydana gelen mutasyon ile metiyonin aminoasidinin valin?e dönüşmesi sonucu lamivudin direnci saptandı. Tedavinin planlanmasında HBV-DNA düzeylerinin saptanması kadar, antivirallere karşı gelişen direncin araştırılması da önemli hale gelmektedir. Bu nedenle çalışmamızın bölgemizdeki ilaç direnci saptanması açısından önemi vardır. Anahtar Kelimeler: Hepatit B, HBV DNA, HBsAg, HBeAg, ALT, AST, pyrosekans dizi analizi, ilaç direnci

Pityriasis versicolor tanısında klinik örnek alma yöntemlerinin ve çeşitli besiyeri sonuçlarının karşılaştırılması

Pityriasis versicolor (PV, tinea versicolor) daha çok üst kol, boyun gibi üst gövdede ve yüzde görülen derinin yüzeysel mantar infeksiyonudur. Bu infeksiyonpembeden kahverengi hatta siyah rengine kadar değişen renklerde lezyonlara neden olabilir. Lezyonlarda pullanma tipiktir. Lezyonlar hipo ve hiper-pigmente olabilir. Genelde lezyonlar yuvarlak veya oval, maküler veya papüler olabilir. Bazı hastalarda hafif kaşıntı görülebilir. PV genelde asemptomatiktir ve çoğu hasta kozmetik bozukluktan şikâyet ederÇalışmada, PV tanılı 57 hasta incelendi. İnfeksiyonun tanısı hastaların lezyonlarından alınan klinik örneklerinin %10'luk KOH ile incelemesinde köfte-makarna görünümü ile konuldu. Lezyonlardan bistüri ve selofan-bantla alınan klinik örnekler modifiye Dixon ve Leeming-Notman agara ekildi ve beş gün süre ile 37C°'de bekletildi. Katalaz testi, Chremophor-EL, Sabouraud glikoz agar (SGA) besiyerinde üreme durumu ve Tween-60 eskülin besiyerindeki siyah zon oluşumu değerlendirildi. Candida Chromogenic Agar (CCA) besiyerindeki pigment oluşumu ile Tween 20, 40, 60 ve 80'deki presipitasyon zonlarına göre tür tanımı yapıldı. İzolatların 37°C ve 40°C'deki ısı toleransları incelendi. Ayrıca, izolatlara laktofenol pamuk mavisi ve gram boyamayla blastospor morfolojisi değerlendirildi. Çalışmada, lezyonlardan alınan örneklerin KOH ile incelemesinde köfte-makarna görüntüsü belirlendi. İzolatların hepsi katalaz pozitif idi. Klinik örneklerin 6'sı (%10.5) hiçbir besiyerinde üremedi, 7'sinde üreme oldu, ancak çoğaltılamadı için tür tayini yapılamadı. Diğer örnekler pasajlarda üredi ve identifiye edildi. Klinik örneklerin 27'sinde M. furfur, 10'unda M. slooffiae, dördünde M.sympodialis, ikisinde M. globosa saptandı. Diğer iki örnekte atipik Tween paterni görüldü ve identifiye edilemediKlinik örnek alma yöntemleri karşılaştırıldığında bistüri yönteminin daha iyi olduğu ve daha çok kepek alınımı gerçekleştirdiği ve daha iyi üreme olduğu görüldü. Bant yönteminin ise örnek almada yeterli olmadığı görüldü. Besiyeri performanslarına bakıldığında modifiye-Dixon besiyerinde daha çok koloni ürediği, ve üreyen kolonilerin çaplarının daha büyük olduğu görüldü. Çalışmada, Chremophor-EL ve Tween 60-eskülin testlerinin tür identifikasyonu ile uyumlu olmadığı görüldü. Anket sonuçları değerlendirildiğinde PV'un daha çok erkeklerde ve en çok 20-30 yaş grubunda olduğu görüldü. PV'un daha çok rekürren ve her iki cinste boyun sırt, göğüste olduğu görüldü. Wood ışığı ve pigmentasyon çeşidinin tür ile bir ilişkisi olmadığı belirlendi.

Çukurova bölgesindeki kadınlarda genital human papillomavirus infeksiyon prevalansı

Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin major etyolojik ajanıdır. Servikal kanser tüm dünyadaki kadınlar arasında en yaygın ikinci kanserdir. Bu çalışmada bölgemizdeki kadınlarda human papillomavirus infeksiyonunun prevalansının araştırılması amaçlanmıştır. Toplam 460 servikal sitoloji örneği 20-68 yaş arası kadınlardan toplanmıştır. HPV DNA tespiti için MY09/11 ve GP5+/6+ primerleri ile yapılan konsensus PCR (polimerase chain reaction) testi kullanılmıştır. HPV DNA pozitif örnekler HPVpU-1M/pU-2R ve HPVpU-31B/pU-2R primerleri ile sırasıyla yüksek riskli (HR; high risk) ve düşük riskli (LR; low risk) tipler olarak identifiye edilmiştir. Ayrıca servikal kanserde en yaygın görülen HR HPV tipleri olan HPV 16, 18, 31 ve 45 için HPV DNA pozitif bulunan örnekler tip spesifik PCR ile genotiplendirilmiştir. Toplam 460 örnekten 24 (% 5,2)'ü HPV DNA için pozitif bulunmuştur. HPV DNA pozitif 24 kadından 14'ünde (% 3) tek veya multiple infeksiyon şeklinde HR HPV tipi ve 10'unda (% 2,2) ise tek başına LR HPV pozitifliği tespit edilmiştir. HPV DNA pozitif 30 yaş ve üstü olan 24 kadında %33,3 oranı ile en sık görülen HR HPV tipi HPV tip 16 olup bunu sırasıyla HPV 45 (%20,8), HPV 18 ve HPV 31 (%4,2) izlemiştir. Sonuç olarak Çukurova bölgesindeki kadınlarda genital HPV infeksiyon prevalansı %5,2 bulunmuştur ve HPV infeksiyonunun epidemiyolojik araştırmalarının servikal kanser tarama stratejilerinin geliştirilmesi ve HPV aşılarının uygunluğunun gösterilmesi için gelecekte de sürdürülmesi önerilmektedir.

Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda respiratory syncytial virus (RSV) enfeksiyon insidansının araştırılması

Respiratory syncytial virus (RSV) enfeksiyonu bütün dünyada infant ve çocuklarda yüksek mortalite ve morbidite ile seyreden alt solunum yolu enfeksiyonlarının (ASYE) majör sebebidir. Bu çalışmanın amacı hastanede yatan ve ASYE olan infant ve çocuklarda RSV enfeksiyonlarının insidansının araştırılmasıdır. RSV enfeksiyonlarının hızlı ve doğru laboratuvar tanısı antiviral tedavinin başlanması, virusa karşı zamanında korunma ve kontrol önlemlerinin alınması için önemlidir. Ayrıca gereksiz antibiyotik tedavisini ve hastanede yatış süresini azaltacaktır. Çalışmaya Ocak 2011 ve Ocak 2012 tarihleri arasında alt solunum yolu enfeksiyonu olup hastaneye yatırılan toplam 323 hasta (0-15 yaş) dahil edilmiştir. Flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile alınan nazofaringeal sürüntü örneklerinde RSV antijeni direkt immunfloresan testi (DFA, Argene SA, France) ile, RSV RNA varlığı ise nested reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) yöntemi ile araştırılmıştır. Toplam 323 örneğin 95'inde (% 29,4) RT-PCR ile RSV RNA, 88'inde (% 27,6) ise DFA yöntemi ile RSV antijen pozitifliği tespit edilmiştir. Örneklerin 80'i (% 25) her iki yöntem ile pozitif, 220'si (% 68) ise her iki yöntem ile negatiftir. RT-PCR testine göre kıyaslandığında DFA testinin sensitivitesi % 84,2, spesifitesi % 96,5, pozitif prediktif değeri % 91 ve negatif prediktif değeri % 93,6 olarak bulunmuştur. Çalışma grubunda RSV enfeksiyonlarının insidansının % 29,4 oran ile oldukça yüksek olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak antiviral tedavinin erken başlatılması ve nozokomiyal yayılımın azaltılması için % 84 gibi yüksek sensitivite gösteren, daha hızlı bir test olan DFA'nın ilk tanı testi olarak kullanılması ve test sonucu negatif bulunan örneklerin RT-PCR ile çalışılması önerilir.

İnsan diploid hücresi kuduz aşısı (HDCV) ile ikinci kuşak hücre kültürü kuduz aşılarının etkinliklerinin karşılaştırılması

IV ÖZET İNSAN DİPLOİD HÜCRESİ KUDUZ AŞISI (HDCV) İLE İKİNCİ KUŞAK HÜCRE KÜLTÜRÜ KUDUZ AŞILARININ ETKİNLİKLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Dr. Nuri ÖZKÜTÜK. Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Manisa, TÜRKİYE Kuduz tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de güncelliğini ve önemini korumaktadır. Ülkemizde, temas sonrası profilakside, maliyeti oldukça yüksek olan doku kültürü aşılan, özellikle de insan diploid hücre kökenli aşı (HDCV) kullanılmakta ve bu durum önemli bir ekonomik kayba neden olmaktadır. Bu çalışmada Türkiye'de kullanılmakta olan hücre kültürü aşılarından insan diploid hücresi kuduz aşısı (HDCV). pürifiye civciv embriyon hücre kültürü aşısı (PCEC) ve pürifiye vero hücre kuduz aşısı (PVRV), etkinlik ve maliyet açılarından karşılaştırılarak ülkemiz şartları için avantajlı olan kuduz aşısının saptanması amaçlanmıştır. İzmir Konak Kuduz Tedavi Merkezi'de değişik kuduz aşılarıyla (HDCV, PCEC, PVRV) profılaksiye başlanan olgulardan ilk doz aşıdan sonraki 30'uncu, 90'ıncı günlerde ve 1 yıl sonra alınan serum örneklerinde kuduz nötralizan antikor düzeyi geliştirdiğimiz Aşı Antijenli ELISA yöntemi ile saptanmıştır. Elde edilen sonuçlar değerlendirildiğinde HDCV, PCEC ve PVRV ile sırasıyla %99.1, %100 ve %97.8 oranında koruyucu düzeyde antikor (0.5 lU/ml) geliştiği ve aşılar arasında immunojenite açısından fark olmadığı görülmüştür. Sonuç olarak PVRV ve PCEC aşılarının HDCV aşısı kadar effektif olduğuna karar verilmiştir. Anahtar Kelimeler: Kuduz, HDCV, PCEC, PVRV, aşı, karşılaştırma, etkinlik, nötralizan antikor.

Astım ve KOAH' lı hastaların akut ataklarında viral solunum yolu infeksiyon etkenlerinin chip tekniğiyle araştırılması

ÖZETAstım ve kronik obstruktif akciğer hastalığı (KOAH)' nda akut atak bu hastalıklardayaşam kalitesini azaltması ve mortalite-morbiditeye olan etkisinden dolayı önemlidir. Akutatakların %90' ından infeksiyonlar sorumlu tutulmaktadır. Bunların da yaklaşık %50' sindebakteriler, %30' unda virüsler, %10-20' sinde de atipik etkenler saptanmaktadır.Bu solunum yolu patojenlerini saptamaya yönelik en sık kullanılan konvansiyonel testler,virüsün hücre kültüründe izolasyonu (viral kültür) ve/veya immunfloresan (IF) yöntemiyleviral antijen saptanmasını içermektedir. Son yıllarda daha hızlı tanı amacıyla DNA?chip?lerinden yararlanılan yeni teknikler geliştirilmiştir. ?Chip?teki küçük bir yüzeye DNAfragmanları uygulanarak, bir mikroorganizmaya ait genlerin PCR ürünleri veya baz dizisibilinmeyen mikroorganizmanın tüm genom fragmanı, taşıyıcı bir yüzeye bağlanaraktranskripsiyon analizinde veya genom karşılaştırmalarında kullanılmaktadır.Bu araştırmada DNA chip teknolojisi kullanılarak astım ve KOAH' ı bulunan ve akutatakla hastaneye başvuran hastalarda akut atak etyolojisini saptamaya yönelik solunum yoluviral etkenleri araştırılmıştır.Bu amaçla 2005-2006 yılları arasında Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Acil Servisve Göğüs Hastalıkları Kliniği' ne akut solunum sıkıntısı ile başvuran, KOAH ve astım tanısıalmış ya da geldiği sırada bu tanıyı alan, 86 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Hastalardanalınan nazofaringeal sürüntü örneklerinde DNA ?chip? yöntemi ile (bcs Biotect S.p.A., Italy)SARS ( Severe Acute Respiratory Syndrome ), influenza virüs A, B, parainfluenza virüs tip1, 2, 3, adenovirus ve respiratuvar sinsityal virüs varlığı araştırılmıştır.86 akut ataklı hastanın ikisinde parainfluenza virüs tip 1 , birinde de influenza virüs Bolmak üzere %3.5' unda viral etken tespit edilmiştir.Henüz çok yeni geliştirilmiş bir yöntem olması nedeniyle, literatürde aynı hasta grubundabu yöntemle yapılan herhangi bir çalışmaya rastlanmadığından, saptanan pozitiflik oranınıngerçek pozitiflik oranını yansıtıp yansıtmadığı konusu tartışmalıdır. Ayrıca yönteminduyarlılığını ve özgüllüğünü belirleyebilmek amacıyla, viral solunum yolu etkenlerinisaptamada ?gold standart? yöntem olarak kabul edilen viral kültür ile örneklerinçalışılamamış olması, çalışmamızı kısıtlayan bir diğer önemli unsurdur. Bu nedenle DNA?chip? yöntemini solunum yolu virüslerinin rutin tanısında kullanmaya başlamadan önceözgüllük, spesifiklik ve tekrarlanabilirlik gibi değerlendirmelerin dikkatlice yapılmasıgerektiği ve rutin uygulamalarda mutlaka başka bir yöntemle eşzamanlı kullanılmasıgerektiği sonucuna varılmıştır.Anahtar kelimeler: Astım, KOAH, chip, solunum virüsleri

Temaslılarda tüberküloz enfeksiyonunun tanısında tüberkülin deri testi ile kanda spesifik interferon gama yanıtının karşılaştırılması

Latent Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonunun tanısı için kullanılan tüberkülinderi testinin birçok dezavantajı olması nedeni ile son yıllarda yeni bir yöntem gelistirilmistir(QuantiFERON-TB Gold testi). Bu test M. tuberculosis'e özgü ESAT-6 ve CFP-10antijenlerinin uyarısı ile tam kanda interferon gama üretimini ölçmektedir. Bu çalısmanınamacı latent tüberküloz enfeksiyonu tanısı için tüberkülin deri testi ile tam kan IFN-gamatestini karsılastırmaktır. Testler 3 farklı risk grubunda olan toplam 233 hasta üzerindedegerlendirilmistir; Grup 1 yayma pozitif indeks olgu ile temas eden aile içi temaslılardan(133), Grup 2 yayma pozitif indeks olgu ile temas eden aile dısı temaslılardan (46) ve Grup 3saglık personelinden (74) olusmaktadır. Çalısılan olgularda toplam olarak tüberkülin deri testi%37, IFN-gama testi ise %42 pozitif sonuç vermistir. Olgu grupları arasında tüberkülin deritesti pozitifligi yönünden önemli bir fark saptanmamıstır. Ancak IFN-gama kan testipozitifligi aile içi temaslılarda diger iki gruptan daha yüksek (%51.3, p=0.013) bulunmustur.Çalısmada degerlendirilen risk gruplarında, iki yöntem arasında zayıf ölçüde uyumsaptanmıstır (%65.7, kappa degeri: 0.28). Asısız olgularda ise iki test arasındaki uyum ortaderecede bulunmustur (%72.7, kappa degeri: 0.44). Asısız olgularda testler arasındaki negatifuyum (%44), pozitif uyumdan (%28.7) daha yüksektir. Çalısmadan elde edilen sonuçlar,asılama programı rutin olarak uygulanmakta olan ülkemizde latent tüberküloz enfeksiyonutanısında ESAT-6 ve CFP-10 antijenlerine dayalı IFN-gama kan testinin sınırlı degerdeoldugunu göstermektedir. M. tuberculosis'e spesifik antijenlerin kullanıldıgı yeni testleringüvenilirligini belirlemek için daha ileri çalısmalara gereksinim vardır.Anahtar kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, enfeksiyon, tanı, interferon gama

Aseptik menenjit ve kardit etyolojisinde enteroviruslerin chip tekniği (microarray) ile araştırılması

ÖZETEnterovirüsler dünyada yaygın olarak bulunan patojen etkenlerdendir. İsminin tersineenterovirüsler genellikle enterik rahatsızlığa yol açmazlar fakat fekal-oral yol ile bulaşırlar.Kötü kanalizasyon sistemi ve kalabalık yaşam enterovirüslerin yayılmasını kolaylaştırır. İçmesularına kanalizasyon sisteminin sızması ile epidemiler oluşturabilirler. Enterovirüsinfeksiyonları genellikle asemptomatik seyirlidir fakat soğuk algınlığından paralitik hastalığakadar değişkenlik gösteren semptomlar görülebilir. Temel olarak virüsün sitopatik etkisi vedokulara olan ilgisindeki farklılıklar sonucunda değişik klinik tablolar ortaya çıkmaktadır.Bu çalışmada 50'si aseptik menenjit veya kardit tanısı almış hastalardan ve kontrolgrubunu oluşturan 50 kişiden alınan 100 klinik örnekte enterovirüsler araştırılmıştır. Hastagrubundan beyin-omurilik sıvısı (BOS) (n=40) ve kan örnekleri (n=10); kontrol grubundan ise(nörolojik sebepler nedeniyle yatan hastalar) BOS örnekleri alınmıştır. Klinik örneklerde,Chip tekniği (microarray yöntemi) ile üretici firmanın önerileri doğrultusunda,enterovirüslerin varlığı araştırılmıştır. Aseptik menenjit tanısı almış 2 hastanın BOSörneklerinde ve kardit tanısı almış 3 hastanın kan örneklerinde enterovirüsler saptanmıştır.Virüslerin tiplendirilmesi sonucunda bunların Enterovirüs tip 71 ve Coxackie virüs tip 16olduğu anlaşılmıştır. Kontrol grubunda ise enterovirüs saptanmamıştır.Sonuç olarak, enterovirüslerin saptanmasında microarray yönteminin tek bir tanısalaraç ile tiplendirme olanağı sağlamasının yanı sıra duyarlı ve hızlı olması nedeni ile kullanışlıbir yöntem olduğu düşünülmüştür.Anahtar kelimeler: Aseptik menenjit, kardit, enterovirüsler, chip tekniği (microarray)

Klinik örneklerde mycobacterium tuberculosis saptanmasında polimeraz zincir reaksiyonu ?enzim immunoassay (PCR-ELISA) yönteminin değerlendirilmesi

Tüberkülozun kontrolünde, Mycobacterium tuberculosis complex'in (MTBC) neden olduğu hastalığın erken tanısı önemlidir. Bu amaçla son yıllarda tüberkülozun hızlı tanısında nükleik asit amplifikasyon yöntemleri yaygın olarak kullanılmaya başlamıştır. Klinik örnekten direkt MTBC saptamaya yönelik nükleik asit amplifikasyon temelli yöntemlerden biri de PCR-ELISA'dır. Bu çalışmada, PCR-ELISA yönteminin (ProDect MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, bcs Biotect S.p.A., Cagliari, Italia) akciğer ve akciğer dışı örneklerde güvenirliliği araştırılmıştır. Çalışmada tüberküloz kuşkulu hastalardan alınan 100 klinik örnek (76 akciğer, 24 akciğer dışı örnek) mikroskopi, kültür ve PCR-ELISA yöntemi ile incelenmiştir. Altın standart yöntem olan kültür ile birlikte değerlendirildiğinde, tüm örneklerden elde edilen sonuçlara göre PCR-ELISA testinin duyarlılığı %68.2, özgüllüğü %94.1, pozitif prediktif değeri (PPD) %95.7 ve negatif prediktif değeri (NPD) %60.4 olarak belirlenmiştir. Akciğer örneklerinde duyarlılık, özgüllük, PPD ve NPD sırası ile %71.1, %93.5, %94.1 ve %69.0; akciğer dışı örneklerde ise %61.9, %100, %100 ve %27.3 olarak saptanmıştır. Yayma pozitif akciğer örneklerinde ise testin duyarlılığı %83.3 ve özgüllüğü %100 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak; tüberkülozun hızlı tanısında PCR-ELISA yönteminin kısmen çok fazla ekipman gerektirmeyen bir yöntem olması nedeni ile, özellikle yayma pozitif akciğer örnekleri için, mikobakteriyoloji laboratuvarlarında tüberküloz tanısında rutin nükleik asit amplifikasyon testi olarak değerlendirilebileceği sonucuna varılmıştır.

Chlamydia trachomatis tanısında kullanılan hücre kültürü, hibridizasyon ve direkt flöresan antikor testlerinin karşılaştırılması

Cinsel temasla bulasan hastalıkların önemli bir etkeni olarak karsımıza çıkan Chlamydia trachomatis infeksiyonlarının kapsamlı bir sekilde arastırılması her geçen gün önemini arttırarak devam etmektedir. nfeksiyonun Türkiye'deki durumu ile ilgili yeterli veri bulunmamaktadır. Bu konuda yapılacak ayrıntılı çalısmalar klamidya infeksiyonlarının tanısında yeni gelismelerin olusmasına katkıda bulunacaktır. Halen kullanılan yöntemlerin duyarlılıgı ve özgüllügünü arastıran çalısmalar devam etmekte, hangi testin mikrobiyoloji laboratuvarında kullanılmasının daha verimli olacagı tartısılmaktadır. Bu çalısmada, altın standart olarak kabul edilen hücre kültürünü, hızlı tanıda kullanılan antijen arama yöntemlerinden direkt flöresan antikor (DFA) testini ve yüksek duyarlılık ve özgüllüge sahip hibridizasyon testini (PACE 2 CT/NG) karsılastırıldı. 100 infertil kadından alınan endoservikal sürüntü örneginde, hücre kültürü yöntemi ile 11 örnekde C. trachomatis pozitif bulundu ve prevalans %11 olarak saptandı. DFA ve hibridizasyon testlerinin duyarlılıkları sırasıyla %54,5 ve %81,8, özgüllükleri ise sırasıyla %98,9 ve %88,8 olarak bulundu. Sonuç olarak; C. trachomatis tanısında, hücre kültürü uygun örnek alındıgında ve transport kosullarına uyuldugunda halen önemini korumaktadır. Hibridizasyon testi dogrulama testleriyle birlikte yapıldıgında özellikle tarama testi ve hızlı sonuç çıkarılması gereken durumlarda uygun oldugu, DFA testinin ise düsük duyarlılıgı nedeniyle örnek sayısı az olan, olanakların kısıtlı oldugu laboratuvarlarda, deneyimli kisi tarafından degerlendirildiginde C. trachomatis tanısında kullanılabilir oldugu sonucuna varıldı. Anahtar sözcükler: Chlamydia trachomatis, DFA, hibridizasyon testi, hücre kültürü

Bruselloz tanisinda serolojik testlerin değerlendirilmesi

Bu çalışmamızın amacı, ön tanısı konmuş farklı klinik formlardaki (akut, subakut, kronik) bruselloz hastalarında, rutin olarak kullanılan serolojik testleri (Rose Bengal [RB], standart alütinasyon testi [SAT], enzim immüno assay [EIA] için IgM, IgA, IgG), 2-merkaptoetanol [2-ME]) karşılaştırmak ve IgG avidite testini uygulayarak sonuçlarını değerlendirmekti. SAT testi ? 1/160 titre olan 92 hasta çalışmaya alındı ve yukarıdaki tüm testler uygulandı. EIA-IgG pozitif olan 78 hastada ise IgG avidite testi yapıldı. RB testi 88 (%95.7) hastada pozitif bulundu. EIA-IgM ile akut bruselloz arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulundu. 2-ME testinde, 55 (%59.8) hastada, SAT testine göre titre düşüşü tespit edildi ve IgM arasındaki uyum %84.8 olarak hesaplandı. IgG Avidite testinde kullanılan %40 avidite indeksi (Aİ) ile avidite olgulaşma süresi (6 ay) arasında istatistiksel fark bulunamadı, ancak Aİ %50 alındığında istatistiksel anlamlılık sınırına yakın bir değer elde edildi (P=0.035). Çalışmamız sonucunda brusellozun serolojik tanısında RB ve SAT testlerinin uygun ve güvenilir testler olduğu, IgM'in akut brusellozun bir göstergesi olabileceği, IgG'yi tespit etmede EIA kadar 2-ME'inde kullanılabileceği ve IgG avidite testinin standardize edilmesi gerektiği sonucuna varıldı.

Kist hidatik şüpheli hastaların tanısında indirekt hemaglütinasyon ve immünokromatografik yöntemin karşılaştırılması

Echinococcus cinsleri, Taeniidae ailesine mensup küçük yapılı sestodlardır. Echinococcus granulosus erişkin halinde köpeklerin ve köpekgillerin ince barsağında, larva halinde ise koyun, sığır gibi otçullar başta olmak üzere çeşitli memelilerin ve insanın çeşitli organlarına yerleşerek kist hidatik denen hastalığa neden olmaktadır. Dış ortama atılan parazit yumurtalarının keçi, koyun, sığır ve insan tarafından solunum veya sindirim yolu ile alınmasıyla enfeksiyona sebep olmaktadır. Ekinokok tanısında indirekt hemaglütinasyon testi (İHA), Enzyme Linked İmmunosorbent Assay (ELİSA), İndirekt Floresan Antikor (IFA) ve immünokromatografik gibi testler kullanılmaktadır. Bizim çalışmamızda Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi'ne kist hidatik şüphesiyle başvuran hastalardan serolojik tanı yöntemlerinden indirekt hemaglütinasyon ve immünokromatografik yöntemlerinin değerlendirilmesi ve karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza 01.11.2018-31.01.2019 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarı birimine ekinokok antikoru araştırmak amacıyla gönderilen örnekler dahil edilerek Ekinokok IHA yöntemi (Hydatidose fumoze Echinococcosis fumouze) ve Ekinokok İmmünokromatografik yöntemi (Vircell virapid hydatidosis) ile yapılmıştır. Çalışma kapsamına 75 hasta örneği alındı. Hastaların 48'i kadın (%64), 27'si erkek (%36) olup, yaş ortalamaları 42.0800 (±17.72672)'dir. Ekinokok IHA yöntemi ile hastaların 36'sı pozitif (%48), 39'u negatif (%52) olarak belirlenmiştir. Ekinokok immunokromatografik yöntem ile hastaların 34'ü pozitif (%45.3), 41'i (%54.7) negatif olarak belirlenmiştir. IHA yöntemi ile pozitif saptanan hastalardan iki olgu, İmmünkromatik yöntemle negatif bulunmuştur. Her iki yöntem de birbirine yakın sonuç vermiş olup İmmünkromatik yöntemin duyarlılığının daha düşük olduğu yapılan çalışmada görülmektedir. Ekinokok IHA yöntemiyle pozitif olarak tespit edilen 36 hastanın 34'ü (%94.4) immünokromatografik yöntemle de pozitif tespit edilmiş olup IHA yöntemiyle negatif tespit edilen 39 hastanın tamamı (%100) immünukromatografik yöntemle negatif olarak tespit edilmiştir.

Yoğun bakım, onkoloji-hematoloji hastalarında gastrointestinal sistemde kolonize olan enterokok türleri ve vankomisine direnç profilleri

IIIÖZETYOĞUN BAKIM, ONKOLOJİ - HEMATOLOJİ HASTALARINDAGASTROİNTESTİNAL SİSTEMDE KOLONİZE OLAN ENTEROKOK TÜRLERİVE VANKOMİSİNE DİRENÇ PROFİLLERİDr. Gül Özlem MENTEŞUzmanlık tezi; Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim DalıTez Yöneticisi: Prof. Dr. İclal BALCITemmuz 2007, 52 sayfaEnterokoklar; Streptoptococcaceae familyası içinde yer alan gram pozitifkoklardır. Toprak, su, yiyeceklerde; insan ve hayvanların barsak, safra yolları, ağızve bazen de derilerinde normal florada bulunurlar.Virülansı düşük olan bu mikroorganizma çoğu kez hastanın kendi endojenflorasından kaynaklanan infeksiyonlara yol açar. Vankomisin dirençli enterokoklar(VRE) dahil tüm enterokoklar hastadan hastaya direkt olarak ya da kontamineeller, kontamine yüzeyler, kontamine tıbbi cihazlar vasıtasıyla indirekt olarakbulaşabilmekte, hastane içinde veya hastaneler arası yayılabilmektedir.Çalışmamız Mart 2006-Aralık 2006 tarihleri arasında Gaziantep ÜniversitesiTıp Fakültesi Hastanesinde Cerrahi ve Dahili Yoğun Bakım, erişkin Onkoloji-Hematoloji ve Pediatrik Onkoloji bölümlerinde yatmakta olan VRE için risk grubuolarak tarif edilen hastalarda yapılmıştır. Toplam 180 hastadan rektal sürüntüörnekleri alınmış ve kültür sonuçlarına göre 126 (%70) tanesinde enterokoküremiştir. Tür düzeyinde yapılan tanımlama sonucunda 53 suş (%42.06) E.faecium, 39 suş (%30.95) E. faecalis, 15 suş (%11.90) E. avium, 10 suş (%7.93)E. gallinarum, 7 suş (%5.55) E. casseliflavus, 1 suş (%0.79) E. hirae,1 suş(%0.79) E. durans olarak belirlenmiştir. Toplam 4 (%3.17) hastanın VRE ilekolonize olduğu tespit edilmiştir. E. faecium olarak tanımlanan 4 suş antibiyogramve E-test sonuçlarına göre vankomisine dirençli olarak bulunmuştur. E-testMİK>256 mg/ml). Dirençli olarak bulunan suşlara PCR yöntemiyle dirençgenotipleri bakılmış ve dördüde VanA genotipi olarak tespit edilmiştir. Vankomisinedirençli olarak bulunan suşlardan 1 tanesi Dahiliye Yoğun Bakım Ünitesinden, 1tanesi Cerrahi Yoğun Bakım Ünitesinden, 2 tanesi ise erişkin Onkoloji ünitesindentespit edilmiştir. Onkoloji ünitesinde VanA tipi dirence sahip E. faecium saptananhastalardan bir tanesinde taburcu edildikten 3 ay sonra, hastaneye ikinci kezyattığında tekrarlanan kültürde vankomisin direnci saptanmamıştır. Nitrosefin diskiile beta-laktamaz üretimi araştırılması yapılmış ve suşların hiçbirisinde beta-laktamaz üretimi saptanmamıştır.Anahtar kelimeler: Vankomisine dirençli enterokoklar, Gastrointestinalkolonizasyon, Risk grubu hastalar, E-test

Üst gastrointestinal sistem helicobacter pylori infeksiyonlarında CagA ve VagA gen verlığının spesifik IgA üzerindeki etkisi

D…nya n…fusunun yarıdan fazlasında infeksiyon yapan, b…y…k oranda işg…c… vemaliyet kaybına yol aƒan Helicobacter pylori, gastrointestinal sistemin inflamatuvarinfeksiyonlarından kalp damar hastalıklarına, otoimmun hastalıklardan kansere kadaretken patojen olduğu ispatlanan veya suƒlanan „nemli bir bakteridir. Bu bakteri ile…lkemizde ve yurtdışında ƒeşitli prevalans, patojenite ve aşı araştırmaları iƒin ƒalışmalaryapılmaktadır. Biz de b„lgemizdeki suşlarla yaptığımız ƒalışmada hem epidemiyolojik„zelliği, hem de …st gastrointestinal sistem H. pylori infeksiyonlarında bakterininpatojenliğinden sorumlu olan genlerden vacA ve cagA varlığını araştırarak,organizmanın buna verdiği immun yanıtı değerlendirdik. Burada varolan patojenitenin„zellikle bu bakterinin eradikasyonu i…in yapılan aşı …alışmalarına ne oranda etkidebulunabileceğini araştırdık.Gaziantep €niversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi, Gastroentero-loji Bilim Dalına ƒst GIS şikayetleriyle başvuran ve endoskopiyle non ƒlser dispepsi,gastrit, gastro„zefajial reflƒ, mide ƒlseri, duodenal ƒlser ve gastrik karsinoma „n tanısıkonan 154 hasta …alışmaya alındı. Hastaların epidemiyolojik „zellikleri anket formu iledeğerlendirildi. Hastalardan endoskopi ile biyopsi „rnekleri ve periferik ven„z kanalındı. €re nefes testi ile H. pylori pozitifliği araştırıldı. €re nefes testi pozitif 96hastada polimeraz zincir reaksiyonu ile 16S rRNA, vacA ve cagA gen b„lgelerivaraştırıldı. Aynı zamanda bu hastaların serumlarından spesifik H. pylori IgA'nınseviyeleri ELISA y„ntemiyle araştırıldı.Elde edilen sonuƒlar H. pylori infeksiyonunda yaş, cinsiyet, hastalık ilişkileri, ila…kullanımı ile ilişki, aile i…i ge…iş hakkında istatistiki bilgiler sağlamış, b„lgemizdeinfeksiyonun prevalansı hakkında bilgi vermiştir. H. pylori infeksiyonundapatojeniteden sorumlu ƒok sayıda fakt„r olduğu, bunlardan „zellikle vacA genininvarlığının „nemli bir infeksiy„z fakt„r olduğu g„sterilmiş, vacA ve cagA genlerininbirlikteliğinin IgA …retimini daha iyi tetiklediği saptanmıştır.

Romatizmal hastalıklardan ankilozan spondilit ve behçet sendromunda viral etiyolojinin rolü

Etiyolojisinden otoimmün mekanizmaların sorumlu tutulduğu inflamatuar romatizmal hastalıkların patogenezinde viral ajanların rolü ile ilgili çalışmalar geçmişte olduğu gibi günümüzde de popülaritesini korumaktadır. Oldukça önemli kanıtlar, bazı romatizmal hastalıkların patogenezinde virüslerin önemli çevresel faktörler olabildiğini göstermektedir. Bu çalışmanın amacı, İnsan Herpes Virusları ailesinden Herpes Simpleks Virus tip-1 (HSV-1), Herpes Simpleks Virus tip-2 (HSV-2), Epstein-Barr Virus (EBV), Sitomegalovirus (CMV) ve Human Herpes Virus-6 (HHV-6) ile Human Parvovirus B19'un romatizmal hastalıklardan ankilozan spondilit (AS) ve Behçet sendromunun (BS) etiyolojisindeki rollerini araştırmaktı. Ekim 2005-Haziran 2007 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Hastanesi Romatoloji Kliniği'nde yeni tanı koyulan 83 AS ile 50 BS hastası çalışmaya alındı. Belirtilen tarihler arasında hastanemiz Romatoloji polikliniğine başvuran sağlıklı 50 kişi kontrol grubu olarak seçildi. Bu hastalara ve kontrol grubuna ait serumlarda HSV-1, HSV-2, EBV, CMV, HHV-6 ve Parvovirus B19'a ait IgG tipi antikorların varlığı mikro enzim immunoassay (mikro-ELISA) yöntemiyle araştırıldı. Hastalara ait sonuçlar, kontrol grubu olarak seçilen bireylerin sonuçları ile karşılaştırıldı. Antikor pozitifliği açısından hasta grubu ile kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmadı (p>0.05). Araştırılan tüm virüslere ait antikor pozitifliği, AS'li hastalarda BS bulunan hastalara göre daha fazlaydı, ancak bu sonuç istatistiksel olarak anlamlı değildi (p>0.05). Çalışmamızın sonuçlarına göre, AS ve BS'nin etiyolojisinde HSV-1, HSV-2, EBV, CMV, HHV-6 ve Parvovirus B19'un rolü bulunabileceği görüşü desteklenmemiştir.

Mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarının birinci seçenek antitüberküloz ilaçlara duyarlılığının saptanmasında bactec ve agar proporsiyon yöntemlerinin karşılaştırılması

Üst gastrointestinal sistem helicobacter pylori infeksiyonlarında caga ve vaga gen varlığının spesifik ıga üzerine etkisi

Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Candida türlerindeki virülans faktörlerinin araştırılması ve antifungal duyarlılıklarının değerlendirilmesi

Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma Hastanesi'nin değişik kliniklerinden Mikrobiyoloji laboratuarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 200 Candida suşu değerlendirmeye alınarak, virülans faktörleri ve antifungal duyarlılıkları araştırıldı.Candida suşlarının tür düzeyinde tanımlanması için germ tüp testi, mısırunu-Twen 80 besiyerinde mikroskobik görünüm, Candida ID 2 agarda koloni renginin incelenmesi gibi klasik yöntemler ile birlikte API ID 32C (bioMerieux, Fransa) identifikasyon kiti kullanıldı.Candida kökenlerinin proteinaz üretiminin incelenmesi için sığır serum albumin agar, fosfolipaz üretimi için yumurta sarılı agar, esteraz üretimi için Tween 80 agar ve slime üretimi için modifiye tüp aderans yöntemi kullanıldı. Kökenlerin amfoterisin B, flukonazol, vorikonazol ve kaspofungine duyarlılıkları, CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute)'ın M27-A3 dokümanındaki referans buyyon mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak araştırıldı ve her bir ilaç için MİK aralıkları, MİK50 ve MİK90 değerleri belirlendi.İzole edilen 200 Candida suşunun 106'sı (%53) C.albicans, 49'u (%24.5) C.parapsilosis, 15'i (%7.5) C.tropicalis, 9'u (%4.5) C.krusei, 8'i (%4) C.kefyr, 4'ü (%2) C.glabrata, 4'ü (%2) C.famata, 3'ü (%1.5) C.lusitaniae, 2'si (%1) C.guilliermondii olarak identifiye edildi.Candida albicans suşlarının %79.2'si, albicans dışı Candida suşlarının %20.2'si proteinaz olumlu, C.albicans suşlarının %95.3'ü, albicans dışı Candida suşlarının %1.1'i fosfolipaz olumlu, C.albicans suşlarının %96.2'si, albicans dışı Candida suşlarının %34'ü esteraz olumlu idi. C.albicans suşlarının proteinaz, fosfolipaz ve esteraz aktiviteleri, albicans dışı Candida'lara göre anlamlı derecede yüksek bulundu (p<0.05). Bununla birlikte, C.albicans suşlarının %9.4'ü, albicans dışı Candida suşlarının %51.1'i slime olumlu bulundu. Albicans dışı Candida'ların slime aktivitesi, C.albicans suşlarına göre anlamlı derecede yüksek bulundu (p<0.05).Antifungal ilaçların MİK aralıkları amfoterisin B için 0.03-1 ?g/mL, flukonazol için 0.125-?64 ?g/mL, vorikonazol için 0.03-16 ?g/mL, kaspofungin için 0.015-0.25 ?g/mL idi. Candida suşlarının tümü amfoterisin B ve kaspofungine duyarlı idi. İzolatların 33'ü (%16.5) flukonazole dirençli, 12'si doza bağlı duyarlı bulundu. Sekiz (%4) izolat vorikonazole dirençli iken, 4 (%2) izolat doza bağlı duyarlı idi.Virülans faktörleri ile antifungal direnç arasındaki ilişki incelendiğinde, albicans dışı Candida suşlarında, esteraz aktivitesi ile vorikonazol direnci arasında ve slime aktivitesi ile flukonazol direnci arasında anlamlı bir ilişki saptanmıştır (p<0.05).

Hayvan modelinde Saccharomyces boulardii'nin Campylobacter jejuni üzerine etkisi

AMAÇ: Bu çalışmadaki amaç, infeksiyöz ishal etkenleri arasında önemli yeri olan C. jejuni'ye karşı S. boulardii'nin profilaktik kullanımındaki ve kolonizasyon sonrası uygulamadaki etkisini araştırmaktır.MATERYAL METOD: Çalışmada ratlar beş gruba ayrılmıştır: I.grup (kontrol grubu), II. grup (S. boulardii grubu), III.grup (C. jejuni grubu), IV.grup (kolonizasyon + S. boulardii grubu) ve V.grup (profilaksi grubu).Mikrobiyolojik inceleme amacıyla alınan dışkı örnekleri, Campylobacter Blood Free Selektif Medium ve Sabouraud Dextroz Agar'a ekilerek, C. jejuni ve S. boulardii açısından değerlendirilmiştir. Histopatolojik incelemede jejenum, ileum ve kolon örneklerinde meydana gelen histopatolojik değişiklikler skorlanarak değerlendirilmiştir. İstatistiksel analizde Kruskal-Wallis testi ve Mann-Whitney U testi kullanılmıştır.BULGULAR: C. jejuni'nin tek doz olarak verildiği grupta tüm ratların dışkı örneklerinde C. jejuni üretilerek Campylobacter kolonizasyonu %100 olarak sağlanmıştır. Bu grupta (III. grup) kolonizasyona bağlı önemli histopatolojik değişiklikler meydana gelmiş, IV. grupta (kolonizasyon + S. boulardii grubu) dışkı örneklerinin tamamında S. boulardii üremiş, C. jejuni ise ürememiştir. Mikrobiyolojik ve histopatolojik veriler ışığında, S. boulardii uygulamasının oluşturulan Campylobacter kolonizasyonunun ortadan kaldırılmasında etkili olduğu tespit edilmiştir.Profilaksi grubunda (V.grup) S. boulardii'nin C. jejuni kolonizasyonunu engellediği ve profilaksi uygulanan ratların hiçbirinde C. jejuni kolonizasyonunun gerçekleşmediği saptanmıştır. Kolonizasyon + S. boulardii grubu (IV.grup) ile profilaksi grubu (V.grup) arasında histopatolojik değerlendirmeler bakımından istatistiksel açıdan anlamlı farklılık gösterilememiş, S. boulardii tedavisi ve profilaktik uygulamasının histopatolojik parametreler üzerinde eşit düzeyde etkili olduğu tespit edilmiştir.SONUÇ: S. boulardii'nin rat modelinde C. jejuni kolonizasyonu üzerine etkilerinin araştırıldığı çalışmamızda inokülasyon öncesi uygulamanın C. jejuni kolonizasyonu engellediği, kolonizasyon sonrası uygulamasının ise C. jejuni kolonizasyonunu eradike ettiği mikrobiyolojik ve histopatolojik verilere dayanarak gösterilmiştir. Bu veriler ışığında S. boulardii'nin, C. jejuni üzerindeki, kolonizasyonu engelleyici ve ortadan kaldırıcı özelliğinin etki mekanizmasını aydınlatmak amacı ile planlanacak deneysel çalışmaların, S. boulardii'nin gerek profilakside gerekse eradikasyon amacıyla kullanılabilecek bir probiyotik olup olamayacağı konusundaki yerini belirlemede, yol gösterici olabileceğini düşünmekteyiz.

Hemodiyaliz, periton diyalizi ve prediyaliz hastalarda gizli hepatit B enfeksiyonunun polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile araştırılması.

Serumda hepatit B yüzey antijeninin (HBsAg) negatif olduğu durumlarda, hepatit B virusu DNA (HBV-DNA)'sının varlığı gizli hepatit B olarak bilinmektedir. Gizli hepatit B'nin prevalansı tam olarak bilinmemesine rağmen, hemodiyaliz tedavisi uygulanan hastalarda daha sık olduğunu bildiren çok sayıda araştırma vardır. Bu çalışmada, hemodiyaliz ve periton diyalizi hastaları ile kronik böbrek yetersizliği olup henüz diyaliz tedavisi başlanmamış hastalarda gizli hepatit B prevalansı araştırıldı.Çalışmaya HBsAg-negatif olan toplam 174 hasta alındı. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile hemodiyaliz hastalarının %2.6'sında, periton diyalizi hastalarının %1.8'inde HBV-DNA varlığı saptandı. Buna karşılık, henüz diyaliz tedavisine başlanmamış kronik böbrek yetersizliği olan hastalarda gizli hepatit B enfeksiyonu saptanmadı (%0). Gizli HBV enfeksiyonu sapatanan hastalarla diğer hastalar arasında karaciğer enzimlerinin yüksekliği ve serum CRP seviyesi yönünden anlamlı düzeyde farklılık saptanmadı (p>0.05).Sonuç olarak, çalışmamızda hemodiyaliz uygulanan hastalarda gizli HBV enfeksiyonu varlığının düşük sıklıkla olsa da görülebileceği saptanmıştır. Hem hemodiyaliz hem de periton diyalizi uygulanan hastalara cihaz kaynaklı HBV bulaşımını önlemek için sadece serolojik testlerle virüs varlığının araştırılmasının yeterli olamayacağı, dolayısıyla, PZR gibi duyarlılığı daha yüksek testlerle bu hastaların taranmasının uygun olabileceği düşünülmüştür.

Periodontitli hastalarda herpesvirüslerin görülme sıklığının pzr ile belirlenmesi

Yakın zamanlarda yapılan çalışmalarda herpesvirüslerle periodontitis şiddeti arasındaki ilişki ortaya konmuştur. Bu çalışmalar hastalığın etyopatogenezinin daha ayrıntılı olarak anlaşılması yönündeki çalışmalara katkı sağlamıştır. Mevcut çalışmada periodontitisli hastalardan alınan subgingival krevikular sıvı örneklerinde farklı herpesvirüslerin (herpes simpleks virüs tip 1 ve 2; HSV-1 ve HSV-2, Epstein?Barr virüs; EBV ve insan sitomegalovirüs; HCMV) varlığının araştırılması ve bu hastalardaki herpesvirüs sıklığı ile, periodontitisin seyrini belirlemede önemli olan, plak indeksi (Pİ), gingival indeks (Gİ) ve cep derinliği (CD) gibi parametreler arasında bir ilişki olup olmadığının belirlenmesi amaçlanmıştır.Bu amaçla, 2007 yılında Elazığ Diş Hastanesi Periodontoloji Kliniğine başvuran periodontitisli 52 hastadan ve periodontitis yönünden sağlıklı 20 bireyden paper pointler periodontal ceplere yerleştirilerek krevikular sıvı örnekleri alındı. Daha sonra, bu örneklerden DNA izolasyonları gerçekleştirildi. Elde edilen DNA'lar ve dört herpesvirüse özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) uygulandı.PZR sonuçlarına göre, 52 periodontitisli hasta örneğinin %61.5'inde EBV, %53.8'ünde CMV, %32.6'sında HSV-1 ve %25'inde HSV-2 pozitifliği tespit edildi. Sağlıklı kişilerde ise %20'sinde EBV, %10'unda CMV, %10'unda HSV-1 ve %5'inde ise HSV-2 pozitifliği belirlendi. EBV varlığı ile klinik parametler kıyaslandığında; hastaların Pİ, Gİ ve CD ile EBV varlığı arasında pozitif bir korelasyon tespit edildi (spearman's rho). Hastalıklı gruptaki CMV varlığı ile klinik parametreler kıyaslandığında CMV varlığı ile Pİ ve CD arasında pozitif bir korelasyon tespit edilirken gingival indeks ile bir korelasyona rastlanmadı. Hem HSV-1 hem de HSV-2 varlığı ile klinik parametreler arasında bir ilişki belirlenmedi.Sonuç olarak, periodontitisler ve bunların klinik seyirleri ile EBV ve CMV arasında kuvvetli, HSV'lar ile de zayıf bir etyolojik ilişkinin olduğu kanaatine varılmıştır.

Mycobacterium tuberculosis suşlarının majör antitüberküloz ilaçlara duyarlılığın bactec 460 TB sistemi ile tespit edilmesi

1. ÖZET Tüberküloz iyileşme süresi uzun süren bir infeksiyon hastalığıdır.Gelişmekte olan ülkelerde % 95 oranında yeniden ortaya çıkmakta ve dünya popülasyonunun üçte birini etkilemektedir. 1995 - 2005 yıllan arasında, bu oranların 8.8 milyondan 1 1.9 milyona yükselişi geleceği tehdit etmektedir. Özellikle son 15 yılda tüm dünyada tüberküloz vakalarının sayısında önemli bir artış meydana gelmiştir. Buna paralel olarak da çoklu ilaç direncine sahip Mycobacterium tuberculosis suşlarında da belirgin bir artış olduğu gözlenmiştir. Bundan dolayı bütün tüberküloz hastalarında, hızlı direnç testleri zorunlu olarak yapılmalıdır. Bu çalışmada majör antitüberküloz ilaçlardan izoniazit, rifampin streptomisin ve ethambutolün akciğer tüberkülozlu hastaların balgam, BOS, AMS ve idrar örneklerinden izole edilen 27 susun invitro etkinlikleri Bactec metoduyla araştırılmıştır. Duyarlılık testlerinde izolatların % 21'i izoniazide, % 25 'i rifarnpine, % 37'si ethambutole ve % 17'si streptomisine dirençli olarak saptanmıştır. Ayrıca 27 susun 4'ünde en az rifampin ve izoniazide karşı direnç olarak adlandırılan çok ilaca direnç tespit edilmiştir. Bu direnç oranlan, bölgemizde çok ilaca dirençliliğin var olduğunu göstermiştir. Anahtar Kelimeler : Mycobacterium tuberculosis, majör antitüberküloz ilaçlar, Bactec test yöntemi

Genişlemiş spektrum beta-laktamaz (GSBL) üreten bakterilerin, değişik antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının araştırılması

1.ÖZET Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz enzimleri, son 20 yılda Gram olumsuz enterik bakterilerde en önemli beta-laktam direnci haline gelmiştir. Bu enzimleri üreten bakterilerin neden olduğu infeksiyonlarda kullanılabilecek antibiyotik sayısı da oldukça sınırlıdır. Bu çalışmanın amacı; Fırat Üniversitesi Tıp Merkezi'ndeki hastalarından soyutlanan ve GSBL enzimi üreten bakterilerin bazı antibiyotiklere karşı olan duyarlılık durumlarının incelenmesi ve klinikler arası bu direncin dağılımının belirlenmesidir. Bu çalışma, Kasım-2001 ile Mayıs-2003 tarihleri arasında, Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi olan Fırat Tıp Merkezi'nde, değişik kliniklerde yatarak veya ayaktan tedavi gören yaklaşık 200 hastadan soyutlanan, toplam 208 bakteri susu üzerinde yapılmıştır. Çeşitli bakteriyolojik yöntemler kullanılarak alt tür düzeyinde tanımlanan bu suşların; 88 tanesi Klebsiella pneumoniae, 39 tanesi Klebsiella oxytoca, 71 'i Escherichia coli, 6'sı Proteus mirabilis, 1'i Proteus vulgaris ve 3'ü Enterobacter aerogenes olarak tanımlandı. Isepamisin, amikasin, gentamisin, siprofloksasin, moksifloksasin, sefoperazon-sulbaktam ve piperasilin-tazobaktam antibiyotiklerinin in vitro etkinlikleri, Minimal Inhibitor Konsantrasyonları (MİK), mikrodilüsyon veya E-Test yöntemleri kullanılarak saptandı. Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten bakteri suşlarının isepamisin duyarlılığı %92, amikasin duyarlılığı %90, gentamisin duyarlılığı %49, siprofloksasin duyarlılığı %65, moksifloksasin duyarlılığı %60,sefoperazon-sulbaktam duyarlılığı %45 ve piperasilin-tazobaktam duyarlılığı %56 olarak saptandı. Çalışılan bakteri türleri arasında antibiyotik duyarlılık oranları bakımından belirgin bir faklılık bulunmadı, isepamisin ve amikasinin MİK50 ve MİK90 değerleri duyarlı sınırlar içinde saptandı. Piperasilin-tazobaktam, sefoperazon-sulbaktam ve gentamisin antibiyotiklerinin hem MİK50 hem de MİK90 değerleri dirençli sınırlar içinde bulundu. Siprofloksasin ve moksifloksasin olmak üzere, her iki kinolon antibiyotiğin MİK50 değeri duyarlı sınırlarda iken, M I Kgo değerleri dirençli sınırlarda saptandı. Çalışılan tüm antibiyotiklere karşı en yüksek direnç değerleri cerrahi klinik izolatlarda gözlendi. Cerrahi klinik izolatlarında kinolon direnci pediatrik izolatlardan yaklaşık 4 kat fazla olarak saptandı. Sonuç olarak, GSBL üreten bakterilere karşı isepamisin ve amikasinin yüksek düzeyde etkin olduğu, siprofloksasin ve moksifloksasin orta düzeyde etkin olduğu ve gentamisin, sefoperazon-sulbaktam ve piperasilin-tazobaktamın ise düşük düzeyde etkin oldukları saptanmıştır. Bu antibiyotikler, antibiyotik duyarlılık deneylerinde etkin bulunmaları koşulu ile GSBL (+) infeksiyonlarda karbapenemlere alternatif olabilirler. Hastanelerimizde genişlemiş spektrumlu beta-laktamazların sıklığının azaltılması için uygun antibiyotik kullanımının sağlanması ve infeksiyon kontrol komitelerinin daha da etkin bir şekilde çalıştırılması gereklidir. Anahtar Kelimeler: ESBL, MİK, isepamisin, amikasin, gentamisin, siprofloksasin, moksifloksasin, sefoperazon-sulbaktam, piperasilin- tazobaktam, E. coli, Klebsiella, Proteus, Enterobacter.

Çeşitli klinik örneklerden izole edilen stafilokoklara karşı moksifloksasin duyarlılığının araştırılması

1. ÖZET Stafilokoklar hastane infeksiyonu etkenleri arasında ilk sıralarda yer alan mikroorganizmalardır. Dirençli suşlarm artarak yayılması nedeniyle, bu mikroorganizmalara bağlı infeksiyonların tedavisinde çeşitli zorluklar yaşanmaktadır. Özellikle metisiline dirençli stafilokoklar ile oluşan infeksiyonların tedavisinde kullanılabilecek antibiyotik sayısı sınırlıdır, moksifloksasin; son yıllarda kullanıma girmiş, kinolon grubundan, metisiline dirençli ve duyarlı stafilokoklann tedavisinde seçenek olan bir antibakteriyel ajandır. Bu çalışmada; moksifloksasinin yöremizde izole edilen stafilokok suşlan üzerindeki etkinliğini belirlemek amacıyla, çeşitli klinik örneklerden izole edilen metisiline dirençli ve duyarlı stafilokoklann moksifloksasin duyarlılıkları disk difîuzyon ve MIC yöntemiyle araştırıldı. Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuarında; Fırat Tıp Merkezinin çeşitli kliniklerinden gönderilen kan, balgam, idrar ve yara kültür örneklerinden izole edilen 160 S. aureus ve 40 koagülaz negatif stafilokok (KNS) susu çalışmaya alındı. Disk diffiizyon yöntemi ile 160 S.aureus susundan 132'si (%82.5), 40 KNS susundan 33 'ü (%82.5) moksiffoksasine duyarlı bulundu. MIC yöntemi ile 160 S.aureus susundan 146'sı (%91.2), 40 KNS susundan 35'i (%87.5) moksiffoksasine duyarlı bulundu. Sonuç olarak kinolonlann gelişigüzel kullanımı, özellikle stafilokok infeksiyonlannda direnç problemini ortaya çıkarmıştır. Çalışmamızda, moksifloksasinin stafilokoklara karşı yüksek oranda etkinlik gösterdiği gözlenmiş olduğundan, klinikte geniş kullanım alam bulacaktır.Anahtar Kelimeler : Stafilokok, moksifloksasin, MIC, disk diffuzyon. 2. ABSTRACT Staphylococcus are the major microorganisms which can be regarded in the nosocomial infections. Staphylococcal infections are often associated with therapuetic diffucilty due to widespread distribution of these organisms. The numbers of appropriate antibiotics are severely limited in the infections particularly with methicillin-resistant staphylococcal strains. Moxifloxacin is a new quinolone derivative that has been recently submitted to clinical use, may be a good alternative agent in the infections by both methicillin-resistant and susceptible staphylococcal strains. In this study, we aimed to investigate in vitro moxifloxacin activity by using disc-diffusion and microdilution methods against to methicillin-resistant and methicillin-susceptible staphylococci which were isolated from several clinic samples, in our region. The study was took place in bacteriology laboratory of Medical Microbiology Department of Fırat University's Medical School. Total 160 Staphylococcus aureus and 40 coagulase negative staphylococci (CNS) were included. Staphylococcus were isolated from blood, sputum, urine and wound samples from different clinics in Fırat Medical Center. In disc-diffusion method; 132 (82.5%) of 160 Staphylococcus aureus and 33 (82.5%) of 40 coagulase negative staphylococcus were determined as susceptible for moxifloxacin. In microdilution method; 146 (91.2%) of 160 Staphylococcus aureus and 35 (87.5%) of 40 coagulase negative staphylococcus were determined as susceptible for moxifloxacin.

Hepatit B virüsünün kesim enzimleri kullanılarak tiplendirilmesi

1. ÖZET Hepatit B virüsü (HBV), dünyada en fazla yaygın olan enfeksiyon etkenlerinden birisidir. Dünyada ortalama 350 milyon kronik hepatit B virüs taşıyıcısı olduğu tahmin edilmektedir. Hepatit B virüsünün tam genom nükleotid dizisi baz olarak alındığında %8'lik veya daha fazla nükleotid farklılıklarına göre HBV'nin 8 genotipi (A-H) bulunmaktadır. Farklı HBV genotipleri hastalığın klinik durumunu etkileyebilmektedir. Restriksiyon enzimleri kullanarak yapılan enzim kesim deneyleri (RFLP) HBV genotiplendirilmesinde kullanılmaktadır. Hepatit B virüsü S gen dizisi kullanılarak yapılan genotiplendirme ile tam genom belirlenerek yapılan tiplendirme sonuçları arasında uyum vardır. Bu çalışmada, HBV DNA pozitif 127 hastada, RFLP yöntemi ile virüsün genotiplendirilmesi amaçlandı. Semi-nested polimeraz zincir reaksiyonuyla (PZR) çoğaltılan spesifik S gen bölgesi RFLP ile analiz edildi. HBV S geninin genotip spesifik bölgelerinde bulunan Alwl, Earl, Hphl, Neil, and NlalW enzim kesim bölgeleri kullanıldı. RFLP sonuçları 127 örneğin tamamında genotip D'nin varlığını ortaya koydu. Bu sonuçlar, bölgemizdeki Hepatit B hastalarında dominant olarak genotip D'nin bulunduğunu ve HBV genotiplendirmede kullanılan RFLP yönteminin kolay ve yapılabilir olduğunu göstermektedir. Anahtar Kelimeler; Hepatit B virüsü, PZR, RFLP, HBV genotipleri.

Gram pozitif kokların invitro kinopristin/dalfopristin duyarlılıklarının araştırılması ve diğer bazı antibiyotiklerle karşılaştırılması

1. ÖZETGünümüzde enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde kullanılan antibakteriyelilaçların tür ve sayısında artışlar olmasına rağmen, son yıllarda, birden fazla sayıda ilacadirençli stafilokok, enterokok ve diğer bazı Gram pozitif kokların neden olduğuenfeksiyonların sıklığında artış olmuştur. Bu mikroorganizmalar, yaygın olarakkullanılan antibiyotiklere karşı sıklıkla direnç geliştirmekte ve neden olduklarıenfeksiyonların tedavisinde sorunlarla karşılaşılmaktadır.Türkiye'de henüz kullanıma girmemiş olan kinopristin/dalfopristin,streptogramin grubundan parenteral uygulanabilen ilk antibiyotiktir. Her iki komponentde bakteriyel ribozomun 50S alt birimine geri dönüşümsüz bağlanarak etki gösterir.Bu çalışmada Haziran 2004 - Mart 2005 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi TıpFakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuarı'nagönderilen örneklerden soyutlanan 300 Gram pozitif kokun invitrokinopristin/dalfopristin ve diğer yaygın kullanılan antibiyotiklere karşı duyarlılıklarınınbelirlenmesi amaçlandı. Klasik bakteriyolojik yöntemler kullanılarak tür düzeyindetanımlanan 41 52 17Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis,Staphylococcus saphrophyticus, 16 Staphylococcus hominis, 5 Staphylococcushaemolyticus, 3 Staphylococcus warneri, 2 Staphylococcus schleiferi, 5 Staphylococcuscaprae, 44 Enterococcus faecalis, 22 Enterococcus faecium, 5 Enterococcus avium, 3Enterococcus hiroe, 27 Streptococcus spp., 16 D grubu Streptokok, 6 A grubuStreptokok, 6 B grubu Streptokok ve 3 Streptococcus pneumonia suşu çalışmaya alındı.Bu suşların antibiyotik duyarlılıkları disk diffüzyon yöntemiyle araştırıldı.1Staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokok (KNS) suşlarının tamamı,E. faecalis suşlarının %14'ü ve E. faecium suşlarının %73'ü kinopristin/dalfopristineduyarlı bulundu. Yapılan duyarlılık testinde stafilokok suşlarının metisilin duyarlılığı%66.1, eritromisin duyarlılığı %62.2, siprofloksasin duyarlılığı %66.3, klindamisinduyarlılığı %89.1, rifampisin duyarlılığı %94.8 olarak; streptokok suşlarının eritromisinduyarlılığı %65.3, siprofloksasin duyarlılığı %45.9, kloramfenikol ve gentamisinduyarlılıkları sırasıyla %84.6, %85.2 olarak saptanmıştır.Yapılan bu çalışma ile henüz ülkemizde kullanıma girmemiş, ancak yakın birgelecekte enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde sık başvurulması muhtemel birantibiyotik olan kinopristin/dalfopristin kombinasyonunun stafilokok ve streptokoksuşlarına karşı etkinliğinin test edilmesi amaçlandı. Çalışmaya alınan bakterilerin diğerbir çok antibiyotiğe duyarlılıkları eş zamanlı saptanarak bu yeni ilacın etkinliğinin,halen kullanımda olan diğer antibiyotiklerle karşılaştırılması sonucunda klinikuygulamalarda tedaviyi yönlendirici sonuçların elde edileceğini tahmin etmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Kinopristin/dalfopristin, Staphylococcus aureus, Streptococcussspp., Enterococcus spp., KNS, disk diffüzyon.2

Deşik klinik örneklerden soyutlanan kandida türlerine virulans faktörlerinden proteinaz, fosfolipaz ve esteraz aktivitelerinin araştırılması

1.ÖZET Kandidalar doğada, insan ve hayvanların florasında bulunan maya morfolojisinde mikroorganizmalardır. Son yıllarda kanser, transplant ve immunsüpresif hastaların yaşam süreleri, gelişmiş tedavi protokolleri nedeniyle uzamış ve dolayısıyla bu hastalarda mantar enfeksiyonu görülme sıklığı artmıştır. Mantar enfeksiyonlarında Candida albicans dışında diğer kandida türlerinin izolasyonundaki artış, bu türlerin virülans faktörlerinin önemini arttırmıştır. Enfeksiyon oluşumunda konak faktörleri kadar kandidaların virülans faktörleri de önemli bir yer tutmaktadır. Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden izole edilen 100 kandida susunun türleri belirlenmiş ve türlere göre proteinaz, fosfolipaz ve esteraz aktiviteler: araştırılmıştır. 100 kandida susunun; 58' i C. albicans,14' ü C. glabrata, 11' C. tropicalis, 52' i C.famata, 4' ü C. sake, 3' ü C. knısei, 2' si C guillermondii, V C. lusiianiaee, l'i C. pelliculose, 1' i C. curvata olarak adlandırılmıştır. Proteinaz enzim aktivitesi, Sığır Serum Albumin Agar'da, protein lizisine bağlı olarak şeffaf zonlann oluşup oluşmamasına göre değerlendirilmiştir. Proteinaz oram türlere göre; % 82.7 C albicans, % 72.7 C. tropicalis, % 40 C.famata, % 50 C guillermondii, % 100 C. lusitaniae, % 100 C. curvata olarak tespit edilmiştir. C sake, C. krusei ve C. pelliculose de proteinaz aktivitesi görülmemiştir. Proteniaz aktivitesinin kilinik örneklere göre dağılımı ise, dışkı, boğaz, balgam, yara % 100, kan % 83.3, vaginal akıntı % 57.9, idrar % 46.6 olarak değerlendirilmiştir. Fosfolipaz enzim aktivitesi, Yumurta Sanlı Agar besiyerinde değerlendirilmiştir. Koloni çapının, koloni ve presipitasyon zonunun uzunluğuna oranlanarak, l'-e eşit olanlar olumsuz, l'den küçük olanlar olumlu olarakdeğerlendirilmiş ve türlere göre C. albicans % 89.6, Ctropicalis % 72.7 olarak bulunmuştur. Diğer türlerde fosfolipaz aktivitesi görülmemiştir. Klinik örneklere göre ise, boğaz % 100, kan ve idrar % 66.6, vaginal akıntı % 59.4 oranında fosfolipaz aktivitesi tespit edilmiştir. Esteraz aktivitesi Tween 80 Ağarda, inokülasyon bölgesinin etrafında ışığı geçiren opak kristaller veya opak alan oluşumu gözlenenler olumlu, gözlenmeyenler olumsuz olarak değerlendirilmiştir. Türlere göre C. albicans %93.1, C. tropicalis % 100, C. glabrata % 7.1, C. famata %60, G guillermondii %50, C. curvata % 100, olarak tespit edilmiştir. Diğer türlerde esteraz aktivitesi gözlenmemiştir. Klinik örneklere göre esteraz aktivitesi, dışkı, boğaz, balgam ve yarada % 100, vaginal akıntıda % 73.9, kanda % 66.6, idrarda % 53.3 oranında tespit edilmiştir. Sonuç olarak, kandidalarda virülans faktörlerinden olan proteinaz,fosfolipaz ve esteraz üretimi sıklığı, çalışmamızda izole edilen suşlar arasında orta ve üst düzeyde saptanmış olup, kandida enfeksiyonlarında bu enzimlerin araştırılması, tedavinin planlanmasında yaralı olacaktır. Anahtar kelimeler : Kandida türleri, proteinaz, fosfolipaz, esteraz..

Pan-antibiyotik dirençli pseudomonas aeruginosa ve stenotrophomonas maltophilia suşlarına karşı son seçenek ajanlardan biri olan kolistinin invitro etkinliğinin araştırılması

Çoklu dirençli bakteriler, özellikle hastanede yatan ve genel durumu kötü hastalar için önemli bir saglık riski olusturmaktadır. Rasyonel olmayan antibiyotik kullanımı ve standart infeksiyon kontrol önlemlerinin yeterince uygulanmaması sonucu bu tür direnç fenotipleri hızlı bir yayılım göstermis ve Türkiye ile birlikte birçok ülkede ciddi bir tedavi sorunu olarak ortaya çıkmıstır. Gram negatif bakterilerde gelisen çoklu direnç fenotipleri nedeniyle polipeptit yapılı bir antibiyotik olan Kolistinin (Polymxin-E) önemi tekrar artmaya baslamıstır. Ancak, ülkemizde asırı dirençli suslara karsı bu antibiyotigin etkinligini birdiren çalısma sayısı oldukça kısıtlıdır. Bu çalısmada, Ocak 2004 ve Subat 2007 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuarında soyutlanan ve Clinic Laboratory Standards Institute (CLSI) tarafından önerilen tüm antipseudomonal antibiyotiklere karsı disk difüzyon yöntemi ile yapılan antibiyogramda dirençli oldugu saptanan 57 Pseudomonas aeruginosa ve 10 Stenotrophomonas maltophilia susunun Kolistin duyarlılıgı Etest (AB Biodisk) yöntemi arastırılmıstır. Kolistinin P. aeruginosa ve S. maltophilia suslarına karsı etkinligi sırasıyla %56.1 ve %40 olarak saptanmıstır. P. aeruginosa suslarının Kolistin için ölçülen MİK50 ve MİK90 degerleri sırasıyla 2?g/ml ve 16 ?g/ml; S. maltophilia suslarının Kolistin için ölçülen MİK50 ve MİK90 degerleri ise 4 ?g/ml ve 256 ?g/ml olarak bulunmustur. Bu sonuçlar ısıgında; Kolistinin, çalısılan pseudomonas ve stenotrophomonas suslarına karsı etkinligi orta düzeyde oldugu görülmüstür. Bilimsel literatürle karsılastırıldıgında çalısmamızda daha yüksek direnç sıklıgı dikkati çekmektedir. Çalıstıgımız susların pan-antibiyotik dirençli olmaları nedeniyle çoklu direnç genlerini tasımaları, elde ettigimiz bu düsük duyarlılık sonuçlarının baslıca nedeni olarak düsünülmüstür. Ortaya çıkabilecek ciddi yan etkiler göz önüne alındıgında, pan-antibiyotik dirençli non-fermentatif ajanlara karsı Kolistinin kullanmı öncesi, in vitro etkinliginin saptanması faydalı olacaktır.

Üst solunum yolları malign lezyonlarında HPV tip 16, 18, 31 ve 33'ün araştırılması

Bu çalısmanın amacı, üst solunum yolları malign lezyonlarında Human papillomavirus (HPV) görülme sıklıgını ve tiplerini belirleyerek, HPV'nin bu kanserlerin gelismesindeki rolünün açıklanmasına katkıda bulunmaktır. Human papillomavirus varlıgının arastırılması için, üst solunum yolları kanseri tanısı konulmus olan 100 hasta ile kontrol grubu olarak üst solunum yolları benign lezyonu tanısı konulmus olan 25 hastaya ait arsivlenmis parafinize doku örnegi Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemiyle analiz edilmistir. HPV tip 16, 18, 31 ve 33'ün saptanması ve tiplendirilmesi amacıyla, L1 ve E6 primerleri ve tipe özgül primerler kullanılarak nested PCR yapılmıstır. Örneklerden 25 tanesi yeterli DNA içermedigi için çalısmadan çıkarılmıstır. Yetmisbes üst solunum yolu kanseri örneginin 25 tanesi (%33) HPV DNA yönünden pozitif olarak bulunmus; HPV pozitif örneklerin 11 tanesinde (% 44) HPV 16 DNA, 8 tanesinde ise (% 32) HPV 18 DNA pozitif bulunmustur. Bir olguda HPV 16 ve HPV 18 birlikteligi tespit edilmistir. Sonuç olarak, HPV'nin, üst solunum yolları malign lezyonlarının birçogunda etiyolojik bir rol oynadıgı düsünülmektedir. Çalısmamızda elde edilen bulgular, HPV tip 16 ve 18'in üst solunum yolları malign lezyonlarındaki olası rolünü desteklemektedir. Türkiye'deki HPV infeksiyonlarının epidemiyolojisinin daha iyi aydınlatılabilmesi için daha kapsamlı çalısmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Human Papillomavirus (HPV), Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR), Üst Solunum Yolları Malign Lezyonları

Fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi (FESC) uygulanan kronik sinüzitli hastaların sinüs materyallerinin bakteriyolojik yönden değerlendirilmesi

1. ÖZET Bu prospektif çalışma; Fırat Üniversitesi Fırat Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı'nda Ocak-1999 ile Temmuz-1999 tarihleri arasında kronik sinüzit tanısı almış fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi (FESC) planlanan yaşlan 18 ile 65 arasında değişen 23'ü erkek, 8'i kadın 31 hastada, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuarında yapıldı. Operasyon sırasında direkt olarak maksiller ve etmoid sinüs içinden alınan aspirasyon materyalinde, prospektif olarak bakteriyel patojenlerin belirlenmesi amaçlandı. Ayrıca bu çalışmada, maksiller ve etmoid sinüslerden alman örneklerin kültüründe üreyen mikroorganizmalar ile operasyondan önce boğazdan ve burundan alman sürüntülerde üreyen mikroorganizmalar arasında bir ilişki olup olmadığı incelendi. Kronik sinüzitin medikal veya cerrahi olarak en etkili olabilecek tedavi şekli henüz kesin bir şekilde ortaya konamamıştır. Bu hastalığın bakteriyolojisinin anlaşılması uygun tedavi stratejilerinin belirlenmesine yardımcı olacaktır Mikrobiyolojik değerlendirme için alınan örnekler; operasyondan önce boğaz, burun sürüntüsü ve operasyon sırasında (FESC) direkt olarak sinüslerin içinden nazal irrigasyon tüplerine alınan aspirasyon materyali idi. Aspirasyon materyalleri steril silgiçlerle kömürlü amies transport taşıma ortamına ve ayıraçlı tiyoglikolat ortamına alındılar. Tüm örnekler toplanmasını takiben 2 saat içerisinde mikrobiyoloji laboratuarına nakledildi. Mikrorganizmalar standart mikrobiyolojik metodlarla identifıye ve izole edildiler (7, 20, 52). Doyle ve Woodham'in (23) önerdiği şekilde izolasyonlar klasik ve nonklasik gruplara ayrıldılar. Çalışmayı oluşturan 31 kronik sinüzitli hastanın operasyon sırasında maksiller ve etmoid sinüslerinden direkt olarak alınan aspirasyon materyallerinin bakteriyolojik kültürlerinin %87.09'unda aerop bakteriler ürerken, %19.35'inde anaerop bakteriler izole edildi. Bu çalışmada izole edilen klasik patojenler arasında Anaerop bakteriler (n= 6), koagulaz pozitif stafilokok (n=5) ve Klebsiella pneumoniae (n=4) en fazla gözlenen bakteriler oldu. Ancak anaeroplar klasik patojenler arasında bulunmalarına rağmen, patojen deyimi bu mikroorganizmalar için hala tartışma konusudur. En sık izole edilen non-klasik patojenler; koagulaz negatif stafilokok (n= 9) ve viridans streptokok (n= 7) olaraktesbit edildi. Kronik sinüzitin patogenezinde non-klasik patojenlerin rolü halen açık değildir. Çalışmamızda Stafilokok'lar en sık izole edilen bakteriler olduğundan bu mikroorganizmalara yönelik ampirik antibiyotik tedavisinin yararlı olabileceği düşünüldü. Aynı zamanda izole edilen bütün mikroorganizmalar için antimikrobiyal duyarlılık testlerinin yapılmasının uygun tedavi rejimlerinin belirlenmesinde faydalı olacağına inanıyoruz. Kronik sinüzitin mikrobiyal etyolojisini inceleyen çalışmaların sonuçları akut enfeksiyonlara göre daha fazla çeşitlilik gösterir. Bu nedenle farklı çalışmaların sonuçlarım birbiriyle kıyaslamak oldukça zordur. Burada; örnekleme tekniklerinde değişiklikler, örnek transport metodu ve araçları, hastaların yaşlan, hastalığın süresi ve uzunluğu, operasyon öncesi antibiyotik tedavisi gibi faktörlerin rol oynayabileceği kanaatine varıldı. Çalışmamızda etmoid sinüslerden (n=ll) alman örneklerin hiçbirinde anaerop bakteri üremesi olmadı. İzole edilen bakteriler hemen hemen maksiller sinüslerden (n=20) izole edilenlerle benzerdi. Yapılan kültürlerin %3.22 'sinde (n=l) funguslar üretildiği halde, mikroskopik değerlendirmede invaziv fungal hasar saptanamadı ve klinikte fungal sinüzitli hiçbir hasta yoktu. Burun ve boğaz flora bakterilerinin, kronik olarak infekte sinüslerdeki bakterilerin değerlendirilmesinde, önemli bir faktör olmadıkları sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: Kronik sinüzit, bakteriyoloji, fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi

Hepatit B virüsü HBcAg geninin klonlanması ve ökaryotik hücrelerde açıklanması

1. ÖZET Bu çalışmada, hepatit B virüsünün kor antijeni (HBcAg) geninin Escherichia coli (E. coli)' de klonlanması ve HBcAg proteinin ökaryotik hücrelerde açıklatılması rapor edilmiştir. Çalışmada, öncelikle, HBcAg geni, hepatit B virüsle infekte hasta serumundan izole edilen DNA' dan polimeraz zincir tepkimesiyle (PCR) çoğaltıldı ve pUC19 plazmitine yerleştirildi, Elde edilen rekombinant plazmit (pHBc-1) E. coli hücrelerinin transformasyonunda kullanıldı. pHBc-1 plazmiti içindeki HBcAg gerıinin varlığı PCR ve enzim sindirme deneyleri ile doğrulandı. Daha sonra, rekombinant plazmit klonlanndan EcoKL ve Hindül restriksiyon enzimleriyle uzaklaştınlan HBcAg geni, ökaryotik eksprasyon plazmiti olan, pcDNA3 içine yerleştirildi. Oluşturulan rekombinant plazmit, pcDNA-HBc, içindeki HBcAg geninin varlığı yine restriksiyon enzim sindirimi deneyi ile test edildi. Daha sonra, pcDNA-HBc, ökaryotik Vero hücrelerine transfekte edildi ve pcDNA-HBc plazmitini istikrarlı bir şekilde taşıyan hücre hatları, Vero-HBc, genetisin içeren kültür vasatında seçildi. Vero-HBc hücrelerinde HBcAg proteinin açıklanması Western Immunoblot deneyi ile test edildi. Immunoblotlamada Vero-HBc hücrelerinde 21 kilodalton (kDa) büyüklüğünde HBcAg proteini belirlendi. Sonuç olarak, bu çalışmada günümüzün en ciddi sağlık sorunlarından birini oluşturan hepatit B virüsün kor antijenini şifreleyen gen klonlanarak ökaryotik hücrelerde açıklatılmıştır. Bir viral proteini şifreleyen genin izolasyonundan eksprâsyöriunâ kadar olan aşamaları içeren çalışma, bu alanda ülkemizdeki ilklerden birini temsil etmektedir.

Mycobacterium türlerinin hsp65 ve gyrB gen bölgelerinin dizi analizi ile tanımlanması

Mikrobiyoloji laboratuvarında izole edilen maya mantarlarının Vıtek 2 Compact System ile identifikasyonu ve antifungal duyarlılıklarının tespiti

Maya mantarları doğada yaygın olarak bulunurlar. İnsanlarda fırsatçı patojen olarak karşımıza çıkan maya mantarları arasından Candida türlerine sıklıkla rastlanmaktadır. Cryptococcoceae ailesi içinde yer alan Candida türleri vücutta gastrointestinal sistem başta olmak üzere mukokutanöz membranlarda bulunurlar. İmmün sistemi ya da anatomik engelleri yetersiz kılan durumlar, invaziv girişimler, sitotoksik kemoterapi gibi durumlar fırsatçı mikozların sıklığını arttırmıştır. Buna bağlı olarak ampirik antifungal tedavi uygulamalarının artmasıyla diençli Non-albicans türleri ortaya çıkmıştır. Bütün bunlar mayaların identifikasyon ve duyarlılık testlerinin önemini ortaya çıkarmıştır.İdentifikasyon ve duyarlılık tespitini otomatize olarak yapan VITEK 2 compact system konvansiyonel yöntemlere göre kullanım kolaylığı olan, kısa zamanda sonuç veren ve daha az ekipman gerektiren bir sitemdir. Çalışmamızda kullandığımız VITEK 2 compact system ile izole ettiğimiz 129 maya mantarının identifikasyon sonuçlarına göre türlerin %48.06 'sı C.albicans idi. En sık olarak tespit edilen C.albicans dışındaki türlerin %17.82'si C.glabrata, %11.62'si C.tropicalis, %7.75'i C.parapsilosis, %6.20'si C.kefry, %3.10'u C.lipolytica, %3.10'u C.dupliniensis ve %2.32'si C.krusei olarak tespit edildi. Tespit edilen antifungal duyarlılık durumlarına göre, Flukonazol' e %3.87 direnç, Vorikonazol'e %0.775 ve Amfoterisin B'ye %0.775 direnç tespit edilmiştir. Flusitozin %100 duyarlı bulunmuştur.Çalışma sonuçları literatürlerle uyumlu olup hastanemizdeki tür dağılımı ve direnç oranları konusunda fikir vermiştir. İdentifikasyon ve antifungal duyarlılık sonuçlarının tespiti sayesinde ülke ekonomisi ve üniversite kaynaklarının etkin ve sağlıklı kullanılmasına yardımcı olabileceği öngörülmektedir.

Tüberküloz tanısında LED floresan mikroskop yöntemi ve Ziehl-Neelsen yönteminin karşılaştırılması

Bu çalışmada Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına direk mikroskopi ve kültür işlemleri için gönderilen 758 klinik örnek alınmıştır. Bu örnekler EZN boyama yöntemi, Auramin-O boyama yöntemi, BACTEC MGIT sıvı besiyeri kültür sistemi ve Löwenstein-Jensen katı besiyeri kültür yöntemi ile çalışılmış; aside dirençli basilleri saptamada bu testlerin etkinliği araştırılmıştır. Çalışmada fluorokrom yöntem olarak tek bir aparat ile ışık mikroskobuna uygulanabilen LED-FM kullanılmıştır. İncelenen 758 klinik örneğin 102'si (%13.4) kültür pozitif olarak değerlendirilmiş ve bunun 50'si (%49) EZN ile, 66'sı (%64.7) Auramin-O ile pozitif olarak tespit edilmiştir. EZN yöntemi ile pozitif olarak bulunan 1 örnek, Auramin-O ile pozitif bulunan 24 örnek kültür negatif olarak belirlenmiştir. Boyama yöntemlerinin kültür yöntemleri referans test alınarak yapılan karşılaştırılmada, EZN boyama yöntemi için duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer sırasıyla %49.02, %99.85, %98.08, % 92.64 olarak saptanmıştır. Auramin-O için duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer sırasıyla %64.7, %96.3, %73.33, % 94.6 olarak saptanmıştır. Çalışmada LED-FM yönteminin EZN yöntemine göre sensitivitesi yüksek, spesifitesi düşük olarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak LED-FM, yüksek sensitivitesinden dolayı iş yükü fazla olan laboratuvarlarda EZN'ye alternatif olarak kullanılabilir ve aside dirençli basil şüphesi olan preparatların EZN ile doğrulanması gerekir. Anahtar sözcükler: Erlich-Ziehl-Neelsen, Auramin-O, LED-FM, MGIT, Löwenstein-Jensen.

Tüberküloz tanısında Erlich Ziehl-Neelsen, fluorokrom boyama yöntemleri ile Bactec ve Lowenstein-Jensen kültür yöntemlerinin sonuçlarının değerlendirilmesi

ÖZET Bu çalışmada 340 klinik örnek, tüberküloz yönünden Ziehl-Neelsen, fluorokrom boyama ve Bactec, Lowenstein-Jensen kültür yöntemleri ile incelenmiş ve fluorokrom yönteminin tanıdaki değeri araştırılmıştır. incelenen 340 klinik örneğin 34'ünden (%10) pozitif kültür sonucu alınmış ve 34 kültür pozitif örneğin 13'ü (%3,8) Ziehl-Neelsen ile; 18'i (%5.3) fluorokrom boyama yöntemi ile pozitif olarak bulunmuştur. Uygulanan NAP idantifikasyon deneyi sonucunda 34 susun 32 'si (94.1) M. tuberculosis kompleks, 2'si (%5.9) MOTT basilleri olarak tanımlanmıştır. İzole edilen 32 M. tuberculosis complex susunun streptomisin, INH, rifampin ve etambutole duyarlılıkları Bactec sistemi ile değerlendirilmiştir. Bu suşlann 4'ü (%12.5) streptomisine dirençli, 9'u (%28.1) INH'a dirençli,7'si (%21.8)rifampine dirençli 6'sı (%18.7) etambutole dirençli olarak bulunmuştur. Total ilaç direnci %43.7 olarak bulunmuştur.6 suş (%18.7) bir ilaca, 5 suş (% 15.6) iki ilaca, 2 suş (%6.2) üç ilaca ve 1suş (%3.1) dört ilaca dirençli bulunmuştur. 64

İnvitro Fe+2 (demir) sınırlandırılmasının bazı bakterilerin (S.aureus, S. epidermitis, E.coli, P.aeruginosa) üremeleri ve antibiyotik duyarlılıkları üzerine etkisi

Çalışmada S.aureııs, S.epidermidis, E.coli ve P. aeruginosa bakterilerinin değişik klinik materyallerden izole edilen 3 6' şar adet susu kullanıldı. Bu suşlarm EDDHA katılarak demir kısıtlanması oluşturulan MHA ile standart MHA'lı ortamın antibiyotikler üzerinde etkisini izlemek amacıyla zon çaplan istatistiksel olarak değerlendirildi. Çalışmamızda içerisine 50 ug/ml EDDHA ekleyerek demir sınırlanması yaratılan MHA ile standart MHA besiyerinde bakterilerin antibiyotiklerle olan etkileşimlerini inceledik. S.aureııs ve S.epidermidis için meropenem (10 ug), imipenem (10 ug), ceftriaxone (30 ug), piperacillin /tazobactam (75/10 ug), levofloxacin (5 ug) diskleri kullanıldı. E.coli ve P.aeruginosa için meropenem (10 ug), imipenem (10 ug), ceftriaxone (30 ug), piperacillin/tazobactam (75/10 ug), ofloxacin (10 ug) diskleri kullanıldı. S.aureus suşlannm imipenem, piperacillin/tazobactam ve levofloksasin için antibiyotik zon çaplan arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuş, ceftriaxone ve meropenem için zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür. S.epidermidis suşlannın meropenem, imipenem, ceftriaxone, piperacillin/tazobactam ve levofloksasin için antibiyotik zon çaplanndaki fark istatistiksel olarak önemli bulunmuştur. E.coli suşlannm ceftriaxone, piperacillin/tazobactam için istatistiksel olarak antibiyotik zon çaplan arasındaki fark önemli bulunmuş, meropenem, imipenem ve ofloxacin için ise antibiyotik zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür. P, aeruginosa suşlannın karbapenem grubu antibiyotiklerden meropenem ve imipenem İçin istatistiksel olarak önemli bulunmuş, ceftriaxone, piperacillin/tazobactam, ofloxacin için ise antibiyotik zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür.

Bactec kan kültür sistemi ile izole edilen aerop bakterilerin identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık sonuçlarının değerlendirilmesi

Bu çalışmada Mayıs 2003-Nisan 2004 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Merkez Laboratuvarı'na gelen kan kültürlerinin BACTEC 9050(Becton Dickinson ,Sparks, MD, USA) sistemi ile değerlendirilmesi amaçlandı.Üreyen aerop bakterilerin antibiyotik duyarlılıkları ve identifikasyonları Sceptor (Becton Dickinson ,Sparks, MD, USA) mikrodilüsyon sistemi ile yapıldı. Toplam 1366 kan kültür örneğinin 958'inde (%70.14) üreme olmazken,408'inde (%29.86) üreme saptandı. Üreyen etkenlerin %75.00'i gram-pozitif bakteri, %17.40'ı gram-negatif bakteri, %4.65'i maya ve %2.95'i kontaminasyon olarak kabul edildi. Gram-pozitif bakteriler içerisinde en sık olarak koagülaz negatif stafilokoklar (%74.50) ve S.aureus (% 17.64) izole edildi. S.aureus suşlarının %46'sı , koagülaz negatif stafilokok türlerinin ise %72'si metisiline dirençli olarak bulundu.Vankomisin ve teikoplanin stafilokoklar için en etkili antibiyotikler olarak saptandı. Gram-negatif mikroorganizmalar içerisinde ise E.coli (% 25.35) ,Klebsiella spp. (% 23.94) ve Acinetobacter spp. (%14.08) en sık olarak izole edilen etkenlerdir.Amikasin ve imipenem gram-negatif bakteriler için en etkili antibiyotikler olarak bulunurken , ampisilline karşı yüksek oranda direnç saptandı.

Koyun atık fetuslarından Campylobacter Spp. izolasyonu-identifikasyonu ve antibiyotiklere olan direnci

Bu çalışmada, Diyarbakır ve çevresinden temin edilen atık koyun fetuslarından Campylobacter spp.'nin izolasyonu ve identifikasyonu amaçlandı. Bakterinin izolasyonu için konvansiyonel yöntemler kullanıldı, izole edilen suşların identifikasyonu için ise bakterinin biyokimyasal, üreme ve tolerans özelliklerinden faydalanıldı. 25 farklı yerleşim biriminden getirilen 100 koyun atık fetusunun 10 adetinde (%10) Campylobacter spp. izole edildi. Bulunan mikroorganizmaların 7'si C. fetus subsp. fetus, 3'ü C. jejuni olarak identifiye edildi. Identifiye edilen suşlar üzerinde yapılan antibiyotik duyarlılık testlerinde tüm suşlar penisiline dirençli bulunurken, 9 suş streptomisine orta derecede duyarlı, 8 suş tetrasikline orta derecede duyarlı ve gentamisin ile neomisine duyarlı, 7 suş eritromisine duyarlı, tüm suşlar ise %100 oranında enrofloksasine duyarlı bulundu. Anahtar Kelimeler: Koyun, Atık, Campylobacter spp., Antibiyotik direnci.

Rose-bengal testi (+), serum tüp aglütinasyon testi (-) ve coombs testi (-) olan ve klinik olarak bruselloz şüpheli hastaların serumunda brucella DNA'nın real time PCR yöntemiyle aranması

ÖZETBrucella cinsi bakterilerin etkeni olduğu bruselloz; dünyada önemli halk sağlığıproblemi oluşturmaktadır. Hastalığın ciddiyeti ve insanlar için uygun aşının yokluğundandolayı biyoterörizm ajanı olarak kullanılabilmektedir.Brusellozda genel infeksiyon belirtilerinin yanında özgül klinik belirtilerininolmamasından dolayı laboratuvar tanı yöntemleri ön plana çıkmıştır. Bruselloz tanısında;mikroorganizmanın izolasyonundaki güçlüklerden dolayı serolojik yöntemlerden daha fazlayararlanılmaktadır. Serolojik testlerde endemik bölgelerde yaşayan sağlıklı kişilerde depozitiflik görülebilmekte ve ayrıca 1/20 ve 1/160 arasındaki titreleri yorumlamak güçolmaktadır. Ancak son yıllarda moleküler yöntemler hastalığın tanısında yaygın olarakkullanılmaya başlanmıştır.Bu çalışmada; Dicle üniversitesi Tıp Fakültesi klinik ve polikliniklerden brusellozön tanısı ile Merkez Laboratuvarına gönderilen hasta serum örneklerinden, Rose Bengal testipozitif, Standart Tüp Aglütinasyon testi titresi 1/160'tan düşük ve Coombs testi negatifolanlarda, Brucella DNA'nın real time PCR yöntemiyle aranması amaçlandı.Çalışmaya alınan RBT pozitif olan toplam 90 serum örneğinin 21 tanesi (%23.3)1/20 titrede, 41 tanesi (%45.5) 1/40 titrede ve 28 tanesi de (%31.1) 1/80 titrede pozitifbulunmuştur. real time PCR ile 90 serum örneğinde yapılan çalışmada ise 3 hastada (%3.3)Brucella DNA pozitif bulundu. Çalışmamızda saptadığımız pozitif PCR sonuçlarının;bölgemizde sık rastladığımız kronik veya tam tedavi görmemiş hastalara ait serumlarolduğunu düşünmekteyiz.40PCR testinin; duyarlılığının yüksek olması, hızlı olması, herhangi bir vücutdokusunda uygulanabilmesi, bulaştan 10 gün sonra bile pozitif sonuç vermesi, laboratuvardapersonele bulaş riskinin diğer yöntemlere göre az olmasından dolayı, yöntemin çalışmasındatam bir standardizasyon sağlandıktan sonra rutin laboratuvar tanısında kullanılması önemli birgelişme olarak kabul edilmektedir.41

İçme suyu pompalarında Escherichia coli'nin oluşturduğu biyofilm yapısının incelenmesi ve oluşmasının önlenmesi

Hücrelerin birbirlerine, canlı veya cansız yüzeylere yapışarak oluşturdukları mikroorganizma kümesine biyofilm denmektedir. Koli basili olarak bilinen Escherichia coli, memeli hayvanların kalın bağırsak florasını oluşturan bakteriler arasında yer almakla birlikte birçok hastalığa da sebep olmaktadır. Su arıtım tesislerinde E.coli su kirliliğinin "göstergeci" olarak kullanılmaktadır. Canlı ve cansız yüzeylerde biyofilm oluşturma yeteneğine sahiptir. Oluşturduğu biyofilm yapısıyla zorlu çevre koşullarına, antibiyotiklere ve dezenfektanlara dirençli hale gelir. Böylece hastalık oluşturma riski artmaktadır.Çalışmamızda, toplumda içme suyu olarak sıkça kullanılan damacanalardaki pompaların yüzeyinde deneysel olarak oluşturulan E.coli'nin biyofilm yapısı, taramalı elektron mikroskobu (TEM) ve kristal viyole ile boyama yöntemi kullanılarak birinci, dördüncü ve yedinci günlerde incelendi. Ayrıca halk sağlığını tehdit eden biyofilm yapısının giderimi için mekanik ve kimyasal dezenfeksiyon yöntemlerinin etkileri araştırıldı. Örnekler (n: 192) iki grupta incelendi. Doksan altı adet örnek sadece kimyasal olarak sodyum hipoklorit solüsyonu (n:48, 500 ppm ve n:48, 5000 ppm) ile dezenfekte edildi. Diğer 96 adet örnek ise önce mekanik olarak fırçalanıp daha sonra kimyasal olarak sodyum hipoklorit solüsyonu (n:48, 500 ppm ve n:48, 5000 ppm) ile dezenfekte edildi. Tüm örnekler; birinci ve dördüncü gün, taramalı elektron mikroskobu ve kristal viyole ile boyama yöntemi kullanılarak incelendi. Elde edilen sonuçlar istatistiksel olarak karşılaştırıldı.Sonuç olarak, E.coli'nin birinci gün biyofilm yapısını oluşturmaya başladığı, dördüncü gün en yoğun biyofilm yapısını oluşturduğu, yedinci gün yoğunluğun giderek azaldığı saptandı. Dezenfeksiyon uygulandığında ise, hem sadece kimyasal dezenfeksiyon uygulanan, hem de fiziksel ve kimyasal dezenfeksiyonun birlikte uygulandığı örneklerde bakteri saptanmadı. Ayrıca sodyum hipokloridin 500 ppm ve 5000 ppm'lik konsantrasyonları arasında da fark gözlenmedi. Bu sonuçlar ışığında, içme suyu damacanalarındaki su pompalarının dezenfeksiyonu için sodyum hipokloridin 500 ppm (%0,05)'lik konsantrasyonunun dört günde bir 20 dakika uygulanması önerilmektedir.

Hepatit C virüs zarf glikoproteininin saflaştırılarak elde edilmesi

Hepatit C Virüsü (HCV) enfeksiyonu önemli bir halk sağlığı sorunudur. HCV kronikleşmeye eğilim gösterir ve ilerleyen dönemde siroz ile hepatosellüler karsinoma gibi ağır klinik tablolar gelişebilir. Virüs populasyonunun türümsü oluşumuna yatkın doğası sayesinde konak bağışık yanıtından kaçabilen varyantların seçilmesi kronik enfeksiyona gidişin göstergelerinden biridir. Zarf glikoproteinlerinin (E1 ve E2) sürekli şeçilim baskısı altında olması antikor yanıtından kaçabilen seçilmiş viral varyantların ortaya çıkmasıyla sonuçlanır. E1 proteini, hedef hücrelere virüsün bağlanması ve girişi yanı sıra konak immün yanıtının modülasyonunda da önemli rol oynar. Bu çalışmada, genotip 1b'ye ait bir HCV E1 molekülünün klonlanması ve prokaryotik sistemde ifade ettirilmesini raporladık.HCV E1 proteininin E. coli içinde ifadesi için, 1b genotipindeki bir klinik izolattan tam uzunlukta ve C-terminali kesilmiş E1 dizileri PZT yoluyla amplifiye edilmiştir. Elde edilen ürünler pQE30 vektörüne takılıp klonlandıktan sonra His-etiketlenmiş proteinler olarak E. coli içinde ifade edilmiştir. E1 proteinleri SDS-PAGE ile karakterize edildikten sonra proteinlerin immün reaktivitesi anti-HCV pozitif serum örnekleri kullanarak Western Blot (WB) analizi ile değerlendirilmiştir. Tam uzunlukta ve kesilmiş C-terminal E1 hexa-histidin-etiketli rekombinant füzyon proteinleri olarak prokaryotik sistemde başarıyla ifade edilmiştir. Rekombinant E1 proteinlerinde, HCV ile enfekte hastaların poliklonal serumLarı kullanılarak immünolojik reaksiyon belirlenmiştir.Tam uzunlukta viral zarf proteinlerinin prokaryotik ifadesi zor olabilir. Bu çalışmada Türkiye'de ilk kez, immünolojik reaktif olan tam uzunlukta ve kesilmiş E1 proteinlerin başarılı ifadesi raporlanmıştır. Bu çalışmada elde edilen rE1 proteinleri tanısal ve immünolojik ileri çalışmalarda önemli araçlardan olabilir.Anahtar kelimeler : HCV zarf proteini 1; Rekombinant proteinler; Escherichia coli

Kan dışı örneklerde hepatit C virus RNA'sının araştırılması

Hepatit C virus (HCV) enfeksiyonu kronik hepatit, karaciğer sirozu ve hepatoselüler karsinomun en önemli nedenlerinden biridir. Hepatit C, yüksek oranda (%70-80) kronikleşen ve yıllarca asemptomatik seyreden bir enfeksiyondur.Kronik hepatit C enfeksiyonunda patogenez ve interferon+ribavirin tedavisinde yanıtsızlığa yol açan etkenler net olarak ortaya konamamıştır. Ekstrahepatik hepatit C virusu (HCV) replikasyonun bulaşmada, bağışık yanıttan kaçışta ve tedavi başarısızlğında yol oynayabileceğine ilişkin çelişkili veriler bulunmaktadır. Bu alandaki verilere katkı yapmak amacı ile planlanan çalışmada, kronik HCV hastalarından alınan farklı örneklerde (idrar, tükürük, dışkı), HCV RNA varlığı araştırıldı, pozitif bulunması durumunda kantitasyon ve HCV genotipi açısından aynı hastaya ait plazma örneğinden elde edilen sonuçlar ile karşılaştırıldı. Araştırmanın hipotezi; Hepatit C ile enfekte hastalarda vücudun farklı kompartmanlarında Hepatit C virusunun bulunduğu ve bu kompartmanlardaki viral yükler arasında bir fark olmadığıdır.On beş adet kronik hepatit C enfeksiyonu olan kişiden alınan plazma, tükürük, idrar ve dışkı örnekleri kantitatif izlenebilir (?real-time?) ters transkriptaz polimeraz zincir tepkimesi (RT-PZT) yöntemi kullanılarak HCV RNA açısından incelendi. Nükleik asit ekstraksiyonu QIAamp® Viral RNA Mini Kit (Qiagen, Almanya) ile yapıldı. Plazma dışı örneklerde farklı modifikasyonlar ile duyarlılığı en iyi yöntem araştırıldı. RT-PZT işlemi artus HCV RG RT-PCR Kit (Qiagen, Almanya) kullanılarak, Rotor-Gene 3000 (Corbett Research, Avusturalya) cihazında gerçekleştirildi. Aynı hastaya ait olan plazma ve plazma dışı örneklerde pozitiflik saptanması durumunda, restriksiyon enzim analizi yöntemi kullanılarak viral genotip belirlendi.İncelenen on beş hasta plazmasından on tanesinde HCV RNA pozitif olarak saptandı. Plazmasında viral RNA saptanan hastalardan birinde tükürük, birinde idrar ve bir diğerinde dışkı örneğinde plazma viral yüküne eşdeğer veya daha düşük miktarda HCV RNA saptandı. Plazma örneklerindeki virus, genotip 1 olarak belirlendi. Tükürük, idrar ve dışkı örneklerinin genotiplendirmesi düşük virus miktarı nedeniyle gerçekleştirilemedi. Sonuç olarak, HCV RNA serum dışındaki örneklerde de bulunmakta ve saptanabilmektedir.Anahtar Kelimeler: Hepatit C Virusu, Polimeraz Zincir Tepkimesi, Genotipleme

Türkiye Batı bölgelerinde hantavirus araştırılması: Trakya bölgesi kemiricilerinde hantavirus varlığının polimeraz zincir tepkimesi ile araştırılması

Hantaviruslar, üç segmentli genomları negatif iplikli olan RNA viruslarıdır. İnsanlarda iki önemli sendroma sebep olurlar. Birincisi Asya ve Avrupa? da görülen renal sendromlu kanamalı ateş (HFRS), diğeri ise Amerika? da hantavirus pulmoner sendromudur (HPS). Hantaviruslar, kemirici türleri tarafından taşınırlar ve her bir kemirici türü bir hantavirus türüne spesifiktir. Hantavirus tanısı için serolojik ve moleküler yöntemler kullanılır. Serolojik yöntemlerde en çok; IFAT, ELISA, Fokus Redüksiyon Nötralizasyon Testi ve Strip İmmunoblot yöntemi kullanılırken epidemiyolojik çalışmalarda ise IFAT ve ELISA özellikle yüksek aviditedeki IgG antikorlarını tespit etmeye yönelik kullanılır. Moleküler yöntemler ise hantavirus enfeksiyonlarının 12 ile 24 saat içinde ölüme gidebilen tablosundan ötürü hızlı tanıda önem kazanmaktadır. İnsan ve rodent doku örneklerindeki viral RNA? nın düşük seviyelerde bulunmasından ötürü, yüksek homolojiye sahip bölgeler için seçilmiş primerler kullanılarak gerçekleştirilen yuvalanmış ters transkripsiyon polimeraz zincir tepkimesine (nested-RT-PCR) gerek duyulmaktadır. Bu çalışmada, Trakya Bölgesi? nden toplanan kemiriciler optimize ettiğimiz yuvalanmış-RT-PCR yöntemi kullanılarak Dobrava, Saarema ve Puumala virüs varlığı açısından taranmıştır. Optimizasyon çalışması öncesi her üç türe özgü öncüller tasarlanmış ve sentezlettirilmiştir. Rodent dokuları ekstraksiyon kiti üreticisinin talimatlarına göre RNA ekstraksiyon işlemine tabi tutulmuş ve RNA? lardan cDNA sentezlettirilerek, sentezlenen cDNA?lar PZT ile taranmasına kadar -80 0C? de saklanmışlardır. PZT tepkimesinin yuvalı olmasına literatürler ışığında karar verilmiş ve Dobrava virüs için sırasıyla MgCl2 konsantrasyonu, cDNA konsantrasyonu, DMSO konsantrasyonu, öncül konsantrasyonu, ürün konsantrasyonu ve Tm optimizasyonu yapılmış ve bu koşullar Saaremaa ve Puumala için de denenerek üç virüs için de yöntem optimizasyonu oturtulmuştur. Daha sonra ise dokulardan ekstrakte edilen RNA? lardan elde edilen cDNA?lar üç virusun varlığı açısından ayrı ayrı taranmıştır. Tarama sonucunda üç serotip için de pozitif sonuç bulunamamıştır. Bu çalışmada optimize edilen PZT yöntemi, tanısal ve immünolojik ileriki çalışmalarda da kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: Hantavirus, nested RT-PCR, optimizasyon

Hepatit C Virusu'na ait rekombinant NS3 proteininin saflaştırılarak oluşturduğu IFN-?, IL-10 ve IL-4 yanıtlarının araştırılması

Dünya çapında yaygın bir infeksiyon etkeni olarak görülen hepatit C virus (HCV) önemli bir halk sağlığı sorunudur. Dünya üzerinde halen yaklaşık olarak 180 milyon insanın HCV ile infekte olduğu öngörülmektedir. İnfekte hastaların %80 kadarının kronikleşmesi ve bunun zemininde zamanla önce siroz daha sonra da hepatoselüler karsinom (HCC) gelişme oranlarının HCV ile infekte olmayan insanlara göre çok yüksek olması dikkat çekicidir. HCV 11 farklı protein ürünü oluşturan yaklaşık 3011 aa'lik tek bir poliproteini kodlar. Bu poli proteinin çeşitli proteazlar tarafından kesilerek işlemlenmesi sonucunda ortaya çıkan NS3 (non-structural protein 3) proteini serin proteaz, NTPaz/helikaz işlevlerine sahip 631aa'lik en büyük proteinlerinden biridir. HCV NS3 proteininin hücre içi yolakların inhibisyonuna katılması ve immun sistemden kaçışta oynadığı rolün araştırılması ile ilgili çok sayıda çalışma bulunmasına karşın NS3'e karşı oluşan immun yanıtlarla ilgili veriler yetersizdir.Bu çalışmada Türkiye'de ilk kez yerel bir HCV kökenine ait NS3 proteininin saflaştırılması ve bu proteinin NS3'e karşı sitokin yanıtı çalışmalarında kullanılabilirliğinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Bunun için Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı'ndan tanısal araştırma amacıyla elde edilmiş HCV genotip 1 taşıdığı bilinen hastadan izole edilen HCV RNA kalıp olarak kullanılmıştır. HCV-RNA'nın NS3 kodlayan bölgesi RT-PZT ile çoğaltıldıktan sonra bir ekspresyon vektörü aracılığı ile klonlanmış ve tam uzunlukta HCV NS3 proteini Escherichia coli M15 hücrelerinde eksprese edilmiştir. Ekspresyon vektörü olarak 6x His-tag dizisi içeren pQE30 plazmiti kullanılmıştır. Rekombinant protein nikel?nitrilotriasetik asit (Ni?NTA) agaroz afinite kromatografisi ile denatüre edici şartlarda saflaştırılmıştır. Sitokin yanıtı çalışmaları için sağlıklı 4 erkek ve 3 kadından oluşan çalışma grubunun tam kan ve periferik kan mononükleer hücreleri rekombinant NS3 ile uyarılmıştır. Uyarılan hücrelerin ve kontrollerin bulunduğu ortam süpernatanlarında IFN?, IL-4, IL-10 sitokin yanıtları kantitatif ELISA yöntemi ile değerlendirilmiştir. Rekombinant NS3 proteinine karşı uyarım sonrası yanıtlar değerlendirildiğinde özellikle uyarılan tam kan örneklerinde belirgin bir IL-10 yanıtı ortaya çıktığı gözlenirken IFN? ve IL-4 için aynı durum gözlenmemiştir. Sonuç olarak şimdiye dek ülkemizde ve uluslar arası literatürde yayınlanmış veriler üzerinde yaptığımız taramalarda ilk kez ülkemizden bir HCV genotip 1b kökenine ait NS3 proteini saflaştırılmış olup sitokin yanıtları ile ilgili optimizasyon ve standardizasyon çalışmaları devam etmektedir.

Metisiline dirençli Staphylococcus aureus izolatlarının ?Staphylococcal Cassette Chromosome mec?(SCCmec) analizi ile moleküler tiplendirilmesi

Amaç: Staphylococcus aureus, gerek virulans mekanizmaları gerekse antimikrobiyal ajanlara karşı hızla direnç kazanma yeteneğinde olması nedeniyle yaşamı tehdit eden ciddi enfeksiyonlara yol açabilen bir mikroorganizmadır. Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşları birçok ülkede hastane enfeksiyonlarının başlıca sebebidir. MRSA klonlarının sınır tanımadan yayılma özelliğinden dolayı bu klonların genotipik özelliklerinin ve evrimsel gelişiminin, farklı coğrafik bölgelerden izole edilen suşların genetik ve evrimsel ilişkilerinin araştırılması önem kazanmıştır. Bu çalışmada, 2006-2009 yıllarında Dokuz Eylül Üniversitesi, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi, Marmara Üniversitesi ve Hacettepe Üniversitesi (Çocuk) Hastanelerinde çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş MRSA izolatlarının ?Stafilokok Kaset Kromozom mec? (Staphylococcal Casette Chromosome (SCC) mec) tiplerinin belirlenmesi,?Panton-Valentine Lökosidin? (pvl) gen varlığının araştırılması, aynı merkez ve farklı merkezlerdeki moleküler epidemiyolojik ilişkilerin makrorestriksiyon analiz yöntemi ile saptanması amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmaya, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi'nden 100 izolat, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesi'nden 21 izolat, Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nden 34 izolat ve Hacettepe Üniversitesi Çocuk Hastanesi'nden 52 izolat olmak üzere, her hastadan tek bir izolat olacak şekilde, toplam 207 izolat dahil edilmiştir. İzolatların identifikasyonu, her merkezin kendi mikrobiyoloji laboratuarlarında yapılmıştır. Tüm izolatların metisilin direnci ?CLSI? (Clinical and Laboratory Standarts Institute) önerilerine uygun olarak merkezimizde tekrar çalışılmıştır. SCCmec tipleri ve PVL varlığı iki farklı multipleks polimeraz zincir tepkimesi (PZT) kullanılarak araştırıldı. İzolatlar arasındaki klonal ilişki ve merkezlerin kendi içlerindeki moleküler epidemiyolojik durumu SmaI enzimi ile restriksiyonu takiben PFGE yöntemi ile belirlenmiştir.Bulgular: Çalışmaya alınan izolatların 1'i (%0.5) SCCmec tip II, 7'si (%3.4) SCCmec tip III, 179' u (%86.5) SCCmec tip III varyantı, 14' ü (% 6.7) SCCmec tip IV ve 6' sı (% 2.9) SCCmec tip IVE olarak saptanmıştır. İzolatların 5'inde (% 2.4) pvl gen varlığı tespit edilmiştir. PVL pozitif suşların tümü tip IV SCCmec elemanı taşımaktadır. Ancak tüm SCCmec tip IV/IVE' lerin tümü pvl geni taşımamaktadır. Tip IV dışındaki diğer SCCmec tiplerinde pvl geni bulunmamıştır. PFGE paternlerine göre izolatların, 13 farklı pulsotipe ayrıldığı saptanmıştır. İzolatların tümü değerlendirildiğinde %87.4' ünün dominant bir klona (A klonuna) ait olduğu belirlenmiştir. Bu durum özellikle SCCmec tip III varyantı taşıyan izolatlar için geçerlidir. Buna karşın, tip IV/IVE SCCmec elemanı taşıyan suşların hiçbirinin bu klona ait olmadığı saptamıştır. SCCmec tip IV/IVE taşıyan izolatların %55'inin K pulsotipi içerisinde yer aldığı belirlenmiştir.Sonuç: Farklı merkezlerden izole edilen MRSA izolatlarının büyük bir çoğunluğunun SCCmec tip III varyantı taşıdığını saptadığımız çalışmamızda, SCCmec tip IV/IVE taşıyan izolatların tespit edilmesi ve bu izolatların sadece bir kısmının pvl geni taşıması çalışmamızın dikkat çekilmesi gereken noktalarıdır. Hastane kökenli MRSA'larda, toplum kökenli MRSA SCCmec tipi olarak bilinen tip IV/IVE SCCmec elemanın bulunması, MRSA epidemiyolojisindeki değişimi yansıtmaktadır. SCCmec tip IV MRSA izolatlarının virülans faktörü olan pvl geninin, izolatların bazılarında tespit edilmemesi de SCCmec tip IV ile PVL arasındaki bağlantının kesinliğinin sorgulanması gerektiğini göstermektedir.

Capd peritoniti olgularında etkenlerin belirlenmesi

Hemodiyaliz hastalarında legionella pneumonphila antikorlarının araştırılması