17
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Sıçanlarda valproik asitle oluşturulmuş otizm modelindebarrel korteks morfolojisinin incelenmesi
Amaç: Otizm, sosyal etkileşim sorunları ve tekrarlayan stereotipik hareketlerle karakterize edilen nörogelişimsel bir bozukluktur ve son yıllarda prevelansı giderek artmaktadır. Otistik bireylerin %90'ından fazlasında görülen duyusal anormallikler, uyaranlara aşırı ya da yetersiz tepki, uyaranların duyusal kodlanmasında ve nöronal entegrasyonunda farklılaşma olarak kendisini gösterir. Sıçan somatik duyu korteksinde bulunan ve her biri bir bıyığı temsil eden barrel isimli hücre grupları, duyu çalışmalarında yarım yüzyıldır kullanılan temel modellerden biridir. Bıyıkların erken neonatal dönemde lezyonlanması, barrel gruplarının somatotopografik yapısını bozar ve nöroplastisite bağlamında incelemeleri mümkün kılar. Benzer şekilde nöron dendritlerinin morfolojik analizi anormal bağlantılar ve devreler hakkında önemli bilgiler verir. Yöntem: Mevcut çalışmada sıçanlarda valproik asit ile oluşturulan otizm modelinde somatik duyu korteksinde morfolojik değişiklikleri incelenmiştir Prenatal valproik asit maruziyetiyle otizm benzeri fenotip oluşturulan hayvanların bir grubunda bıyıklar lezyonlanmış ve korteksin sitokrom-c ile boyanmasıyla genel morfolojik değişimler hacim hesaplama yöntemiyle ortaya konmuş, diğer grubunda ise hücre düzeyindeki farklılıklar, lamina 4 ve 5 nöronlarında Golgi-Cox boyamayla dendritik morfoloji seviyesinde incelenmiştir. Bulgular: Somatik duyu korteksinde thalamokortikal girdileri alan lamina 4 dikenli yıldızsı nöronlarda barrel hacimlerinde, dentritik dallanmalarda ve dikenlerde bir fark gözlenmemiştir. Korteksten çıktıyı ileten lamina 5 piramidal nöronların dendrit dallanmalarında artış, apikal, oblik ve bazal dendritlerindeki dikenlerde zayıflama ve yalnızca bazal dendritlerinde sayıca artış gözlenmiştir. Sonuç: Sıçanlarda valproik asit maruziyetiyle oluşturulan otizm modelinde hücre ve dendrit türüne göre değişen morfolojik anormallikler, hücre tipine özeldir ve yerel devrede oluşan farklılaşmalara işaret etmektedir.
Amyotrofik lateral skleroz (ALS) hastalarından elde edilen eksozomların hedeflendirilmiş nanoteranostik olarak geliştirilmesi
Amiyotrofik lateral skleroz (ALS), serebral korteks, beyin sapı ve omurilikteki motor nöronların ilerleyici dejenerasyonuyla karakterize edilebilen hem üst hem de alt motor nöronları etkileyen bir motor nöron hastalığıdır. Buna ek olarak ALS için hala etkili bir tedavi bulunmamaktadır. Mevcut ilaçlar sadece hastalığın ilerlemesini yavaşlatmaktadır. Mevcut yaklaşımlar arasında antisens oligonükleotidlerin (AON'lar) veya CRISPR taşınım sistemlerinin müdahalesi yer almaktadır. Hastalığın ilerlemesi, yolak sistemi olarak da bilinen nöronlar ve glial hücreler arasındaki hücrelerarası iletişimin değiştirilmesiyle düzenlenir. Fizyolojik düzenleme ve hücreler arası iletişimin ana aracıları, kodlanmayan RNA'lar (ncRNA'lar) gibi kodları alıcı hücrelere aktarabilen hücre dışı veziküllerdir (Evs). Hücre dışı veziküller (EV'ler) 1000 nm'nin altındadır ve özellikle eksozomlar 200 nm - 20 nm arasındadır ve kendi kendini hedefleyen moleküller olarak doğal olarak oluşan çeşitli lipid monomer katmanlarından oluşur. ALS hastalıkları için nanoteranostik iletim platformları olarak EV'ler, lipid katman membran yapısındaki proteinler gibi biyolojik molekülleri hedefleyen kapsüllenmiş nano boya, kuantum noktaları, proteinler, küçük RNA'lar gibi çeşitli biyolojik malzemelerle terapötik ve teşhis amaçlı iletim araçları olarak kullanılabilir. Özellikle eksozomlar, kan-beyin bariyerini aşarak kendi kendini hedefleyen doğasiyla terapötik ajanları ve görüntüleme ajanlarını iletmek için kandan kolayca dolasabilir. Bu çalışmada ALS hastalığı için yeni bir teranostik tabanlı biyolojik nanopartikül geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu bakış açısıyla, ALS hastalarının beyin omurilik sıvısından (BOS) ultrasantrifüj yöntemi sonrasında ekzozomlar elde edilmiştir. Eksozomlar ayrıca TEM, NTA ve DSL yöntemleri ile karakterize edilmiştir. Elde edilen ekzozomlar ultrasonikasyon tekniği ile yeni bir nanotanostik ajan olarak 1,3,4 oksadiazol ile yüklenmiştir. Deneyler sonunda eksozomların görüntüleme ajanları ile başarılı bir şekilde yüklenebildiği ve nanoteranostik ajan olarak kullanılabileceği tespit edilmiştir. ALS hastalarının BOS'undan elde edilen hücre dışı veziküllerin, nadir görülen bir hastalık olan ALS'nin tanı ve tedavisinde potansiyel nanotaşıyıcılar olarak kullanılabileceği kanıtlanmıştır. ANAHTAR KELİMELER: ALS, Eksozom, Ekstrasellüler Vezikül, Teranostik, TEM, siRNA
Retina pigment epitel hücrelerinde (ARPE-19) oksidatif stres kaynaklı hücre hasarında beyaz dut (Morus alba) fitoöstrojeni oxyresveratrol'ün tedavi ve koruyucu etkilerindeki östrojen reseptörlerinin rolünün araştırılması
Yaşlılık döneminde insanlar birçok kronik dejeneratif hastalıkla karşılaşabilmektedir. Bunlardan birisi de yaşa bağlı olarak gelişen maküler dejenerasyondur. Maküler dejenerasyon başta olmak üzere retina hastalıklarının gelişiminde fazla miktarda oluşan reaktif oksijen türleri (ROS) önemli rol oynamaktadır. Çalışmamızda bir fitoöstrojen olan oxyresveratrolün hidrojen peroksit (H2O2) kaynaklı oksidatif hasarda koruyucu ve tedavi edici etkileri, ayrıca bu etkilerde östrojen reseptörlerinin rolü hücre kültürü ortamında araştırılmıştır. ARPE-19 hücre serisinde H2O2 ile oluşturulan oksidatif hasarda, oxyresveratrolün koruyucu ve tedavi edici etkileri ve bu etkilerde östrojen reseptörlerinin rolünü hücre canlılık tespit kiti ile; koruyucu ve tedavi edici etkilerinin moleküler mekanizmasını ise; hücre ölüm tespiti, kaspaz-3 ve TAS\TOS kitleri ile belirledik. Oxyresveratrol oksidatif hasara karşı apoptotik hücre ölümünü azaltarak koruyucu ve tedavi edici etkinlik gösterdi. Oxyresveratrolün oluşturduğu nöroprotektif etki düşük düzeyde de olsa östrojen reseptör α\β ve GPER1 bağımlı görünmektedir. Sonuç olarak oxyresveratrolün yaşa bağlı makula dejenerasyonun önlenmesinde ve tedavisinde deney hayvan çalışmaları sonrasında alternatif bir tedavi olabileceğini düşünmekteyiz.
Multipl skleroz ve diğer demiyelinizan hastalıklarda herpes virüslerin nöronal otoantikorlar ile ilişkisinin araştırılması
Demiyelinizasyona yol açan otoimmün yanıtın tetiklenmesine neden olacak muhtemel mekanizma ve bu mekanizmanın virüslerle ilişkisi hakkında çok az şey bilinmektedir. Bu çalışmada, Multipl Skleroz (MS) ve Nöromiyelitis Optika Spektrum Bozukluğu (NMOSD) olgularında Anti-EBV, Anti-HHV6A pozitiflik seviyelerinin Anti-AQP4, Anti-flotillin, Nörofilament Hafif Zincir (NfL) ve Nogo-A seviyeleri ile olası ilişkilerinin tespit edilmesi amaçlanmaktadır. Etik Kurul onayı 04.02.2020/74 sayılı karar ile alındı. Kliniğimize başvuran 19-54 yaş arası MS (n=19), NMOSD (n=8) ve Psödotümör Serebri (PTS, n=15) olgularının tanı amaçlı alınan BOS örnekleri, ELISA ve IFA yöntemleri (BAİBÜ BAP 2021.08.32.1503) ile çalışıldı. Grup karşılaştırmalarında Bağımsız Örneklem T/Mann Whitney-U, Çapraz Tablolar-Fisher's Exact ve Pearson/Spearman korelasyon analiz testleri kullanıldı. p<0,05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Anti-AQP4 pozitiflik yüzdesi en fazla PTS grubundaydı, p=0,055. Anti-HHV6A pozitif MS (p=0,046) ve PTS (p =0,015) olgularının Nogo-A seviyeleri daha yüksekti. Anti-flotillin pozitif MS olgularında NfL seviyesi daha az gözlendi, p=0,051. MS (p=0,046) ve PTS (p=0,011) olgularının Nogo-A seviyeleri ile Anti-HHV6A pozitiflikleri, NMOSD olgularının hastalık başlangıç yaşları ile NfL seviyeleri (p=0,027) ve PTS olgularının Nogo-A ve NfL seviyeleri arasında pozitif yönde korelasyon saptandı, p=0,031. Elde edilen sonuçlara göre tanı aşamasında PTS olgularında Anti-AQP4 pozitifliklerinin değerlendirmesinin yapılması önerilmektedir. Anti-EBV pozitifliğinin, üç olgu grubunda yüksek olması, ayırıcı tanı yerine tedavi stratejilerinde kullanılacak bir parametre olabileceği düşünülmektedir. Anti-HHV6A'nın ayırıcı tanıda daha etkili olduğu ve özellikle aksonal hasarı gösteren yeni biyobelirteçlerle birlikte çalışılması önerilmektedir. Ayırıcı tanıda Anti-flotillin ile ilgili çok merkezli ve daha fazla olgu sayısı ile yapılacak yeni çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Deneysel olarak penisilin ile oluşturulmuş epilepsi modelinde venlafaksinin antikonvülzan etkilerinin araştırılması
Bu projede, günümüzde birçok insanı etkileyen, etkin tedavisi için yeni seçeneklerin araştırıldığı epilepsi hastalığında, bir antidepresan ilaç olan venlafaksinin antikonvülzan etki yapabileceğine dair çalışma hipotezimizi test ettik. Projemizin amacı, sıçanlarda penisilinle indülenen epilepsi modelinde, venlafaksinin olası antiepileptik aktivitesini değerlendirmek için elektrofizyolojik kayıtlar, oksidatif stres ve elektrolit parametreleri üzerine etkilerini belirlemektir. Çalışmalarımızda 35 adet sıçan, 5 gruba ayrıldı. Beynin elektriksel aktivitesinin ölçümünü sağlayan elektrokortikografi (ECoG) kayıtlarının alınabilmesi için sıçanlara gerekli pozisyon verildi. Beş dk bazal aktivite ölçümü yapıldıktan sonra, tüm sıçanlarda penisilin (500 IU, 2.5 µl, icv) kullanılarak epilepsi oluşturuldu. Otuz dk kayıt alındıktan sonra, kontrol grubuna serum fizyolojik, pozitif kontrol grubuna 5 mg/kg diazem, diğer üç gruba da 50 mg/kg, 100 mg/kg, 150 mg/kg venlafaksin (0,1 ml, i.p.) uygulandı. Ardından 90 dk boyunca ECoG kaydı alındı ve sıçanların kan örnekleri toplanarak deney sonlandırıldı. Kayıtlardaki diken dalga sayıları ve dalgaların amplitüdleri 5er dakikalık bölümlere ayrılarak karşılaştırıldı. Ayrıca, sıçanlardan alınan kan örnekleri santrifüj edilerek oluşturulan serumda, Toplam Antioksidan-Oksidan Seviye (TAS-TOS) ve thiol ölçümleri ELİSA, elektrolit seviyeleri (Kalsiyum, magnezyum, sodyum, potasyum, klor) iyon selektif elektron yöntemleriyle belirlendi. Veriler istatistiksel olarak değerlendirildiğinde, 100 mg/kg ve 150 mg/kg venfalaksin uygulamasının, diken dalga sayılarını diazem ve kontrol grubuna göre azalttığı, amplitüd değerlerinini ise diazem grubuna benzer seviyede tuttuğu belirlendi. Ayrıca 100 mg/kg ve 150 mg/kg venlafaksin uygulamasının kontrol grubuna göre TAS, kalsiyum, magnezyum seviyelerini arttırdığı gözlemlendi. Sonuç olarak venlafaksin, diken dalga sayılarını azaltarak antiepileptik, TAS değerlerini artırarak antioksidan özellik göstermiştir. Venlafaksin, epilepsi hastalığının tedavisinde alternatif ve umut verici bir seçenek olabilir.
Ratlarda deneysel oluşturulmuş kronik stres üzerine carvacrol'un etkisi
Kronik Öngörülemeyen Hafif Stres (CUMS), insanlardaki depresyon etiyolojisine en yakın stres modelidir. Karvakrol (CAR), kekik bitkisinden elde edilen uçucu yağda bulunan bir etken maddedir. Nöroprotektif ve daha birçok faydalı özelliği ile insan ve hayvanlarda sıklıkla araştırılmaktadır. Bu çalışmada, Karvakrol'un CUMS modeli oluşturulmuş sıçanlarda davranışsal, anti-oksidan ve anti-inflamatuar etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Toplam 49 adet Wistar Albino erkek sıçan (250-350 gr) rastgele 7 gruba ayrıldı. Gruplar şu şekildeydi: Stres+DMSO (SDMSO); Stres+Karvakrol (40 mg/kg, SCAR); Stres+Fluoksetin (10 mg/kg, SFLU); Stres+Karvakrol+Fluoksetin (SCARFLU); Kontrol+Karvakrol (CCAR), Kontrol+DMSO (CDMSO); Kontrol+Salin (CSALIN). Stres modeli, orta şiddette ve öngörülemeyen zamanlarda belirli bir takvime göre altı hafta (42 gün) süresince uygulanmıştır. Tedaviler 20. günden itibaren günde bir defa uygulanmıştır. Anksiyete benzeri davranış için açık alan testi (OFT) ve yükseltilmiş artı labirent (EPM), depresyon benzeri davranış için zorunlu yüzme testi (FST), öğrenme ve hafıza için Barnes Maze testi (BMT) kullanıldı. Ayrıca serum kortizol, tiyol-disülfid homeostazı, total antioksidan seviyesi (TAS), total oksidan seviyesi (TOS), oksidatif stres indeksi (OSI) ve IL1-beta seviyeleri de değerlendirildi. CUMS ile indüklenen sıçanlarda serum kortizol, TOS, OSI seviyeleri arttı ve öğrenme hafıza bozuklukları tetiklendi. Tersine, CAR ve FLU verilmesi, anormal davranış değişikliklerini ve serum değerlerindeki değişiklikleri engelledi. CAR uygulanan sıçan grupları ile fluoksetin uygulanan sıçan grupları arasında anlamlı bir fark gözlenmedi. CAR ve FLU birlikte uygulanmaları, ayrı ayrı uygulanmalarına göre daha az etkiliydi. Elde edilen veriler, CAR'ın kronik stres üzerine terapötik potansiyelinin fluoksetininkiyle karşılaştırılabilir olduğu ve gelecekte yapılacak ilaç çalışmaları için CAR'ın potansiyel bir aday olduğunu düşündürmektedir.
Alzheimer hastalığı patofizyolojisinde Toxoplasma gondii enfeksiyonunun rolünün araştırılması
Alzheimer Hastalığı (AH) etiyolojisi ve patogenezi tam olarak anlaşılamamış, tüm dünyada gittikçe artan en yaygın demans türüdür. Toxoplasma gondii (T. gondii) ise tüm dünyada insan ve hayvanlarda yaygın olarak görülen, beyin dahil tüm organları enfekte edebilen zoonoz bir hastalıktır. Bu çalışma; T. gondii ile enfekte dişi ratların yavrularında AH riskini araştırmak amacıyla yapılmıştır. Çalışmada 2-4 aylık Wistar Albino cinsi dişi ratlar kullanılmıştır. Hayvanlar yedişerli beş gruba ayrılmıştır. Bu hayvanların bazı grupları Aβ1-42 çözeltisi 4µg/1µL/taraf bilateral intrahipokampal ve T. gondii RH suşu 1.5x 10⁶ parazit inokulum hazırlanarak intraperitoneal olarak enfeksiyon oluşturulmuş sonrasında sağlıklı erkek ratlar ile çiftleştirilmiştir. Her anne grubundan rastlantısal olarak 8 er yavru seçilmiştir. Tüm çalışma gruplarına Barnes maze davranış testi uygulanmıştır. Tüm hayvanların beyin dokularındaki Aβ kümelerinin varlığı ile ayırıcı tanısı Congo Red boyama yöntemleri ile incelenmiştir. Tüm sonuçlar SPSS aracılığıyla istatistiki olarak değerlendirilmiştir. Annelerin yuvayı bulma süreleri median(IQR) Kontrol 5,35(3,37-6,15)sn., Alzheimer 29,25(16,0-43,4)sn., T. gondii 34,80(21,6-57,0)sn., T. gondii1+Alzheimer2 19,65(14,2-41,6)sn., Alzheimer1+T. gondii2 6,40(3,35-9,8)sn. ölçüldü. Kontrol ile Alzheimer, T. gondii ve T. gondii1+Alzheimer2 grupları arasında istatistiksel anlamlı fark saptandı. Yavruların yuvayı bulma süresi median(IQR) kontrol 5,75(3,55-9,02)sn, Alzheimer 32,70(21,0-40,0)sn., T. gondii 60(16,3-60)sn., T. gondii1+Alzheimer2 50,10(33-60)sn, Alzheimer1+T. gondii2 6,10(3,3-10,07)sn. bulundu. Kontrol ile Alzheimer, T.gondii ve T. gondii1+Alzheimer2 gruplarının bulma sürelerinde istatistiksel anlamlı fark bulunurken, Alzheimer1+T.gondii2 grubuyla fark bulunmadı. Aβ42 uygulanan annelerin yavrularının beyinlerinde %23,8 congo redle Aβ plakları görüldü. AH modeli sonrası T.gondii enfeksiyonu AH' na karşı öğrenme ve hafıza bozukluğunda dirence sebep olabilir. ANAHTAR KELİMELER: Toxoplasma gondii, Alzheimer Hastalığı, Rat, Davranış Testi, Congo Red Boyama
Sıçanlarda yüksek voltaj kesikli galvanik stimülasyonun ve transkütan elektriksel sinir stimülasyonunun (TENS) epileptik nöbete yatkınlığa etkisinin ecog ile değerlendirilmesi
Nöbet, epilepsi haricinde serebral palsi (SP) gibi birçok hastalıkta görülebilmektedir. İlaç tedavilerinin yan etkilere sahip olması gibi elektroterapi yöntemlerinin de epileptik nöbete sebep olabildiği bazı çalışmalarda gösterilmektedir. Elektroterapi yöntemlerinden transkütan elektriksel sinir stimülasyonu (TENS) ve yüksek voltaj kesikli galvanik stimülasyonu (YVKGS) SP'li hastalarda kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, penisilin-G ile epileptik nöbet oluşturulan ratlarda, TENS ve YVGKS yöntemlerinin elektrofizyolojik etkilerinin incelenmesidir. Bu çalışmada 40 adet erkek sıçan rastgele 5 gruba ayrıldı: kontrol (saline+TENS), kontrol (salin+YVGKS), epilepsi akut modeli (Penisilin-G, 500 IU/ 2,5 μl, intrakortikal), Model+TENS ve Model+YVGKS. Kontrol gruplarında tedaviler (20 dk) uygulandıktan sonra elektrokortikografi (ECoG) kaydı alındı. Model oluşturulan gruplarda ürethan anestezisi uyguladıktan sonra ECoG kaydı başlatıldı. İlk 5 dk bazal aktivite kaydedildikten sonra penisilin uygulaması yapıldı ve üç saat boyunca kayıt devam etti. Model+tedavi gruplarında önce TENS veya YVKGS uygulamaları yapıldı, ardından model oluşturuldu ve ECoG kaydı alındı. Çalışma bulguları, TENS yönteminin diken dalga frekansını azalttığını, YVKGS'nin ise değiştirmediğini gösterdi. Diken dalga genliklerinde gruplar arasında anlamlı fark gözlenmedi. Sonuç olarak, TENS uygulamasının YVKGS'ye göre epileptik nöbetler üzerine daha etkili olduğu gözlemlendi. TENS ve YVKGS'nin nöbetleri negatif yönde etkilememesi, nöbet gözlenebilen diğer hastalıkların tedavilerinde kullanılabileceklerini göstermektedir.
Ratlarda maksiller ekspansiyonun epilepsi patofizyolojisine etkisi
Çalışmamızda maksiller ekspansiyon (ME) ile nazal kavite hacimleri artırılarak oksijenasyon sağlanan ratlarda penisilinle oluşturulan akut epilepsi modelinde; elektrokortikografi (ECoG) kayıtları ve serum örneklerinden elde edilen TAS (Total Antioksidan Seviye), TOS (Total Oksidan Seviye), OSİ (Oksidan Seviye İndeksi), İMA (İskemi Modifiye Albümin) düzeylerini karşılaştırarak ME'nin epilepsi patofizyolojisine etkisini araştırmayı amaçladık. 20-21°C'de, nisbi nemi %55-60 oranında olan, 12 saat karanlık-12 saat aydınlık ortamda adlibitum besleme yapılan 36 adet her biri 200-250 gr ağırlığında 8-10 haftalık Wistar Albino cinsi erkek sıçandan, her grup 9 hayvan olacak şekilde 4 grup (Kontrol, Epilepsi, ME, ME+Epilepsi) oluşturduk. Deneyin ilk günü iki gruba ksilazin/ketamin genel anestezisi altında ME apareyi uyguladık. 17. günü tüm grupların üretan anestezisi altında bazal kayıtlarının alınmasının ardından Epilepsi ile ME+Epilepsi grubuna intrakortikal penisilin, diğer iki gruba serum fizyolojik (SF) enjeksiyonu yaparak 180 dakika ECoG kayıtları aldık, intrakardiyak punksiyon yöntemiyle sakrafiye ettik. Elde edilen serumlardan TAS, TOS, İMA değerlerine baktık. ECoG kayıtlarının analizi için "LabChart8, ADInstrumentsPtyLtd, CastleHill, NSW, Avustralya" yazılım programı, İstatistiksel analizler için "IBM Statistical Package for Social Sciences (SPSS) versiyon 16" paket programı kullandık. ME+Epilepsi grubunda ortalama latans değeri Epilepsi grubundan daha yüksek bulunurken ilk 50 dakika ve son 40 dakika diken dalga sayılarının, ayrıca ilk 120 dakika diken dalga genliklerinin düştüğünü gördük. TAS, TOS, İMA değerlerinde gruplar arası istatistiksel anlamlı fark olmamakla beraber OSİ değerini Epilepsi grubunda Kontrol ve ME gruplarına kıyasla daha düşük bulduk. Sonuç olarak ME'nin penisilinle indüklenen akut epilepsi modelinde, epileptik nöbet eşiğini yükselttiğini, nöbet sıklığını ve nöbet şiddetini azalttığını tespit ettik.
Akut ve kronik inflamatuar demiyelinizan polinöropatilerde bazı nöroinflamatuar biyomarkerların karşılaştırılması
Sunulan çalışmada, BAİBÜ Eğitim ve Araştırma Hastanesi Nöroloji kliniğine başvurmuş ve akut veya kronik inflamatuar demiyelinizan polinöropati (AİDP veya KİDP) tanısı almış hastaların beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinden nöronal inflamasyonla ilişkilendirilen bazı biyomarkerların (nörofilament hafif zincir [NfL], nörofilament ağır zincir [NfH], sfingomiyelin [SM], glial fibriler asidik protein [GFAP], beyin türevli nörotrofik faktör [BDNF]) oranı saptanarak, bu oranların çeşitli demografik faktörler, kan değerleri ve elektrofizyolojik (EMG) verilerle ilişkisini araştırmak amaçlanmıştır. BAİBÜ Eğitim ve Araştırma Hastanesi Nöroloji polikliniğine Aralık 2023-Ekim 2024 tarihleri arasında başvuran ve tanı amaçlı lomber ponksiyon (LP) yapılarak BOS alınan hastaların dosyaları geriye dönük incelenerek 20 AİDP, 18 KİDP ve sağlıksız kontrol grubu olarak 15 Psödötümör serebri (PTS) hastasının örnekleri ve verileri çalışmaya dahil edilmiştir. AİDP grubuna ait BOS NfL, NfH, GFAP, SM ve BDNF düzeyleri PTS grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek çıktı (p<0,05). KİDP grubuna ait BOS NfL, GFAP ve SM düzeyleri PTS grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek çıktı (p<0,05). KİDP grubunda BOS NfH ve BDNF düzeyleri ile kontrol grubu arasında anlamlı bir fark yoktu. AİDP grubunun BOS NfH ve BDNF düzeyleri KİDP grubuna göre anlamlı derecede yüksek çıktı (p<0,05). Bu sonuçlardan yola çıkarak AİDP ve KİDP hastalarında; ikincil proksimal aksonal hasara bağlı olarak BOS'ta NfL, NfH ve GFAP seviyelerinin yükseldiğini, SM'nin miyelin yıkımı ve yeniden yapılanmasının bir göstergesi olabileceğini ve BDNF'in remiyelinizasyonu iyileştirmeye yönelik telafi edici etkisini desteklediğimizi söyleyebiliriz. Sonuç olarak AİDP ve KİDP hastalıklarının erken teşhis ve ayırıcı tanısında bu beş biyomarkerın umut vadeden hedefler olabileceği önerilmektedir.
Tp53, östrojen sinyal yolaği, ve 14q32.31 miRNA grubu'nun CHRNA5 deplesyon ifade profili üzerine etkilerinin belirlenmesi ve syneRgy uygulamasının geliştirilmesi
Cholinergic receptor subunit alpha 5 (CHRNA5) is a ligand-gated ion channel expressed in not only the nervous system but also other tissues. Differential expression and the polymorphisms of CHRNA5 have been associated with addiction, particularly nicotine and various cancer types. The tumor-suppressive properties of CHRNA5 depletion, i.e., decrease in cell proliferation, induction of DNA damage response, and drug sensitivity, have been identified in breast cancer cell lines. This thesis focuses on identifying critical factors modulating or modulated by the knock-down of CHRNA5 in breast cancer cell lines using both wet-lab and bioinformatics approaches. Here I have first found the significant correlation between CHRNA5 and DNA damage response in breast cancer tumor datasets. Moreover, I discovered that the introduction of siTP53 antagonized the actions of siCHRNA5 and reverted the siCHRNA5-mediated cell cycle inhibition and drug sensitivity in the MCF7 breast cancer cell line. Furthermore, siCHRNA5 was found to inhibit the secondary signaling of estrogen/ESR1 in time and dosage-dependent manners. CHRNA5 depletion also downregulated the conserved 14q32.31 miRNA cluster expression. Among those miRNAs, miR495-3p appeared to be the most prominent candidate, exhibiting a similar expression profile with selective estrogen degraders and partially with siCHRNA5. However, the inhibitory effect of the combinatorial treatment with siCHRNA5 and miR495-3p on the secondary targets of estrogen signaling indicated that siCHRNA5 and miR495-3p might target converging pathways, evidenced by the antagonism (rather than addictiveness) between them. In addition, the Shiny-based syneRgy app was developed to analyze the transcriptome-based synergy between treatments and/or genetic modifications. As a case study, syneRgy analysis using novel MDM2 inhibitor and/or temozolomide treated neuroblastoma cell lines revealed that although the tumor-suppressor effect of combination therapy was more than each individual treatment, it was less than additive. syneRgy was applied to understand the combinatorial treatment of siCHRNA5 with siTP53 as well as siCHRNA5 with miR495-3p mimic and enhanced our understanding of the TFs that might have a role in the crosstalk. To our knowledge, syneRgy is the first-ever online tool to perform statistical synergy analysis using RNAseq count or logFC transcriptomic data and synreg, i.e. our novel methodology allowing for statistical tests of TF target enrichment using regression models.
Alzheimer hastalığı ve glokomda AQP4 ilişkili miRNA'ların değerlendirilmesi
Başlık: Alzheimer hastalığı (AH) ve glokomda akuaporin4 (AQP4) ilişkili miRNA'ların değerlendirilmesi. Amaç: Bu tez çalışmasında, gözyaşında ve konjonktiva impresyon sitoloji örneklerinde, AH ve glokomda glimfatik sistem işleyişinde yer alan AQP4'le ilişkili miRNA'lar ile AQP4 mRNA ekspresyonu ve protein düzeyleri değerlendirilerek AQP4'ün AH ve glokom için biyobelirteç olabilme potansiyelinin araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi (ESOGÜ) Tıp Fakültesi Göz Hastalıkları Anabilim Dalında glokom nedeniyle takip edilen ve Nöroloji Anabilim Dalında AH tanısı konulmuş olgular ve kontrol gruplarının gözyaşı örneklerinde, AQP4 geni ve ilişkili miRNA ekspresyon profilleri ile AQP4 protein düzeyleri RT-PCR ve ELISA testleriyle analiz edilmiştir. Konjonktiva impresyon sitolojisi örneklerinin immunohistokimyasal analizleri ise semi-kantitatif yöntemle (H-skorlaması) değerlendirilmiştir. Bulgular: Gözyaşı AQP4 mRNA ve AQP4 protein düzeyi ile konjonktiva AQP4 immün pozitif hücrelerin H-skorlarında AH, glokom, kontrol grupları arasında anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. Öte yandan Alzheimer hastalarının gözyaşı örneklerinde miRNA-320a hariç, incelenen tüm miRNA'ların ekspresyon düzeylerinin anlamlı düzeyde artığı saptanmıştır. Alzheimer hastalarında 6 miRNA'dan en yüksek düzeyde ayırd edici olanlar miR-140-5p, miR145-5p ve miR-29-3p olup, duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla %93,75 ve %50; %68,75 ve %93,75; %68,75 ve %87,50 olarak belirlenmiştir. Glokom hastalarında miRNA düzeyleri kontrol grubundan farklı bulunmamış olup, sadece miR-145-5p'nin duyarlılığı ve özgüllüğü %68,75 ve %68,75 olarak saptanmıştır. Alzheimer grubu, glokomdan miR-320a, miR130a, miR-224, miR-145, 196b-5p ve miR-29a-3p, miR-140-5p; kontrol grubundan ise sadece miR-140-5p ekspresyonu açısından farklılık göstermiştir. Sonuç: Gözyaşı örneklerinde AQP4 ile ilişkili miRNA'lardan altı tanesinin Alzheimer hastalığı ile, bir tanesinin ise glokom hastalığı için ayırd edici olduğu saptanırken, AQP4'ün AH ve glokom için ortak bir biyobelirteç olma potansiyeli taşımadığı değerlendirilmiştir.
Alzheimer hastalığı ve glokomda AQP4 ilişkili miRNA'ların değerlendirilmesi
Başlık: Alzheimer hastalığı (AH) ve glokomda akuaporin4 (AQP4) ilişkili miRNA'ların değerlendirilmesi. Amaç: Bu tez çalışmasında, gözyaşında ve konjonktiva impresyon sitoloji örneklerinde, AH ve glokomda glimfatik sistem işleyişinde yer alan AQP4'le ilişkili miRNA'lar ile AQP4 mRNA ekspresyonu ve protein düzeyleri değerlendirilerek AQP4'ün AH ve glokom için biyobelirteç olabilme potansiyelinin araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi (ESOGÜ) Tıp Fakültesi Göz Hastalıkları Anabilim Dalında glokom nedeniyle takip edilen ve Nöroloji Anabilim Dalında AH tanısı konulmuş olgular ve kontrol gruplarının gözyaşı örneklerinde, AQP4 geni ve ilişkili miRNA ekspresyon profilleri ile AQP4 protein düzeyleri RT-PCR ve ELISA testleriyle analiz edilmiştir. Konjonktiva impresyon sitolojisi örneklerinin immunohistokimyasal analizleri ise semi-kantitatif yöntemle (H-skorlaması) değerlendirilmiştir. Bulgular: Gözyaşı AQP4 mRNA ve AQP4 protein düzeyi ile konjonktiva AQP4 immün pozitif hücrelerin H-skorlarında AH, glokom, kontrol grupları arasında anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. Öte yandan Alzheimer hastalarının gözyaşı örneklerinde miRNA-320a hariç, incelenen tüm miRNA'ların ekspresyon düzeylerinin anlamlı düzeyde artığı saptanmıştır. Alzheimer hastalarında 6 miRNA'dan en yüksek düzeyde ayırd edici olanlar miR-140-5p, miR145-5p ve miR-29-3p olup, duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla %93,75 ve %50; %68,75 ve %93,75; %68,75 ve %87,50 olarak belirlenmiştir. Glokom hastalarında miRNA düzeyleri kontrol grubundan farklı bulunmamış olup, sadece miR-145-5p'nin duyarlılığı ve özgüllüğü %68,75 ve %68,75 olarak saptanmıştır. Alzheimer grubu, glokomdan miR-320a, miR130a, miR-224, miR-145, 196b-5p ve miR-29a-3p, miR-140-5p; kontrol grubundan ise sadece miR-140-5p ekspresyonu açısından farklılık göstermiştir. Sonuç: Gözyaşı örneklerinde AQP4 ile ilişkili miRNA'lardan altı tanesinin Alzheimer hastalığı ile, bir tanesinin ise glokom hastalığı için ayırd edici olduğu saptanırken, AQP4'ün AH ve glokom için ortak bir biyobelirteç olma potansiyeli taşımadığı değerlendirilmiştir.
Mikroglial Katepsin Z eksikliğinin postnatal dönem beyin gelişimi ve yaşlanma üzerindeki etkileri
Başlık: Mikroglial Katepsin Z Eksikliğinin Postnatal Dönem Beyin Gelişimi ve Yaşlanma Üzerindeki Etkileri Amaç: Mikroglial hücrelerin aktivasyonundan sonra immün yanıt ile birlikte farklı görevleri olan birçok katepsin salgılanır. Mikroglial katepsinler hem hücre içinde hem hücre dışında çeşitli konumlarda yer alabilirler ve inaktif prekürsör olarak üretilirler. Lizozomal sistein proteazı olan Katepsin Z, yüksek oranda mikroglia tarafından eksprese edilir. Bu çalışmanın temel amacı, Mikroglial Katepsin Z eksikliğinin: post-natal dönemin erken aşamalarından olan P16'da ve yaşlılıkta mikroglia'nın yoğunluk profili, olası morfolojik değişiklikleri ve C1q proteininin immunoreaktivitesi üzerindeki etkisini ve aynı zamanda yaşlı farelerde mikroglial Katepsin Z eksikliğinin bellek üzerindeki etkisi de incelenmiştir. Yöntem: Katepsin Z (CtsZ), Cx3Cr1 eksprese eden mikroglial hücrelerde tamoksifen (TAM) tarafından nakavt edildi (cKO) ve hedef genimizde bir Cre-conditional ("floxed") alel taşıyan fareler elde edildi. Mikroglial hücrelerde yapılan bütün işlemler için IBA1 ve C1q immunorekativite ölçümü için immunohistokimya yapıldı. Beyindeki hücre yoğunluğu analizi de toluidine blue boyaması ile yapıldı. Mikroglial Katepsin Z eksikliğinin mekansal öğrenme ve hafıza üzerindeki etkisi Barnes maze testi ile değerlendirildi. Bulgular: Mikroglial Katepsin Z eksikliğinin her iki gruptada mikroglianın morfolojisi üzerinde istatisiksel olarak anlamlı bir etkisi olduğu bulundu. Mikroglianın yoğunluk profili üzerinde istatistiksel olarak anlamlı bir etkisi gözlemlenmedi. C1q immunoreaktivitesi üzerinde de anlamlı bir etki bulunamadı. Barnes maze testi sonucunda Mikroglial Katepsin Z eksiği olan farelerde kısa süreli bellek bozuklukları bulundu. Sonuç: Mikroglial Katepsin Z eksikliğinin hem postanatal dönemin erken aşamalarında hem de yaşlılıkta beyin üzerinde belirli düzeyde etkisi olduğu bulunmuştur. Bir proteaz eksikliğinin mikroglial hücreler,kompleman sistem ve mekansal öğrenme ve bellek üzerindeki etkisini ilk defa inceleyen bu araştırma daha sonraki araştırmalar için temel oluşturabilir.
Kannabidiol'ün sıçanlarda subaraknoid kanamaya bağlı gelişen vazospazm üzerindeki etkileri
Amaç: Subaraknoid kanama (SAK) genellikle kafa travması veya anevrizma rüptürü nedeniyle dura mater ve pia mater arasındaki subaraknoid boşlukta meydana gelen ve hayatı tehdit eden bir durumdur. SAK'ın yaygın bir komplikasyonu olan serebral vazospazm kanamadan sonraki dördüncü ve yedinci günler arasında en üst düzeye çıkar ve hastaların yaklaşık %70'inde görülür. Kannabidiol (CBD) anti-inflamatuar, antioksidan ve vazodilatör özellikleri dahil olmak üzere potansiyel terapötik etkiler göstermiştir. Çalışmamızda SAK oluşturulan sıçanlarda CBD'nin vazospazm üzerindeki etkilerini araştırmayı amaçladık. Yöntem: Sıçanlar altı gruba ayrıldı: cerrahi yapılmayan kontrol grubu (Grup 1), tedavi edilmemiş SAK grubu (Grup 2) ve SAK oluşturulduktan sonra intraperitoneal enjeksiyonlarla sırasıyla 50 mg CBD (Grup 3), 100 mg CBD (Grup 4), 200 mg CBD (Grup 5) veya 0.05 mg Nimodipin (Grup 6). SAK'dan sonraki 7. gün, sıçanlar derin anestezi altında beyin dokusu toplamak için ötenazi edilmiştir. Bulgular: Total protein seviyeleri, CBD tedavisi ile doz bağımlı olarak artarak, nöroprotektif etkiler gösteren en yüksek seviyelere CBD200 grubunda ulaştı. IL-1B ve IL-6 seviyeleri, özellikle CBD50 grubunda olmak üzere CBD ile tedavi edilen gruplarda önemli ölçüde düşüktü. Glutamat ve miyeloperoksidaz (MPO) seviyeleri CBD ile tedavi edilen gruplarda önemli ölçüde azaldı. Pro-apoptotik belirteçler Caspase 3 (CAS3) ve BAX'ın azaldığını ve anti-apoptotik belirteç BCL2'nin arttığını gösterdi. Sonuç: CBD'nin SAK sonrası vazospazm şiddetini azaltmada ve sonuçları iyileştirmede potansiyel gösterdiği, gelecekteki klinik uygulamalar için önemini vurgulamaktadır.
Viral aracılıklı gen aktarımı yöntemiyle TDP-43 ifade edilim düzeyi değiştirilen sıçanların davranışsal ve morfolojik karakterizasyonu
Amaç: TDP-43'ün ifade ediliminin arttırılması suretiyle oluşturulan bir sıçan modelinde meydana gelecek olası değişikliklerin davranışsal ve morfolojik açıdan incelenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Sıçan modelini oluşturmak için Adeno-Assosiye Virüsler (AAV9) kullanılarak TDP-43 kodlayan genler, postnatal (P) 30 günlük Sprague-Dawley cinsi erkek sıçanlara kuyruk veni aracılığıyla enjekte edilmiştir (n=10/grup). Kontrol grubundaki hayvanlara serum fizyolojik (SF) (n=12) enjeksiyonu uygulanmıştır. Doz grupları 3,2x1012gc/ml, 1,6x1012 gc/ml ve 0,8x1012 gc/ml olarak belirlenmiştir. Hayvanların motor hareketleri, anksiyete düzeyleri, kognitif fonksiyonları ve sosyal becerileri değerlendirilmiştir. Beyin ve omurilik kesitlerinde morfolojik değişiklikler incelenmiştir. Bulgular: Gruplar arasında yaşam süreleri, vücut ağırlıkları, yürüme paterni analizi, rota-rod testi, sekiz kollu radyal labirent ve yeni nesneyi tanıma testlerinde istatistiksel fark tespit edilmemişken, yatay merdivende yürüme testinde doza bağımlı gerilemeler görülmüştür (p<0,001). Sosyal tanıma testinde ise 3,2x1012gc/ml grubunun orta alanda en uzun süreyi geçirdiği tespit edilmiştir (p<0,05). Beyin kesitlerinde gruplar arasında hacimsel ve birim alandaki NeuN pozitif nöron sayılarında bir değişiklik gözlenmezken omurilik kesitlerinde doza bağlı azalma olduğu tespit edilmiştir (p<0,001). Hipokampus, motor korteks, prefrontal korteks ve omurilik kesitlerinde ubikutin pozitif p-TDP-43 ve TDP-43 inklüzyonları tespit edilmiştir. Sonuç: Bu tez çalışmasında oluşturulan TDP-43 aşırı ifade edilim modeliyle, sıçanların motor ve kognitif becerilerde meydana gelen değişiklikler doza ve bölgeye bağımlı olarak karşılaştırılmalı olarak analiz edilmiş, uygulanan 3,2 x 1012 gc/ml dozunda hayvanların ince motor becerilerinin ve sosyalizasyon davranışlarında gerileme tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: TDP-43 Proteinopatileri, Nörodejenerasyon, Hayvan modelleri Bu tez çalışması TÜSEB tarafından desteklenmiştir (Proje No: 32137).
Epilepsi tanılı çocuklarda çalışma belleği ile psikososyal zorluklar ve mizaç özellikleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
Amaç: Epilepsi, tekrarlayan nöbetlerle seyreden kronik bir nörolojik hastalıktır. Çalışma belleği, bilgiyi kısa süreli tutup işlemeyi sağlayan ve yürütücü işlevlerin temelini oluşturan bilişsel bir sistemdir. Mizaç, bireyin çevresel uyaranlara verdiği doğuştan gelen tepkileri tanımlar. Psikososyal zorluklar ise çocukların sosyal, duygusal ve davranışsal uyum süreçlerinde yaşadığı sorunlardır. Bu çalışmada epilepsi tanılı beş ile dokuz yaş arasındaki çocukların çalışma belleği performansları, mizaç özellikleri ve psikososyal zorluk düzeylerinin sağlıklı çocuklarla karşılaştırılması ve epilepsi tanılı grupta bu değişkenler arası ilişkilerin incelenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Araştırmaya yaş ve cinsiyet açısından eşleştirilmiş 30 epilepsi tanılı ve 30 sağlıklı çocuk katılmıştır. Veriler Güçler ve Güçlükler Anketi, Çalışma Belleği Ölçeği ve Çocuklar için Mizaç Ölçeği ile toplanmıştır. Analizler SPSS 21.0 ile yapılmış, gruplar arası karşılaştırmalarda bağımsız örneklem t-testi, ilişkiler için Pearson korelasyon analizi kullanılmıştır. Bulgular: Epilepsili çocukların çalışma belleği performansı sağlıklı çocuklara göre anlamlı biçimde daha düşük, psikososyal zorluk düzeyi ise daha yüksektir. Mizaç alt boyutlarında; dikkat-sebat ve yakınlık-uyum epilepsi grubunda daha düşük, duyusal hassasiyet ve tepkisellik daha yüksektir. Epilepsi grubunda çalışma belleği performansı ile dikkat-sebat arasında güçlü pozitif, duyusal hassasiyetle orta pozitif, psikososyal zorluk düzeyiyle güçlü negatif ve aktivite düzeyiyle zayıf negatif ilişki saptanmıştır. Sonuç: Epilepsili çocukların bilişsel, bireysel ve çevresel özelliklerinin birlikte değerlendirilmesi, çok boyutlu erken müdahale ve izlem programlarının oluşturulması açısından önemlidir. Çalışma belleği epilepsi tanılı çocuklarda yalnızca nörolojik değil, mizaç ve psikososyal faktörlerle ilişkili bütüncül bir yapı olarak ele alınmalıdır. Anahtar Kelimeler: Epilepsi, Çalışma Belleği, Psikososyal İşlevsellik, Mizaç