5
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Sığır solunum sistemi hastalığı kökenli pasteurella multocida izolatlarının aşı suşu olma potansiyeli yönünden karakterizasyonu
Sığır solunum sistemi hastalıkları sığır yetiştiriciliğinde önemli bir yere sahip olup, Pasteurella multocida klinik bulguların görüldüğü sığırlardan sıkça izole edilmektedir. Bu çalışma kapsamında mezbahalarda kesim aşamasında olan ve hastalık şüpheli sığırlardan alınan akciğer örneklerinden P multocida izolasyonu, karakterizasyonu ve aşı suşu olma potansiyellerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışma kapsamında P. multocida izolasyonu için 410 adet sığırdan akciğer örnekleri alındı. P. multocida selektif izolasyonu için akciğer örneklerinden bakteriyolojik ekim yapıldı. P. multocida şüpheli olarak değerlendirilen bakterilerin genotipik identifikasyonları PCR ile gerçekleştirildi. P. multocida suşlarının kapsül antijenlerine göre tiplendirmesi ve patogenezde rol oynayan virülens faktörlerine ait genler PCR ile araştırıldı. P. multocida izolatlarının biyofilm oluşturma durumları in vitro olarak Kongo Kırmızılı Agar yöntemi ile belirlendi. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Kirby Bauer Disk Difüzyon Yöntemi ile araştırıldı. P. multocida izolatları RAPD-PCR ile genotiplendirildi. Akciğer örneklerinin 92 tanesinden Pasteurella selektif besi yerinde leylak renkli bakteri kolonisi belirlendi. PCR sonucunda 92 izolat P. multocida olarak identifiye edildi. Kapsüler tiplendirme ile 19 izolat serogrup A, 4 izolat serogrup B, 5 izolat serogrup D, 19 izolat serogrup E ve 1 izolat da serogrup F olarak belirlendi. İncelenen 92 adet izolatın 56, 72, 33, 65, 40, 45, 22, 28, 45, 47, 31, 0 ve 7'si sırasıyla fur, sodA, pmHAS, plpB, fimA, sodC, ompH, ompA, tonB, nanH, nanB, toxA ve oma87 için pozitif sonuç verdi. İncelenen izolatların 52'si biyofilm oluşturma özelliği yönünden pozitif olarak değerlendirildi. İzolatların 22, 33, 10, 33, 17 ve 70'i sırasıyla danofloksasin, tilmikosin, florfenikol, sefkuinom, gentamisin, ve tetrasikline dirençli bulundu. RAPD-PCR ile genotiplendirme sonucunda serogrup A, B, D ve E'ye dâhil olan izolatların sırasıyla %65-97, %54-91, %41-91 ve %41-92 oranında benzerlik gösterdikleri saptandı. Çalışma sonucunda her serogrup için birer adet olmak üzere serogrup A-F için sırasıyla 48, 29, 25, 52 ve 69 no'lu P. multocida izolatı potansiyel aşı suşu belirlendi. Seçilen aşı suşlarının mono- ve/veya multivalan olarak in vivo aşı denemelerinde kullanılmasının uygun olduğu kanaatine varıldı.
Antibiyotiğe dirençli escherichia coli suşlarına spesifik litik bakteriyofaj izolasyonu ve litik spektrumlarının belirlenmesi
Escherichia coli, kanatlı hayvanlarda kolibasillozise neden olan patojen bir bakteridir. Kolibasillozis tedavisinde antibiyotikler yoğun şekilde kullanılmaktadır. Buna karşın, antibiyotiklerin fazla ve yanlış şekilde kullanılması neticesinde son zamanlarda E. coli suşlarının antibiyotiklere dirençli hale gelmesi kolibasillozisle mücadeleyi zorlaştırmakta ve önemli bir problem olarak karşımıza çıkmaktadır. Bakteriyofajlar, bakterileri enfekte eden virüsler olarak tanımlanmakta ve antibiyotiklere alternatif olarak düşünülmektedir. Bu çalışma kolibasillozis şüpheli etlik piliçlerden izole edilen çoklu antibiyotik dirençli E. coli suşlarına karşı litik etkili bakteriyofaj izolasyonu ve litik aktivitelerinin belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Çalışmada E. coli izolasyonu için 14 kolibasillozis şüpheli etlik piliç sekumları kullanılmıştır. Bakteriyofajların tespiti, 14 sekum içeriğinin birleştirilmesiyle oluşturulan karışımdan soft agar yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonunda 14 adet E. coli izolasyonu gerçekleştirilmiş olup seçilen 6 suşun antibiyotik direnç profilleri belirlenerek E. coli suşlarının en az 3 antibiyotiğe dirençli olduğu tespit edilmiştir. Suşların dirençli oldukları antibiyotikler sırasıyla linkomisin (%100), basitrasin (%100), amoksisilin (%83), siprofloksasin (%83), sülfametoksazol (%67), kolistin (%17) ve ampisilin (%17) olarak belirlenmiştir. Buna karşın, E. coli suşlarının tetrasiklin ve gentamisine duyarlı oldukları belirlenmiştir. Spot test yöntemiyle, çoklu antibiyotik dirençli 6 E. coli suşuna karşı 4 bakteriyofaj tespit edilmiş olup bunların 3 tanesi (BF1, BF2, BF4) saflaştırılmıştır. İzole edilen bakteriyofajların titreleri çoğaltma öncesi 1.41 x 106 ile 2.04 x 106 PFU/ml arasında bulunurken, çoğaltma sonrası 4.02 x 108 ile 4.36 x 1011 PFU/ml arasında tespit edilmiştir. Bakteriyofajların, çalışmada kullanılan konak bakterilerin haricinde, 9 klinik E. coli suşuna karşı litik spektrumları belirlenmiş olup BF1 fajının ve üç fajın karıştırılmasıyla oluşturulan faj kokteylinin litik spektrumu %22.2 bulunurken, BF2 ve BF4 fajları klinik suşlara litik etki göstermemiştir.
Neonatal septisemili buzağı kökenli escherichia coli izolatlarında enterotoksijenik virülens genlerinin belirlenmesi
Neonatal buzağı ishallerine neden olan önemli bakteriyel etkenlerden birisi Enterotoksijenik E. coli (ETEC)'dir. ETEC enfeksiyonlarının patogenezinde en önemli virülens faktörleri fimbrial adhezinler ve enterotoksinlerdir. Bu çalışma neonatal septisemili buzağılardan E. coli izolasyonu, fenotipik ve genotipik karakterizasyonu, izolatlardaki antibiyotik direnç patternlerinin tespiti, sık görülen serotip ve virulens faktörlerinin tespiti amacıyla yapıldı. Bu amaçla neonatal septisemili buzağılardan izole edilen ve fenotipik olarak Escherichia coli oldukları bilinen izolatların genotipik doğrulanması PCR ile araştırıldı. Doğrulanan izolatlarda septisemili buzağılarda O101, O9, O26, O145, O111 serotip genleri, F17, F5, F41, Stabil Toksin, Labil Toksin, EAST1 virülens genleri ve 8 farklı antibiyotiğe ait direnç genleri PCR ile incelendi. İzolatların 8 farklı antibiyotiğe dirençlilik/duyarlılık durumları Kirby-Bauer standart disk difüzyon testi kullanılarak belirlendi. Çalışma sonucunda incelenen 200 dışkı örneğinden 95 (%47,5) E. coli izole ve identifiye edildi. Fenotipik antibiyotik direnç analizine göre izolatlar %94,7 streptomisine, %93,7 tetrasikline, %89,5 ampisiline, %87,4 trimetoprim-sulfametoksazole, %87,4 kloromfenikole, %74,7 enrofloksasine, %62,1 gentamisine ve %24,2 sefalotine karşı dirençli bulundu. Öte yandan izolatların %88,4'ünde tet(B), %74,7'sinde sul3, %67,4'ünde sul1, %61'inde cmlA, %56,8'inde qnr(B), %54,7'sinde tet(A), %53,7'sinde sul2, %38,9'unda CITM, %36,8'inde aadA1, %28,4'ünde cat1, %26,3'ünde qnr(S), %12,6'sında aac[3]-IV, %5,3'ünde tet(C) ve %1,05'inde qnr(A) genleri belirlendi. İzolatların hiçbirinde blaSHV geni tespit edilemedi. Serogenotiplendirme sonucunda izolatlar O101, O26 ve O145 serotip geni varlığına göre sırasıyla %33,7, %6,3 ve %2,1 oranında pozitif bulundu. Hiçbir izolatta O111 ve O9 serotipi saptanamadı. Virülens genlerinin belirlenmesi amacıyla yapılan PCR çalışmaları sonucunda; %23,2 izolatın East1, %22,1 izolatın F5, %20 izolatın STa, 17 izolatın %17,9 F41 ve %3,2 izolatında LT genine sahip olduğu tespit edildi. Böylece örneklemenin yapıldığı bölgede neonatal septisemili buzağılarda ETEC varlığı, yaygınlığı, izolatların patotip/virotip dağılımı belirlenerek bu virulens faktörlerinin hastalıkla ilişkisi otaya konuldu ve hastalığın tedavisinde kullanılabilecek en uygun antibiyotik seçeneği belirlendi. Çalışma kapsamında elde edilen verilerin daha sonra yerli ve milli aşı çalışmalarına katkı sağlayabileceği kanısına varıldı.
Broyler'lerde clostridium perfringens izolatlarının moleküler tiplendirme ile prevalansının ve önemli virülens özelliklerin araştırılması ve antibiyotik duyarlılıklarının tespiti
Antibiyotik büyütme faktörlerinin yasaklanmasından sonra, hem Clostridium perfringens'in neden olduğu hastalıkların ortaya çıkması hem de çoklu dirençli patojenlerin görülme sıklığının artmış olması hastalığın takibini ve bu amaçla araştırmaların yapılması gerekliliğini ortaya çıkarmıştır. Bu nedenle bu çalışmada, broyler'lerde C. perfringens'in sağlık ve hastalık olgularının takibi ve C. perfringens izolatlarının tanımlanarak virülens potansiyelinin araştırılması, prevalansın ve antimikrobiyal direnç durumunun ortaya konulması amaçlandı. Araştırmada, 60 (%26.9) C. perfringens suşu PZR ile tanımlandı. Suşların toksinotiplendirmesinde sadece cpa geni tespit edilerek tüm suşlar tip A olarak belirlendi. 60 Tip A suşu içerisinde, 13 suşun tpeL, 12 suşun cpe, 3'ünün ise cpb2 geni taşıdığı saptandı. C. perfringens için kullanılan antibiyotiklerin antibiyogram sonuçlarının yorumlanmasında henüz uluslararası kabul gören bir değerlendirme kriteri oluşturulamamıştır. Bu sebeple disk difüzyon test sonuçları penisilin G inhibisyon zonu referans alınarak, MİK sonuçları ise EUCAST, CLSI ve her iki kılavuzda yer almayan ancak araştırmacılar tarafından önerilen sınır değerler ve yorumlama kriterlerine göre değerlendirildi. Disk difüzyon testinde, penisiline dirençli 2 suş bulundu ve değerlendirilmeye alınmadı. Suşların tümü aminoglikozidlere, %77.6'sı linkomisine, %55.2'si eritromisine, %53.4'ü norfloksasine, %48.3'ü tetrasikline dirençli bulundu. Suşların %74.1 (43/58)'inde çoklu antibiyotik direnci belirlendi. Penisiline dirençli suşlar dahil olmak üzere 22 suşun agar dilüsyon MİK test sonuçları en yaygın kullanılan 7 antibiyotik için değerlendirildi. MİK sonuçlarına göre suşların tümü gentamisine, %68.2'si linkomisine, %45.5'i eritromisine, %40.9'u tetrasikline, %36.4'ü enrofloksasine, %9.1'i penisiline, % 4.5'i ampisiline dirençli bulundu. Agar dilüsyon yöntemine göre bu suşların % 55(11/20)'inin disk difüzyon yöntemine göre %75(15/20)'inin çoklu antibiyotik direncine sahip olduğu belirlendi. Bu araştırmada sadece tip A kaynaklı suşlar izole edilerek tpeL, cpe ve cpb2 virülens genleri tespit edildi. Bu durum sağlıklı piliç mikroflorasına ait bilgiler ile uyuşmaktadır. Bununla birlikte, çoklu antibiyotik dirençlilik sonuçları, C. perfringens antibiyotik direnç gelişiminin izlenmesi gerekliliğini ortaya çıkarmıştır.
Kedi ve köpek kökenli Klebsiella pneumoniae suşlarının virülens genlerinin ve antibiyotik direnç profilinin belirlenmesi
Klebsiella pneumoniae, a multidrug-resistant pathogen, poses a significant threat in both human and animal infections. Its pathogenicity arises from various virulence factors and antibiotic resistance, leading to treatment challenges and failure. The emergence of hypervirulent K. pneumoniae strains (hvKP) in recent years, particularly affecting immunocompromised patients, heightens health risks. Virulence of hvKP is attributed to increased capsular or extracapsular polysaccharide production compared to classical K. pneumoniae (cKp), along with iron acquisition system. Key genes linked to hypermucoviscosity, including siderophore-encoding genes (e.g., enterobactin) and capsular polysaccharide regulatory genes (rmpA and rmpA2), contribute to the enhanced virulence of hvKP. Strains of hvKP possess virulence factors such as rmpA, entB, fimH, and mrkD, promoting biofilm formation and binding to the extracellular matrix. This study aimed to explore the antibiotic resistance profile and key virulence genes (magA, fimH, rpmA, mrkD, and entB) in K. pneumoniae isolates from dogs and cats in Samsun. Among 32 isolates tested for hvKP using the "string" test, only one isolate showed positive results. Antibiotic susceptibility testing revealed resistance rates, to amoxicillin+clavulanic acid 53.1%, imipenem 3.1%, ampicillin 62.5%, penicillin 43.7%, cefoperazone 12.5%, gentamicin 40.6%, amikacin 9.3%, ciprofloxacin 40.6%, enrofloxacin 37.5%, nitrofurantoin 65.6%, trimethoprim+sulfamethoxazole 37.5%, oxytetracycline 46.8%, cefquinome 34.3% and chloramphenicol 28.1%, cefquinoma, 25% cefepime and 43.75% to cefoxitin. Notably, all isolates remained susceptible to meropenem, while 62.5% exhibited a multidrug resistance profile. PCR analysis of virulence genes showed the absence of rpmA in all isolates, while magA, fimH, entB and mrkD genes were detected in 4, 9, 5, 5 and 15 isolates, respectively. The string test-positive isolate was identified to possess only the mrkD gene. In conclusion, this study indicates a low probability of hypervirulent phenotype among K. pneumoniae strains from cats and dogs. However, further investigation into genes associated with this phenotype and their correlation with antibiotic resistance profiles is warranted.